PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000001, oripos=4302..4875 strand=1 allelepos=201..774
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 166 20 55.44 50.00 4.00 0.00 gttacaccattgcactaccc
RIGHT PRIMER 887 20 54.94 45.00 4.00 1.00 taggtggtctcttctgcatt
SEQUENCE SIZE: 974
INCLUDED REGION SIZE: 974
PRODUCT SIZE: 722, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,593
0 tccccaaaagactgattactttttctgttgaaccggcatgttatatcttttgtacatagt
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>>>>>>>>>>>>>>
180 ctaccctaaatcttcaagttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtccga
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780 aagccctttttgtgctaattttgatataagtttctctttgttttgcaggatatctgtcta
***
840 aagctgaatgcagagattttgagcgaaaaatgcagaagagaccacctacggggcttatga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 cggtccgtcgtgcctgtgacggtccgtaggtggcagcgtagagaagctgctgaaagaata
960 tggggaagtctgac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 10 0 622 151 0 23 0 0 49
Right 860 0 0 0 23 0 288 463 0 13 0 0 73
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000002, oripos=5700..13273 strand=1 allelepos=201..7774
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 153 20 55.05 40.00 4.00 0.00 gtttgtggaaaccataggaa
RIGHT PRIMER 7867 20 55.17 35.00 4.00 1.00 agcttgtttgaccttgaaaa
SEQUENCE SIZE: 7974
INCLUDED REGION SIZE: 7974
PRODUCT SIZE: 7715, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,7593
0 ttgattgttagagattcttacaagtgatttttggtgattaatcaagcaaattttcggact
60 ttattctttctcattgaagtaagtacatgaattcttgtttaccatatttgaatattgtgt
120 ttatggctataaggaactaaactccataactaggtttgtggaaaccataggaaaataatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agataaaccctagctaaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaccaaaagtttttgtgaacgtccgta
*******************************************
7800 tagaccttgtctatgcatccggttgaacctcatagccagtccgacccattttcaaggtca
<<<<<<<<<<<<
7860 aacaagctccgaagcgtgcatacccccccccccctatttagaaaattttcgtgtactata
<<<<<<<<
7920 tagcaaaccatttttagggtgatccgggtttcggcctcaaaaattccaaaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 23 0 719 42 9 20 0 0 34
Right 772 0 0 0 4 0 243 446 4 13 28 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000003, oripos=87704..88624 strand=1 allelepos=201..1121
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 62 20 55.25 45.00 4.00 2.00 catttagtgatccatccacc
RIGHT PRIMER 1228 20 55.25 40.00 7.00 2.00 atcatttagtgatccaccca
SEQUENCE SIZE: 1321
INCLUDED REGION SIZE: 1321
PRODUCT SIZE: 1167, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,940
0 taaaacttattgatattaattatttatataacaaaccaaaaattttaaaaaataaattaa
60 atcatttagtgatccatccacctaacccgacccattaaaaaatatgatatgacccatttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attttatctttaatcctaaattaatctaatcctaattcaaagttaaagagagggattaat
180 ttaggattaaagataaaataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCctaattcaaagttaaagag
**************************************************
1140 agggattaatttaggattaaagataaaataaaaagggtcatatcatattttttaatgggt
1200 ctggctaggtgggtggatcactaaatgatttaatttattttttaaaatttttggtttgtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 atataaataattaatatcaaaaaattttaattaaaaataatttaatagattgagtgactt
1320 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 810 0 0 0 400 0 306 71 0 5 17 0 11
Right 815 0 0 0 492 0 210 82 1 2 17 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000004, oripos=185470..186197 strand=1 allelepos=201..928
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 19 55.05 47.37 2.00 0.00 tcttcttgttctcatcccc
RIGHT PRIMER 957 20 54.90 40.00 3.00 3.00 atcagttcttttcactcgga
SEQUENCE SIZE: 1128
INCLUDED REGION SIZE: 1128
PRODUCT SIZE: 942, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,747
0 tcagagctaactgaattcttcttgttctcatcccccattgtttaaactgagcttgactct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caaattcaatgaagttagagaagagaaaatgagaagttttcttgatgaaataagagatac
120 ttgagtgtaaagaactgtttttagatgaaatatgagatatccgagtgaaaagaattgatt
180 tttagagtagagaagagataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagaagagatatccgagtgaaaagaactgattt
************************************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 ttagatgaaagaagacatatccgagtgaaaagaattgatttttagaggaaagaagagata
1020 cccgagtgaaaagaatggatttttcaataaaataagatatacacaagtgaaaataacgaa
1080 cttttagacgaaataagagatatctaagtaaaaaaaattcatttttta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 19 0 704 88 0 20 0 0 24
Right 855 0 0 0 160 0 579 54 0 6 2 0 54
Pair Stats:
considered 36, high any compl 28, high end compl 6, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000005, oripos=380366..380386 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 53 20 55.18 35.00 5.00 3.00 ccaaaagcaacaactttttc
RIGHT PRIMER 346 20 55.34 40.00 4.00 2.00 tgatggtgtttcaatacgtg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 294, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 caatattttattaacactagatctattatccacatgattagaacagtataaagccaaaag
>>>>>>>
60 caacaactttttctttaaataataattaataattgattttgttggcaattttatttttaa
>>>>>>>>>>>>>
120 aaaagaaaaatatagaaagaagcattacaatagtttatatatatatatatatatatatat
180 atatatgaatatagttattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatataattgaaatattagaattataattaattttcgtttttggataaactcaaaataa
300 tttttgtagaaaatgataaatgtaaatcacgtattgaaacaccatcaaaatatgtgttgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 agcggatgacgctactaactagatgtttcgatttcaaactctatatatgaaaagaaatct
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 425 0 366 29 1 7 0 0 27
Right 860 0 0 0 341 0 409 65 0 27 0 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000006, oripos=385305..385325 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 43 20 54.46 45.00 2.00 0.00 catcctcgtctttctcactt
RIGHT PRIMER 392 20 55.03 35.00 6.00 2.00 aattgcgctttatagcaaac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 350, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cctcttccagatctcgctcgccactctcccaaatttcgctcgccatcctcgtctttctca
>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cttatacaaacagaaacgaaatgtataaattgcgtttctgtttgtataaagcgtgagaaa
>>>
120 attgtatatacacatacaagtacatatattttcgccctatacacttataattatacaata
180 aaaatactcccctgcccagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCattctatactcttataata
****************************************
240 atacaatttgtttttatacacatcgtttttatacagttctctgcccaagtgtctttctct
300 ttcttgttttatacactttgttttatacaatttgcttcgactgtatatgtatagcgaaat
360 atacagtttttatgtttgctataaagcgcaattatgcaaactttactacagcgtacaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 83 0 518 211 4 8 0 0 27
Right 860 0 0 0 121 0 587 88 0 26 0 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000007, oripos=641926..642425 strand=1 allelepos=201..700
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 39 20 55.10 35.00 3.00 0.00 gcaaaatgtgaaaggaaaag
RIGHT PRIMER 844 20 55.33 40.00 5.00 0.00 cgagtctcatgccattattt
SEQUENCE SIZE: 900
INCLUDED REGION SIZE: 900
PRODUCT SIZE: 806, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,519
0 agagagattctcacgaataaatgaaacattcaaaataatgcaaaatgtgaaaggaaaagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taaaatatacatgctgataagaaggtgacaataaatcatactatcaattttcattagaat
120 aatcacttttataaatatataaatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatataataaataaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatat
*************************************************
720 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaaaaaatatcaac
780 tggtataagagtatatagttccgcaagatgagtatggagatgataaaataatggcatgag
<<<<<<<<<<<<<<<
840 actcgatttactatacatttgccatgtcaaaaataacttgtagatatatacacacacata
<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 433 0 366 16 0 8 0 0 32
Right 830 0 0 0 296 0 440 44 9 8 5 0 28
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000008, oripos=698897..699786 strand=1 allelepos=201..1090
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 137 20 54.56 35.00 2.00 0.00 ttgatttgacttggtttgtg
RIGHT PRIMER 1184 20 54.94 50.00 3.00 3.00 caactatctctgcttggtcc
SEQUENCE SIZE: 1290
INCLUDED REGION SIZE: 1290
PRODUCT SIZE: 1048, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,909
0 aaatacatttgcaataaaatatatatatatatatatataaaatagtcgtcttcagttgag
60 tctacagagaattgattaggggtatataaaattgaatgaaaatcgaatcaaactgagaaa
120 aaaaattcgactagtgattgatttgacttggtttgtgttaggatatactattaaccatgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gttttgatatagtattaacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNAaatataatttatcttgattatgagaatgacatagttctaacttctcgtgc
*******************
1140 tagtgcatttggtatgtattgaacgggaccaagcagagatagttgttttagactgattga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 taaaaacatattctctaaactactaaatgtacttatattcttaatcttgatataacgatt
1260 atgatctgtatatattatttatcattttga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 790 0 0 0 187 0 516 18 0 6 19 0 44
Right 860 0 0 0 171 0 548 105 0 1 0 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000009, oripos=715489..715837 strand=1 allelepos=201..549
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 54.85 50.00 4.00 0.00 atagggagatcgggatagag
RIGHT PRIMER 696 20 55.15 40.00 6.00 2.00 cagggattattccacaagaa
SEQUENCE SIZE: 749
INCLUDED REGION SIZE: 749
PRODUCT SIZE: 626, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,368
0 taaaccattaggaagatttcccgataagctattgtttgaaaatgaaatgacttcaattct
60 agaaatattgaatagggagatcgggatagagccgctaatctggttattctccacggttaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctccaccaaattaacaagatttcctatttcttgtggaataatccctgcatttatttagac
180 gtgcgataaaaaagatgtgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNTcccgataagctattgtttgaaaatgaaatgacttcaattctagaaatattg
******************
600 aatagggagatcgggatagagccgctaatctggttattctccacggttaactccaccaaa
660 ttaacaagatttcctatttcttgtggaataatccctgcatttattttgacgtgcgataaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 aaagatgtgaggtgattagatacaataat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 20 0 503 233 1 27 0 0 71
Right 802 0 0 0 20 0 462 214 1 23 17 0 65
Pair Stats:
considered 3, high any compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000010, oripos=727018..727486 strand=1 allelepos=201..669
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 54.98 40.00 5.00 0.00 agagagagaaatggcatcaa
RIGHT PRIMER 844 20 54.97 45.00 4.00 0.00 cgactattcaactcccaaag
SEQUENCE SIZE: 869
INCLUDED REGION SIZE: 869
PRODUCT SIZE: 815, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,488
0 aaagggagtaagagagagaaatagaaaagtagagagagaaatggcatcaagaagagtgca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aactaaaatggcaatgcgtagcaagcttcaccttttacgaacacttacaaaatccaaatc
120 agtaaatcatcattttcttctttactttagtttatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatattgtgttttaatttac
******************
720 gtgacatagtttgtaatacatatatttatcttttttacgacaaaagctagcctattatat
780 actcttcccttggttctatttttatgtaaagttgttaattattttctttgggagttgaat
<<<<<<<<<<<<<<<
840 agtcgttagctatatgttgatttgtaata
<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 188 0 456 154 0 8 0 0 49
Right 823 0 0 0 298 0 473 13 0 2 10 0 27
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000011, oripos=732708..734088 strand=1 allelepos=201..1581
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 54 20 55.30 45.00 4.00 2.00 cgaggatgactaggaaatca
RIGHT PRIMER 1648 21 55.03 38.10 6.00 0.00 ccatgaaacttttcttctgtg
SEQUENCE SIZE: 1781
INCLUDED REGION SIZE: 1781
PRODUCT SIZE: 1595, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1400
0 aattcaaggtgatgtgacactcatatgactagaaaatcatttatttacatgattcgagga
>>>>>>
60 tgactaggaaatcatttattcctaattcccattttgactaatagaaagaattaaattatt
>>>>>>>>>>>>>>
120 atattagataactaaaggtgactcacttgaaaaaatatttatccatttccttttaaaatt
180 atgatttaaatgacttaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtggaagaattattttaccgtggagatgagtgaaaaactc
******************************
1620 aatcatatcacagaagaaaagtttcatggatctggattaaagtttttatatacttgatta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1680 ggcattaatatgatctaatgtcaatcaactgcaattatttattttgaaattcaatgttgg
1740 agtagttcattatcttattaggattggtaaggtaaggtcta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 823 0 0 0 275 0 468 20 0 13 11 0 36
Right 856 0 0 0 124 0 650 34 6 20 0 0 22
Pair Stats:
considered 6, high end compl 4, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000012, oripos=734990..735010 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 145 20 54.69 35.00 3.00 2.00 aagaaaggcaagggatttat
RIGHT PRIMER 418 20 54.68 50.00 4.00 0.00 gacctaaccttacccatcct
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 274, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aaattttctcgataagacattcttttttggacgaactaataaaaaatttagatcacatga
60 gaattaattgagatagagtattatatattgatacgactatcattacttataaaaaagaac
120 tttatattgttgatatgtggaaatgaagaaaggcaagggatttatatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtggaagaattattttaccg
****************************************
240 tggagatgagtgaaaaactcaatcgtatcacagaagaaaagtttcatggatctggattaa
300 agtttttatatacttgattaggcattaatatgatctaatctcaatcgactccaattagtt
360 attttgaaattcaatgttggagtagttcattatcttattaggatgggtaaggttaggtct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 774 0 0 0 269 0 413 43 0 3 28 0 18
Right 856 0 0 0 99 0 646 36 6 24 0 0 45
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000013, oripos=738136..739991 strand=1 allelepos=201..2056
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 59 20 54.81 45.00 4.00 2.00 gattcttctcacattcgagg
RIGHT PRIMER 2229 20 54.54 45.00 2.00 0.00 catccttgactacatttccc
SEQUENCE SIZE: 2256
INCLUDED REGION SIZE: 2256
PRODUCT SIZE: 2171, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1875
0 tgtctttaagctttcacaataaaaaatctttgcttttttattttgcttttcctttattag
>
60 attcttctcacattcgaggtatatcttccatttttattagttcattatattaaaatattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atttaatagtacttattcagtttgaaaaattaagagataatttattttttttatgtttat
180 cttactcttgttattaagtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNCgataaacgggttcaatatttgaatttaatagattttaaattatc
*************************
2100 aaatagtgatattaagttcaagacacagtctaaaaatctcgattttagatgaattttaga
2160 agatgatcatagaaagatacaaacaagcatgaaaaaaatcaaataatatagggaaatgta
<<<<<<<<<<
2220 gtcaaggatgtgaagtttcttgatcaatgacgttgt
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 790 0 0 0 415 0 338 5 0 4 21 0 7
Right 822 0 0 0 216 0 558 10 0 8 12 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000014, oripos=769435..770188 strand=1 allelepos=201..954
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 54.97 35.00 7.00 2.00 ccattctgaatttgaaccat
RIGHT PRIMER 1127 20 54.97 45.00 4.00 1.00 aacccctatacccattcact
SEQUENCE SIZE: 1154
INCLUDED REGION SIZE: 1154
PRODUCT SIZE: 985, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,773
0 atttatgtactatgcctaaaaactgatgtgtttcagataaaaggagttattaacttggcc
60 aaagtcatatgcggccactcaaatttgtcccgattattcatttagacacctcaactagac
120 gtactacctattgaacacttcaaccattctgaatttgaaccatttgaacattttttcgag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aataaacaaaaaatagaggaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTagagaa
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960 agatgggaaaaaaaatctctccaaaaaatttatcaatgaaacaaaatgctaagaattttg
***
1020 aaaccattagaatggtgggagaagaagataaccactaatccttagaattttaaaatcatt
1080 agaatggtgggggaaggagataaccactagtgaatgggtataggggttggggtgggatgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 ggtggggttgatag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 0 0 536 159 6 24 15 0 53
Right 777 0 0 0 102 0 358 240 8 16 18 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000015, oripos=814003..814668 strand=1 allelepos=201..866
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 125 20 55.01 35.00 3.00 3.00 ttattagccctttgattcca
RIGHT PRIMER 942 20 54.56 45.00 4.00 2.00 aaactagaggaccgaaggat
SEQUENCE SIZE: 1066
INCLUDED REGION SIZE: 1066
PRODUCT SIZE: 818, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,685
0 acatgaatgtgcatgcatttagttgtgtttgttacttttatttttattttttaattctag
60 aaatgtacatacataatttagtttgatatcctatagatttcataagcacgaggacgatat
120 aacaattattagccctttgattccaattacaaaactatatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 attatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActaactaaactaatatatatatatatatatatat
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900 atatattatatatatatatatatatccttcggtcctctagtttatcaatagtcgtttgaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tgtataatttatgtataaatatgtatatcatatggattgtgtagtgtatgtatattttac
1020 cgtaaagtatacgttatgtatatatacacatttcttgttaataaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 323 0 406 73 0 20 0 0 33
Right 860 0 0 0 344 0 502 2 0 1 0 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000016, oripos=820413..821759 strand=1 allelepos=201..1547
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 125 20 54.97 35.00 6.00 0.00 cccatgtgggaataaataaa
RIGHT PRIMER 1693 20 54.73 40.00 4.00 2.00 cgaaaatgtccataggaaac
SEQUENCE SIZE: 1747
INCLUDED REGION SIZE: 1747
PRODUCT SIZE: 1569, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1366
0 gtaataaaatttattcgttgctaatttttatttttaaaatgacattagaatatttgtggc
60 caagctaataatagaatattcacaactaaaaagtacaaaaataaaaagagaaataaaaat
120 catgacccatgtgggaataaataaatagactaagctagctagtgaaatattagtaaatct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tcctttggattataatttatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatat
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1560 atatatatatatatatatatatatatatatattcacaactagattatagtttagattatc
1620 attgataatttgcatcatatttatacacacactttaattactagaaattcatgggtttcc
<<<<<<
1680 tatggacattttcgtttgaatactatttataattgattttatgatatagtgtttcaatga
<<<<<<<<<<<<<<
1740 aatattg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 294 0 454 63 0 20 0 0 24
Right 860 0 0 0 369 0 417 41 0 12 0 0 21
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000017, oripos=835072..836415 strand=1 allelepos=201..1544
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 137 20 55.00 45.00 4.00 0.00 ttataccctcgtcatccaac
RIGHT PRIMER 1692 20 55.30 35.00 4.00 2.00 tacatgcgaaatgaactcaa
SEQUENCE SIZE: 1744
INCLUDED REGION SIZE: 1744
PRODUCT SIZE: 1556, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1363
0 aatattattattacatttcataattgaaattatgtttagcgtgaaagagagacaaacttt
60 aaagggaaaagggtcaaatatgcccctaaactatttgataaggtttagatatactctccg
120 tttaaagtttggttcatttataccctcgtcatccaacttttggtctacatatgccctttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agacgttagttggccaactcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaagggcatatgtaga
*****************************************************
1560 ccaaaagttggacggcgagggtataaatggaccaatctttaaacgcagggtatatctaaa
1620 ccttttcaaatagtttaggggcatatttgacccttctcccaactttaaaagacttgagtt
<<<<<<<
1680 catttcgcatgtataataatacttcacatatgtagtgtatctttaaaaccaataacactg
<<<<<<<<<<<<<
1740 taat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 108 0 504 142 0 16 0 0 85
Right 860 0 0 0 23 0 543 227 0 19 0 0 48
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000018, oripos=843514..843939 strand=1 allelepos=201..626
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 57 20 55.12 40.00 4.00 1.00 cccctaagattttgcctatt
RIGHT PRIMER 786 20 55.09 35.00 6.00 2.00 ttcttttcctgcaaagtcat
SEQUENCE SIZE: 826
INCLUDED REGION SIZE: 826
PRODUCT SIZE: 730, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,445
0 ttttcacatggagtattaagtccctcatgttttcaatatcggtgcacttttggtcctccc
>>>
60 ctaagattttgcctattttttaacattaattttgtccaaaattttatataaggaatgtcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aatcgtctttatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatat
***********************************
660 atatatatatatatatatatatataattatatctaagataaggtgattaaaaaaacacat
720 tattctattcactagaaatattactgcagctaaaaacatcttaacatatgactttgcagg
<<<<<<<<<<<<<
780 aaaagaaaaaattatataattgcacgtgaaattatcgtgataaacc
<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 819 0 0 0 371 0 237 139 0 9 10 0 53
Right 803 0 0 0 348 0 390 27 1 11 19 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000019, oripos=854998..855769 strand=1 allelepos=201..972
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 2 20 55.47 50.00 5.00 1.00 caaggggtacaagtggtatg
RIGHT PRIMER 1057 20 54.81 35.00 6.00 0.00 aatattgcgctcctaaaatg
SEQUENCE SIZE: 1172
INCLUDED REGION SIZE: 1172
PRODUCT SIZE: 1056, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,791
0 ttcaaggggtacaagtggtatgatcaaatatgacttgttgaattttgaatggacttttat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taaaactttgattagatttatttgatgataatttggcactatatatagcatctttaattt
120 gacttaatatagatcttttaattatttttcagtcaatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatataattaaatttaga
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1020 ttcgtgtataataacatccattttaggagcgcaatattttaatatgatttctatttgaga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 gatttaaattctagatatttagttaagattgcagtcatataggaatttcaactatcttta
1140 tataatttactttatgtaggtacgtacttaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 442 0 372 15 0 4 0 0 22
Right 860 0 0 0 358 0 452 35 0 4 0 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000020, oripos=915289..915774 strand=1 allelepos=201..686
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 76 20 55.14 45.00 3.00 2.00 tgctaagagaaagtggggta
RIGHT PRIMER 810 20 55.10 45.00 6.00 0.00 tcctacgccctatagacaaa
SEQUENCE SIZE: 886
INCLUDED REGION SIZE: 886
PRODUCT SIZE: 735, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,505
0 aaactcctttcacataaaagagagaaaatattcgattctttctatcttaattctcgactt
60 tcgaaaaaatttatattgctaagagaaagtggggtagggggtaaatagttagagggtaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgttttagttgaggtcagcaatataaaattaaaatcaatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatata
***********************************
720 taagaaaatagtaccgcatgaaaaaaatggacagaagcatataaagctactcgaatttat
780 tatgaatcgtgtttgtctatagggcgtaggatgttcatctgaacccctttcgatcggtta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 aaattataattattatttttttgtgtatatttagtatcaactcttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 821 0 0 0 230 0 481 74 0 8 12 0 16
Right 798 0 0 0 242 0 361 135 0 15 18 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000021, oripos=963516..964683 strand=1 allelepos=201..1368
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 55 20 54.51 35.00 3.00 2.00 gcttgtttgaccttgaaaat
RIGHT PRIMER 1434 20 54.97 45.00 6.00 2.00 atgaccttgtctatgcatcc
SEQUENCE SIZE: 1568
INCLUDED REGION SIZE: 1568
PRODUCT SIZE: 1380, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1187
0 atggtttgctatagcacatgaaaattatcgaaatggggcgtatgcgcgattcagggcttg
>>>>>
60 tttgaccttgaaaatgggttggaatggccgtgagggccaactggatgaatagccaaggtt
>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttacggatttccaaatttttttggcatttttgacgtcgaaattcggatgacccaaaaaa
180 tgctttactatatagcacacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgcctgtttgacc
*********************************************************
1380 tttaaaatgggtcgttatggccttgagggtcgactggatgcatagacaaggtcatgaaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 acgtctacaaattgttttggcatttttgacgtcgcaatccggatcacccaaaaaatattt
1500 agctatagctcacaaaaatcatcgaaatggggggggggggtatgcacgcttcagggctcg
1560 ttagacct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 740 0 0 0 3 0 138 514 6 14 29 0 36
Right 724 0 0 0 5 0 225 396 0 19 40 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000022, oripos=1039182..1040021 strand=1 allelepos=201..1040
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 54.98 35.00 3.00 2.00 ttcctttgattttctctgga
RIGHT PRIMER 1119 22 54.18 27.27 2.00 1.00 ttcatctttatccatttcttca
SEQUENCE SIZE: 1240
INCLUDED REGION SIZE: 1240
PRODUCT SIZE: 1062, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,859
0 ggaattgattttgttaattgctccatttttttccttttttcttatcttttttttttactt
>>
60 cctttgattttctctggaattcttggaaatgatgttgggaaattggaaccaaaaaatgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttatatagaattttttttttcggttggatttgttttctacttttaaaaaaaagagataa
180 aaaaaagatttgtctgagtcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttttttttttttttttttcttgagtcaacttatgtgtata
*****************************
1080 tcttattatgtttttatatgaagaaatggataaagatgaaataaaaggataaaaatacat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 attattttttttactagtcaactttagcaaattaaaaaataataattttaatttatcttt
1200 tttattatggaaaatttttcaaaatgtcaatattttaaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 663 0 0 0 269 0 167 114 0 7 58 0 48
Right 825 0 0 0 558 0 254 0 3 0 9 0 1
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000023, oripos=1122435..1122545 strand=1 allelepos=201..311
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 54.96 35.00 7.00 2.00 tgttgaacattaacgatgga
RIGHT PRIMER 488 20 55.04 40.00 5.00 3.00 tataacaaacctccattggg
SEQUENCE SIZE: 511
INCLUDED REGION SIZE: 511
PRODUCT SIZE: 369, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,130
0 gtgtaggtaaaataaaatctacataaaataataaagatttattaggatatttagtgatgg
60 ataatttaggttaaaggtaaaattatatgtttagataatatacatatttttgttggattt
120 tgttgaacattaacgatggattttccgtcttttaactacatatataaggaaaaaaaagtg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatagataaaacaaattaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNTatatatatatatcatttttaactatatattcatcaaaaaaaattctatt
********************
360 ttttttcagtgaaaatctcaatgataatattgttagtgaagcacaagccttcatgtctac
420 tggaaataaaaaatgccttcaatacctcatgtcaattgttcaacaatgtcccaatggagg
<<<<<<<<<<<
480 tttgttataaatattttacgatttcaattta
<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 818 0 0 0 371 0 350 48 0 10 12 0 27
Right 760 0 0 0 261 0 284 133 11 7 26 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000024, oripos=1132158..1132725 strand=1 allelepos=201..768
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 91 20 54.83 30.00 4.00 1.00 tcatcatcatttttcaacca
RIGHT PRIMER 867 20 55.09 50.00 4.00 0.00 ggttctattaccccctgaac
SEQUENCE SIZE: 968
INCLUDED REGION SIZE: 968
PRODUCT SIZE: 777, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,587
0 cacattcatttagggactttgtttatatgtgattcttctttatttgttgagacatatttt
60 tcaattgatttataaaatccttaattaactctcatcatcatttttcaaccatttttcttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atttcttcatcaatattacatatttccttaacatacttgtttattttagggataatacac
180 aagtaccccctcaacctatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaagaaaagtca
*********************************************************
780 accatcattgggcccacaagatagtgccacgtaggtcgaaaaggagtaaaaaattattaa
840 taaaataagttcagggggtaatagaaccttagtatagtataagtgtgtctctgagatttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 gggcataggttgagggggtacttgggcattatccctttattttatacaaaaaccatcaat
960 gttttgag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 170 0 640 10 0 1 0 0 34
Right 842 0 0 0 123 0 336 317 0 16 7 0 43
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000025, oripos=1192707..1193249 strand=1 allelepos=201..743
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 21 22 55.29 31.82 7.00 0.00 gctcgattatttatcgtgattt
RIGHT PRIMER 800 21 54.63 33.33 8.00 2.00 ttaaaatgttaataccggacg
SEQUENCE SIZE: 943
INCLUDED REGION SIZE: 943
PRODUCT SIZE: 780, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,562
0 agacgataaactatatgtactgctcgattatttatcgtgatttttttttccgattaattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agattctgcaaatattgtaaaggtatacacattgttacataaatttctccaaaaaaaaat
120 tttcttatagatttttttcttatatacaatttttgttatctttatatatatatatatata
180 tatatatatatatatctacgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattatatatatatatatatatatatatatatatcta
********************************
780 cgtccggtattaacattttaagatgtatttttacatcatattgatatgcaaaaaatcgca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 atttataacacttttcatatagtttttgaatatttaaattttttatttaaaataatgtaa
900 tctaacttaactttgaaaattgatcaaaatgactttcgaaaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 803 0 0 0 416 0 355 5 0 8 17 0 2
Right 808 0 0 0 432 0 331 5 0 14 16 0 10
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000026, oripos=1228168..1228712 strand=1 allelepos=201..745
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 945
INCLUDED REGION SIZE: 945
TARGETS (start, len)*: 190,564
0 agaaaataaagataagaatccttaaacaacatgttttgttatattgattaaatactttac
60 attattgatatatatatatatatatatatatagaatttaaaaatcgttattcaactagct
120 tacattttttataacatggttaataatattttaataattacgtttgtaataattcagaag
180 tatatttaaattttttatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaaaatactaaatatatttatagtgatataataatg
**********************************
780 ataatacagtgagaagaataatatagaaaaaaaatattagtttcattaagaattattttg
840 ttaagtgaataaagtttatcctctttcataaatatttttctatattagtttcatatatct
900 tgatatttatagaaaataaatacaatatttttacaaaagtgcatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 563 0 237 0 0 1 13 0 0
Right 860 0 0 0 618 0 242 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000027, oripos=1399865..1400484 strand=1 allelepos=201..820
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 65 20 55.84 45.00 4.00 1.00 tgggctagttgataaggtca
RIGHT PRIMER 939 20 54.91 45.00 7.00 3.00 aagtggactccaaatcacac
SEQUENCE SIZE: 1020
INCLUDED REGION SIZE: 1020
PRODUCT SIZE: 875, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,639
0 tgatataagatttcaattggttattttatcgaaattttttatggacatcaactacgactt
60 tttaatgggctagttgataaggtcattggaattagttatcaagtgctaaatccaatagtg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atattggatttaatgataattatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtataactattttgttataat
*************************************************
840 gttgaagtcttatgacgtagattttgactaactatgcaaatctaccagtagtattaattt
900 aaggatctctagtcatttgtgtgtgatttggagtccactttggtctaaactttgttaagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 ttcttcaattaattgagaatgtactgcatgtggttatcttacaataattgatttgataaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 813 0 0 0 316 0 437 14 0 6 13 0 27
Right 860 0 0 0 54 0 721 50 0 9 0 0 26
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000028, oripos=1433297..1433382 strand=1 allelepos=201..286
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 486
INCLUDED REGION SIZE: 486
TARGETS (start, len)*: 190,105
0 ttctttaatcttctgaccttaaacatatcatttaaaaaggtgaaattaaaatgttactaa
60 aaaagaaagagatcattcttttttaaacaagctaaaaaaacgagattattctttttaaag
120 aaacaaagtacaacttcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatattatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtaaatcttctctca
*******************************************************
300 ctttttaaaataaggattttgagcctatgatttgcataatagataaagtgtatatgggat
360 tattgtcaactctagctaaatgcattatggataattaactattggctagggtcggtgtga
420 attattaccataaattagctctttatttgaacaagagatggcaaaaggtaagcttagact
480 tagaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 716 0 0 0 409 0 267 0 0 0 40 0 0
Right 860 0 0 0 69 0 620 107 0 12 0 0 52
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000029, oripos=1435389..1436622 strand=1 allelepos=201..1434
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 55.15 35.00 4.00 3.00 gtattgaccaaatcggaaaa
RIGHT PRIMER 1560 20 55.07 40.00 2.00 0.00 tggataaaggaggcactaaa
SEQUENCE SIZE: 1634
INCLUDED REGION SIZE: 1634
PRODUCT SIZE: 1463, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1253
0 gagtaacaaaacactcaattctagatactaatgcaacccctaaaaattctagatacaaca
60 taaaaaattactaaattcttcaatacgatctaacaatcgtattgaccaaatcggaaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atattatatatttgtatatggagattttaattttaattatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtaaata
************************************************************
1440 taaataatgataaataaaaagtatcgctaaaatcagtaattatttattaaagtaattttc
***
1500 catgttattatttccttaaaatatgcaaggcccgacagaaatttagtgcctcctttatcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 aagggtttgacatggtaaatgatccttaaaacatcgagggggaatggggctgaaagtcta
<
1620 aaatccattatttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 391 0 375 37 0 18 3 0 24
Right 860 0 0 0 181 0 339 283 0 19 0 0 38
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000030, oripos=1448587..1449229 strand=1 allelepos=201..843
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 133 20 55.00 45.00 3.00 1.00 caaagagtgggagaaagttg
RIGHT PRIMER 1001 20 54.37 40.00 3.00 2.00 tcttaccaagtgagcaatca
SEQUENCE SIZE: 1043
INCLUDED REGION SIZE: 1043
PRODUCT SIZE: 869, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,662
0 attgtatatgtatataggttagataattctatattatacatatgcacttgtatatatagc
60 aagcgagattgggagagaaaggagagaggcgagcgagattgggagagggaggaaagaggc
120 gagcgagagagggcaaagagtgggagaaagttgaattgtatatgtatatcgattagataa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttgtatattatacaaatgtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNGttatatatatatatatatatatatatatataatgtttttaagaacattaatcacaaa
************
900 tatttaattataaaatggacatagcgatatgtgatttattaatcggtatcataagatata
960 cttataccttatttataaactatgattgctcacttggtaagactttgtatatgagtttgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 aaagtaatacttaatagttttca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 103 0 344 375 1 2 0 0 30
Right 855 0 0 0 341 0 486 4 6 0 0 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000031, oripos=1450386..1450852 strand=1 allelepos=201..667
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 8 20 55.28 50.00 4.00 2.00 tcgatctaggacacgatctc
RIGHT PRIMER 731 20 54.86 40.00 4.00 3.00 gctatatgtgaaaattgccc
SEQUENCE SIZE: 867
INCLUDED REGION SIZE: 867
PRODUCT SIZE: 724, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,486
0 ctcgataatcgatctaggacacgatctcgacacccaaacttggacacaaccccaatgatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gatctcaataatcggctatgagatctgagtcaggacctaaccccgattttcgatccggac
120 ccaaccatacccagctcaagacttaactttcaaaaataaatattaaaatttctttgtgtg
180 tgtgtgggggtgggggggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNAggaggatcaaaagcaagctttttaaattttttagttatttttctagggcaatt
**************** <<<<<<<<
720 ttcacatatagcaagcacaaaattcatatttttatgttatagcaaagttttcataattgt
<<<<<<<<<<<<
780 gttgtatatgtataattcgctatacatatacaatttaagcgaattgtataaaatgagaaa
840 tagagaaattatataaaatttgaattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 110 0 229 428 2 46 0 0 39
Right 858 0 0 0 276 0 534 17 0 2 2 0 27
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000032, oripos=1460039..1461462 strand=1 allelepos=201..1624
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 2 20 55.03 45.00 3.00 2.00 gtgtggatggctaatcgtat
RIGHT PRIMER 1783 20 54.76 45.00 6.00 3.00 tccgtcaagaccttgtctat
SEQUENCE SIZE: 1824
INCLUDED REGION SIZE: 1824
PRODUCT SIZE: 1782, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1443
0 atgtgtggatggctaatcgtatgcatagacaaggtcttgacgaacgtccacgaaaaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tggcatttttgacgtcggaatccggatcacccaaaaaatggtgtgctatagcacacgaaa
120 atcatcgaaatgaggggtatgctcgcttcgtggctcgtttgaccttccaaatgggtcgga
180 caagccgtgatggccaaccaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNAtttttgacttcggaatccggatcaccaaaaaaatggtgtgctatagcacacaaaaa
*************
1680 tcgtcgaaatgaggcttatgctcgcttcgggactcgtttgaccttccaaatgggtcagac
1740 aagccgtgagtgccaaccgtatgcatagacaaggtcttgacggacgtccacgaaaaaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 tggcatttttgacgtcgaaatcca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 727 0 0 0 1 0 131 506 7 24 33 0 25
Right 721 0 0 0 1 0 103 518 12 17 35 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000033, oripos=1462305..1470018 strand=1 allelepos=201..7914
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 55.22 35.00 4.00 1.00 atttttgacgttggaatctg
RIGHT PRIMER 7960 20 54.99 45.00 3.00 0.00 tatcctactcacggcttgtt
SEQUENCE SIZE: 8114
INCLUDED REGION SIZE: 8114
PRODUCT SIZE: 7880, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,7733
0 ttccaaatgggtcggacaagccgtgatggccaaccgtatgcatagacaaggtcttgacgg
60 acgtccacgaaaaaatttggcatttttgacgttggaatctggatcacccaaaaaatggtg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgctatagcacacgaaaatcgtcgaaatgaggggtatgctcgcttcggggctcgtttgac
180 cttttaaatgggtcggaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGggctcg
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7920 tttgactttccaaatgggtcaaacaagccgtgagtaggatagatcaaggtaaggagtcat
*** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7980 atcctaagtcaaggtcgaaaattgggttccaagttgaagttaggtcctaagtcttggatc
8040 agggtcaagagagttaggtccaagtagagatgggcatggtatggtagatacggataccat
8100 actaaagtcaaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 727 0 0 0 1 0 101 542 7 10 33 0 33
Right 860 0 0 0 0 0 475 277 4 24 0 0 80
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000034, oripos=1477591..1478098 strand=1 allelepos=201..708
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 79 21 54.74 42.86 6.00 2.00 tcgtactagaacaaggattgc
RIGHT PRIMER 805 20 55.06 40.00 5.00 0.00 cccatcagaatgataaggaa
SEQUENCE SIZE: 908
INCLUDED REGION SIZE: 908
PRODUCT SIZE: 727, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,527
0 aacgtccgtataatttaaaaactgatccaatttgtaagttgtgtatctttactagccata
60 gcctaaaaataaatagtactcgtactagaacaaggattgctcaatactattattttagta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgcttgttttctattttattttcctttttttttaaagtttttttgaagcttatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatat
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720 atatatatatatatatataaaaaactcaatttatatatattaaataatttcaactatgca
780 agccttttccttatcattctgatggggcaatttaatcattgctataaattaaactgttca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 accaatctatcagaaaaggaaaaatatcagccacagcttggaagtgtctattaaataatg
900 atatactc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 262 0 545 0 0 8 8 0 3
Right 860 0 0 0 289 0 334 167 0 17 0 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000035, oripos=1507812..1508542 strand=1 allelepos=201..931
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 146 20 55.32 50.00 4.00 2.00 aaaggctagaggcaggatac
RIGHT PRIMER 1046 20 54.87 35.00 4.00 0.00 gaattgtgatttggttggtt
SEQUENCE SIZE: 1131
INCLUDED REGION SIZE: 1131
PRODUCT SIZE: 901, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,750
0 aaatattctttcacttacctgtgtgataaaccaaactcaaaaaatgttgagtggatagaa
60 atttttaaaaaagactgtaaaattcatatgaatacaaaatatttattttgaaatagcaac
120 gttcattttgttaaagtaataagattaaaggctagaggcaggatacataaatatttacaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agcaaattgttaacttcaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatattggcttga
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960 tttgagttcgatttgactttttatcttctaatatcaaaccaaattaagagtggtcgattt
1020 ttttttcaaccaaccaaatcacaattcaatttttttcgatttgatttgattcgtcaattc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 gatttgacttgtacaaccctacttctacgtgatgaataatgtgattgataa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 790 0 0 0 295 0 398 26 0 16 20 0 35
Right 742 0 0 0 69 0 469 97 4 12 34 0 57
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000036, oripos=1534984..1535984 strand=1 allelepos=201..1201
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 112 20 55.02 35.00 3.00 3.00 caaaatcaacccgacattat
RIGHT PRIMER 1258 21 54.80 23.81 4.00 2.00 ttgaattgattttctttttgc
SEQUENCE SIZE: 1401
INCLUDED REGION SIZE: 1401
PRODUCT SIZE: 1147, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1020
0 tttgcaaagttgaatcgaaaattgaattaaactgcaaatccagtcaaattgggaaaaaac
60 ccgattatatttgtgttggtttggtttcaactaaaaaacaacaacctgagaccaaaatca
>>>>>>>>
120 acccgacattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>
180 atatattatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 Tataacaaagttacaataaaaatcaaattaatactaatgcaaaaagaaaatcaattcaac
********** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 actaagaatgacaataatattgaatatttgttttttaattttacatagatttagacaatt
1320 aaaatacatgatctaattttactttcttttaatatttagtcatgtaactaatacttgcta
1380 aacttattttagtatgattta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 739 0 0 0 252 0 248 133 0 21 34 0 51
Right 860 0 0 0 483 0 370 3 0 0 0 0 4
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000037, oripos=1544647..1545195 strand=1 allelepos=201..749
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.97 40.00 4.00 2.00 ttggtctacattttgatccc
RIGHT PRIMER 814 20 54.69 40.00 5.00 3.00 cctaagcatttcaaagggta
SEQUENCE SIZE: 949
INCLUDED REGION SIZE: 949
PRODUCT SIZE: 645, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,568
0 aggacaaagggtaaaaagtcatcaaatttatgttgatgggaagataattgctaatggaac
60 tacaataggatacaagaagcttcataggattgaaaaagggatggtcaataatgctaaaag
120 tgtgaagatagagataattgaatcaaagggaactcctttgatatcatcaattggtctaca
>>>>>>>>>>
180 ttttgatcccttttggtggtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>>>>**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtaaaaaaaaaaagaggatgttataataaata
**************************************
780 aagtattaattctagtaccctttgaaatgcttaggaaaaagttttttttatatgaaaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 agttctttcaaattagaaaaaatgactttccgtaataaaaaaattaataaattaaatatt
900 ataagtgatgtttcaaatttattatcaattcttcttcgtcccaatccat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 12 0 660 90 3 24 0 0 62
Right 800 0 0 0 430 0 286 40 0 7 23 0 14
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000038, oripos=1568576..1569625 strand=1 allelepos=201..1250
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 10 20 54.94 40.00 3.00 3.00 tttaggttgtgttggtgtca
RIGHT PRIMER 1379 20 54.40 35.00 6.00 0.00 tttaaaacaaaacctccacc
SEQUENCE SIZE: 1450
INCLUDED REGION SIZE: 1450
PRODUCT SIZE: 1370, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1069
0 ttttgtcaagtttaggttgtgttggtgtcattttgtcaattttcttactattctttgaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gcaatttttgatgagttttgatccagttttttttaggttgttttattccgtctttgtcct
120 tctatgtttcgtataagtagatatttttatgtaagtagtttttattcatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtttattatat
***********************************************************
1260 atatatatatatatatatatatatatatatataacactgatatataagtgaaaaacacaa
1320 catataatttaaggaacacaaaaaagattaagttaaataaggtggaggttttgttttaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 gagtaaataatcaagctctacaaaaaaaatgtgtaaaagtttaataaggtagagtgtatt
1440 tttgtaatca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 225 0 422 56 2 5 17 0 71
Right 768 0 0 0 294 0 426 5 0 1 28 0 14
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000039, oripos=1587032..1587786 strand=1 allelepos=201..955
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 56 20 55.06 40.00 4.00 2.00 atgtataattcgctggccta
RIGHT PRIMER 1081 20 54.66 35.00 6.00 2.00 aatattgcagtgaaaaaggc
SEQUENCE SIZE: 1155
INCLUDED REGION SIZE: 1155
PRODUCT SIZE: 1026, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,774
0 cataattgcgctccatagcaaacataaaaactgtataattcgctatacatataaaaatgt
>>>>
60 ataattcgctggcctaaattgtataattcgctggcctatttcgctgcaattgtataatta
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gttttgcatatagttgaatcgaattaaaatgtatgtatattgcataatgataagtgtata
180 gcaagaagatatatatttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtcgct
************************************************************
960 ttatacaaaaacagaaacacaatatatacacttctgttgtataaagctagaaaaaattgt
****
1020 atttcactgcaattgtataattcacaattgtataattctttggcctttttcactgcaata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 tttgaagtaaaatgtttgtaaattatataattaagtgtataacacgaagatatatatttt
<<
1140 tgcatgtgtatatac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 136 0 502 161 0 26 0 0 30
Right 810 0 0 0 205 0 522 41 0 14 17 0 11
Pair Stats:
considered 10, high any compl 5, high end compl 3, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000040, oripos=1785154..1786179 strand=1 allelepos=201..1226
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 22 54.89 31.82 5.00 0.00 agaatgaagtttgttcgtcttt
RIGHT PRIMER 1302 22 54.90 36.36 4.00 0.00 agtttcgtatctcacaatcaca
SEQUENCE SIZE: 1426
INCLUDED REGION SIZE: 1426
PRODUCT SIZE: 1263, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1045
0 ttctattaagaaaacataaataattagcatcgtaattaagagaatgaagtttgttcgtct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttagtatttttactatttatatatatttttgtaaaacagtaacaattagcatcaaatctt
>>
120 aacataatcaagttagcttgtcttaagctttttattaatttaagcaaaatgtttaaatga
180 attctcttaattaatttttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatatataaaaaataatgcaacgttaaaattatgt
***********************************
1260 atttttaccatatcattgttatgtgattgtgagatacgaaactataacaggaatcaattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 atttgattcttagctatataatatttgaatttaatatttagtattttatttactttatat
1380 tgagatatgatatattactttttttattacttatatttattatata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 339 0 510 0 0 2 0 0 4
Right 860 0 0 0 499 0 358 0 0 0 0 0 3
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000041, oripos=1789698..1789718 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 53 20 54.87 40.00 6.00 2.00 tctgaaggaatatgccactt
RIGHT PRIMER 401 20 55.21 45.00 4.00 2.00 caaacagaacctagaaacgc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 349, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gagcgggtaagacgatttccgcccattttgaatttgaaattcaaaattccgcatctgaag
>>>>>>>
60 gaatatgccactttgatgccaagattcccaacggaatcgagttgaggtggagggacgaga
>>>>>>>>>>>>>
120 ttattccatcgtccctttgcccttgcgtggctcgaatccgcatcgcaaggacggattcgt
180 gtcgttttgcactgcaagtcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtacaaaaaagggagacgtc
****************************************
240 gcagaggctgcagaggtccgttgggttatttcgttcctccacgcgctagagagagagggg
300 gagagtatctcgcgtgagagacgcgggagagagggcgtgggggcaacgcggtttctgttg
360 gggtcgcgtgggggagggtttggcgtttctaggttctgtttgctgttctggccgcgtgag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 32 0 68 697 4 12 0 0 37
Right 858 0 0 0 12 0 67 727 1 7 0 0 44
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000042, oripos=1825202..1826057 strand=1 allelepos=201..1056
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 44 20 55.09 35.00 3.00 0.00 agtcatcttccaaaagcaaa
RIGHT PRIMER 1244 20 54.78 40.00 3.00 2.00 ctctgcccaaatctctttta
SEQUENCE SIZE: 1256
INCLUDED REGION SIZE: 1256
PRODUCT SIZE: 1201, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,875
0 atttagttaattagtggcgaatgatttggcataaataatttagcagtcatcttccaaaag
>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caaaagagtcaatgaactaaacaaggatcacatgtgagcattcatttaacgaacggcaac
>>>>
120 taacaaaaataaaatttatatttgtatgctataacaaaatttttataattacactctata
180 gtaaatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatataatttacta
*********************************************
1080 attatatataattgaagcgaattgtataaaacaaaaaagaaaaagcgatttagacagaga
1140 attatataaaacgaattgtataattataagtgtatagaacaattatatataatttgaatt
1200 tgtataaaatgagaaaagagaaagataaaagagatttgggcagagaattgtataaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 232 0 385 148 12 18 0 0 46
Right 835 0 0 0 401 0 363 26 0 3 10 0 32
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000043, oripos=1870311..1870996 strand=1 allelepos=201..886
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1086
INCLUDED REGION SIZE: 1086
TARGETS (start, len)*: 190,705
0 gaagcttaatatctaaaaaaaaatttaggaatttttagctaaaatcattcttcaattatg
60 actcagatctaatgtacattcttatattatttcagtgaataaaaaaaattcttatactat
120 ttaaaaaataacaaaaaaacatccttcatgcgtctatttttgttaagtaaactaatttaa
180 caaataatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatttatat
*******************************************************
900 ttgatcatgtcttagctaaatcgagaatatcaatgttatctaaaagaataagaatatgaa
960 taaaaaataaatattttatcctcataatttaaattttgtttgttgttagtttatatgttt
1020 tttttgcatgataaagtaaattgacttgcaacaaataatacatgaattttgaaatattta
1080 tacaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 812 0 0 0 476 0 284 20 0 1 15 0 16
Right 819 0 0 0 454 0 348 0 2 3 12 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000044, oripos=1912301..1913066 strand=1 allelepos=201..966
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 59 20 54.95 35.00 3.00 0.00 acgcaatctttcactcattt
RIGHT PRIMER 1077 20 54.85 40.00 2.00 0.00 tttatcaccttccacacaca
SEQUENCE SIZE: 1166
INCLUDED REGION SIZE: 1166
PRODUCT SIZE: 1019, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,785
0 atataaatataaattttttaaaaaaaaatatatagtttacccattactccaactgctaaa
>
60 cgcaatctttcactcattttttctttagagaaaaaaaaaatttattgaggaatttataag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgcttagaggcaagtagttataattgttataaataaatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNTatataataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatactatg
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1020 gttttgattaaagtggtgtgtgtacatgtatttaaatttgtgtgtggaaggtgataaatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 attttcaaaataaaagtaataaattagaaaagaatattttgtggttaggaaaaattggtt
1140 ggaggctaataaatggtaatgtaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 804 0 0 0 452 0 251 60 0 1 14 0 26
Right 860 0 0 0 350 0 388 67 1 9 0 0 45
Pair Stats:
considered 9, ok 9
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000045, oripos=1947796..1948285 strand=1 allelepos=201..690
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 890
INCLUDED REGION SIZE: 890
TARGETS (start, len)*: 190,509
0 atgtcatctcatgatatttcaatatcttgtttatgaattatgatttgtttatttcttaaa
60 attacgtaagaattgaaaaaatttggaaacttttcacaaagtactgaattttcatattta
120 taaaaaattacaatttaaaaaatccatattacatatctaaatgcatcatttacttttaga
180 acacatagtcaaacgggtcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatacaattaaagtttgg
***************************************
720 tgccaattttgcatgcattaggcctgcaacaagtttggtccactctatatttaggagaaa
780 aataaataaattcttatagtaactttgttattgaacagtgataactatcattcagagaaa
840 agaattattgttttttattactatatggagttaattgcctttataaagaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 806 0 0 0 404 0 377 0 5 3 17 0 0
Right 853 0 0 0 224 0 434 170 0 9 3 0 13
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000046, oripos=1981564..1982188 strand=1 allelepos=201..825
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 130 20 55.08 30.00 2.00 0.00 tccaccaaaaagaaaaagaa
RIGHT PRIMER 1010 20 55.20 40.00 4.00 0.00 ctccataaacggatggtaaa
SEQUENCE SIZE: 1025
INCLUDED REGION SIZE: 1025
PRODUCT SIZE: 881, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,644
0 attttaatatcatttttatttttgcacaacaaatttattgtactcgtctttactcttcag
60 tcatgttcattatgctaaaaatatattaaataaccactctaaacctacaatattaatgtt
120 cttccaaaattccaccaaaaagaaaaagaaaaaaaaaggggggtttattttatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatataatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttatatatatatata
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840 tatatatatataaaataaaaaatcattgtccctttttagatttggtagccctggtcttag
900 ttgttgaagtcaagtgcaatagtaattagtaaaatctgacatgatttactttcaaaatag
960 tttaatttccaaagaaatacatatatcgttatttaccatccgtttatggagttgtatatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tcaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 778 0 0 0 231 0 447 46 2 3 22 0 27
Right 839 0 0 0 203 0 492 77 0 7 7 0 53
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000047, oripos=1999871..1999891 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 47 20 55.53 45.00 4.00 2.00 gtgtccatgtttattaccgc
RIGHT PRIMER 325 20 55.10 45.00 4.00 2.00 caactcacactcattcgttg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 279, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 taatgacacttaactaatgtcagtagagattttagctctctttattagtgtccatgttta
>>>>>>>>>>>>>
60 ttaccgctaaaagttatttttgttatagtgaagtaagattgtgtagaagttaagaattgt
>>>>>>>
120 cgatatgtaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatatatataaagaatacttttctagctacatagtcta
300 atttttcaacgaatgagtgtgagttgacacccttcaaatatatgtggttctattataagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gccaaatagattaatattatcgtaaaaatatttaacaatcactacaataaaaataacttt
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 306 0 531 8 0 5 0 0 5
Right 860 0 0 0 360 0 427 40 0 8 0 0 25
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000048, oripos=2006354..2006374 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 46 20 54.95 45.00 4.00 2.00 gtcgtacatcggtggttaat
RIGHT PRIMER 358 20 54.85 40.00 3.00 0.00 atgtgggacttttgtcattc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 313, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tgagatatacttttttaataacatgaattgttaaagaatgacaaaagtcgtacatcggtg
>>>>>>>>>>>>>>
60 gttaatgagatgggtggactccttatgaggcttgggcaatcctcctcttttcgagctagc
>>>>>>
120 ttttggggtgtgagttaggcctaagacctaatttcacatggtatcagagcagggcccgtc
180 tcacccgatgttggggccccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGacctaattttcacatggta
****************************************
240 tcagagcagggcccgtctcacccgatgttggggccccccaaaatcaaaaattgcctacgc
300 accaggtgctaagcactggacgtgaagtggaatgttaaagaatgacaaaagtcccacatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gatggttaatgagatgggtggactccttatgaggcttggacaatcctcctccctttgagc
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 89 0 270 402 10 17 0 0 58
Right 774 0 0 0 0 0 154 519 7 22 17 0 55
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000049, oripos=2025802..2026399 strand=1 allelepos=201..798
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 93 20 54.96 40.00 2.00 0.00 tttatttctctcgtgtcggt
RIGHT PRIMER 911 20 55.07 35.00 6.00 2.00 tatgcttgcatgaatgtgat
SEQUENCE SIZE: 998
INCLUDED REGION SIZE: 998
PRODUCT SIZE: 819, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,617
0 cacatcaatgaggactcacgcctccccatcatactcatttgggaattaggttcattaaat
60 tgagtatattaacatctttcaagattcattatctttatttctctcgtgtcggtacgtgac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 actccgatcctcatataatatcctggtgccggaacgtgacactccgatcctcatatacta
180 tcctggtgtcggaacgtgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNAtaccaaggcatcatcattaacaaagtagattaggatttttca
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840 aaatttaggattcaatagcttcatcatgtagttattttatcacaattatataatcacatt
<<<<<<<<
900 catgcaagcatacaattaagcatatagaagggtttacgacactacctaatacatattatt
<<<<<<<<<<<<
960 cgctattaagagtttactacaaatagcataaacaataa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 65 0 395 329 0 18 0 0 48
Right 860 0 0 0 120 0 683 29 0 8 0 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000050, oripos=2052126..2052664 strand=1 allelepos=201..739
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 115 20 55.06 40.00 4.00 2.00 tgtataattcgctggcctat
RIGHT PRIMER 831 20 55.40 40.00 4.00 2.00 aattgtgctccatagcaaac
SEQUENCE SIZE: 939
INCLUDED REGION SIZE: 939
PRODUCT SIZE: 717, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,558
0 ggcaattttcacatatagcaaacaaaaaattcatatttgtataatatagcaaactttgca
60 taattgcgctccatagcaaacataaaaactgtataattcgctatacatatacaagtgtat
>>>>>
120 aattcgctggcctatttcgctgcaattgtataatttgctttgcatatagttgaatcgaat
>>>>>>>>>>>>>>>
180 taaaatgtatgtatattgaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNCgagagaggcgagcgagaatggagactggcgagcgagattct
****************************
780 tgggagagagacgctggcaaattttagataatgtttgctatggagcacaattaaatcaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 ccctatctattctatttaatttaagttattagtttactattctatacaatttttcctatt
900 ttttattatagtatatttatttaagtctaaagaaaaatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 822 0 0 0 120 0 474 174 1 15 10 0 28
Right 860 0 0 0 359 0 235 221 0 8 0 0 37
Pair Stats:
considered 5, high any compl 1, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000051, oripos=2056712..2060625 strand=1 allelepos=201..4114
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 156 20 55.15 30.00 8.00 1.00 tgcattaatgttgttccaaa
RIGHT PRIMER 4264 20 54.96 45.00 4.00 0.00 agttaaaagttggggtaggg
SEQUENCE SIZE: 4314
INCLUDED REGION SIZE: 4314
PRODUCT SIZE: 4109, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3933
0 taatgatgcaattaaatgaatcatatctttgtcatggagtctttcgatacaatcttaaat
60 cattgtttgatcataaaattttcaaatttgaaaaatagcttataacatgttttatattcc
120 atttttcacttttggagttgtatttaagtacattcatgcattaatgttgttccaaaaact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttttacaaaaaatataacaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgttatgccaaacgtaaaacgaaaaag
*******************************************
4140 tggaagaaagagatgttagggttatatgagtaacttgaagattgtataaaaatattgagg
4200 gcaaatggtcaacttaaaacagcttataagctaaaaaaaaaacacccctaccccaacttt
<<<<<<<<<<<<<<<
4260 taacttttggcttaaaataagttattttgagtattgtcaaaaagctaaataaat
<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 218 0 567 33 6 9 0 0 22
Right 801 0 0 0 112 0 511 113 0 9 19 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000052, oripos=2219832..2221154 strand=1 allelepos=201..1523
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 85 20 54.76 30.00 8.00 0.00 taccgaaatttcattggttt
RIGHT PRIMER 1664 20 54.98 45.00 2.00 1.00 agaagaaggagagcgagatt
SEQUENCE SIZE: 1723
INCLUDED REGION SIZE: 1723
PRODUCT SIZE: 1580, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1342
0 catattaagctaaattagtttctaattagagtaataacacacaaaagaactaagaaaatg
60 gtatgggataaaaaaatggataacttaccgaaatttcattggtttataaactgattactt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atatatacgttagtttactatattatgaattttactacttataattttggtacatttaca
180 caggtccataggtccatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcgtacgtatatatatatatatatatatatatatatat
********************************
1560 atatatatatatatatgggggtcaaaattaggtgtagtttgttatacaaacattaatgta
1620 cacaagtagattcgctacatagacaaatctcgctctccttcttctcatctcatacgccac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1680 tctcttatctcaatcgcgtagttggtatcccaaatacacatga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 254 0 491 11 0 6 18 0 20
Right 860 0 0 0 162 0 474 142 1 7 0 0 74
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000053, oripos=2226403..2226938 strand=1 allelepos=201..736
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 61 20 54.88 40.00 4.00 0.00 aaaatggcacacatataccc
RIGHT PRIMER 850 20 55.03 45.00 3.00 2.00 atacccttttcctctaacgg
SEQUENCE SIZE: 936
INCLUDED REGION SIZE: 936
PRODUCT SIZE: 790, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,555
0 aaagtggctcatatatgcatttaccgttatacaaacggctcacatgtacccctgccgtta
60 caaaatggcacacatatacccttcatttaacggacgttaaaaaattggctttaaatttaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atttattacttctaattttaaaaaaaattatttaggggtatataggattcttctatcaaa
180 gttcaaggtatattttaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNGaatatctttgacgaagattaaatttactcatatgggatcatatt
*************************
780 ttttagaaaaaaataattaaaatttagattaaaattattttttttccgtttccgttagag
<<<<<<<<<
840 gaaaagggtatatgtgagtcatttgtttacaagtatgggtatatatgagccactttcgta
<<<<<<<<<<<
900 acaaggggtatatcagctccaaatgacaaaattgag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 218 0 325 185 3 28 17 0 18
Right 805 0 0 0 216 0 413 100 0 13 18 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000054, oripos=2238505..2238525 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 104 20 55.55 45.00 3.00 2.00 cttggaacccatacataacg
RIGHT PRIMER 300 20 55.11 40.00 4.00 0.00 aacgtctcaccaaacaaatc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 197, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aatctccattcaaacataacaaagaattttctcataataaagtcaaccctagagaatttt
60 ctcatgattggtcaatttcttattaattttatattcttttgcaacttggaacccatacat
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aacgtcatttcatcaaaactataatacaagcaaatacactataattgaagatatatatat
>>>>
180 atatatatatatatatatacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatagatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatataccataagacaagatgcatgcagcgttgatttgtttggtgagacgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 ttcatcatgcatggtaccaattctacattcatcttattttaatcgttttcgattttaatt
<
360 tacgtgacattatttatttattttttaaaaaaatcaaaatttgatttaaaaatgaaataa
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 229 0 526 57 0 24 0 0 19
Right 854 0 0 0 339 0 291 185 2 21 0 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000055, oripos=2241206..2241253 strand=1 allelepos=201..248
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 55.04 35.00 4.00 0.00 tcctctaacggaaatgaaaa
RIGHT PRIMER 444 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ctggtacggaaaaagatttg
SEQUENCE SIZE: 448
INCLUDED REGION SIZE: 448
PRODUCT SIZE: 379, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,67
0 ccccttgttataaaagtggctcatatatacccctacttgtaaacaaatggcccacatata
60 cccttttcctctaacggaaatgaaaaaaataataattttaatctaaatttttattatttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttctaaaaaatataatcccatatgagtaaatttaatccttgtcaaacatatttttttgac
180 ttttttttgttttagagactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNTtaaaagtaacaaatataaatttaaaactaatcttttaatttccgttaaataa
*****************
300 agggtatatgtgagccatcttgtaacggcaggggtatatgtgagccgtttggatataagg
360 gcatatatgagccacttttataacgaggggtatatcagctctaaataacaaaattgaggg
420 tatatcaaatctttttccgtaccagaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 283 0 346 96 0 14 20 0 35
Right 860 0 0 0 95 0 484 189 0 30 0 0 62
Pair Stats:
considered 5, high end compl 1, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000056, oripos=2257514..2258627 strand=1 allelepos=201..1314
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 88 20 54.34 35.00 4.00 2.00 tcagcataaattcagcacat
RIGHT PRIMER 1507 20 54.98 45.00 2.00 0.00 ctccctatttcactcccttt
SEQUENCE SIZE: 1514
INCLUDED REGION SIZE: 1514
PRODUCT SIZE: 1420, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1133
0 gtttaaactgttgagaaaaaaatggagaaaaaacggtaaatttaatgttgttactaaaac
60 aacttattttacggtaacagatcagtaatcagcataaattcagcacataattggatatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atttcaaattttaaaaatcaaagattatatcatctagtttgaatacattttttatgaaca
180 atctgttaaattttgaactaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttcct
************************************************************
1320 tatatattttgtaaaaatgtgaaaatggaggagatctggtagttcttcggaaaaaattgt
***
1380 gaaacgaaaacttacttgattcttgaaaaatcttatggagagagaataaatctgaaaatt
1440 aaaaaataaaagaagtaaagattgagggagtgaaaataggaagaggttaaagggagtgaa
<<<<<<<<<<<<
1500 atagggagggatta
<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 729 0 0 0 261 0 410 4 0 2 37 0 15
Right 802 0 0 0 142 0 498 67 0 7 17 0 71
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000057, oripos=2266286..2267133 strand=1 allelepos=201..1048
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 61 20 55.26 50.00 6.00 3.00 tgagagacagctggtgtgta
RIGHT PRIMER 1204 20 55.07 45.00 7.00 3.00 aagggtcaatgactcgtatg
SEQUENCE SIZE: 1248
INCLUDED REGION SIZE: 1248
PRODUCT SIZE: 1144, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,867
0 agggtcgtgtcgtgcgccgcgacagatgcatggacagatatgtcccccatgggtcccgga
60 ctgagagacagctggtgtgtatcactaggtcagacatgcatcattatacttgacattgca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttccattacattgcacatacttatcattagtgaacttgatattgtgttttgttgatctag
180 tgattgtctttttgcggaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtcgtgacagttagatttctattagagccatca
*************************************
1080 aactagacttagcccattaggccagcccatcccaactccttattgaggtagggttgggat
1140 agaatttttcaatctcattagaaactagagcttataagtctaattcatacgagtcattga
<<<<<<<<<<<<<<<
1200 cccttatggctttattagggtttggctgggtcaacccatgggtcaaaa
<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 0 0 487 296 2 30 0 0 34
Right 858 0 0 0 8 0 471 301 3 17 0 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000058, oripos=2270237..2271792 strand=1 allelepos=201..1756
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 88 20 54.32 35.00 4.00 0.00 aaaaggagaaaattaagggg
RIGHT PRIMER 1936 20 54.54 35.00 4.00 0.00 catcacgttaattgtggaaa
SEQUENCE SIZE: 1956
INCLUDED REGION SIZE: 1956
PRODUCT SIZE: 1849, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1575
0 agtaaaaatgtcaattttagtttgttatgtatcttatttatgtttttattatttattttt
60 atttaaagaatataattatttaataacaaaaaggagaaaattaagggggaatatttcaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaaaaggcaagtatccttaattttctcattagttacattttcaaataaaattcaaacttt
180 gtttttttttaaattatattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNCccttataactatctattggtggacatttgaaaaaaatgaaaaaa
*************************
1800 taaaacaatataaaagtagatttattgaaaatttaaattttgatttgagtagtttgaatc
1860 acaatatatagatttgtaatttcatttcttgaccaaacttattaaggaccaaggaagttt
<<<
1920 ccacaattaacgtgatggaagttaaaaacgtaacta
<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 792 0 0 0 486 0 246 17 0 13 19 0 11
Right 834 0 0 0 346 0 379 53 0 13 9 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000059, oripos=2311974..2312459 strand=1 allelepos=201..686
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 53 19 55.48 47.37 2.00 0.00 acccgctacaaacagaaag
RIGHT PRIMER 743 20 54.44 45.00 5.00 0.00 acgaatttcactcgtctctc
SEQUENCE SIZE: 886
INCLUDED REGION SIZE: 886
PRODUCT SIZE: 691, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,505
0 tattatatattgaagaaaatatatctagatatatgttgaatgccttgaatcggacccgct
>>>>>>>
60 acaaacagaaaggacgggggtctcgctgcccggttagcgagtcggggggtccaggggggc
>>>>>>>>>>>>
120 gacgcgccccctggcctgggggtccgggggggcggagaggcccccggcccgacggtatac
180 aatgttgttgtattgggcccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatacatatttttactactagatatacaaaaata
***********************************
720 agaagagagacgagtgaaattcgtatgtatttctaatacatatgaattacattaaataca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 tatattttatgtattccatatacatacaaacctatttaaatagattttatctaaaataaa
840 ttatatttaattttgatcacacgtatttcgaaatacgttggaggcc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 386 0 84 319 0 7 11 0 7
Right 852 0 0 0 429 0 370 30 6 6 0 0 11
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000060, oripos=2325162..2325642 strand=1 allelepos=201..681
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 54.73 40.00 2.00 2.00 acaaagccaagaagataacg
RIGHT PRIMER 856 20 55.09 40.00 5.00 3.00 cggtggagtaaatcattgtt
SEQUENCE SIZE: 881
INCLUDED REGION SIZE: 881
PRODUCT SIZE: 844, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,500
0 taaagttgaacatacaaagccaagaagataacgatccttatgctattgactttcacatgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgggtcactctatcacattccatataacattataaactaaggtttccttgttaagtaagt
120 ggacgttcaattatgtacaattaaacatcttaaatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtaatatatatatatatatatatatatatatatatatata
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720 tatatatatatatatatattatagagtccggagcctaaaatgtataaaatattaataaaa
780 attttctaaacactatataaaattttatattaaccaaaacggcaaaatcgctggaacaac
<<<
840 aatgatttactccaccgaaaaaaacaaaatcgttatataat
<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 245 0 471 82 3 10 0 0 44
Right 806 0 0 0 468 0 127 139 0 29 16 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000061, oripos=2342438..2343248 strand=1 allelepos=201..1011
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 10 20 55.02 40.00 2.00 0.00 gtttgacttggtttggtgtt
RIGHT PRIMER 1188 20 55.02 40.00 4.00 1.00 gtccaacgatgattgacttt
SEQUENCE SIZE: 1211
INCLUDED REGION SIZE: 1211
PRODUCT SIZE: 1179, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,830
0 tagtgatttagtttgacttggtttggtgttgaaaacaaaaatcaactatatttggattga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tttcatttcaaccaaaaaaaaaggccgaggattatatatataattttaaaattttatttt
120 aaacataaaaatacttacttttatataattttaaaatatctcttatacttttttcatagt
180 ttttattttttaatagggaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtttttattt
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1020 tttaatagggaaaatgcacaagtacccccaacctatgtctgaaatcccagagacacactt
1080 atactatactaaggttctattacaccctgaacttattttataagcaattttttacccctt
1140 tttagccattgtggcactagtttgaaaaaaaagtcaatcatcgttggacccaccagatag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 tgccacgtagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 759 0 0 0 427 0 220 46 2 19 27 0 18
Right 750 0 0 0 42 0 337 265 0 16 32 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000062, oripos=2480974..2481074 strand=1 allelepos=201..301
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.93 40.00 2.00 1.00 acttgttggctgttttcact
RIGHT PRIMER 495 20 55.19 50.00 3.00 0.00 gagcatagccaagagatgag
SEQUENCE SIZE: 501
INCLUDED REGION SIZE: 501
PRODUCT SIZE: 326, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,120
0 tttaaaaaattaagaaaaatggaatggttcatggttgtattatgccatatgattaaacta
60 atttattctagtattgtttggtattaggttgcaaatatttttccattaatcaacttgatt
120 aagacaaaattaagtattggcaacaagtctttgcagtcagattaattgcaacttgttggc
>>>>>>>>>>
180 tgttttcactaatagccaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>>>>**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 Cagaaaatgaagcaattttcacattcataagactctcaaacccattccttgttgcaatag
**********
360 gcttcagtatgggaaagttatccaagcttagttccagctgactgaatccctgcactgcat
420 tattctttggtgtttgcactatttctgaaatctgttcttcttcttgtgccctcatcctca
<<<<
480 tctcttggctatgctcctcct
<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 157 0 514 114 0 35 0 0 35
Right 860 0 0 0 0 0 386 344 4 32 0 0 94
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000063, oripos=2484033..2485215 strand=1 allelepos=201..1383
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 10 20 55.12 40.00 2.00 0.00 acagaaagtaatgcggaaga
RIGHT PRIMER 1456 20 54.91 45.00 4.00 2.00 cagacccttcagagaaattg
SEQUENCE SIZE: 1583
INCLUDED REGION SIZE: 1583
PRODUCT SIZE: 1447, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1202
0 tataatatcaacagaaagtaatgcggaagacttaaactcattaaataaagaccaattcat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taacttctaaaattcaacatctattatttccgaaaatctggaagtcattatcacaagaac
120 atctacgatcaaatgactaaactaagagtattctaaaagctaaaatacataagaagctag
180 tccatgccggaagctcaaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNGgcccgtcgcgcctgcgacggtccgtcctgctgcccgtcacagagttcagagactcaa
************ <<<
1440 tttctctgaagggtctgtgacggtccgttacacctgtgacggtccgtcctgccattccgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<
1500 cacgaagttcaaagagtcgattttcagtacccaatttcagattttctaagtgttttgaaa
1560 cgagaccctgcgacggtccgtcg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 96 0 655 53 0 18 0 0 33
Right 856 0 0 0 0 0 289 493 1 27 0 0 46
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000064, oripos=2486385..2487421 strand=1 allelepos=201..1237
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1437
INCLUDED REGION SIZE: 1437
TARGETS (start, len)*: 190,1056
0 actattattattattattattattgtgagtattattattattattattaatattattatt
60 attattattataattattattattatttttttattattcttattattattattactacta
120 ctactataactattattattattattattattattattagtaattattaattattattat
180 tattattattattcctattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGattttggttatttttatttttta
**********************************************
1260 tattcttattattattagtattataattattattattattattattactattactattat
1320 tgttattactactattataataataataataataataataataataataattattattgt
1380 tattatttttattattattattatttttattattattcttatttttagtattattat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 803 0 52 0 0 0 0 0 0
Right 860 0 0 0 857 0 3 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000065, oripos=2503641..2503912 strand=1 allelepos=201..472
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 165 20 54.39 45.00 4.00 2.00 ttctctggataagtatgccc
RIGHT PRIMER 543 20 54.46 40.00 4.00 2.00 ttccttccaacctcttaatg
SEQUENCE SIZE: 672
INCLUDED REGION SIZE: 672
PRODUCT SIZE: 379, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,291
0 ctatggaagaatctggagctacaaatctacaaaatcaggtctactctcttaaatttatga
60 gtagctaaataaatttattcctgaaaatctcttgttgattataattgtttatcatgactt
120 aataatgctttaataaacatctctagaaggtttgctacagaaatattctctggataagta
>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgcccagactatgtcatcctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtagacaag
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480 atgattattaaatcattattatttcataataaataagtataatccattaagaggttggaa
* <<<<<<<<<<<<<<<<
540 ggaataaaaattttagcaaaaatgaataaaatgagtacctatttaatagatgatgataat
<<<<
600 aactataagatattactactctacagattaaaagatctgagtactgatataaaaagagaa
660 atttatgacaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 155 0 660 16 3 10 0 0 11
Right 860 0 0 0 364 0 466 10 2 5 0 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000066, oripos=2504999..2509315 strand=1 allelepos=201..4517
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 135 20 54.86 45.00 6.00 3.00 ccggtatctttgatatctcg
RIGHT PRIMER 4590 20 55.06 35.00 5.00 0.00 aatccaatttagacgaagca
SEQUENCE SIZE: 4717
INCLUDED REGION SIZE: 4717
PRODUCT SIZE: 4456, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4336
0 taagtccaatctttatagcttgtatagttggtttaacttcttcatatagtatctctgctg
60 ttgctgcgtaaaactttatgtaaaaaagagtccctttagttactcttttatattgtaaaa
120 aggctttatataattccggtatctttgatatctcgtctcccgttattgtatatacagtac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaataatccgtagttgtagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNTttttgtactaaatagttctggtaattttgtaaaatattgtttt
**************************
4560 cttatttcttttgcttcgtctaaattggatttagctttgtagtaatattctttgaatgca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4620 caagtatattcttctatataacacattttacatatagctaattttgtcataagttgtcta
4680 tttattattttttccctattttgttctcttatatccg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 809 0 0 0 98 0 573 77 0 21 16 0 24
Right 836 0 0 0 245 0 547 13 5 0 9 0 17
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000067, oripos=2549738..2550582 strand=1 allelepos=201..1045
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 55.13 40.00 4.00 2.00 attgtgccctatatgcaatc
RIGHT PRIMER 1226 20 55.35 30.00 3.00 0.00 aatctggggcattttatttt
SEQUENCE SIZE: 1245
INCLUDED REGION SIZE: 1245
PRODUCT SIZE: 1211, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,864
0 aaataaaataggggttattgtgccctatatgcaatccaggggttattgtgccttctgacg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acctaaaaataaaataggggttattgtgccctatatgcaaccagaggttattgtgccctg
120 taaagaaaaaatgataggggtttttgtgccctatatgcaatcaaggggttattgtgccct
180 ctgaatacatgaaaaataaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGttagtatatatatatatatatatatatatatatat
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1080 atatatatatatatatatatatatatatatatatttcttcttttcacttatattaatatc
1140 attattaatatttttattcatcgttattttattttatttttatttgtacattggaaaaaa
1200 taaaaataaaataaaatgccccagattcaattaaaaaatcatttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 4 0 266 387 0 30 17 0 94
Right 826 0 0 0 686 0 68 37 0 0 12 0 23
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000068, oripos=2566904..2575747 strand=1 allelepos=201..9044
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 114 20 54.99 40.00 6.00 0.00 gatgaattgatggaaggaga
RIGHT PRIMER 9154 20 55.12 40.00 3.00 1.00 attcaaaagtcctggtgttg
SEQUENCE SIZE: 9244
INCLUDED REGION SIZE: 9244
PRODUCT SIZE: 9041, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,8863
0 tcccaaatcttgcaaaatcctaatctctttgttaataatgaggccttggtataaaagaag
60 gcgtgatgaactaaaataatgggattgatgatgccttggtaagaaagaaggcttgatgaa
>>>>>>
120 ttgatggaaggagattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggggatcg
>>>>>>>>>>>>>>
180 ggtgtcacgaaccgacacttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgccagtcgcaacccag
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9060 tttgggtcgtgacagaactagatagcattttcgcttctaaaactccttacaattttttgg
9120 tgcagttctagaagacaacaccaggacttttgaatgcaataagaaaatttaaatatatgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
9180 tcaactatatttaaattttaaccaaaataacacaagaattatgttttactaaattgtctt
9240 agat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 4 0 361 377 2 23 0 0 88
Right 803 0 0 0 233 0 397 93 0 15 17 0 48
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000069, oripos=2581624..2583173 strand=1 allelepos=201..1750
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 55.48 45.00 6.00 1.00 aatgcttaagtgtcagcacc
RIGHT PRIMER 1904 20 55.03 35.00 3.00 0.00 agaaaatgggataatgggtt
SEQUENCE SIZE: 1950
INCLUDED REGION SIZE: 1950
PRODUCT SIZE: 1839, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1569
0 gttatcactaatataaaacaaaattcataatatatatatatatatatatatatataagac
60 aataaaaatgcttaagtgtcagcaccagaaaaaacaatatctattaattattataattaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttaattaaaacaaaaagaacggacatctattaatggacactgataaacatttgtgattca
180 tccaaatattaataaattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNGaatatttttatacaataataataataatacataaactacaactacgtttt
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1800 ttttttcaaaatagtgaccacaattttttacattaaaaggtctctaaaaaaatagaaaaa
1860 gatgggaaaaaaagggatggctggaaacccattatcccattttcttcaactactttcaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1920 tttttaaaaatgcagtttttttttcttcac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 809 0 0 0 442 0 287 25 3 13 13 0 26
Right 648 0 0 0 238 0 231 83 2 3 74 0 17
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000070, oripos=2585010..2585368 strand=1 allelepos=201..559
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 2 20 55.48 45.00 4.00 3.00 aattgtcaggtgtaagcagc
RIGHT PRIMER 722 20 54.20 40.00 4.00 0.00 tgacacttttcacttctcca
SEQUENCE SIZE: 759
INCLUDED REGION SIZE: 759
PRODUCT SIZE: 721, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,378
0 aaaattgtcaggtgtaagcagcacaaaaatttaacaattataaaattcaaaaccaaattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaaataattttaaaaagaaaaatgatgatacattcgttattaaaaaaatttaagaggta
120 ttattagtctttaataatttcaaatttaaaataaatattagatgtgagatttttaatttc
180 aaattattagtttaaaattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTtaataataataataatatatatatatatatatatatatata
****************************
600 tatatatatatataggagaggtcaaaataattatgtgtcagcacagtagaaattatttag
660 aattattaaaattaatttaaattataaaaatctatctatatattggagaagtgaaaagtg
<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 tcacatgtagtaccataaaaagaatttataaattattaa
<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 596 0 206 32 0 4 0 0 17
Right 860 0 0 0 436 0 414 3 0 0 0 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000071, oripos=2590302..2593593 strand=1 allelepos=201..3492
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 112 20 55.57 35.00 4.00 1.00 tcatttgggaattaggttca
RIGHT PRIMER 3651 20 54.81 40.00 3.00 0.00 ggatgcttatgattttctgg
SEQUENCE SIZE: 3692
INCLUDED REGION SIZE: 3692
PRODUCT SIZE: 3540, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3311
0 aaataatagcataaatcaactacaatactcaatctgtagcaacaacatgtacaagaatct
60 ttgataaataacgtcaagtacactcatgaggactcaagccttcatatcatactcatttgg
>>>>>>>>
120 gaattaggttcattagattgagtatattaacatctttcaagattcatcacctttattctt
>>>>>>>>>>>>
180 gtgtcggtacgtgacaatccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNGtcataggtggcgcctctgttggttgacactcaacatgtgaccaccacc
*********************
3540 acattttggcgttcccttgaaactgataagtcacaaactccacaccaaaccttctactat
3600 acccatcttgtgtagtagctcgtgacagtcaaccagaaaatcataagcatcctccgattc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3660 agcacccttgaagactggaggtttctatttca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 26 0 728 43 0 25 0 0 33
Right 855 0 0 0 0 0 366 389 2 20 0 0 78
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000072, oripos=2600241..2602197 strand=1 allelepos=201..2157
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 79 20 54.97 45.00 3.00 2.00 aatgagtatgatgtggaggc
RIGHT PRIMER 2230 20 54.99 45.00 2.00 0.00 acccactacgataagcaaga
SEQUENCE SIZE: 2357
INCLUDED REGION SIZE: 2357
PRODUCT SIZE: 2152, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1976
0 tgtcacgaaccgacataagaataaaggtgatgaatcttgaaagatgttaatatactcaat
60 ctaatgaacctaattcctaaatgagtatgatgtggaggcttgagtcctcatgagtgtact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgacgttatttatcaaagattcttgtacatgttgttgctacagattgagtattgtagttg
180 atttatgatattatttaatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagt
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2160 acagaatgagggattgcctccccaacctaccccagagatgatcaatcaggttcttgctta
****** <<<<<<<<<
2220 tcgtagtgggttatctgatcaaggtcaaacgcctccagtgttttctacaccagcacctca
<<<<<<<<<<<
2280 ggctccggaggtacaacatgcggctactgcggctccccgcatggatgttccattggaaat
2340 aggcacgtttcctcctc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 21 0 703 75 0 19 0 0 37
Right 844 0 0 0 1 0 181 573 5 26 0 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000073, oripos=2604493..2605780 strand=1 allelepos=201..1488
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 39 20 54.91 40.00 6.00 2.00 caaagactgcttttcgaact
RIGHT PRIMER 1627 20 55.22 35.00 4.00 1.00 aattctttcccacttccatt
SEQUENCE SIZE: 1688
INCLUDED REGION SIZE: 1688
PRODUCT SIZE: 1589, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1307
0 ccggttatcatcaattgaagatacgggcaacggatgtgccaaagactgcttttcgaacta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggtatgggcattacgaatttgtagtaatgtcttttggtcatacgaatgcccctgctgctt
120 tcatgagcttgatgaatgggatttttaagccatatctggatctctttgtgatcgtattca
180 ttgattatatattggtatacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttggtggagta
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1500 gaatgaagcgcgacattgttgattttgttgccaaatgtccaaattatcagcaagtaaagt
1560 atgaacaccagaggccctgaggaacacttcagagaatgcccattcctgaatggaagtggg
<<<<<<<<<<<<
1620 aaagaatttcaatggacttcgtggttggtcttccaaagacattgggaaagtttgactcta
<<<<<<<<
1680 tttgggta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 0 0 361 381 3 42 0 0 67
Right 860 0 0 0 0 0 265 500 0 23 0 0 72
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000074, oripos=2608505..2609597 strand=1 allelepos=201..1293
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 164 20 55.16 45.00 4.00 2.00 cgtgttttgtactgatccct
RIGHT PRIMER 1451 20 55.26 45.00 2.00 2.00 tggacaagtaaatagggacg
SEQUENCE SIZE: 1493
INCLUDED REGION SIZE: 1493
PRODUCT SIZE: 1288, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1112
0 agtatgatgtggaggcttgagtcctcatgagtgtacttgacgttatttatcaaagattct
60 tgtacatgttgttgctacagattgagtattgtaattgatatatgatattatttgatgcat
120 attgttttctattttgagttggccgatgatatctactcagtacccgtgttttgtactgat
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ccctacttgtatgtttctttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCagtctctttgcatgatcagtcaatttt
******************************************
1320 ctcctacacaaaaagtcacaattaacattttaaaaccttgtgaatggttgcaactgtgtt
1380 tgagaatttaaaagacgtgtcaagttttaagagtcaccgatagtactccctccgtcccta
<<<<<<<<
1440 tttacttgtccatatttctttttttagttgtccctatttacttgtctattttg
<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 107 0 555 128 0 29 0 0 36
Right 808 0 0 0 43 0 554 132 0 24 18 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000075, oripos=2618415..2619439 strand=1 allelepos=201..1225
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 54.97 45.00 4.00 1.00 gaagataaaggggtcgaagt
RIGHT PRIMER 1332 21 54.93 28.57 5.00 2.00 ttgaaaatgccatgaaatagt
SEQUENCE SIZE: 1425
INCLUDED REGION SIZE: 1425
PRODUCT SIZE: 1317, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1044
0 attcttgctctagaaagaagataaaggggtcgaagtgtgaggttcaaaaaacatttttca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ccaaacactaattaggcagtttattggactttttcgctagttcaaaacttggaagaataa
120 aggtatcagattctctcgtttaatacaaggaaacaaaactataaatacatagtgaaaaat
180 gacatataatatagcagttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTactgaagtgtgcatacattatatatgtgcattaaa
**********************************
1260 taaattattaggtattatgtggttgtttaatgttttttttaataataaatatactatttc
<<<<<<<<
1320 atggcattttcaatatttagtaaaaattttcaatatttagtaaaaattttaaattttagt
<<<<<<<<<<<<<
1380 ttgttatgtatcttattatgtttttattatttgtttttatttaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 50 0 581 90 0 13 17 0 47
Right 850 0 0 0 612 0 220 1 0 2 5 0 10
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000076, oripos=2623851..2624379 strand=1 allelepos=201..729
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 929
INCLUDED REGION SIZE: 929
TARGETS (start, len)*: 190,548
0 tttctttgaagctaatacaaaaaatataatgatggtgaattttgttatttatgtaagatg
60 cgattaagtttaatcaatactttttattttgataaatctattagatttatgataagaatc
120 aaaattaacacattttattatacattaaggaatcttatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNTtacgtagtgccttcacaaacaaagattcctttttaaaattatctattacga
******************
780 aaattagtcttcccttttcatgaaaagttgtaacttttatgaaaaattgtgactttatga
840 aatgttgtgacttttatgaaagttgcgattttgtgaaaagttgcgacctttaggaagtgt
900 tacgacttttatgaagagatgcgtctttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 571 0 250 0 0 0 9 0 0
Right 844 0 0 0 146 0 521 93 14 24 0 0 46
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000077, oripos=2630535..2635443 strand=1 allelepos=201..5109
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 150 20 54.77 40.00 4.00 2.00 tgttaaattgtggagtgcag
RIGHT PRIMER 5146 20 55.02 40.00 4.00 0.00 taccaatttacccatcgttc
SEQUENCE SIZE: 5309
INCLUDED REGION SIZE: 5309
PRODUCT SIZE: 4997, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4928
0 aaattcttcggtggaggtaggttatggtttttatactattcgtagttaactcttaatagt
60 gttgatatatattgttttctattttgagttggccgatgatatctactcagtacccgtgtt
120 ttgtactgacccctacttgtatgtttcttttgttaaattgtggagtgcagcagacgtgcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtcgtcttcaactcaaccgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNCttgtgatcgttcagggacgaacgatgggtaaattggtatctattgtaacga
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5160 cctgtttagtcgttttgagccgcagattttatttatggaaaaacaggctaagacgacgaa
5220 acccacgaaggaccgtcatgggaatgacggaccgtcgaaggggtctcgtttcaaaacact
5280 tagaaattctgaaaaataggtcctgaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 93 0 480 214 0 18 0 0 50
Right 860 0 0 0 20 0 336 437 0 13 0 0 54
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000078, oripos=2649015..2650517 strand=1 allelepos=201..1703
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 155 20 55.33 45.00 2.00 2.00 aggagaaggaaagagaaacg
RIGHT PRIMER 1898 20 55.00 50.00 2.00 0.00 cctacatctcctcccataca
SEQUENCE SIZE: 1903
INCLUDED REGION SIZE: 1903
PRODUCT SIZE: 1744, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1522
0 taaagttagtgggttaatattaataactcaattacttggggtttaaaggagataaccttg
60 agttaattagtgggttaattcctcatcttttatacttaattatatgctaattagggtaaa
120 aaaagagggtttaaataacaaaaatagaaagaacaaggagaaggaaagagaaacgatcga
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180 gcgagatacgaacgaagaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtgcatttcaccctcagactgatggtcagtctgagcga
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1740 acgattcaagtgttggaggatatgcttcgtgcatgtgtgatagaatttggtggtcattgg
1800 gataacttcttaaccttagcggagttttcatacaataatacctatcactcaagtattgat
1860 atggctccattcgaagcattgtatgggaggagatgtaggtctc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 142 0 509 76 0 9 18 0 39
Right 847 0 0 0 2 0 385 336 6 36 0 0 82
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000079, oripos=2657355..2658424 strand=1 allelepos=201..1270
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 54.98 45.00 4.00 0.00 cagtcctttaatcccttcct
RIGHT PRIMER 1397 20 54.94 45.00 2.00 2.00 atctgcttactgggaactca
SEQUENCE SIZE: 1470
INCLUDED REGION SIZE: 1470
PRODUCT SIZE: 1300, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1089
0 catttcaaatatttccaaaattctttattttttgctaattttcaagtcagccggatacat
60 aagtgttcaaccttatccacgttgacccttccttttttcagtcctttaatcccttcctaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttttactttacaatcttatcagttacaatttcatctcaatttgaattgtaaaagagttct
180 ttctccactgaatcaaattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNCcaatcatgtgcttcgagcatccactgtccctaaaccaacactgactgcta
*******************
1320 cttccttcacttccctgcaataaatatcacttgttagacttgggaacccattttaacttg
<<
1380 agttcccagtaagcagatagaggagtaatcaggatgtttcttgcccagtgaggcagtttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 gtctttttccttttcaaagacttaggaacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 787 0 0 0 142 0 451 130 1 15 24 0 24
Right 860 0 0 0 1 0 432 309 1 13 0 0 104
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000080, oripos=2675699..2677300 strand=1 allelepos=201..1802
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 70 20 55.10 40.00 4.00 2.00 actttgatggatgcaatctc
RIGHT PRIMER 1848 20 54.70 45.00 7.00 2.00 agttcagattctggctaacg
SEQUENCE SIZE: 2002
INCLUDED REGION SIZE: 2002
PRODUCT SIZE: 1779, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1621
0 tgggtatctttctcgcatatctgcctccttctcccaagtggcttcttcaatgggtcgatt
60 cttccattgaactttgatggatgcaatctctcttgatctcaacttgcgaatttccctatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tagaagggcaacaggttcctcctcataagacaatttctcgtcaagcaaaactgaatccca
180 acggataatgtagtttccatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NTtctcatttacttctaatctcataaggtcgttagccagaatctgaacttctctagccaa
*********** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1860 tgggcgtctagaagcttgcaagtgagctagacttcccattcttcccgcctttctacttaa
1920 agaatccgctacaacattcgccttccccggatgatacaaaatcgtgatgtcgtagtcctt
1980 cagtagttccatccatctcctc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 840 0 0 0 0 0 247 454 6 45 0 0 88
Right 860 0 0 0 0 0 344 404 0 39 0 0 73
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000081, oripos=2678060..2682207 strand=1 allelepos=201..4348
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 48 20 54.98 50.00 4.00 3.00 gacaaatcgacggtagtagc
RIGHT PRIMER 4455 20 54.83 55.00 5.00 3.00 ggaccgtacagactcttcag
SEQUENCE SIZE: 4548
INCLUDED REGION SIZE: 4548
PRODUCT SIZE: 4408, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4167
0 ctgcttagtcaagttcgtcaattgggaagcaatagaagagaatcccttgacaaatcgacg
>>>>>>>>>>>>
60 gtagtagctagctaaaccaacaaagctccttatttctgacacattagtaggtcttaccca
>>>>>>>>
120 attcttcactgtctcaatcttagaaggatccaccatcactccatccttagaaaccatgtg
180 ccccaagaaggacactgcatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgactgggattacgcagtctgtgacggcccgtc
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4380 gcgcctgcgacggtccgtcctgctgccccgtcacagagttcagagactcaatttctctga
<<<<
4440 agagtctgtacggtccgtcacacctgtgacggtccgtcctgccattccgttacgaagttc
<<<<<<<<<<<<<<<<
4500 agagagtcgattttcagtacccaatttcagattttctaagtgttttga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 0 0 488 242 8 29 0 0 85
Right 848 0 0 0 38 0 300 445 3 23 0 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000082, oripos=2692212..2695098 strand=1 allelepos=201..3087
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 47 20 54.97 35.00 8.00 0.00 aactcatgatttggaattgg
RIGHT PRIMER 3206 20 55.31 45.00 6.00 0.00 catgtagcaacaacaagcac
SEQUENCE SIZE: 3287
INCLUDED REGION SIZE: 3287
PRODUCT SIZE: 3160, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2906
0 attgcttatgcttcaagacaattaaaagtgcatgaacgtaactatccaactcatgatttg
>>>>>>>>>>>>>
60 gaattggccgcggtagtgtttgcattaaagcaatggagacactatttatatggggttaag
>>>>>>>
120 tgtgaggtctacacggatcatcgtagccttcagtatgtctttactcagaaggatttgaac
180 ttgagacaaaggagatggatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatgttaatatactcaatctaatgaacatgattc
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3120 ccaaatgagtatggtattgaggcttgagtcctcatgtgtgaacttgacggtaattgttaa
3180 tgatatagtgcttgttgttgctacatgttgagtatcatagatggttttatgatattactt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3240 ggtatatattgttttctattttgagttggccgatgatatctactcat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 835 0 0 0 0 0 531 210 10 28 0 0 56
Right 860 0 0 0 58 0 561 151 0 32 0 0 58
Pair Stats:
considered 4, high end compl 1, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000083, oripos=2741661..2742095 strand=1 allelepos=201..635
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 21 55.31 33.33 6.00 2.00 tcatgtgtaagcacacaaaaa
RIGHT PRIMER 684 22 54.83 36.36 4.00 0.00 actcactccttaaaaatctcca
SEQUENCE SIZE: 835
INCLUDED REGION SIZE: 835
PRODUCT SIZE: 678, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,454
0 aaaattgtcatgtgtaagcacacaaaaatttaacaattataaaattcaaaaccaaattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaataattctaaaaaagaaaaatgatgattcattcttcattaaaaaaatttaagaggta
120 ttattagtctttaataatttcaaatttaaaataaatattagatgtgagatttttaatttc
180 aaattattagtttaaaattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaaataataatcatgcacgttaat
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660 taatggagatttttaaggagtgagtttagtgggtagttattatttaaaatatatatatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 atatatatatatatatatatatatatataataggagagttaaaaatgattatgtgtcaga
780 aaaaaaattttatgaattattaaaattaatttaaattgtaaaaatctatctatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 594 0 232 7 1 9 3 0 2
Right 828 0 0 0 486 0 309 6 0 10 11 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000084, oripos=2744578..2751409 strand=1 allelepos=201..7032
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 20 54.95 35.00 4.00 2.00 atggaatgaaattaggggat
RIGHT PRIMER 7139 20 54.87 40.00 4.00 2.00 tacgtgttgattcgtgacat
SEQUENCE SIZE: 7232
INCLUDED REGION SIZE: 7232
PRODUCT SIZE: 7135, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,6851
0 aattaatggaatgaaattaggggatcgggtgtcacgaaccaacacgtagaattaggggat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cgggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggggatcgggtgtcatgaaccgacacgtaga
120 attaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggggatcggttttcacgaacc
180 gacatgtagaattaggggatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
7020 NNNNNNNNNNNTgttgaattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacatagaattagggg
*********************
7080 atcgggtgtcacgaactgacacgtagaattaggggatcggatgtcacgaatcaacacgta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7140 gaattagggaatcgggtgtcatgaaccgacacgtagaattaggggatcgggtgtcacgaa
7200 ccgatacgtagaattaggggatcgggtgtcac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 3 0 123 658 0 13 0 0 58
Right 860 0 0 0 0 0 199 560 0 31 0 0 70
Pair Stats:
considered 51, high any compl 41, high end compl 8, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000085, oripos=2768702..2768921 strand=1 allelepos=201..420
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 79 20 55.07 50.00 3.00 3.00 gttccgacaccaggatagta
RIGHT PRIMER 497 20 54.99 50.00 4.00 2.00 gtagggggtcagtacaaaca
SEQUENCE SIZE: 620
INCLUDED REGION SIZE: 620
PRODUCT SIZE: 419, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,239
0 gatgaacgaaagtagtgagattaggggatcgggtgccacattccggtacaaggatagtat
60 atgaggatcgaagtgtcacgttccgacaccaggatagtatatggatcgggtgccacgttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cggtaccaggatagtatatgaggatcggagtgtcacattccgacaccaggatagtatatg
180 gatcgggtgccacgttccggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
************************************************************
420 tatctgatatatactattttctattttgagttggccgatgatacctactcagtacttgtg
********* <<
480 tttgtactgaccccctacttttatgttttcttctttgttatttgtggagtgcagcaaacg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
540 taccatcgtcttcaactcaaccgcaactctagccagtcttcattactccggatatcaggg
600 tgatctaatgcttctagctt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 0 0 354 424 1 32 0 0 40
Right 860 0 0 0 24 0 398 327 0 19 0 0 92
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000086, oripos=2772389..2772409 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 20 54.97 40.00 3.00 0.00 gtattggaaatgttgaggga
RIGHT PRIMER 412 20 55.04 40.00 4.00 2.00 tctaacctttcgatctgcat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 372, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 actcaaagttcaagaaggaacatgaagagcatttgagaatggtattggaaatgttgaggg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agaaaaagctttatgccaaattctccaagtgtgagttttggctagatgcagtgtccttct
>
120 tggggcatgtggtctctaaggatggggtgatggtggatccttctaagattgagacagtga
180 agaattgggtaagacctactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCattgatatggccccatttg
****************************************
240 aggcactatatgggagaagatgtaggtttcccattgggtggtttgatgcatttgaggtta
300 gaccttgaggtactgaccttctgagagaatcgttggataaagtgaaatctattcaagaaa
360 agctgttagcggctcaaagtagacagaaagagtatgcagatcgaaaggttagagacttgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 350 389 0 27 0 0 89
Right 860 0 0 0 0 0 465 270 0 36 0 0 89
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000087, oripos=2773046..2773995 strand=1 allelepos=201..1150
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 36 20 54.96 40.00 4.00 2.00 aggaacttgttgccattcta
RIGHT PRIMER 1346 20 54.87 35.00 5.00 0.00 tatgaatccgacacatgaaa
SEQUENCE SIZE: 1350
INCLUDED REGION SIZE: 1350
PRODUCT SIZE: 1311, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,969
0 attcagttttgcttgatgagaatttgacttatgaggaggaacttgttgccattctagata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gagaaattcgcaagttgagatcaagggagattgcatccatcaaagttcaatggaagaatc
120 gactagtcgaagaagccacttgggagaaagaggctgatatgcgagaaagatacccacacc
180 tgtttacagattcaggtactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNActttctgttgatattatatttaaatattaaggtttagactggttggttcg
*******************
1200 ctcacatagggggataaatgtgggtgccagtcgcggcccgatttgggtcgtgacaactaa
1260 tcaataaattaaattactggcgaatttatctaaatgattaatttcctttagagcactact
1320 taacttatttcatgtgtcggattcataaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 0 0 387 318 9 42 0 0 85
Right 860 0 0 0 151 0 372 283 2 7 0 0 45
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000088, oripos=2782287..2783010 strand=1 allelepos=201..924
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1124
INCLUDED REGION SIZE: 1124
TARGETS (start, len)*: 190,743
0 tttctttgaagctaataaaaaaaatataattatggtgaattttgttatttatgtagatgc
60 aattaagtttaattaatactttttattttgataaatctattagatttaagataagaatca
120 aaattaacacattttattatatattatatgtatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatata
*********************************
960 tatatatatatatatatatatttagaagagaatccatggcccgcttacgtagcgcctcca
1020 caaacaaggattcctttttaaatttatctattacgaaaactagtcttccctttttcatga
1080 aaagttgcaacttttatgaaaaattgtgactttatgaaatgttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 699 0 149 0 0 0 2 0 0
Right 830 0 0 0 292 0 322 171 30 4 0 0 11
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000089, oripos=2790349..2790369 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 164 20 54.98 40.00 4.00 2.00 atctgccacaacattagctt
RIGHT PRIMER 397 20 54.90 35.00 4.00 2.00 aggaaattaaaggtgcatga
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 234, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 agaaagaaagatcttgcctctacacaggccaaaaatcctcccttttcatttacttttagc
60 ttcataaagtcattagccagagtctgaacctctctagccaatgggcgtctagaaacctgc
120 aagtgagctagacttcccatgcttcctgcctttctacttaaagcatctgccacaacatta
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gcttttcccggatgatacaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcctctgtctcaaattcaaa
>>>> ****************************************
240 tctttctgagtaaagacatactgtaaactgcgatgatctgtatagacttcacacttaacc
300 ccatatagataatgtctccatttctttaatgcaaacactactgcagccaactccaaatca
360 tgggtcagataattacgttcatgcacctttaatttcctcgaggcataagcaattacattc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 1 0 359 374 0 30 0 0 91
Right 860 0 0 0 0 0 563 196 0 30 0 0 71
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000090, oripos=2794566..2794586 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 54.82 45.00 5.00 0.00 aatgtgacactccaatcctc
RIGHT PRIMER 403 20 55.00 45.00 4.00 3.00 tcaggtatcacgttctgaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 284, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aactcaagcacgtctttgagggctcacgcctccacaccatactcttttgggaaataggtt
60 ctttaatttgagtatattaacctaattcaagattcattttttttactatcctggtgtcgg
120 aatgtgacactccaatcctcctcatactatcctggtgtgggaatgttgtccgaccctcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctattctggtgtcggaacgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatcctggtgtcggaatgtg
****************************************
240 acacccgatccactactactatcctggtgtcggaacgtgacacccgatccactactacta
300 tcctggtgtcggaacgtgacacccgatccactaatactatcctggtgtcggaacgtgaca
360 cccgatccactactactatcctggtgtcagaacgtgatacctgatccactaatactatcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 75 0 304 346 2 6 14 0 67
Right 860 0 0 0 0 0 361 416 0 12 0 0 71
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000091, oripos=2801767..2802920 strand=1 allelepos=201..1354
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 54.92 40.00 4.00 0.00 cattcctttaatcccttcct
RIGHT PRIMER 1528 20 55.02 45.00 2.00 2.00 aagaccaaactgcctcacta
SEQUENCE SIZE: 1554
INCLUDED REGION SIZE: 1554
PRODUCT SIZE: 1431, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1173
0 catttcaaatatttccaaaattctttattttttcctaattctcaagtcagacggatacat
60 aagtgttcaaccttatccacgttgacccttccttttttcattcctttaatcccttcctaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttttactttaaaatcttatcagttacaatttcatctcaatttgaattgtaatagaattct
180 ctctccactgaatcaaattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtagtcatgtgcttcgagcatccactg
*******************************************
1380 tccctaaaccaacactgactgctacttccttcactccgctgcaataaatatcacttgtta
1440 gacttgggaacgcattttaacttgagttcccagtaaccagatagaagagtaatcaggatg
1500 tttcttgcctagtgaggcagtttggtctttttcctttcaaagacttaggaaccg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 771 0 0 0 180 0 446 74 1 7 29 0 34
Right 860 0 0 0 1 0 425 308 1 21 0 0 104
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000092, oripos=2838154..2843111 strand=1 allelepos=201..5158
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 63 20 55.00 30.00 5.00 1.00 tcccaaatcttgaaaagaaa
RIGHT PRIMER 5306 20 55.01 50.00 6.00 3.00 taatgaggactcacacctcc
SEQUENCE SIZE: 5358
INCLUDED REGION SIZE: 5358
PRODUCT SIZE: 5244, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4977
0 tatgcttgcatgaatgatgtgattatgtaaatatgaatagataagcatgatgaagctatt
60 gaatcccaaatcttgaaaagaaaccctaatctgttttgttaatgatgatcccttggtata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaagaaggcttgatgaatgaaagtagtgaaattaggggatcgggtgacacgttccggtac
180 caggatagaatatggatcggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtt
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5160 ccggtaccaggatagtatatgaggatcggagtgtcacgtaccgacacgaggggaataaag
*******
5220 atagagaatcttgatagatgttaatatattcaatctaatgaacctaattcccaaatgagt
5280 atgatgaggaggtgtgagtcctcattaatgagcttggtgttgtaaccaagggctatggta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5340 attgtaaatgttgcatgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 42 0 517 210 0 14 0 0 72
Right 849 0 0 0 68 0 458 228 9 20 0 0 66
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000093, oripos=2848291..2848529 strand=1 allelepos=201..439
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 96 20 55.38 45.00 3.00 0.00 taatctgacggaggtctttg
RIGHT PRIMER 490 20 55.06 40.00 4.00 0.00 atatgcagttcgcatctctt
SEQUENCE SIZE: 639
INCLUDED REGION SIZE: 639
PRODUCT SIZE: 395, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,258
0 atattaataatcaataaattaaatgaattgttaccaaaaagtcaaagaaagggaggaaag
60 tataacatatacaaggaatgtgagggttacgaagcttaatctgacggaggtctttgaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttgcatatataaacaaaaagtaaaaaacaattcgtggccaaacttttaaaagtcgccat
180 agtgatacacatgaaaatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNAtcttttagaggtgaacgagaaaggagagagagaagagatgc
**************************** <<<<<<<<<
480 gaactgcatatgtatatctgtcagataaattatttatatatacatcgtatacatatgtat
<<<<<<<<<<<
540 tgtatttcaggagagtaagattgagaaagagagagaagagagacggacgaaaattgggag
600 aagaaggagagagagagagagagagagagagagaaagag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 818 0 0 0 197 0 353 174 5 27 11 0 51
Right 860 0 0 0 102 0 565 142 0 6 0 0 45
Pair Stats:
considered 9, high end compl 8, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000094, oripos=2885527..2892063 strand=1 allelepos=201..6737
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 21 54.96 33.33 8.00 2.00 tgcacgttaattaatggagat
RIGHT PRIMER 6933 20 54.99 50.00 6.00 0.00 ctaagttccgtgcactatcc
SEQUENCE SIZE: 6937
INCLUDED REGION SIZE: 6937
PRODUCT SIZE: 6893, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,6556
0 aatttcaaattattagtttaaaattcaaaaaataataatcatgcacgttaattaatggag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atttttaaggagtgagtttagtgggtagttattattttttttaaaaaattgtatatatat
>>
120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNCcatggtgaattcatctggcttcactccttccacctctaccacg
**************************
6780 aaatctaccacttcttggaaggattttgccgtagccgctacctgtaaggctgaaatccgc
6840 aactctgacctcaaccccttctcaaaacgacgaatccgctcttgtggactgaaacaaagt
6900 tgggtggcatatctggatagtgcacggaacttagcct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 580 0 228 6 0 7 8 0 9
Right 853 0 0 0 0 0 146 603 2 11 0 0 91
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000095, oripos=2893443..2895348 strand=1 allelepos=201..2106
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 165 20 55.12 40.00 5.00 3.00 atgcggaagacttaaactca
RIGHT PRIMER 2268 20 55.20 45.00 4.00 3.00 tgggtactgaaaatcgactc
SEQUENCE SIZE: 2306
INCLUDED REGION SIZE: 2306
PRODUCT SIZE: 2104, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1925
0 tctactagactcgttcttgtgtgatgagaccaacgaacctaatgctctgatatcaagttt
60 gtcacgacccaaaccgggttgcgactggcacccacactttccctcctatgcgagcgaacc
120 aactaatctaaccttaacatttcaatataatatcaacagaatgtaatgcggaagacttaa
>>>>>>>>>>>>>>>
180 actcattaaaaaaagaccaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNCgcagtctatgacggcccgtcgcgcctgcgacggttcgtcctgctgcccgtcaca
***************
2160 gagttcagagactcaatttctctgaagggtctatgacggtccgttacacctgtgacagtc
2220 cgtcctaccattccgtcacgaagttcagagagtcgattttcagtacccaatttcagattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2280 tctaagtgttttgaaacgagaccctg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 59 0 335 384 0 20 0 0 57
Right 860 0 0 0 26 0 325 421 0 33 0 0 55
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000096, oripos=2901558..2901754 strand=1 allelepos=201..397
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 2 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ttaagggacgttttggacta
RIGHT PRIMER 587 20 55.00 45.00 3.00 3.00 tattatcctggtgtcggaac
SEQUENCE SIZE: 597
INCLUDED REGION SIZE: 597
PRODUCT SIZE: 586, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,216
0 ttttaagggacgttttggactattcctgctttaattataaagttagtggattaattttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ataagtctaattaattgggggttaaaagaggtaaccttaagttaattagtgggttattat
120 tgacattttttattcttaattatatgctaattagggtaaaagaaagagggtttgaataag
180 aaaggtagaaagaacaaagaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtatacgagaaggcttgatgaacg
**********************************************
420 aaagtagtgagattaggggatcaggtgccacgttctggtaccaggatagtacatgaggat
480 cagagtgtcacgttccgacaccaggatagaatatggatcgggtgccacgttctggtacca
540 ggatagtatatgaggattggagtgtcacgttccgacaccaggataatatatggatcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 231 0 513 47 0 10 2 0 50
Right 844 0 0 0 0 0 368 405 8 5 0 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000097, oripos=2903597..2904152 strand=1 allelepos=201..756
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 55.17 40.00 4.00 1.00 tgaaattgaaacctccagtc
RIGHT PRIMER 920 20 54.98 45.00 4.00 2.00 cttttcctatccctcaaggt
SEQUENCE SIZE: 956
INCLUDED REGION SIZE: 956
PRODUCT SIZE: 823, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,575
0 tccccgcatggatgttccattggaaataggcacttttcctcgtctgactacagggcctat
60 aatgataaatgatcaacatgaacttttcagtaatttcttgaaattgaaacctccagtctt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 caagggtgctgaatctgaggatgcctatgattttttggttgactgtcatgagctactaca
180 caagatgggtatagtagaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgtttggtgttgagtttgtgactta
*********************************************
780 tcagtttcaagggaacgccaaaatgtggtggcggtcacatgttgagtgtcaaccaacaga
840 ggcaccacctatgacttgggcatcattctctagcttgtttatggagaagtatatcccccg
900 gaccttgagggataggaaaagagatgagttcttgatcctagagcaaggtaggatgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 781 0 0 0 13 0 410 258 6 26 17 0 51
Right 855 0 0 0 0 0 332 436 2 24 0 0 61
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000098, oripos=2909069..2910056 strand=1 allelepos=201..1188
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 51 20 54.71 35.00 4.00 2.00 tgggttattattgccatctt
RIGHT PRIMER 1378 20 54.89 45.00 5.00 1.00 gaacttcaaggcatcaagac
SEQUENCE SIZE: 1388
INCLUDED REGION SIZE: 1388
PRODUCT SIZE: 1328, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1007
0 taataagtctaattacttgggggttaaaagaggtaaccctaagttaattagtgggttatt
>>>>>>>>>
60 attgccatcttttattcttaattatatgctaattagggtaaaagaaagagggtttgaata
>>>>>>>>>>>
120 agaaaggtagaaagaacaaagagagagagaggatcgaacgaggaagagagaaaacgaaga
180 acaaagcttgggaaaattgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtcagtacttgtg
*********************************************************
1200 tttgtactgacccctacttgtatatgttttctttttttcattgtggagtgcagcaaacgt
1260 accgtcatcttcaactcaaccgcactctagccagtctccattacaccggatttcagggtg
1320 agctaatgcttctagcttggaatgggtcttcttcttcatgtcttgatgccttgaagttcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 ggcatgga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 63 0 601 109 0 9 0 0 73
Right 822 0 0 0 37 0 243 430 0 15 11 0 86
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000099, oripos=2924255..2924461 strand=1 allelepos=201..407
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 54.97 45.00 4.00 1.00 gaagataaaggggtcgaagt
RIGHT PRIMER 599 20 54.93 45.00 4.00 0.00 cgttgatataagccagttcc
SEQUENCE SIZE: 607
INCLUDED REGION SIZE: 607
PRODUCT SIZE: 584, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,226
0 attcttgctctagaaagaagataaaggggtcgaagtgtgaggttcaaaaaacatttttca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ccaaacactaattaggcagtttattggactttttcgctagttcaaaacttggaaaaataa
120 aggtatcagattctctcgtgtaatacaaggaaacaaaactataaatacatagtgaaaaat
180 gacatataatatagtagttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaactgaagtgtgc
********************************************************
420 atacattatatatatgcattaaataaattattaggtattatgtggttgtttaatgttttt
480 ttaataataaatatactatttcatggcattatatatcatccgagtatgcaattaaaatat
540 tttagtcttttttttaaaacaaatctcttcccttattgttggaactggcttatatcaacg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
600 ttggaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 52 0 575 90 0 15 17 0 49
Right 850 0 0 0 379 0 378 41 0 14 6 0 32
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000100, oripos=2926653..2927059 strand=1 allelepos=201..607
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 20 54.93 35.00 4.00 3.00 gggatcaatatgcacaattt
RIGHT PRIMER 714 20 54.98 40.00 4.00 2.00 aaaggaaaggctagtttcgt
SEQUENCE SIZE: 807
INCLUDED REGION SIZE: 807
PRODUCT SIZE: 710, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,426
0 ttagcgggatcaatatgcacaatttttatagtagatagaaaaatacatttttgcaaccca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aattattaagaaacaactcccctggtcaaatcaagattaaaaaagttacatgcttaagag
120 gaaaaataattttaagcaagaaaagaaaataaattgttagagaaaatatacacaataatg
180 tataattttataaagtttagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNAtatatatatatatatataaataagagaatcctaggcccgcttatgtggcacca
****************
660 ccacaaacaaggattcctttttaaatttatctattacgaaactagcctttccttttcatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 aaaatttgtattttttatgaaaaattgtgactttttgaaatgttgtgacttttatgaaag
780 ttgcgattttgtgaaaagttgctactt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 811 0 0 0 296 0 348 116 2 8 15 0 26
Right 846 0 0 0 191 0 375 215 14 12 0 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000101, oripos=2932147..2932816 strand=1 allelepos=201..870
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 124 20 54.98 35.00 8.00 3.00 tcgattaattcatcaagcct
RIGHT PRIMER 946 20 54.79 45.00 6.00 2.00 gacgttttggactattcctg
SEQUENCE SIZE: 1070
INCLUDED REGION SIZE: 1070
PRODUCT SIZE: 823, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,689
0 tgacacccgatcccctaattctacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaattctacg
60 tgtcggttcgtgacacccgatcccctaattctacgtgtcgattcgtgacacccgatcccc
120 taattcgattaattcatcaagccttcttttataccaaggcataatcaatctcatcacttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agttcatcaagccttcttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtttaacccccatgtaattagacttattaac
***************************************
900 attaacccactaaatttataattatagcaggaatagtccaaaacgtccttaaaacattta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 aagaaatccgacctcgcctgggattatgcagcctgtgacggcccgtcgcgcctgtgacgg
1020 cccgtcgcgcctgtgacggtccgtcctgcttctctgtcatagagttcaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 300 485 0 23 0 0 47
Right 860 0 0 0 117 0 298 415 0 6 0 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000102, oripos=2957256..2958108 strand=1 allelepos=201..1053
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 28 20 55.12 35.00 6.00 2.00 cttctttccaaaatttcacg
RIGHT PRIMER 1233 20 54.92 35.00 6.00 3.00 tcattgttcttgcacatgat
SEQUENCE SIZE: 1253
INCLUDED REGION SIZE: 1253
PRODUCT SIZE: 1206, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,872
0 acatatttagatcaacgttacaagtagtcttctttccaaaatttcacgattattttcata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttactttcaatgtataagtcattttttctaaaaattcaagaatattttcatagctgcata
120 tttcacttcttttttttagtaacttgataaattttggcgtacaacatatgtttctattca
180 aattatgatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttctaataaaattagaatatatgtttt
******************************************
1080 gttttaattttgtatagcgggaataccaaaacttgaaagatggaagggatttgctgacat
1140 gaaattcaaaaggacaaaaatgacttgcagtagatgccgtcaagttggacacaatagaaa
1200 gacatgtttaaattatcatgtgcaagaacaatgatttcgtaatgttacatttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 263 0 442 15 5 15 19 0 34
Right 860 0 0 0 97 0 420 236 0 33 0 0 74
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000103, oripos=2965674..2965999 strand=1 allelepos=201..526
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 141 20 55.00 50.00 4.00 3.00 ggagaggtggcctataagtt
RIGHT PRIMER 633 20 54.91 40.00 6.00 2.00 caaaaagttgaggatatcgg
SEQUENCE SIZE: 726
INCLUDED REGION SIZE: 726
PRODUCT SIZE: 493, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,345
0 aagagagttagagccttggtgtttatggagggtgatcatgtttggctccgagtatcaccc
60 atgaagggtgtgatgaggtttggaaagaagggcaagcttagccctaggttcattggacct
120 tttgagattttgagccgagtgggagaggtggcctataagttggccttgccacctagtttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tcagcagttcatcctgttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAggaacaaagagatt
*******************************************************
540 gcttcagtgaaggtgcaatggaagcaccgatcagtgggagaggcaacttgggagactgag
600 tctgacatgcgtgcccgatatcctcaactttttgaagattcaggtaattacttttactct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 atgttcgaggacgaacatgatttttagtggtggataatgtaatgacccgtaaggtcattt
720 ttggaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 839 0 0 0 0 0 134 597 5 18 0 0 85
Right 818 0 0 0 2 0 353 383 17 22 0 0 41
Pair Stats:
considered 7, high end compl 3, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000104, oripos=2970028..2971945 strand=1 allelepos=201..2118
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 54 20 55.10 50.00 4.00 2.00 tcaccctgacctagtttcac
RIGHT PRIMER 2202 20 55.02 50.00 2.00 0.00 gaccgacaacgaagaagtag
SEQUENCE SIZE: 2318
INCLUDED REGION SIZE: 2318
PRODUCT SIZE: 2149, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1937
0 ctgttgcaataactaagaaattgagcagtaacatcatagcctttgtctcaacgatcaccc
>>>>>>
60 tgacctagtttcacccaatggctttgtaacgacccgctaggtcgttttgagaactaggac
>>>>>>>>>>>>>>
120 tagttcgactacttttgaaaaatttaaagatgtgtttttaaactattcgaaaactaagag
180 tatttagttgataaaatttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatacttgtataatctaagaattt
***************************
2160 attttcttatataactcccgtcactacttcttcgttgtcggtcaatgagacatactgggt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2220 acatgtggtttcgtactcatactacactcattgcactctttgtggtgcagatttgattcc
2280 gagtaggagcacatctcgtggagcaaattgattccgag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 96 0 461 249 0 12 0 0 37
Right 860 0 0 0 142 0 343 302 0 11 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000105, oripos=2980892..2981651 strand=1 allelepos=201..960
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 55.02 45.00 4.00 0.00 agctcacttacaggtttcca
RIGHT PRIMER 1098 20 55.13 45.00 2.00 1.00 tatctcccacttccattcag
SEQUENCE SIZE: 1160
INCLUDED REGION SIZE: 1160
PRODUCT SIZE: 1083, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,779
0 ggagcatgggaagcctagctcacttacaggtttccagacgcccattggctagagaggttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agactctggttaatgactttatgaggctagaagtaaatgagaatggaggatttttggcct
120 gtgtggaggcaagatcttcctttcttgacaacattaagggaaaacagtttactgatgaga
180 aactgatcctaattcgagatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
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960 acatttttggtggagtaggatgcgtgacattgttgatttcgttgctcaatgcccgaattg
*********
1020 tcagcaggtaaagtatgaacaccagaggcctagagggacacttcagagaatgcccattcc
<
1080 tgaatggaagtgggagataattgcaatagacttcgtggttggtcttccaaagacaatgga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 taagtatgactccatttggg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 840 0 0 0 0 0 466 289 5 14 0 0 66
Right 860 0 0 0 0 0 296 447 0 24 0 0 93
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000106, oripos=3000177..3001604 strand=1 allelepos=201..1628
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 135 20 55.08 55.00 5.00 0.00 tctgggtcacctgtctactc
RIGHT PRIMER 1800 20 55.86 40.00 4.00 0.00 taacatgggatgagaattgg
SEQUENCE SIZE: 1828
INCLUDED REGION SIZE: 1828
PRODUCT SIZE: 1666, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1447
0 tttttcagggccctgtgagcatggtctgtacgttcttcctggcacaagctcgtctgccca
60 cctagtttcagaaagcgttcctgtggctctggtggctctttcggctgatggccacagtct
120 gttgtggcacagtcgtctgggtcacctgtctactcaaataataaattctttaatgtctca
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180 attaggtttttcttccatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNCtaatcaccccttcgaccgtcacccacaatacacccgcaaccaccacccacac
*****************
1680 tcacaaccaacccgaaccaccccatacccacaacatctccagcccgatccgttttgggtc
1740 tttcccggccacccccgaatcaccaccgcccgtacaaccccccaattctcatcccatgtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 aacccgtggctaagccggtatatttaaa
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 65 0 152 600 0 17 0 0 21
Right 802 0 0 0 0 0 30 726 0 10 17 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000107, oripos=3015278..3016077 strand=1 allelepos=201..1000
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 95 20 55.38 45.00 3.00 0.00 taatctgacggaggtctttg
RIGHT PRIMER 1047 20 55.04 50.00 2.00 0.00 gttcgcatctcttcactctc
SEQUENCE SIZE: 1200
INCLUDED REGION SIZE: 1200
PRODUCT SIZE: 953, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,819
0 tattaataatcaataaattaaatgaattattaccaaaaagtcaaagaaagggaggaaagt
60 ataacatatacaaggaatgtgagggttacgaagcttaatctgacggaggtctttgaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgcatatataaaaaaaaaagtaaaaaacaattcgtggccaaacttttgaaagtcgccag
180 agtgagacacatgaaaattgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatcttttagaggtgagcgag
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1020 aaaggagagagagtgaagagatgcgaactgcgtatgtatatctgtctgataaattattta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 tatatacatggtatacatatgtattttatttcaggagagtaagattgagaaagaaagagg
1140 agagagacggacgaaaattgggagaaaaaggagagagagagagagagagagagagagaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 825 0 0 0 230 0 279 227 0 26 10 0 53
Right 860 0 0 0 121 0 497 187 0 4 0 0 51
Pair Stats:
considered 9, high end compl 8, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000108, oripos=3167675..3168317 strand=1 allelepos=201..843
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 15 20 54.99 45.00 2.00 0.00 accacttctacgctatccaa
RIGHT PRIMER 1035 20 55.02 45.00 3.00 0.00 actctcttagccaccacaaa
SEQUENCE SIZE: 1043
INCLUDED REGION SIZE: 1043
PRODUCT SIZE: 1021, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,662
0 atgttgtaatgcaaaaccacttctacgctatccaaacccgagctgttaaagagagctccc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tggatgtattgaccgatatgttaaaagtctttgtttttatgtattttccatgttagatcc
120 ttgtgaaactttagcctttgtgcttccttatgtgaacatgaatttttatatgctccccga
180 agtgttattataacgtatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNAgagagctccctggatgtattgaccgatatgttaaaaagtctttgtttttatgtattt
************
900 tccatgttagatccttgtgaaactttagcctttgtgcttccttatgtgaacatgaatttt
960 tatatgctccccgaagtgttattataacgtatttctgtctctacccagttggcgattttg
<<<<
1020 tggtggctaagagagtttataga
<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 55 0 432 263 0 20 0 0 85
Right 860 0 0 0 65 0 506 211 1 12 0 0 65
Pair Stats:
considered 6, ok 6
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000109, oripos=3176135..3177750 strand=1 allelepos=201..1816
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 122 20 54.99 40.00 4.00 0.00 gttaatgatgatgccttggt
RIGHT PRIMER 1949 20 54.97 50.00 4.00 1.00 gctctaggctcaagaactca
SEQUENCE SIZE: 2016
INCLUDED REGION SIZE: 2016
PRODUCT SIZE: 1828, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1635
0 tgtaaaccttctatatgcttaattgtatgcttgcatgaatgatgtgattatgtaattgtg
60 aacaaataagcatgatgaagctattgaatcccaaatcttgaaaacaaaccctaatctact
120 ttgttaatgatgatgccttggtataaaagaaggcttgatgaacgaaagtggtgagattag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gggatcgggtgccacgttccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNGgcggtcacatatcgagtgtcaaccaatagaggtaccacctatga
*************************
1860 cttgggcctcattctctagtttgtttatggagaagtatatcccccggaccttgaggaata
1920 ggaaaagggatgagttcttgagcctagagcaaggtaggatgtcggttaatgcttatgagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1980 ctaagtttcgtgcactatccagatatgccactcaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 5 0 561 174 0 35 0 0 80
Right 860 0 0 0 0 0 390 339 0 31 0 0 100
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000110, oripos=3178800..3180013 strand=1 allelepos=201..1414
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 20 54.87 40.00 8.00 1.00 tcctcatttgctaatggtct
RIGHT PRIMER 1535 20 55.07 40.00 4.00 0.00 tcatgttccttcttgctctt
SEQUENCE SIZE: 1614
INCLUDED REGION SIZE: 1614
PRODUCT SIZE: 1496, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1233
0 tgtattgtttgatcctggatccacattttcttatgtatcttcctcatttgctaatggtct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaatttacactgtgaattacttgatatgcctattcgtgtctctactccggtaggtgagtc
120 tgtggtagttgaaaaggtatataggtcatgtttgttaaacattgtggggagcaacactta
180 tgtagatttggttatcttagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCacgaatgcccctgctgcgttcatgag
*******************************************
1440 cttgatgaacgggatttttaagccatatttggacctcttcgtgattgtatttattgatga
1500 tatattggtatactcaaagagcaagaaggaacatgaagagcatttgagaatggtattgga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 aatgttaagggagaaaaagctttatgccaagttctctaagtgtgagttttggct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 831 0 0 0 0 0 602 151 11 12 0 0 55
Right 860 0 0 0 38 0 471 226 0 32 0 0 93
Pair Stats:
considered 7, ok 7
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000111, oripos=3181809..3182343 strand=1 allelepos=201..735
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 45 20 54.99 50.00 6.00 0.00 cttagtactgcgttccatcc
RIGHT PRIMER 923 20 54.57 40.00 4.00 1.00 gttttggaaatgaccttgac
SEQUENCE SIZE: 935
INCLUDED REGION SIZE: 935
PRODUCT SIZE: 879, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,554
0 tatgttttggaaaacattgcatgcagaattgggtaaaggttggaccttagtactgcgttc
>>>>>>>>>>>>>>>
60 catccccagaccgatggtcagtctgagcgaacgattcaagtgttggaggatatgcttcgt
>>>>>
120 gcgtgtgtgatagaatttggtggccattaggatagcttcttacccttagcggagttttca
180 tacaataatagctatcactcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNAcaattatttaatataaatttaaaattttgatgtaaccaatagtca
************************
780 aaacgataatttcagattttaggtaaagtcaacattcacctatgtttagtcaacttagga
840 tgttttttttagtaattaattaatttatttattttattcacttagtaaaccctaagttaa
900 atatgtcaaggtcatttccaaaacctaaaaaccac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 1 0 210 540 0 29 0 0 75
Right 822 0 0 0 218 0 549 23 0 3 12 0 17
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000112, oripos=3262735..3265311 strand=1 allelepos=201..2777
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 74 20 54.92 30.00 4.00 0.00 aaaatatgcaaaaagggaca
RIGHT PRIMER 2904 20 54.70 45.00 7.00 0.00 tgtctgagactccctcattt
SEQUENCE SIZE: 2977
INCLUDED REGION SIZE: 2977
PRODUCT SIZE: 2831, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,2596
0 ttcaaaaacctatacttatagagtataggaagtatgggttagtacaaaataatgtgctaa
60 gtatggcatgtgcaaaaatatgcaaaaagggacattttagtaaaaacacattttcatgcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aattaagtaaaacattcatgaatatagaagtaaaacatcataagaataatcatttaacag
180 ttagggaataacttccataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNTtgttcaagacaaccttgaaccacgaccatggttcacgcctcgt
**************************
2820 aaaaggtttaaggccccgtcaaaagggggcatggatctacacatagtcttcggagcttag
2880 accccaaatgagggagtctcagacaaaaaagacgaatgaaagggaggtccgtcaaccagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2940 tgacgcctcgtcaatggtgtccgtcaatggccacctg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 103 0 618 79 0 30 0 0 25
Right 798 0 0 0 0 0 99 630 1 4 17 0 47
Pair Stats:
considered 4, high end compl 1, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000113, oripos=3309909..3310726 strand=1 allelepos=201..1018
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 20 54.44 50.00 6.00 2.00 ttagtcctcatagagggcac
RIGHT PRIMER 1097 20 55.03 35.00 2.00 2.00 aaaggttcccatccataaat
SEQUENCE SIZE: 1218
INCLUDED REGION SIZE: 1218
PRODUCT SIZE: 995, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,837
0 tatgtacatgtctatgtaaacatccaagtagaagtaataaaagttctaaattttccgcta
60 aatttgacttattaatgtgataatgtaagctaagaggctagtcttagtcctcatagaggg
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 caccgccgccgcttacatctagggggtaaccccggatgtgacaaactttgtaccagtgca
>>>
180 tgacattgaattatcttagaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtc
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1020 gatgtctctctctaccacgtctatgtaagttcatgttcataattgtgaatcgcaccacat
******* <<
1080 ttatggatgggaacctttatgattccttagaaactatcattttcttggaaatcttatatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 gtgccactagagtatacttatggtttgcttttgcatctgatcgtattgtggtgcttatag
1200 gaagaatgaacaatcgaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 66 0 488 242 11 14 0 0 21
Right 852 0 0 0 1 0 584 176 5 14 0 0 72
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000114, oripos=3467945..3468692 strand=1 allelepos=201..948
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 46 20 54.39 45.00 3.00 1.00 aggtaaggggatgagacttt
RIGHT PRIMER 1049 20 54.85 35.00 2.00 0.00 tcccaataagataaaccgaa
SEQUENCE SIZE: 1148
INCLUDED REGION SIZE: 1148
PRODUCT SIZE: 1004, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,767
0 agaagataaacactaactggaactcctaagagatgtttcttagtataggtaaggggatga
>>>>>>>>>>>>>>
60 gactttacctatgcattttacaagcatctcttaaaggtaattctagttttagttctatat
>>>>>>
120 gtacatgcttgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatactattattgttat
180 gcatagtaaattagtggttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtatatatatata
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960 tatatatatatatatacatattgttatgcatgaaattatggtgttaacatacttgttata
1020 ctgatatgcattcggtttatcttattgggacaacatgatgaaggtcctacttagtatgca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 tgttgttggctatactttccatgttgatgtatgaagtaaatgacaatgtctgttatttca
1140 ttattggt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 189 0 628 6 0 9 0 0 23
Right 860 0 0 0 70 0 671 52 0 28 0 0 39
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000115, oripos=3742532..3748390 strand=1 allelepos=201..6059
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 100 20 54.96 40.00 3.00 0.00 tgcttccagttccactattt
RIGHT PRIMER 6101 20 55.02 40.00 5.00 3.00 tgataccaagtttgtcacga
SEQUENCE SIZE: 6259
INCLUDED REGION SIZE: 6259
PRODUCT SIZE: 6002, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5878
0 tagaatgagtgagagtatcgcttctattcctccatcctagtacacattaggctttgtgtg
60 ctttttaaagagaagtgtacccttctttgccaatgtgtgatgcttccagttccactattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcttgattataaaatccaacatggttaactgcgtagaagaaatattgtttttctttatct
180 ctttgttgggtacagcaagaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTg
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6060 ccagtcgaggcccggatttgggtcgtgacaaacttggtatcagagcattaggttcgttgg
******** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6120 tctcatcacacaagaacgagtctagtagagtcttaaggaatggtagggggacgcctttac
6180 ttttctttgagaggctataagactttaggaagattccattctttcattccctctttcatg
6240 ctattacttggatccaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 70 0 534 165 2 18 0 0 65
Right 859 0 0 0 0 0 495 269 3 18 0 0 74
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000116, oripos=3752147..3769571 strand=1 allelepos=201..17625
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 17825
INCLUDED REGION SIZE: 17825
TARGETS (start, len)*: 190,17444
0 agtctagctcacttgcaagcttctagacacccattggctagagaagttcagattctggct
60 aacgaccttatgagattagaagtaaatgagaagggaggattgttggcttgtgtggaggca
120 agatcttccttccttgacaagattaagggaaagcagtttaaggacgaaaaatttatccgg
180 atccgagataaggagttgcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 833 0 0 0 0 0 381 308 6 51 0 0 87
Right 859 0 0 0 6 0 294 476 4 9 0 0 70
Pair Stats:
considered 6090, unacceptable product size 6090, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000117, oripos=3771855..3777828 strand=1 allelepos=201..6174
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 55.13 45.00 4.00 0.00 tggagatcattaggacaagg
RIGHT PRIMER 6279 20 54.68 40.00 4.00 2.00 cctcatcagcaacaacaata
SEQUENCE SIZE: 6374
INCLUDED REGION SIZE: 6374
PRODUCT SIZE: 6214, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,5993
0 caggacataccgacgagggtatgacggtctgtcatagatgattgttagaggacacttaga
60 caaaattggagatcattaggacaagggtctctaacaaccatgacggtttggtaggacgga
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120 ccgtcgtgttatttacggtccgacttagatgtccgtcacaggacacttaaaacaaagtta
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
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6360 tgcgcaccaggtaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 0 0 423 321 9 25 0 0 58
Right 860 0 0 0 0 0 365 413 0 27 0 0 55
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000118, oripos=3936346..3942489 strand=1 allelepos=201..6344
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 130 20 54.86 35.00 6.00 1.00 gtttgatttcaattcttcgg
RIGHT PRIMER 6408 20 55.15 45.00 6.00 3.00 caacatgtagccacaacaag
SEQUENCE SIZE: 6544
INCLUDED REGION SIZE: 6544
PRODUCT SIZE: 6279, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6163
0 atactaattagggtaaaagaaagagggttgaataagaaaaatagaaagaacaaagagaga
60 cagaaaaagaaagagaaacgaacgagaaaggggagaaacgagaagaagaacaaagcttgg
120 gaacttgcttgtttgatttcaattcttcggcggaggtaggttatggttttcatgctttca
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGagccctcatggatgaa
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6360 cttgatggtacttattaatgattataatacttgttgtggctacatgttgagttttatagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6420 tgatttacgataatattgatatatactgtcccctattttgagttgaccgatgatatctat
6480 tcagtacccgtgttttgtactgacccctacttttatgttttcttcttgtttatttgtgga
6540 gtgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 26 0 449 282 0 13 0 0 85
Right 860 0 0 0 119 0 627 56 0 9 0 0 49
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000119, oripos=3992544..3999030 strand=1 allelepos=201..6687
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 20 54.97 55.00 4.00 0.00 gtaccccctcaacctatacc
RIGHT PRIMER 6786 20 55.19 55.00 6.00 2.00 gtagtgctacctatgcgagg
SEQUENCE SIZE: 6887
INCLUDED REGION SIZE: 6887
PRODUCT SIZE: 6670, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,6506
0 ctcacagaagaagtgctcactcaccacctatactcaatgatattccaacattcatatcag
60 ctgatgcaatattagccaacgaggatcaaggtaaaatatattagggaaaatacccaagta
>>>
120 ccccctcaacctatacccgaaatcccagagacacacttatattatactaaggtcctatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ccccactgaacttattttatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 tatatatatatatatatatatataaataaaaggattttacttagactcctcgcataggta
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6780 gcactacatagtcttctacttttatttcacatatatataccatgcacaatatagtcttaa
<<<<<<<
6840 tagggatgtctcatgttaaaccatctaaacggaatataataatatcg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 844 0 0 0 18 0 521 226 10 13 0 0 56
Right 860 0 0 0 293 0 509 30 0 3 0 0 25
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000120, oripos=4030104..4036146 strand=1 allelepos=201..6243
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 37 20 55.04 40.00 4.00 2.00 tgcgaggtatgaaatcttct
RIGHT PRIMER 6278 20 55.31 35.00 6.00 0.00 ttcaattttgcaatagtccc
SEQUENCE SIZE: 6443
INCLUDED REGION SIZE: 6443
PRODUCT SIZE: 6242, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6062
0 gcgaggtatgaaatcttctcgcgatgcatgaattttctgcgaggtatgaaatcttctcgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tatgcataaattttctgcgaggtatggaatcttctcgcgatgcgtgaattaactacgagg
120 tatgagatttctcgcgatgcatgaatattaattcgcgatgcatgaatattaactcgcaat
180 gcatgaattaactcgcgataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNGgatgaaataccgatgtgggactattgcaaaattgaaaattgtttgagagacaatgtg
************ <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6300 ggaaaggcattttttttgtatttgactcaaaatgtatgaattttaaaatcattggacaaa
6360 aatttgatattaaataaacaaagcttcaaaatcacgaatttttaaaatgttaggccaaaa
6420 ttgggtgtcaacagcgacaccaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 0 0 273 463 2 60 0 0 51
Right 798 0 0 0 195 0 339 188 5 27 19 0 25
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000121, oripos=4039363..4047866 strand=1 allelepos=201..8704
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 137 20 55.06 45.00 4.00 0.00 gacatgaaggagaagatcca
RIGHT PRIMER 8889 20 55.21 45.00 2.00 2.00 cctgtttagtcgttttgagc
SEQUENCE SIZE: 8904
INCLUDED REGION SIZE: 8904
PRODUCT SIZE: 8753, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,8523
0 tgaaaaacttatcaatatccccagaatctggaagtcatcatcacaagaacatctaccttt
60 aaattactaaactaagagtatctaaaaagctaaaaatacataagaagctagtccatgccg
120 gaagttcaaggcatcaagacatgaaggagaagatccagtccaagctagaagcgttagctc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 accctgaagatccggtgtggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8700 NNNGgtccgtcctgccattccgtcacgaagttcagagagtcgattttcagtacctaattt
*************
8760 cagattttctaagtgttttgaaacgagaccctgcgacggtccgtcgtgcccatgacggat
8820 cgtcgtttggtccgtcgcctcagccagtttttccagaattgaagttttttgctcaaaacg
<<<<<<<<<<
8880 actaaacaggtcgttacataaaca
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 56 0 449 247 8 20 0 0 47
Right 802 0 0 0 1 0 319 407 0 24 17 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000122, oripos=4282534..4283136 strand=1 allelepos=201..803
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 42 20 55.17 40.00 5.00 0.00 aacttcgtaacggaatagca
RIGHT PRIMER 930 20 55.08 35.00 4.00 0.00 attaagcaagaaaattcccc
SEQUENCE SIZE: 1003
INCLUDED REGION SIZE: 1003
PRODUCT SIZE: 889, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,622
0 acttagaaattctgaaaaatgggtactgaaattgactctctgaacttcgtaacggaatag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caggacggaccgtcacagactcttcagagaattgagtctctgaactctgtgacggagtag
>>
120 caggacggaccgtcacaggcacgatggcccgtcacaggctgcgtaatcccaggcgaggtc
180 ggatttctttaaatgttttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttaattatatgctaattagggtaaaagaaagagggtt
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840 tgaataaagaaaatagaaagaacaaagagagagagagaggatcgaacgagaagagcaaaa
900 cacaaagctttggggaattttcttgcttaatcactaatcttcggtggaggtaggttatgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 ttttatacgattcgtagttaactcttaatagcgaatgatatgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 1 0 305 478 6 14 0 0 41
Right 849 0 0 0 32 0 542 194 3 11 0 0 67
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000123, oripos=4433459..4434251 strand=1 allelepos=201..993
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 62 21 54.88 33.33 4.00 2.00 aacaatgagtgacatgctttt
RIGHT PRIMER 1081 20 55.08 40.00 4.00 2.00 tgcacccactatttaacaca
SEQUENCE SIZE: 1193
INCLUDED REGION SIZE: 1193
PRODUCT SIZE: 1020, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,812
0 ttccaactattatttttatattaatgttttagtagattttataaataatttatatgactt
60 gtaacaatgagtgacatgcttttagatttaataaaagattattttattgctaaaaaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aattaaaagaaaaatagaaaaaaatagaaaaggaattaattaaataaattaataaaataa
180 aaaaaataattaaaaaggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgttagttttagctttaattattttcat
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1020 ttgattatcatattaggattcaagttttgatatattgagatatgtgttaaatagtgggtg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 cattatgatatataaaaatcattataattatgttattcagagaattaagatttaacccta
<<
1140 aacttgaaattcagaaaatatgagatttgatcaattggttggaacaaaaattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 699 0 126 0 0 1 4 0 12
Right 860 0 0 0 246 0 556 30 0 15 0 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000124, oripos=4440133..4440977 strand=1 allelepos=201..1045
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1245
INCLUDED REGION SIZE: 1245
TARGETS (start, len)*: 190,864
0 cgttttagaaattccaactattatttttatattaacgttttagtagattttataaataat
60 ttatatgacttgtaacaatgagtgacatgattttagatttaatacaagattattttattg
120 ctaaaaaaataattaaaagaaaaatagaaaaaaaaaatagaaaaggaattaattaaataa
180 atgaataaaataaaaaaataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgttagtttcaactttaattattttcatttgattat
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1080 catattaggattcaagttttgatatattgagatatgtgttaaatagtgggtgcattatga
1140 tatataaaaatcattataattatgttattcggagaattaagatttaaccctaaacttgaa
1200 attcagaaaatatgagatttgaacaattggttggaataatgattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 657 0 194 0 0 1 1 0 0
Right 860 0 0 0 218 0 591 17 0 14 0 0 20
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000125, oripos=4446839..4450173 strand=1 allelepos=201..3535
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 54.89 45.00 6.00 1.00 aaccaagatgtatcgtgacc
RIGHT PRIMER 3592 20 54.03 40.00 3.00 0.00 atgcctcagttcatacacaa
SEQUENCE SIZE: 3735
INCLUDED REGION SIZE: 3735
PRODUCT SIZE: 3544, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,3354
0 ctattcttacaaaggctcatagttcaaggtattctatacatcctggtgcaaccaagatgt
>>>>>>>>>>>
60 atcgtgacctaaagcaacatttttggtagagtaggatgaagcgtgacattgttgattttg
>>>>>>>>>
120 ttgctcaatgcccgaatagtcagcaagtaaagtatgaacaccagaggcctggagggacac
180 ttcagagaatgcccattcttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttttt
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3540 tttaaaatcgtttatgtattaatattgtatgaattgtgtatgaactgaggcatataattt
**** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3600 ctatgatttctgtatgaattgaattaattgtccattgaatatgtattaatattgtataaa
3660 ttttgtatataatttgtatgatttgtgtatgaattaattgaatgtcaatttaataaagaa
3720 ttgtatatatgattc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 416 335 0 15 0 0 89
Right 860 0 0 0 434 0 414 3 0 1 0 0 8
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000126, oripos=4468102..4473430 strand=1 allelepos=201..5529
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 55.17 40.00 4.00 1.00 tgaaattgaaacctccagtc
RIGHT PRIMER 5649 20 55.06 45.00 4.00 0.00 gacatgaggaagaagatcca
SEQUENCE SIZE: 5729
INCLUDED REGION SIZE: 5729
PRODUCT SIZE: 5643, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,5348
0 aagttcttgaaattgaaacctccagtcttcaagggtgctgaatctgatgatgcttacgat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
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120 gagttcgtgagttatcagtttcaagggaacgccaaaatgtggtggcggtcacatgttgag
180 tgtcaaccaacagaggcaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNGtggagtgcagcaaacgtgccgtcgtcttcaactcaacagtaattttagcca
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5580 gtcttcgtcacaccggatcttcagggtgagctaatgcttctagcttggactggatcttct
<<<<<<<<<<
5640 tcctcatgtcttgatgccttgaaattccggcatggactagcttttatttgttttagcttc
<<<<<<<<<<
5700 ttagaatactcttggtttagtaatttgat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 376 376 0 20 0 0 83
Right 860 0 0 0 5 0 409 376 0 14 0 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000127, oripos=4528040..4529057 strand=1 allelepos=201..1218
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 55.09 50.00 4.00 2.00 cttatcctcctatgtgagcg
RIGHT PRIMER 1341 20 55.06 45.00 2.00 2.00 aatgagtatggtgtggaagc
SEQUENCE SIZE: 1418
INCLUDED REGION SIZE: 1418
PRODUCT SIZE: 1335, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1037
0 acccacacttatcctcctatgtgagcgaaccaaaaaatctaaaccctaacatttaccaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
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120 taaataagcttctattgtttatcaattattatccccaaaatctagaagtcatcacaccaa
180 gaacatctatcctcaaatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 aagcttccacaccatactcatttgggaaataggttcttcgaatttgagtatattaacata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 tttcaagattacttctctttattattatcgtgtcagaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 210 0 420 95 0 7 17 0 48
Right 860 0 0 0 101 0 541 140 0 15 0 0 63
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000128, oripos=4607029..4607965 strand=1 allelepos=201..1137
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 55.10 40.00 4.00 1.00 gggcctataatgacaaatga
RIGHT PRIMER 1232 20 54.97 45.00 3.00 1.00 cgaaatctaccacttcttgg
SEQUENCE SIZE: 1337
INCLUDED REGION SIZE: 1337
PRODUCT SIZE: 1203, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,956
0 gacataggaacgtttccacgtctgactactgggcctataatgacaaatgatcagcatgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cttttcagtaagttattgaaattgaaacctccagtcttcaagggtgctgaatctgaggat
120 gcttacaattttctggttgactgtcatgagctactacacaagatgggtatagtagaacgg
180 tttggtgttgagttcgtgagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttc
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1140 gttgttttgtgaaggggttgaggtcagagttgcggatttcagccttacaggtagcggcta
******
1200 cggcaaaattcttccaagaagtggtagatttcgtggtagaggtggaaggagtgaggcaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 atgaattcaccatggcatcgaaatcaaagaggtttcgaaagggaggtgagtttaatggct
1320 cttactctaaaggacaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 7 0 495 233 0 35 0 0 85
Right 847 0 0 0 0 0 225 528 4 17 0 0 73
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000129, oripos=4627427..4628190 strand=1 allelepos=201..964
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 20 55.03 40.00 5.00 3.00 cacccttttcaacagatgat
RIGHT PRIMER 1107 20 54.98 35.00 4.00 0.00 ttcatgctttttggttaggt
SEQUENCE SIZE: 1164
INCLUDED REGION SIZE: 1164
PRODUCT SIZE: 1081, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,783
0 tataaggattagctagttgtttgatgacacccttttcaacagatgattttttaaattgtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttgacaaatattcaattccccggctagttcttaaagcctttatgattttatacaattgat
120 ttttatctttattcatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNTattattattattattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
*************
1020 tatatatatatatatatatatatatattaaaacagtcaagtttttaagatttgtgaaaaa
1080 tcaaatatacctaaccaaaaagcatgaaatcatcaataaatgtattgtagtatctagtac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 aagagtttgccttcacattttttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 833 0 0 0 463 0 205 122 0 6 7 0 30
Right 856 0 0 0 425 0 370 23 0 5 6 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000130, oripos=4670854..4671236 strand=1 allelepos=201..583
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 127 20 54.99 50.00 4.00 2.00 ccatctcctctgtctcatgt
RIGHT PRIMER 758 20 55.02 50.00 4.00 0.00 gtgtgagttttggctagagg
SEQUENCE SIZE: 783
INCLUDED REGION SIZE: 783
PRODUCT SIZE: 632, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,402
0 gtctagaagcttgcaagtgagctagacttcccatgcttcccgcctttctacttaaagcat
60 ccactacaacattcgccttccccggatgatacaaaatagtgatgttgtagtccttctgta
120 gttccatccatctcctctgtctcatgttcaaatctttctgagtaaagacatactgtaggc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tacgatgatccgtatagagcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatcccttgacaaatcgg
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600 cggtagtagctagctaacccaacaaagctccttatttctgacacattagtaggtcttacc
660 caattcttcactgtctcaatcttagaaggatccaccatcactgcatccttagaaaccacg
720 tgccccaagaaggatactgcctctagccaaaactcacacttagagaacttggtataaagc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 ttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 480 289 0 14 0 0 72
Right 858 0 0 0 0 0 482 281 4 18 0 0 73
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000131, oripos=4672914..4674869 strand=1 allelepos=201..2156
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 167 20 55.10 50.00 5.00 1.00 gtttaccagtctgaggtgga
RIGHT PRIMER 2347 20 55.04 45.00 6.00 1.00 gcttgatcactaatcttcgg
SEQUENCE SIZE: 2356
INCLUDED REGION SIZE: 2356
PRODUCT SIZE: 2181, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1975
0 attacctcgaccaccacgtcatccagaataacggcctctaccattaccacctctacctct
60 agctattgggggtctataactctgtttgggacaattcctcctaatatgtccagtctcccc
120 acatccataacactctctagagtcaagcataggtctctcaaagaattgtttaccagtctg
>>>>>>>>>>>>>
180 aggtggacccccaactacagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcaag
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2160 atctgggattcaataacttcatcatgcttatataatcataattatataattacattcatg
*****
2220 caggcatacaattaagcacatagcagagtttacaatattatcaatacatatcattcgcta
2280 ttaagagtttactatgaatatcgtaagagaaaccataacctacctccaccgaagattagt
<<<<<<<<<<<<
2340 gatcaagcaagcaatt
<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 470 271 0 27 0 0 87
Right 860 0 0 0 158 0 553 91 0 19 0 0 39
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000132, oripos=4756797..4757768 strand=1 allelepos=201..1172
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 150 20 55.06 45.00 2.00 2.00 aatgagtatggtgttgaggc
RIGHT PRIMER 1345 20 55.03 40.00 3.00 3.00 caaaacctggaagtcatcat
SEQUENCE SIZE: 1372
INCLUDED REGION SIZE: 1372
PRODUCT SIZE: 1196, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,991
0 acgttccgacacatagaattaggggattggagtgtcacgtaccgacacatagtagtaggg
60 gatcggagtgtcacgtaccgacacaagaagaggaaagataatgaatcttggaagatgata
120 atatactcaacttaatatccttaattcccaaatgagtatggtgttgaggcttgagccatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atggatgaacatgatggtacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAccggatcttcagggtgagctaacgcttc
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1200 tagcttggactggatcttctccttcatgtcttgatgccttgaacttccggcatggactag
1260 cttcttatgtatttttagcttcttagaaactcttagaattagtagtttaaagtagatgtt
1320 cttgtgatgatgacttccaggttttgggaataatagatgttgaatatttata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 19 0 448 292 0 19 0 0 77
Right 860 0 0 0 37 0 491 261 0 16 0 0 55
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000133, oripos=4797786..4798565 strand=1 allelepos=201..980
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 55 20 55.03 45.00 3.00 0.00 tgttcaccctccataaactc
RIGHT PRIMER 1109 20 55.00 50.00 4.00 1.00 gtgggatagcttcttaccct
SEQUENCE SIZE: 1180
INCLUDED REGION SIZE: 1180
PRODUCT SIZE: 1055, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,799
0 acctcgcttaccaaaccgcatcacccctttcattggcgaaacgttcaacaagacttgttc
>>>>>
60 accctccataaactccaagtctctaaccttccgatctgcatactccttgtgtctactttg
>>>>>>>>>>>>>>>
120 cgccgctagaagcttttcttgaatagatttcactttatctaacgattccctcagaaggtc
180 agtaccccaaggtctaacttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaatgcatcaaaccacccaatgggagacctacattttctc
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1020 ccatatagtgcctcaaatggggccatatcaatgcttgagtggtagctattgttgtaggag
1080 aactctgctaagggtaagaagctatcccactgaccgccaaattctatcacacatgcacga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 agcatatcctccaaacttgaatcgttcgctcagactgacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 844 0 0 0 1 0 346 412 8 15 0 0 62
Right 860 0 0 0 0 0 327 421 0 35 0 0 77
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000134, oripos=4801785..4804493 strand=1 allelepos=201..2909
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 92 20 54.94 40.00 4.00 0.00 tctggtgaagttttaaggga
RIGHT PRIMER 3047 20 55.01 45.00 4.00 0.00 cttagcacgaagaaaggaga
SEQUENCE SIZE: 3109
INCLUDED REGION SIZE: 3109
PRODUCT SIZE: 2956, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2728
0 cattctttgaactttgcgacgacctgcaggacggaccgtcgcaggcacgacgtcccgtca
60 caggttgcgcaaatcccaggcagagtcagatttctggtgaagttttaagggacatttttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gactattctttccttaattatggatttcgtggggttatattaataactaaaattcttgag
180 gggttaaaagaggtaaccctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActtggctttctccgcaatttgcagtcttgga
**************************************
2940 ttgtaatgctaaaatggtgacgttagtcaagcctgggatagacccgttagtgtgggaggg
3000 tgactacacttcaatccggtccgcatcgtctcctttcttcgtgctaagaaaatgattagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3060 aaagggtgtttagctttcttggcacatctcaaggatgacactacccaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 45 0 315 438 3 5 0 0 48
Right 857 0 0 0 3 0 335 412 2 14 0 0 91
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000135, oripos=4806544..4810114 strand=1 allelepos=201..3771
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 55.01 35.00 5.00 1.00 acattgtggattttattgcc
RIGHT PRIMER 3829 20 55.06 45.00 4.00 1.00 tggatcttcctcttcatgtc
SEQUENCE SIZE: 3971
INCLUDED REGION SIZE: 3971
PRODUCT SIZE: 3710, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3590
0 atgatttgatcaacactattctgacagaggctcatagttcaaggtattctatacatccga
60 gtgcaaccaagatgtagcgtgacctaaaacaacacttttggtggagtagaattaagcgtg
120 acattgtggattttattgccaaatgtccaaactgtcaacaagtaaagtatgaacaccgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ggcccggaggaacacttcagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTacataaaat
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3780 ctagtccatgccggaacttcaaggcatcaagacatgaagaggaagatccagtccaagcta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3840 gaagcattagctcaccctgatatccagagtaatgaagacaggctagagttactgttgagt
3900 cgaagatgacggcacgtttgctgcactccacaaataaacaagaagaaaacataaaagtag
3960 gggtcagtaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 490 249 0 10 0 0 106
Right 860 0 0 0 10 0 433 335 0 24 0 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000136, oripos=4821086..4821570 strand=1 allelepos=201..685
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 150 20 54.96 40.00 5.00 1.00 acaaaggcttcattagacca
RIGHT PRIMER 774 20 55.54 45.00 3.00 2.00 caaatcggcggtagtagata
SEQUENCE SIZE: 885
INCLUDED REGION SIZE: 885
PRODUCT SIZE: 625, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,504
0 tcactgcagatcttcctggtatgccaccagatagggatattgacttctgtattgatcttg
60 aaccgggtactcgccccatttctatacccccttatagaatggctcccgcggagttaagag
120 agttaaaagcccaacttcaagagttgttgaacaaaggcttcattagaccaagtgcatctc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cttggggtgctctggttttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagattgagataatgaagaattgggtaagacctact
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720 aatgtgttagaaataaggagttttgttggtttagctatctactaccgccgatttgtcaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 ggattctcttctattgcttccaactgacgaacttgactaagaaaaatgttccatttgtat
840 ggtcggatgagtgtgaggaaagctttcagaagctcaagactctgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 0 0 334 395 10 33 0 0 69
Right 837 0 0 0 0 0 528 206 10 24 0 0 69
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000137, oripos=4823001..4824254 strand=1 allelepos=201..1454
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 145 20 54.99 50.00 6.00 0.00 ccttagtactgcgttccatc
RIGHT PRIMER 1632 20 55.23 35.00 5.00 3.00 gcaagatttgggattcaata
SEQUENCE SIZE: 1654
INCLUDED REGION SIZE: 1654
PRODUCT SIZE: 1488, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1273
0 acaatgcagagaagttagccaaactttacatctcggaagtggtgtgattgcatggggttc
60 cactctacattatatcagatagaggtacgcagtttacttctatgttttggaaaacattgc
120 atgcggaattgggtactaagttagaccttagtactgcgttccatctcagaacgatggtca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtctgagcgaacgattcaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNTcttcggtggaggtaggttatggtttctcttacgatattcgtagtaa
***********************
1500 actcttaatagcgaatgatatgtattgataatattgtaaacccttctatgtgcttaattg
1560 tatgcttgcatgaatgtaattatataattgtgattatataagcatgatgaagttattgaa
<<<<<<<
1620 tcccaaatcttgcaaaaccctaatccctctgtta
<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 0 0 458 334 3 20 0 0 38
Right 860 0 0 0 132 0 589 84 0 18 0 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000138, oripos=4907036..4907531 strand=1 allelepos=201..696
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 126 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ttaagggacgttttggacta
RIGHT PRIMER 880 20 55.04 45.00 6.00 2.00 ccgaagattagtgatcaagc
SEQUENCE SIZE: 896
INCLUDED REGION SIZE: 896
PRODUCT SIZE: 755, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,515
0 gtcacagactcttcagagaattaagtctctgaactctgtgacagagcagcaggacggacc
60 gtcgcaggcacgacggcccgtcacaggctgcgtaatcccaggtgaggtcggatttcttta
120 aatgttttaagggacgttttggactattcctgctataattataaagttagtgggttaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaatatgtctaattacttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcttaagttaattagtgggttatta
*********************************************
720 ttgccatcttttattcttaattatatgctaattagggtaaaagaaagagggtttgaataa
780 gaaaagtagaaagaacaaagagagagagaggatcgaacgaggaagagagaaaacgaaaaa
840 caaagcctggggaaattgcttgcttgatcactaatcttcggtggaggtagattata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 27 0 399 374 7 9 0 0 26
Right 860 0 0 0 63 0 478 230 0 8 0 0 81
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000139, oripos=4913596..4914275 strand=1 allelepos=201..880
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 17 20 55.00 50.00 6.00 0.00 agcagaggtctcctacaaca
RIGHT PRIMER 976 20 54.94 45.00 4.00 0.00 aattcataagctacctcccc
SEQUENCE SIZE: 1080
INCLUDED REGION SIZE: 1080
PRODUCT SIZE: 960, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,699
0 gatagcttcttacccttagcagaggtctcctacaacaatagctatcactcaagcattgat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atggccccatttgaggcactatatgggagaagatgtaggtctcccattgggtggtttgat
120 gcatttgaggttagaccttggggtactgaccttttgagggattcattggagaaagtgaaa
180 tctattcaagaaaagcttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaggggtgatgcggtttggt
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900 aagcgaggtaagctaagcccaaggtatattggtccatttgaagttctgaagcgcgtgggg
<<<
960 gaggtagcttatgaattagccttgcccccaagactgtcaggagtgcatccggtattccat
<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 gtgtctatgttgaaaagataccatggggatggaaactacatcatccgttgggattcagtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 370 375 0 26 0 0 84
Right 860 0 0 0 0 0 254 525 0 19 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000140, oripos=4930869..4931784 strand=1 allelepos=201..1116
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 93 20 55.01 50.00 4.00 1.00 gccagaaagaacgtacagac
RIGHT PRIMER 1257 20 55.02 40.00 5.00 3.00 atcgtccaacttgtcaaatc
SEQUENCE SIZE: 1316
INCLUDED REGION SIZE: 1316
PRODUCT SIZE: 1165, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,935
0 acgactgtgccacaacagactgtggccattagccgaaagagccaccggagccacaggaac
60 gctttctgaaactgggtgggcagacaaacttgtgccagaaagaacgtacagaccatgctc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acaggggccctgaaaaatcaccctcttggtagtattgtctaggatgtgaaaatcattaga
180 ggtgaacaagagtgagcaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgtatccaacagccattaagaggaa
*********************************************
1140 aggccggcttgagatgcataattggcacggttatcactatttcggtcctcctcataccga
1200 aaccagcaacgaacagcggtgtgtcccgttttctgacagatttgacaagttggacgatcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 cgctcgtaagtgccctgcccgccgctagaagatgactgtccgccgctgccgaagga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 243 557 0 15 0 0 40
Right 860 0 0 0 0 0 105 678 0 9 0 0 68
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000141, oripos=4943269..4944083 strand=1 allelepos=201..1015
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 121 20 55.01 40.00 4.00 3.00 gcaagttaaaaaggctctga
RIGHT PRIMER 1084 20 55.13 35.00 3.00 0.00 tggcttcatcattacacaaa
SEQUENCE SIZE: 1215
INCLUDED REGION SIZE: 1215
PRODUCT SIZE: 964, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,834
0 agtgcatgagatgccattaatgagaaacttgagatttcttctattttcaatctcttgctg
60 tttctggttgtggtgcttgagtcacttgaaacaatcatacacagaaatacccacagatcc
120 cgcaagttaaaaaggctctgacaccaattgtttgtaaatttaactagtatgagttattaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aatgcagagaagtcaagaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattg
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1020 taatcaagaaagacataatatttagagtgaggagataacttatcttttgtgtaatgatga
**** <<<<<<<<<<<<<<<
1080 agccaagtaaggcaaccaaaaattctcaaacatgaataatttgaatgtgttttgttaaaa
<<<<<
1140 tacaaaaaggagatgaattattcaatcatgcactgacaatccgttgattgtaaaaacaca
1200 tttagagaacacttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 54 0 482 239 0 25 0 0 55
Right 860 0 0 0 72 0 597 128 2 18 0 0 43
Pair Stats:
considered 4, high end compl 1, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000142, oripos=4949967..4956892 strand=1 allelepos=201..7126
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 55 20 55.08 50.00 2.00 2.00 atccacagaacagaggtcag
RIGHT PRIMER 7313 20 55.09 35.00 6.00 2.00 tacccaagcttttatggaaa
SEQUENCE SIZE: 7326
INCLUDED REGION SIZE: 7326
PRODUCT SIZE: 7259, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6945
0 cagggcactaatgcctgcttcggttgtggtaagagtgtacacatggtcagagactatcca
>>>>>
60 cagaacagaggtcaggctggaggtaatgctcagcctaggcctaacccacagagtgcaaca
>>>>>>>>>>>>>>>
120 gcagccgagcctcccaagaggaacaaattctatgccctgaagggcagggaggagaaggag
180 aagttcgctaatgtggccatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattctagacaaat
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7140 tgactaagtctgctaactttatccctgtgaagtcttcttacaaaaccgaggattatgcga
7200 gactctacattgatgagattgtgagatgtcataggattcctttgtctatcatttcagaca
7260 gaggatcttattttacttcatatttctagagatctttccataaaagcttgggtacacatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7320 taaaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 202 578 0 15 0 0 60
Right 860 0 0 0 30 0 667 82 5 22 0 0 54
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000143, oripos=5000280..5004267 strand=1 allelepos=201..4188
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 22 54.75 50.00 1.00 1.00 tctctgtctgtctctctgtctg
RIGHT PRIMER 4236 20 54.95 50.00 2.00 0.00 agatagataggtgggtgggt
SEQUENCE SIZE: 4388
INCLUDED REGION SIZE: 4388
PRODUCT SIZE: 4074, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4007
0 atctatctacctacctacctacctacctacctacctatctatctatctatctatctatct
60 atctatctatctatctatctatctctctatctatctatctatctatctatctatctgtct
120 gtctatctgtctctctgtctctctgtctctctgtctctctgtctctctgtctgtctctct
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtctgtctctctgtctccctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcatccacccacc
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4200 cacccacccacccacccacccacccacctatctatctatctatctatctatctcacctat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4260 acttatagagtacaggaaagtatggggttagtataacattgtactaagtatgacacatgc
4320 aaaaacatgtgaaaagggacattttgtttgaaataagatccatgctaaataagaaaaacc
4380 ttcattaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 850 0 0 0 0 0 5
Right 860 0 0 0 10 0 635 155 0 14 0 0 46
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000144, oripos=5100584..5101342 strand=1 allelepos=201..959
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 169 20 55.26 45.00 3.00 0.00 ttggtcctaacccttatcct
RIGHT PRIMER 1149 20 55.10 45.00 4.00 0.00 cataactagggttgtgggaa
SEQUENCE SIZE: 1159
INCLUDED REGION SIZE: 1159
PRODUCT SIZE: 981, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,778
0 caaacttgaatgagacacttaacagctttaacagttggattttaatcaattaataaaagt
60 aactagggtttatgtgttccgcacaggttcataacttgataactcgaactattagaattt
120 tttcctagtatcttgcatgcaaagtgataatttatgtctttctaaatccttggtcctaac
>>>>>>>>>>>
180 ccttatccttacctcatattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAt
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960 aattcgtttcctattatctacctccttggtccggaaagtagcattaaggtgagttctaac
********
1020 gtttgtattccgttaaaaagacttctaaacgaaagaattattaatacatgcaagacacta
1080 ttctagaattgttattttagtttagggtttatctcaatattttcctatggttcccacaac
<<<<<<<<<<
1140 cctagttatggaatttagt
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 781 0 0 0 88 0 513 106 11 9 17 0 37
Right 860 0 0 0 70 0 604 144 1 22 0 0 19
Pair Stats:
considered 6, ok 6
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000145, oripos=5163806..5167620 strand=1 allelepos=201..4015
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 128 20 55.03 50.00 2.00 0.00 ataggagggtaagtgtgggt
RIGHT PRIMER 4050 20 55.00 35.00 5.00 3.00 tcaattcatcaagccttctt
SEQUENCE SIZE: 4215
INCLUDED REGION SIZE: 4215
PRODUCT SIZE: 3923, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3834
0 gatgacttccagattttgggaaaaaatagttattgaattggtttttattaatgagtttaa
60 gtcttccgcattactttatgttgatattacattgaaatgttaaggtttacattggttggt
120 tcgctcacataggagggtaagtgtgggtgccagtcgcaacccgatttgggtcgtgacaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctttgtatcagagccttaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtgatg
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4020 tctttgtaagaaagaaggcttgatgaattgatgaaaggagattaggggatcgggtgtcac
**** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4080 gaaccgacacgtagtattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgcagtattaggggat
4140 cgggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtaga
4200 attaggggatcgggt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 123 0 305 303 2 13 16 0 40
Right 860 0 0 0 0 0 163 622 0 13 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000146, oripos=5206974..5208176 strand=1 allelepos=201..1403
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 102 20 54.15 45.00 8.00 2.00 ctcatgtgtaaacttgacgg
RIGHT PRIMER 1525 20 54.87 45.00 4.00 3.00 caagtccaagctagaagcat
SEQUENCE SIZE: 1603
INCLUDED REGION SIZE: 1603
PRODUCT SIZE: 1424, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1222
0 taccaacacaagagaaataaagataatgaatcttgaaagatgctaatatactcaatctaa
60 tgaacatgatttccaaatgagtatggtataaaagcttgagtcctcatgtgtaaacttgac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ggtaattgttaatgatatagtgcttgttgttgctacatgttgagtatcatagttgatttt
>>
180 atgatattacttggtatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgttttcttcttgtttatttgtggagtgcagcaaacgt
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1440 gccatcgtcttcaactcaacagtaattcaagccagtcttactacatcggaaattcagggt
1500 gagctaatgcttctagcttggacttgatcttcttcttcaagtcttgatgccttatacttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 tggcatggactagcttcttatgtatttttagcttttagaatac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 51 0 726 28 0 26 0 0 24
Right 853 0 0 0 27 0 465 275 6 11 0 0 69
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000147, oripos=5223729..5227416 strand=1 allelepos=201..3888
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 55.06 45.00 5.00 0.00 aaatggagccactacatcac
RIGHT PRIMER 3985 20 55.38 45.00 4.00 0.00 acccgatccatattctatcc
SEQUENCE SIZE: 4088
INCLUDED REGION SIZE: 4088
PRODUCT SIZE: 3963, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3707
0 caaaacggacaaggtgatgggcaaaatggagccactacatcaccacaaggtaggggcaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggacagatgaacgatagggcccattgttacgctttccctgggcggtctgaagcggaggca
120 tctgatgctgtcatcacaggtaatcttttggtttgtgattgcatggcttctgtattgttt
180 gatcctggatccacattttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTagtgagattagg
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3900 ggatcgggtgccacgttccggtaccaggatagtatatgaggatcggagtgtcacgttccg
3960 acaccaggatagaatatggatcgggtgccacgttctggtaccaggatagtatatgaggat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4020 cggagtgtcacgttccgacaccaggatagaatatggatcgggtgccacgttccagtacaa
4080 ggatagaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 0 0 157 621 2 13 0 0 54
Right 852 0 0 0 0 0 258 516 3 13 0 0 62
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000148, oripos=5232736..5234477 strand=1 allelepos=201..1942
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 45 20 55.42 40.00 4.00 2.00 acccaagatcccataaattc
RIGHT PRIMER 2046 20 54.77 40.00 4.00 2.00 ttgttatttgtggagtgcag
SEQUENCE SIZE: 2142
INCLUDED REGION SIZE: 2142
PRODUCT SIZE: 2002, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1761
0 ccaattgaaggattgtctaatatatcgtattaagggagaaaaggaacccaagatcccata
>>>>>>>>>>>>>>>
60 aattctcaaaactcggatgctccaaaaaagaattaatttattgtcacgacccaaatcggg
>>>>>
120 ccgcgactggcacccaaacttaccctcctatgtgagcgaaccaaccaatctaaaccttag
180 catttcaatataatatcaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgctagaagcattagctcaccctgaaatccggtgtgatt
*******************************
1980 gaagattggctagaattacggttgagttgaagacgacggcacgtttgctgcactccacaa
<<<<<<<<<<<<<
2040 ataacaaagaagaaaacataaaagtagtgggtcagtacaaacacaagtactgagtaggta
<<<<<<<
2100 tcatcggccaactccaaatagaaaacaatatatatgaagtaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 46 0 310 376 0 8 12 0 62
Right 860 0 0 0 58 0 397 340 0 14 0 0 51
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000149, oripos=5235534..5235569 strand=1 allelepos=201..236
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 20 54.96 35.00 4.00 3.00 ttaacaaggggttttcaaga
RIGHT PRIMER 301 20 54.57 35.00 8.00 0.00 tgggttaattcaccatcttt
SEQUENCE SIZE: 436
INCLUDED REGION SIZE: 436
PRODUCT SIZE: 301, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,55
0 attaacaaggggttttcaagatttgggattcaatagcttcatcatgcttacttcatcaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 attatataatcacattcatgcaagcatacaatttagcatatagaagactttacaatacaa
120 cccaacacatatcattcgctattaagagttaactacgaatagtataaaaaccataaccta
180 cctccaccgaagattagaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttca
**************************************************
240 aaccctctctcttttaccctaattagcatataattaagtataaaagatggtgaattaacc
***** <<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 cattaattaattcaaggttacctcttttaacccctaagtaattagacttattaacattaa
<<
360 cccactaactttataattaaagcaggaatagtccaaaacgccctttaaattacttaactc
420 aaatccgacccagcct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 32 0 640 102 0 23 0 0 58
Right 860 0 0 0 136 0 590 85 0 23 0 0 26
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000150, oripos=5307130..5307150 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 115 20 54.91 45.00 2.00 0.00 cttggtgtcttgtgtgattg
RIGHT PRIMER 409 20 54.82 45.00 1.00 0.00 ccaagagaagacaaacaacc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 295, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ggcacttgttttgtggccaattttggagaaaaatattgttactcttggttattacagtgg
60 agttttccgtcccgtggttttttactcttcacatcgaagggttttctacgtaaatcttgg
>>>>>
120 tgtcttgtgtgattggtttattattgctttgttatatttgtttggttgaattacttgctg
>>>>>>>>>>>>>>>
180 ccttactatcatattgcttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattgttactcttggttat
****************************************
240 tacagtggagttttccgtcccgtggtttttttactcttcacatcgaagggttttctacgt
300 aaatcttggtgtcttgtgtgattggtttattattgctttgttatatttgtttggttgaat
360 tacttgctgccttactatcatattgcttgtggttgtttgtcttctcttggttcaaatcga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 42 0 475 198 0 14 17 0 51
Right 798 0 0 0 33 0 494 164 0 14 18 0 75
Pair Stats:
considered 3, high any compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000151, oripos=5308803..5308823 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 55.02 50.00 8.00 0.00 gagtcatatgagcgagaagg
RIGHT PRIMER 331 20 55.12 40.00 3.00 1.00 aaaaggaccacacaaatcag
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 189, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cagtggaagctaactagaggtttgatggttgtggcccgtggggacaagttgtctaacttg
60 tatgtatttctgggctccatgtccaaagactcagtaaattttgtggagaattacacttca
120 tcagagttatggcatagaaggctgagtcatatgagcgagaaggggattgatagtttggct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aagaaaaatttgctttctggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtgtgttcattgcttagccg
****************************************
240 gtaaacagaaaagagtttcttttcagagtcatccgccttcaagaaagcttgatttgctag
300 agttggtacattctgatttgtgtggtccttttaaggtaagatctcatggtggtgcacttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 actttgtgacttttattgatgatcattttcacaaactctaggtatttcctttgaagtcca
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 0 0 476 305 2 13 0 0 55
Right 860 0 0 0 5 0 567 202 0 33 0 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000152, oripos=5338745..5339493 strand=1 allelepos=201..949
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 4 20 55.12 40.00 2.00 0.00 acagaaagtaatgcggaaga
RIGHT PRIMER 1129 20 55.00 30.00 5.00 1.00 tcccaaatcttgaaaagaaa
SEQUENCE SIZE: 1149
INCLUDED REGION SIZE: 1149
PRODUCT SIZE: 1126, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,768
0 ataaacagaaagtaatgcggaagacttaaactcataagtaaaatcaataatcaacttcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tatctcaaaaacttatcattatccccagaatctggaagtcatcatcacaagaacatctat
120 aatcaaattactaaactaagagtattctaagaagctaaaaatacataagaagctagtcta
180 tgccggaagttcaaggcctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgcacccgatcc
**********************************************************
960 atattctatcctggtgtcggaacgtgacactccgaacctcatatactatcctggtaccgg
1020 aacgtggcacccgatcccctaatctcactattttcattcatcaagccttcttttatgcca
1080 agacatgatcattaacaaagtagattagggtttcttttcaagatttgggattcaatagct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 tcatcatac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 113 0 608 48 8 16 0 0 34
Right 860 0 0 0 0 0 447 322 0 15 0 0 76
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000153, oripos=5343059..5347223 strand=1 allelepos=201..4365
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 131 20 54.98 40.00 3.00 2.00 aatagcagtctttggcacat
RIGHT PRIMER 4526 20 54.99 40.00 4.00 2.00 taagggacgtttttggacta
SEQUENCE SIZE: 4565
INCLUDED REGION SIZE: 4565
PRODUCT SIZE: 4396, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4184
0 tcaataaatacgatcacgaagaggtccaaatatggcttaaaaatcccgttcatcaagctc
60 atgaacgcagtaggggcattcgtaagaccaaaggacatcactacaaattcgtaatgccca
120 cacctcatttgaatagcagtctttggcacatacgttgcccgtattttcaattgatgataa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ccggatctcaagtcaatcgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtttcttttaccctaa
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4380 ttagtatataattaagaataaaatatggcaataataccccactaattaacttagggttac
4440 ctcttttaacccctcaagaattttagttattaatataaccccacgaaatccatatttaag
4500 gaaagaatagtccaaaaacgtcccttaaaacttcaccagaaatccgactctgcctgggat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4560 ttgcg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 3 0 265 456 4 36 0 0 90
Right 860 0 0 0 139 0 444 192 0 20 0 0 65
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000154, oripos=5532755..5533238 strand=1 allelepos=201..684
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 54.99 40.00 4.00 0.00 gttaatgatgatgccttggt
RIGHT PRIMER 715 20 54.97 50.00 4.00 0.00 gcgtagtcgttgctctagtt
SEQUENCE SIZE: 884
INCLUDED REGION SIZE: 884
PRODUCT SIZE: 703, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,503
0 cctaatctactttgttaatgatgatgccttggtataaaagaaggcttgataaatgaaagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agtgagattaggggatcgggtgccacgttccggtgccaggatagaatatggatcgggtgt
120 cacatttcgacaccaggatagaatatggatcgggtgccacgttccggtaccaggatagaa
180 tatggaccgggtgtcacgttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgcagatggttagaactagagcaacgactacgccaac
********************************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 accaacaccagcaccggcgggacagggtgcgtctgagccagccactggagctgtagctcg
780 aggaagagcagcggcaagaggccgtggtagaggtcgtgggaggacgtcctctaggggaag
840 aggacgagcacctagcccatctgatactagggcagtgactcctc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 343 429 0 16 0 0 67
Right 849 0 0 0 2 0 66 727 3 24 0 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000155, oripos=5536277..5538953 strand=1 allelepos=201..2877
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 55.01 35.00 7.00 2.00 gcaaaatgtcccatttgtat
RIGHT PRIMER 3005 20 55.00 30.00 5.00 2.00 tttcttttcaagatttggga
SEQUENCE SIZE: 3077
INCLUDED REGION SIZE: 3077
PRODUCT SIZE: 2999, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,2696
0 tgactaagcaaaatgtcccatttgtatggtcggatgagtgtgaggaaagcttccagaagc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcaagactctgttgactactgcaccaattctcaccttgccagtggaagataagaatttca
120 ttgtctattgtgatgcatcctattcaggtttgggtgcagtgctaatgcaagagaagaatg
180 tgattgcttatgcttcaagaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaat
************************************************************
2880 gatatgtgttagtagtattatgaaccttctatatgcttaattgtatgcttgcatgaatga
******
2940 tgtgattatgtaattatgaataaataagcataatgaagctattgaatcccaaatcttgaa
<<<<<<<<<<<<<<
3000 aagaaaccctaatctactttgttaatgatgatgccttggtataaaaaaaggcttgatgaa
<<<<<<
3060 tgaaagtagtgagatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 839 0 0 0 1 0 343 368 5 44 0 0 78
Right 798 0 0 0 83 0 546 77 0 28 18 0 46
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000156, oripos=5540149..5540169 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 55.14 30.00 5.00 3.00 gcatttccatcaaattgttt
RIGHT PRIMER 386 20 54.99 45.00 3.00 2.00 acttacttgtgcctccgata
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 217, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 actattcgggcatagccatctaaatcatcaatatcataataactaacatttttttcaaaa
60 aaattgtcatcatctaatgatctcaatttacctctaaataagtaattaataatttcatat
120 gcttcaattaatcaactctaatttcaaagaactttgtgacttcgttatctgcatttccat
>>>>>>>>>>
180 caaattgtttcttatgaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatgg
>>>>>>>>>>****************************************
240 aagcttatatttgcattgagattttggattcatagaactgctctctaaattttggtgtat
300 tgattaacctagtgatgcggtaatttcaatatggttattgatgagcaaatttggtggtta
360 ccatgtttatcggaggcacaagtaagttgctaaaaaggagaaaaagacaaattaaaaatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 264 0 451 79 0 7 8 0 21
Right 860 0 0 0 35 0 565 146 0 36 0 0 78
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000157, oripos=5604493..5604955 strand=1 allelepos=201..663
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 20 54.93 35.00 5.00 3.00 tccatgtatttggcatacaa
RIGHT PRIMER 695 20 54.49 35.00 2.00 0.00 tccccttttattgtcttttg
SEQUENCE SIZE: 863
INCLUDED REGION SIZE: 863
PRODUCT SIZE: 691, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,482
0 tcctctccatgtatttggcatacaaggaagatagttctacaagaattaaaaacaatagaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aagtaaatcaagaaaatattgactaaagtttagtaataagtttaacttaatctaaaagct
120 aatttccccggcagcggcaccaaaatttgatatgctcaaacttacttctcaaataataag
180 ttaagcggtcgtatcaagtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNAtctccttaaaaaacaaaagacaataaaaggggagttgttatttctaaattaataaag
************ <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 ataactaactaaattaaagtaactaactaacagattcaaatattggagtttaatcaatta
780 ataaaagtaactagggtttaagtgttctccataggttcctaacttgataattataactat
840 aataattctttcctattatcttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 240 0 436 152 0 5 0 0 22
Right 860 0 0 0 355 0 468 8 0 2 0 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000158, oripos=5680645..5684369 strand=1 allelepos=201..3925
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 94 20 54.90 45.00 7.00 0.00 acaaggtgcttgtgtcttct
RIGHT PRIMER 4012 20 54.99 45.00 6.00 2.00 catgggaggttaacacaagt
SEQUENCE SIZE: 4125
INCLUDED REGION SIZE: 4125
PRODUCT SIZE: 3919, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,3744
0 gttttcgaatgtgtatagactacagacaactaaacaaggtaaccataaagaaaaagtatc
60 ctcttccccgcattgatgacttgttcgatcagttacaaggtgcttgtgtcttctctaaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgacttgagatccggttatcatcaattgaaaatacgggcaacggatgtgccaaagattg
180 cttttcgaacgaggtatgggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtagtcttaagggatttgagagtttgggttaggggg
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3960 agaatttgtggatcacaagtttgacacgttatcacttgtgttaacctcccatgtattctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4020 agtgaattggtagaggttgtttctctctgtattttgtactctcatatttatagtggattg
4080 ctcatctcctttgtggatgtaggtggattgactgaaccatgttaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 3 0 472 307 2 37 0 0 34
Right 858 0 0 0 5 0 515 217 6 22 0 0 93
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000159, oripos=5691162..5697492 strand=1 allelepos=201..6531
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 101 20 55.07 50.00 3.00 3.00 gttccgacaccaggatagta
RIGHT PRIMER 6707 20 54.87 40.00 5.00 1.00 tggaagtcatcatcacaaga
SEQUENCE SIZE: 6731
INCLUDED REGION SIZE: 6731
PRODUCT SIZE: 6607, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6350
0 agtatatgaggatcggagtgccacgttccggcaccaggatagtatatgaggatcggagtg
60 tcacgttccgacacaaggatagcatatggatcgggtgccacgttccgacaccaggatagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atatggatcgggtgccacgttccggtaccaggatagaatatggatcaggtgtcacgttcc
>
180 gacaccaggataatatatgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcttcattac
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6660 ttagaattagtaatttgaggatagatgttcttgtgatgatgacttccagattttggggat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6720 aatgataagtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 217 572 0 22 0 0 44
Right 850 0 0 0 55 0 460 253 4 20 0 0 58
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000160, oripos=5707910..5708513 strand=1 allelepos=201..804
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 91 20 55.34 45.00 4.00 2.00 cattaaggcgagttctaacg
RIGHT PRIMER 838 20 54.96 45.00 3.00 2.00 attacaccaagtatgggacg
SEQUENCE SIZE: 1004
INCLUDED REGION SIZE: 1004
PRODUCT SIZE: 748, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,623
0 taccaatcaatactagcctattagatagtatacactaaatctatgttaataattcttttc
60 ctattatctacctccttggtccggcaagtagcattaaggcgagttctaacgttgatcatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcgtcatggactccgtcgtcccatacttggtgtaatt
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840 tcttctgccgctttcttcattcacctcgaaggcaagtgtgacgtaccgtcgtaggcacaa
900 cggtccgtcgagggtcttcgtttcaaaatacttcaactcttggaatctgggtactgggat
960 cacttctctgatcttcacgacgaacctgcaggacggaccgtcac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 107 0 558 139 3 22 0 0 22
Right 860 0 0 0 0 0 222 556 0 9 0 0 73
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000161, oripos=5743034..5750187 strand=1 allelepos=201..7354
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 20 55.18 45.00 4.00 2.00 tcccctaaatctatgtgtcg
RIGHT PRIMER 7434 20 54.97 40.00 6.00 2.00 gtggaaatttgggtctatga
SEQUENCE SIZE: 7554
INCLUDED REGION SIZE: 7554
PRODUCT SIZE: 7434, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,7173
0 atcccctaaatctatgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaaatctacgtgtcggttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtgacacccgatcccctaatactacgtgtcggttagtgacacccgatcccctaatactac
120 gtgtcggttcgtgacacccgatcccctaatactacgtgtcagttcatgacacccgatccc
180 ctaattctacatgtcggttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtgcgcaacctgtgactggtcgtcgtg
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7380 cctgcgacggtccgtcctgcaggtcgtcgcaaagttcatagacccaaatttccaccaagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7440 gtctttgacggtccgtcacacctgtgacggtccgtcctgccatttcgttacgaagttcag
7500 agagtcaattttcagtacccaatttttagtttttctaagtgttttgaaacgaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 214 564 0 30 0 0 47
Right 838 0 0 0 18 0 270 504 9 10 0 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000162, oripos=5783937..5785372 strand=1 allelepos=201..1636
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 100 20 55.06 45.00 4.00 0.00 atgcactaacaccaatcctc
RIGHT PRIMER 1755 20 54.94 40.00 2.00 0.00 cacaaatgaagaaagaaggg
SEQUENCE SIZE: 1836
INCLUDED REGION SIZE: 1836
PRODUCT SIZE: 1656, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1455
0 atcatttggctatcaatcccgattaatctcatcaaatctacgcaatgctatcactattag
60 gcttgaattttgtgggattcgaatataacacagactcaccatgcactaacaccaatcctc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttcaatttctcaccgaggtgctaacaattccggtattgcaactagtgtcctcacattaga
180 acaaaatcctcatttttcatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNActttagtgactttttgccctccttgacatatcgtgtaaaccttc
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1680 cactttctatcactttatctcgcccagtttctcccattctttcaccttgctattttccct
<<<<
1740 tctttcttcatttgtgtaagtgactcttttcctttttttcaatgagttattgagtcactt
<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 tacttttattctttctctctctttgttttttcaacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 843 0 0 0 0 0 439 276 3 42 0 0 83
Right 781 0 0 0 5 0 512 176 0 4 28 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000163, oripos=5791300..5791954 strand=1 allelepos=201..855
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 150 20 54.98 35.00 4.00 3.00 tcaactttttgcccaatact
RIGHT PRIMER 986 20 54.89 45.00 3.00 2.00 gagaagtgttccaaatcagc
SEQUENCE SIZE: 1055
INCLUDED REGION SIZE: 1055
PRODUCT SIZE: 837, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,674
0 caaccccgtgtagtgattgccatgcagtgcacatcattatttggattttggacagtgttg
60 ctaggaagagtgcctggttgtcgtgtgttcactgtcgcagataattgggccacttgcagt
120 ttcatctgtttaatcgaaattgcatgtgtatcaactttttgcccaatactagctaaatca
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180 cacctcagctctttaatgtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNCtcagcataagggcattctccataagatccacctgttatagtgtcc
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900 aacactgctttattgttatcatcctgtccctgatagaagtattccttcagtgactcatca
960 tcaatacgctgatttggaacacttctcaagaatgaggtgaagctatcccaagaactacta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 actgactctcctggtagtgccacaaagttattcat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 323 412 0 49 0 0 71
Right 860 0 0 0 0 0 572 168 0 21 0 0 99
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000164, oripos=5805610..5807808 strand=1 allelepos=201..2399
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 168 20 54.50 40.00 5.00 3.00 tgttttataccacggtgttg
RIGHT PRIMER 2467 20 54.96 35.00 2.00 0.00 ttgttcgttattgatgtgga
SEQUENCE SIZE: 2599
INCLUDED REGION SIZE: 2599
PRODUCT SIZE: 2300, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2218
0 ttctcttagttgttactaattattgcaaacgttattcgcaatcttttacattctttagtg
60 ataataatatgagttctcatagttattacagtaattatatttatatttcatctttcctta
120 tattaacctttgaccaatagtttttcatattattataccgtctctgtatgttttatacca
>>>>>>>>>>>>
180 cggtgttgaagtataagaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCt
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2400 ttcttgttcatttgttctaacaatttgaagatagttgtctctatggcatccacatcaata
******** <<<<<<<<<<<<
2460 acgaacaatgttccatctttgcctaatactaattttgaaatatttgatggaaaagacttt
<<<<<<<<
2520 tctagatggcgtggaaagatggaattctttttaagacgattaaagttagcgtatgttctt
2580 gagaaaccttatcctgagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 191 0 599 34 0 8 0 0 23
Right 848 0 0 0 55 0 580 140 11 20 0 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000165, oripos=5810756..5813149 strand=1 allelepos=201..2594
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 160 20 54.94 45.00 4.00 2.00 gatatgctgatctttggagc
RIGHT PRIMER 2740 20 55.25 40.00 6.00 0.00 cacgtatttgaattctcggt
SEQUENCE SIZE: 2794
INCLUDED REGION SIZE: 2794
PRODUCT SIZE: 2581, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2413
0 aacaagctccaaaacaagtgaatgagaaatttagaaaagtaatgatttctaagggctact
60 caatcaatggttgtgatatttgtatatttagcaaattgatatttgtatatttagcaaatt
120 tcaagaaaaatctggtgttataatttgtctttatgtagatgatatgctgatctttggagc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgatattgaaagagtcaaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNCattcatgttcatttgttctaacaagaactatgtctttttgggatgt
***********************
2640 aagataaacatgtgattatatgtatgatttcacttatctatggacaatcagataattata
2700 tttgatttatgtgcacaatcaaccgagaattcaaatacgtgagccaacaacacaaacgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2760 atctattttatatgttatgacttataaataaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 194 0 551 58 0 6 0 0 46
Right 860 0 0 0 155 0 531 132 0 12 0 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000166, oripos=5824126..5825521 strand=1 allelepos=201..1596
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 33 20 54.94 40.00 4.00 2.00 gatgggttttccatatacga
RIGHT PRIMER 1705 20 54.73 40.00 4.00 0.00 cgtttttgactattcctgct
SEQUENCE SIZE: 1796
INCLUDED REGION SIZE: 1796
PRODUCT SIZE: 1673, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1415
0 accattgtttatgaatctcaagaacaagttcaagatgggttttccatatacgaatcatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 attttaataggttttcaactagatagagttatggtgatcttcatctatagttatcttttc
120 atctagagagccattctcaaagatttcgaaaggaaaaatatgataaaaaactttcttctt
180 aaatattccacgggttctttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCaataatgccccactaattaactta
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1620 agattacctcttttaaccaccaagtaattagacttattaacattaacccactaactttat
1680 aattaaagcaggaatagtcaaaaacgtcccttaaaacgtatcaagaaatccgtcccagac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 tgggattgcgcaacctgcgacgggccgtcgtgcctgcgacggtccgtcctgcaggt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 840 0 0 0 157 0 559 61 0 16 5 0 42
Right 860 0 0 0 49 0 442 326 0 9 0 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000167, oripos=5826869..5829181 strand=1 allelepos=201..2513
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 101 20 54.90 40.00 5.00 3.00 ttgaatcgtcctttcagact
RIGHT PRIMER 2641 20 54.97 45.00 3.00 1.00 atacccccttacagaatggt
SEQUENCE SIZE: 2713
INCLUDED REGION SIZE: 2713
PRODUCT SIZE: 2541, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2332
0 gagtgatagctattattgtatgaaaactccgctaagggtaggaagctatcccaatggcca
60 ccaaactctatcacacatacacgaagcatatcctccaacacttgaatcgtcctttcagac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgaccatcggtctgaagatggaacacagtactaagatccaacctagtacccaattccgca
>
180 tgcaatgttttccaaaacctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttctctt
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2520 cacaacaaaaccggagcaccccaagaagatgcacttggtctaataaagcctttgtttaac
**
2580 aactcttgaagttgggcttttaactctcttaactatgcgggaaccattctgtaagggggt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2640 atagaaatggggcgagtacccggttcaaggtcaatacaaaattcaatatccctatctggc
<<
2700 ggtataccaggaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 2 0 366 389 1 30 0 0 67
Right 859 0 0 0 4 0 377 374 7 24 0 0 73
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000168, oripos=5930874..5931759 strand=1 allelepos=201..1086
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 155 20 54.98 40.00 3.00 0.00 atcgtaatgtgagcgagttt
RIGHT PRIMER 1222 20 55.09 40.00 4.00 0.00 acatgaataaaggttcggtg
SEQUENCE SIZE: 1286
INCLUDED REGION SIZE: 1286
PRODUCT SIZE: 1068, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,905
0 ccaggttagataattgttattccccgaatcgtctaccaaagatctctctagatgggggta
60 tcagttgaagcgtaactgttttatctaccttgggctagcctcttttcgtagagttagaaa
120 cgattgaagctttcatggctccttctagaaaagagatcgtaatgtgagcgagtttgaaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cttccatcgaaggcactttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNAtatttacttgtgtccactcttctagtaccaagcacttaagaccctcccaacttc
***************
1140 aaaagaaatatatgcatcaaggcaagcataacatatcgaaggcactttcaaagtggaaag
1200 aatcaccgaacctttattcatgtaaggaaggaagatacgtcttatctcgacaagaaagaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 gatctgctcatccgaaactagaccac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 462 275 0 46 0 0 72
Right 844 0 0 0 3 0 490 232 10 34 0 0 75
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000169, oripos=5995792..5997068 strand=1 allelepos=201..1477
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 52 20 54.75 40.00 4.00 2.00 tcatttagacaccatgacca
RIGHT PRIMER 1662 20 55.06 45.00 3.00 1.00 gaatcctctcacatccttga
SEQUENCE SIZE: 1677
INCLUDED REGION SIZE: 1677
PRODUCT SIZE: 1611, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1296
0 taacatcataacatacatagtagtagacaatagtgaatataagaactacctttcatttag
>>>>>>>>
60 acaccatgaccaatactacttttaacatgcatgtgagggagtgtgtgtgtacatttgtca
>>>>>>>>>>>>
120 acatgatcacacaatggcgatcaataacatattgaggcatccaccgtcttagaccataat
180 ataccttcaagcatagagcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCacatattatcatcataagcacat
**********************************************
1500 gctcatattttcatcaattcgctttcacggccatggtcagcacatatagagatttgacaa
1560 tgaagtaaacaccaccaccccgaagttcttgagcttcacaaacaatggaggtttgaacgg
1620 aaatgtttttggagggaaaggcttcaaggatgtgagaggattctagattagggtgat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 0 0 587 185 8 21 0 0 35
Right 860 0 0 0 0 0 344 430 0 33 0 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000170, oripos=6026556..6027017 strand=1 allelepos=201..662
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 68 20 54.94 40.00 3.00 2.00 ttgaaagggaggtgagttta
RIGHT PRIMER 797 20 54.96 40.00 5.00 3.00 tggtctaatgaagcctttgt
SEQUENCE SIZE: 862
INCLUDED REGION SIZE: 862
PRODUCT SIZE: 730, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,481
0 gactttgtgatagaagtggaaggagtgaagccagacgacttcaccacaacatcgacatca
60 aaaaggctttgaaagggaggtgagtttaatggttcttacactagaggacagggttcggga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 agttactcagtccgaccaattcagtcttcactacagactgtagttgggggaccacctcag
180 accggtcaacacttctccgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NTggatattgacttctgtattgatcttgaacccggtactcgccccatttctataccccct
***********
720 tatagaatggctcccgcggagttaagagagttaaaagcacaacttcaagagttattgaac
<<
780 aaaggcttcattagaccaagtgcatctccttggggtgctccggttttgtttttaaagaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 aaggatgggagttttcgaatgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 0 0 314 447 4 14 0 0 71
Right 860 0 0 0 3 0 360 409 0 22 0 0 66
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000171, oripos=6028101..6031763 strand=1 allelepos=201..3863
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 54.97 45.00 8.00 0.00 gtgatgcatcctattctggt
RIGHT PRIMER 3933 20 55.05 45.00 6.00 0.00 tcaggccttctctataccaa
SEQUENCE SIZE: 4063
INCLUDED REGION SIZE: 4063
PRODUCT SIZE: 3876, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,3682
0 ttgactaccgcacctatccttaccttgccagtagagggtaagaacttcattgtttattgt
>>
60 gatgcatcctattctggtttgggtgcagtactaatgcaagagaagagtgtgattgcttat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gcttcaacacaattaaaagtgcatcaacgtaactatcccactaatgatttggaattggct
180 gcggtagtgtttgcattaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcttggtatagaagaaggcttgatgaattaaagtaata
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3900 ggattgatgatgccttggtatagagaaggcctgatgatttacagaatgatgtaggggatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3960 gggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtacaa
4020 ttaggggatcgggtgtcactaaccgacacgtagaattagggga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 0 0 488 240 5 42 0 0 74
Right 860 0 0 0 6 0 310 457 0 18 0 0 69
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000172, oripos=6063487..6064809 strand=1 allelepos=201..1523
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 55.04 40.00 4.00 3.00 taaatccccatgttagttgg
RIGHT PRIMER 1597 20 55.10 35.00 4.00 0.00 gattccaattctttggtgaa
SEQUENCE SIZE: 1723
INCLUDED REGION SIZE: 1723
PRODUCT SIZE: 1478, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1342
0 tttacgcctagacactctaaagctaggattttcccttttatagtttggtaataactcatc
60 caagtaaatcttcatttacgggagacctacattgttggacctaaccttttctatatcaac
120 taaatccccatgttagttggcttggatgtcgtaacggttctgtcacgacccaaatccggg
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtacatatcattcactattaagagtttacatatgaagc
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1560 atgaaaccataacctaccttcaccaaagaattggaatcaacaagcaatttcccaagcttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 gatattccctctgcctcttgatcgacaaatttctctctctccttgttctctctattttct
1680 ttattcaaaccctctttcttttaccctagttaacatataatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 7 0 501 254 0 23 0 0 70
Right 860 0 0 0 8 0 533 219 0 28 0 0 72
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000173, oripos=6102870..6103920 strand=1 allelepos=201..1251
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 128 20 54.61 30.00 5.00 3.00 attgaatcccaaatcttgaa
RIGHT PRIMER 1335 20 55.03 40.00 3.00 3.00 caaaacctggaagtcatcat
SEQUENCE SIZE: 1451
INCLUDED REGION SIZE: 1451
PRODUCT SIZE: 1208, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1070
0 tgctttcatagtaaactcttaatagagaatgatatgtattggtagtattgtaaaccctac
60 tataagcttaattgtatgtttgcgtgaatatgattatgtgattgtgataagataagcatg
120 atgcaaatattgaatcccaaatcttgaaaggaaactttaatatacattattaatgatgat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gccttggtatagacgaaggcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttcttatgt
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1260 atttttagcttttagaatactcttagtttagtcatttgatcgtagatgttcttgtgatga
<<<<
1320 tgacttccaggttttgggaataatagatgttgaatattgatagttattgaattgatttta
<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 ttaatgagataagtcttccgcattattttctgctattattacattgaaatgttaaggttt
1440 agatttgttgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 72 0 673 50 1 20 0 0 39
Right 860 0 0 0 171 0 557 72 0 8 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000174, oripos=6105666..6109491 strand=1 allelepos=201..4026
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 55.10 50.00 3.00 0.00 gtcccagaccaagttacaga
RIGHT PRIMER 4222 20 55.03 45.00 4.00 2.00 catagacacatgcaataccg
SEQUENCE SIZE: 4226
INCLUDED REGION SIZE: 4226
PRODUCT SIZE: 4060, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3845
0 agaggacagggttcgggaagttactcagtccgaccaattcagtcttcactacagactgta
60 gttgggggaccacctcagaccggtcaacacttctatgagggacatatgattgactccaaa
120 gaatgttatggatgtggggagattggacatattaggagaaattgtcccagaccaagttac
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agacccccaatagctagagaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNTtagagttcatggaaggtgaacaagtcttgttgaaggtttcgccaatgaaagggg
***************
4080 tgatgcgatttggtaagcgaggtaaacttagcccaaggtatattggtccatttgaagtac
4140 ttaagcgagtaggggaggtggcttatgagttagccttgcctccagggatgtccggagtgc
4200 atccggtattgcatgtgtctatgttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 0 0 376 374 4 16 0 0 80
Right 852 0 0 0 0 0 252 523 9 22 0 0 46
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000175, oripos=6155805..6159621 strand=1 allelepos=201..4017
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 89 20 55.06 45.00 3.00 3.00 gtgttgttttaggtcacggt
RIGHT PRIMER 4082 20 55.28 45.00 2.00 2.00 atgtaaaccctgctatgtgc
SEQUENCE SIZE: 4217
INCLUDED REGION SIZE: 4217
PRODUCT SIZE: 3994, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3836
0 ggcctttggtgttcatactttacttgttgacagtttggacacttggcaataaagtcaaca
60 atataaagcttcattctactccaccaaaagtgttgttttaggtcacggtacatcttggtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gcacccggatgtatcgaataccttgaactatgagcttctatcagaatagtgttgatcaaa
180 tcatcaacacagggcacacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAata
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4020 taattacaattatataatcacgttcatgcatgcatacaattaagcacatagcagggttta
****** <<<<<<<<<<<<<<<<<
4080 catactaccaatacatatcattctctattaagagtttactatgaaagcatgaaaaccata
<<<
4140 acctacctccaccgatgattcgtgatcaagcaagtgatttcccaagctttgtgttttttc
4200 ctctcgttcgatcctct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 8 0 560 198 2 14 0 0 71
Right 790 0 0 0 4 0 443 240 5 17 17 0 64
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000176, oripos=6162093..6162113 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 55.20 45.00 4.00 1.00 atattctatgctggtgtcgg
RIGHT PRIMER 382 20 55.04 35.00 4.00 2.00 ttgtgaatgatgatgcctta
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 312, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 taatccttgtgtcggaacgtgacacccaatccatatatactatccttgtaccggaacgtg
60 gcacccgatccatattctatgctggtgtcggaacgtgacactccgatcctcatatactat
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120 cctggtaccggaacgtggcaccctatccatattctatcctggtgtcggaacgtgacactc
180 cgatcctcatatactatcctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgtatcggaacgtggcaccc
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300 accggaacgtggcacccgatcccctaatatcactactttcattcatcaaaccttctcgta
360 tactaaggcatcatcattcacaaagtagattagggtttctttttcaagatttagaattca
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420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
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sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
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Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000177, oripos=6169028..6172535 strand=1 allelepos=201..3708
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
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RIGHT PRIMER 3771 20 55.06 45.00 3.00 2.00 tactatgtgtcggttcgtga
SEQUENCE SIZE: 3908
INCLUDED REGION SIZE: 3908
PRODUCT SIZE: 3617, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,3527
0 atcaatgaggactcaagcctccccatcatactcatttgggaattaaattcattaaattaa
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120 ccaatccatatatactatcctggtaccggaacgtggcactccgatccatattctatcctg
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180 gtgtcggaacgtgacactatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 cgaaccgacacatcatattagtggatcgggtgtcacgaaccgacacatagtattagtgga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3780 tcgggtgtcacgaagcgacacatagtattagtggatcaggtgtcacgaatcgacacatag
3840 tattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacatagtattagtggatcgggtgtcacgaat
3900 cgagacat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 147 0 320 316 3 19 0 0 49
Right 858 0 0 0 0 0 366 414 2 21 0 0 55
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH03_000178, oripos=6197988..6203289 strand=1 allelepos=201..5502
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 19 20 54.96 45.00 4.00 1.00 aagtagaattaggggatcgg
RIGHT PRIMER 5542 20 55.03 40.00 4.00 0.00 ctcaacgtgtagcaaaacaa
SEQUENCE SIZE: 5702
INCLUDED REGION SIZE: 5702
PRODUCT SIZE: 5524, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,5321
0 tcgggtgtcacgaaccgacaagtagaattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aattaggggatctggtgtcacgaaccgacatgtagatttaggggatcaggtgtcacgaac
120 cgacacgtagatttaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtagatttaggggatcggg
180 tgtcacgaaccgacacgtacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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