PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000001, oripos=3611..3864 strand=1 allelepos=201..454
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 33 20 54.00 45.00 6.00 2.00 catcgtacggtagctatcaa
RIGHT PRIMER 648 21 54.28 38.10 4.00 1.00 tgagcttacattttctcaggt
SEQUENCE SIZE: 654
INCLUDED REGION SIZE: 654
PRODUCT SIZE: 616, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,273
0 tagttctcatttaaacccataattagagttggacatcgtacggtagctatcaaacttcat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 actgaaataaaaagatttgatagtgcgatacaaatattatagtatttagtgatacattat
120 ttatttatttatttgatatgatatttgatatttataaatagaaattgaatgtattcatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttatttatttatttattatatatata
*******************************************
480 tatatatatataataatatatatatatactatatatatatatatatatatatatatatat
540 atatatatatatatatataataaaattctaacttgagaaactgataaaacataattttac
600 tatttatttgattgatcaaaaaactaaaacctgagaaaatgtaagctcacacac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 434 0 365 33 0 12 0 0 11
Right 810 0 0 0 616 0 170 2 0 0 14 0 8
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000002, oripos=12849..12869 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 90 20 54.92 45.00 6.00 0.00 cggtaacgttttagggtatg
RIGHT PRIMER 328 20 55.47 35.00 0.00 0.00 tttgtttgtttgtgtgttgg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 239, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aatttttaactaaactaagtcattataaaataatttatcaaagtaatatatttttttaaa
60 attttacaaaactagtataaacgtattccacggtaacgttttagggtatgttttattttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taaaaactaacagcattactgtgagtaacgttttaggagtaaaacgttactgtgagtaac
180 gtatatcaatctgacgccatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatattattttggtgaatga
****************************************
240 ctttatataatgggttagtttggttaaaacctgaaattggacaactataaatagccatag
300 ccctttctcccaacacacaaacaaacaaactttaattaattctccaaaaactttttaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 atttacaacaacataatggttctctcaaaaactccttctgatgattctgtacactccaca
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 350 0 431 34 1 6 5 0 14
Right 860 0 0 0 157 0 538 97 0 14 0 0 54
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000003, oripos=15911..16487 strand=1 allelepos=201..777
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 2 20 55.04 40.00 3.00 0.00 agaagattgaagcgtatgga
RIGHT PRIMER 902 20 55.40 40.00 4.00 2.00 aattgtgctccatagcaaac
SEQUENCE SIZE: 977
INCLUDED REGION SIZE: 977
PRODUCT SIZE: 901, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,596
0 aaagaagattgaagcgtatggaaatggaacaactaaaaaatatctttttgaggcccaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggtaaacataaaaaagtccaataagaagggatttgggctattttgattattttttgtggt
120 ctttaatttttgggcaactttcacatatagcaaacaaaaaattcatatttgtatgctata
180 ccaagctttgcataattgtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaga
************************************************************
780 aacagaactatacacttctgtgtataaagcgagagaggcgagcgagaatggagagtggcg
******
840 agcgagatttttgggaaagagacgttgacaaattttagctaatgtttgctatggagcaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 attaaatcaaaccctaactattccatttaatttaggttattagtttgctattatatacaa
<<<
960 tttttcctaaagaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 691 0 0 0 93 0 264 194 0 12 56 0 72
Right 860 0 0 0 117 0 411 275 0 14 0 0 43
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000004, oripos=76524..77166 strand=1 allelepos=201..843
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 19 55.10 36.84 3.00 1.00 aaaagaagcagcaaccatt
RIGHT PRIMER 1017 20 54.76 35.00 4.00 2.00 aattcagcacgtaattggat
SEQUENCE SIZE: 1043
INCLUDED REGION SIZE: 1043
PRODUCT SIZE: 1011, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,662
0 aaggaaaaaaagaagcagcaaccattgttgttgaaattagtaaaaattttaataaaggaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcccatatgtatcatgaatttttgaaaattgttattatgtatcagacaataaatttaata
120 cataagtattcagtgtgttatagtgtattagtcgatgcattgatacatgaataagatgtg
180 tatcatatgatttcctatgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNTacatgaatttgatgtgtatcatatgatttcctatgtatcacgagtttttgaaaattg
************
900 ttatcatgtatcaatcaataagtttaataactagatgttcataaaaatgtcttcaaacta
960 aatgatataatcttgaattttcaaaatttgaaattgttatccaattacgtgctgaattaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tgcttattaatgaacggttaccg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 831 0 0 0 269 0 475 47 1 20 10 0 9
Right 860 0 0 0 255 0 548 13 1 13 0 0 30
Pair Stats:
considered 6, high end compl 4, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000005, oripos=85601..85621 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 78 20 54.07 30.00 4.00 3.00 cgaaacacgaattgtaaaaa
RIGHT PRIMER 293 21 54.03 28.57 2.00 0.00 ttgatgttttatgttgatgga
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 216, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cttcgattaaaatcaaaagaacttccattattttatgaaatatgcttagagttagccatt
60 ttatgtgatcatattttacgaaacacgaattgtaaaaaaagatttttttaaaaaaatttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttattaagaataaaataaatattttaaaataaaattattttcatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAattaattaattatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatatatatatgtccatcaacataaaacatcaatagttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 attttttaaaatagggggtagaactatttctttctagggaagtaaaatttaattttatga
360 taaaaacaatattattgaattggaaatgaaataattattattaacaataaagaattacct
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 488 0 321 0 0 7 7 0 7
Right 831 0 0 0 482 0 332 1 0 1 10 0 5
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000006, oripos=89169..90132 strand=1 allelepos=201..1164
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 88 20 54.92 40.00 4.00 2.00 aaccaaatgtgtatccaagg
RIGHT PRIMER 1273 20 55.02 40.00 6.00 0.00 tgtggacgtcaattaagaca
SEQUENCE SIZE: 1364
INCLUDED REGION SIZE: 1364
PRODUCT SIZE: 1186, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,983
0 atagcacacgaaaatagtctaaatgaggggtataagcgcttcgcggctcgtttgaccttg
60 aaaattggtggaaatggccatgaggaccaaccaaatgtgtatccaaggtcttaaaggacg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tccacaaaattttttggcattatcacattggattccggatcactcaaaaaatggtttgct
180 atagcacacgaaaatcatctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaaaagcgggtgggtatgcacgcttcggggctcgtt
*********************************
1200 agaccttaaaaatgggtcggactggccgtgagggccaaccgtatgcgtagacgatgtctt
<<<<<<
1260 aattgacgtccacaaacttttttggcatttttgacatcggaatcctgatcacccaaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<
1320 ttgtttgctatagcacatgaaaatagtctaaatagggggtataa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 735 0 0 0 1 0 220 410 3 27 34 0 40
Right 743 0 0 0 2 0 252 391 6 21 34 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000007, oripos=113255..113905 strand=1 allelepos=201..851
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 55.59 40.00 8.00 0.00 ccatgcatgtcctaaaaatc
RIGHT PRIMER 886 20 55.28 40.00 3.00 2.00 gacgagcatcaatcagaaat
SEQUENCE SIZE: 1051
INCLUDED REGION SIZE: 1051
PRODUCT SIZE: 880, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,670
0 tataattccatgcatgtcctaaaaatcttgttatgtttttcttttcatcacacaattttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taattacaaacaatttaattttagtaaatatatatatatatatatatgtttctaattaag
120 agaaattgtctatacgagcatcaatcaaaaataattaatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNAtatatatatatatattatttctgattgatgctcgtcgatatcgatagac
******************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 agtttctcttagttagaaacatatatgtagttatctaatatctttagttattcatgaata
960 atatcactaaatgttgtagtaattagatcgttaatattttttcattcttaattaaatgtt
1020 atgatttcaaactttagagtaaaattacttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 833 0 0 0 489 0 284 18 0 6 7 0 29
Right 831 0 0 0 313 0 457 39 7 0 5 0 10
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000008, oripos=134416..134941 strand=1 allelepos=201..726
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 22 22 55.26 31.82 4.00 0.00 caaatgtaattgtggatgaaga
RIGHT PRIMER 772 20 54.81 30.00 5.00 2.00 acaaatgatggctttgtttt
SEQUENCE SIZE: 926
INCLUDED REGION SIZE: 926
PRODUCT SIZE: 751, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,545
0 tagaggaaaaaagaattatcaacaaatgtaattgtggatgaagaaaaaagaatgagaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atttagttaaatttttgttgtatattttgtttttagtttgatatttttagcatatgattt
120 aatcactatatatatatatatagaaagtttgcatatgaatatactttgttaaaggtattt
180 taatttgtctttcttatagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNCtttgtgcattggcaaggcataagagaaaaaacaaagccatcatttgtaggccta
*************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 tttctttttctttttttttttgtaataaacaacttttaatattttaggacccaattaaaa
840 aataaattatttttattttttctctttttttgttttcattttcttttgttaaaatttatt
900 aatttctcatttcttttattctcctc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 783 0 0 0 483 0 271 2 0 0 23 0 4
Right 758 0 0 0 497 0 174 33 0 3 34 0 17
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000009, oripos=137701..137721 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 48 21 54.66 28.57 6.00 2.00 caaacacgttctttgaatttt
RIGHT PRIMER 305 20 54.89 25.00 0.00 0.00 ttttggtttttggttttgtt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 258, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tttcatattatatggtcaatatttcaaggttcccccccccccccaacccaaacacgttct
>>>>>>>>>>>>
60 ttgaattttttttaattagtggactaactaatttaaataaacttcaaagtttgaattgaa
>>>>>>>>>
120 ccgcgtgatacattccatatttaatcaccacttatattattacatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatataacacataaaaaccttgagtactatccctaacaaaaccaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<
300 ccaaaaaaagaaaaaattaaacttcttttcgaggccttcgttagctgatatttgtttagt
<<<<<<
360 cattcagatagtgattcacgtagagatgattgcaacatggagaaaaaagagaacagagaa
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 746 0 0 0 274 0 287 132 1 8 35 0 9
Right 782 0 0 0 194 0 395 120 0 18 27 0 28
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000010, oripos=149769..150396 strand=1 allelepos=201..828
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 26 20 54.85 35.00 4.00 3.00 ttatagggaacggatttcaa
RIGHT PRIMER 948 20 55.06 45.00 7.00 0.00 ctaaggtcctttgtttccct
SEQUENCE SIZE: 1028
INCLUDED REGION SIZE: 1028
PRODUCT SIZE: 923, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,647
0 gtcggttgtttttgttgttttactcgttatagggaacggatttcaagggcaacaaaggct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cctagaagatattttctttctattattgttttactcgttatagagagcggaattcttggg
120 aaacaaaggcccttagataggacttcatctatgaatagaagagattttctttctattatt
180 gttttactcgttatagagagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTggaattcaaggg
*********************************************************
840 aaacaaaggcccttagataggacttcatatatggcttgaagagatttcctttctattttt
900 gttttactcgttataacgaacggaatttaagggaaacaaaggaccttagatagtcatagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 acttcatctatgaatacaagagattttctttctaatagaactcatcactaaagttgctaa
1020 ctaattca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 98 0 465 232 0 10 0 0 50
Right 849 0 0 0 15 0 703 81 7 17 0 0 26
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000011, oripos=249623..255585 strand=1 allelepos=201..6163
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 93 20 54.84 35.00 6.00 0.00 gcatgcaattataacaacga
RIGHT PRIMER 6235 20 54.53 35.00 3.00 2.00 ttggattatgttttgtgtgc
SEQUENCE SIZE: 6363
INCLUDED REGION SIZE: 6363
PRODUCT SIZE: 6143, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,5982
0 atgtgtttgaagatgataacatggttttaatgtcaaacttttctataattgcatctctca
60 ccatcttctttgagccctctaacacttctctctgcatgcaattataacaacgatataatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 agtgtaatataacaagatagtacgaaacgaaaggagtatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatataataataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaatatatatatatata
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6300 actttcatatatcatcaccatgccaaaaagaaatttggccatttaatgcacgtgcttatc
6360 tag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 148 0 567 74 0 18 0 0 48
Right 832 0 0 0 353 0 287 121 3 12 7 0 49
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000012, oripos=268817..269372 strand=1 allelepos=201..756
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 51 20 54.97 40.00 4.00 3.00 acgtgcgaagaaaaactaag
RIGHT PRIMER 866 20 55.41 45.00 5.00 1.00 acatccgatccatgagtaga
SEQUENCE SIZE: 956
INCLUDED REGION SIZE: 956
PRODUCT SIZE: 816, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,575
0 aatataaaatcacgtaaattgaaacgtatagaatacttcgactgaaaagttacgtgcgaa
>>>>>>>>>
60 gaaaaactaaggacatcaactttaatttgaataatgcaacaaagatccattttcatagta
>>>>>>>>>>>
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180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatat
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840 ctagtattctactcatggatcggatgtccaatatattgcttgataattattttaagatct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 gattaatttaaattcacatgatcatattttgaattggacattgacgatgatctata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 353 0 404 57 0 6 0 0 35
Right 854 0 0 0 451 0 304 68 4 11 0 0 16
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000013, oripos=327854..330371 strand=1 allelepos=201..2718
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 144 20 54.98 50.00 3.00 3.00 atctctcgtccatcacagac
RIGHT PRIMER 2914 20 55.02 45.00 4.00 3.00 accaagacaagtcagcctaa
SEQUENCE SIZE: 2918
INCLUDED REGION SIZE: 2918
PRODUCT SIZE: 2771, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2537
0 tatatatttaagataataaaattataaaatattttgatatattttaatagtttttgttaa
60 aattttcttaaattttatatgaagtcaaatataataaataaattgaaatgaacgaaataa
120 taacgagtcaaccactatggaaatatctctcgtccatcacagacctcttataatgaatgt
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180 aggtacattagctgcctttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNTttttacttgaaagacaacttcatttagacttctattttattc
***************************
2760 caattctaatatttacattagaggcttgtgcacgtgacaacctgattttggggattggat
2820 taatataacttggtttcataataggaattgttgttggattgtcatttacttccgcacctt
2880 gttagatatttgattttaggctgacttgtcttggtggg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 490 0 289 43 0 6 0 0 27
Right 860 0 0 0 96 0 470 216 0 6 0 0 72
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000014, oripos=403370..404369 strand=1 allelepos=201..1200
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.85 40.00 7.00 0.00 aaagatcatctcttttcccc
RIGHT PRIMER 1238 20 54.96 40.00 6.00 0.00 aagtgcacctattttgagga
SEQUENCE SIZE: 1400
INCLUDED REGION SIZE: 1400
PRODUCT SIZE: 1069, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1019
0 atcttacataagaactgaaaaaacacaaaaagattgaaacaaacaaacaaaaagatggaa
60 aatttacaaagagatcatcttttttttcttctcctccttcttcagccttagtgactcaaa
120 aagattgagatttttattgaaaaattcaatgagttgtccaatatatatacaaagatcatc
>>>>>>>>>>
180 tcttttccccttaaaatgaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
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1200 aatggggttcttgaatttttcctcaaaataggtgcacttgtcttctatacaagtgttaat
********* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 ctttgtgtctttttgctactctctaacccccttttcttttccttcccactgttttctgat
1320 tttttgtaattttcccttcttcctttttccttttttaaggtggggggggggtagggggta
1380 tgtttgggggtgggggttgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 733 0 0 0 105 0 490 49 0 9 35 0 45
Right 708 0 0 0 26 0 368 196 0 7 47 0 64
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000015, oripos=413996..414495 strand=1 allelepos=201..700
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 130 20 54.74 40.00 5.00 3.00 tatatccgaaatcccagaga
RIGHT PRIMER 756 20 55.26 45.00 5.00 0.00 aaggtcctattacccctgaa
SEQUENCE SIZE: 900
INCLUDED REGION SIZE: 900
PRODUCT SIZE: 627, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,519
0 tgagaccaatatgataagatagaatagtctttttaaaaccccaaaattatggcgataatt
60 aatccggaattatgtgaaaatagagatccctatttaatatttaggataatgtccaagtat
120 cccctcaacctatatccgaaatcccagagacacacttatactatactaaggtcctattac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ccccctgaacttattttatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaggcaaaaaagggataaaaa
*************************************************
720 attacttataaaataagttcaggggtaataggaccttagtatagtataagtgtgtctctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 aaatttcgggcataggttgaaggggtattttccctaatatttatattaacttagcatatt
840 agtgtaaatcattcaaaaaataattgttgtatatataattaaatattaaatagttttaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 47 0 564 140 4 19 6 0 47
Right 845 0 0 0 348 0 340 119 0 6 5 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000016, oripos=447154..448117 strand=1 allelepos=201..1164
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 119 20 54.91 35.00 2.00 1.00 tgattgctgtttgttttctg
RIGHT PRIMER 1257 20 54.69 30.00 2.00 2.00 taaaacaaaaccccacaaat
SEQUENCE SIZE: 1364
INCLUDED REGION SIZE: 1364
PRODUCT SIZE: 1139, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,983
0 aaaggaagaaaatttgttaaaatttactcaattaggtgagttgttctgctgaagttattg
60 tacttgttctgtagtttgatgtatgtacagtttagttcttgatactgtgtttattcaact
>
120 gattgctgtttgttttctgcagtttaatgctttttgatttgtggggtttagttttcttga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ggttatgttgttctattgtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgtgtaaagtttggttcttgatactgtgtctattcaa
*********************************
1200 ttgatttcagtttgttttgtccagtttaatgctttctgatttgtggggttttgttttatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 gaagttattttgttctattctgtttaaagtttggttcttgatagttgatactgtgtttgt
1320 tcaatcgatttcgggttgttcgctgcagttgaatgtcttttgag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 69 0 622 91 0 11 0 0 62
Right 860 0 0 0 54 0 534 209 0 12 0 0 51
Pair Stats:
considered 17, high any compl 9, high end compl 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000017, oripos=457593..457613 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttgtaattttgatataaagtactagatattaagacttcctacttagttttggatatggaa
60 gtatttaacaaataacattagacttttcaaattcgatttgtattccgtcaaatctcaata
120 tgaacattgactatcgaaaaatcagaagaaaaaggaaacctcaaatactattatatatat
180 atatatatatatatatatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTattatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatattttgacagtttatttatttttattttttaattattattattattactgat
300 atttttcttaaaaaaaaccctcatctgattaataatgaagtcttttatcactttttatta
360 ttataatcactctgaaaaataaataagaattagcgacaaataaattttatagctaaaact
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 173 0 605 31 0 6 0 0 40
Right 815 0 0 0 549 0 254 0 0 0 12 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000018, oripos=462006..462026 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 54.87 40.00 3.00 0.00 ttatggcttcatcttcacct
RIGHT PRIMER 340 22 55.85 27.27 4.00 2.00 tgttttggcatacaaatatcaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 260, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tgaattctttgatcaatgaagacatgttcatgaattgccaaaatcaacaaatcaatggta
60 cattgcaagattttgatcattttatggcttcatcttcaccttcatatgatcaaaataatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcaagacaatggatgaataatgaaagaatgtttgattttatatatatatatatatatata
180 tatatatatacatacatatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatacatacatatgccttgttaattaattatcttcccatgtttatataaa
300 tataaattgaattcttatattgatatttgtatgccaaaacaattttttttttctcttggt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gattttctagatatactatattgtcttcaatttttaatgtgatgttcaatcttactcata
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 170 0 486 107 4 33 0 0 55
Right 808 0 0 0 315 0 466 1 0 7 18 0 1
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000019, oripos=576399..577303 strand=1 allelepos=201..1105
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 3 20 54.93 40.00 3.00 2.00 tccatcgcctgtaaaatact
RIGHT PRIMER 1182 20 54.98 45.00 5.00 0.00 aggaaggggtagattctttg
SEQUENCE SIZE: 1305
INCLUDED REGION SIZE: 1305
PRODUCT SIZE: 1180, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,924
0 atctccatcgcctgtaaaatactacaagtggccttcaccatcaaatcactattactacaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtcaccatctccaacaaaatattacaaatcacccgctccttctaaatactataaatctac
120 cccttactacaagtcccctccacctcccccatactacaaaaaatctaccccttactacaa
180 gtcccctccacctcacccatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCccccatactacaaagaatctacaccttcttacaag
**********************************
1140 tcccctcctcctccaccatactacaaagaatctaccccttcctataaatcacctccacct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 cccccatactacaaagagtctaccccttcatataaatcccctccccctcccccatactac
1260 aaagaatctaccccttcctataaatcccctccccctccaccatac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 14 0 454 243 0 10 17 0 59
Right 860 0 0 0 0 0 425 350 0 6 0 0 79
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000020, oripos=636419..637311 strand=1 allelepos=201..1093
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 134 20 54.59 35.00 4.00 3.00 aatcgaaacacggtcattat
RIGHT PRIMER 1260 20 55.09 35.00 4.00 0.00 attgcagagaaaaaggtcaa
SEQUENCE SIZE: 1293
INCLUDED REGION SIZE: 1293
PRODUCT SIZE: 1127, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,912
0 attactaaagtttcagtatatataaaattatgtcaaatatatgattgttgttagttatat
60 aacgcactatagaattgattgtctaacgtcccattatttatgaatgagctcgagcacaaa
120 aatcgtgtttattgaatcgaaacacggtcattatatatgataatcaatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNAaacatcactgtctatttcactgcaatattaagtgtataacaagaaga
**********************
1140 tatgtttttctctcactttatacaaaaacagaaacacgatatatacacttatgttgtata
1200 aagctagagaaaattgtatttcactgcaattgtataattcgttgacctttttctctgcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 tatttgaagtaaaatgtttgtaaattgtataat
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 843 0 0 0 271 0 414 104 3 25 0 0 26
Right 860 0 0 0 81 0 735 16 0 12 0 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000021, oripos=695834..697076 strand=1 allelepos=201..1443
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 159 20 55.46 35.00 4.00 0.00 aattcaaacaagccacaaag
RIGHT PRIMER 1565 20 54.99 45.00 5.00 0.00 ataggctacaggacacgaaa
SEQUENCE SIZE: 1643
INCLUDED REGION SIZE: 1643
PRODUCT SIZE: 1407, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1262
0 gtaggcaaagacacatttacaattttcgtgtcctatagcttatgaattttttttgattcg
60 gaaattacaacacaaaatcgctaaaaattttcattgacgtccattaagactttagaaatg
120 aaataagttcgtcccgcatgaaaaaatagtgcatttttaaattcaaacaagccacaaagc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaacaaagacaaatttttctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNTtttcatggacgttcgttaagaccttagagatggaacaagttcattccaccgggaaaa
************
1500 atggttcataacgagtccaagagtaggcaaagactgatttaccgattttcgtgtcctgta
<<<<<<<<<<<<<<
1560 gcctatgaatttttttgatccagaaattccaacacaaaatcgctaaattttttcattgac
<<<<<<
1620 gtctgttaagactttagaaatga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 751 0 0 0 78 0 416 128 5 36 31 0 57
Right 741 0 0 0 1 0 357 258 0 21 35 0 69
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000022, oripos=698833..699415 strand=1 allelepos=201..783
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 110 20 54.91 35.00 2.00 0.00 aagccacaaagcaaataaag
RIGHT PRIMER 933 20 55.10 35.00 5.00 2.00 gttggaatttctggatcaaa
SEQUENCE SIZE: 983
INCLUDED REGION SIZE: 983
PRODUCT SIZE: 824, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,602
0 agaaattacaacacaaaatcgttaaaatttttcattgacgtccgttaaaactttagaaat
60 aaaataagttcgtcccgcatggaaaaaatagtgcatttttaaattcaaacaagccacaaa
>>>>>>>>>>
120 gcaaataaagataaatttttctgattttcgtgtgctatagcctatagcccatgaattttt
>>>>>>>>>>
180 tttatttccaaaactcgaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNTtttcatggacgttcgttaagaccttagagatggaacaagttcatcccgtcgggaaaa
************
840 atggttcataacgagtccaagagaaggcaaagacagatttaccgattttcatgtacaata
900 gcctataaatttattttgatccagaaattccaacacaaaattgctgaatattttcattga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 cgtccgttaagactttagaaatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 764 0 0 0 202 0 298 153 10 30 25 0 46
Right 860 0 0 0 48 0 452 261 0 37 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000023, oripos=730888..731311 strand=1 allelepos=201..624
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 824
INCLUDED REGION SIZE: 824
TARGETS (start, len)*: 190,443
0 ttgactaataaaacttatctgattttaacagttggatgaggtagctattttctagaagat
60 aataggttattttaatttaattatgatatatatatacatacacacaatcaaataaattat
120 aaggaaaattaagtgtgtattttgatgtgtgtatgttgtatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatgttgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatataa
*********************************
660 ttgttggttagattataagtgagagataatttatttcgagattaataattaatatcgaat
720 aagttcctcttaagtcatataataatcctatcataaatatataaactgatgaatcatttt
780 ttattatttaatcacaagtcagagatgacttatctcgagataaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 390 0 449 2 0 6 0 0 8
Right 847 0 0 0 415 0 427 0 1 0 4 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000024, oripos=741743..742323 strand=1 allelepos=201..781
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 44 20 55.10 40.00 6.00 0.00 atgatcaaccaagcaatctc
RIGHT PRIMER 844 20 54.82 45.00 4.00 2.00 ttctagggtctgattaagcg
SEQUENCE SIZE: 981
INCLUDED REGION SIZE: 981
PRODUCT SIZE: 801, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,600
0 tttctttgtttgcaatgcaatatttatttatttttataaaaaagatgatcaaccaagcaa
>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tctctttcttatttcctttaatcttaatttacgtcaactaaactattgtttagtttgaat
>>>>
120 taatctggatgattaaccatcaaacttcatagtagtaattgtaaagtaataactaattaa
180 ttaatttgtactaataatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 Tatatatatatatatatatatatatatatatatatataattctatcgcttaatcagaccc
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840 tagaaatctcaaatttgagtcctatatatgaaaaagaatcttgatagaaaatgtttcact
<<<<<
900 ctaaatgaggctctacgcaacacgaatccatatataataatgtgtcaatgtgaatattga
960 aaaatgagtgagaaaccaaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 819 0 0 0 272 0 480 26 16 2 7 0 16
Right 860 0 0 0 140 0 592 81 2 4 0 0 41
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000025, oripos=895448..896237 strand=1 allelepos=201..990
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 21 54.47 28.57 5.00 3.00 atattgaaaaatcattcgtcg
RIGHT PRIMER 1175 20 55.13 40.00 6.00 3.00 tttcatcgaaatagggtcac
SEQUENCE SIZE: 1190
INCLUDED REGION SIZE: 1190
PRODUCT SIZE: 1135, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,809
0 ctcattaaaattcatcaaaatattaattattatgaaagaaaatattgaaaaatcattcgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cgaatatatttctaacgtatttttcattaagaatttcaacttttttatgaccctatttcg
>>
120 atcaaaatttaacaaaatattaattattatgaaaggaaatattgaaaaatcatttgtaga
180 atatgtttctaacctattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttgtagaatatgtttctaacctattttcat
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1020 taaaaatttcaactttttaatgaccctatttcgattaaaattcaacaaaatattaattat
1080 tatgaaagaaaatattgaaaaatcatttgtcaaatatgtttctaacgtatttttcatcaa
1140 aaatttcaacttttttgtgaccctatttcgatgaaaattcaacaaagtat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 807 0 0 0 497 0 264 12 6 11 14 0 3
Right 813 0 0 0 403 0 342 24 0 9 13 0 22
Pair Stats:
considered 3, high any compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000026, oripos=924899..925882 strand=1 allelepos=201..1184
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 55.12 45.00 4.00 2.00 gtcgaaatccagatcaccta
RIGHT PRIMER 1308 20 55.03 45.00 5.00 2.00 gaccagtctgacccatttta
SEQUENCE SIZE: 1384
INCLUDED REGION SIZE: 1384
PRODUCT SIZE: 1236, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1003
0 tggccttgatggccaatcgtatgcatagtcaaggtcttgatagacgtccacaaaaatttt
60 tggcttttttgacgtcgaaatccagatcacctaaaaaatggtgtgcgaaatggaggtatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cacgcttcgaggctcgtttgaccttgaaaatgggtcggactggaagtgagggacaaacgg
180 ctgcaaagccaaggtctttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttggcatttttagttc
*****************************************************
1200 gtaatatggatcaccccaaaaatggtgtgctatagcacacgaaaatcgacgtaatgaggg
1260 tatgcgcgcttaagggctcgtttgacctttaaaatgggtcagactggtcgtgaaggccaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 ccggctgcactgccaaggtcttgaaagacgtccaaatttttttttggcatttttgacatc
1380 gcaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 725 0 0 0 3 0 139 483 7 17 33 0 43
Right 787 0 0 0 13 0 144 541 8 27 18 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000027, oripos=1018889..1019282 strand=1 allelepos=201..594
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 20 55.10 45.00 5.00 1.00 ggctttaacaaaggggtagt
RIGHT PRIMER 645 20 54.18 45.00 2.00 0.00 aatgtgtgtgtgtgtgtgtg
SEQUENCE SIZE: 794
INCLUDED REGION SIZE: 794
PRODUCT SIZE: 641, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,413
0 ggtgtggctttaacaaaggggtagttgagaaaactagcataagattatcatgttttttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cgatttagagcaaatatatttatcattaaaaagtaatgtatatatacttatttactgtct
120 gataaacgaagtaaatttacacttttcattaactgatatatatatatatatatatatata
180 tatatacacacacacacacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatata
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600 tatatatatatatatatatatatatacacacacacacacacacatttactagattaaata
*** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 aaaatatattccaaaaatgacattttaattttaaacatatcatatgattttaaaaaatta
720 catcaggcatttttttaccagctcccctaacccgactaactaaaaaaactcgattcttct
780 tttattcagtcatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 807 0 0 0 370 0 374 24 0 3 16 0 20
Right 719 0 0 0 362 0 238 58 0 2 43 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000028, oripos=1030971..1031445 strand=1 allelepos=201..675
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 55.39 45.00 8.00 1.00 acgatcacttgatggtgact
RIGHT PRIMER 748 20 55.33 35.00 4.00 2.00 ggcattgaaattatgcaagt
SEQUENCE SIZE: 875
INCLUDED REGION SIZE: 875
PRODUCT SIZE: 719, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,494
0 ccctcatcaaccagggcgacttctttcgccacgatcacttgatggtgactgcaaaataaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 attgcagccaccactaacatcatgagcatcttcataattgccatttcttttttactaatg
120 aagtgtttatactatgaagagataataaccatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatataatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatta
************************
720 aatagatccacttgcataatttcaatgccatatagatccacgtgcataaaatattatttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 ttcgaaattgattaattaaatccattcctaactcttatattttatatattattttaaaat
840 tataagaaccattattcacaacaattttactataa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 805 0 0 0 186 0 273 274 1 16 16 0 39
Right 860 0 0 0 409 0 381 38 0 22 0 0 10
Pair Stats:
considered 5, high end compl 4, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000029, oripos=1053661..1054604 strand=1 allelepos=201..1144
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 119 20 54.88 25.00 7.00 2.00 tttcgaatggaaatttttgt
RIGHT PRIMER 1292 20 54.90 35.00 4.00 2.00 ttttggtgctcaaataggat
SEQUENCE SIZE: 1344
INCLUDED REGION SIZE: 1344
PRODUCT SIZE: 1174, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,963
0 aaaagggtaaatttcaactcgaaaatttataaacatttctatttaatagaatgttttttc
60 gaacggaaatatttatcagaaatttttgttttttatttatatttaactcgaaaatctatt
>
120 ttcgaatggaaatttttgttttttaagtatatatatatatatatatatatatattgtttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 taagtgtatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNAtatatatatatatatatgttttttaagttagtatatatatatatagtcatagtgta
*************
1200 aatttttttatattaaattatagtgaatataatttaattaaatcccgtcaataatacatg
1260 tagattatacctaatcctatttgagcaccaaaagattgaaatataataaataaataaata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 aaaaggacaaaataaatgcctaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 536 0 197 23 5 15 17 0 9
Right 855 0 0 0 503 0 295 27 0 3 2 0 25
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000030, oripos=1063470..1064153 strand=1 allelepos=201..884
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 55.23 40.00 3.00 3.00 aaagaacgaaaaccccttag
RIGHT PRIMER 927 20 55.00 35.00 4.00 0.00 agatgaattgagaaagccaa
SEQUENCE SIZE: 1084
INCLUDED REGION SIZE: 1084
PRODUCT SIZE: 815, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,703
0 gtttccagttatgaatatgtccctacccatatttgctgaaatagaaatctgaactctact
60 tctcttgtgttgatgagtttgacagggcgtcagcaaaacactgtcgtctgtttaaagaac
>>>>>>>
120 gaaaaccccttagcagcttgttggaggctgtgacgagaataggggatggtcctatgcaca
>>>>>>>>>>>>>
180 cacaacaacactcgatctatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaagttaagaagtcgaa
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900 tttttttgttggctttctcaattcatctatgctataactcgaggtgtgaagcaagtactt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 ctagttgttttgtttgaaaccccctagcagcccgtttgaggcagagatgatctgtgttat
1020 aactcgagggggtgaagcaagtactataacttgaggtgtgaagcaagtacttctagctgt
1080 gttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 0 0 382 378 2 17 0 0 74
Right 819 0 0 0 0 0 461 269 3 21 9 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000031, oripos=1069614..1070443 strand=1 allelepos=201..1030
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 10 20 55.00 35.00 5.00 3.00 attggaaagctgagattcaa
RIGHT PRIMER 1112 20 54.65 40.00 4.00 2.00 aagtttataggcgctcgtta
SEQUENCE SIZE: 1230
INCLUDED REGION SIZE: 1230
PRODUCT SIZE: 1103, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,849
0 aatttacctgattggaaagctgagattcaaaaaatcaacaatattcgtgagatctcagaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctcctataaaatcttgatagatattatccatttttgtcaatagatgtatcatctccttct
120 tccttatcagcaatttgtaaaatatttgaagttttttttgataaataatataaaataaat
180 aagaaaaagatagtttagatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNCcatacggataataaactgtaaaatattattataccaacaagataaaaaaa
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1080 aattcgaaacacctaacgagcgcctataaacttcaattttgaagttttttgatataaata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 taaaataaataagaaaaagatagtttagatccgtacggataataaactgtaaaatattat
1200 tataccaacaagattaaaaggaaattcgaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 804 0 0 0 266 0 445 37 7 14 15 0 20
Right 807 0 0 0 394 0 294 72 5 4 20 0 18
Pair Stats:
considered 5, high end compl 3, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000032, oripos=1140327..1141319 strand=1 allelepos=201..1193
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 55.34 35.00 4.00 2.00 aattttcttgcatggatacg
RIGHT PRIMER 1321 20 54.90 35.00 5.00 1.00 tcattgaaaaataggctggt
SEQUENCE SIZE: 1393
INCLUDED REGION SIZE: 1393
PRODUCT SIZE: 1292, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1012
0 gttgttgttgttattgtttcattagcttgtaattttcttgcatggatacgaaagtaggtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tataaatatgattatcaaatagctgaattgaattgaatattgactacttaaatttataac
120 ttcgattaaaaacattcgaagttaatcttgacagattataccatatacttatatatatat
180 atatatatataatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaattaat
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1200 atatatatatatatatatatatatatatatataaataaataatttttttttattcattaa
**
1260 aatcatcaaatacatggaccttccagaaggatattttttttaaccagcctatttttcaat
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1320 gaaattgttttacacgtgctctttaaagttattttttattttttagaaaaacagtatttt
<<
1380 agcatcataagtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 248 0 545 28 0 21 0 0 13
Right 795 0 0 0 423 0 259 47 3 9 21 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000033, oripos=1165900..1169020 strand=1 allelepos=201..3321
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 11 20 54.19 35.00 2.00 0.00 ccacccttgtttattgattt
RIGHT PRIMER 3483 20 54.65 40.00 4.00 0.00 aattatggacaccaaccatc
SEQUENCE SIZE: 3521
INCLUDED REGION SIZE: 3521
PRODUCT SIZE: 3473, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,3140
0 acactgtcgagccacccttgtttattgatttctcaatagaatgttaaatatgtatctcat
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60 ctaataattaataaaatataaatatgacatatgattattcagttttgaatctgacgttta
120 aaataaatattttgaaatgctaaaattaacttaaaatatatataatagaaatattttatt
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtgtctcgttgaatatttggatgttattacaaatgatttc
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3360 gtaaagtattgtattttttattatgttgtgttgtgttgtgttgtactgtgttgttttgat
3420 gaataaaacatatgagtggtttgaatatgttgaatctatatttggatggttggtgtccat
<<<<<<<<<<<<<<<<
3480 aatttcataacgtattgtattgtgttgtattacattatatc
<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 500 0 287 53 0 3 0 0 12
Right 854 0 0 0 126 0 647 41 0 6 3 0 31
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000034, oripos=1179623..1181164 strand=1 allelepos=201..1742
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 32 21 54.71 28.57 4.00 3.00 caaatgtttttcaagaggaaa
RIGHT PRIMER 1885 22 55.07 27.27 2.00 1.00 tttcttttctcccttttattca
SEQUENCE SIZE: 1942
INCLUDED REGION SIZE: 1942
PRODUCT SIZE: 1854, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1561
0 taagtaatgtcaactaaatagagtctatataacaaatgtttttcaagaggaaaaaataga
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60 tatttattttataataaaggtggtgacatacatttataactatgccatgaataacacatt
120 atttttttatattataatcattctaaacaacaattaatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NAaaaaaataataattaaacacagtcttaaatatctcatatgtgaatttattcgcttatc
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1800 attatctgaatatttgtttttttatttttgaaaaagatgaaatataaaaataaagagaga
1860 gaattgaataaaagggagaaaagaaaaaaaaatcttttgcgattatatttgtaaataaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1920 ttttttatagttaaagaaataa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 427 0 367 1 0 2 11 0 6
Right 810 0 0 0 407 0 372 0 0 5 17 0 9
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000035, oripos=1188182..1196378 strand=1 allelepos=201..8397
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 21 54.64 38.10 3.00 0.00 aaaaggttcatagtaagggga
RIGHT PRIMER 8479 20 54.98 45.00 4.00 2.00 catgatcctccgtaatgagt
SEQUENCE SIZE: 8597
INCLUDED REGION SIZE: 8597
PRODUCT SIZE: 8479, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,8216
0 aaaaaggttcatagtaaggggattattgagaataacatattagaataatttttattatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tagaaaaatataacaatatgaaatatataatataatataacacataaattaatttcacaa
120 aaaattatagccatcattataacaaaatattgttatgaaagagtgatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatc
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8400 aaacaaattgtaatgctaaatgctcaaaagtattgtgaatcacggtgagaagctccccta
******
8460 actcattacggaggatcatgagcttctcgtcgattttcttgaaaacctttgttggaccct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
8520 ccataatcatttgggatagtcgtatgtatagcctcaccatgatccagaacaaattttggg
8580 tatttaggagtcatttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 580 0 231 1 0 0 9 0 5
Right 860 0 0 0 0 0 406 326 0 45 0 0 83
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000036, oripos=1341249..1342078 strand=1 allelepos=201..1030
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1230
INCLUDED REGION SIZE: 1230
TARGETS (start, len)*: 190,849
0 atatatcatttttctatcaaagttcaaggtatattttaatttttttcatacataaattat
60 tttttgacttcttttattataattatttgagtttcttattcttattttgtttttttcttt
120 cattccttagtttaaagaaaaaaataaactattttttttgtgtattgtaatttaatttcg
180 tattcgaaaaaaaaatttggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 ttgactaggattaaatttactcatatgcgattatattttttagaaaaaaataataaaaat
1140 ttagattaaaattattatttttttcatttccgttagagaaaagggtatatgtgagccatt
1200 tgtttacaagtaagggtatagatgagccac
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 823 0 0 0 610 0 201 0 0 0 12 0 0
Right 795 0 0 0 350 0 357 23 0 12 22 0 31
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000037, oripos=1356229..1357112 strand=1 allelepos=201..1084
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 20 55.01 35.00 4.00 1.00 aatgaaatacaaccattgcc
RIGHT PRIMER 1152 21 54.13 33.33 3.00 1.00 tccttctggattatttcttca
SEQUENCE SIZE: 1284
INCLUDED REGION SIZE: 1284
PRODUCT SIZE: 1036, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,903
0 tattaaacatatcattcataaaaataagctacgtcataatacataacttgatagaattta
60 attaaattttattataaatatcgaatattaattttgaaatgaaaccatcgaaataataat
>>>
120 gaaatacaaccattgccataaacgataagccaaagttgtgaaataatgataataatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNTatatatatatatatatatatatatcctttgttttttctagtaataatttgaagaaa
************* <<<<<<<<
1140 taatccagaaggattataactacgtaatcagaatagatagttaatattaaaataataagt
<<<<<<<<<<<<<
1200 gaagtaattatcgtagtctgattaattagtttggatattagactgttcgtattcgtttat
1260 tttatcttgatatttgactcttct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 408 0 332 77 0 2 0 0 36
Right 827 0 0 0 294 0 520 0 0 0 9 0 4
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000038, oripos=1461059..1461804 strand=1 allelepos=201..946
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 137 20 55.09 40.00 4.00 0.00 attgtgattaccaaacgagg
RIGHT PRIMER 1031 20 54.97 40.00 4.00 2.00 ggttttcacaatcgctaaac
SEQUENCE SIZE: 1146
INCLUDED REGION SIZE: 1146
PRODUCT SIZE: 895, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,765
0 catatatatatatatatatatatatatatataaaagtatgtaattcatataatatattaa
60 ttaatctaatattatattgattaaatatatttttaaatttttttttttatgataaatggt
120 ggtagagatgtttagcgattgtgattaccaaacgaggaaggatagactagtgtagtgttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 actgatataacaaatcatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtaatctaatattgt
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960 attgattaaatatatatatttttaaaattatacgataaatggtagtagaaatgtttagcg
<<<<<<<<
1020 attgtgaaaaccaaacgaggaaggatagactagtgtagtattgacgaatgatggtaatta
<<<<<<<<<<<<
1080 taaattatacgttttatatatatatatatatatatatataaataaaagaaatcttagtaa
1140 ttggtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 505 0 249 49 0 11 4 0 31
Right 860 0 0 0 426 0 333 71 0 2 0 0 28
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000039, oripos=1560188..1564934 strand=1 allelepos=201..4947
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 160 20 55.15 35.00 3.00 2.00 aaacaccatcaccaatgaat
RIGHT PRIMER 5011 20 55.38 45.00 7.00 0.00 cttctcatcatgaatcccac
SEQUENCE SIZE: 5147
INCLUDED REGION SIZE: 5147
PRODUCT SIZE: 4852, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4766
0 atcatctcttgatctctaggcaatggaggtagctccatataattgttgcctaattgatca
60 tggttgataatattcacattattcatatttctataacgatcatcgtgaatatcactatga
120 tttattatattttgcttctcatcatgaatcccactaaaataaacaccatcaccaatgaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cgcgattctcgacctaaatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatttaggtcaagaatcgcgatttattggtgatg
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4980 gtgtttattttagtgggattcatgatgagaagcaagatattatgaatcatagtgatgttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5040 atgatgatcactatacaaatatgaataatgtggatgtcaataatattatcaaccatgatc
5100 aattaggtaacaattttatggagctacctccattgccttgtgaagat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 142 0 500 123 10 15 0 0 55
Right 841 0 0 0 32 0 666 92 9 13 0 0 29
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000040, oripos=1567592..1567612 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 54.60 35.00 5.00 3.00 tgagtcaaaagcaacttgaa
RIGHT PRIMER 355 20 55.05 40.00 2.00 2.00 gaggatttggttgtggttta
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 290, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aactcaaactcgaaaaacactcattcatgttcaatgtacttaaaaaagccaagcaaaaca
60 attggttgagtcaaaagcaacttgaacaaccaaagaaatattaagaaaatcaaccccccc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 accccacccacccctatatatatatatatatatatataaattaaaacacgagttaagaaa
180 gaagaaagaaattagaacatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtggtaaagttattataaag
****************************************
240 tttttattccatctttttttaataataaatttcatattttgccgtgtttttgactttttg
300 aatatttcttactattctccaactatttagtatatataaaccacaaccaaatcctctaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 ttccaaaaccaaaatactcatctaaagtctcaacaaatcttcatatttgtaactcccccc
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 745 0 0 0 163 0 365 124 0 19 33 0 41
Right 854 0 0 0 231 0 488 69 0 13 7 0 46
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000041, oripos=1579257..1580145 strand=1 allelepos=201..1089
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1289
INCLUDED REGION SIZE: 1289
TARGETS (start, len)*: 190,908
0 agcaatgcatgatacatatttaatcggggctctaatacggacatcacacactgaatatga
60 aaccaaaagaatcattttaaatgtataaaaaatattttttaatagaaaataattctgatg
120 aaggaaggttattgtctaattttctttatcaactcccatttatattagattatatatata
180 tatatatatatatatatattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNActatatacttattatatatatatatatatatatatatatatatatattaga
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1140 tggattaaaaatttgaaattcatagatttgaacaatattctcaaagttaacaatagtatc
1200 ttagttcaaattatataattataagtatttaatgaattttaataaaaataaaagacttgc
1260 ctttttatttatttcttacgtattattat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 300 0 445 63 0 4 0 0 43
Right 860 0 0 0 555 0 305 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000042, oripos=1590046..1590708 strand=1 allelepos=201..863
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 155 20 55.03 40.00 6.00 2.00 cttgatcaccatcaaaggtt
RIGHT PRIMER 1045 20 54.99 35.00 3.00 3.00 ttgtttttcatctggtgtca
SEQUENCE SIZE: 1063
INCLUDED REGION SIZE: 1063
PRODUCT SIZE: 891, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,682
0 aatttggtatattagcaatttatacaattggattcatttatagcttgtaaattattttaa
60 ccactaacattattagatgagatcaatagattatatcaacaaaactttataaagttgttt
120 ggttatttacttagtaaaaatacaaatatataattcttgatcaccatcaaaggttgtagg
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180 atggtaagtactaccttccaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatatat
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900 atatatatatatatatatatatataagcctccaaaatagaatcgtctctattggggagca
960 ttttacattttgaggtgagatttgtctatgtaaaattcgaatatagtcgaacttcaaaac
1020 aaatattgacaccagatgaaaaacaaaacttaaaaattcttat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 307 0 502 31 1 3 0 0 11
Right 860 0 0 0 253 0 473 76 3 8 0 0 47
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000043, oripos=1610651..1611213 strand=1 allelepos=201..763
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 52 20 55.06 45.00 4.00 1.00 gacatgaagaggaagatcca
RIGHT PRIMER 877 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ttaagggacgttttggacta
SEQUENCE SIZE: 963
INCLUDED REGION SIZE: 963
PRODUCT SIZE: 826, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,582
0 agaagctaaaatacataagaagctagtccatgccggaacttcaaggcatcaagacatgaa
>>>>>>>>
60 gaggaagatccagtccaagctagaagcattagctcaccctgaaatccgaagtaatgaaga
>>>>>>>>>>>>
120 ctggctagagttgcggttgagttgaagacggcggtatgtttgctgcactccacaatttaa
180 caaaaagaaacatacaagtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatttaacccattaatta
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780 attcaaggttatcccttttaaccatcacgtagttaaattattaacattaacccactaaat
840 ttataattatagcaggaatagtccaaaacgtcccttaaaacatttaaagaaatccgaccc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 agcctgggattacgcagcctgtgacgggccgtcgtgcctgcgacggtccgtcctgctgaa
960 tcg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 3 0 279 481 0 13 0 0 79
Right 860 0 0 0 101 0 355 361 0 12 0 0 31
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000044, oripos=1615874..1621034 strand=1 allelepos=201..5361
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 20 20 54.92 40.00 4.00 2.00 ccacaatccaccaaattact
RIGHT PRIMER 5441 20 54.82 45.00 4.00 2.00 aatctggaagtcatcaccac
SEQUENCE SIZE: 5561
INCLUDED REGION SIZE: 5561
PRODUCT SIZE: 5422, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,5180
0 tattacccaatttgtggactccacaatccaccaaattacttaccttcactctcctattct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 catccacatgtaaccttttttttttacaaaattatttcttaataggcacctttttttttt
120 aaacaaaacacaataattgttacttaataatcttgatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatataatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtcttatgtatttttagcttttagaatactcttagcttag
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5400 tcatttgatcgtagatgttcttgtggtgatgacttccagattttggggataataatagtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5460 attgattttattaatgagttaagtcttccgcattactttctgttgatattatattgaaat
5520 gttaaggtttagattggttggttcgctcacataggagggta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 765 0 0 0 373 0 276 57 6 7 21 0 25
Right 860 0 0 0 158 0 469 157 0 26 0 0 50
Pair Stats:
considered 8, high end compl 5, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000045, oripos=1630883..1630903 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 131 20 55.12 40.00 3.00 1.00 tattttcaacagccgagagt
RIGHT PRIMER 355 20 55.26 35.00 5.00 2.00 aaaaaggatttcttgaagcc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 225, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aaatgtatagcgtcacatcattttaaaagtaatgtatataattcgcgatataaatattaa
60 acgatgaaattaaaatgtatatctctcataaattctcagaggagagaataagattattca
120 agctcaaacgatattttcaacagccgagagtaaatttcatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatataataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaattactatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatataaatcaaatcaattatatatctactcaccaaaga
300 ttcctcagtggccttagaaccaagaacacttttaaaggcttcaagaaatcctttttcctt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gtctttggagccctcaccaattgcttgaaaatattcactttcaaaacctacaaaagagtt
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 300 0 464 41 0 20 0 0 30
Right 859 0 0 0 218 0 354 208 5 27 0 0 47
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000046, oripos=1634519..1636240 strand=1 allelepos=201..1922
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 54.98 35.00 4.00 0.00 aaatatgtgtcattgtgcga
RIGHT PRIMER 2068 20 55.14 40.00 5.00 2.00 tcgctattttaacgaagctc
SEQUENCE SIZE: 2122
INCLUDED REGION SIZE: 2122
PRODUCT SIZE: 1956, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1741
0 ttgagcatctagcttttcctatattgatctttcataatgagaaggataactagcattatt
60 tgcgaactgagtcttataatgattatattagatgggtactaagttcaaatataaaatatg
>>>>>>>
120 tgtcattgtgcgaggctttctggaaaaaatcgtgtgggcgtgggtcgcgtgacctaaaga
>>>>>>>>>>>>>
180 gaatagtatgattgtcacgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NCaaaacgactaaacgggtcattacaatgatcgatagtacgttaaaaagtatattttagg
***********
1980 gttggttaacctctgagaactagtatcagagtcaataatttaacactacgagcacaaaaa
2040 gttagctacgagcttcgttaaaatagcgatgaatgttcagtcacgtggatgatacaaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2100 aactcgaaattgaccatattta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 101 0 462 189 1 4 17 0 23
Right 860 0 0 0 27 0 636 88 0 47 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000047, oripos=1640266..1640814 strand=1 allelepos=201..749
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 15 20 55.51 45.00 3.00 3.00 ccaggatacaccaaaatctg
RIGHT PRIMER 865 20 55.74 40.00 3.00 0.00 ccttggtttttaggattggt
SEQUENCE SIZE: 949
INCLUDED REGION SIZE: 949
PRODUCT SIZE: 851, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,568
0 atgcatcttgacgtaccaggatacaccaaaatctggtaagattcataatattaattacta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaatatgtctaagttattagctcctaaactattaggatttatgtaaggtttcctttttaa
120 tttatttcttttaagtagataaaagaatattttcttttaaattatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttttactgtaaaacacatttttatgattttt
**************************************
780 taaataaaatttaaataagaaattaattgatgtttttttaaatcaaactattagatcata
840 gacataaccaatcctaaaaaccaaggacattttaattttataagactttttatcaaattg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 ttcaaagagtagtgtactaaatagaattaataaatgaaatgaagtacca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 443 0 356 35 0 4 0 0 17
Right 858 0 0 0 492 0 340 11 0 0 1 0 14
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000048, oripos=1693242..1694736 strand=1 allelepos=201..1695
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 54.73 40.00 3.00 3.00 agaaaaatcatcagagcagc
RIGHT PRIMER 1795 20 54.88 45.00 6.00 3.00 caaagtgccctaggctatta
SEQUENCE SIZE: 1895
INCLUDED REGION SIZE: 1895
PRODUCT SIZE: 1683, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1514
0 atcctgttttaggatggtatttaatccactttgaaagtgcgtgttggggggttggggggc
60 aggggggggggcaagtctgaggggatacttataccttttacggctttaccgtaagaaaaa
>>>>>>>
120 tcatcagagcagcgaagccttttatcttgttgagcatggtggctcttttaatcctcaatc
>>>>>>>>>>>>>
180 tgtcatgacccaaaaatggaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNCtccctttcttttcttttcttacctgcatattttttttttccagat
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1740 cgttctctttctgtttctttaagccatgcggctttttaatagcctagggcactttgcccc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 ctttttttattattattttatgaatttatttaattaattccttttccatttttttaaatt
1860 atatatgtattaaaagtaacactttctaataacct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 749 0 0 0 57 0 352 250 5 14 27 0 44
Right 720 0 0 0 293 0 202 154 2 8 40 0 21
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000049, oripos=1710149..1711313 strand=1 allelepos=201..1365
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 34 20 54.85 40.00 3.00 0.00 atcttttctgatttccctcc
RIGHT PRIMER 1432 20 54.32 35.00 4.00 0.00 aaaggagaaaattaaagggg
SEQUENCE SIZE: 1565
INCLUDED REGION SIZE: 1565
PRODUCT SIZE: 1399, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1184
0 ctctcccatttaattttttttctctcttatggttatcttttctgatttccctccaacctt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caagttgcaaatatttttttgtcatatattttggttgtttttttaatccaaaattgaatc
120 aacaagaatccctttgattaaggtatctctaatctttatcctattttcagatttcttttc
180 taattttatttttgtttaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTataattgatgagaaa
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1380 attaaggatgcttgcctttttttgaaatattcccccctttaattttctcctttttgttat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 taaataattatattcataaataaaaataaataataaaaacatacataacaaactaaaatg
1500 acatttttactaaatattgaagttgttgctaatgagtcctcttaaatgctaaaatattga
1560 cattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 768 0 0 0 167 0 426 96 0 14 33 0 32
Right 743 0 0 0 371 0 294 20 0 6 32 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000050, oripos=1753828..1755833 strand=1 allelepos=201..2206
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 68 20 55.05 35.00 5.00 1.00 attcatggttgaaagtttgg
RIGHT PRIMER 2391 20 54.94 45.00 4.00 3.00 ggatattgatgctctgcttc
SEQUENCE SIZE: 2406
INCLUDED REGION SIZE: 2406
PRODUCT SIZE: 2324, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2025
0 ccaactccagtgtaaatcgttgtagtcggtcgctccccaaggttccacagttactctcaa
60 acacgtgtattcatggttgaaagtttggagttgcacaaaaacaattgatcgggtatccac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aatagggagaatgattattttagccaataaagaaattggtgaaggagatagtgaatgaaa
180 gaaaggacatttgtttatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtcggatgtgttcct
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2220 agacaaaaatatttttcatgaaaaatatttttccatcgtaccgaccactcatctcataca
2280 accgtctcttaatcttaatgtctttggttatgtgcttgactaattctactatgtggacca
2340 aaccaaagacatacaaactaagtaccttagtagaagcagagcatcaatatcctaaaagta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2400 tgacag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 11 0 451 281 0 30 0 0 82
Right 859 0 0 0 84 0 592 115 3 13 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000051, oripos=1760360..1761965 strand=1 allelepos=201..1806
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 124 21 54.70 42.86 5.00 2.00 gggagaatgattagttaagcc
RIGHT PRIMER 1943 20 54.86 50.00 2.00 0.00 gtatgagatgagtggtcggt
SEQUENCE SIZE: 2006
INCLUDED REGION SIZE: 2006
PRODUCT SIZE: 1820, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1625
0 tgaatacactaatatgtagctcggatacattacagagtattcgcatgcattataacataa
60 atcagatacataatatgtagctcaaatacattaaaaactagtccggatacattatataat
120 aatagggagaatgattagttaagccaataaaaaaaaggtgaaggagatagtaaatgaaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaaaggacatttgtttttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNGagattaaaggtgttaaactaatgttaaccaaaatctatactttgctgcaaaagt
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1860 tgctcaacttatcggatgtgttcctagacaaaaatatttttcatgaaaaatatttttcca
1920 tcgtaccgaccactcatctcatacaaccgtctcttaatcttaatgtctttggttatgtgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1980 ttgactaattctactatgtggaccaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 790 0 0 0 65 0 670 13 0 16 19 0 7
Right 840 0 0 0 88 0 546 132 12 21 0 0 41
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000052, oripos=1782958..1792427 strand=1 allelepos=201..9670
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 55.22 35.00 4.00 1.00 ttgtgcaaaccattaactca
RIGHT PRIMER 9717 20 55.06 45.00 4.00 0.00 gacatgaggaagaagatcca
SEQUENCE SIZE: 9870
INCLUDED REGION SIZE: 9870
PRODUCT SIZE: 9668, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,9489
0 taggtaagaaattaagttgaagttcgaatgttttattatgttatgttttcttgtgcaaac
>>>>>>>>>>
60 cattaactcatgataaaatgtcgtgtttgtgttatctttttataattgtttgataagttg
>>>>>>>>>>
120 ttgctatgttgaatgtgatattatgctaaacttgatcagtcgaacgtctatcgaaatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
9060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9660 NNNNNNNNNCagggtgagctaatgcttctagcttggactggatcttcttcctcatgtctt
******************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
9720 gatgacttgaagttccggcatggactagcttttacttgttttagtttttagaatactctt
9780 agtttagtaattggatcatagatgttcttgtgatgatgacttccagattttggggataat
9840 aatagttattgattttattaatgagtttaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 158 0 590 50 0 22 0 0 35
Right 860 0 0 0 130 0 479 188 2 13 0 0 48
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000053, oripos=1796266..1796797 strand=1 allelepos=201..732
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 55.16 35.00 3.00 1.00 ccaaccctattgaaaatgaa
RIGHT PRIMER 916 22 55.56 40.91 4.00 2.00 ttgagactttaggagtcaccat
SEQUENCE SIZE: 932
INCLUDED REGION SIZE: 932
PRODUCT SIZE: 846, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,551
0 cgaactgatgtacgattatacacttattatacataaattatatatataataagtttttga
60 tctttttttacccaaccctattgaaaatgaaaagatctacaagctagacatttatcatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcgagctatttttaatttaagcagttaaacaaataaaaatacaatctatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatataataacataccaatttgac
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780 tcttcttcttttaagtcttctcttttatttcctttcttacaacttatattttaatccata
840 tgatataagattaattaaacagattaaaaaaaagttattttaaaaatattatagtatggt
<<<<<
900 gactcctaaagtctcaaattcaacaagaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 806 0 0 0 398 0 365 17 0 1 15 0 10
Right 860 0 0 0 417 0 435 1 0 2 0 0 5
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000054, oripos=1974088..1974872 strand=1 allelepos=201..985
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 39 20 55.08 35.00 4.00 3.00 tggacagtttgttgttcaaa
RIGHT PRIMER 1150 21 54.94 42.86 4.00 0.00 gtctattgcgtgataagatgg
SEQUENCE SIZE: 1185
INCLUDED REGION SIZE: 1185
PRODUCT SIZE: 1112, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,804
0 ttttatatttgttaattgtggaatgcaattaatgcaatgtggacagtttgttgttcaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 catatgattctaaagaaattggccccatgaaaagaaagagggggtaggtgggggtatact
120 acatttatttatatgtattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttatattattattatatatatatatatatatatat
**********************************
1020 atatatatatatatatatatatatttcaaatttgaaattgaatacaacataccatcatca
1080 aatagtctcataaattgaaagacgaattgatacatatggacttacatcatccatcttatc
<<<<<<<<<<
1140 acgcaatagacatcttatgttgcggtaagtatactatgatgccat
<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 317 0 255 226 0 29 0 0 28
Right 860 0 0 0 275 0 532 23 0 11 0 0 19
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000055, oripos=2036580..2037287 strand=1 allelepos=201..908
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 21 55.23 38.10 8.00 2.00 tcgatcaatcgatagacattc
RIGHT PRIMER 992 20 55.86 40.00 4.00 2.00 aatcgtatgaacgcaaggta
SEQUENCE SIZE: 1108
INCLUDED REGION SIZE: 1108
PRODUCT SIZE: 944, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,727
0 aaaaattcaaacataaaattatttaatttttatctgtgaagtcaaaagatcgatcaatcg
>>>>>>>>>>>
60 atagacattcttaccaagacagtattaatcaagaatctttacaactcaatatacaaattg
>>>>>>>>>>
120 gacattgaaaatatctacgacttaacttgaaattctacaaattacttttatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNActttattatatatatatatatatatatatatatatataataaaaaagatagt
*****************
960 ctgatacataaagtaccttgcgttcatacgattcaaaaaaggcctatatatcctaaatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 cattgtgataaacataatgtgtacaacacaagagaacaacttaataatattgatttattc
1080 aaaaaattattttccaaaaactatagta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 241 0 568 14 8 12 0 0 6
Right 781 0 0 0 331 0 377 29 0 10 23 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000056, oripos=2063835..2063855 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 55.09 35.00 4.00 0.00 tggatttcttgcactttctt
RIGHT PRIMER 402 21 55.10 33.33 3.00 3.00 cgtttttggtaagtttcaatg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 345, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttatattattgttgttgctacttccatataaatgactcccaatgccactcaaacttggtg
>>
60 gatttcttgcactttcttgtgccaatgcatcacaaaaggctctatgagtgatgaaactgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cacgcctgcatatttaagttatatatactgtcagtatatcgtattatatatatatatata
180 tatatatatatatattacgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtattatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatattacgatcaattcaaaaagaaaaataatcaatctagacttggacta
300 tttattaaagaagtagagtcttgtgaaaagaatgttttagtcaagtagagagtagaattt
360 ttttttagacaattgattacaccattgaaacttaccaaaaacgtcaataataaacacaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 136 0 343 308 0 9 0 0 59
Right 830 0 0 0 219 0 569 6 0 3 12 0 21
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000057, oripos=2066003..2067059 strand=1 allelepos=201..1257
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 118 20 54.99 40.00 6.00 2.00 attagtaccaaaatgggggt
RIGHT PRIMER 1383 20 55.55 35.00 3.00 0.00 tttttggcatttagacttgg
SEQUENCE SIZE: 1457
INCLUDED REGION SIZE: 1457
PRODUCT SIZE: 1266, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1076
0 aaatagatatccataaattaatttatttttttaaaaaaacttatattattcatattcatc
60 atattaataaattaaaacttttaaacgagacagttaatactatatcacatgattgtttat
>>
120 tagtaccaaaatgggggtaaaaaaaacctcattttttatctatatatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTata
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1260 ttatattatattattatatatatatatatttttttaatttttttttttttggttttcttc
******
1320 tctctctataactatttttcaatctcatttataccacctatatcccaagtctaaatgcca
<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 aaaaaaaaaaagagaaagaagattaacataaatgtcaaaagagggaatcataactttgag
<<<<
1440 agggtaagtttagggat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 781 0 0 0 494 0 237 14 0 3 21 0 12
Right 781 0 0 0 240 0 457 24 0 4 25 0 31
Pair Stats:
considered 5, high end compl 3, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000058, oripos=2082530..2083112 strand=1 allelepos=201..783
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 20 55.01 25.00 8.00 2.00 aattaattttgaaatccgca
RIGHT PRIMER 955 20 55.88 40.00 5.00 1.00 aaaacaagtggccttattcc
SEQUENCE SIZE: 983
INCLUDED REGION SIZE: 983
PRODUCT SIZE: 853, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,602
0 atcagtctatacacaaataaaaacaaattttttggattagaaataattaatactcgagtt
60 gaaataataacaatactgataatattaactataataatatataaattaattttgaaatcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gcacaatttatgcaattaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNAtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
************
840 atatataatttgtcttatgtatttagtacattaattttttattattagtaacaatgaaca
900 taaaaatagcaaaaaaaaaaagtattaatatggggtggaataaggccacttgtttttttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tcattttacatatgataatatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 593 0 167 56 1 7 4 0 13
Right 821 0 0 0 617 0 133 46 0 2 14 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000059, oripos=2088728..2088748 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 74 20 54.90 35.00 5.00 0.00 ttctggcattaaatcacctt
RIGHT PRIMER 326 21 54.98 33.33 5.00 1.00 tttgttagaaaaagtggcttg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 253, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttgtggtttgtaattgaccctagtcctcatattccttttaattacttttcaccctcttta
60 atttcttctaatttttctggcattaaatcaccttttataatttaaaaatcttagaaaaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taatcatttatgtaataataaatatatatatatatatatatatatatatatataagtata
180 ttttattataataaaataatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAataataataataataataa
****************************************
240 taatatatatatatatatatatatatatatatataaaagtcatttttattataataaaaa
300 taaatacaagccactttttctaacaaagaatgcatcaatgtttttctaacagagaaagaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 tatattaattctaaattgtaaaattaaaaatatatatgaaactcctttccttatgatata
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 485 0 316 18 0 1 0 0 35
Right 860 0 0 0 503 0 324 5 0 16 0 0 12
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000060, oripos=2091858..2092431 strand=1 allelepos=201..774
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 9 20 54.51 35.00 5.00 3.00 tttcaaatgctgaactctca
RIGHT PRIMER 917 20 55.01 40.00 6.00 2.00 tttcttgcaactaaagaggc
SEQUENCE SIZE: 974
INCLUDED REGION SIZE: 974
PRODUCT SIZE: 909, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,593
0 tttctaaattttcaaatgctgaactctcaccaataaaaggactctactttttagcattct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tctcctcacgagcagaacaccgtagatacaatattaatataatcatatcaaaataggtga
120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatataataataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatat
************************************************************
780 atatatatatatatatatatgatttaaataaatcaaaacctaaaatattaaaaaagcaat
***
840 aagacaaatttatccctccattagcttagtggaattgctgtccaatcatataacatatgc
<<
900 ctctttagttgcaagaaaattataatcaacttagttattagtacaacctttgtagacatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tgtcaaaagaatgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 407 0 306 92 1 9 0 0 36
Right 838 0 0 0 270 0 450 57 2 25 7 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000061, oripos=2239387..2240528 strand=1 allelepos=201..1342
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 51 20 55.03 30.00 4.00 0.00 tgaattgcatgttgtttgtt
RIGHT PRIMER 1375 20 55.13 40.00 6.00 3.00 gttcgaattcccacattcta
SEQUENCE SIZE: 1542
INCLUDED REGION SIZE: 1542
PRODUCT SIZE: 1325, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1161
0 gttaattagctgagttattaagattcttatttaaaagttttgattttttcttgaattgca
>>>>>>>>>
60 tgttgtttgttttagttatggagttaagtgataataagattcaccattactctctctctc
>>>>>>>>>>>
120 tctctttttggttcttaaatttgtttggaatctcagatctttatgttaaagttccaatct
180 tttgagaaattggtgtatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGggggggggggggattagaatgtgggaattcgaaccctc
******************************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 agtaataaggtgaaagttcgtattgttaatcaactgagttattaagattttcattttaaa
1440 agtttcaatcttttcttgtattgcatgtttttttagctgtggagttaagtgcttgatatg
1500 tttggaatctcagatctttatgttaaagttccaatcttttga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 820 0 0 0 122 0 637 16 0 6 12 0 27
Right 798 0 0 0 102 0 559 68 0 15 18 0 36
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000062, oripos=2267710..2268390 strand=1 allelepos=201..881
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 48 20 55.01 35.00 2.00 0.00 aacgaagaggaaaaacacaa
RIGHT PRIMER 945 20 55.06 45.00 4.00 1.00 tactatgtgtcggaacgtga
SEQUENCE SIZE: 1081
INCLUDED REGION SIZE: 1081
PRODUCT SIZE: 898, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,700
0 aaagaaaagaacagaaagagagagaaggagaattgatagagagagacgaacgaagaggaa
>>>>>>>>>>>>
60 aaacacaaggctttgggaaattcttgcttgatcactagtcttaggtggaggtaggttatg
>>>>>>>>
120 gtttttcttacgatattcgtagtaaactcttaatagcgaatgatatgtattaataatatt
180 gtaaaccctgctatgtgcttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgatcgggtgtcacgaactg
**************************************************
900 acacgtagatttaggggatcggagtgtcacgttccgacacatagtagtaggggatcggag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tgtcacgtaccgacacaagaggattaatgaatatgagggagcggagtgtcacgtaccgac
1020 acaagagaaataaagataaagaatcttgaaagatgttaatatactcaatctaatgaacat
1080 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 60 0 595 141 0 13 0 0 46
Right 860 0 0 0 37 0 392 344 0 25 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000063, oripos=2276604..2277158 strand=1 allelepos=201..755
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 20 55.26 45.00 4.00 0.00 aagttaaaagctggggtagg
RIGHT PRIMER 794 20 54.84 35.00 5.00 2.00 aaacagttatgcgtttggat
SEQUENCE SIZE: 955
INCLUDED REGION SIZE: 955
PRODUCT SIZE: 755, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,574
0 ataacttattttaagttaaacaaaacttattttaagccaaaagttaaaagctggggtagg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggtgtttttttttttaacttataagttgttttaagttgaccatatttttatgttttttcc
120 cttaatatttttatacaatctccaagttacccatataactctaacatctctttcttctat
180 ttttctcttttcacgttttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCataacaacttcagcacttttatcca
******************************************** <<<<<
780 aacgcataactgtttattttaaaaataagtttcagcactttcaaaagtacttttttaaag
<<<<<<<<<<<<<<<
840 ctgcttttattaatcccatccaaacgggcccttagtagatagttttacggtatgattttt
900 cttattagtggtattggtattttctcactctcactttattattatttcttattat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 769 0 0 0 252 0 416 61 0 2 25 0 13
Right 813 0 0 0 127 0 521 106 2 13 16 0 28
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000064, oripos=2321106..2322491 strand=1 allelepos=201..1586
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 20 20 54.96 35.00 5.00 0.00 ttaaaggacctccacaaaaa
RIGHT PRIMER 1701 20 55.89 40.00 7.00 2.00 cattttgaaggtcaaacgag
SEQUENCE SIZE: 1786
INCLUDED REGION SIZE: 1786
PRODUCT SIZE: 1682, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1405
0 ccatctgcatagccaaggtcttaaaggacctccacaaaaattggcatttttgaagtcgga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 attcggatcacccaaaaatgatttgctatagcacgtgaaaaatatttgaaatggttgtat
120 gcgcttcagggctcgtttgactttgaaaatgggtcggactggccgtgatggccaactggc
180 tgcatatgaaggtcttgacgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttttggcattcttgacgtcggaatccagatcacc
***********************************
1620 caaaaaatggtttgctatagcacacgaaaatcgtcaaaatggggggtatgctcgctttgg
1680 ggctcgtttgaccttcaaaatgggtcggactatccgtgagggccaaccggcttcatagac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 aaggtcttaacggacgtccacaaaaaaatttggcatttttgacatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 11 0 203 534 20 27 0 0 31
Right 670 0 0 0 3 0 104 463 8 14 52 0 26
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000065, oripos=2495843..2496050 strand=1 allelepos=201..408
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 608
INCLUDED REGION SIZE: 608
TARGETS (start, len)*: 190,227
0 tagaattaaaaaaagggaaaagggtctaatatacccctcaactttgtcatttagagctga
60 tatacctctcgttataaaagtggctcatatatatccctacttgtaaataaatggcccaca
120 tatacccttttcctctaacggaaatgaaaaaaataataattttaatctaaaattttatta
180 ttttttctaaaaatataatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtacactaatatt
*********************************************************
420 cttgtaaaacttattatagatgaccaaattttttcttcgaatacgaaattaaattacaat
480 acacacaaaaaatagtttaaattttttttctttaaattaaggaatgaaagaaaaaacaaa
540 ataagaataagaaactcaaataattataataaaagaagtcaaaaattaatttatatatga
600 aaaaaata
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 796 0 0 0 164 0 466 81 6 12 20 0 47
Right 744 0 0 0 529 0 181 0 0 0 34 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000066, oripos=2498273..2498944 strand=1 allelepos=201..872
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 61 20 55.10 45.00 4.00 0.00 tccgataccaggatagaatg
RIGHT PRIMER 1018 20 55.12 40.00 5.00 3.00 atgcggaagacttaaactca
SEQUENCE SIZE: 1072
INCLUDED REGION SIZE: 1072
PRODUCT SIZE: 958, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,691
0 tatatgaggatcggagtgtcacgttccgacaccaggatagaatatggatcgggtgccaca
60 ttccgataccaggatagaatgaggatcggagtgtcacgttccgacaccaggatagaatga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ggatcggagtgtcacgttccgacaccaggatagaatgaggatcggagtgtcacattccga
180 caccaagatagaatatgaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtggcatggactagcttttatgtattttt
*****************************************
900 agcttcttagaaactcttagatttagtaatttgaagtagatgttcttgtgatgatgactt
960 ccagattttggggataataatagttattgtttttattaatgagtttaagtcttccgcatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 actttatgttgttattacattgaaatgttaaggtttagattggttagttcgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 0 0 153 603 1 21 0 0 73
Right 860 0 0 0 164 0 598 51 0 12 0 0 35
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000067, oripos=2558158..2560700 strand=1 allelepos=201..2743
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 90 19 55.10 47.37 8.00 2.00 cgtctatgcatacgattgg
RIGHT PRIMER 2907 20 55.80 35.00 4.00 2.00 tttttacgttggaatctgga
SEQUENCE SIZE: 2943
INCLUDED REGION SIZE: 2943
PRODUCT SIZE: 2818, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2562
0 ttttcgtgtgctatagcacaccattttttgggtgatccggattccgacgtcaaaaatgcc
60 aaattttttcgtggacgtccgtcaagacctcgtctatgcatacgattggccatcacgact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttccgacccatttggatggtcaaacgagccccaaagcgagcatacccctcatttcgccg
180 attttcgtgtgctatagcacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtggacgtccgtcaagac
****************************************************
2760 cttgtcaatgtatacggttggccatcacagcttgtccgacccatttggaaggacaaacga
2820 gccctgaagcgagcatacccctcatttcgacgattttcgtgtgctgtagcacaccatttt
2880 ttgggtgatccagattccaacgtaaaaaatgccaaattttttcgtggacgtccgccaaga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2940 cct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 732 0 0 0 1 0 53 608 6 14 34 0 16
Right 683 0 0 0 7 0 67 509 4 20 47 0 29
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000068, oripos=2562786..2564321 strand=1 allelepos=201..1736
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 102 20 55.29 45.00 8.00 1.00 ccttgtctatgcatacggtt
RIGHT PRIMER 1903 20 54.50 25.00 7.00 1.00 aaaaatttggcatttttgac
SEQUENCE SIZE: 1936
INCLUDED REGION SIZE: 1936
PRODUCT SIZE: 1802, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1555
0 cccttatttcgacgattttcgtgtgctatagcacaccattttttgggtgatccgaattcc
60 gacgtcaaaaatgccaaattttttcatggacattcgtcaagaccttgtctatgcatacgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttggccgtcacagattgtccgacccatttggaaggtcaaacgagccccgaagcaagcata
>>
180 ccccttatttagacgattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtcaa
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1740 gaccttgtctatgcatacggttggcaatcacggcttgtccgacccatttggaaggtcaaa
*****
1800 cgagccccgaagcgagcatacccctcatttcgatgattttcttgtgctatagcacaccat
1860 tttttgggtgatccggatttcgacgtcaaaaatgccaaattttttcgtggacgtccgtca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1920 agaccttgtctatgca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 726 0 0 0 1 0 111 516 8 23 34 0 33
Right 725 0 0 0 1 0 100 543 12 9 33 0 27
Pair Stats:
considered 5, high any compl 2, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000069, oripos=2898344..2898438 strand=1 allelepos=201..295
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 112 20 55.28 40.00 4.00 2.00 agttgacatttctgtttggc
RIGHT PRIMER 464 20 54.42 45.00 3.00 2.00 gagggagagttgaagtttga
SEQUENCE SIZE: 495
INCLUDED REGION SIZE: 495
PRODUCT SIZE: 353, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,114
0 tagcattgtaaacaaaatccagctaacaattttttatgacttagaccatctttaattata
60 taaaaagaataagataatatttctctcaatttatcttttaaatatttgttcaagttgaca
>>>>>>>>
120 tttctgtttggcacttattgagtttttttttgtctaattttatgcacatatatagaattt
>>>>>>>>>>>>
180 agtgagtcaaattttaatgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgttaa
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300 tcaaatgttgttaattattgacattgacaatactttttatgtggttttcaaaacgatgac
****
360 tgattaattatttttacatttaaatttcaaaactaatgtcgtaataaagaacaaatatat
420 ttttctcaaggagtatgagttagggtcaaacttcaactctccctctttctttaatcagtc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 gaaatttaccgctaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 764 0 0 0 302 0 370 27 0 6 31 0 28
Right 844 0 0 0 187 0 572 35 8 6 0 0 36
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000070, oripos=2903600..2905448 strand=1 allelepos=201..2049
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 91 21 55.24 28.57 8.00 3.00 aatccaattttcaattgacct
RIGHT PRIMER 2203 20 55.28 45.00 3.00 0.00 gaaggaatcaaccacatcac
SEQUENCE SIZE: 2249
INCLUDED REGION SIZE: 2249
PRODUCT SIZE: 2113, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1868
0 cttcaaatatatgtgcctaaataaaaaggttaatattgtttgaccataaataattatttt
60 attttgaaatctattgtattttatttcttctaatccaattttcaattgacctatataagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttgtttaatcctatttttcattgcaaaatgatatatacatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNCtaaatttttcccaaatattatttggaaaatttatggccaaacgggccctta
******************
2100 agatacaaaaataaaatgaagcagcagataataaaaacaccacgaagaataaaaactata
2160 tgcaattactaaatacttatactcgtgatgtggttgattccttcggtggtggctcgtgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2220 gtggttgatttgaacggtggagatcggat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 461 0 374 1 3 10 0 0 3
Right 860 0 0 0 115 0 349 335 1 13 0 0 47
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000071, oripos=2929112..2929989 strand=1 allelepos=201..1078
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 21 55.03 33.33 4.00 2.00 caaatctaaaccccaaattct
RIGHT PRIMER 1270 21 54.26 28.57 5.00 1.00 tttgggattaagtctttttga
SEQUENCE SIZE: 1278
INCLUDED REGION SIZE: 1278
PRODUCT SIZE: 1213, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,897
0 ttcacattttatcaagtaatataaatcaatgctaactttttaaacaaaaaaaaaacttca
>>
60 aatctaaaccccaaattctatatccaaaggcttaccaaatattataaatgtcatatatga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 catttcaagttcttgtatagaatttatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTat
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1080 atatatatattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
*******
1140 tatatatatatatatattgattttcaattcgatgtttgatatctatattaaaatctgact
1200 aaatctaaatttatatcaataaaatatctcctaacaaagagattttatattcaaaaagac
<<<<<<<<<<
1260 ttaatcccaaaatctcca
<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 438 0 356 13 0 9 4 0 30
Right 860 0 0 0 568 0 270 4 0 7 0 0 11
Pair Stats:
considered 17, high end compl 15, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000072, oripos=3052918..3053440 strand=1 allelepos=201..723
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 12 20 55.04 50.00 8.00 2.00 gtgtaccctgatgcatctct
RIGHT PRIMER 819 20 55.01 45.00 5.00 1.00 ccatcagtgactcctcattt
SEQUENCE SIZE: 923
INCLUDED REGION SIZE: 923
PRODUCT SIZE: 808, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,542
0 agggcaagggaggtgtaccctgatgcatctctttcaattccaagaactgagaactgatgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtcagttgcaccctcatgtctcagacaaggagtggcgaactgaaggaatagtatagtcat
120 ttaatatagtagtcattgaggcaaattctctctctctgtctctgtgtgtgtgtggtgggg
180 ggggggtgggggggggggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNGgggtcattataaagtttgaaaaagatgtcactctcttgttagatggcttgctgagga
************
780 gaatcccctagtgggtggagaaatgaggagtcactgatggtcttcacgatgaccactcta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 cgcatctcaatgacaaatgaagttggttttgaaaaatgaccatcccagaataactcagga
900 tgtgcttcttcaaataagttact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 813 0 0 0 40 0 377 294 4 27 9 0 62
Right 860 0 0 0 0 0 373 359 0 27 0 0 101
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000073, oripos=3129756..3129776 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 25 20 55.10 40.00 4.00 0.00 tgggttattattgccatctc
RIGHT PRIMER 296 20 55.07 50.00 3.00 3.00 tactatcctggtgtcggaac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 272, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aaagaggtaaccttaagttaattagtgggttattattgccatctcttattcttaattata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgctaattagggtaaaggaaagagggtttgaataaagaaaatagaaagaacaagagagag
120 agaggatcgatcgaacgaggaagagagaaaacacaagcttcggggaatttacttgcttga
180 tcactaatcttcggtggaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatggatcgggtgccaca
****************************************
240 ttccggtaccaagatagaatgcggatcggagtgtcacgttccgacaccaggatagtatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 ggatcagagtgtcacgtaccgacacgaggggaataaatataatgaatcttgcaagatgct
360 aatatactcaatttaatgaaactaattcccaaatgagtatggtattgaggcttgagtcct
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 79 0 507 201 0 14 0 0 54
Right 853 0 0 0 60 0 424 298 6 13 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000074, oripos=3130358..3131436 strand=1 allelepos=201..1279
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 54.99 50.00 3.00 1.00 gccagtctttactacatcgg
RIGHT PRIMER 1449 20 54.99 40.00 6.00 2.00 atattcgaaatgtcacgacc
SEQUENCE SIZE: 1479
INCLUDED REGION SIZE: 1479
PRODUCT SIZE: 1401, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1098
0 tgtggagtgcagcaaatgtgccgtcgtcttcgactcaacagtaattcaagccagtcttta
>>>>>>>>>>>
60 ctacatcggaaattcagggtgagctaatgcttctagcttggactggatcttcttcttcaa
>>>>>>>>>
120 gtcttgatgccttgaacttccagcatggactatcttcttatgtatttttagcttcttaga
180 catttttagttagtaatttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNGgggaataatagttattgaattggtttttatttaacgagctt
****************************
1320 aagtcttccgcattattttctgttgatatacgttgaaatgataaggtttagattggttgg
1380 ttcgctcacataggagggtaaatgtgggtgccagtcgcggctcggttttgggtcgtgaca
<<<<<<<<<<
1440 tttcgaatatgcatagactataggtagttgaataaggta
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 11 0 431 303 6 19 0 0 72
Right 860 0 0 0 30 0 440 335 0 16 0 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000075, oripos=3143932..3145161 strand=1 allelepos=201..1430
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1630
INCLUDED REGION SIZE: 1630
TARGETS (start, len)*: 190,1249
0 agtttggataaataatgagaaatattgcttttttttattggaaaaattagtaaattagtc
60 aaaataaataacatatttagtaaaaatattcatactttataaatattagcaaatatgtct
120 caattttcttcctattttatctctctttttcaattaattctatatatcctttttttagaa
180 aaaaaaatcattctctctcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttttatttc
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1440 attaaacacataataaatatttttttaaaaaaaataaaaaacaaagagataattgttagt
1500 ttcaaacctataaataagctaaaaagataaacgataggatatttttaaatcgaaaagatg
1560 agtacaagggtatcattaggtcaaaagatggatgaagaatatttataaaccttttcttat
1620 aatccaaagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 820 0 0 0 564 0 245 0 0 0 11 0 0
Right 858 0 0 0 316 0 511 12 0 3 1 0 15
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000076, oripos=3182834..3183841 strand=1 allelepos=201..1208
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 89 20 55.40 55.00 8.00 2.00 acctctctaggcgaggttag
RIGHT PRIMER 1386 20 54.89 40.00 4.00 1.00 tgagatgatgagtgcattgt
SEQUENCE SIZE: 1408
INCLUDED REGION SIZE: 1408
PRODUCT SIZE: 1298, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1027
0 tagtagtgttatattttttgaaaaatattaaaatatggatgtgtgaatccacacttatag
60 tatcacataatgtgattgtgactgggtgcacctctctaggcgaggttagaaatttgaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttatattaatcttgttttatttttctttctaaaattagataacacttctctaagtgctaa
180 ttggtatatgtgcgcttataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
*****************
1260 ataagaaaattctagacctataattttaaattatttaacaatttttagtagtaaaaacca
1320 gaatgtcgaaccgatcaaatttatatcatagatcaactttgtttagaacaatgcactcat
<<<<<<<<<<<<<
1380 catctcaaaatcttgaatgcacctttga
<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 843 0 0 0 317 0 362 128 4 18 3 0 11
Right 859 0 0 0 377 0 351 79 3 18 0 0 31
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000077, oripos=3184899..3184923 strand=1 allelepos=201..225
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 18 19 55.10 42.11 6.00 2.00 aaggcgtctacgcataaat
RIGHT PRIMER 292 21 55.30 28.57 6.00 1.00 ttcaaccatttaaagcagaaa
SEQUENCE SIZE: 425
INCLUDED REGION SIZE: 425
PRODUCT SIZE: 275, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,44
0 agcaaaaaaataaaatacaaggcgtctacgcataaattttttattacttatatagtaagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atatggtaataaaatatatggaaacgtacaattattctttcttagtttctttaatttttt
120 ttttttttggttactctatttttaccttattaatctattttaggcaattattatttagtc
180 ttttctgctttaaatggttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTactcatttttacctt
********************************************
240 attaatctatttaggcaattattatttagtcttttctgctttaaatggttgaatctattg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 tatactaataaatatttttcaatagttagagtgaatttatctaagaataatttagccact
360 taaaatttgaatgtctcaccatattcattattatagaacaaatgtcacttaattattcat
420 taatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 803 0 0 0 398 0 337 35 0 12 19 0 2
Right 860 0 0 0 253 0 585 4 0 5 0 0 13
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000078, oripos=3198876..3200283 strand=1 allelepos=201..1608
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 78 20 55.27 40.00 6.00 0.00 ttaacattttacgggtcagg
RIGHT PRIMER 1726 20 55.06 40.00 4.00 2.00 tgtataattcgctggcctat
SEQUENCE SIZE: 1808
INCLUDED REGION SIZE: 1808
PRODUCT SIZE: 1649, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1427
0 atcaaataacttattgaatttgtagtagagttgtcaatatgggatatctcatctcattca
60 ggttaacccatataagctttaacattttacgggtcaggttgggctagcctaattttagtg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgggccggaaaatggtcggcccaatcctatgtgggctacaggcatgttgggtcagtcaat
180 ttttaaagggaaaattgtatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaacatatatct
*********************************************************
1620 tcttgctatacacttataattatgcaatatacatacattttaatttgattcaactgtatg
1680 caaagctaattatacaattgcagcgaaataggccagcgaattatacaatttaggccaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 aattatacacttttatatgtatagcgaattatacagtttttatgtttgctatggagcgca
1800 attatgca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 843 0 0 0 38 0 382 365 7 20 0 0 31
Right 860 0 0 0 181 0 495 134 0 23 0 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000079, oripos=3207499..3208011 strand=1 allelepos=201..713
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 122 20 55.58 40.00 4.00 1.00 agctccatttttgtatgctg
RIGHT PRIMER 840 20 54.86 40.00 3.00 0.00 tgttgtgttttagccttgtg
SEQUENCE SIZE: 913
INCLUDED REGION SIZE: 913
PRODUCT SIZE: 719, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,532
0 caaaaacaaaaaatccatttttatactgatacaaggcatagatacatcagagaaagctat
60 tccagtaaaaccaagatcaaaaatcaagtcaaataacagaaaaaatccaatcatgaaaca
120 atagctccatttttgtatgctgaaatacaccagagaaagctattacagtaaaaccaggat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaaaaaatgaacctacaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgcataaa
************************************************************
720 cacaacagataaatctatccagtaaaaccaagatcaaaaacaaaactcaaacaacagaaa
**
780 aatcaaatctttaaacaaaaactcaattttttacactaaaacacaaggctaaaacacaac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 agataaatctatccagtaaaaccaagatcaaaaaaatcaagaaatccaaaatgtatcaac
<
900 atcaaaatccaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 776 0 0 0 45 0 615 24 0 22 27 0 43
Right 761 0 0 0 98 0 565 11 0 3 31 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000080, oripos=3217666..3218816 strand=1 allelepos=201..1351
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 110 20 55.07 40.00 2.00 2.00 taaaaatactctcctgccca
RIGHT PRIMER 1492 21 54.71 28.57 7.00 1.00 ttcttggaaagaaacaaaatg
SEQUENCE SIZE: 1551
INCLUDED REGION SIZE: 1551
PRODUCT SIZE: 1383, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1170
0 aacagaagcgaaatgtataaattgtgtttctgtttgtataaagcgtgagaaaattgtata
60 tacacatgcaagtacatatattttcgtcctatacacttataattatataataaaaatact
>>>>>>>>>>
120 ctcctgcccagtttcttttgcctttctctctttcttgttgtatacaattttcaaattgta
>>>>>>>>>>
180 tctaatttctctatttctcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatatatatatatatatatatatatatata
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1380 tatatatatataaaagaatattaatatataaataaataatttcttgggttgtggcacacc
1440 tctttaaaatattagtaatatgtcaatattaacattttgtttctttccaagaaaaataat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1500 aatttgaaactagagataattggggaaaaaaaaacattaaagagatggata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 155 0 578 77 0 5 0 0 40
Right 802 0 0 0 477 0 212 69 3 13 19 0 9
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000081, oripos=3250663..3251058 strand=1 allelepos=201..596
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 60 20 55.04 40.00 5.00 2.00 caaataagggtggtccaata
RIGHT PRIMER 753 20 55.05 40.00 2.00 0.00 gtccacctaaatccaacaaa
SEQUENCE SIZE: 796
INCLUDED REGION SIZE: 796
PRODUCT SIZE: 694, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,415
0 atgtaataatttatgtaatttttccgtataattattggctcgattaagtaattgttaggg
60 caaataagggtggtccaatagtacttcatctattccatctacttttacttgttaaattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aattatatattttttaagaaataataatttacatatatatatatatatatatatatatat
180 atatattaatatataataatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttta
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600 ataataataattatatatatatatatatatatatatatatatatatattaaattatgaaa
*****
660 aataattttaagaaaataagtaattaatattaaaaaaatattttaaaagatccaactttc
720 tttttactatatgttttgttggatttaggtggacaagaatataaaaacagttataaagat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 tcttgttaatatttgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 429 0 341 56 0 9 0 0 20
Right 860 0 0 0 576 0 253 21 0 0 0 0 10
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000082, oripos=3263182..3264097 strand=1 allelepos=201..1116
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 90 20 54.71 40.00 2.00 1.00 tgaaaaagagaagatgagcc
RIGHT PRIMER 1224 20 54.95 40.00 7.00 0.00 tagtttctgaaatgtgcgtg
SEQUENCE SIZE: 1316
INCLUDED REGION SIZE: 1316
PRODUCT SIZE: 1135, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,935
0 atgactaatatataagatgaataaaaaatgtgtcttgataaatttaataaaaacaaatta
60 gaaaaaaaatgatataaaagaaaaaaataatgaaaaagagaagatgagcccacttccatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattattattattatta
180 ttattattactactactactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtttaatgaataaaatataaattga
*********************************************
1140 caaaattaatatttctaatttcaacattctatataataactcaactttataataattgta
1200 gggtacacgcacatttcagaaactagcatatatatatatatatatatatataccgtaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 tttatatcggggggatttgggtgaaccccctagacacaacctgggttttagtggcg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 621 0 98 69 0 9 11 0 6
Right 802 0 0 0 392 0 198 152 0 16 17 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000083, oripos=3275225..3276325 strand=1 allelepos=201..1301
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 8 20 55.09 55.00 4.00 2.00 ctctagctcgtctcatggtc
RIGHT PRIMER 1461 20 55.03 45.00 4.00 2.00 gatcgacttgcttattcgtc
SEQUENCE SIZE: 1501
INCLUDED REGION SIZE: 1501
PRODUCT SIZE: 1454, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1120
0 catcaatgctctagctcgtctcatggtcatcggggtggagctaacatttgagttatggat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcagcgagcctcaataactttgatttatttttgtatttgtatataaaaaaaaaggataat
120 gcccaagtaccccatcaacttatgcccgaaatctcagagacacacttatactatactaag
180 gtcctattaccccccctgaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgtataagtgtgtctttgga
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1320 atttcgggcataggttgagggggtacttgtgcattttccctataaaaaataatccataaa
1380 ctaaacattccttcctccttcgcgtcaaatctttttctacaggtccctttttcaaaagat
1440 atgacgaataagcaagtcgatcttaggtgctttgattggtccgttgaagatggattcaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1500 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 833 0 0 0 162 0 259 339 0 13 8 0 52
Right 833 0 0 0 55 0 295 367 0 21 11 0 84
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000084, oripos=3329045..3329603 strand=1 allelepos=201..759
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 55.03 45.00 5.00 3.00 tgggttggtatcagaaactc
RIGHT PRIMER 921 20 54.96 40.00 7.00 2.00 tgcaagctaagctacattca
SEQUENCE SIZE: 959
INCLUDED REGION SIZE: 959
PRODUCT SIZE: 872, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,578
0 cccgactctttcttttgtcgatattttcttctaaagtacgtcttgagaggtgggttggta
>>>>>>>>>>
60 tcagaaactccttgttttttgccggcaaaggggtttcgaacttgagacctccaacatgga
>>>>>>>>>>
120 agtcccaagcccaaaccactgggccatatatatatatatatatatatatatatcatcttt
180 cctttctaattgttatttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtggcatatatatatatatata
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780 tatatatatatcatctttcctttcaattgtatttttttcattaagttaattctttagcta
840 tggtttgcacctaaagcccaatcaaattcaacgcctttatgcctttgatagaactagcca
900 ggtgaatgtagcttagcttgcaattttagcttttatatagcttccgcattcgttaacca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 111 0 297 318 2 15 17 0 34
Right 853 0 0 0 176 0 367 217 0 32 3 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000085, oripos=3366405..3366425 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 54.99 50.00 8.00 0.00 actagctagacttgcggttg
RIGHT PRIMER 322 20 54.96 40.00 4.00 0.00 gcgaatgatatgtattgggt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 316, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aatgaagactagctagacttgcggttgagttgaagacgaccgtacgtttgctgtactcca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caaataacaaagaaagaaacatacaagtaggggtcagtacaaaacacaggtactgaggag
120 atatcaccggccaactcaaaatagaaacaatatatatcagataatatcataaaatcaact
180 acaatactcaacatgcgacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttcatcacgcttattttat
****************************************
240 cacaattatataatcacattcatgcaagcatacaattaagcatatagaagggtttacaac
300 actacccaatacatatcattcgctattaagagtttactacgaatagcatcaaaaaccata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 acctacctctaccgaagattcgtgatcaagcaagcaatttcccaagccttttcgttttcc
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 142 0 397 236 4 15 0 0 56
Right 860 0 0 0 56 0 528 203 0 25 0 0 48
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000086, oripos=3367993..3369556 strand=1 allelepos=201..1764
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 63 20 55.00 50.00 2.00 0.00 cctacatctcctcccataca
RIGHT PRIMER 1847 20 55.00 40.00 6.00 0.00 aggcgagatcttcttttctt
SEQUENCE SIZE: 1964
INCLUDED REGION SIZE: 1964
PRODUCT SIZE: 1785, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1583
0 atccctcaaaaggtcagtaccccaaggtctaacctcaaatgcatcaaaccaaccaatggg
60 agacctacatctcctcccatacaatgctttgaatggagccatatcaatacttgagtgata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gctattattgtatgaaaactctgctaagggtaagaagttatcccaatgaccaccaaattc
180 tatcacacatgcacgaagaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgcaacaccatatcccgaattcggcttagtttctcat
*********************************
1800 cgtcgaactgttttcccttgatcttgtcaagaaaagaagatctcgcctccacactggcca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1860 gaaatcctcccttctcatttacttctaacctcataaagtcgttagccagagtctgaatct
1920 ctctagccaatgggcgtctagaaacttgtaagtgggctaaacta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 2 0 420 305 5 29 0 0 85
Right 849 0 0 0 0 0 388 346 8 18 0 0 89
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000087, oripos=3373986..3374767 strand=1 allelepos=201..982
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 67 20 54.84 45.00 4.00 0.00 cttagtcacaacaccaagca
RIGHT PRIMER 1153 20 54.57 35.00 8.00 0.00 tgggttaattcaccatcttt
SEQUENCE SIZE: 1182
INCLUDED REGION SIZE: 1182
PRODUCT SIZE: 1087, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,801
0 atatatcagataatatcataaaatcaactacaatactcaatatgcggcatttacaattac
60 cataacccttagtcacaacaccaagcacatcaatgaggactcacgcctccccatcatact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 catttgggaattaggttcattaaattgagtatattaacatctttcaagattcattatctt
180 tatccctctcgtgtcggtatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtaacctacctccaccgaagattcgtgatcaagcaagca
*******************************
1020 atttcccaagccttttcgttttcctcttcgttcttcttctctctctcttgttctttctat
1080 ttttcttattcaaaccctctttcttttaccctaattagcatataattaagtataaaagat
<<<<<<
1140 ggtgaattaacccattaattaattcaagattatctcttttaa
<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 110 0 450 226 0 23 0 0 46
Right 860 0 0 0 143 0 454 200 0 18 0 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000088, oripos=3376270..3377348 strand=1 allelepos=201..1279
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 132 20 55.03 50.00 2.00 2.00 acccacacttaccctcctat
RIGHT PRIMER 1424 20 54.97 40.00 5.00 2.00 gaactttgtaacgaaatggc
SEQUENCE SIZE: 1479
INCLUDED REGION SIZE: 1479
PRODUCT SIZE: 1293, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1098
0 gccctgatcagataacccgctaagataagccagaacctgattgatcagctctggggtagg
60 ttggggtggcatttactcattctgtacttgctcattcaccccaacctaccccaaatccgg
120 gccgcgactggcacccacacttaccctcctatgtgagcgaaccaaccaatctaaacctta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 acatttcaatataatatcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNGattatgcaacctgtgacgggccgtcgtgcctgcgacagtcc
****************************
1320 gtcctgcaggtcgtcgcaaagttcagagacccaaatttccaccaagggtctgtgacggtt
1380 cgtcacacctgtgacagtccgtcctgccatttcgttacaaagttcagagagtcaatttca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 gcacccaaatttcagaatttctaagtgttttgggacgag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 10 0 225 541 0 11 0 0 68
Right 846 0 0 0 2 0 191 586 4 14 0 0 49
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000089, oripos=3387562..3387804 strand=1 allelepos=201..443
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 6 20 54.75 40.00 4.00 2.00 caaagaatggtttcccatag
RIGHT PRIMER 499 20 54.45 40.00 5.00 3.00 tcgacgattttcgtgtacta
SEQUENCE SIZE: 643
INCLUDED REGION SIZE: 643
PRODUCT SIZE: 494, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,262
0 atcacccaaagaatggtttcccatagcacacgaaaatcgtcgaaatgaggggtatgctcg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cttcgggactcgtttgaccttcaaaatgggtcggaagggccatgagggccaaccgaatat
120 atagacaagatcttgacggacgtccacaaaaaaatatggcatttttgacgtcagaatccg
180 gatcacccaaaaaatggtttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacgtcgaaatctggatcncccaaaaataagtttgcta
********************************
480 tagtacacgaaaatcgtcgaaatgaggggtaggctcgcttcggggctcgtttgaccttca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
540 aaatgggtcagaagggccgtgagggccaaccggatgcataaaaaaggttttaacggacgt
600 ccacaaaaaaatttgacatttttgacgtcggaatctggataac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 776 0 0 0 3 0 127 578 7 14 17 0 30
Right 754 0 0 0 24 0 140 492 2 27 32 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000090, oripos=3389377..3395753 strand=1 allelepos=201..6577
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 54.76 45.00 6.00 2.00 atagacaaggtcttgacgga
RIGHT PRIMER 6673 20 54.81 35.00 4.00 3.00 aagcatatccctcatttcaa
SEQUENCE SIZE: 6777
INCLUDED REGION SIZE: 6777
PRODUCT SIZE: 6651, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,6396
0 ggccgtgagggccaacctgatgcatagacaaggtcttgacggacgtccacaaaaaaattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gacatttttgacgtcggaatccgaatcacccaaaaaatgatttgctatagcacacaaaaa
120 ttgtcaaaattaggggtatgctcgctttggagctcgtttgaacttcaaaatgggtcggaa
180 aggacgtgagggccaagcggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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<<<<<<
6660 tgagggatatgcttgcatcatgactcgtttgaccttcaaaatgggtcggaagggccgtga
<<<<<<<<<<<<<<
6720 gggccaaccggatgcatagaaaagttcttgacgtacgtccacaaaacaatttggcat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 732 0 0 0 30 0 184 420 18 14 30 0 36
Right 735 0 0 0 1 0 231 395 11 32 27 0 38
Pair Stats:
considered 2, high any compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000091, oripos=3400611..3406880 strand=1 allelepos=201..6470
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 4 20 54.97 45.00 4.00 1.00 catagaaaaggtcttgacgg
RIGHT PRIMER 6663 20 55.17 40.00 8.00 1.00 ttgtctatgcatacggttga
SEQUENCE SIZE: 6670
INCLUDED REGION SIZE: 6670
PRODUCT SIZE: 6660, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6289
0 aatgcatagaaaaggtcttgacggacgttcacaaaaaaatttggcatttttgacggcaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atccggatcacccaaaaaatggtttgctatagcgcacgaaaatcgctgaaatgaggggtt
120 tgctcgcttcggggctcgtttgaccttttaaatgggtcggaagggtcgtgagggcccacc
180 cgatgcatagacaaggtcttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 caaggtcttgacagacgtccatgaaaaaatttggcatttttaacgtcggaatccggatca
6540 cccaaaaaattgtgtactatagaacacgaaaatcatcgaaatgaggggtatgctcgcttc
6600 ggggttcgtttgaccttccaaatgggtcggaaaagccgtgatggtcaaccgtatgcatag
<<<<<<<<<<<<<<<<
6660 acaaggtctt
<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 738 0 0 0 3 0 56 612 0 12 35 0 20
Right 749 0 0 0 8 0 139 510 0 22 34 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000092, oripos=3408978..3412291 strand=1 allelepos=201..3514
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 3 20 55.09 35.00 5.00 0.00 caaaaatcgtcgaaataagg
RIGHT PRIMER 3644 20 54.86 35.00 5.00 2.00 caaaccatttattgggtgat
SEQUENCE SIZE: 3714
INCLUDED REGION SIZE: 3714
PRODUCT SIZE: 3642, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,3333
0 atacaaaaatcgtcgaaataaggggtatgctcgcttcagggctcgtttgaccttccaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gggtcgcacaagccgtgatggccaaccttattcatagacaaggtcttgacggatgtccac
120 gaaaaaatgtgcatttttgacgtcggaatccgcatcacccaaaaattagtgtgctatagc
180 acacgaaaattgtcgaaatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcgtttgaccttcaaaatgggtcgaaa
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3540 gggctgtgagggccaaccagatgcatagacaaggtcttgacggacgtacacaaaaaaatt
3600 tggcattagtgacgtcggaatgtggatcacccaataaatggtttgctatagcacacgaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3660 atcgtcgatatgaggggtatgctctcttcagggctcatttgaccttcaaaatgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 786 0 0 0 0 0 173 538 7 13 15 0 40
Right 784 0 0 0 0 0 172 503 10 37 18 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000093, oripos=3418799..3423147 strand=1 allelepos=201..4549
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 59 20 54.97 45.00 4.00 1.00 catagaaaaggtcttgacgg
RIGHT PRIMER 4600 20 55.00 35.00 6.00 0.00 atgctttagcacaccatttt
SEQUENCE SIZE: 4749
INCLUDED REGION SIZE: 4749
PRODUCT SIZE: 4542, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4368
0 cttcagggctcgtttgaccttccaaatgggtcgcacaagccgtgatggccaaccgtatgc
>
60 atagaaaaggtcttgacggacgtccacaaaaaaatttggcattttttgcgtcggaatctg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gatcacccaaaaaatggtgtgctatagcatacgaaaatcgtcaaaattaggggtatgctc
180 gcttcggggctcgtttgaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgcatttttgac
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4560 gtcggaatctggatcacccaaaaaatggtgtgctaaagcatacgaaaatcgtcgaaatga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4620 ggggtatgcaagcttcggggcttgtttgacctttcaaatgggtcgtacaagccctgatgg
4680 caaaccgtatgcatagacaaggtcttgacggacgtctacggaaaaaattggcatttttga
4740 catcggaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 684 0 0 0 8 0 145 433 7 5 46 0 40
Right 739 0 0 0 0 0 107 520 2 32 34 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000094, oripos=3425701..3426671 strand=1 allelepos=201..1171
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 115 20 54.79 45.00 6.00 3.00 agacaaggtcttgaaggaca
RIGHT PRIMER 1354 20 55.15 30.00 4.00 0.00 aaattccgatgtcaaaaatg
SEQUENCE SIZE: 1371
INCLUDED REGION SIZE: 1371
PRODUCT SIZE: 1240, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,990
0 aaaaaattgttttctatagatcacgaaaatcgtcgaaatgaggggtatgctctcttcgag
60 gctcgtttgacctttaaaaataatcggaagggccatgagggccaaccggatgcatagaca
>>>>>
120 aggtcttgaaggacatccgcaaaaaaaattggcatttttgacgttggaatccagatcagc
>>>>>>>>>>>>>>>
180 tacaaaatgatttgctataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 caatagcacacgaaaattgtcgaaatgaggggatgctcgcttaggggctcgtttgacctt
1260 caaaatggatcggaagggccgtgagggccaaccggatgcatagacaagatcacggacgtc
1320 cacaaaaaaatttggcatttttgacatcggaatttggatcacccaaaaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 792 0 0 0 20 0 195 479 0 30 19 0 49
Right 761 0 0 0 3 0 77 591 2 26 30 0 32
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000095, oripos=3428963..3429774 strand=1 allelepos=201..1012
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 74 20 54.95 45.00 4.00 1.00 gtctcaattaggatcaccca
RIGHT PRIMER 1160 20 54.92 35.00 7.00 0.00 attttgaaggtcaaacgaga
SEQUENCE SIZE: 1212
INCLUDED REGION SIZE: 1212
PRODUCT SIZE: 1087, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,831
0 agggccgtcagggccaaccagatgcatagacaaggtattgacggatgtctacaaagaaat
60 tcagcatttttgacgtctcaattaggatcacccaagaaatggtttgctatagcacacgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aatcgttgaaatgaggggtatgctcgcttcggggctcgtttgaccttcaaaatggatcgg
180 aaaagccctgaggtccaaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 aaggtcttgatggacgtccacaaaaaaatttggcacgtatgacgtcagaatccggatcac
*
1080 ccaataaatggtttgctatagcacacgaaaatcatcgaaatgaggggtacgctcgctcgg
1140 gtctcgtttgaccttcaaaatggatcggaagggccgtgagggccaatcggatgcatagac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 aaggtcttgacg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 839 0 0 0 0 0 281 448 10 25 0 0 75
Right 779 0 0 0 0 0 120 571 12 22 17 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000096, oripos=3430749..3435780 strand=1 allelepos=201..5232
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 20 55.16 35.00 4.00 2.00 caaaatctggaatacccaaa
RIGHT PRIMER 5293 20 55.30 35.00 4.00 2.00 ctcatttcgatgattttcgt
SEQUENCE SIZE: 5432
INCLUDED REGION SIZE: 5432
PRODUCT SIZE: 5294, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,5051
0 caaaatctggaatacccaaaaaatggtttgctatagcacacgaaaatcgtcgaaataagg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggtatgctcgctttgaggctcgtttgaccttcaaaaagggtcggaagggccgtgagggac
120 aatcggatgcatagacaatgtcttgatggacgtacacaaaaacatttggcattttttaca
180 taagaatccggatcacccagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
5220 NNNNNNNNNNNAcgtcggaatccggatcacccaaaaaatggtttgctatagcacacgaaa
********************* <<<<<<
5280 atcatcgaaatgaggggtatgctcgcttcggggctcatttgaccttcaaaattgatcgga
<<<<<<<<<<<<<<
5340 agggtcgtgaggtcaaaacagatgcatagacaaggtcttgatggacgtccacaaaaatat
5400 ttgaaattttttaagacggaatccggatcacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 726 0 0 0 2 0 168 445 13 19 31 0 48
Right 752 0 0 0 51 0 178 428 12 23 22 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000097, oripos=3438445..3439271 strand=1 allelepos=201..1027
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 20 54.85 40.00 4.00 2.00 gcgtagaaaaggtcttgaaa
RIGHT PRIMER 1133 20 54.95 35.00 8.00 3.00 attcctacgtaaaaatgcca
SEQUENCE SIZE: 1227
INCLUDED REGION SIZE: 1227
PRODUCT SIZE: 1133, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,846
0 tgcgtagaaaaggtcttgaaaaatgtccaaaaaaaatttggcatttttgacgtcggaatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tggatcacccaaaaaatgatttgctatagcacatgaaaatcgtcgaaatgaggggtatgc
120 tcgcttcggggctcgtttgaccttcaaaatgggtcagaagggccgagagggccaactggt
180 tgcatagacaaggtcttgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNCtcgtttgaccttcaaaatggatcggaagggcagtgagggccaaccggatgcat
****************
1080 agacaaggtcttgacggacgttcacaaaaaaatttggcatttttacgtaggaatccgaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 cacccagaaaatggtttgctatagtacacaaaaatcgtcgaaatgaggggtatactcgct
1200 tcggggctcgtttgaccttcaaaatgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 749 0 0 0 21 0 134 509 6 5 34 0 40
Right 804 0 0 0 7 0 186 513 0 30 18 0 50
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000098, oripos=3447332..3447619 strand=1 allelepos=201..488
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 688
INCLUDED REGION SIZE: 688
TARGETS (start, len)*: 190,307
0 ttctaaaagaaagtaaaacaaatattataaaaaaacaaaaaaaaacaaaagaaaaacaga
60 gctaattaaaaaatagaaaaaaaaattaaaaaatagaaaaaaaaataaaaaagaaacagt
120 atgttgttgaaaaaaataaaaagaaaaaagaaaagaaggggtaactaaaaacgtacaaaa
180 aggaaaaatgaaaaaaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNTaaaacagaaagttaatttttaaaaaaaaaaaaagaaagaaaggaaactagga
*****************
540 ataaaataataataattaaaaaaaacaaaaacctaagtttttttataaaaaataaaataa
600 aaaaagaaagataaagagtgagtttagaagaatgtcaaccaaaattaaaaattattactt
660 tattataaaaaaaattaaaaaaaaatac
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 784 0 0 0 512 0 232 0 0 3 26 0 11
Right 820 0 0 0 560 0 246 0 0 1 13 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000099, oripos=3451231..3452979 strand=1 allelepos=201..1949
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 129 20 55.38 40.00 3.00 2.00 tttttatgtcttcacagggc
RIGHT PRIMER 2072 20 54.81 40.00 5.00 3.00 gagttttgtacccaaattgc
SEQUENCE SIZE: 2149
INCLUDED REGION SIZE: 2149
PRODUCT SIZE: 1944, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1768
0 ataaaataaactaatgttaaataataatgataataaaagtaaaaaaaattaacccctatc
60 ctattttcatgtcttcacatggcacaataacccatggttgcatatagggcacaataaccc
120 ctatcatcatttttatgtcttcacagggcacaataacccctggattgcatatagggcaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ataacccctatcatttttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtcattttttttcttcacagggcacaataacc
**************************************
1980 cctggttgcatatagggcacaataacccctattttatttttcatgtcttcacaggacaca
2040 ataagccctgattgcaatttgggtacaaaactcccttttgtcttaattttttttatattc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2100 tgttataggttgtaaaaacattatttttttattactagtatagactttc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 825 0 0 0 175 0 254 289 0 29 10 0 68
Right 854 0 0 0 198 0 313 254 0 34 4 0 51
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000100, oripos=3453903..3453923 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 36 20 55.13 50.00 4.00 1.00 gaggcatactgtgaacacct
RIGHT PRIMER 262 19 54.59 36.84 5.00 0.00 taatgctgcacgttctttt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 227, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctttgcatgaaaactcttcatgttttcaagcaaagagaggcatactgtgaacacctaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttttaccaaaatataaagagtcaaacaccaattttttttaaaaaaaggttatatttaaaa
120 taaaataaaataataataataaattgtaaattaataaaactaattagatcaattatagtt
180 taataataaaaaaagaatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaaaaaaattaaaaaaaa
****************************************
240 ttaaaaaagaacgtgcagcattaaaaaattaaaatttttctttgtaaaattaatagtaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 tctcttaaaattttacctcttgtttgaaaatgtaactaaaaaaaataatcttaaaattac
360 tcaaatactaaaatctctttcctatataaattctactttcaaaatattagatatttaaaa
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 795 0 0 0 483 0 205 48 7 10 15 0 27
Right 805 0 0 0 522 0 244 13 0 1 18 0 7
Pair Stats:
considered 8, ok 8
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000101, oripos=3476546..3477539 strand=1 allelepos=201..1194
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 19 20 54.98 35.00 4.00 2.00 atgtttggctcaccttaaaa
RIGHT PRIMER 1297 20 55.03 30.00 5.00 2.00 tttggatgggcttaataaaa
SEQUENCE SIZE: 1394
INCLUDED REGION SIZE: 1394
PRODUCT SIZE: 1279, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1013
0 tcactagtggaataagagcatgtttggctcaccttaaaagctggtcaaactgacttaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gctggtttttgacttatttaactgtttggcaatactcaaaatagcttattttaagtttaa
120 aaaaaattattttaagccaaaagttaaaagctggggtagggatgctttttttttagctta
180 taagctgttttaagttgatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatcttc
************************************************************
1200 aacacttttatccaaacacataactgcttattttaaaaataagtttcagcactttcaaaa
***
1260 gtacttttttaaagctgcttttattaagcccatccaaacggccctaagttatatatctat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gaggaataacttaaaaattattttagatagagataaatagatacacatgatacatcttat
1380 atatgtattgttcg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 790 0 0 0 167 0 367 146 0 27 20 0 63
Right 814 0 0 0 211 0 478 91 1 4 16 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000102, oripos=3510420..3511206 strand=1 allelepos=201..987
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 107 20 54.99 40.00 4.00 0.00 gttaatgatgatgccttggt
RIGHT PRIMER 1083 20 55.16 35.00 3.00 1.00 ccatactcatttgggaaaaa
SEQUENCE SIZE: 1187
INCLUDED REGION SIZE: 1187
PRODUCT SIZE: 977, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,806
0 gtaaaacccttctatatgcttaattgtgtgtttgcatgatgtgatgatataattgtgatg
60 aaataagcatgatgaagctattgaatcctaaatcttgaaaacctcttgttaatgatgatg
>>>>>>>>>>>>>
120 ccttggtataaaagaaggctcgatgaactaaaagaatgaggttaggggatcgggtgtcac
>>>>>>>
180 gaaccgacacgtagtattaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgagtgtcacgtttcgacacaagaggaataaaga
************************************
1020 gagtgaatcatgaattatggtaatatactcaaatttaatgaatctttttcccaaatgagt
<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 atggtatggaggcttgcgtcctcatgggtgtacttggcgtacttattaatgattatagta
<<<<
1140 cttgttgttgctacctgttgagtattgtagttgattttatgatatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 12 0 568 171 0 22 0 0 82
Right 860 0 0 0 119 0 526 162 0 11 0 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000103, oripos=3522496..3529443 strand=1 allelepos=201..7148
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 20 54.46 40.00 6.00 2.00 aggagaaacatgtaaatcgc
RIGHT PRIMER 7192 20 54.98 40.00 6.00 2.00 gcttgatcattaatcttcgg
SEQUENCE SIZE: 7348
INCLUDED REGION SIZE: 7348
PRODUCT SIZE: 7152, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6967
0 ttcatattacaatttatcattatttgtccataatttttctaaggagaaacatgtaaatcg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cacacctagtaatttattggtgaattttcatatataggcacttaaaaatagcctaattac
>
120 tctcataattatagtttgataattgcaatttgtaactacatgttataggaaggagagagg
180 cgagcgagactgtcacgactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNAacataaaaaccataacctacctccgccgaagattaatgatcaagcaagcaaa
***************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7200 ttccccaaagctttgttttcctcttagtttctcctctctctcgatcgttcttctccctct
7260 ctctgttctttctattttcttattcaaaccctttttcttttaccctaattagcatataat
7320 taagtataaaagatgacaaaagtaaccc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 144 0 628 62 0 3 0 0 18
Right 827 0 0 0 91 0 447 214 9 14 0 0 52
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000104, oripos=3553747..3554482 strand=1 allelepos=201..936
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 2 20 55.32 45.00 8.00 3.00 cctcgtgctcatgagataat
RIGHT PRIMER 1046 20 54.78 35.00 5.00 2.00 acgatcttcgttgaaacaat
SEQUENCE SIZE: 1136
INCLUDED REGION SIZE: 1136
PRODUCT SIZE: 1045, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,755
0 tgcctcgtgctcatgagataattagaaaaaatttaaagaaaattgaatctagttaattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atctttaactatacctaaaacaattatttttcaagataggtcatagtttaggaggtcata
120 tttttctgggataatgcccaagtaccccctcaacctatgcccgaaatctcaaagacacac
180 ttatactataataaggtcctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaagtgtgtctctgggatttcgggc
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960 ataggttgagggggtacttgggtattttccctattttttttatgatttctcattgacttg
1020 aaatttgattgtttcaacgaagatcgtttagatggttttaggtagtttgttggataaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 tttgattttaatatatgataagatcatctttatgtcaattatgtttatgctaaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 273 0 341 201 0 10 1 0 27
Right 829 0 0 0 181 0 438 143 0 19 12 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000105, oripos=3601225..3601709 strand=1 allelepos=201..685
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 34 20 54.91 40.00 6.00 3.00 cattaatttcccgttctgag
RIGHT PRIMER 757 20 54.32 35.00 5.00 0.00 taatcaaaagtttcaacccc
SEQUENCE SIZE: 885
INCLUDED REGION SIZE: 885
PRODUCT SIZE: 724, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,504
0 taagaagctttgtactgttttggtccaaattaggcattaatttcccgttctgagacatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttttgtactgaatctacaactaattttacgatgattgttgaacttgtggggaaaaaaaaa
120 ccctagaaatccttcaatttggggtttttgctgtatattacttgggagattgcctacgga
180 agaagacacttgaattttatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttatatatatatatatatatatatatatagtaaag
**********************************
720 aaaaaaactaattgtttgggggttgaaacttttgattattttgtctttttgacgattaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 atatattttttgtgtaattgattcacaaggaaaattgtgaaagtactaaatatggtgata
840 taattagttgtacaaaacatgaatttgatttatctcataatatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 769 0 0 0 1 0 436 202 8 13 20 0 89
Right 841 0 0 0 338 0 391 68 2 17 8 0 17
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000106, oripos=3603864..3603916 strand=1 allelepos=201..253
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 97 19 55.17 36.84 8.00 3.00 tgcatgtgaattgacacaa
RIGHT PRIMER 434 20 54.86 40.00 6.00 2.00 ctgcttaggcaacgatttat
SEQUENCE SIZE: 453
INCLUDED REGION SIZE: 453
PRODUCT SIZE: 338, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,72
0 atttataacaaaataaaaattacagtatttatatgtgaattataattcaatcaatttata
60 acaaaattaaaatgtaatatgtgactttgacactatttgcatgtgaattgacacaatttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttataaatgcatgtgaattttttttaagtttgaatatttttgtaagaatttgacatatca
180 ccttttttttttaagttgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNAaattcaatacaatatctttttttagaaagaaaatatttttgttacct
**********************
300 tacttattcttaatttttttaaatgatgcatattttcttataagctatatatttgaattt
360 caaaaaatattataatttttttatataaaattgcttctttaaatattttttatttataaa
<<<<<
420 tcgttgcctaagcagcgatttaaattttttttt
<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 491 0 241 17 0 16 21 0 8
Right 849 0 0 0 615 0 164 50 1 6 6 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000107, oripos=3619005..3619428 strand=1 allelepos=201..624
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 87 21 55.00 23.81 6.00 2.00 tttcgaatttcatggatttta
RIGHT PRIMER 791 21 54.76 38.10 6.00 2.00 tcgattcatcgctaataagtc
SEQUENCE SIZE: 824
INCLUDED REGION SIZE: 824
PRODUCT SIZE: 705, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,443
0 atccatgcttttattatttagaatgtttaatgattaccacaattaaatatcacttcaaaa
60 tagatgcatcctgaaataggggcaaaatttcgaatttcatggattttaacttttgatttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttttatattaaaaaaataaggggccaaatttcaaatttgatgaatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatat
*********************************
660 aaaactatttaacttgatgtctgaaaaaaaatattcaaagtgaatgtcttaaaaatatct
720 ctttttactcctttagattcattcgatattgatgatatttttctatgaatggacttatta
<<<<<<<<<
780 gcgatgaatcgataattactagtcaaagcaaatgtatttaaaag
<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 351 0 276 135 5 22 10 0 15
Right 821 0 0 0 236 0 553 6 2 2 14 0 8
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000108, oripos=3643174..3643914 strand=1 allelepos=201..941
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 89 20 54.68 45.00 6.00 2.00 aacagactattgcctgcttc
RIGHT PRIMER 1096 20 54.97 45.00 4.00 2.00 gatattgtgtgggagagcat
SEQUENCE SIZE: 1141
INCLUDED REGION SIZE: 1141
PRODUCT SIZE: 1008, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,760
0 atagcagcagtttcaactaacattttatgatatattttttcataataattaaaagtggat
60 tgaaaaagtattattcaaacagatacgttaacagactattgcctgcttcaagggttatgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcaataaaaaaaacgatggtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCacgtacggaatttaatcat
**************************************************
960 agtctaggaaggtattacctttatccttaattgatatgatataagaatcgaatatgaata
1020 aatatttaaggtcctaaatgtaaaaatatccttttaaaaatggtgaaagtatacgtaatg
<<<
1080 ctctcccacacaatatcaatatgctcataaaagtttttcagaacaaccatccaagtgtaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 391 0 310 59 0 8 17 0 17
Right 856 0 0 0 152 0 617 47 5 14 0 0 21
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000109, oripos=3649072..3656300 strand=1 allelepos=201..7429
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 90 20 55.22 35.00 4.00 0.00 tgcactccacaaataaacaa
RIGHT PRIMER 7482 20 54.82 40.00 4.00 0.00 cttaacggaaaaacatccac
SEQUENCE SIZE: 7629
INCLUDED REGION SIZE: 7629
PRODUCT SIZE: 7393, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,7248
0 tccaagctagaagcattagctcaccctgaatttccgatatagtaagactggcttgaatta
60 cttttgagttgaagacgatagcacgtttgctgcactccacaaataaacaagaagagaaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taaaagtaggggtcagtacaaaacacgggtactgagtagatatcatcggccaactcaaaa
180 taggaatcaatatatatcgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGttacacattca
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7440 ctgcatcacattcttcaattattgtggatgtttttccgttaagaataataaagtatatca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7500 accttcatttttttcaagtttttctcctctattttaattgagacctttagttaaagaaga
7560 agcagtcacattcactgcatcacattcttcaattattgtggatgttttactgttaagaat
7620 aaaaatgta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 505 251 0 25 0 0 74
Right 808 0 0 0 79 0 595 67 0 11 17 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000110, oripos=3687120..3688594 strand=1 allelepos=201..1675
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 54.96 40.00 4.00 0.00 tctcacaaaagacacatgga
RIGHT PRIMER 1710 20 54.87 40.00 3.00 1.00 tcttccactatttgccatct
SEQUENCE SIZE: 1875
INCLUDED REGION SIZE: 1875
PRODUCT SIZE: 1591, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1494
0 agtccagcctttgtttcatattccttctcgtagaaccataacaagggattgttatgaagt
60 ttatggtgaattgagaataaatttgaaacaatctttaagagaaatacaaccaagaatttg
120 tctcacaaaagacacatggacttcagtgcaaagaatcaattatatgtgtttgactgctca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctttattgacagagattgggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttttt
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1680 attaattgtacagatggcaaatagtggaagaagctcttccattgttgatctatgattgac
**** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 ttgcaagcgatgagtttaatacatcatttatttaatcatatcattttttaatcttaaaag
1800 tagtattctaagtttccaatatttgattttatcttaaaaggtccaagggtcaagacaatg
1860 aagaaataattttgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 54 0 644 71 3 30 0 0 52
Right 844 0 0 0 259 0 369 137 8 32 0 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000111, oripos=3720663..3721686 strand=1 allelepos=201..1224
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 72 20 54.93 40.00 4.00 2.00 tacatccgtcaagatgaaca
RIGHT PRIMER 1335 20 55.03 40.00 5.00 0.00 cctccaatttgtcattctgt
SEQUENCE SIZE: 1424
INCLUDED REGION SIZE: 1424
PRODUCT SIZE: 1264, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1043
0 acacagagaacctctctgaaacaatttctccaacaaaatcttcattactgtcaaaaaggt
60 tgcggttagaactacatccgtcaagatgaacacctctttctaatttggttcaatcatcga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttatcgaatgtaacgacccgctaggtcgttttgagaattaggactattttgactctttct
180 gaaaaaatttttaaggtgggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaagaatgatgggaaaaaatgttgagtcaatcattgg
*********************************
1260 gcaatgattgccaatgattggcatgtgacaaacaatttggccaaattgtcacctgtacag
<<<<
1320 aatgacaaattggaggaaaattgcaggctgcttgcgactgatgtcgtgcatcgttagagt
<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 ggaattattcttattttatttatttacaaaattaatttactagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 0 0 514 200 14 27 4 0 67
Right 794 0 0 0 134 0 182 405 18 24 4 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000112, oripos=3723050..3723149 strand=1 allelepos=201..300
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 56 20 54.63 35.00 2.00 0.00 tatgtttcgtttggtgtttg
RIGHT PRIMER 464 20 54.85 50.00 3.00 2.00 gagtcaggtttagtggttcg
SEQUENCE SIZE: 500
INCLUDED REGION SIZE: 500
PRODUCT SIZE: 409, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,119
0 atttcatggcatcatattgcattgcatttcatcccaccattcattcttgatgactatatg
>>>>
60 tttcgtttggtgtttggaaaatattaaatgttgatttcctttattgatgaaacttaaata
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gtaagtgtaatatatatatatatatacttgtacaatctaagaatttattttcttatataa
180 ctcccgtcactacttcttcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
************************************************************
300 aaggaacccaatgttggagattcttgctaagcgttggtcttttttactcatttgttggtt
*********
360 tagttgggttaatatgttgggttggcttacctattggttgggaacataggtgccatcacg
420 acttgcaaaatttgggtcgtcacatcgaaccactaaacctgactccatcattgaatatgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 ctctgataccacttgttagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 283 0 379 150 0 14 0 0 29
Right 793 0 0 0 0 0 294 360 5 27 17 0 90
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000113, oripos=3732871..3733356 strand=1 allelepos=201..686
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 93 20 55.25 40.00 7.00 1.00 ggacaaaagttgagtccaaa
RIGHT PRIMER 847 20 55.40 45.00 3.00 3.00 gcagagcacaccttcattat
SEQUENCE SIZE: 886
INCLUDED REGION SIZE: 886
PRODUCT SIZE: 755, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,505
0 tgcagcaaatgttttcaccgtccagcagtagtcgtctttgacttgtcccctccaggatac
60 aacagccttcacaaagtataactcaacaactctggacaaaagttgagtccaaagctccac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaaaaaagaacaccttccttcaactaataagaactctcttttagactaactctttcacta
180 tttgttttctcttgtgttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcataccaatgttcattcttataactccaaaataa
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720 agcaatttagtattgttaaatattataaaatgctaataacctaacaatcccctactcatt
780 ttaatatttagataagagagtatattagctgaaggaagactactatgcataatgaaggtg
<<<<<<<<<<<<
840 tgctctgcattgaacctccacttagtgaaacagtaacttttactcc
<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 787 0 0 0 0 0 448 250 4 9 18 0 58
Right 860 0 0 0 196 0 529 94 0 11 0 0 30
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000114, oripos=3737425..3737532 strand=1 allelepos=201..308
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.94 40.00 4.00 2.00 tccaagaaggtggaagttta
RIGHT PRIMER 452 20 54.35 40.00 2.00 0.00 attcctccattactcccttt
SEQUENCE SIZE: 508
INCLUDED REGION SIZE: 508
PRODUCT SIZE: 283, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,127
0 aggagtagcattattcgaagtaattaaatttaccttcgatgcgatgttgttctcttctgt
60 ttgtaaaagtgcatcttgacctcttgcttcttcttccatgcggattttcattatcaagtt
120 ttcaagagagttttccttttgtttgtggcgcatagttttttgaaattccttccaagaagg
>>>>>>>>>>
180 tggaagtttatccactatgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>>>>**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNAgtgaagataatggccttaggagttacataggttataatgggagttacatagg
*****************
360 ttacataagttacaatgggagttacatatgttacatatgttacaaagggagttacatatg
420 ttacataggttacaaagggagtaatggaggaattaagaatgaaatacattgatggataac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 caatactaatggatgatgtagaagtcat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 33 0 376 288 0 19 17 0 64
Right 860 0 0 0 14 0 807 18 0 4 0 0 17
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000115, oripos=3789810..3791040 strand=1 allelepos=201..1431
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 110 20 54.81 35.00 6.00 2.00 attaaggaggaaatgcatga
RIGHT PRIMER 1510 20 54.99 40.00 4.00 2.00 tgtatgtccgtcgaattgta
SEQUENCE SIZE: 1631
INCLUDED REGION SIZE: 1631
PRODUCT SIZE: 1401, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1250
0 tatttttttgtcactctttttaaaaagaaaaactttcttttttctaattgtttccctttt
60 tttttggttggaaaaataaatatttatgtcttttttttaatcttttatttattaaggagg
>>>>>>>>>>
120 aaatgcatgatagtcaaataaatattaatatcgatacattacataattgtttatataata
>>>>>>>>>>
180 tcgatacacgattatacatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 atacatatgtataccagctacatatatacaattatttgacacatatacatttacaattcg
<<<<<<<<<
1500 acggacatacatatacaatatgcctccctccatcatctacagtttctcgctcacatctct
<<<<<<<<<<<
1560 cctccctctcccaatcttgctcgcctctctccccctctcctaatctcgctcatctctctc
1620 attcctttaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 743 0 0 0 454 0 223 8 0 4 36 0 18
Right 860 0 0 0 47 0 390 329 0 11 0 0 83
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000116, oripos=3792030..3807538 strand=1 allelepos=201..15709
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 15909
INCLUDED REGION SIZE: 15909
TARGETS (start, len)*: 190,15528
0 aattgactatttttttgtaagctttttatttgtttgtatataaatgaaaattttacagat
60 ctctcacgtatatttaatgaaatacaattgattcataatatatttgatagagaggatgaa
120 tgctcattatattcattgtgtcaaattttgtctcaaatacaatctatttggaataaaaat
180 acatttattaaatcacacaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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13680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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13740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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13800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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13860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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13920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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13980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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14940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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15660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttcgataaaa
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15720 cacacaaaaatacaattgtcatattatgtggaattttttttggatgctgttattgagatg
15780 gagagagatagagggagggccgggggggagggagagaaaccttatctgtagctatgaatt
15840 gtaattactttaaactataataatttatcgtaaataaatatgacatgtttgtcttgttac
15900 gtaatcttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 833 0 0 0 355 0 450 3 3 14 6 0 2
Right 774 0 0 0 250 0 398 65 0 1 30 0 30
Pair Stats:
considered 60, unacceptable product size 60, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000117, oripos=3811822..3811947 strand=1 allelepos=201..326
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 526
INCLUDED REGION SIZE: 526
TARGETS (start, len)*: 190,145
0 agtggcgtagccaaaaatagctcagaatgatcagtcaaatattattcaatgaaaattata
60 ttatatattaaataatggaaaaattacataaattaatacattttaaaaaataattattga
120 ttttagcgatactttttgtttattaccatttatagcaatactttgttaaatctctaatat
180 gaattaaaagtgaattatgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatgcaatatatatgaattataattgttttttgaa
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360 atatatcatgtttgtttggtaaaaaattgtcacattgtattataaatgtattaaaatgtg
420 tgataaatgtattattcatcattaaaatttgtattatatgtgaataataaattattcttt
480 gtaatatgtattaaacttgtattataaatgaattaaaagtgatcaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 468 0 341 27 0 8 0 0 11
Right 801 0 0 0 631 0 152 0 0 0 18 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000118, oripos=3820058..3820483 strand=1 allelepos=201..626
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 22 20 54.79 40.00 4.00 2.00 acgaccttattctttggtca
RIGHT PRIMER 795 20 55.12 35.00 3.00 0.00 ctcccttttggatttttctt
SEQUENCE SIZE: 826
INCLUDED REGION SIZE: 826
PRODUCT SIZE: 774, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,445
0 tagttgctaattattttttgtaacgaccttattctttggtcatttagtatttttcaaaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaaataaaaaattgaatccttcttgtagcttatatatccaattgtgacatgtagaaata
120 gaaatattttttgcaagatcaatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatata
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660 tatatatatagtaattttttgtatgtagcaatttaatttgtgggatgtatttttaatttt
720 ttttggcttgattttttatatttatatcatcgtgttcgacctataatataaatagcaaga
<<<<
780 aaaatccaaaagggagaaatagaaatatcaaattatagaaatgtgt
<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 763 0 0 0 382 0 329 6 0 4 32 0 10
Right 778 0 0 0 364 0 325 30 0 6 23 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000119, oripos=3876152..3876704 strand=1 allelepos=201..753
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 72 20 55.73 40.00 4.00 2.00 ggtttggtttacggaagatt
RIGHT PRIMER 898 20 55.06 45.00 4.00 2.00 aggtgaataaggtgtcatgc
SEQUENCE SIZE: 953
INCLUDED REGION SIZE: 953
PRODUCT SIZE: 827, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,572
0 tggaaatctataaattgaagattcatattctcatggtataacagaataactttcacagta
60 cagaaatttaagggtttggtttacggaagatttattctctcaacagtttttaatattttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttatattagttttcgtataataataataataataataataataataataataataataa
180 taataataataataatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGttgttataataataataataataataa
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780 taataataataataataataataataataataataatatgtttttagtataagttgtcat
840 ttgatttatcaactttatgatttacaattgtaagtttttgcatgacaccttattcacctt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 cgtaacccaacaagtgatatcagatttaatcatccaatggttgaacaagattg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 384 0 422 30 0 3 0 0 16
Right 851 0 0 0 351 0 364 73 5 12 0 0 46
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000120, oripos=3921240..3922207 strand=1 allelepos=201..1168
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 78 20 54.96 40.00 4.00 2.00 agttcaaggccaagacaata
RIGHT PRIMER 1307 20 54.99 35.00 6.00 0.00 ttgacagatgtccacaaaaa
SEQUENCE SIZE: 1368
INCLUDED REGION SIZE: 1368
PRODUCT SIZE: 1230, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,987
0 tattatttcccttaacacttctaattcataaaaaaatctaaaccatcaatatcagaataa
60 atgttacgtgttaaagaaagttcaaggccaagacaatatcttttaaattttcattatcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gtgatctaaatattttaccactaaataagaaattaatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatattatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGacccattttcaaggttaaacgatccccaaagc
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1200 gagcataccccccattttgatgattttcgtgtgctatagcaaaccattttttgggtgata
1260 cggattccgacgtcaaaaattcaaattttttttgtggacatctgtcaataccttgtctat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gcctattggtcctcacggccagtccgacccattttgaaggtcaaacga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 831 0 0 0 359 0 404 37 0 8 8 0 15
Right 688 0 0 0 37 0 177 369 9 9 45 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000121, oripos=3923024..3928099 strand=1 allelepos=201..5276
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 11 20 55.05 40.00 8.00 1.00 gatccggattaagacatcaa
RIGHT PRIMER 5385 20 54.93 35.00 6.00 0.00 ctttaaaatgggtcgaaatg
SEQUENCE SIZE: 5476
INCLUDED REGION SIZE: 5476
PRODUCT SIZE: 5375, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5095
0 tttttttgggtgatccggattaagacatcaaaaatttcaaatttttttgtggacatacgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caagaccctggatatgcatttggttggccttcacggccattccgaccaattttcaaggtc
120 aaacgtgccccgaagcgtgcatacccctcatttagactatttttttcgtgtgctatagca
180 aaccattttttgggtgatccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgggt
************************************************************
5280 tatctggattcaaacgtcaaaaatgccaaaaaagtttgtgggcgtccgtcaagaccttgg
*****
5340 ctattcatcctgttggccttcacgaccatttcgacccattttaaaggtcaaacaagctcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5400 gaagcgcgtatacccccgtctcgaagattttcgtgtgttatagcaaaccattttttgggt
5460 tatctgaattccgacg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 738 0 0 0 59 0 146 443 7 16 35 0 32
Right 744 0 0 0 0 0 140 500 0 32 34 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000122, oripos=3930511..3931534 strand=1 allelepos=201..1224
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 91 20 55.00 45.00 6.00 2.00 tgggttatctggattacgac
RIGHT PRIMER 1407 20 55.03 40.00 3.00 0.00 aaatggaagtgatggtcaag
SEQUENCE SIZE: 1424
INCLUDED REGION SIZE: 1424
PRODUCT SIZE: 1317, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1043
0 accattctgacccattttaaaggttaaacaagccccaaagcacgcataaccccatcttga
60 cgattttcgtgtgttatagcaaaccattttttgggttatctggattacgacgtcaaaaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gccaaacttttatgttgacgtccgtcaagacctttgctatgcagccagttggctctcaca
180 gccagtccgacccattttcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgtctgacccattttgtatgtcaaacgagcctctaag
*********************************
1260 cgcgcatacccccatctcgacgatttttgttttctatagcacaccatttttttgggtgat
1320 ccggattccgacgttaaaaattccaaaattttttgtggacgtccgtcaagaacttgtcta
1380 tgcagccacttgaccatcacttccatttcgaaccattttcaatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 785 0 0 0 1 0 193 478 3 42 17 0 51
Right 753 0 0 0 31 0 181 440 0 22 31 0 48
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000123, oripos=3941623..3942333 strand=1 allelepos=201..911
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 156 20 55.02 30.00 6.00 3.00 tttctttctgcaattccatt
RIGHT PRIMER 1046 20 55.62 40.00 5.00 3.00 acgtttgggacacgttaata
SEQUENCE SIZE: 1111
INCLUDED REGION SIZE: 1111
PRODUCT SIZE: 891, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,730
0 ctacctttccatttctcatatggaattacatttgtctttgagtgaggcactctgttaagt
60 atctgatttgctgtaagaatagcttccccccataagttctgtggtaaacctgaacttata
120 agtaatgcatccatcatttcttttaaaatttggttttttctttctgcaattccattagat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 taaggagtgtagggagcagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNCaacagatttataagaatgcttagcatacttagatttaacacaaatttga
********************
960 cattttgatttattgcactcaaattttggcaaaatatttaagttaatcagttttcacaag
1020 gttttgttattaacgtgtcccaaacgttcatgccataaacatttagactcaagcaagtaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 gaagaagcaaaatctttattcatatcaactg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 758 0 0 0 66 0 535 57 4 24 29 0 43
Right 849 0 0 0 110 0 577 103 7 13 0 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000124, oripos=3951402..3952658 strand=1 allelepos=201..1457
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 20 54.57 45.00 4.00 0.00 tagacccttcatgcttcttc
RIGHT PRIMER 1566 20 55.43 45.00 2.00 1.00 tagttatgaaagtggggctg
SEQUENCE SIZE: 1657
INCLUDED REGION SIZE: 1657
PRODUCT SIZE: 1567, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1276
0 tagacccttcatgcttcttcatttatcttctaaggtgttcaaaatactcaaatttacttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtggtgttcatatgcatgatcattaattcatatcctatatgagatgtatgggatatcagt
120 acatgaatataatttaatttgaattacgaatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNAaatcttaaaaattgacgtgcaatattttctaaatagttaaaat
**************************
1500 ataaaattgtcaagatttttgtgagttcttcatatggaaattaccttcagccccactttc
<<<<<<<<<<<<<
1560 ataactacttacatttgaaatgtgtaggaatataatcaatcaaaatttcatctattctag
<<<<<<<
1620 atattgatcgtatgaacatttcttgataaccaaagat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 298 0 492 40 0 11 0 0 14
Right 860 0 0 0 190 0 570 65 0 18 0 0 17
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000125, oripos=3955420..3955465 strand=1 allelepos=201..246
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 148 20 55.00 40.00 4.00 3.00 atgtattccgagtgaattgg
RIGHT PRIMER 357 20 54.99 40.00 5.00 2.00 atcatcgtttatcgaaccac
SEQUENCE SIZE: 446
INCLUDED REGION SIZE: 446
PRODUCT SIZE: 210, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,65
0 gaaaaggtttaggactctataaatagaggagtgttccttctaacttaatcaccattcaca
60 atgttgtcttaagggttttgagagttttggttagagggagaatttgtgggtcacaagctt
120 gatacgttatcacttgtgtgaaccttccatgtattccgagtgaattggttgaggttgttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ccctctgtattttgtactctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNAtgtttgcattgctagattccgcatttacacctgcttattttcggtcctaacaag
***************
300 tggtatcagagccagattcaattatggaatcaggttttgtggttcgataaacgatgattg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aaccgggttagaaagaggtgttcatcttgacgggtgtagctgtagtcgcaaactttttga
420 cagtaatgaagattttactggagaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 522 215 0 36 0 0 82
Right 856 0 0 0 0 0 385 334 6 33 0 0 98
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000126, oripos=3982407..3983079 strand=1 allelepos=201..873
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 106 20 55.27 40.00 6.00 2.00 gaattgggcccttaattatc
RIGHT PRIMER 1070 20 54.98 40.00 6.00 2.00 cccacacatatgaatgatga
SEQUENCE SIZE: 1073
INCLUDED REGION SIZE: 1073
PRODUCT SIZE: 965, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,692
0 tataataacgtatctgaaaaactgcatgtgtttttacaaatagttgtgttatcaaataac
60 tacatttactctaaatactcatacataagtagttgttgaatgccttgaattgggccctta
>>>>>>>>>>>>>>
120 attatctgtcaattctgtattttgggcccaagcctgttagggcgtagcttagcactatat
>>>>>>
180 atagacgctatagggaacccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGccgatgtcgaaaggtacaaagcagatg
******************************************
900 atgtttgtaattactgcaaggagaagggagattggaaatttgattgtccgaagaagaaga
960 agaaattggaaaaacaatcagtttctgctgctgttgctgaagaagacaccaattctgaag
1020 aagacattgccctagttgcggatgagcacactcatcattcatatgtgtgggtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 26 0 535 229 3 38 0 0 23
Right 860 0 0 0 0 0 399 327 0 30 0 0 104
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000127, oripos=3984463..3985789 strand=1 allelepos=201..1527
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 168 20 54.95 50.00 4.00 0.00 ctacggagatggagtgaaag
RIGHT PRIMER 1656 20 55.15 45.00 4.00 1.00 agtgagatggatattggcag
SEQUENCE SIZE: 1727
INCLUDED REGION SIZE: 1727
PRODUCT SIZE: 1489, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1346
0 cttggttaaccgcggaccacatacaggcatacagttcaagacacctatggagatgtggtc
60 aggaaaagctgctgattattcaaatctgaaagcttttggttgtacggcttactatcacgt
120 cagtgaaggtaagttagaactaagagctaaaaagggagtatttgtgggctacggagatgg
>>>>>>>>>>>>
180 agtgaaaggtttcagaatctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcattagagacagagagagaaggaaacttttctt
************************************
1560 gtcacaaagaagctacattcagaaggtcttggcgaggtttgacatgtcttcatctaagcc
1620 tattgatacccccagtgctgccaatatccatctcactgcatgttcgctccacagtcagaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1680 gaagagaaggagtatatgtcacgagtcccttatgccagtgccgtagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 446 302 0 34 0 0 73
Right 857 0 0 0 0 0 406 381 8 26 0 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000128, oripos=3991636..3992062 strand=1 allelepos=201..627
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 116 20 55.17 45.00 4.00 0.00 tgcatatcttagttccaccc
RIGHT PRIMER 816 20 55.02 45.00 6.00 0.00 cattataaggagtccaccca
SEQUENCE SIZE: 827
INCLUDED REGION SIZE: 827
PRODUCT SIZE: 701, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,446
0 ttacgaatcattgtggagccagaattttcattaagaaaattcaaaataaaaacatttaaa
60 cacacaagaagacaagaaagttcacatatgatatgatatagtgactatgatatatatgca
>>>>
120 tatcttagttccacccttaaccccccttttgatatcgtagttccactcatgctcgtactg
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atattttcactaagagaactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatttagttccacccttaacctccttct
************************************
660 aataccttatttttgctcgtgctcacacagatattggggcctccaaaattaaaattgtcc
720 atgcaccagatgcgaaccactaggcgtgagatgggtgtaaaagaataacaaaaatctcac
780 attggtgattaataagatgggtggactccttataatgtttgggtaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 142 0 481 97 1 16 17 0 43
Right 860 0 0 0 20 0 385 361 0 22 0 0 72
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000129, oripos=4021356..4021993 strand=1 allelepos=201..838
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1038
INCLUDED REGION SIZE: 1038
TARGETS (start, len)*: 190,657
0 gtctttttttacttgtctcgaaagaattttttacacttttttatatttaattagaaatat
60 ttcaattgtttaactataagtttttttttaaaatcacatgatttaaaagtcatttgttat
120 tataatacattattttttaatttttatatatatatatatatatatatatattatttttaa
180 tttatattagtatttctaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCta
************************************************************
840 ttatttttaattttatatatatatatatatatatatatatattttttaatttatattaga
*******
900 tttcaaatatttagataaatttggacattccaattaaattttgacacatagcacattcta
960 gtgggtgaaatttcactattttgttatgtggcatggtaagacttttgttaaatctaattg
1020 agcttattctaaaattgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 810 0 0 0 706 0 86 0 0 0 18 0 0
Right 859 0 0 0 336 0 422 36 6 18 0 0 41
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000130, oripos=4028850..4028870 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 29 20 55.91 35.00 2.00 0.00 atgcggaaataaaataaggg
RIGHT PRIMER 399 20 54.62 45.00 6.00 1.00 ggcactataaagggctatga
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 371, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 atatttaattaactttcaaaatttaaaaaatgcggaaataaaataagggaaacttacata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aatatactaaaataaaaaatatttaccatttatagcaataatatctttttttcacttgat
120 cacttttaattcatttttaatacaagtttaatacatattacaaataacaatttattattc
180 atatttaatacaaattttaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaagtttgtatttgtaaatt
****************************************
240 tagtagttaaatttgtattaaacagtgatatgaatacaagaatatcaaattattttaatt
300 gatcatagttgtgcttttattattgtcaatctgtcataattcttttcttttaccagtaat
360 cgtgaggatcaatactttaatcatagccctttatagtgcctatcaattaataatacgatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 773 0 0 0 546 0 182 12 0 0 26 0 7
Right 860 0 0 0 223 0 603 14 0 11 0 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000131, oripos=4032652..4032672 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ccacacattttttaaaacaaaaaggaaccgaacaaatctcacacaaaataatagaaaatg
60 caagtctagtaaaataaaaagtctagtaaaataactaccaaatcctcaaaatgaatattt
120 tccatttaagatccatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacta
180 tatatatatatatagtatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTactatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatcatacagtatataatatatgtatatcattaatgaca
300 catgtcataggttaaaataaatagttaagatttaatttttcaaagtaaatctataaccat
360 gagtaagttaataaatatattatatatcaagtattaaaattattataatctcacaatctt
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 365 0 393 51 0 5 7 0 29
Right 860 0 0 0 624 0 236 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000132, oripos=4078863..4079777 strand=1 allelepos=201..1115
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 79 20 55.18 35.00 5.00 1.00 acatttatgccattttccag
RIGHT PRIMER 1167 20 55.27 45.00 2.00 2.00 tatgtgtgcgtgtgtgtgta
SEQUENCE SIZE: 1315
INCLUDED REGION SIZE: 1315
PRODUCT SIZE: 1089, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,934
0 acatttgattgatacaaaccttatcaatagattcatcgagactagtagtgtttccttcat
60 agaaaaagtcataggcataacatttatgccattttccagccacaattaagcctgattaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acaatcaacatcaagattagttgatggatatttttatttgtctacaagtatttacaaagg
180 cagtgtattgcatttgcttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatatatatatatatatatatatata
********************************************
1140 tatatatgtacacacacacgcacacatagagcgagcacgcgcgcttgtgatcataaattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 accttgttttcggtttctccgagaatctatgagcaataaaaaaacacattactgaaataa
1260 tttgaaaatgaataatatattatataaatttatttttcataggataaggaaaaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 34 0 703 85 6 6 0 0 12
Right 791 0 0 0 281 0 235 215 4 16 18 0 22
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000133, oripos=4086791..4086811 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 151 20 54.96 40.00 4.00 1.00 cgtttataccattttccgag
RIGHT PRIMER 279 20 54.99 50.00 2.00 0.00 caagtgtgtgtgtgtgtgtg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 129, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aaataattttaaaattacaaatctaattaattaatttaacagtgaacaaaaaaccgatta
60 gaaataaataacattttattaatacaaaccttatcaataaagtcatcgagactagtagtg
120 tttccttcatagaaaaaagtcacaggcataacgtttataccattttccgagccacaataa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttcctcattaatacaatcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatacacacacacacacacacacttgtgtgtgtggttggtatgcgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 gtgtgcgtgcaggcatgtgcgcgtgcgtgcgtacgtgtgtgtgcacgtgtgggtatgcat
360 gtgtgtgtgtgtgtgaaaacaaatttgccaatagtaaatctccgtgcaataaaaaccaac
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 740 0 0 0 267 0 327 76 0 15 33 0 22
Right 849 0 0 0 79 0 237 468 5 10 0 0 50
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000134, oripos=4089440..4091210 strand=1 allelepos=201..1971
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 20 54.92 35.00 6.00 0.00 aaagaattcactccgaaaca
RIGHT PRIMER 2027 20 55.02 40.00 3.00 3.00 tgacacggacattagttcaa
SEQUENCE SIZE: 2171
INCLUDED REGION SIZE: 2171
PRODUCT SIZE: 1987, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1790
0 tacacttaacaagagtttagaaatcatttgcctcaaacaataaagaattcactccgaaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atgagccttcctctttcgttgaactttcaactcaaagcaatctattcaaataaatgacca
>
120 ccataagatttcaagactaattaacagcactcaactctataatcgagttcctaatcttga
180 tatcaataaacatatcaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatag
************************************************************
1980 atttaccaatcggctccattaataaggcttgaactaatgtccgtgtcaatttttgacaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2040 aactatctccgaattctggattaacaaaaacgatggtggactatagaacacgaaaatcta
2100 gaaaaatgggggggggggtttactttctctgggactcgtttgaccttgaaaatggattgt
2160 tttgagcgtgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 844 0 0 0 13 0 632 121 8 11 0 0 59
Right 773 0 0 0 5 0 388 236 4 32 22 0 86
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000135, oripos=4104245..4104265 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 76 20 55.01 40.00 4.00 2.00 tttcaagcaagagttaagcc
RIGHT PRIMER 381 21 54.91 38.10 4.00 2.00 gaacgaaagttatcatcatcg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 306, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ccttatcactgaagatattgaaactcacactcgttccatcatagcaaatagtcaaaggcg
60 caattattatgccatttttcaagcaagagttaagcctgattaatataatcaacacaaaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttaatcgaagtgtgtctatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tataataatataataaataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatataataaagctattactaaaaaaataattataaaa
300 gggaagatatctcttttctcagaattacagggagagtactcaaagaagtatattattaga
360 tcgatgatgataactttcgttctaattgatatttgcagatctatgttgaagaagttgcag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 236 0 412 127 0 20 0 0 60
Right 860 0 0 0 306 0 525 2 0 14 0 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000136, oripos=4107316..4107336 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 136 20 55.00 40.00 5.00 0.00 tggcccaataaccatataac
RIGHT PRIMER 288 22 54.58 31.82 5.00 2.00 tgttgtttatgatatttcctcg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 153, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tcatcaaaatttataagaggtttagatttaatcttgcacgtccatcaactaagtcatcta
60 atgatagattgagagtcttctttactttacattaattgggccacacataaaataacaggt
120 ataacatttttccacttggcccaataaccatataacactaatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatataattacgaggaaatatcataaacaacaaagagattaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 attaataagcctcattatctacaatttacctaattttgctccataactatagtttcattt
360 tctatggataattctgtttatataattcatttgtcaatatacaaatagaataagctggtc
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 168 0 469 156 3 15 0 0 42
Right 860 0 0 0 313 0 543 1 0 2 0 0 1
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000137, oripos=4150757..4151809 strand=1 allelepos=201..1253
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 125 21 54.99 28.57 5.00 3.00 tggtggaaaaagttattttga
RIGHT PRIMER 1317 22 54.68 31.82 6.00 1.00 ttcatccaaatgtatgtcaact
SEQUENCE SIZE: 1453
INCLUDED REGION SIZE: 1453
PRODUCT SIZE: 1193, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1072
0 aaaaatgaatatattcgatcgatttaaatttgatacgcataaaaatagattgatcaataa
60 taatctagataattgtagactaatcaggtaagaacataagctaaaagtcaaaataaactt
120 aaacttggtggaaaaagttattttgatgggtttgaaatactttgaaggttaaaagtgtat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gatctattttttttggggaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaactaat
************************************************************
1260 agaacgttgttcttcttataaataaaatacataactagttgacatacatttggatgaata
** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 caaattagggacaaatacaagattcataaaccatacaacatgaaatttttaataaataca
1380 aatattgatagtatacatagtgatttgaatacaaattaagaaagcataccaaattctaaa
1440 aaaaactataaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 143 0 660 11 0 20 0 0 21
Right 845 0 0 0 279 0 549 1 0 4 7 0 5
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000138, oripos=4202770..4203349 strand=1 allelepos=201..780
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 20 54.05 35.00 6.00 1.00 tctccacttcaattcaatca
RIGHT PRIMER 945 20 54.85 35.00 2.00 2.00 tccctaatccaaaaatcgta
SEQUENCE SIZE: 980
INCLUDED REGION SIZE: 980
PRODUCT SIZE: 919, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,599
0 cccacattaacatcatcattaacactatctccacttcaattcaatcattgaaatactatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cgtgtatatctatgtatttcttgtgtatcatgtatatacttgacatttataaaattaatg
120 cgtgatatacacaatatatacatatatacatacatacatacatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
************************************************************
780 tactatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattttcaactctacattt
*********
840 taatttaagattaatctaaatcatctcaaatattctcagcttctgtatatagttttatcc
900 agctcaattacacgcacttaaaattatacgatttttggattagggaatggtaagttgtcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 cttttagttttttaaagaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 283 0 557 6 1 3 0 0 5
Right 834 0 0 0 288 0 441 59 0 3 10 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000139, oripos=4220022..4222742 strand=1 allelepos=201..2921
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 150 20 54.90 45.00 6.00 2.00 taagtggcgactcctaaaag
RIGHT PRIMER 3104 20 54.95 35.00 2.00 0.00 tgggttttatgctatttcgt
SEQUENCE SIZE: 3121
INCLUDED REGION SIZE: 3121
PRODUCT SIZE: 2955, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,2740
0 gtcggaaaaccgtatttaacggagtgtcttaggcgccttacaccttcctaagacactaat
60 gagaatcccgaacccttaaaaaatgtttcaaaacaattttttctgtttaggttgtttaga
120 aacgaagttttcttgatttttcttaaaaattaagtggcgactcctaaaagtctgaaaaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aactcttttcgaaaatcactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaggcctcatcattaacaaa
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2940 gtggtttttaagatttaagattcaacagcctcatcatgctaattcatcacaattacaaaa
3000 tcatatcatgcaagcacataattaagcatatagaagactttacagaattactcaatacat
3060 atcattcgctattaagagtttcactacgaaatagcataaaacccataacctacctccacc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3120 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 768 0 0 0 113 0 376 178 0 26 28 0 47
Right 860 0 0 0 31 0 702 70 0 21 0 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000140, oripos=4232940..4232960 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 121 21 54.30 23.81 7.00 3.00 cttttcaaaatccaaaaattg
RIGHT PRIMER 336 20 54.71 50.00 8.00 1.00 tgtgatagctgtcagaggtg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 216, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tctaaaatctacaactctcttggaacaattttcatattttaagactaattgaatctatga
60 aattccattgtgatactcaaaaatttaaaagataccaaaaattattttttaacaatttta
120 acttttcaaaatccaaaaattgtataattcatatttttttacttaaaactcgaaacaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttcaaaattcaattagaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacttgaggtcaatatcaac
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240 agagataaaataataattttatgtaaatttccaaaaataattatttgaattattacaatg
300 tcacaatttcaccattgcacctctgacagctatcacactttctaatgaaggaatacacat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 cttgtttcattctttctaacgaaggaatacacatcttgtttcattctcttctaatagaac
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 448 0 372 0 0 18 4 0 4
Right 860 0 0 0 244 0 486 76 2 15 0 0 37
Pair Stats:
considered 4, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000141, oripos=4233556..4240601 strand=1 allelepos=201..7246
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 74 20 55.05 40.00 4.00 0.00 gatggttagctgcatttttc
RIGHT PRIMER 7314 20 55.01 45.00 7.00 1.00 taacccttggttacaacacc
SEQUENCE SIZE: 7446
INCLUDED REGION SIZE: 7446
PRODUCT SIZE: 7241, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,7065
0 aattgtgttatatattgtttaaaataaattaaaaatagatgagtgaatttactagacgta
60 ccaaacaatgcaatgatggttagctgcatttttctgtgtgaggtttaaagtttgcatctt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acatgtatcttgttatgtattttttttctaaaactaggtaacacctctctaagtgataat
180 tgatagcactttatatgtatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAattcccaaatgagt
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7260 atgatgaggaggcgtgagtcctcattgatgtgcttggtgttgtaaccaagggttatggta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7320 actgtaaatgctgcatgctaaggatattagttgattttatgatgttatctgatacatatt
7380 gtttctattttgagttggccgatgatatctactcagtacccatgttttgtactgaccccc
7440 tacctt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 839 0 0 0 207 0 488 95 0 16 7 0 26
Right 860 0 0 0 36 0 455 272 0 29 0 0 68
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000142, oripos=4243370..4244027 strand=1 allelepos=201..858
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 151 20 54.84 35.00 4.00 0.00 gcatgatttttatggaaagg
RIGHT PRIMER 917 20 54.90 50.00 4.00 0.00 tagtgatccacccacctaac
SEQUENCE SIZE: 1058
INCLUDED REGION SIZE: 1058
PRODUCT SIZE: 767, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,677
0 tcgttaaaaatatatttagctgcaatcatattatatccgtaattaatagtcgctaaagat
60 ccattttaagtacatattttctaggataagtttaactcttaaaaacatatttaaaaggga
120 taggacgtacatacaagttacatcaatgtacgcatgatttttatggaaaggtgtcacatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaaaatgaaaaagtaaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNGacaaaataaaataggtcatatcatttttttaatgggtcgggt
*************************** <<
900 taggtgggtggatcactaaatggttatttttatttttaaaattttttggtttgttagata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 aataattaatatcaataaattttaatttaaaaaataatttaatagattgagtgacttttt
1020 gaggaaaaaatgagtagttgagtgactttctgagaaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 127 0 637 19 8 23 0 0 34
Right 730 0 0 0 371 0 209 92 0 1 38 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000143, oripos=4278057..4285850 strand=1 allelepos=201..7994
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 96 20 54.92 45.00 4.00 1.00 tagaatatggatcgggtgtc
RIGHT PRIMER 8065 20 54.89 50.00 5.00 1.00 tctaagactgaggaggacca
SEQUENCE SIZE: 8194
INCLUDED REGION SIZE: 8194
PRODUCT SIZE: 7970, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,7813
0 tgtcacgttccgacaccaggatagaatgaggatcggagtgtcacgttccgacaccaagat
60 agtatatggatcgggtgccacgttccggtaccaggatagaatatggatcgggtgtcacgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tccgacaccaggatagaatgaggatcggagtgtcacgttccgaaaccaggatagtatatt
180 gaggagcggagtgtcacgtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7980 NNNNNNNNNNNNNCatacaatttctcttctctcaacctctgaagtacaatcctcaggtgt
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8040 cagacatggtcctcctcagtcttagagtaaaccaagatgtcatcgatgaaaacaatcaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
8100 aaagaatcaaggtatggtcaaaacaccccattcatcaactccatgaatgctgcaggggct
8160 ttagtcaatctgaagtacatcactagaaactcat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 226 547 0 15 0 0 67
Right 841 0 0 0 0 0 450 284 10 11 0 0 86
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000144, oripos=4290655..4291224 strand=1 allelepos=201..770
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 105 20 55.06 35.00 2.00 0.00 ttttcggttttgtcgtagtt
RIGHT PRIMER 942 20 54.92 35.00 4.00 2.00 aaggttttagcttttccgat
SEQUENCE SIZE: 970
INCLUDED REGION SIZE: 970
PRODUCT SIZE: 838, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,589
0 ttttaagacaaagtgttagaaacttggggggggaacgatttttctgggaattttttgggg
60 ttccatcacaaaaggttgagataaaattcgagagtattctgttgcttttcggttttgtcg
>>>>>>>>>>>>>>>
120 tagttgggacgtttctttgacaaaaattggcagaaattttaacatagagaaggttgaaaa
>>>>>
180 attgagagttcggagaatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtctgtagctt
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780 tttctttgttcgacttctttaagaaattccatggcatcggtttttgcttactggtattgt
840 catgttgattatatttttgcctcatttgtttgatttagtacttgtttcatggctttcttt
900 gcctaattaatgttttgggattgatcggaaaagctaaaaccttacctcactgtccattga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tttcgtgggt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 731 0 0 0 2 0 383 223 0 23 36 0 64
Right 859 0 0 0 11 0 501 244 4 16 0 0 83
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000145, oripos=4297020..4297427 strand=1 allelepos=201..608
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 145 20 54.90 35.00 3.00 0.00 tatgcttttccatttcaggt
RIGHT PRIMER 695 20 55.07 45.00 3.00 0.00 aactgtaacgagatggatgg
SEQUENCE SIZE: 808
INCLUDED REGION SIZE: 808
PRODUCT SIZE: 551, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,427
0 tactttgtttcttgaatatgtcagagtcataattcttatttgttgggtatccaccccata
60 agtggattatgtgttttgattggccaatcaaagaatttattatatgatttgttgggcgat
120 ccaccccacaagtggttcgtatatatatgcttttccatttcaggtttctatttttgaatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agatggaatattatcgagcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNGagccatccctctcgttaaagttggaatattatcgagcatccacctcgttaca
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660 gttggaatattatcgaccatccatctcgttacagttggataattattgagctaactagct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 cgttacagagaaccccaaagaggagaaaactatccccaaaatcagtaattttactaagaa
780 caggaagcattttatatcgcttatgtca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 817 0 0 0 61 0 455 229 10 22 0 0 40
Right 858 0 0 0 13 0 553 199 6 19 0 0 68
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000146, oripos=4300670..4300857 strand=1 allelepos=201..388
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 118 20 54.88 45.00 4.00 0.00 gtagttgggacgtttctttg
RIGHT PRIMER 548 20 54.84 30.00 8.00 3.00 atgccatggaatttcttaaa
SEQUENCE SIZE: 588
INCLUDED REGION SIZE: 588
PRODUCT SIZE: 431, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,207
0 ttttaagacaaagtgttagaaactttggggggaacgatttttctgggaattttttggggt
60 tccatcacaaaaggttgagataaaattatagagtattctgttgctttttggttttgtcgt
>>
120 agttgggacgtttctttgacaaatattggcagaaattttaacatagagaaggttgaaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttgcgagttcggagaattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcgattgatcgttgtttcggctttgtctaaact
*************************************
420 gcttgcggtcagcatgaaccgcggcttcgcttttgattcaaatgtttgttttactctctt
480 accatccgcgcttgttggtccgtctgtagctttttcttagtttgacttctttaagaaatt
<<<<<<<<<<<
540 ccatggcatcgatttttgcttactggtattgtcatgttgattatattt
<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 738 0 0 0 30 0 403 194 1 22 34 0 54
Right 851 0 0 0 9 0 377 412 5 10 0 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000147, oripos=4313490..4317034 strand=1 allelepos=201..3745
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 83 20 54.84 40.00 3.00 1.00 attctgttggtgaagcagtt
RIGHT PRIMER 3779 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ttaagggacgttttggacta
SEQUENCE SIZE: 3945
INCLUDED REGION SIZE: 3945
PRODUCT SIZE: 3697, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3564
0 atttattataaattatgattaacactcttaatttataataaatacaataattaatgacac
60 tttagagtagagaataatgtttaattctgttggtgaagcagtttaataactattagcgta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 agtcataaacctaatttggttagaatcaaatagtaaaatgaaaacaatcaaaatcaatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtaattaacgtaggaatagtccaaaacgtcccttaa
********************************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3780 aacgtgtaaagaaatccgacccagactgggattacgcaacctatgacggcccgtcgtgcc
3840 tgcgacggtccgtcctgcaggtcgtcgaaaggttcagagactcaatttccaccaaggagt
3900 ctgtgacggtccgtcacgcctgtgacggtccgtcacgcctgtgac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 329 0 497 14 0 2 0 0 13
Right 856 0 0 0 4 0 124 654 1 18 0 0 55
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000148, oripos=4317897..4318721 strand=1 allelepos=201..1025
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 11 21 55.17 33.33 4.00 0.00 aactttgaatttagcattccc
RIGHT PRIMER 1081 20 54.43 35.00 6.00 1.00 gatttgaaaatgcaaggagt
SEQUENCE SIZE: 1225
INCLUDED REGION SIZE: 1225
PRODUCT SIZE: 1071, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,844
0 aacataattggaactttgaatttagcattccctaaaattaatctcattaaatttcccttc
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60 ttaaactaagaaatttgtatctctttatcttcacaacttatatttctataatctctaata
120 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatattatagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 tcaacagattagctactaccaattgagtgtttttataaatttgaggcgaaaatatctata
<<
1140 gaagtaaattatcatatattcaagtgtctaaataaaattaccgataaacttaaagtctga
1200 ctatgtttatcttaataattcttac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 450 0 383 4 0 4 0 0 14
Right 860 0 0 0 194 0 598 28 0 27 0 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000149, oripos=4336842..4338892 strand=1 allelepos=201..2251
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 54.93 40.00 4.00 3.00 tatgtttcactcgtccatga
RIGHT PRIMER 2388 20 55.12 40.00 4.00 0.00 attaagactgagcaacggaa
SEQUENCE SIZE: 2451
INCLUDED REGION SIZE: 2451
PRODUCT SIZE: 2226, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2070
0 gcatgcacatccttcaccatcctactaagttttggaaattgagctccacgattcctccac
60 cagttcaatagttccggtataccattatcgtttgtaatatcatctgtaccctgttcaaga
120 tatttaacaaattcacatttattagaagagtcaagaccaagtttatgtttcactcgtcca
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180 tgagcacctacttgattcatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgacgattccgtcccgttccgtgtaccggt
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2280 ttagactatcccggcccggccagtaggcaaccgaaacgggatgaatcagaacaaaccggg
2340 acggtacggaacggtaccgatacgtctcgttccgttgctcagtcttaatgataatcataa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2400 gattgaacttgaaattttaggattacaatattttcgattctatattttctg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 61 0 527 198 0 21 0 0 48
Right 860 0 0 0 82 0 260 481 0 22 0 0 15
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000150, oripos=4345890..4353962 strand=1 allelepos=201..8273
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 44 20 54.77 45.00 4.00 2.00 aatactacgtgtcggttcgt
RIGHT PRIMER 8441 20 54.99 40.00 3.00 2.00 atcatttccaccaagtatgc
SEQUENCE SIZE: 8473
INCLUDED REGION SIZE: 8473
PRODUCT SIZE: 8398, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,8092
0 cgatcccctaattctacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaatactacgtgtcggt
>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcgtgacacccgatcccctaattctacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaattct
>>>>
120 acgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaattctacgtgtcggttcgtgacacccgatc
180 ccctaatcttcttccatcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgttgtta
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8280 caatttttttctttcaaactacaaattgtatttgggtgatcaaaattgtattacttgatt
**
8340 accatatatatatatacacacacatatctcaatatgtatgaatataatttatgaaagggt
8400 ataagatttttggtggaaaatagcatacttggtggaaatgataaatttgttgaggaagga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
8460 tataatattctaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 113 686 0 8 0 0 48
Right 851 0 0 0 147 0 602 34 2 19 3 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000151, oripos=4395834..4396703 strand=1 allelepos=201..1070
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 20 55.12 35.00 6.00 0.00 atttgtgctcaatttccatc
RIGHT PRIMER 1165 21 55.10 33.33 3.00 3.00 ttatggtatggaagagcaaaa
SEQUENCE SIZE: 1270
INCLUDED REGION SIZE: 1270
PRODUCT SIZE: 1165, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,889
0 tatttgtgctcaatttccatcattatttttgttagttcgatttcaactttcttgtacaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtgttaatcgttttatttattagacttttataaagttgatttattgtggtggatttagaa
120 atttttgtgattaggcttaatatttgaacttggaatgttaaagatcaaaatattgaacct
180 tctaaatcactaaatcaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcgtttagctt
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1080 aaaataaatattaatttttttaaaaaagtttatttttagcttcacaaaagttttatttat
1140 ttattttttgctcttccataccataattgagtgtctatgtggtataccttaattaaaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 acatctatattggaataaaataaacaattttatttttatacatttgcgtatagaacatac
1260 ttattgaact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 179 0 625 15 0 11 0 0 25
Right 831 0 0 0 430 0 375 3 0 0 9 0 14
Pair Stats:
considered 4, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000152, oripos=4427304..4427324 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 132 20 54.94 45.00 8.00 2.00 cgtttccacgaggaatatag
RIGHT PRIMER 333 20 55.06 35.00 3.00 0.00 tcttccgcattattttctgt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 202, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 catgatccagactgtcgtgaatgacacccacattaaccctcggggaagagaactgatacg
60 ctcaaacttacttctcaaatgagaagtaaagcgatcgcgtcaagtaaataacccaactag
120 tgaggttgggatcgtttccacgaggaatatagtctagacttaacttcaacttgttattac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tattgttcggttgatgacttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtcacgacccaaatcgggc
****************************************
240 cgcgactggcacccacacttatcctattatgtgagcgaaccaaccattctaaccccaatc
300 gtttaccaataataacagaaaataatgcggaagacttaaactcattaatggaaatcaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aaataacttctaaaaactcaacaactattattatccccaaaatttggaagtcatcatcac
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 448 346 1 18 0 0 42
Right 830 0 0 0 111 0 435 212 11 5 0 0 56
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000153, oripos=4428278..4429294 strand=1 allelepos=201..1217
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 54.92 45.00 4.00 2.00 gacacccgatccatattcta
RIGHT PRIMER 1392 20 54.89 30.00 6.00 2.00 ttattttaaagggcgttttg
SEQUENCE SIZE: 1417
INCLUDED REGION SIZE: 1417
PRODUCT SIZE: 1363, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1036
0 gatcctcattctatcctggtgtcggaacgtgacacccgatccatattctatcctggtacc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggaacgtggcacccgatccatattctatcctggtgtcgcaacgtgacactccgatcctca
120 tatactatcctggtaccggaatgtggcacccaatccatattctatcctggtgtcggaacg
180 tgacactccgatcgtcatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNTttaaaccctctttcgtttacccttattaacatataattaagta
**************************
1260 taaaagatgagtacttaacccactacttaactcaaggttacctcttttaacccccaagta
1320 attgagttattaatattaaaccactaactttataattataagccggaatagtccaaaacg
<<<<<<<
1380 ccctttaaaataattacagaaatccgacccagcatgg
<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 215 562 0 17 0 0 61
Right 860 0 0 0 203 0 462 132 0 21 0 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000154, oripos=4435818..4440493 strand=1 allelepos=201..4876
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 68 20 55.07 50.00 3.00 3.00 tactatcctggtgtcggaac
RIGHT PRIMER 5065 20 55.14 40.00 4.00 2.00 gtttaccgagcaaaagattg
SEQUENCE SIZE: 5076
INCLUDED REGION SIZE: 5076
PRODUCT SIZE: 4998, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,4695
0 attaacatctttcaaaattcattatctttattcctctcgtgtcggtatgtgacactccgc
60 tcctcatatactatcctggtgtcggaacgtgacactccgatcctcattctatccttgtgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cagaacgtgacattcgatccatattctatcctggtaccgaaacgtggtacccgatccata
180 ttctatcctggtgtcggaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNCagcaggctcgacagaagaggcctcagaatctggcatcctcgcct
*************************
4920 ctagtatcgtgttgatgtctacacgaagactgttgactgcagcctgaagagccgacacat
4980 ctaccggaggggctggtcgagctaacactctcaactcaaaggcctctaggcgctggttaa
5040 cctcagcaatcttttgctcggtaaactgctgcatct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 49 0 308 385 0 25 0 0 88
Right 855 0 0 0 0 0 204 574 4 25 0 0 48
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000155, oripos=4444453..4449675 strand=1 allelepos=201..5423
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 63 20 54.99 45.00 4.00 2.00 atacttcgacttgcccacta
RIGHT PRIMER 5589 20 54.92 45.00 6.00 1.00 actcgccttaatgctacttg
SEQUENCE SIZE: 5623
INCLUDED REGION SIZE: 5623
PRODUCT SIZE: 5527, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,5242
0 ttgaccaatccgttctactagcattcactgttttggacaatatctgtttgatctcccgat
60 ttgatacttcgacttgcccactagtttgagggtggtaaggagtggccacattatggcgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ccccgtatttctccaataaccccttgaacaatctgttgcagaagtgggagcccccatcac
180 taataatggcccttggggtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCctaacccttatctttacctcatattaagcatcgtatt
********************************
5460 cgatatttgactaagttattacctcgtaccaatcaatactagcctattagatagtataca
5520 ctaaatctatgttaataattcttttcctattatctacctccttggtctggcaagtagcat
<<<<<<<<<<
5580 taaggcgagttctaatgttgatcatccgttaaaaagacttcta
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 262 471 0 30 0 0 92
Right 860 0 0 0 84 0 614 97 0 35 0 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000156, oripos=4467095..4468247 strand=1 allelepos=201..1353
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 17 20 55.02 50.00 2.00 0.00 gaccgacaacgaagaagtag
RIGHT PRIMER 1524 20 54.96 40.00 3.00 2.00 agccattgttcaggtaaaga
SEQUENCE SIZE: 1553
INCLUDED REGION SIZE: 1553
PRODUCT SIZE: 1508, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1172
0 atccagtatgtctcattgaccgacaacgaagaagtagtgacgggagttatataagaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaattcttagattttacaagtatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
120 tatatatattacacttactatttaagtttcatcaataaaggaaatcaacatttaatattt
180 ttccaaacaccaaacgaaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtgctaacaatgtaatataatttagtaa
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1380 tcatcaccaatttacccattgtttcttatcacccattatcaatatagcataaaataataa
1440 cataatcccaagcactgcgacaatatattactatatataaaattgaaaagaacgaatatc
1500 tcatatctttacctgaacaatggctatgatttttctccctctcgttggtcgcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 492 0 264 77 0 2 0 0 20
Right 860 0 0 0 202 0 467 130 0 6 0 0 55
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000157, oripos=4469961..4469981 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 128 20 55.01 45.00 5.00 3.00 tagtgttgcttcaagtcacg
RIGHT PRIMER 254 20 54.87 45.00 4.00 0.00 gcaattcttgatagtgaggg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 127, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 acttccactcaggtataggcatcctctgtgtcatacctccaggcttttggtgttcatact
60 tcacttgctgacaattcagacactgggatacaaaatctactatgtccctcttcatacgac
120 accaccaatagtgttgcttcaagtcacgatacatcttagtagcccccggatgaatagagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 acctcgaactattagcctccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtaatcctcaaaactccctc
**************************************** <<<<<
240 actatcaagaattgcagccctggcttctccttttaaaaccttgtccctaatcttacataa
<<<<<<<<<<<<<<<
300 atcaccatcatcaaactgttgagctcgaattcgctccaacaaggatgacctagcctccat
360 ataagccaataccttaccagattctgaaatatcaagtctcacaaagctattggccaggga
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 424 306 0 19 0 0 106
Right 860 0 0 0 0 0 467 318 0 11 0 0 64
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000158, oripos=4512048..4513334 strand=1 allelepos=201..1487
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 69 20 54.80 45.00 4.00 0.00 atgagatattgtcacgaccc
RIGHT PRIMER 1577 20 54.88 30.00 6.00 1.00 aaaattgcgtgatttcatct
SEQUENCE SIZE: 1687
INCLUDED REGION SIZE: 1687
PRODUCT SIZE: 1509, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1306
0 aatatatcgtaatataggcattgattttatgatatgacaagtattatcaaccaactattt
60 atagtaagaatgagatattgtcacgacccaaaatgagtcgtgagtggcatccacacttaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctacctaagtggacgaaccaagaaacttaaatcccaacatgtaccaataattcaactgtg
180 aataacaaaatattgcggaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttaagttctattc
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1500 aatagcttttaaccaagctgattaacctgttatgctattaccttaaccaaaacaaaatag
<<
1560 atgaaatcacgcaattttgaacccaattctcgagcccttcgaagatacatttttaatcca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 agaatacaaagaaaataatccttgctctcacctaattctgaaagctacacatcccataaa
1680 ttttaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 25 0 582 173 0 13 0 0 62
Right 860 0 0 0 21 0 585 173 0 28 0 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000159, oripos=4514580..4515271 strand=1 allelepos=201..892
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 131 20 55.02 40.00 4.00 3.00 ttaaccgacactcaacatga
RIGHT PRIMER 1008 20 55.41 45.00 5.00 1.00 atagtgggtcactttcacca
SEQUENCE SIZE: 1092
INCLUDED REGION SIZE: 1092
PRODUCT SIZE: 878, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,711
0 gaccaaacaatttattttactttttagatcaattcaataacaaaataacacacttcctaa
60 ctcgaaccaagtaagcatcgatgactttctcgaatataccctcactctatgaagtcatag
120 tagtgtctttattaaccgacactcaacatgagactaccaccacattttgcgatcgagaaa
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180 atatatctatttctaaggacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtttcgtga
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900 ctgctgcagatatgatttctcttagctaaacccttattttccttttacagaatagttttt
*
960 cctaaatatcatataactaattataagagtggtgaaagtgacccactatttatttcacta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 ttatcctctttaaccaccaactaaataaattaataaaattaccccactaatttcataatt
1080 ataattatgaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 119 0 523 128 7 25 0 0 45
Right 860 0 0 0 201 0 611 21 0 4 0 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000160, oripos=4546508..4550695 strand=1 allelepos=201..4388
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 54.82 30.00 4.00 2.00 cgatgaatgcaaacaaatta
RIGHT PRIMER 4489 20 54.98 50.00 3.00 3.00 cagggaagtctgtttctgag
SEQUENCE SIZE: 4588
INCLUDED REGION SIZE: 4588
PRODUCT SIZE: 4460, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4207
0 actattatttattggttttcttcatatcttcgatgaatgcaaacaaattaataaaatcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atataggggtaaattactaaaactgtgaggggagtcacaaaacaacacaagtaggataca
120 acacctacaaggatcgacttcaagacaatcaaccaaatatacttcaccaatttaccaaaa
180 gaaattcaccagtatattaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4380 NNNNNNNAggaacaaagcctgcaactcatcatcaaggacaattttcataacagtcaactt
*****************
4440 gttaataatatcttgaaagtcgctaagatgctcagaaacagacttccctggcttcaactt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4500 gagattaacaagcctcttaatcaacaaggccttgttatgagcggtcttcctctcataaag
4560 accctccaattttctccatagctcaagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 94 0 569 112 2 19 0 0 56
Right 838 0 0 0 22 0 463 249 9 19 0 0 76
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000161, oripos=4551417..4551437 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 139 20 55.14 40.00 5.00 3.00 ataaacacgcaagtgacaca
RIGHT PRIMER 340 20 55.10 30.00 7.00 0.00 aaaaactcaattttcaggca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 202, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 taggatacaacacctacaaggatcgacttcaagacaatcaaccaaatatacttcaccaat
60 ttaccaaaagaaattcaccagtatattaaccaagctcaaatcagcaacacatcaattgaa
120 tcacaagcaaatatgaattataaacacgcaagtgacacacaagatttatacgtggaaaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tccttcggtatgaaggataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaacaactgaagcaatga
****************************************
240 gctgtcactcacttggaataaatatctggtatatttcttgttagaagttctaaattatga
300 cattttgacaaattgtatgattgcctgaaaattgagtttttttaaaaaaatatatatata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aacttttcaaataaaatggaaataattattagaagtttgataaatttaaattattatgtc
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 18 0 589 142 2 25 0 0 76
Right 850 0 0 0 399 0 366 49 0 13 5 0 18
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000162, oripos=4568688..4569150 strand=1 allelepos=201..663
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 121 20 54.87 40.00 6.00 3.00 acaatcttacatgtgtgcca
RIGHT PRIMER 835 20 54.87 30.00 6.00 2.00 ttgttttggttttccaaagt
SEQUENCE SIZE: 863
INCLUDED REGION SIZE: 863
PRODUCT SIZE: 715, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,482
0 ttgtattattattaaataaatatttaataaattgtggattattgtttaagtgtataccgt
60 gccaaacaaataggatgactttttcattttgtaaaagaaaatcaaaaaaaaatcgaatca
120 aacaatcttacatgtgtgccaatatatttatatataaatataaacaattatattatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNCacaaatgatcctattaacaacactaatgtttaggtactatatatatgctacttgcat
************
720 acaagtaaaatatcctactttgacaaataaagattaatagagtatcctattaatctttat
780 taataaaaagaagtctatatccacagaatttatgacactttggaaaaccaaaacaaatta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 aaaaggggaaaagggtctgaata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 823 0 0 0 417 0 305 53 0 2 12 0 34
Right 860 0 0 0 164 0 588 68 0 10 0 0 30
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000163, oripos=4588636..4588656 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 123 20 55.41 40.00 4.00 3.00 aaaaccccgtgagtaaactt
RIGHT PRIMER 372 20 54.85 45.00 3.00 0.00 tcggttggtcttctgtagtt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 250, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 agtccttattgttaggatcgaattcacgcacacacactacatgaatgaagaacacaagaa
60 ctttcaagagaaagagatgagaaatctagagagagagagagagaaaactcaatatttcgt
120 ggtaaaaccccgtgagtaaacttccacggcggtgaggtagatttatattaataaatcaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtatttttggttacaaagaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCctaaaattaatcaggctcc
****************************************
240 actacctaacaattctcccacttggagactgactcagtcatccaaaaagtacattctcaa
300 aaaaaatctcttcatcatcaacatctttaccacaccgcaacatctgtagcaacaactaca
<<<<<<<
360 gaagaccaaccgaggttttacataacctcagtttcccaacatcaacacatttcgtcaaca
<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 81 0 503 222 0 12 0 0 37
Right 776 0 0 0 3 0 404 242 15 16 18 0 78
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000164, oripos=4589397..4589854 strand=1 allelepos=201..658
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 55.02 50.00 3.00 1.00 gtagagtcaccttgcctttg
RIGHT PRIMER 841 20 55.01 35.00 5.00 0.00 attctgcaaagctgaaaaag
SEQUENCE SIZE: 858
INCLUDED REGION SIZE: 858
PRODUCT SIZE: 793, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,477
0 ctcttgctcgagtcaacatccccaccaagatcagcatctacaaaaccctgtagagtcacc
>>>>>>>>>>>
60 ttgcctttgccaatacaaagtgaagtactggatgtacctctcagatatctcagaagccac
>>>>>>>>>
120 ttcacagcttcccaatgctctttcccagggttcgccgtgtacctgctaacaactcccact
180 gcatgtgctatatcaggtctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaa
************************************************************
660 tctgttttgctggacccaaatctttcatctcaaatgttgcagacaaccttatcttcagat
*******
720 tgttaatctccctcatactagatcctgcaatcaacatatcatccacatacaagagtagaa
780 agacatatgaatcagtgtatttcttgaagtagcaacaaggatctttttcagctttgcaga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 atcaactcttggtcatga
<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 0 0 300 474 4 16 0 0 59
Right 860 0 0 0 0 0 627 141 0 38 0 0 54
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000165, oripos=4600984..4602132 strand=1 allelepos=201..1349
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 165 20 55.01 35.00 6.00 0.00 aacaacaagcatgtcatcaa
RIGHT PRIMER 1440 20 54.96 45.00 3.00 2.00 ccagttcctttgactattgc
SEQUENCE SIZE: 1549
INCLUDED REGION SIZE: 1549
PRODUCT SIZE: 1276, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1168
0 aagtactttctgaatgtacttctcttgtgataataccaatttcttggcctttctatcacg
60 gacaatctgcatgccaagaatctgccttgctggtcctaagtctttcatagcaaaagactt
120 actcaactcttgcttcaacttttgaatcctgcaagtattatgaccaacaacaagcatgtc
>>>>>>>>>>>>>>>
180 atcaacataaagcaacacgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcggtcattctaaacatgatcaccatcttcat
**************************************
1380 tatcaacttgattttcatcattatgaagattttcttccggtgcaatagtcaaaggaactg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 gatcaacatcaactaagctctcactactctgaaaatcagtcttgtcagctttgtcaaaat
<
1500 cttcaattgtttggtcttcaaagaacacaacatcacggcttctaacaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 483 277 0 25 0 0 70
Right 860 0 0 0 5 0 564 175 0 39 0 0 77
Pair Stats:
considered 5, high end compl 1, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000166, oripos=4602965..4604500 strand=1 allelepos=201..1736
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 54.97 45.00 3.00 1.00 gcctgaaaactcttgaacac
RIGHT PRIMER 1906 20 55.09 40.00 4.00 2.00 atgatggaggcaaatatgag
SEQUENCE SIZE: 1936
INCLUDED REGION SIZE: 1936
PRODUCT SIZE: 1858, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1555
0 atctgagcggatgcattgcaatgtcttccctgtttgtctttcaatcaaggcctgaaaact
>>>>>>>>>>>
60 cttgaacacatcaagtacttgatccttggacttcaaaggaaatacccagagtttgcgaga
>>>>>>>>>
120 atgatcatcaataaaagtcacaaagtaaagtgcactaccatgagatcttaccttaaaagg
180 accacacaaatcagaatgtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCctgc
************************************************************
1740 agatgctcaaatccccattcttcatcattcaaagactgaggcttattagaagcaaacaca
*****
1800 agtaaatgcatcttcttgacaaataaaagatctttcatcttgcctttccaaatatgatag
1860 ttactaccatttaaacacatcattttgctcatatttgcctccatcattcaaaacgacaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1920 caacaataaccaatgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 0 0 476 245 10 30 0 0 75
Right 858 0 0 0 3 0 577 158 8 24 0 0 88
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000167, oripos=4620470..4620689 strand=1 allelepos=201..420
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 152 20 54.76 30.00 6.00 3.00 aatcgttcaaaatttaccca
RIGHT PRIMER 559 20 55.03 30.00 5.00 2.00 tttggatgggcttaataaaa
SEQUENCE SIZE: 620
INCLUDED REGION SIZE: 620
PRODUCT SIZE: 408, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,239
0 ttaaatttcatattctattaaatctcacgataacaagtatttaaattacaaattacaaat
60 ttatttttctttcttaaacaatggtctattagtcaaagggaagcataagattatggatat
120 caaaattagtctaaaattcgcatgtatgtataaatcgttcaaaatttacccacgtgagta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agtgacgtaatacagtctaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
************************************************************
420 tttcttccatttttcccttttcacgtttgacataacaacttcagcacttttatccaaact
*********
480 cataactgcttattttaaaaataagtttcagcacttttaaaagtacttttttaaagctgc
540 ttttattaagcccatccaaacggaccctaactcaatgagttaaccctaatatactagttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
600 tgattaggaatgacaatgaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 260 0 503 35 7 23 0 0 21
Right 823 0 0 0 95 0 528 136 6 8 11 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000168, oripos=4622157..4625692 strand=1 allelepos=201..3736
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 54.71 35.00 4.00 2.00 tgggttattattgccatctt
RIGHT PRIMER 3893 21 54.19 33.33 4.00 1.00 atttatctgcaacgagtgttt
SEQUENCE SIZE: 3936
INCLUDED REGION SIZE: 3936
PRODUCT SIZE: 3828, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3555
0 ttagtgggttaatgttaataagtctaactacttgggggttaaaagaggtaaccttgagta
60 aattagtgggttattattgccatcttttattcttaattatatgttaattagggtaataga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aagagggtttgaataagaaaaaatagaaagaacaaagagagagaggatcgaacgagaaag
180 aggagaagcgagaagaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3720 NNNNNNNNNNNNNNNAcataattattgtttaatgagtaagaatatataattattgtttaa
*************************
3780 taagttatttgtggaagatattctttaattaattatgatcaagtaattgaactatatatc
3840 caaatatatgacatataaacattgatttagtgtaaacactcgttgcagataaattattga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3900 ttttctttttcttatttcacattgttatttgacata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 120 0 551 83 0 7 13 0 53
Right 860 0 0 0 412 0 427 5 0 8 0 0 8
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000169, oripos=4636352..4637283 strand=1 allelepos=201..1132
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 152 20 54.45 40.00 7.00 3.00 catcaactgtgcttgatgat
RIGHT PRIMER 1323 20 55.09 40.00 4.00 2.00 cagcataaattcagcacgta
SEQUENCE SIZE: 1332
INCLUDED REGION SIZE: 1332
PRODUCT SIZE: 1172, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,951
0 gttagtattttggtacttaaaactgttgttgaaattagtaaaaattttaaggaatccaat
60 atgtatcaaaaaatcatgaaaattattatcatgtatcatgaagttctgaaaatttgttat
120 aatgtatcattcagtaagtttaataactacgtcatcaactgtgcttgatgatacatataa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aatcagtgtgtatagtgtttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgttcaccc
************************************************************
1140 aaattttggaatgtctcatcaaaattgaagtattcatcttgaaaaatccgtagtaacaac
*
1200 aataaaattactgtagtttgaaatttaatagattgttcataaaaaatgtattcaaactag
1260 atgatataatctttgattttcaaaatttgaaattaatatccaattacgtgctgaatttat
<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gctgattaatga
<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 231 0 552 18 0 3 10 0 12
Right 842 0 0 0 303 0 463 25 0 20 7 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000170, oripos=4643460..4643929 strand=1 allelepos=201..670
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 870
INCLUDED REGION SIZE: 870
TARGETS (start, len)*: 190,489
0 taagtgaaagtgaagttacaggaacagttgttagcaagaagggtggacctcgaactcata
60 aagaacaagttatggacacaaccaattatcctactccaaaattccgtaacaggaagtaga
120 aatcttcttggcacaatgtaattttttttgaatgacttgttgttttttttaacttatgaa
180 caatttatgtaatttcctagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNTtttttaaatgataaatgataatgattttttttataaattgcacttttcaa
*******************
720 tatgtaatgttaaattattcaataaatttgttttgcatgaatactatattaaaactatac
780 actttcaaatacaaacaaaaacagatgttacttatattactggtatgaataatgtatgaa
840 aaatgtacgaattatatcatataaattctt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 784 0 0 0 98 0 438 129 0 24 25 0 70
Right 860 0 0 0 398 0 457 0 0 5 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000171, oripos=4651240..4651589 strand=1 allelepos=201..550
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 38 20 55.12 40.00 8.00 0.00 tttattgtacaaagggtggg
RIGHT PRIMER 580 20 55.04 40.00 4.00 2.00 acgcgaatacgacaatactt
SEQUENCE SIZE: 750
INCLUDED REGION SIZE: 750
PRODUCT SIZE: 543, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,369
0 actatttgtcttgtttttgttttgattgtaatttacagtttattgtacaaagggtgggtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgactctttgtagggttgagtgttagtaagaggtgtaacaaaaggtgggtttggcctttt
120 ggagagatcgattggagtcaatcgaggaggtagtagagataagacttttgattattgagt
180 tgtaatcacaaaatcttataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNGgggtatcaaacaagtattgtcgtattcgcgtatctatctgatctattctt
******************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
600 cccataattgtctcaaactcttgttttgtataagctttttgccaatgaaaagaacaaaat
660 tttcaaatcttcagtatttctattgaaattcttcaacacattgactgataaaaccatatg
720 catgcataatgttctgattcaagatataca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 843 0 0 0 57 0 497 227 3 4 0 0 55
Right 848 0 0 0 52 0 649 65 10 25 0 0 47
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000172, oripos=4656232..4656252 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 21 20 54.90 60.00 2.00 0.00 gctctctctctcctctctcc
RIGHT PRIMER 418 20 55.05 30.00 4.00 0.00 tgaaacggattaaaaaggaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 398, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttcacttctctcccacttttagctctctctctcctctctcctccctataacacgtaacta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgaatcgtaattatcaaactatagttatggagtgtaaaggcaaagggcccaatataccct
120 ttaattttaccatttaggctcatatatatatatatatatatatatatatatatagagaga
180 gagagagagagagagagaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatagagagagagagagagagagagagagaaagagagagaagtcactct
300 tgtaacgaagatgtatcagctctaaatgacaaatcaaggaaaaatatttgagaaggtgta
360 gtaaaatattccttccaatttaacttatttgtcttacttttcctttttaatccgtttcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 156 0 520 124 0 5 0 0 50
Right 860 0 0 0 90 0 737 8 0 2 0 0 23
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000173, oripos=4673360..4675771 strand=1 allelepos=201..2612
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 55.10 40.00 5.00 3.00 gacttgctccattcaatcat
RIGHT PRIMER 2760 20 55.01 35.00 6.00 0.00 ttccttgatcatttcaatcc
SEQUENCE SIZE: 2812
INCLUDED REGION SIZE: 2812
PRODUCT SIZE: 2663, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,2431
0 tttttgatgaaatgtcttgaaattcatgatattgaatttgctccattccttgaaaagaat
60 gtggtagcaacatgtgataactctgaaatccgtctgttgacttgctccattcaatcatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gaatgtggtagcagtgaatgattagtctgaaagatgacaaataattaatgatatgaataa
180 gggtgtggaaggacagaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtaacgaataattgtaatgtctagctag
*****************************************
2640 acaatgaaggttatatgaaaatccttgaaataatcgaggtgtctgaagcatataagagtt
2700 tgaaagaaactttttcaataaagcttcaagaatccttatatggattgaaatgatcaagga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2760 agaaaaagggtacaaaagaatgaccctaattgtccttgttatttttatgaaa
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 75 0 522 141 8 31 0 0 73
Right 860 0 0 0 25 0 698 66 0 15 0 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000174, oripos=4690914..4691939 strand=1 allelepos=201..1226
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 3 20 55.25 35.00 7.00 2.00 acgtttgccaaatattcaac
RIGHT PRIMER 1399 20 54.87 35.00 6.00 0.00 agcaatcgataacccataaa
SEQUENCE SIZE: 1426
INCLUDED REGION SIZE: 1426
PRODUCT SIZE: 1397, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1045
0 tagacgtttgccaaatattcaactactgcaattttcaactgttgctcccatcttcaattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcattctattttattattaattaattttttaaataaaaattacttttctctttatagata
120 taaacgagccaaatatttgctcatttcccctctcttccacgagcaccaatacatacgcat
180 tcattttcacccttcttctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtgaagaaacaacaagtttgaacttgaggttttct
***********************************
1260 tcttgaatctcttcttttgtctttaatatttgggtgtggttagtgtatttgatgtatttc
1320 tctatttttgggttctttttcattaaattgtagctattgtgggtttaatgttttgttgta
1380 tttatgggttatcgattgctctagacctatttaatttgaaattgat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 835 0 0 0 258 0 279 227 8 12 0 0 51
Right 860 0 0 0 68 0 696 21 3 12 0 0 60
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000175, oripos=4698786..4699776 strand=1 allelepos=201..1191
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 88 20 55.06 35.00 8.00 3.00 atcttaaaagattcgtggca
RIGHT PRIMER 1345 20 54.69 40.00 6.00 0.00 atagcgttgcaataaagtcc
SEQUENCE SIZE: 1391
INCLUDED REGION SIZE: 1391
PRODUCT SIZE: 1258, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1010
0 tgaatgtctacaaaaattgcttacttacgaatattgcaaaattggtagattgggaacgtt
60 ctgaaaccttgcgaaaaggaaaggaaaaatcttaaaagattcgtggcacaagttcggcat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctaaggtatgttaagactttttagacttgttgaaggacgttttcctaattaaagattaag
180 aaacgaaaatagacaaggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActattgtaa
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1200 caggttgggaaaatctgtatattcatatagattggttgctatagaaaataaaactattgc
1260 aatatcaataaaaactgttgccatattatttaaaaaagtgttgcgatatgaacaagctat
1320 tgcaacggactttattgcaacgctatgtaacaattaccacaacccctaattcaacagttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 ttaacagttac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 34 0 479 250 7 31 0 0 48
Right 824 0 0 0 111 0 498 121 0 25 13 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000176, oripos=4703506..4708057 strand=1 allelepos=201..4752
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 155 20 54.99 40.00 4.00 0.00 gttaatgatgatgccttggt
RIGHT PRIMER 4872 20 55.08 50.00 8.00 2.00 agcttgcaagtgagctagac
SEQUENCE SIZE: 4952
INCLUDED REGION SIZE: 4952
PRODUCT SIZE: 4718, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,4571
0 ctcttaatagcgaatgatatgtgttagtagtattgtgaaccttctatatgcttaattgta
60 tgcttgcatgaatgatgtgagtatgtaattatgaataaataagcatgatgaagctattga
120 atcccaaatgttgaaaagaaatcctaatctactttgttaatgatgatgccttggtataaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agaaggcttgatgaatgaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNGgatggaactactgaaggactacgacatcactattttgtatcatccggg
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4800 gaaggcgaatgttgtagcggatgatttaagtataaaggcgggaagcatgggaagtctagc
<<<<<<<
4860 tcacttgcaagcttctagacgcccattggctagagaggttcagactctagctaatgactt
<<<<<<<<<<<<<
4920 gatgagattagaagtaaatgagaagggaggat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 49 0 639 93 0 23 0 0 51
Right 860 0 0 0 0 0 438 352 0 20 0 0 50
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000177, oripos=4709167..4711918 strand=1 allelepos=201..2952
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 62 20 54.94 45.00 4.00 3.00 attgggatagcttcttaccc
RIGHT PRIMER 3118 20 54.96 40.00 4.00 0.00 tgaaagtcatcaccacaaga
SEQUENCE SIZE: 3152
INCLUDED REGION SIZE: 3152
PRODUCT SIZE: 3057, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2771
0 tgagcgaacgattcaagagttggaggatatgcttcgcgcatgtgtgatagagtttggtgg
60 caattgggatagcttcttacccttagcggaattttcatacaataatagctatcactcatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cattgatatggctccatttgaagcattatatggtaggagatgtaggtcccccattggttg
180 gtttgatgcgtttgaggttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNAccagaaattcagggtgagctaatgcttctagcttggactggatcttct
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3000 tcttcaagtcttgatgccttgaacttccggcatggactagcttcttatgtatttttagct
3060 tttagaatactcttagtttagtcatttgatcgtagatgttcttgtggtgatgactttcag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3120 attttggggataataatagttattgattttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 10 0 328 427 2 34 0 0 54
Right 847 0 0 0 57 0 511 192 7 19 0 0 61
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000178, oripos=4720446..4726240 strand=1 allelepos=201..5995
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 137 20 54.97 45.00 2.00 0.00 ccgacacaagaggaataaag
RIGHT PRIMER 6061 20 54.96 40.00 6.00 0.00 aatgttagctcaccctgaaa
SEQUENCE SIZE: 6195
INCLUDED REGION SIZE: 6195
PRODUCT SIZE: 5925, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,5814
0 gtgccttggtataaaagaaggcttgatgaattaatagaatgagattagtggagcgggtgt
60 cacgaactgacacgtagaattagtggagcgggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggg
120 gatcagagttttatgtaccgacacaagaggaataaagataatgaatcttgaaagatgtta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatactcaatttaatgaaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtcgtc
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6000 ttcaattcaatcgcaactctagccagtcttcattatatcggatttcagggtgagctaaca
**** <<<<<<<<<<<<<<<<<<
6060 tttctagcttggactggatcttcttcttcatgtcttgatgctttgaagttccggcatgga
<<
6120 ctagctttttatttattctagctttctagatactcttagaattagtaatttgagaataga
6180 tgttcttgtgatgat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 17 0 494 269 0 14 0 0 61
Right 860 0 0 0 33 0 537 216 0 22 0 0 52
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000179, oripos=4746293..4747346 strand=1 allelepos=201..1254
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 42 20 54.98 35.00 2.00 0.00 tgaagaaaatggagaggaaa
RIGHT PRIMER 1298 20 54.75 40.00 4.00 1.00 ccccttcatattttcaacag
SEQUENCE SIZE: 1454
INCLUDED REGION SIZE: 1454
PRODUCT SIZE: 1257, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1073
0 gtgatgcagataaaagaaaaatatattgttcaataattttagtgaagaaaatggagagga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aatagttgtatggagattactataatatggaatagtgattaaatggaaaaacactcaata
>>
120 ggaagtggaatttttggaaaaaaattcctttgcatacctttaaattcatttgcatacctt
180 taaaaaaattcatttgcataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacttcc
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1260 ttccatattgtacttatctctgttgaaaatatgaaggggtgaatatggcgtaatgcggaa
*** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gtttacaaattgcaaatcatattattgatgttagacgataaaaactgatactaaaaatca
1380 ttttatcattaaaaataaatatttattagactattgttgaacggcaagacactattttag
1440 tatgaattgacaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 783 0 0 0 142 0 552 18 0 11 22 0 38
Right 860 0 0 0 236 0 423 157 2 6 0 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000180, oripos=4749699..4755926 strand=1 allelepos=201..6428
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 54.62 45.00 5.00 2.00 acgtgacactcggatctaat
RIGHT PRIMER 6578 21 54.08 28.57 7.00 0.00 caattcaatttacaacaagca
SEQUENCE SIZE: 6628
INCLUDED REGION SIZE: 6628
PRODUCT SIZE: 6556, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6247
0 cagtccaataatacagtgtaggaacgtgacactcggatctaataataccgtgtccgaacg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgaaactccgattcaattatataattaatttatttcatcaagccttctttattcaaggca
120 tcacttcgatagatagggttcaagattataaattccactgtctcaagattttagaccaac
180 cataaaccacccttcttctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNAatctcttgtaatcatgataaacttgttaaagttatttcttgacaggtcatgt
*****************
6480 agatcagtgttttgtatatatttctaattataatgggaactttgatatttgtttcatata
6540 ttaagaaaaactatgtaatgcttgttgtaaattgaattgtgattgctatgagttttaatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6600 tacatatactccatgtacattttgagat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 81 0 522 173 0 24 0 0 55
Right 860 0 0 0 199 0 638 1 0 8 0 0 14
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000181, oripos=4766764..4767022 strand=1 allelepos=201..459
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 54.69 40.00 5.00 2.00 ttaaaaagtcttgtggaggc
RIGHT PRIMER 657 20 55.03 50.00 6.00 0.00 atggggagctctattctctc
SEQUENCE SIZE: 659
INCLUDED REGION SIZE: 659
PRODUCT SIZE: 600, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,278
0 atttttagaaaaaaaattctactagtgtaccgaatataacataaatagttaataaatttt
>>
60 aaaaagtcttgtggaggcaagcaaaaattattttgatatgtatatctaaacattgatttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttttttaaagcggagggttaagtgagatgggtaaaattatttttttaagaaaataaaata
180 atatctaaattaatatttgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgcttcctttcatattgtataa
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480 tctctgttgaggatatgaagtggtgaatatggcgtaatgcggaagcttacaaattgcaaa
540 tcatattgttgatatatattagacgataaaaactaatgctaaaaattaaaatagtattat
600 atcaaaactaatataaacatgaaaacattaaaactgcagagagaatagagctccccata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 415 0 223 105 4 2 20 0 25
Right 860 0 0 0 311 0 372 124 0 20 0 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000182, oripos=4770051..4771470 strand=1 allelepos=201..1620
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 112 20 55.07 55.00 6.00 2.00 cctgccaagtactcctactg
RIGHT PRIMER 1735 20 55.18 35.00 4.00 0.00 ggtcaaaggattgaacaaaa
SEQUENCE SIZE: 1820
INCLUDED REGION SIZE: 1820
PRODUCT SIZE: 1624, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1439
0 caagtacagcaggatattttttatagaacaaaccacaatttttcgttccaattaaatatc
60 tcataactcttgttatagcatgccaatgttcagtacatggcttgcttgtaaacctgccaa
>>>>>>>>
120 gtactcctactgcatatgcaatatcaggcatagtgcaatcagtcacatatcttaaacttc
>>>>>>>>>>>>
180 cgattatactagaatattccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
************************************************************
1620 ttttctactctagctcttttacttcttcttaactcaaaatcaacaacttctttatttttc
*********
1680 aaagttgaagtagaagaactaggtagtgacaaaatattttgttcaatcctttgaccccca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 ctatttttagtatcaaaaggaaatttattttcatgaaaaatagcatcaccagattctatt
1800 acaatattatcttcaagatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 806 0 0 0 26 0 491 177 7 33 16 0 56
Right 860 0 0 0 162 0 606 56 2 6 0 0 28
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000183, oripos=4778898..4778918 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 55.06 40.00 8.00 2.00 ccacccttattgcaatgtat
RIGHT PRIMER 253 20 54.78 30.00 7.00 0.00 attttcaaaaaggttccaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 84, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aatattaaaaattaaagtactattatatcaaaactaatataaaaaaacattaagactgca
60 gagagaatagagctcccaataaataaatgtctctaaacgattacattgtgaattctattg
120 ttatgttatgttagaaaaaacaaacctatatttatagtcctaaatttgttccacccttat
>>>>>>>>>>
180 tgcaatgtatattaaagcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtttgagttaaaggtgtgga
>>>>>>>>>>**************************************** <<<<<<
240 acctttttgaaaatgctaataacattcagagatacaaaaagaaggttgggtattgagtat
<<<<<<<<<<<<<<
300 gccaattataattgcaatggtaaaatatgattattcattcaaaaacatattcaagtggat
360 gtttcagaacatattcaataggctggataggtatataatgaatcaaactagttttggata
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 795 0 0 0 260 0 439 46 0 9 19 0 22
Right 855 0 0 0 108 0 643 44 8 13 0 0 39
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000184, oripos=4780750..4780927 strand=1 allelepos=201..378
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 60 20 55.03 50.00 6.00 2.00 gagagattagagctccccat
RIGHT PRIMER 410 20 54.78 30.00 7.00 0.00 attttcaaaaaggttccaca
SEQUENCE SIZE: 578
INCLUDED REGION SIZE: 578
PRODUCT SIZE: 351, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,197
0 atattaaaaattaaagtactattatatcaaaactaatataaaaaaaacattaagactgca
60 gagagattagagctccccataaataaatgtctctaaacgattacattgtgaattctattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttatgttatgttagaaaaaacaaacctatatttatagtcctaaatctgttccacccttat
180 tgcaatgtatattaaagcagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNCttagagttaaaggtgtggaacctttttgaaaatgctaataac
*************************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 attcagagatacaaaaagaaggttgggtattgagtatgccaattataattgcaatggtaa
480 aatatgggtattcattcaagaacatattcaagtggatgtttcagaaaatattcaataggc
540 tggataggtacataatgaatcaaactagttttggaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 795 0 0 0 241 0 441 54 0 12 19 0 28
Right 855 0 0 0 24 0 703 51 9 20 0 0 48
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000185, oripos=4804905..4805315 strand=1 allelepos=201..611
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 811
INCLUDED REGION SIZE: 811
TARGETS (start, len)*: 190,430
0 atatttaaacgaagaatatttctttattttttttattttgtgtaatctgaacatattaag
60 attcaagattacaagtttttttaaaaaaaaactttgatacattacatatatctatagttt
120 aattaagactacacaatttgaaatatcttcattattttccttaattttgtgtcttatcaa
180 actaaaacacacttgaattgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNAtatataggggaactttcacatataaccactcaaaacaaactgacttttc
********************
660 tctatagttatagtttaataataacaattcgaagctatatgttatagggaggagagaaac
720 gagcgaaattgggagagagaggcgagaggcgagagagagggcaaaaagtgagagagagat
780 gaattatatatgtatatcagttaaataattg
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 844 0 0 0 412 0 428 0 0 0 4 0 0
Right 860 0 0 0 160 0 417 254 0 2 0 0 27
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000186, oripos=4810837..4816585 strand=1 allelepos=201..5949
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 164 20 54.95 35.00 5.00 3.00 atcactgaaaaacagcgatt
RIGHT PRIMER 6068 20 54.80 35.00 4.00 2.00 ttcggttttcggtacatatt
SEQUENCE SIZE: 6149
INCLUDED REGION SIZE: 6149
PRODUCT SIZE: 5905, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5768
0 attttgtgtgttgatatactcatattgaatctgacagtaaatatatggtaatgagattga
60 atatatataatagaataaataagagttcggagcttaaaaggtataaaatattaataaaaa
120 ttttaaaatggtttattaaattttgtattaatcaaaatgacaaaatcactgaaaaacagc
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gattttctctaccgaaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNTtaataattattaattaatataatataatataatataatttataaattatta
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6000 aattatagcataaaatttcggtttaaaccgaaataccgaattccaaagtaatatgtaccg
<<<<<<<<<<<
6060 aaaaccgaaccgaaataccaaaaaatacaaaaaattaaaccgaataccgaaccgaaaacc
<<<<<<<<<
6120 gaaataccgaaaccaaaattctaaaaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 379 0 414 28 0 11 0 0 23
Right 781 0 0 0 273 0 210 218 10 15 19 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000187, oripos=4836942..4837136 strand=1 allelepos=201..395
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 116 20 55.57 35.00 2.00 2.00 aatgcggaagataaggtttt
RIGHT PRIMER 440 20 55.20 40.00 4.00 2.00 aacatcttcacatttctccg
SEQUENCE SIZE: 595
INCLUDED REGION SIZE: 595
PRODUCT SIZE: 325, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,214
0 tatatatcgttaatgttaattatacatttcaatgtcaaatggagaaaaagtttactgatt
60 taaggaacttcattgaaatcaacttcaaagttgtgttggattctatcaaaaccaagaatg
>>>>
120 cggaagataaggttttgttaatattcatcaatacatgtattttatatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtatattactaatattatacatttag
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420 acggagaaatgtgaagatgtttcagtagaagtggacaaagaaagatcccaattcatggat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 gatcaagcagaattcaacaatccttcatttgtatgttattgtcttcgtaaattaaagggg
540 ttaagttgtatataatatgatcattaatttgtatttttttgtcaaaattttgtct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 259 0 446 81 5 26 0 0 36
Right 859 0 0 0 173 0 504 112 0 21 1 0 48
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000188, oripos=4839606..4839779 strand=1 allelepos=201..374
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 574
INCLUDED REGION SIZE: 574
TARGETS (start, len)*: 190,193
0 accattgttcagaaatttcaaatttacaaataagcttatacaattaatagttatacacta
60 acaatataaaactaggattacatttatgttggatatatacatatacatttcaaggcttac
120 aaaatagttcataaagcatacatatatattcaacttaaacaacaacatatatttatacat
180 taactgtataaatatagacgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNCtgtataagtatagacagttatataattgttaattctttatgaactg
***********************
420 tataattatagagctaagtatctgtaaaatttatacaaaatgattagcacaattaataag
480 acataaccactttattccatattgaaaatactaactcataatgttttaacacaaaactac
540 ttcagaataaaattcaattgtatatcaaatcaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 359 0 491 1 0 3 0 0 1
Right 860 0 0 0 284 0 576 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000189, oripos=4849548..4850426 strand=1 allelepos=201..1079
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 54.93 35.00 7.00 2.00 ccaaaatttgataaacctcg
RIGHT PRIMER 1120 20 55.45 35.00 4.00 3.00 aaatcgctgcttttagtcaa
SEQUENCE SIZE: 1279
INCLUDED REGION SIZE: 1279
PRODUCT SIZE: 1063, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,898
0 tattttaccattagatagatgtgactagttgaccgaaatgttagaagaaaaaaattcacc
>>
60 aaaatttgataaacctcgtttaataattttaaaatcatataaagatggtattttcattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tacgtgtagttttttcattattttaatgttctaatttttttttaaaaaaaattcaaacta
180 aatcactggcaaagaaactaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAa
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1080 tatacacaatttaaattttttttgactaaaagcagcgatttactataaaaataaattaag
******** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 caaaattgctgcaaatacaacgatttactataaaaataaaaaagtaaaattgcaactttg
1200 atttcttgtctatcaacttgattagttttgaacattttagtgtagaagaaatgagatgta
1260 aaatttgtaatttttatgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 778 0 0 0 356 0 367 10 2 1 24 0 18
Right 838 0 0 0 266 0 473 55 1 30 7 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000190, oripos=4852777..4853602 strand=1 allelepos=201..1026
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 95 20 54.87 45.00 5.00 0.00 atcaagacgtgaaggagaga
RIGHT PRIMER 1163 20 55.02 45.00 3.00 0.00 ccaaaggagtatggtatgga
SEQUENCE SIZE: 1226
INCLUDED REGION SIZE: 1226
PRODUCT SIZE: 1069, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,845
0 cacaccaagaacatctatcctcgaatttctaaatctaagagtatttaagaagctaaaaat
60 agtaaaaaaaatggtccatgtctgaacttcaagacatcaagacgtgaaggagagaatcca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gcacgagctaggaataatagctcaccctgaattctgatgtgctgaagactggctagatct
180 gaggatgagtcgaagtcggcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNTagaaagcaatatatactgaataataatataaaatcgaccataatacttaacagg
***************
1080 tggcaatcaacaagtgcaagaaccattggcaacaacaccaagcacacctatgaggactca
1140 agcctccataccatactcctttgggaaatagattcttcgaatttgagtatgttaacataa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 ttcaagattcattctcttcattatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 75 0 409 216 9 28 12 0 65
Right 860 0 0 0 76 0 419 272 0 7 0 0 86
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000191, oripos=4875679..4876403 strand=1 allelepos=201..925
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 94 20 54.75 50.00 3.00 2.00 tcctctctctttcagtctcg
RIGHT PRIMER 978 20 54.44 45.00 2.00 0.00 tatttagaggagagaggcga
SEQUENCE SIZE: 1125
INCLUDED REGION SIZE: 1125
PRODUCT SIZE: 885, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,744
0 tatacaaatgtatatgtataatatagttatatacaattatatacatataaaattcacctc
60 tctcccactttatgccctctctcgctcgtctctctcctctctctttcagtctcgctcgcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tctctccttcctctcccaatctctctttccatatatataattacatatgtataatataca
180 attatctaatcaatatacatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCccctctctcctctctctctctctctcaatctcgct
********************************** <
960 cgcctctctcctctaaataacatgtagctagaaattataattatcaaactatagctatgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 agtgtagttaattatttttaggtgactatatattaaagtttccctagaaataataagcgt
1080 tctgaagataaaaatacacgtaatttcatttcatatttataaagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 336 0 171 283 0 3 0 0 62
Right 860 0 0 0 154 0 601 88 0 1 0 0 16
Pair Stats:
considered 134, high any compl 68, high end compl 60, ok 6
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000192, oripos=4911715..4913107 strand=1 allelepos=201..1593
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1793
INCLUDED REGION SIZE: 1793
TARGETS (start, len)*: 190,1412
0 attcatatttacttcacatataaatatgagaaggagatgcctctaattgattttcaatgt
60 gtatatgtgtataatgggcgaattttaaaatattgggcatgtaatttggtggtcttttta
120 taaaattagacatattttaatgtgtgtattttttaaaaattggtataatatattatttgt
180 atacatccatactacaagtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgatgaaactaaataaaatcttaaatcg
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1620 ttctttaatctattcaaattatatatatatctttaaaatctataataagtttatattcct
1680 cttataaataatttctgatgagaaaaaaatatgtgaatgatagcaaaatataattattta
1740 tgtctgttaaatataaattaattaacttttattatgttaacaacttttaaggg
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 301 0 417 51 10 31 1 0 27
Right 806 0 0 0 601 0 189 0 0 0 16 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000193, oripos=4920231..4920674 strand=1 allelepos=201..644
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 35 20 55.04 45.00 7.00 1.00 gttagccaaagtttgacagg
RIGHT PRIMER 716 20 55.00 40.00 4.00 1.00 cataatcacgcttcatagca
SEQUENCE SIZE: 844
INCLUDED REGION SIZE: 844
PRODUCT SIZE: 682, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,463
0 actagtgtttgatttaattgtgttccatagcaaacgttagccaaagtttgacaggcgcct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctctcccaaaaatctcgctcaccactctcccattctcgctcgcctccctcgctttataca
120 cagaagtgtataatttctgtttctgttttgcataaagcgagagaaaattgtatatacaca
180 tgcaaaaacatatattttcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAggccaacgaattatac
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660 aattgtatatgtatagtgaattatacagttttatgtttgctatgaagcgtgattatgcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 actttgttatagcatacaaatataaattttttatttgatatatgtgaaagttgccctaat
780 ttttatttcatcattcccattttcgtgtgctagaactatgtctttttttttttgaaaaaa
840 aaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 2 0 387 395 1 32 0 0 36
Right 837 0 0 0 252 0 416 99 0 9 9 0 52
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000194, oripos=4929058..4929514 strand=1 allelepos=201..657
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 55.14 50.00 7.00 2.00 acctgaggtagtgattgacg
RIGHT PRIMER 844 21 55.37 28.57 5.00 3.00 ttttggtaaaaactttgctca
SEQUENCE SIZE: 857
INCLUDED REGION SIZE: 857
PRODUCT SIZE: 795, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,476
0 ttattttgttagcattatttgttattttgtttatcggcaacaattgctttacctgaggta
>>>>>>>>>>
60 gtgattgacgtgtgtgtgggattttaacgaagaggtattaatgttctagtaagaaaataa
>>>>>>>>>>
120 aacaaataattatggggtcagtagagattgaatacacaatcgtaaggaatttgcaactcc
180 ttaatcactagattaaatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTata
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660 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
******
720 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatgatgttaagctaaaaatagatag
780 aatgtatcaaaatatctttaattttatttttcaaaaatatattttgagcaaagtttttac
<<<<<<<<<<<<<<<<
840 caaaaaaattatttaaa
<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 131 0 468 160 12 22 0 0 52
Right 854 0 0 0 678 0 162 4 0 4 4 0 2
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH01_000195, oripos=4930767..4938215 strand=1 allelepos=201..7649
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 10 20 54.77 35.00 4.00 2.00 aaatgagcgagagaaaattg
RIGHT PRIMER 7755 20 54.96 40.00 4.00 3.00 aaattgttggtagcctctca
SEQUENCE SIZE: 7849
INCLUDED REGION SIZE: 7849
PRODUCT SIZE: 7746, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,7468
0 atacaactagaaatgagcgagagaaaattgtatatgcacatgcaatacatatatcttcat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cctatacccttataattatataatacaaatattctcccgcccagttctattatatctttc
120 tctctttctcactttatacaaatacaaataatacaaaatacaatgtataatttatgtttg
180 tataaagcgagagattgattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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