PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000001, oripos=10712..10732 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.99 40.00 2.00 0.00 tgaagtcgtgtgtgtgtttt
RIGHT PRIMER 330 20 54.95 40.00 8.00 2.00 ttgatcgatcctcttgctat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 161, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cataagtaatactaccatatatggtagtatgtataaaattaatactatatttgaattgca
60 atttccaattccgcatatatgtataaataattatgtgcagaataataaaaaataaaaaat
120 atagtacatgactaactaaactctacataactaatctcgaaatttcctaatgaagtcgtg
>>>>>>>>>>
180 tgtgtgttttgttttgggttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttccatgcaaatatttcta
>>>>>>>>>>****************************************
240 atacgtgcaaagatgtatgagaagtcgccctcaaatgcaagatatattaaattgttggaa
300 ttttcataggtatagcaagaggatcgatcaacatctactcatataatgcatattggtcca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 tcacaattaatgttataaaggtccataaatatcttctttcattcttatcctcattgtgtg
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 258 0 479 50 5 12 5 0 17
Right 860 0 0 0 79 0 603 113 0 27 0 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000002, oripos=15117..15137 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 56 22 54.71 27.27 4.00 0.00 tgtctttgtttgtaatttttgg
RIGHT PRIMER 352 21 54.04 38.10 6.00 2.00 ccacacttaatcacatgtttg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 297, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 atatatatgcttactatttttcaatgagtttgttcttttagtaggttttaaaaacatgtc
>>>>
60 tttgtttgtaatttttggattttaacttccaataatgatatatttaaatgacaatattaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aggacattttgatatattttacatatctttcgtttaagtaagattcaaattattttttag
180 ttttcttaaactttgtatcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
300 atatataaattataatttcaaaaattacaattcaaacatgtgattaagtgtggtgttatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gataatttcatacaatcatctattaataaaacatataatagattataatttaatttatat
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 346 0 504 0 2 1 0 0 1
Right 860 0 0 0 654 0 200 1 0 3 0 0 2
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000003, oripos=551657..551938 strand=1 allelepos=201..482
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 59 21 55.16 33.33 5.00 1.00 tcgattttcaatctcttctca
RIGHT PRIMER 577 20 55.15 45.00 2.00 2.00 ccaatactcatagccccata
SEQUENCE SIZE: 682
INCLUDED REGION SIZE: 682
PRODUCT SIZE: 519, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,301
0 atcaattatactttttgagaataattaaaaaatggtggaatacatagtataaacatcaat
>
60 cgattttcaatctcttctcaatttaaggtttttttatatatcattatatattttaacaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atttgtttgttaaatactccatatagagcaaatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatagtaacattgtt
***********
540 ggatcactgctaagcttttatggggctatgagtattggaaatatgatacattcttttatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
600 ttaatttatgtaacattattttatttatccctatttttttaaaaaaactatatattttta
660 tatttaacactctctcatgtct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 804 0 0 0 447 0 321 2 0 5 17 0 12
Right 858 0 0 0 528 0 229 63 0 16 1 0 21
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000004, oripos=559639..560534 strand=1 allelepos=201..1096
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 126 20 55.18 45.00 6.00 2.00 ctcaccttccggatacatta
RIGHT PRIMER 1240 22 54.51 27.27 4.00 2.00 actgaacaaacatgaaaaattg
SEQUENCE SIZE: 1296
INCLUDED REGION SIZE: 1296
PRODUCT SIZE: 1115, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,915
0 tgggtatcaattatttttttgtataacttacataaatcacataatattaggaacaaatta
60 cattttatccctaattttattctaattacaataatcccttaaaatttctacttttctgat
120 acataactcaccttccggatacattaattctgatacaagaaaaatctgtttgttgagcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaaaagggaacaaaatcttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNGagacataaacattaccgagtctatcatatatatatgtgtcgtat
*************************
1140 tctacaatgtatcttcaatcctattcaagttttaaaggctatatatacagtaccaaatca
1200 gttgtatgttatgtatctacaatttttcatgtttgttcagtcttatccaatttagaaggc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 tatgtatattgttcaataataatcttgatacacaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 825 0 0 0 241 0 515 29 0 16 11 0 13
Right 860 0 0 0 70 0 782 0 0 3 0 0 5
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000005, oripos=770269..770739 strand=1 allelepos=201..671
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 55.06 40.00 4.00 2.00 caaatgtattaggcatgggt
RIGHT PRIMER 734 20 54.93 40.00 3.00 2.00 acatcgcctgaacctaataa
SEQUENCE SIZE: 871
INCLUDED REGION SIZE: 871
PRODUCT SIZE: 622, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,490
0 aattatatgcttctcattattcatcatgtgtagaaagaagaaaaaaatttatatttgatt
60 agtctagcttttaagacaaataaataaatatatcattttttaagttcttccagcaaatgt
>>>>>>>
120 attaggcatgggtagaagacattcattccataatatatatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>
180 atatttgtagatatttattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNAtaatatatatatatatatatatatatatatatattttgagatatttatt
******************** <<<<<
720 aggttcaggcgatgtatcaagataaaatattatcataacattgattttttatatgattaa
<<<<<<<<<<<<<<<
780 tcgttcatctactataaagtcatatgttttagttttagttttcatttttaaaaaaataac
840 tttcttaaataataattgtgacaatttaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 820 0 0 0 371 0 364 43 0 6 12 0 24
Right 860 0 0 0 570 0 243 25 0 2 0 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000006, oripos=956304..956324 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 168 20 55.24 45.00 4.00 2.00 agggatcggagtaacagaat
RIGHT PRIMER 378 20 55.04 45.00 4.00 2.00 gaggactaatttgatgagcg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 211, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttcatagatcgtttaaacctttcgaattatcaattattgtgactcatagtactttttaaa
60 tagtttacaaatatataaattttatttcaaaaaaaattgaagattccatgcgcaaatttt
120 aatttatttgactctcaaaacatataacttgtcatataattgggacagagggatcggagt
>>>>>>>>>>>>
180 aacagaatttagttctaaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaacccttcaagattataac
>>>>>>>> ****************************************
240 aaatgtatgttcaacatcgtgaaagtggcattgggacggagacaaatggaatatgacacc
300 agggcttcctatgcctgtgcgagattttcagccaacctttctacaattacaagacaaggc
<
360 gctcatcaaattagtcctccttgaataattgagtcatgaaattgctgattcttgcttaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 275 0 387 133 0 19 7 0 17
Right 859 0 0 0 8 0 345 422 7 19 0 0 58
Pair Stats:
considered 4, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000007, oripos=1773549..1776013 strand=1 allelepos=201..2665
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 54.75 50.00 3.00 0.00 gcccatcttgactacttcac
RIGHT PRIMER 2734 20 55.10 30.00 6.00 2.00 caaatatcccaaatttccaa
SEQUENCE SIZE: 2865
INCLUDED REGION SIZE: 2865
PRODUCT SIZE: 2677, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2484
0 aatcattgtaaaattcaaatgcatgtaatttatcatctcactaattaggttagcttgcgc
>>
60 ccatcttgactacttcactctatacgtactaccatcgatataatcaatattatcatataa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atacaccaaaaaataaatgaaattcaacatctatattatatatatatatattatataata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaatatcccaaataatgatatttcgcccaaatact
**********************************
2700 agaaaaaactagtatttggaaatttgggatatttgccaaaaatatttgccaaataataac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2760 aaattgtatggacaaacattatttgtcaaattttccccaaatattatttggaaaatttat
2820 gtggtattctttattatgtttctttttgttattagctgtatcatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 834 0 0 0 341 0 388 85 0 7 7 0 6
Right 766 0 0 0 175 0 438 67 29 29 17 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000008, oripos=1791705..1792275 strand=1 allelepos=201..771
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 80 20 55.05 40.00 3.00 0.00 tgagaaacctgagaggaaaa
RIGHT PRIMER 899 20 55.18 45.00 4.00 0.00 tatagaaatgtcgtggggag
SEQUENCE SIZE: 971
INCLUDED REGION SIZE: 971
PRODUCT SIZE: 820, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,590
0 tctggtttcacatcaaccaacgatatttaaaaggaataaattatggatagttcaatgatt
60 caataaaaaaataacatagttgagaaacctgagaggaaaaaaccaataaatttagaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgttttattgtatttgaccatacaaatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatata
************************************************************
780 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaaactttgtagtaa
840 aaaaataaccacaaaagcaaaaggaatcccatgcatgtagctccccacgacatttctata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 tttatcaaaaaaaagaagggtacgaaaaatataaaagaatgagtcacatccatggtccat
960 taattttattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 799 0 0 0 427 0 305 25 0 5 17 0 20
Right 787 0 0 0 328 0 189 195 0 11 23 0 41
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000009, oripos=1833745..1834510 strand=1 allelepos=201..966
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 123 20 55.45 40.00 6.00 0.00 atttgcaagactttctggtg
RIGHT PRIMER 1146 20 54.99 50.00 2.00 1.00 ctactctcctttctcgctca
SEQUENCE SIZE: 1166
INCLUDED REGION SIZE: 1166
PRODUCT SIZE: 1024, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,785
0 aaatctcattatttttcagaaatatgaacgtaaatagcgttatttgtgaattttttcttt
60 cctataacataaattcccttttgtaaaaacagattatatcctacacaacaattatatggt
120 cttatttgcaagactttctggtgaggtacaaggccacaaaatggatcaaattaattgggc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgctagtttttttttttttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNTtggcctttttctctacaatatttgaagtaaaatgtttgtaaattgtataattaa
***************
1020 gtatataacacgaagatatacatttttgcatgtgtatatacaattttctctcgctttata
1080 caaaacaaaaatagaattatacacttctgtgtataaagcgagagaggtgagcgagaaagg
<<<<<<<<<<<<<
1140 agagtagcgagcgagatttttgggag
<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 813 0 0 0 79 0 542 130 4 11 14 0 33
Right 860 0 0 0 223 0 460 139 0 9 0 0 29
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000010, oripos=1843420..1844096 strand=1 allelepos=201..877
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 109 22 54.39 22.73 4.00 0.00 tgtcaaaattaaaactccaaaa
RIGHT PRIMER 972 20 54.09 35.00 4.00 3.00 aaagattgacgtgtgaaaca
SEQUENCE SIZE: 1077
INCLUDED REGION SIZE: 1077
PRODUCT SIZE: 864, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,696
0 aagtaaatagagacagaaggagtaatacatatatattaactatacaagcttagccatttt
60 ttcgttcatatacaagtgaaactctaaaatactataattaaattttacttgtcaaaatta
>>>>>>>>>>>
120 aaactccaaaataatgattttttaagaacatgaaaataaaaaaattagacagtagctgtt
>>>>>>>>>>>
180 atctctatggtaatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatcccaaatgag
**********************************************
900 aaatacaatccaaaaaaatgagaaatacaatccaaaaaaatttaattttcttatgtttca
<<<<<<<
960 cacgtcaatctttttagaaaatatattttctataaagataaatttattaaaaatgtcttt
<<<<<<<<<<<<<
1020 agtaaaatgatttctatgtagggaaaaaagtatcacaagtgacatttcatattaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 768 0 0 0 374 0 363 0 0 0 28 0 3
Right 739 0 0 0 364 0 307 6 0 5 40 0 17
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000011, oripos=1853438..1853738 strand=1 allelepos=201..501
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 9 20 54.69 40.00 4.00 3.00 ctagggtaatttggcttgaa
RIGHT PRIMER 598 21 55.12 38.10 4.00 0.00 gatgtaaacaaccattaccga
SEQUENCE SIZE: 701
INCLUDED REGION SIZE: 701
PRODUCT SIZE: 590, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,320
0 aataataatctagggtaatttggcttgaacataaaaaaaaatatagggttatttggcttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aatataagaaattcaaagataatgtaactcgaacatatttttttatatagctaatcttat
120 ttagtaatgaattaatagtacataatcaaatattattaaatgtaatgacatatatatata
180 tatatatatatatatatattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgacatatatatatatatatatatatatatatattaacaa
******************************
540 tccattatagttattatacgttgttgagaaaaaatttatcggtaatggttgtttacatca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
600 aatccatacgatttccattattacttaatttaataaagtaaaacacatgcaaattaatta
660 tgattaagtaaaatgaattataaatttaaacatatattatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 813 0 0 0 487 0 267 15 0 6 17 0 21
Right 806 0 0 0 422 0 331 16 0 13 17 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000012, oripos=1874783..1875539 strand=1 allelepos=201..957
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 90 20 55.17 35.00 2.00 0.00 tgttcactttcttttgcctt
RIGHT PRIMER 1105 20 54.34 35.00 5.00 2.00 tagcaaagttcgcataattg
SEQUENCE SIZE: 1157
INCLUDED REGION SIZE: 1157
PRODUCT SIZE: 1016, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,776
0 aatatataaattgcgtttctgtttgtataaagcatgataaaattgtatatacacatgtac
60 acttataattatacaataaaaatactcccatgttcactttcttttgcctttctctctttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcgttttatacaattttcaatttgtatataatttctctctttcatattttatacaattcg
180 atttaattgtatattccttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtac
************************************************************
960 atttgtttttatacagttctctgcccaagtgtcttctcttcttgtttaatacacttcgtt
******
1020 ttatacaatttgcttcaattgtatatgtatagcgaattatacagtttctctgtttgctat
1080 ggagcgcaattatgcgaactttgctatagcatacaaatatgaattttttatttgttatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 gtgaaagttgccctact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 288 0 484 36 0 6 0 0 41
Right 856 0 0 0 111 0 549 153 3 5 0 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000013, oripos=1883654..1883674 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 168 22 54.18 31.82 4.00 2.00 aaagccctacacataacttttt
RIGHT PRIMER 314 20 55.09 35.00 2.00 2.00 taaaacaaaagcaggggata
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 147, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ataaaaatttctctaaatttgatagcataatttactttagcacaaaaattatatgactgt
60 ataagtatctctcttaacatcttttaagtgattaaaataccatctaagaaatgatgtgag
120 tgcactcttctaaaagtgtgaaaatatagaaaaaaaatgaaattttttaaagccctacac
>>>>>>>>>>>>
180 ataacttttttgtattggcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttattttgttgtcttcct
>>>>>>>>>>****************************************
240 caatacacatttttctccattaaaacatcttctcctccatctttatccccatctctatcc
<<<<<
300 cctgcttttgttttactagtgttttactaatccgtaaaattcaatatcaatgtcatgtta
<<<<<<<<<<<<<<<
360 ttgacgttgatttcactttatattattagtatcgatttgacaaatgtaaactttcttaaa
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 812 0 0 0 225 0 555 2 14 3 12 0 1
Right 860 0 0 0 82 0 624 92 3 8 0 0 51
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000014, oripos=1885620..1885640 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 54.68 35.00 6.00 0.00 atggccaatttgttgtactt
RIGHT PRIMER 414 20 54.77 40.00 4.00 0.00 aatgagccctacataaacca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 334, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tttatttcttcatgaccatatattatggtccctattagttccttatatgaattattcata
60 aattttttaggtcacaagcacatggccaatttgttgtactttgtactatatatccccaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcttttattggaaaacttttgatgatgttttcttcatttagatcaatattaatttttgga
180 tctggtaatataattattgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgatcttttaactt
300 aataatcaagggagcaaatacagggtgtcttagctatcaagggattattaatctcttcat
360 gtggagttttagatgctataaagatccttaattattggtttatgtagggctcattaattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 817 0 0 0 145 0 537 93 2 8 12 0 20
Right 860 0 0 0 314 0 460 46 0 6 0 0 34
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000015, oripos=2362807..2364614 strand=1 allelepos=201..2008
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 111 20 55.13 45.00 2.00 2.00 aaactcctaatcttggctcc
RIGHT PRIMER 2105 20 54.74 50.00 4.00 2.00 atgtaggagagacctcgtga
SEQUENCE SIZE: 2208
INCLUDED REGION SIZE: 2208
PRODUCT SIZE: 1995, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1827
0 gtttgaacgtattcattagttttttcgtagattttatacttatattaaaaaattaaataa
60 atatatgtatgttatcatgtgaaccttcaaataaaattgatttagaacttcaaactccta
>>>>>>>>>
120 atcttggctccgtctctgatgataatatatatatatatatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagtttttatgagaattaaattaaaaatttaaa
*************************************
2040 aattttaaataagtcagataaaaaaaatatatttattaaattgacctcacgaggtctctc
<<<<<<<<<<<<<<
2100 ctacattaaaaaaaattaaaagatattaatttaaatagcaacctcatgaggtctcttatt
<<<<<<
2160 attgacctatttctgaggtctccatttctagatctctttttggccttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 423 0 272 68 0 7 16 0 14
Right 813 0 0 0 387 0 334 32 14 12 7 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000016, oripos=2519310..2519957 strand=1 allelepos=201..848
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 77 20 54.90 35.00 4.00 2.00 aatttctcactaatgcccaa
RIGHT PRIMER 1047 21 55.05 38.10 5.00 3.00 tcacatggcagtaacttcttt
SEQUENCE SIZE: 1048
INCLUDED REGION SIZE: 1048
PRODUCT SIZE: 971, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,667
0 actctcttttgatggccaaataaattaaaatctctcacagcctgttattaatttgtgttt
60 tatttcttcaaatcattaatttctcactaatgcccaaaacatgctaaaaaacagacagaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atttgtggtattttttgtcttttattgtgtttctaggtcatcatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNTactatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaagtatat
*****************
900 atgccttaaaatgtaatgagttttttgtctttgtcaaaataaggttaatatttgcataca
960 taccattttctttatatcttacttattaaattacactatatatgctcgatcattggtata
1020 taacgttaaagaagttactgccatgtga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 750 0 0 0 198 0 404 61 0 26 32 0 29
Right 807 0 0 0 314 0 464 2 0 10 14 0 3
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000017, oripos=2525917..2525937 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 42 20 54.92 40.00 6.00 3.00 ccatctcattaatcaccgat
RIGHT PRIMER 404 20 54.65 40.00 5.00 1.00 catgtgtcaatttgttccac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 363, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gctcaaagggaggaggattgtccaagccttataaggagtccaccatctcattaatcaccg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atgtgaaacttttgtcattctttaacaaggaggacgtcagagtattttaggaccaataaa
>>
120 tgatggaggataattttgtaccaattcaaatatttgagggtcattccttctccgttaaat
180 ttaatacgccagaatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatatactatttttgaaaaaaaatattgaagaaattat
300 tttaatctacaaatataaattaaaaggaccattttttctttctttttttcccttaagaaa
360 tcagagaattgaaacaacttctagagtggaacaaattgacacatgataggaagttaacat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 833 0 0 0 11 0 509 181 19 34 0 0 79
Right 766 0 0 0 423 0 286 7 0 6 28 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000018, oripos=2540258..2542034 strand=1 allelepos=201..1977
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 55.40 35.00 5.00 2.00 tgtttcaaagggtattttcg
RIGHT PRIMER 2153 20 54.61 40.00 2.00 0.00 tctgttatttggctttctcc
SEQUENCE SIZE: 2177
INCLUDED REGION SIZE: 2177
PRODUCT SIZE: 1991, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1796
0 tcatgaaactaatttaaaatctttagagactagagaaaaatacatgagttaatttcttct
60 ttacaagttttcaatgttaccctaatgattaatgagaaattaattgaattttgaatgtaa
120 tcatgatgttttatcgaaaaaaggttgattttcgaaaagagtttgtttcaaagggtattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tcgacttttaggagtcgcctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagt
************************************************************
1980 gaaagttttagactagatgaacaaataaggaatagctcactttaagcaacgaaagaacac
******
2040 atataaacagattgtaaaatgactccataagaagcacataacgtaaacatggccacatca
2100 ctttacagatttgcagaaactttcagaggaaaggggagaaagccaaataacagagagtaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2160 tgtgcttgagctcgact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 786 0 0 0 182 0 537 17 11 6 16 0 17
Right 860 0 0 0 12 0 556 190 0 35 0 0 67
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000019, oripos=2544059..2544079 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 54.98 45.00 2.00 0.00 ctccctatttgttctccctt
RIGHT PRIMER 388 20 55.14 40.00 4.00 0.00 ttggacacccttaacaaaac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 226, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cgataattaatttataccaacgcgggtcgaaaattgggtgtcaacacatgaaactgatta
60 caatcatattataattgtttaatttcaattcctttgctaatcaattatttgattgcatta
120 ttctagatttcatatattaaaaaaaagtttagaatgcaaaaatctccctatttgttctcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cttaatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
>>> ****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatatcttaatatcctaatataatcagaagattaatat
300 aaaaacatattttagacctacatgcatagagtttggaatttcacaaataatgtgcagaaa
360 tatcaactggttttgttaagggtgtccaaaatatgttattcaatcattttgtgtatcatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 251 0 376 154 2 11 4 0 44
Right 860 0 0 0 339 0 435 37 2 19 0 0 28
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000020, oripos=2610509..2611813 strand=1 allelepos=201..1505
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 14 21 54.16 33.33 2.00 0.00 aaacaaggacgaataagaaca
RIGHT PRIMER 1579 20 55.00 45.00 5.00 3.00 ggaagagagggaacagtttt
SEQUENCE SIZE: 1705
INCLUDED REGION SIZE: 1705
PRODUCT SIZE: 1566, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1324
0 taatgtgttattagaaacaaggacgaataagaacactttttaatttgttgaaaaattata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttatataaatagaataaatacgaatgaaattatttttgacttgacaaatgtacaacaaaa
120 aaagttgtgtgataaagataagacgatagaaaaataaatatcgacttatcaaatttacta
180 ttttccatgttgaatgccttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNTttattgacgctatggcaaaccctattctgtaattctgtttttgcctctccataat
**************
1560 aaaactgttccctctcttccccgtggacgtagctaatttattgatgaatcacgtaaatct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 gttgtcttgtttttcgcgtttatattttctcgtattatctcgaattccgcacaacatttt
1680 agtttattctttcatcattactagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 317 0 446 1 0 1 18 0 11
Right 860 0 0 0 43 0 501 218 0 13 0 0 85
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000021, oripos=2617367..2621049 strand=1 allelepos=201..3883
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 21 55.16 38.10 4.00 0.00 caccatatcaatctctttcca
RIGHT PRIMER 3967 20 54.94 40.00 6.00 2.00 gcagccaatattttgttacc
SEQUENCE SIZE: 4083
INCLUDED REGION SIZE: 4083
PRODUCT SIZE: 3963, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3702
0 tttttcaccatatcaatctctttccatattattgagtaaataaatatataaaatgattat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taattattaaattaaattaatgagaagtgattattttttaatcaattatttttaactaaa
120 taaaataaatgaaatgaaagtgatatttatcgaccgatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatactactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttaaatttacataaact
****************************************************
3900 aataaattaaatatcataaatcctctcccaaatccaactttagcaaaaggtaacaaaata
<<<<<<<<<<<<
3960 ttggctgcatgtaccgtttgattaatcaatttttattttttaggtacatgcaacttgtta
<<<<<<<<
4020 ctcgaattaatacttgaaaagaaagaactttaatttattgaaaagcaatttggatggttc
4080 ttc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 844 0 0 0 571 0 259 2 0 3 4 0 5
Right 839 0 0 0 244 0 382 133 3 21 7 0 49
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000022, oripos=2625653..2625673 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 104 20 54.97 40.00 3.00 0.00 tgggaatcaacaaatagacc
RIGHT PRIMER 278 20 54.80 35.00 4.00 0.00 ttgcatttggtgttgtaaag
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 175, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gcagaggcagagacaaactatagcttatgggttcagccaaatctagaaacttactaagat
60 tccgaatccataagcttcaaatctcgactccacctctgacataatgggaatcaacaaata
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gaccaaaagattgaaactttacaacaccaaatgcaaaatatgacaacatgggatttaaca
>>>>
180 catataccaaaagattggaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGacaacatgggaatcaacaa
****************************************
240 atagacaaaaagattgaaactttacaacaccaaatgcaaaatatgacaagatgggattta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 tcaaatagataaaaagattgaaactttactacaccaaatgcaaaaatttgacaaaatggg
360 aatcaacacatagataaaaagattggtactttactaaacaggacacttacagagtggatc
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 0 0 563 174 7 17 0 0 86
Right 860 0 0 0 76 0 626 74 0 23 0 0 61
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000023, oripos=2632118..2633527 strand=1 allelepos=201..1610
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 38 20 54.90 45.00 8.00 0.00 tgaaatacgtataccacccc
RIGHT PRIMER 1674 20 54.77 40.00 4.00 2.00 caaagtgccctaaaaggtta
SEQUENCE SIZE: 1810
INCLUDED REGION SIZE: 1810
PRODUCT SIZE: 1637, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1429
0 tactcagcaagtaaacctctaaacacaagctaaggggatgaaatacgtataccaccccca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 accgaacctccacaagtacaaccttcataaacatcagcccaacctaacaactcacagttt
120 acatagaacgtaactcaacaaaaacatttagacaaattacatatcctccacaacaacact
180 ttaacaaattacatatcctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtttctgttag
***********************************************************
1620 ttctttttcttcaacgttagccgctttgaggcttttaaccttttagggcactttgccctt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1680 ttattattgttattattattattttatttatttacttaattttcttttctatttattttt
1740 ttctttttttttccaattattattagcaacaaaataatcctttattaaatcagagaatca
1800 tatcagtcac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 23 0 537 207 0 7 0 0 81
Right 860 0 0 0 434 0 238 166 0 2 0 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000024, oripos=2693408..2693775 strand=1 allelepos=201..568
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 55.50 50.00 2.00 0.00 cttctctcccctgatttctc
RIGHT PRIMER 670 20 54.90 45.00 2.00 2.00 gaagaagagaatggtgaacg
SEQUENCE SIZE: 768
INCLUDED REGION SIZE: 768
PRODUCT SIZE: 621, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,387
0 taattatagttttatataattttaattcgtagcaaacattttgtcatttacttctctccc
>>>>>>>>>>
60 ctgatttctcgctcgccactctcatgatctcgctcgctactctctattacctctctcact
>>>>>>>>>>
120 ttatacaaatacaaatgtataaaatatatttgtatttgtataaagcgagagaaaatttta
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtatttgttataaagacgagagaaaatttaatt
*************************************
600 atatatatatatatatatatcttttcgttcgtctctctcccccatatatctcgttcacca
<<<<<<<<<
660 ttctcttcttctcgcctctatcactttctacaaacacaaataaatatttttgtatttgta
<<<<<<<<<<<
720 taaagtgagagaaaattataatatatatatatatatatatcttttcgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 245 0 383 182 0 7 0 0 38
Right 860 0 0 0 377 0 321 113 0 3 0 0 46
Pair Stats:
considered 20, high any compl 3, high end compl 14, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000025, oripos=2717604..2718819 strand=1 allelepos=201..1416
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 64 20 55.26 45.00 3.00 2.00 ttgttattagactccacccg
RIGHT PRIMER 1576 20 55.13 40.00 4.00 0.00 acaccaaccatataatccca
SEQUENCE SIZE: 1616
INCLUDED REGION SIZE: 1616
PRODUCT SIZE: 1513, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1235
0 gggtttagtaggtcgtgttaaatgatatttcttccttgaaatgtatggttttaggtatat
60 tctattgttattagactccacccgtgggattatggcatttcttccttgaaatgtatggtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttaggtatattctatcgttgttggactccacccgggattatggcatttcttcattgaaat
180 gtatggttttaggtatattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatgggattatggcatttcttcctt
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1440 gaaatgtatggttttaggtatattctatcgttattagactccacttgtggagttatgaca
1500 tttcttccttgaaatgtatggttttaggtatattctatcgctattagactccacccgtgg
<<<
1560 gattatatggttggtgtaatatgccttttcatatcctctttgttgattcagaaaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 23 0 537 234 0 22 0 0 39
Right 857 0 0 0 1 0 661 112 7 22 0 0 54
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000026, oripos=2727266..2727286 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 55.12 40.00 2.00 2.00 taaagaggaaagtgcgtgat
RIGHT PRIMER 384 20 54.89 40.00 5.00 1.00 catttcaagctgtcaactca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 312, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 actcagccggacaatatcacttataaattgaactattacacaatatattcagtataattt
60 tacaagttaattataaagaggaaagtgcgtgatccattaacttatggatgaatttcaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gaaaagatcaaaagaagatacaagtattaatggggaaagaaaacatatggatccatcaac
180 tatatagtaagggtccgtttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagtcagtttgaccaacttt
****************************************
240 taagctgagccaaacaggctctaagtttatgatgagtaaaataagaatgcatttttcacc
300 ttaaaaaagggaccaaagaagaaaataaagagatgaaaatcatgtgaattttagtgcaaa
360 atggatgagttgacagcttgaaatgacaagtcttactgccctatagtgtttgaaaagggt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 182 0 542 68 9 16 0 0 35
Right 800 0 0 0 37 0 519 130 5 44 17 0 48
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000027, oripos=2732434..2732454 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 32 20 54.97 30.00 2.00 1.00 ataaaccaaacgccaaataa
RIGHT PRIMER 376 20 54.80 35.00 3.00 0.00 ccattgctaaaaacaacaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 345, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tcaatttccctataaattctccataaaccctaataaaccaaacgccaaataacattatct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tctcccattccacaagttccaatcttgataatcatttttttcttttctttttacagaata
120 aagaaacaccctttattcagattcctctgtttcttgatttttcatctatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatagtctaatggtttcaatcttcaatttactcaaacccctttaac
300 atttttatgctaaagattcaatctttatcttgaaatttttgatatttccttaattgttgt
<<<
360 gttgtttttagcaatggctgttgcataccctcaattttttgggacaaagaaagttgacac
<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 204 0 474 101 0 10 3 0 58
Right 802 0 0 0 200 0 433 104 0 7 17 0 41
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000028, oripos=3313846..3314449 strand=1 allelepos=201..804
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 44 20 54.96 50.00 2.00 0.00 ctcctctccagtatttccct
RIGHT PRIMER 956 20 54.96 35.00 4.00 0.00 tttaagggtgtggaaaaaga
SEQUENCE SIZE: 1004
INCLUDED REGION SIZE: 1004
PRODUCT SIZE: 913, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,623
0 atagtttttctatctccacgaggtagaaggcttcctgcattctactcctctccagtattt
>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ccctagtgaaatttcaataaatatgttatttttgttggatttctggctccgatacaacct
>>>>
120 aaaaggtgatatatatctaaaccatccaaacaaataaaatctttatactatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatgta
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840 tatatcttaaaagattataaagattaagtaagaagccactcactttgtgttattattttt
900 ctaaacaaagaaaaaaaaatcccaacccccctacccctctttttccacacccttaaacaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tctcctagtcttttccaattatatatgtagtaacaaatggttct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 220 0 381 175 6 18 0 0 52
Right 767 0 0 0 345 0 294 67 0 2 26 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000029, oripos=3334521..3343273 strand=1 allelepos=201..8953
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 96 22 54.35 27.27 6.00 3.00 tctagaccacaaatttcaaaaa
RIGHT PRIMER 9009 20 54.86 30.00 7.00 0.00 ttggagattcaatttcgttt
SEQUENCE SIZE: 9153
INCLUDED REGION SIZE: 9153
PRODUCT SIZE: 8914, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,8772
0 ccattttagtcaatttcataaaaaaatatattatatttctatatttggtaataaattaat
60 tttaaaatattcatcttaaaattgatgaaatgattttctagaccacaaatttcaaaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaaattttaatttttttattgtcaaatgaaacttaatatacataaattaaaatataaaaa
180 aaaaattataaacgcatgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8940 NNNNNNNNNNNNAtgtccaacttgaccgcaattgctgctttgagattagaaaacgaaatt
********************** <<<<<<<<<<
9000 gaatctccaacaatgattccatcaattttgtaattttcatactgcaattcgttcacccaa
<<<<<<<<<<
9060 attccggaatgtctaatcaaaatcgaagtattcatcttcaaaaacccactgcaacaacaa
9120 aaaaatttcggcaactccaattgttttctaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 680 0 153 0 0 3 4 0 2
Right 788 0 0 0 26 0 383 274 4 26 18 0 57
Pair Stats:
considered 4, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000030, oripos=3373764..3375190 strand=1 allelepos=201..1627
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 67 20 54.82 40.00 3.00 1.00 tttcaacactctttggtcct
RIGHT PRIMER 1689 20 54.89 35.00 3.00 0.00 cttgcggttattatttgctt
SEQUENCE SIZE: 1827
INCLUDED REGION SIZE: 1827
PRODUCT SIZE: 1623, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1446
0 tgagcatctaaatacatgtggatggaccccttttctttcacttgtgaatgaatattgacc
60 atataaatttcaacactctttggtcctccaccccctaaaaatatattttaaaaaattaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gttactttaaatataatttaattttagtttagttaaaatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNAtactaatatatatatatatatatatatatatatatataataccaagcaaataa
**************** <<<<<<<<<<
1680 taaccgcaagatatagatatactaggaaattgaaaagaattctattcttttttaaataaa
<<<<<<<<<<
1740 ataaaataaaaaaacaaattgagggcggaaagaaaggaaaaataaaaaaaattatcagat
1800 gaaaaatcgagcactcatcgatgaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 416 0 248 159 5 8 0 0 18
Right 843 0 0 0 396 0 271 143 0 6 6 0 21
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000031, oripos=3377658..3377855 strand=1 allelepos=201..398
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 54.99 45.00 4.00 2.00 gtcctgacttcttttcaacg
RIGHT PRIMER 550 20 54.90 40.00 4.00 3.00 ataggctttgcatctgacat
SEQUENCE SIZE: 598
INCLUDED REGION SIZE: 598
PRODUCT SIZE: 538, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,217
0 tttgtttgtatgagtcctgacttcttttcaacgggtagtccccttcattctagggaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgtatataatagcaaactaataacctaaattaaatggaatagctatggtttgatttaatt
120 gtgctctatagcaaacattagctaaaatttgccagagtctctctcccaaaaatctcgctc
180 gccactctccattctcgctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcagttgcccttcattctatgct
***********************************************
420 gaccccggcccgggctggcttcttgggaagcccgttcccacagcgctcacggcccggctg
480 gccttccagcggcagtgagggtgcaggctcccgaagagagaagcccaatgaatgtcagat
<<<<<<<<<
540 gcaaagcctatatctaaaagatatattcttagttaccgctatataacttctgtttcaa
<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 70 0 519 195 2 15 0 0 54
Right 860 0 0 0 106 0 200 522 0 1 0 0 31
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000032, oripos=3390288..3392242 strand=1 allelepos=201..2155
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 47 20 55.04 40.00 2.00 0.00 gcttgcttactcattttgct
RIGHT PRIMER 2184 20 54.80 35.00 2.00 0.00 tttcgcatccttctttttac
SEQUENCE SIZE: 2355
INCLUDED REGION SIZE: 2355
PRODUCT SIZE: 2138, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1974
0 atatagatggtttgacgataaggattttttttcctttttatattatagcttgcttactca
>>>>>>>>>>>>>
60 ttttgctcctaattagattgttaatctgacattctttttcttttttcagtgttgatcatt
>>>>>>>
120 actgatatggatgatttgatgatatggaataaaatttgaagaacgtgagatgtaatatat
180 ttaaaaaaagttgcaaattgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGagaag
************************************************************
2160 taacggtaaaaagaaggatgcgaaaaatgaaggtgaagaaaaaacaagcattaatgcatt
**** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2220 gtttagtgtgaaaattgtgaattttataaagaataattatttcaaagtttttaatcgttt
2280 aatttttttttgtgagcacaaataaaagtttgttttttgaattataaataatttaaagtg
2340 aaaaggtgaaacata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 754 0 0 0 103 0 567 19 0 2 29 0 34
Right 754 0 0 0 378 0 256 55 11 7 29 0 18
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000033, oripos=3394241..3396990 strand=1 allelepos=201..2950
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 4 20 55.49 40.00 4.00 2.00 atcttgtggattcagcatgt
RIGHT PRIMER 3010 20 55.13 35.00 4.00 2.00 tgacaacaaatagcattgga
SEQUENCE SIZE: 3150
INCLUDED REGION SIZE: 3150
PRODUCT SIZE: 3007, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2769
0 tactatcttgtggattcagcatgtgctgatatttttttttaaactagtgtcacgtagaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 attatttataaaataaatttaggagtgatatgactttagtatattaaaagtatatttatg
120 aaatttcaggcactaattatacatttttttctaattaaatcgaagattatactaatttgt
180 gtggagaaaagagaaggtgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2940 NNNNNNNNNGttacccttatgtgtacatattataagtttaggaatatcatatccaatgct
******************* <<<<<<<<<
3000 atttgttgtcaacatgtagtgtcattttctatctatttgagaataaataacaatgtcctt
<<<<<<<<<<<
3060 caatatattgaggagtagcatatttcagacaggcactccattatatgatgtcaattttat
3120 ttacgtgtgggttagcggaacaggttcatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 810 0 0 0 359 0 387 33 5 6 16 0 4
Right 858 0 0 0 103 0 604 104 5 4 0 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000034, oripos=3408714..3409569 strand=1 allelepos=201..1056
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 83 20 55.27 40.00 6.00 0.00 gattctttaattatgccccc
RIGHT PRIMER 1203 20 54.58 35.00 4.00 2.00 aaattaaaagggaaggggta
SEQUENCE SIZE: 1256
INCLUDED REGION SIZE: 1256
PRODUCT SIZE: 1121, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,875
0 taaatttttttaaatttatataaaatgtgttttgttaaatctttgacttaggttaaattg
60 aatcttgactcatttattgtcttgattctttaattatgccccccgtttaaattatagtct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaatgtcaattgtcaccctaatatgtttgcttatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatat
*********************************************
1080 atatatatatatatatatatatatagtacttctcatttttatctctcaagtagattttct
1140 acactcttctctattgaagttacctcggcccctccgcctccgcctaccccttccctttta
<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 atttttttttgaagttgccatccacctctccgcctacgcctccgcctcccccttca
<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 319 0 438 7 0 3 17 0 13
Right 820 0 0 0 234 0 267 287 0 2 15 0 15
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000035, oripos=3420125..3420847 strand=1 allelepos=201..923
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 6 20 54.69 35.00 8.00 1.00 tgcatgcatatgagaaaatc
RIGHT PRIMER 1065 20 54.96 40.00 5.00 2.00 tgctttagctgctgttcata
SEQUENCE SIZE: 1123
INCLUDED REGION SIZE: 1123
PRODUCT SIZE: 1060, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,742
0 atcccctgcatgcatatgagaaaatccttgaggtatctgcatatagacttcttctactaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtcaccttgcaaaaatgcattataaacatccatctgttggacatcccatcctttagatgc
120 agctagagtaagcactgttctaactgtgaccattttaacaactggagaaaatgtctcctg
180 gtagtctaaaccttcttgttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacaatgtagttgcatgacacaagcatccaatgatctt
********************************
960 catgtaggacaaatctggtgactttccaaacagcatttcaaaaggagacttattagataa
1020 cacagtggatggaattctgttgatgatatgaacagcagctaaagcacattctccccaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 cttgattgggatattgccttgaaatcgaatagcccttgctgtc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 3 0 583 167 6 38 0 0 50
Right 859 0 0 0 0 0 404 329 2 30 0 0 94
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000036, oripos=3425373..3425393 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 154 20 55.00 35.00 4.00 0.00 aactacatttgcatggcttt
RIGHT PRIMER 351 20 55.12 45.00 4.00 2.00 ttgggtttcctactcaacac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 198, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 agtaaattattttcacaaaattatactttcttagccaacaaaacattaactacctttgcc
60 aactattgaacgtacatgtaactttcaagttcaaatgaattattatatcacaaatgtatt
120 ttccatacgtaaacttataattaataaatgaataaactacatttgcatggctttaattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaattcacaattttatgtggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
300 tatatatatatatatatatatatatatattgcgtgttgagtaggaaacccaaagtattta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aatttaatccaaagtatggtagtttttgtttggtgatgacctccttttaatcataatcac
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 276 0 491 22 7 18 0 0 38
Right 860 0 0 0 489 0 278 54 0 7 0 0 32
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000037, oripos=3445430..3445984 strand=1 allelepos=201..755
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 20 55.42 40.00 4.00 3.00 atgtatcatggttctccgaa
RIGHT PRIMER 833 20 55.40 30.00 6.00 0.00 caaccaaaatttaaaacgga
SEQUENCE SIZE: 955
INCLUDED REGION SIZE: 955
PRODUCT SIZE: 794, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,574
0 ctatataaaagttttgtcattttgaattaggactttttggatgtatcatggttctccgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtgttcttattattttttattttttttgactaaacagaagacaaaagaaaatctagaaat
120 taaagttgtttaattacttcttaatttttctcttataattttcgttctttatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatataaaatttgtg
********************************************
780 ttttattttaaaaagttacttaaatactactctctccgttttaaattttggttgtcatgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 ttcgacttgacatagaatttaagaatgtaaaaaacatttctaaatcgcgtaagcttaaac
900 tcaagatagacaaatgtaccaagatatccttaatagatatttattttgaaatgaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 837 0 0 0 406 0 350 43 0 6 8 0 24
Right 844 0 0 0 276 0 452 55 0 20 7 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000038, oripos=3464486..3464912 strand=1 allelepos=201..627
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 33 20 54.49 40.00 6.00 2.00 ttgaccatgcattaactgac
RIGHT PRIMER 761 20 54.73 40.00 4.00 0.00 acaaacaaaggatctctcca
SEQUENCE SIZE: 827
INCLUDED REGION SIZE: 827
PRODUCT SIZE: 729, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,446
0 cgttctttatagcttatgggtgattttgatacattgaccatgcattaactgacgaataaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tacacctgacacataaatttctcacttgctaataattttcttgtattttttgtccctgtg
120 cagattttatatttttcccttttttgtgtaagtttgtagatggaagtaaacgttatttta
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatata
************************************
660 tatggtgttttctattaagacaaaaattgtttaaactgttctttggaattactgtcccct
720 taatttttaattatcaatctattggagagatcctttgtttgtttttctcgcactagccat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 cattaaatttattgtttttcgacctagctcaagtgataaaaattaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 755 0 0 0 98 0 523 53 0 10 30 0 41
Right 860 0 0 0 235 0 460 104 0 13 0 0 48
Pair Stats:
considered 5, high end compl 2, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000039, oripos=3466454..3466474 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 116 20 54.71 35.00 5.00 3.00 ccatagcaaacattgacaaa
RIGHT PRIMER 268 20 54.86 40.00 4.00 3.00 gggcaattttcacatatagc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 153, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttagatccaactaacagacaactaaaaactatttataattatagggataattgtataaaa
60 tagcaaattaataatctaaattaaattgaatagctagggtttgatttaattgtgctccat
>>>>
120 agcaaacattgacaaaaatttgccaggcgtctctatcccaaaagtctcgctcgccactct
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cccattctcgcctctctcgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatattatacaaatatgatt
****************************************
240 tttttgtttgctatatgtgaaaattgcccataattatatacacataaatttaccatatga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 atatgactgctcttttcattttaatttatccgattgatttaactttgaataaaattgaaa
360 aagtcaaaaacattgttttaatcttaaaagcaattttttttttgtaaaatatactttaat
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 256 0 302 245 0 13 0 0 39
Right 827 0 0 0 393 0 395 9 4 6 9 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000040, oripos=3512464..3513309 strand=1 allelepos=201..1046
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 151 20 54.89 50.00 4.00 2.00 gtctctctcccaggaaatct
RIGHT PRIMER 1094 20 54.81 40.00 4.00 0.00 gtataattcgctggcctaaa
SEQUENCE SIZE: 1246
INCLUDED REGION SIZE: 1246
PRODUCT SIZE: 944, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,865
0 aactccattttaatttttaagtttgcccaaaatataaattttaaattggaaaaattatat
60 aaaatagcaaactaataacctaaattaaatagaatagctagggtttgatttacttgtgct
120 ccatagcaagcattatctaaaatttgccagcgtctctctcccaggaaatctcgctcgcca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctctccattctcgctcgcctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtatacaatttaggccagcgaattatacaatttag
*********************************** <<<<<
1080 gccagcgaattatacacttgtatatgtatagcgaattatacagtttttatgtttgttatg
<<<<<<<<<<<<<<<
1140 gagcgcaattatgtaaaatttgctatattatacaaatataaattttttatttgttatatg
1200 tgaaagttgaccttttaaatttgcacactctttattctatcaagag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 271 0 303 215 1 19 0 0 46
Right 860 0 0 0 238 0 449 106 0 22 0 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000041, oripos=3525148..3526200 strand=1 allelepos=201..1253
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1453
INCLUDED REGION SIZE: 1453
TARGETS (start, len)*: 190,1072
0 atttatacagtaatacaagtttaattacaacaaactaaataaggaaaatgtattaattgt
60 gtacagttagtatatgaatactttgaattcaaattagtatctatatttataaaacgtaaa
120 gtgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttattat
************************************************************
1260 atatatatatatatatatatatacacacaaatttgacaatcacacaaacctccatctctt
**
1320 tttactcatgttcttcctcctgtactatttttaaaaaaaatataactatagtcattgcaa
1380 tggagaaaacaagataattcttaaccagaatcctttaaaaataaatgaaatatagatgga
1440 tataaatataatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 540 0 315 0 0 0 0 0 0
Right 843 0 0 0 286 0 468 39 9 12 2 0 27
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000042, oripos=3535175..3535230 strand=1 allelepos=201..256
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 96 20 54.89 45.00 4.00 2.00 taactagaggtcgaatccca
RIGHT PRIMER 426 20 54.76 35.00 2.00 2.00 gaaatcaatcaaaagcatcc
SEQUENCE SIZE: 456
INCLUDED REGION SIZE: 456
PRODUCT SIZE: 331, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,75
0 ttcaataaccttttttgaaacttaattcatctgtgttcgcgttgaaaaaccccacactga
60 acaataaaatgcttcttactaaaaaggacttgatcataactagaggtcgaatcccaaacc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tctgattaatgtctgagaagtacttatcacttgatcaccacaatctaaagacaacttgat
180 ggcgtaagaaattctaaacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNTaagtatatatgtaattacctactagtataacaagtggaaatgac
*************************
300 ctaatagtgtgaaaaacgtttacactgataacgtacatagtttaatttatttattttact
360 ctatcatggttgcaagggttccaaaagttaactatttaagtaccaaaggatgcttttgat
<<<<<<<<<<<<<
420 tgatttcataatagagttattcactacaagctatca
<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 821 0 0 0 16 0 524 200 0 7 14 0 60
Right 860 0 0 0 121 0 612 88 0 21 0 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000043, oripos=3539763..3539783 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 47 20 55.02 40.00 3.00 0.00 caactcacacgatgaaaatg
RIGHT PRIMER 370 20 55.07 45.00 3.00 3.00 caccactcgtcctcaataat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 324, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttaaaaaaatcttaaatctagatgatcattaggtaagttgaagtgttcaactcacacgat
>>>>>>>>>>>>>
60 gaaaatgaattgaggtgactgaataaatgtgcatcttcaaagttaaagtatttagttgtc
>>>>>>>
120 aatcgaggctaagttaaaacactacaagaaaactgtaaattacatgaggatttttcgaag
180 gattaatatgaaaattcgcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgcgaattttcatactaatt
****************************************
240 ttcaggaaaatacctattcaattcacgcttttttttttagtgaaatgccttaaataacat
300 tttcgtcgaagtatactcaactagttatccttcataatacgcagttacactattattgag
<<<<<<<<<
360 gacgagtggtgtgaaacgatgtatatttacattagatcaagctttgaaaatggagaaatt
<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 40 0 666 66 2 29 0 0 52
Right 791 0 0 0 17 0 641 66 0 13 21 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000044, oripos=3555489..3555509 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 150 20 55.07 50.00 3.00 3.00 gttccgacaccaggatagta
RIGHT PRIMER 331 20 54.90 45.00 2.00 0.00 cctccacaccatactcattt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 182, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gacacaggatagtattaatggatcgggtgtcacgttccgacaccaggatagtattaatgg
60 atcgggtatcacgttccgacaccacgatagtattaatggatcgggtgtcacgttccgaca
120 ccagaatagtattaatggatcgggtgtcacgttccgacaccaggatagtattaatggatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gggtgtcacgttccgacaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaggatcggagtgtcacgtt
****************************************
240 ccgacaccaggatagtataaagaatgaatcttgaattatgttgatatactcaatttaatg
300 aacctgtttcccaaatgagtatggtgtggaggcttgagtcctcatagatgtgcttgggtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gtgcccaatggttatggtacttgttgttgtcacctgttaagtgttatggttgattttatg
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 340 439 0 26 0 0 50
Right 860 0 0 0 33 0 477 276 0 19 0 0 55
Pair Stats:
considered 11, high any compl 5, ok 6
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000045, oripos=3559715..3561017 strand=1 allelepos=201..1503
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 157 20 55.43 45.00 3.00 1.00 taggaccccatctacaatga
RIGHT PRIMER 1615 20 55.08 35.00 2.00 2.00 gccaaaaagggatagaaaat
SEQUENCE SIZE: 1703
INCLUDED REGION SIZE: 1703
PRODUCT SIZE: 1459, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1322
0 aaaattgaggggaaaaaaattgactgccttagtatgaaagtgccttttaattctaagtat
60 gagcatgcggcaattgtggttagctaagaataatgattatggaaaaaaaaatagaaagga
120 cttttgtatggctaaatagtcaaaattcaaatcctaataggaccccatctacaatgattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tccattgaattatatgattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNAatgcacaattacttttaacctatactcgaaatttcagagacacatttatactatact
************
1560 aaggtcctattaccctttgaacttattttataagtaattttctatccctttttggcgtac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 gtgtcactagcttggaaaaaaaagtcaaccaatattggacccacaaaataaaaaagggta
1680 gaacgttattaataaaataaatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 762 0 0 0 67 0 507 114 8 11 29 0 26
Right 718 0 0 0 99 0 429 109 9 20 36 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000046, oripos=3567084..3578673 strand=1 allelepos=201..11790
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 11990
INCLUDED REGION SIZE: 11990
TARGETS (start, len)*: 190,11609
0 acgccgggaaacagcaagattccggcgacggaaatttgggaaagacaagttgtattacca
60 agcatgaagattgtgaaacaatttttgctggagtaggttttccagctaattacaccatat
120 ttttcttctttttttataatatataatatatatataattttggttttaccaaaaaaaaaa
180 acgtaatagtaatagtaaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11880 tttgattttatcaattcttctacaaaatcagattcagaatctgatgagtactcaatttat
11940 tttcctttccttttctttcctctttctttcgcccatttctccgattcatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 806 0 0 0 206 0 310 207 5 20 16 0 42
Right 789 0 0 0 72 0 543 109 1 5 21 0 38
Pair Stats:
considered 1596, unacceptable product size 1596, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000047, oripos=3590920..3594558 strand=1 allelepos=201..3839
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 131 20 55.16 45.00 6.00 2.00 cacacactccgtaaggaaat
RIGHT PRIMER 4002 20 55.03 45.00 3.00 0.00 tgttcaccctccataaactc
SEQUENCE SIZE: 4039
INCLUDED REGION SIZE: 4039
PRODUCT SIZE: 3872, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3658
0 cacagacacgacgaaccgtcgtgatccgccgtttcaaaacacttcaactcttgagaattt
60 ggtacacggaacgattctctgaacgtcgtgacggaagtgcaggacggaccgtcgtaggta
120 cgacgggccgtcacacactccgtaaggaaatcgagtctctgacgaacctgcatgacggac
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180 cgtcgcgggcgcgacgggctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 gttggtttgatgaattcgaggttagaccttggggtactgatcttttgagggattcgatag
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3900 agaaagtgaaatctattcaagaaaagcttctagcgactcaaagtagacagaaggagtatg
3960 cagatcggaaggttagagacttggagtttatggagggtgaacaagccttgctgaaggttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4020 cgcccatgaaaggggtgat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 147 646 0 19 0 0 43
Right 860 0 0 0 0 0 421 337 0 34 0 0 68
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000048, oripos=3595604..3596393 strand=1 allelepos=201..990
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 31 20 54.94 40.00 4.00 0.00 cttgagaatttggaacaagg
RIGHT PRIMER 1063 20 55.12 40.00 5.00 3.00 atgcggaagacttaaactca
SEQUENCE SIZE: 1190
INCLUDED REGION SIZE: 1190
PRODUCT SIZE: 1033, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,809
0 tcgtgatccgccgtttcaaaacacttcaactcttgagaatttggaacaaggaacgattct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctgaacatcgtgacggaagtgcaggacggaccgtcgtaggtatgacgggcctcacagact
120 ccttaaggaaatcgagtctctgacgaacctgcatgacggacagtcgcaggcgcaacgggc
180 cgtcacagacgcgacgggccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttgtgttgatgacttccagatttttgagat
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1020 aataatagttattgattttattaatgagtttaagtcttccgcattactttatgttgatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 tacattgaaatgttaaggtttagattagttggttcgctcacataggagggtaggtgtggg
1140 tgccagtcgcggcccggatttggatcgtgacaataattgaccaatattat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 844 0 0 0 1 0 190 577 10 22 0 0 44
Right 860 0 0 0 199 0 355 243 0 19 0 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000049, oripos=3604407..3606281 strand=1 allelepos=201..2075
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 20 55.14 35.00 6.00 0.00 tcttaaatttgttgagccgt
RIGHT PRIMER 2191 20 54.99 50.00 4.00 2.00 cccttagtcacatcgtaagc
SEQUENCE SIZE: 2275
INCLUDED REGION SIZE: 2275
PRODUCT SIZE: 2151, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1894
0 attacattctgtcccgacaagtttactaattacaaaaaatctcttaaatttgttgagccg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgatactttagactgtagtgatacatggtaatttaaaactgttaagaaaaaataggggag
>
120 aaaaacggtaaagttaatgttgtcactaaaacagcttaatttgtggtaacagatcattaa
180 tcagcattaaatcaacatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaaaaaaagaattatgtaatattta
********************************************
2100 aaaaaagtagggaaaattggagaatataaaaattatagttatgtatttaagttatttttc
2160 catttatttatcgcttacgatgtgactaagggtggacattcgggctatttttattggata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2220 taaaaattttgagattttttttatttcgagattgtagaaataaagaaaaattatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 118 0 532 68 0 16 18 0 46
Right 802 0 0 0 409 0 234 97 0 2 18 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000050, oripos=3640044..3640742 strand=1 allelepos=201..899
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 134 20 55.14 40.00 6.00 0.00 ggcatcctaggttttctttt
RIGHT PRIMER 979 21 55.30 42.86 4.00 1.00 tgacacattaactcgaactcc
SEQUENCE SIZE: 1099
INCLUDED REGION SIZE: 1099
PRODUCT SIZE: 846, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,718
0 ttaaaaatagtccacatcatacaagatttttttcatctactcaatcatttcaaagttgca
60 atccttttcaagtgtgattataaaataatcatgttgctttcttttccatgaaattccatg
120 agttgttattaattggcatcctaggttttcttttatatatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatagtagtaagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTt
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900 tatatatatatatatatatatatatatatatatataatggtaaaagtgtttaattaggag
******** <
960 gagttcgagttaatgtgtcaaactgaaaaatatctacgataagagaaagagatatactat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tatagaagtcataaataaataaatacatgatatatacgtttattaggcattttctttaat
1080 gataattatggtcgatcta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 781 0 0 0 205 0 406 86 7 33 18 0 26
Right 860 0 0 0 293 0 546 5 0 4 0 0 12
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000051, oripos=3650172..3651400 strand=1 allelepos=201..1429
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 6 20 55.66 40.00 4.00 2.00 tgcttttaccgatattcagc
RIGHT PRIMER 1549 20 55.08 45.00 4.00 0.00 atttagagatccacccacct
SEQUENCE SIZE: 1629
INCLUDED REGION SIZE: 1629
PRODUCT SIZE: 1544, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1248
0 gtattatgcttttaccgatattcagcctactaagctaaaaattcgtaaaattaaaaagca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttttcacatgataaaaattcgtaacgaaaatactagactttctttccatgcttaatcata
120 ggactaaagttacacctaccactaaaaaaaaatcaagatatatatatatatatatatata
180 tatatatatagtgtagtataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCccattttattt
**********************************************************
1440 tgtcttagttcaaggtttaaagagagagaataatttaggattaaagacaaaataaaatgg
1500 gtcatatcatattttttagtgggtcgagttaggtgggtggatctctaaatggtttaattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 attttttaaaaattttggtttgttatataaataattaatatcaacaaattttaactcaaa
1620 aaataattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 811 0 0 0 234 0 521 11 6 17 12 0 10
Right 807 0 0 0 375 0 327 69 0 0 17 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000052, oripos=3663845..3664470 strand=1 allelepos=201..826
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 135 20 55.07 30.00 7.00 3.00 aatttaaaatcgccttgaca
RIGHT PRIMER 887 20 54.82 30.00 8.00 0.00 ttttaaaacaaaatcgctcc
SEQUENCE SIZE: 1026
INCLUDED REGION SIZE: 1026
PRODUCT SIZE: 753, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,645
0 ttttttttaatatgtcgctgcctcacttaagtttaattttttttagtttaaataattttt
60 ttttaaaaaaaatcaaatcgcagcagtttttaattaatttttttctttttaaattaaatc
120 gctaaaatagattttaatttaaaatcgccttgacatcaatttgattttaaaaaacaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaaaaatttaattaaaaatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatata
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840 tatatatatactgaaaatcgttccttcgggagcgattttgttttaaaaaaatattttaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 aaatcaaatttaacaatataattttctacactaccaatttataattcaaaatcattctga
960 atttggaattttgatacttcaactttctggctagttcaaaactcatatgtttagaagaag
1020 aaaata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 820 0 0 0 506 0 137 98 6 28 16 0 29
Right 852 0 0 0 293 0 419 105 2 15 4 0 14
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000053, oripos=3673634..3674685 strand=1 allelepos=201..1252
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 37 20 54.98 35.00 2.00 0.00 tggtaggtcatttgcttttt
RIGHT PRIMER 1387 20 55.19 50.00 7.00 2.00 gtctcacggtgaatcctcta
SEQUENCE SIZE: 1452
INCLUDED REGION SIZE: 1452
PRODUCT SIZE: 1351, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1071
0 attaatgtgtacaacattaatgtaatttgaattattatggtaggtcatttgctttttacc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaactacccatagaaatttagagacttattatatgcataggtcttgatatgatccactat
120 ccttccggtggggtgtatgtacattcgttaattttgaaaaaatcatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatatatat
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1260 atatatatatatatatatatatatattgaaaaaattgaaataattaaaatataattaact
*
1320 gtgcaaccataaaaaacataaaattatcattgtgctactgctacaagctagaggattcac
<<<<<<<<<<<<
1380 cgtgagacatagatttgaatccagttaagtgtttgttttcattatttttattttaaattt
<<<<<<<<
1440 atcttggagctc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 228 0 474 112 0 4 2 0 30
Right 830 0 0 0 385 0 347 49 0 14 10 0 25
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000054, oripos=3684511..3685904 strand=1 allelepos=201..1594
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 55.07 50.00 3.00 3.00 tactatcctggtgtcggaac
RIGHT PRIMER 1642 20 55.04 45.00 6.00 1.00 gcttgatcactaatcttcgg
SEQUENCE SIZE: 1794
INCLUDED REGION SIZE: 1794
PRODUCT SIZE: 1500, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1413
0 ggtgtcgggacgtggcactccgatcctcatatactatcctggtactggaacgtggcaccc
60 gatccatatactatcctggtgtcggaacgtgacactccgatcctcattctatcctggtac
120 cggaacgtggcacccgatccatatactatcctggtgtcggaacgtgacactccgatcctc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 attctatcctggttccggaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgcataaaaataagccataacctacct
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1620 ccaccgaagattagtgatcaagcaagcaatttcccaaagctttgtgtttctcctcttctt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1680 ttcaccttctcgttcgattctccctctctctctttgttctttttagttttcttattccaa
1740 ccctctttcttttaccctaattagcatataattaagaataaaagatggcaataa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 237 549 0 14 0 0 55
Right 832 0 0 0 78 0 418 220 8 12 0 0 96
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000055, oripos=3690019..3697799 strand=1 allelepos=201..7981
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 119 20 54.87 40.00 8.00 2.00 agaccattagcaaatgagga
RIGHT PRIMER 8029 20 55.04 45.00 6.00 1.00 gcttgatcactaatcttcgg
SEQUENCE SIZE: 8181
INCLUDED REGION SIZE: 8181
PRODUCT SIZE: 7911, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,7800
0 aagtattgctccccacaaaattcaccaaacaagacctatatacattttcaactatcacgg
60 actcacccaccggagtagaaacacgaataggcatatcaagtaattcacaatgtaaattaa
>
120 gaccattagcaaatgaggaagatacataagaaaatgtggatccgggatcaaacaatacag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aagccatgcaatcacaaaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7980 Aacataaaaataagccataacctacctccaccgaagattagtgatcaagcaagcaatttt
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8040 ccaaagctgtgtttctcctcttcttttcaccttctcgttcgattctccctctctctctct
8100 ttgttctttttagttttcttattccaaccctctttcttttaccctaattagcatataatt
8160 aagaataaaatatgacaataa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 18 0 502 265 2 9 0 0 52
Right 860 0 0 0 111 0 401 227 0 15 0 0 106
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000056, oripos=3707079..3708356 strand=1 allelepos=201..1478
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 55 22 54.46 36.36 4.00 2.00 gtgtaaccgagacatattttca
RIGHT PRIMER 1556 20 54.69 35.00 3.00 2.00 cattgtggcgattattgtta
SEQUENCE SIZE: 1678
INCLUDED REGION SIZE: 1678
PRODUCT SIZE: 1502, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1297
0 aaagaagtgtatatatattaaactacacctaatttaagttgtatgtatctattatgtgta
>>>>>
60 accgagacatattttcagtatatctggaataataataataataacaataataataataat
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataataactaataaatta
180 attaattaattaataagtaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 tttaggttattagtttgctattatatataattttccctaacaataatcgccacaatgcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 tgaattaataaattgaattttcaaattgttgtccttcttctcttcttttaataaagaaac
1620 agaagtgataaaattattgaattgtcaatcgaattggattacataatttattctaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 539 0 313 0 0 2 0 0 1
Right 854 0 0 0 314 0 412 84 7 14 0 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000057, oripos=3712670..3715683 strand=1 allelepos=201..3214
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 19 20 55.01 45.00 7.00 1.00 taacccttggttacaacacc
RIGHT PRIMER 3278 20 55.02 45.00 2.00 0.00 ccaccaatctatccctacaa
SEQUENCE SIZE: 3414
INCLUDED REGION SIZE: 3414
PRODUCT SIZE: 3260, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3033
0 gcagcatttacaattaccataacccttggttacaacaccaaagctcatcaatgaggactc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acgcctcctcatcatactcatttgggaattaggttcattagattgaatatattaacattt
120 ttgaagattcattatctttattcctctcgtgtcggtacgtgacactccgctcctcaatat
180 actatcctggtgtcggaatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3300 gggagtgtgcccgggagagggggtaaattttttttaaaaaaaaacatttctttttgtatt
3360 cgaaaacaatttttttggtgggtgggggtgggcgcaggagagggtaaattttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 116 0 359 288 0 29 0 0 63
Right 738 0 0 0 191 0 222 253 5 7 39 0 21
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000058, oripos=3734738..3735244 strand=1 allelepos=201..707
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 97 20 55.46 50.00 3.00 0.00 ggagtctaaagggtgaaagg
RIGHT PRIMER 847 20 54.85 30.00 7.00 1.00 aaaattaaattgctgccaag
SEQUENCE SIZE: 907
INCLUDED REGION SIZE: 907
PRODUCT SIZE: 751, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,526
0 ttaaattaataatttataatgatgtttttttagataaatataaaattgaatcaaaactag
60 tgattttgactgaacttgtaatctataaggagagtccggagtctaaagggtgaaaggtgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taacaaaaattttaaaacagtatatgaaatttctttttaataaaaacagtaaaatcgctc
180 acgaagtagtgattttgtccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgcaacgatttttt
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720 attaaaaaattttatttattttttaaagtcaaatcactgccaaagcagcgattttaaatc
780 aattttttttagcaatttgattttaaaaatttaattaaaaattgctgccttggcagcaat
<<<<<<<<<<<<
840 ttaatttttaaaaaatatttttaatttaaacttttttaataaagaagcaaaaattaattt
<<<<<<<<
900 aaaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 407 0 336 58 6 12 0 0 23
Right 833 0 0 0 576 0 69 153 9 4 6 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000059, oripos=3745349..3746412 strand=1 allelepos=201..1264
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 54.50 35.00 6.00 1.00 atgaatatgttctgcccatt
RIGHT PRIMER 1340 20 54.69 45.00 6.00 0.00 gttttgctgatatccactcc
SEQUENCE SIZE: 1464
INCLUDED REGION SIZE: 1464
PRODUCT SIZE: 1221, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1083
0 tatttttataattttctaaaaagaaatgtatttaactctgattcttatttccataattta
60 acattgtaccttctatttctattaaatatatatgttttatttatgtctccttttattacc
120 atgaatatgttctgcccattttttctcaattaatttcatttaatttgttgtaaaatgttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaaaaaattaaaatatcttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNAatattttagcttgactcaaaaaataagatgcaaattattaaattatgatcaaccta
*************
1320 tggagtggatatcagcaaaactcaaaagattaattatgcattaaatttatatattattct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 ttgctataaaaaatcaaggtctaacaattatattacaaacacatctttatttatataata
1440 cttaataaaattactcataactta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 808 0 0 0 407 0 361 16 0 1 15 0 8
Right 780 0 0 0 465 0 243 25 0 13 21 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000060, oripos=3783806..3785876 strand=1 allelepos=201..2271
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 60 20 55.10 40.00 6.00 3.00 taatgataattcgacggacc
RIGHT PRIMER 2339 20 55.07 40.00 5.00 3.00 agaacttcaaggcatcaaga
SEQUENCE SIZE: 2471
INCLUDED REGION SIZE: 2471
PRODUCT SIZE: 2280, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2090
0 tgcatattagaaagaaaaaaaaggggagggaaaaaaaccatgtgagctctacacgttttt
60 taatgataattcgacggaccatatttttttaaattaaagaaaataaatcaaaatgcatgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gaaagatttttgttggagggaatcttgtgaggtgacacaatttgattgcttatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttagggtg
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2280 agctaaagcttctagcttggactggatcttcttcttcatgtcttgatgccttgaagttct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2340 ggcatagactagccattatttatgtttagtttcttagatactcttagctttagtaattta
2400 aggatgacttccagattttggggataatgataagttgagttttagaagttgattattgat
2460 tttgttaatga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 667 0 0 0 200 0 197 135 0 19 58 0 58
Right 849 0 0 0 63 0 576 132 7 13 0 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000061, oripos=3788926..3793965 strand=1 allelepos=201..5240
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 158 20 55.35 50.00 6.00 2.00 gcctacgtgacaatagtcgt
RIGHT PRIMER 5298 20 54.89 30.00 5.00 3.00 acgggcatattatttttgaa
SEQUENCE SIZE: 5440
INCLUDED REGION SIZE: 5440
PRODUCT SIZE: 5141, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5059
0 aatatttgatgattcagttttctttatcttaaataatagggataatactcaattaccacc
60 tagtctatacccaaaatctctacgagacaccttattttttatgaggtcctattactctct
120 ccatcttttttttaaaagtaatttattaccccttgcgtgcctacgtgacaatagtcgtga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tttcacccatgtagggcgcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTattaataatattaaaatatattaattaaaattaaatattt
***************************** <
5280 tcaaaaataatatgcccgtgtaattttttgtccaccgtcgatagatagtagttaaactca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5340 tatatttaatcgactcgcgcaactcccaatgcagcaaatctaaaaaactgagttaaggtg
5400 taaacatgttgtatttaactatatctagtagtagtatttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 761 0 0 0 106 0 494 108 0 7 27 0 19
Right 744 0 0 0 195 0 330 155 0 12 34 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000062, oripos=3817926..3818760 strand=1 allelepos=201..1035
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 54.77 40.00 4.00 1.00 ttggcctgttaggtatcatt
RIGHT PRIMER 1233 20 55.50 35.00 4.00 2.00 caactttaaccaaacgcaat
SEQUENCE SIZE: 1235
INCLUDED REGION SIZE: 1235
PRODUCT SIZE: 1218, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,854
0 catgtttagttgattattggcctgttaggtatcattatttttcattgaatttgtaattat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taaactaaaaaaattatataaaatttgtaaatatttagtttacatcaagaattgaaaaaa
120 ttagatttgtatcacatatgtgggttaatacggattcatataaataataaataaacatat
180 atttttatatatttaatttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNTcctttcattctttatttcaaattagatatataaaaaatatatgtt
************************
1080 tatctataatttatatgaatccatataatatatatatatatatatatacggtgaaattat
1140 acaaacattataaagtcatagactaagatggcttcgtaatttttaattcaaaacaaattt
1200 aattaattatataaattgcgtttggttaaagttga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 493 0 289 14 3 10 7 0 22
Right 860 0 0 0 564 0 264 6 0 7 0 0 19
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000063, oripos=3829093..3838143 strand=1 allelepos=201..9251
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 165 21 54.25 33.33 4.00 2.00 ttgtttccttttctacgttgt
RIGHT PRIMER 9402 20 54.99 40.00 4.00 2.00 taagggacgtttttggacta
SEQUENCE SIZE: 9451
INCLUDED REGION SIZE: 9451
PRODUCT SIZE: 9238, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,9070
0 cctttagaataaatacaaattagaaaaaaatatcaaattcagttgacatacctttgttaa
60 tttgtattcattccaatatgtatgtcaaataaaatgtagctatttaagaaatacatttgt
120 attcgtatatattttcactatgtatttatttttcttttcaaaatcttgtttccttttcta
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180 cgttgtattcattccaatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9240 NNNNNNNNNNAccctaattagtatataattaagaataaaaggtggcaataataccccgct
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9300 aattaacttagggttacctcttttaaccctcaagaatttgagttattaatataaacccac
9360 gaagtctataattaaggaaagaatagtccaaaaacgtcccttaaaacttcaccagaaatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
9420 cgactctgcctgggatttgcgcaacctgtga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 363 0 473 1 0 3 1 0 12
Right 860 0 0 0 63 0 495 227 0 12 0 0 63
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000064, oripos=3941207..3941227 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 69 20 55.40 40.00 3.00 3.00 gcaggcactttgttcataat
RIGHT PRIMER 330 20 55.29 35.00 6.00 2.00 tcgattaatttgggttatcg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 262, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tcattcctttgatttaaaggatttctaaataattacattttattagagaattttctcaag
60 catatttttgcaggcactttgttcataatgaatgtataggttataataggtacgatttac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgttttagtcgatatgcatagattatacatacaagctatatatatatatatatatataa
180 taaataatgattatattaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtagtcaactaagtaagtta
****************************************
240 attaactaatacaagactatatatatatatatatatatataaaataatgattatattaaa
300 tttttaaataacgataacccaaattaatcgatatttgcaagtattaaaatatagtaggtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aagaaatattggcaaaatataaaaacttatttaataagtatttggagaaaaataatatag
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 270 0 492 64 8 7 0 0 12
Right 860 0 0 0 536 0 306 7 0 3 0 0 8
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000065, oripos=3942258..3942915 strand=1 allelepos=201..858
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 20 20 55.01 35.00 4.00 0.00 ttcactttgacgtttttcct
RIGHT PRIMER 903 20 55.10 40.00 5.00 3.00 ctttgagcgcgttaagttat
SEQUENCE SIZE: 1058
INCLUDED REGION SIZE: 1058
PRODUCT SIZE: 884, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,677
0 tcacgtttcgaataaccattttcactttgacgtttttccttttaatttgaaattatatgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tttttttccgatcaacccaccaactcctctccttgaatctaattcaatattggaaatggt
120 atttcttccaatcacactttttcttaattattaattaagatttgttaaaattgaaaaata
180 ataataacaagtttttgttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNGgaaaaaaagaaaatatattaattttcataacttaacgcgctc
*************************** <<<<<<<<<<<<<<<<
900 aaagagagtgcactacacattttttgccatgtcagcgttttgtatttaatggaaatgatt
<<<<
960 tttgaacaaataaggtgttcaatcggcatatgaatgagttaaggtgtctaagtgaatttt
1020 gcggacaactttaagtggctgcacatgacttaagcctt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 809 0 0 0 297 0 318 118 1 13 14 0 48
Right 802 0 0 0 85 0 332 269 4 22 17 0 73
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000066, oripos=3966931..3967443 strand=1 allelepos=201..713
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 31 20 55.37 40.00 6.00 3.00 cgagttttgctaaaaacgac
RIGHT PRIMER 836 20 55.13 45.00 3.00 3.00 gaggaggaaacaaaggctat
SEQUENCE SIZE: 913
INCLUDED REGION SIZE: 913
PRODUCT SIZE: 806, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,532
0 aaatcatatgtactaatttcttaaatcaatgcgagttttgctaaaaacgacactttttgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 catgataaccatactttcttagggaacatgtaaaaaaaatatgatagataatttgagacg
120 aaaactatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatagta
180 tagtagtagtatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGctaaaaa
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720 gaaacaaaatcctagcataaagtccccaacccaagatcacctattgttactattaccctt
**
780 tagtcataaactcttcaaaaaaaaatagtttgtttatatagcctttgtttcctcctcctc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 acatcaattttttctagatttttaaccatgcaaaattgtcataataattctatcacatat
900 ttatcttctagtg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 832 0 0 0 380 0 311 82 0 12 8 0 39
Right 803 0 0 0 162 0 424 138 0 17 21 0 41
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000067, oripos=4044069..4044798 strand=1 allelepos=201..930
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1130
INCLUDED REGION SIZE: 1130
TARGETS (start, len)*: 190,749
0 caatatttttttaatttttaatttttttgataaatcccaaaaataagtttattaacaaaa
60 aaatatgaaaaaatctaaaaattacgcaaaaaaatcacaaataaaaacaggaaaatatga
120 aaaaaaaataaaaataataaaaattagttgaaattattgtatttaagtttactatattta
180 tttgtgaatttttgtacgtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCacacttgtcatattttttattaatatatta
***************************************
960 ctcatttttgagatttatcgaaaaataaaaaaaatttaaaaaaattgaaatgttagattt
1020 aagtttactatttatttatgaatttttggtgttaatttttttcttcatattttagctatt
1080 ttttatcaatcaatcactcatttcgggatttaccgcaataataaaaatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 783 0 0 0 638 0 121 0 0 0 24 0 0
Right 817 0 0 0 526 0 187 71 0 1 14 0 18
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000068, oripos=4064135..4065222 strand=1 allelepos=201..1288
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 48 20 55.70 40.00 2.00 1.00 gcaaagagccaagtcaataa
RIGHT PRIMER 1365 20 54.41 35.00 3.00 1.00 ttgtgcctctaaaatgtcaa
SEQUENCE SIZE: 1488
INCLUDED REGION SIZE: 1488
PRODUCT SIZE: 1318, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1107
0 gttttttatttgaatgatgttatgactaaacactgacaacaaaagaccgcaaagagccaa
>>>>>>>>>>>>
60 gtcaataataaatttcatataattaaattgttatatataaaaatatatgaagattatgta
>>>>>>>>
120 ttatgtttatgtatcatataaacttttttgatttgaataaaagatgcaaggaaatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 atatatatatatatataatgagttgtttgacattttagaggcacaacaatttttttattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 tgtaatttacgacattatatttgtctctttttttttcttataataatttaaagcttttat
1440 ttgattacatgttttttttccttgactaatatttactttttcattaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 476 0 262 90 0 2 3 0 20
Right 764 0 0 0 484 0 223 11 0 1 29 0 16
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000069, oripos=4082018..4083086 strand=1 allelepos=201..1269
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 75 20 54.76 50.00 4.00 2.00 ggacgagttggagtattctg
RIGHT PRIMER 1299 20 54.92 35.00 5.00 0.00 gcagttgaattatttttggg
SEQUENCE SIZE: 1469
INCLUDED REGION SIZE: 1469
PRODUCT SIZE: 1225, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1088
0 cttaaagaatgttcatctagacacctccaaagtttatgtgccacatcagcatctgctgtc
60 tacgagacacactggggacgagttggagtattctgttgccagttgagaccaaattgaggt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gtctatatgtgcactcctcaaagttggagtgcttattgtcaactgaggccaagtttgagt
180 gtgtgtttaagggcccgtttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNGtattatgcctccccaaaaataattcaactgccaccagatggcttaaaagtt
****************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 cagcatttcttggcaggaaaagtatcttacctaacattatcaaccaagatagcaatttca
1380 agtgcaagcaggggaaagaacacaatcttcaaacttacagctgcaattatccacagttca
1440 caaataagtggcttcgcttatatgaagta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 839 0 0 0 0 0 355 366 6 33 0 0 79
Right 852 0 0 0 0 0 445 296 3 39 0 0 69
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000070, oripos=4086987..4088370 strand=1 allelepos=201..1584
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 147 20 55.01 35.00 5.00 3.00 taatttgtaatggtgccaca
RIGHT PRIMER 1649 20 54.83 55.00 3.00 3.00 gtcgtcctcctacttcactg
SEQUENCE SIZE: 1784
INCLUDED REGION SIZE: 1784
PRODUCT SIZE: 1503, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1403
0 aaaagctcatagtctttcataaaagtcgtaatttttcataaaaatcgcaactcttcacta
60 aagtcacaaatttttataaaaatttcaacttttcataaaagtcacaatttttttcataaa
120 agaaaagactaaatttgtaaaaaaaaataatttgtaatggtgccacataagcgagtctaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttatatatatatatatatatatatatatatagagag
*********************************
1620 agagagagaacagtgaagtaggaggacgaccaagggcaaaaatataagtgtatgctaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1680 aaatatattaagaaagataataaataattctagaaacatacttctataaataaagtgaaa
1740 aatgatcgagaacaaaaatgtaatttcacgctataaaaatttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 347 0 370 56 5 13 9 0 30
Right 860 0 0 0 284 0 451 87 0 1 0 0 37
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000071, oripos=4094261..4097122 strand=1 allelepos=201..3062
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 46 21 54.58 38.10 7.00 3.00 caaactttggcatagactgat
RIGHT PRIMER 3248 21 54.87 33.33 4.00 0.00 aattccaccaatagtttttcc
SEQUENCE SIZE: 3262
INCLUDED REGION SIZE: 3262
PRODUCT SIZE: 3203, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,2881
0 ttgaattatgacaagcctagtgctaaatttattatattgcttaagtcaaactttggcata
>>>>>>>>>>>>>>
60 gactgattctttttttttttaaggaaaaaagttagtgtttaatcaaatttataattctaa
>>>>>>>
120 taggaagttctttaaatcaaatgattaactctaattctaggaagataattatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NAtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
***********
3120 tatatatatatatatatatatatgttgttatattcaatccatataaagggttgatcttcc
3180 catttatcaaaaaaacacaaaagaaatttttgcttaattaataccctaggaaaaactatt
<<<<<<<<<<<<
3240 ggtggaattagatgatataaat
<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 347 0 396 14 1 12 18 0 9
Right 817 0 0 0 431 0 309 30 0 17 14 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000072, oripos=4108758..4109807 strand=1 allelepos=201..1250
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 99 21 54.79 28.57 5.00 1.00 tttggaacaatttgagtcatt
RIGHT PRIMER 1443 20 55.01 45.00 4.00 2.00 agatgatggagttggtcaag
SEQUENCE SIZE: 1450
INCLUDED REGION SIZE: 1450
PRODUCT SIZE: 1345, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1069
0 ttttttctttttcctttttaatctctttttttattgcatatagtccaattattaagtagt
60 taaactttaccttttctcgaaagttcttaaataaaaatttttggaacaatttgagtcatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaattagtcataaatatttatattaaaataaatcgtttaggtttaggttataattcactg
180 aaatacaatattttttgaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTattgagaatt
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1260 cttttgatgaaattgttttgtatgagattataagtacacatacacgaaatcatataaata
1320 ctaatgtttttttgggtgaaattagttaaaatatcacaattataaaaacaaaagtatttt
1380 atcatatgaaattgtttacgcagcacaaatattataaatttaaacttgaccaactccatc
<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 atctagaagg
<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 818 0 0 0 322 0 463 3 2 7 14 0 7
Right 811 0 0 0 344 0 380 39 0 18 14 0 16
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000073, oripos=4124165..4124730 strand=1 allelepos=201..766
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 55.00 50.00 6.00 3.00 cacgtggcagtgttacatac
RIGHT PRIMER 947 20 54.67 40.00 6.00 2.00 ggaatcctagaatgggaaat
SEQUENCE SIZE: 966
INCLUDED REGION SIZE: 966
PRODUCT SIZE: 932, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,585
0 atctctcaccttctgccacgtggcagtgttacatactcacattctaattgagatgtgaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgttttttttaagtgtcgagtcatctaaaagataattaattacgaataaatctttataaa
120 aataaattattgaatgaatttgaattttctatattcgttcaagtgtatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatat
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780 atatatatatatatatatatatatatatatatttatgtaatgtaataattatttacacta
840 tctgtatatataaagttaaatgcgaatttaattttcttagacacaattttaataatataa
900 atagggggtctatttatatattaataatatttcccattctaggattccaccatcatatac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tttctt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 373 0 320 83 0 1 18 0 7
Right 860 0 0 0 492 0 331 21 0 9 0 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000074, oripos=4199232..4199744 strand=1 allelepos=201..713
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 20 54.87 35.00 2.00 2.00 tagccaaatccgtaatcaat
RIGHT PRIMER 831 20 54.99 35.00 5.00 2.00 gacaaatggggattttgtaa
SEQUENCE SIZE: 913
INCLUDED REGION SIZE: 913
PRODUCT SIZE: 792, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,532
0 caaaatcggtactttagaaccattaatcgatactctacgctagccaaatccgtaatcaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acctggtgacaatatatattagttaactacgattaagcgataaataaagtttataacaaa
120 acatatgtacatcatgtatattatcaatataaatatcgaatgaaaataattattgtgtaa
180 gattgttaaaaaacataaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 agttgacattttatttaaaaaataatttaattttagtcaattgccgtgtatatcacttaa
**
780 taccccacccctactccctctttctcaacattttacaaaatccccatttgtcaaactatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 tcatttccccatgcatatataaataaacctactaacatatactaaaaattataaaaatca
900 atttcaagaatcc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 293 0 472 61 0 7 0 0 22
Right 860 0 0 0 260 0 364 149 0 28 0 0 59
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000075, oripos=4219762..4224316 strand=1 allelepos=201..4755
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 111 20 55.04 50.00 5.00 3.00 gagtctctgaatcttgcgac
RIGHT PRIMER 4786 20 55.40 40.00 4.00 2.00 aattgtgctccatagcaaac
SEQUENCE SIZE: 4955
INCLUDED REGION SIZE: 4955
PRODUCT SIZE: 4676, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4574
0 ttagaaaatctgaaattgggtactgaaaatcgactctctgaacttcgtaacagaatgaca
60 ggatggaccgtcacaggtgtgacggaccgtcacagactcttcagagaaattgagtctctg
>>>>>>>>>
120 aatcttgcgacgacctgcaggacggaccgtcgcaggcacgacgggccgtcgcaggcacga
>>>>>>>>>>>
180 cgggccgtcgcaggttgcgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNTggcaaatccaacgtttgctatggagcacaattaaatcaaactcta
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4800 gctactctatttaatttaggttattagtttgctattatatacaattttcccatagtctat
4860 tttgtgacattatttaaaatttaaccattaaatatacaacttattttatcgtattcttaa
4920 aatttttcaatcatttgaaaaacttgcgaaaatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 27 0 287 468 2 15 0 0 48
Right 860 0 0 0 377 0 415 35 1 16 0 0 16
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000076, oripos=4229130..4230825 strand=1 allelepos=201..1896
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 155 20 55.01 40.00 4.00 1.00 aacaaaatgtacccaacctg
RIGHT PRIMER 1941 20 55.36 55.00 6.00 0.00 ggggttcgtagatctctctc
SEQUENCE SIZE: 2096
INCLUDED REGION SIZE: 2096
PRODUCT SIZE: 1787, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1715
0 ataatcacaattaaatacaattaaccaattaattttattttaaacttgtaaaatacaaat
60 attgtgagacaggaagagtataaaaagggccgttcacaatagaaaaaattgaaaatattt
120 tgtgttgtatcctcttttgggagataatttaatgaaacaaaatgtacccaacctgtacaa
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180 agtggagtactaaagtttatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtatatatatatatatatagagaga
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1920 gagagagagatctacgaaccccacttaattccgatccctgctcatatgtgatatatcttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1980 ttacgaaaaaaattactcataaaatcttttgatttttaattagtagttttatatttaaat
2040 taatatatatatgttttttacttttttaaaaatatttcacttccgtcccgtcttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 831 0 0 0 338 0 339 94 0 17 7 0 36
Right 812 0 0 0 393 0 231 138 0 18 14 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000077, oripos=4237787..4238360 strand=1 allelepos=201..774
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 124 20 54.85 40.00 3.00 0.00 ttgtatcctcttttgggaga
RIGHT PRIMER 952 20 55.19 35.00 3.00 2.00 aataaccgaaaggattggat
SEQUENCE SIZE: 974
INCLUDED REGION SIZE: 974
PRODUCT SIZE: 829, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,593
0 ataatcacaattgaagacaattaaccaattaattttattttaaacttctaaaatacaaat
60 atcgtgagacaggaggagtataaaaagggccattcacaatagaaaaaattgaaaatattt
120 tgtgttgtatcctcttttgggagataatttaatgaaacaaaatgtacccattctgtacaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agtggagtactaaaatttatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttataa
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780 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatactaaaaaattactcat
***
840 aaaatcttttgatttttaattagtagttttatatttaaattagtatatatatatatatac
900 ttttttaagaatgtttcacttccatcccgtcctatccaatcctttcggttattggcgagc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 catacgaaaagaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 255 0 429 72 3 11 7 0 53
Right 848 0 0 0 562 0 58 198 0 2 4 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000078, oripos=4258666..4259601 strand=1 allelepos=201..1136
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 149 22 55.22 31.82 3.00 0.00 tcaaaatacgagagtcaaaaca
RIGHT PRIMER 1257 20 54.64 40.00 5.00 2.00 aatcgcatcagatccactat
SEQUENCE SIZE: 1336
INCLUDED REGION SIZE: 1336
PRODUCT SIZE: 1109, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,955
0 tattttagtgcacaaaattaaatttaactctcttactgtatacatatataagggtggaat
60 atagcttaaaagacaaatttacttatcattctaatatcataacttgtttaaaattacttt
120 atcttttctaattaattgtctgaataagttcaaaatacgagagtcaaaacatttataatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaaattttatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaata
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1140 tacactatttaaattttataaacaaaatttcatgaatcattacaattcaatcgcttttgg
*****
1200 tatatgaacttaaggagttgacaatactgataaaatcaatagtggatctgatgcgatttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 atgaatcatgataatttaatagcttttgctatatgaacttaagaagttgacgatactgat
1320 aaaatcaatggtggat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 350 0 502 0 0 0 0 0 3
Right 857 0 0 0 136 0 597 74 2 22 0 0 26
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000079, oripos=4265505..4265946 strand=1 allelepos=201..642
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 114 20 54.96 50.00 2.00 0.00 agagtggagagatttagggg
RIGHT PRIMER 738 20 54.90 40.00 3.00 3.00 aaaataggaacggcttctct
SEQUENCE SIZE: 842
INCLUDED REGION SIZE: 842
PRODUCT SIZE: 625, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,461
0 aaatacaacctgaaaaagcttatgagaaaaatatatttataaaaaacttcatttgaagat
60 aaatgacaaaaatgcattaaaaacataaatagataaaaaaaacttttggagaaaagagtg
>>>>>>
120 gagagatttaggggattcttttctttttttaaaaaaaaatattgaaaaaatattttccct
>>>>>>>>>>>>>>
180 aatttttaaaaatgtagttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaaatattttccctaat
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660 ttttaaaaatgtagttaaatagttatattaattatatagttatttaaaaagagagagaga
<
720 gagaagccgttcctatttttgctccgataattaccatttgttaaaaatacaaataatcct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 actatctaaagcaaaaaaaaaaaaaaacttgtagattgtaattaaattgttattttcaat
840 aa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 787 0 0 0 418 0 279 26 0 3 23 0 38
Right 833 0 0 0 460 0 251 73 0 0 10 0 39
Pair Stats:
considered 6, high end compl 4, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000080, oripos=4357503..4357751 strand=1 allelepos=201..449
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 57 20 54.84 35.00 4.00 2.00 gcatcattaacgcacaatta
RIGHT PRIMER 628 20 55.11 50.00 2.00 2.00 agggagagaggtgaaatagc
SEQUENCE SIZE: 649
INCLUDED REGION SIZE: 649
PRODUCT SIZE: 572, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,268
0 aagaaacacgttttattactaaataacttctgtggctaatattgtttcttgagatttgca
>>>
60 tcattaacgcacaattattcatgatatttaaatacatttgtcctcttttaattcaagctt
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ccaagaaaaaattcaaccaacgtttacaatgtttatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatataatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatata
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480 tatatatatatatataaaatctaaaattagcaaatttagaaaggaaaatggtatataatg
540 ccaaactattaattcaaattaaatgttattaatatagtttaatttaattgtatccaatag
600 caaactgttgctatttcacctctctccctggtgaatctcactcgccatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 254 0 423 46 0 27 17 0 30
Right 858 0 0 0 426 0 298 96 4 10 0 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000081, oripos=4363727..4363747 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 55.03 45.00 3.00 3.00 gtccgatgtgtgcctattat
RIGHT PRIMER 418 20 54.98 50.00 4.00 2.00 ggctaacttgagtatgtggc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 299, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aaaaagttgagattgaattctctgcgttctcggaacgtatacaaatatttgtggacctag
60 ccattcacctactggattgtttagacatttaatggtcctaataaatgtttcttctatatg
120 gtccgatgtgtgcctattattatctcgcaacttgatatttcttctatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgatcgttatatttatttat
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240 ttacttagttcatcttggtataaaattgatctcgtaatttggatataaaatttaaaaatt
300 taattatttcaagcattgtttttttgatataaaagtataaaattaaatgaatatttttct
360 tccattgggtagcatgattttttaggcccaaattttctagccacatactcaagttagcct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 121 0 497 171 1 8 0 0 57
Right 769 0 0 0 331 0 313 69 0 17 26 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000082, oripos=4366573..4367773 strand=1 allelepos=201..1401
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 145 20 55.02 40.00 4.00 2.00 aagttgtcacgatccaaatc
RIGHT PRIMER 1432 20 54.96 40.00 4.00 3.00 tcacagattgttcagtggaa
SEQUENCE SIZE: 1601
INCLUDED REGION SIZE: 1601
PRODUCT SIZE: 1288, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1220
0 cgttacaccaaaagctaggaggattcattgcacatagctaattaacattttgtgtagtca
60 atttatttcactatttaccttttatgattttaggaacataatgtatatattgctcccgta
120 caatacaaacattaactaattaaataagttgtcacgatccaaatccgggccgcgactggc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 acccacacttaccctcctatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcaaagagtcaacttccactgaacaatctgtgacggtccg
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1440 tcacgcctgtgacggtccgtcctgccattccgtcacgaagttcagagagtcgattttcag
1500 tacccaatttcagattttctaagtgttttgaaacgagaccctgcgacggtccgtcatgcc
1560 catgacggatcgtcgtttggtccgtcgcctcagccagtttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 143 0 492 170 0 8 0 0 42
Right 860 0 0 0 0 0 214 590 0 21 0 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000083, oripos=4658122..4659380 strand=1 allelepos=201..1459
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 55.01 40.00 3.00 2.00 atttaccgcaagtgacctta
RIGHT PRIMER 1602 20 54.32 35.00 2.00 2.00 tgtcttggcttcatttatca
SEQUENCE SIZE: 1659
INCLUDED REGION SIZE: 1659
PRODUCT SIZE: 1532, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1278
0 acccttagatatcgacaaaacggtaggtatgtggctatgactaggagtcttattaaaata
60 aaaatttatttatttaccgcaagtgaccttatatttaatttaattccatattaagaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taaaagttgttgaaaatttttcatatatttctttttatgtaaaaatggttaataatctaa
180 ttttttttccaacttgaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTttcaatagattcttgattcaaataaaacatataaaaacttg
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1500 gatatatgaagcaaatactagtaaataagtcataacaaaaaaaatggtgaacaaggtaat
1560 aataacaacaataacatataatatgataaatgaagccaagacaataatgagatcgaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 taaggtagtaggacggtaatcaaatcaatacttgtaagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 514 0 254 40 0 7 0 0 40
Right 811 0 0 0 230 0 532 10 0 1 14 0 24
Pair Stats:
considered 8, ok 8
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000084, oripos=4665914..4671133 strand=1 allelepos=201..5420
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 5620
INCLUDED REGION SIZE: 5620
TARGETS (start, len)*: 190,5239
0 atttttaaaatattgaatctaatcacaatattagaaataacttttaacttttatagctta
60 attgctattcaatatatttttaaaaataattattaatgacaattatatttcaacactctt
120 aataaatatcgctaaaatttataacgattatatatatatatatatatatatattcctact
180 aaaggattctaacaaaataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgtatattggcttaaaatattagaagggtggattagtaagc
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5460 tgaagtataaatcaaataccgggcatcagttgcaatagctatttgaatagtaatgagctc
5520 aacacctctacaagatatatggatttaggagataatttgtataaactttataggagagaa
5580 ttgccctgggattttggtgcaatggcgaaggtaatacaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 587 0 268 0 0 0 0 0 0
Right 859 0 0 0 38 0 543 237 5 14 0 0 22
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000085, oripos=4672684..4676642 strand=1 allelepos=201..4159
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 39 20 54.96 40.00 6.00 2.00 acctttctggtgaaagcata
RIGHT PRIMER 4342 20 54.95 45.00 4.00 2.00 ttgagagttgtgtgcagaag
SEQUENCE SIZE: 4359
INCLUDED REGION SIZE: 4359
PRODUCT SIZE: 4304, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3978
0 catctctttgaattgttaaacattattttgcgccgtttcacctttctggtgaaagcatag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gctacttcttccatattcatcatctagggattctggattctagctattatagtgctttag
120 tttgctgtaacatttaagactatttgaacagtattaacctcaattcttttggcagtatta
180 acaatgttcataaggttgttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 tattggtaggttaaatcaccccttttctgtctttgaaatacctaagctgctttcaccctc
4260 tctcacctgtaaaacaaaagaaaccagaaaaaaatcagaccttgtgagcttgcagtcatt
4320 caccttctgcacacaactctcaacccctaacagcatgcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 32 0 593 155 2 27 0 0 41
Right 798 0 0 0 10 0 397 254 0 23 18 0 96
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000086, oripos=4677305..4681197 strand=1 allelepos=201..4093
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 164 20 55.02 40.00 3.00 2.00 gagaatccgtgttgtttcat
RIGHT PRIMER 4218 20 55.01 40.00 3.00 2.00 atttaccgcaagtgacctta
SEQUENCE SIZE: 4293
INCLUDED REGION SIZE: 4293
PRODUCT SIZE: 4055, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3912
0 gagaaacagtgaagtttcaatgtgttgtgtgaggtaatacagagggtaacatttcagctc
60 cctcagaacattctgacaaaaacgtgtaaaaccatctcttttttttaattgacccacgca
120 agtgtatgagttggagaactgtatcctcagagttggtcttgacagagaatccgtgttgtt
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180 tcattgaagctgatgatgtcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 aaatatatgaaaaattttcaacaacttttaaatttcttaatatggaattaaattaaatat
<
4200 aaggtcacttgcggtaaataaataaatttttattttaataagactcctagtcatagccac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4260 atacctaccgttttgtcgatatctaagggtaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 787 0 0 0 4 0 441 201 6 20 19 0 96
Right 860 0 0 0 504 0 269 40 0 7 0 0 40
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000087, oripos=4685499..4693103 strand=1 allelepos=201..7805
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 54.87 40.00 6.00 0.00 ttgaggcatatggtttctct
RIGHT PRIMER 7966 20 54.91 50.00 4.00 2.00 tccatgctctaggacagagt
SEQUENCE SIZE: 8005
INCLUDED REGION SIZE: 8005
PRODUCT SIZE: 7954, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,7624
0 ggaagcattggagttgaggcatatggtttctctgcataactgtcattatgtgtggtttgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agttgttagaggtctgagagtatccgactttgatgcattgatgagagtattcgcttgtga
120 tgcaccgattagagtattcgcttttgatgcactgatgagagtattcacttttggtatttt
180 ttgaatgtttagacatctaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNTttgcaagtttagttactgactcaacttcaggcatacgtgatcaaagttgtaaaag
**************
7860 tttaccttcttcttttttattactgtggtgttccgactaatttcacggaatatctgcaaa
7920 actttcacgagcaataggtatcatgtaactctgtcctagagcatggagccaggattttca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7980 ataacggggttcaaaattcgtagaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 820 0 0 0 1 0 494 221 2 30 9 0 63
Right 803 0 0 0 1 0 388 282 0 30 17 0 85
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000088, oripos=4753939..4753959 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 20 55.12 40.00 5.00 3.00 atgcggaagacttaaactca
RIGHT PRIMER 296 20 55.00 40.00 4.00 0.00 attcttgggggttaaaagag
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 297, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 atgcggaagacttaaactcattagtaaaatcaataatcaacttctataactcaaaaactt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atcattatccccagaatctggaagtcatcaccacaagaacatctacaatcaaatgactaa
120 actaagagtattctagaagctaaaaatacataagaagctagtccgtgccggaggttcaag
180 gcatcaagacatgacggaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtatataattaagaataaaa
****************************************
240 ggtggcaataataccccactaattaacttagagttacctcttttaacccccaagaatttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 agttattaatataaacctacgaaatctataattaaggaaagaatagtccaaaaacgtccc
360 ttaaaacttcaccagaaatccgactctgcctgggatttgcgcaacctgtgacgggccgtc
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 63 0 574 145 8 6 0 0 31
Right 860 0 0 0 62 0 432 297 0 8 0 0 61
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000089, oripos=4755563..4755630 strand=1 allelepos=201..268
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 468
INCLUDED REGION SIZE: 468
TARGETS (start, len)*: 190,87
0 tattttagcatttaagaggactcattagcaacaattttaatatttagtaaaaatgtcatt
60 ttagtttgttatgtatatttttattatttatttttatttaaagaatataattatttaata
120 acaaaaaggagaaaattaaggggggaatatttcaaaaaaaggcaagcatccttaattttt
180 tcatcagttacattttcaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaattgaatatttggtgtactcattcttaaaaa
*************************************
300 aaaaccacataactagttgacatacctctagaataaatacaaattagaaaaaagtataaa
360 attcagttgacatacctttgttagtttgtattcattccaatatgtatgtcaaataaaatg
420 tagctatttaagagatacatttgtattcgtatatattttcactatgta
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 701 0 0 0 426 0 193 15 0 8 42 0 17
Right 800 0 0 0 200 0 579 0 0 0 21 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000090, oripos=4761849..4761869 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 48 20 54.78 30.00 4.00 2.00 tgcattttgctttttgtaga
RIGHT PRIMER 317 20 55.07 35.00 4.00 0.00 cgcaaaaagaattaaccatc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 270, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctgcaaaaacttctccatcacttgcttgatgttcgccatggcttttgctgcattttgctt
>>>>>>>>>>>>
60 tttgtagattcgaaatttttttatttgtacctacgtatgtgatttatgttaaagttactc
>>>>>>>>
120 aactcatatgaagttttcctagcttgtttttttcttgattataataatatatatatatat
180 atatatatatatatatatacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtataatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatcaaaaatattttaccttttcgagtattatctttgttttttgga
<<
300 tggttaattctttttgcgtttcaatatatatggacgatataatatcgttgtgatcagggg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 cggattcaagttggatttgggggttcatttgaatttcctcggcaaaaaaatatacgatat
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 791 0 0 0 198 0 342 188 0 10 23 0 30
Right 757 0 0 0 153 0 300 240 5 10 32 0 17
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000091, oripos=4763914..4763934 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 22 20 55.03 45.00 8.00 2.00 attaaaccttcggaggtagg
RIGHT PRIMER 395 20 54.93 40.00 6.00 2.00 gtgcaagcacaaactcaata
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 374, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ataatttttttagccctaaaaaattaaaccttcggaggtaggttttttgacctctcttga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggtcatatttttttttgatgccatttttaccctcaatacctgacctaattaataaaagaa
120 aaaaaaactcaatcccacttgaaaatgctggaaaaatcatgtttatttttggatcgtgac
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaaaaaaattaataccaca
****************************************
240 taaattgagatagtgagaattaacatatattatttaaaaaatcatgtatttagtaaaata
300 tttagaagtcacattacaatttggactttcttaattatatttgtgccacataaattgaga
360 catataaaatagtaaatattgagtttgtgcttgcacatgcagtatatttataggctacca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 625 0 0 0 84 0 278 107 5 27 69 0 55
Right 860 0 0 0 310 0 463 56 1 23 0 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000092, oripos=4791151..4793213 strand=1 allelepos=201..2263
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 88 20 54.99 40.00 3.00 0.00 gttattgatgatgccttggt
RIGHT PRIMER 2393 20 55.17 45.00 6.00 2.00 ttgacactcaacatgtgacc
SEQUENCE SIZE: 2463
INCLUDED REGION SIZE: 2463
PRODUCT SIZE: 2306, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,2082
0 taattgtatgcttgcatgaatgtgattatataattgtgatgaaataagcatgatgaagct
60 attgaatcccaaatcttgaaaatctcttgttattgatgatgccttggtataagagaaggc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgatgaactaaagtaatgagattgatgatgccttggtataagagaaggcttgatgaact
180 aaagtaatgagattgatgatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatgattttctggttgac
****************************************************
2280 tgtcatgagctactacacaagatgggtatagtagaacggtttggtgttgagtttgtgact
2340 tatcagtttcaagggaacgccaaaatgtggtggcggtcacatgttgagtgtcaaccaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2400 gaggcaccacctatgacttgggcatcattctctagcttgtttatggagaagtatattccc
2460 cgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 43 0 588 99 0 30 0 0 95
Right 855 0 0 0 0 0 410 365 2 16 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000093, oripos=4795818..4798502 strand=1 allelepos=201..2885
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 145 20 54.96 45.00 5.00 1.00 ccttaaagcaatggagacac
RIGHT PRIMER 2978 20 55.03 45.00 3.00 1.00 gtttagggtccagatgacaa
SEQUENCE SIZE: 3085
INCLUDED REGION SIZE: 3085
PRODUCT SIZE: 2834, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2704
0 cattgtctattgtgatgcatcctattcgggtttggtgcagtgctaatgcaagagaagaat
60 gtaatttcttatgcttcaaggcaattaaaggtgcatgaacgcaattatccgacccatgat
120 ttggaattggctgcggtagtgtttgccttaaagcaatggagacactatctatatggagtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aagtgtgaagtatacacggaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2880 NNNNTgtgggtgccagtcacggcccaatttgggtcgtgacaaatcaattttcgtattttg
**************
2940 aacctttctaattactcctttgtcatctggaccctaaactaaataaaatacaatatttga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3000 aatccctttctcataatttatgtgtgcgtgtattacactaaatttacacatgaaattcca
3060 cgtctttttttaataatacgtcagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 1 0 329 439 5 24 0 0 43
Right 808 0 0 0 90 0 521 128 5 26 18 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000094, oripos=4809155..4810018 strand=1 allelepos=201..1064
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 34 20 55.08 40.00 4.00 2.00 ggcaacatttggtgagttat
RIGHT PRIMER 1190 20 54.84 30.00 4.00 2.00 acaaaaattccaaaacggta
SEQUENCE SIZE: 1264
INCLUDED REGION SIZE: 1264
PRODUCT SIZE: 1157, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,883
0 taagtgtttaatgaattcattttgttagttgaggggcaacatttggtgagttattatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agagtccgaaactgaatgggtataaaaattttacaaaaattttaaaacggtatataaaat
120 tttatattaaccaaaacggtaaaatcgctgcctctgcagcgacttacaaagtaaaatcgc
180 tgcctcagcagcgattatgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTagaaaatttaaagaat
*****************************************************
1080 ttcgcaaaatcgttgccttagcagcgattttactttgtaagtcgctgcaggggcagcgat
1140 tttaccgttttggttaatataaaattttatataccgttttggaatttttgtgaaattttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 atacccattcagtttcggactctattatataatgtttgcaataaagaggatcccaattta
1260 tatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 234 0 322 251 0 5 0 0 43
Right 860 0 0 0 143 0 378 279 0 13 0 0 47
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000095, oripos=4834382..4834943 strand=1 allelepos=201..762
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 70 20 54.25 40.00 4.00 2.00 acatgaaatcacagatgcac
RIGHT PRIMER 957 20 54.96 35.00 4.00 2.00 tgacaaacggatgttatgaa
SEQUENCE SIZE: 962
INCLUDED REGION SIZE: 962
PRODUCT SIZE: 888, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,581
0 cttactatatatacaattaacaaatgaatattatatacaatcagtttgatcattaatatt
60 taaaaaaaaaacatgaaatcacagatgcacatatataactataatatatataccaaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attgtacattatacaaactcctagaattatacaaaaaaaataaaataggaacataataaa
180 atattttatacaaatagattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgggattatgtgaatttat
***************************************************
780 tgttagcatcttttgtgctactgttaccatttattgaaaaataacttttttgtataaatt
840 taatctgaaaaaatgttttatacaaatttagagtcacctaacaaactaaaatatacccat
900 ggaatgtaattatgtaaactatacccattgaatgtaatttcataacatccgtttgtcata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 ta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 558 0 252 11 0 4 8 0 3
Right 855 0 0 0 277 0 545 3 0 9 2 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000096, oripos=4885728..4886620 strand=1 allelepos=201..1093
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 87 20 54.66 45.00 3.00 2.00 ggaggctgtttctcttgtta
RIGHT PRIMER 1243 20 55.16 45.00 5.00 1.00 agttggtccagaagggtatt
SEQUENCE SIZE: 1293
INCLUDED REGION SIZE: 1293
PRODUCT SIZE: 1157, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,912
0 cagaaaactttcaatgacactttttactatccagccaactataaagactggtgacacata
60 cagtattcaatttgtgttacatttttgggaggctgtttctcttgttatcagttaatccct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttaggaaggggaaggggaagggggaagggggagggggggggggggaaggggaggtaaggt
180 cgtggcgaggaacgtccgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNAagggagtaagtctgcagaactccacattcaaactatagagtaaacct
**********************
1140 acagagacttgtcattcatgcctattgggtatctggatgacttggtaaataatccagtaa
1200 aaattaggatgaagtaaatacctcaatacccttctggaccaacttctccaagaaaggagc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 agtcctggcactctgtaagctatcagtggccaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 835 0 0 0 88 0 438 259 0 7 9 0 34
Right 860 0 0 0 19 0 517 242 0 20 0 0 62
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000097, oripos=4893944..4894420 strand=1 allelepos=201..677
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 877
INCLUDED REGION SIZE: 877
TARGETS (start, len)*: 190,496
0 aaaacactatacacacttgatggattaaaaatgtatcagcaagcacactgattcaaaatg
60 tatcagcaaacacttcatgtatcaatgcatcgtctaaaacactatacacactaatttaaa
120 atgtatcagcaagcacacttgatggcgcagttattgaaattaatcattaatacatgataa
180 aaaatttcaaaaacccttgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNTacataggaaatcatatgatacacatctaattcatgtatcaaat
**************************
720 catagactaaacattataatccacttagtacttatgtattaaacctattgttggatacat
780 gataataattttcataattttttgatacatattggattccttaaaatttttactaatttc
840 aacaacaattttaaaataagtataaaaatacaaaccc
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 142 0 482 147 3 28 0 0 53
Right 851 0 0 0 332 0 516 0 0 0 3 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000098, oripos=4902952..4902972 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 154 20 54.50 40.00 5.00 2.00 tgattcatggctatcatctg
RIGHT PRIMER 420 20 54.73 40.00 4.00 2.00 ggatgttcataaccttttcg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 267, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 attaaagtggaagaaagaatacgtaccaaagttcatctatgcccaaccaaattttgtagt
60 aaaaattaaaggaatcccatagtgtaagatgagaattacaatttatcctaactaatttac
120 attttacagaaaatctcttaaaaaggttggcgtgtgattcatggctatcatctgatacat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agtaaatgatacatagtaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaatgatacacagtaaataa
****************************************
240 ataactgttgagctaaaaaagagaaaaaaatataataattaatcatgttgtgtcagttag
300 cttaaattacggctaactaatcttaaatactccatatcttaataggtaattgagtatcac
360 attacaaatttcaaatttcaaaattatatcatttacattgacgaaaaggttatgaacatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 c
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 120 0 536 154 0 13 0 0 32
Right 814 0 0 0 239 0 535 7 0 11 14 0 8
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000099, oripos=4906041..4906428 strand=1 allelepos=201..588
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 19 20 55.00 30.00 8.00 3.00 tagccgaaatttcaaatcat
RIGHT PRIMER 621 20 55.11 45.00 4.00 0.00 acaaacggctcacatatacc
SEQUENCE SIZE: 788
INCLUDED REGION SIZE: 788
PRODUCT SIZE: 603, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,407
0 tcacgattcattggtaacctagccgaaatttcaaatcattaattatgtataaacatcaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 catgctgaatatatttataacttgatacattgaaaaaaatatagacaaatgaacaaaaat
120 taaagacataaaaaagtagggaaaagggtctgatatactcctcaactttgtcatttagaa
180 ctgatataccccttgttatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttgtaacggca
*********************************************************
600 ggggtatatgtgagccgtttgtataacggtaagggcatatatgagccacttttataacga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 ggggtatatcagctccaaatgacaaagttgaggggtatatcagacccttttcccaaaaaa
720 gtataaacatgatacatgttgaatatatttataacctgatacattgagaagaaaaattga
780 taaaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 283 0 382 59 0 18 19 0 36
Right 806 0 0 0 89 0 445 166 0 30 16 0 60
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000100, oripos=4919104..4919124 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 129 19 54.77 47.37 4.00 2.00 cttctttaaccataccccg
RIGHT PRIMER 294 20 55.07 40.00 4.00 0.00 acaaatctgaagaagagcca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 166, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tcactctcttgttctattatgtaattatcatattagtttctagtttcaacttcctttttt
60 ttcctgtccattcatgaatctattattactgttgatctctttctcttaacctttattctt
120 taaagtaatcttctttaaccataccccggatttgggaatatatatatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatataataataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatataaaattgtataattcgctggctcttcttcagatttgtataat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 ttcgctggctaaccattagtataaattgttgtcagtttctcgtttgtataaatcgttggc
360 agcctatctatttaattttatatgtttgtatattcttaataaaatttgaatttgtataca
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 780 0 0 0 242 0 420 80 7 5 19 0 7
Right 860 0 0 0 338 0 315 136 0 26 0 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000101, oripos=4923681..4925717 strand=1 allelepos=201..2237
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 60 20 54.66 40.00 4.00 0.00 caaaaattcacaactacccc
RIGHT PRIMER 2294 20 55.01 40.00 6.00 0.00 tgctatagttcaccggtttt
SEQUENCE SIZE: 2437
INCLUDED REGION SIZE: 2437
PRODUCT SIZE: 2235, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2056
0 agcagattgaaaaaatccgcgattggacatcgaagccacgatttatgtccgtttgaagtt
60 caaaaattcacaactaccccttttatgttatattttgtgaaattttaggactcgggaggg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gggggggaaacctcagggaatgaggactcgggggtggggtggggggtccatagggcgtgc
180 gccttgaggagtcgggagggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2220 NNNNNNNNNNNNNNNNTttttggcaaaagtgatctccgaattctgaatcaccaaaaaaac
************************** <<<<<
2280 cggtgaactatagcacacaaaaattgataaaatgggaatttacatgctctgaaggactga
<<<<<<<<<<<<<<<
2340 tcaagtgtcttgaggaaccaataaccttatatgtatctaattgatcttctaaaggcagtt
2400 aacatatgtgtaacttgagaaagaaacaaatagcttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 696 0 0 0 85 0 188 327 9 6 49 0 32
Right 794 0 0 0 22 0 589 93 2 35 18 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000102, oripos=4930557..4936363 strand=1 allelepos=201..6007
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 142 20 55.05 40.00 3.00 3.00 aaagtaaaatcgctgctgag
RIGHT PRIMER 6100 20 55.01 35.00 4.00 2.00 tttttgccttccctatatca
SEQUENCE SIZE: 6207
INCLUDED REGION SIZE: 6207
PRODUCT SIZE: 5959, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,5826
0 tttattttaaaacggtctgtactatagagtccgaaactcaaagggtaaaaaatattaaca
60 aaaatttcaaaacggtatataaaattttatataaaccaaaacggtaaaatcgctgccgac
120 gcagcgatttacttcgactgaaaaagtaaaatcgctgctgaggcagcgattttgccaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaattttatttgagcagcgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNTataaaattttatataccgttttggaatttttgttaatattttttaccctttga
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6060 gtttcggactcctgtactatatgatatagggaaggcaaaaataggagaaaaagaatggta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6120 ttttttcagcctaagagatagaaagtatccaacaggagtgagaacaaatagagcaacaaa
6180 tagtggatattggaaaaccactggcaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 796 0 0 0 175 0 287 277 0 5 18 0 34
Right 767 0 0 0 62 0 505 96 0 14 28 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000103, oripos=4939431..4943439 strand=1 allelepos=201..4209
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 42 20 55.02 45.00 4.00 0.00 acggagtttacaacgagaga
RIGHT PRIMER 4372 20 55.50 40.00 5.00 2.00 gtttgtccatacaatttggc
SEQUENCE SIZE: 4409
INCLUDED REGION SIZE: 4409
PRODUCT SIZE: 4331, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4028
0 tgtttacagaaaggaaatatgtacaaattgttagatcctctaacggagtttacaacgaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gaaggaatgtttaagtcttcccggaggttcaaatcaattttattttccttattatattca
>>
120 tgctttagataagttgtttttttttatgtataattaacttatttaaaaaaattcattgtt
180 atcatattaaaaaaaaaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNGtaatacaacgcaaggaaatactagagagggtgtttttgtaaaagataaaag
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4260 attggggtaaaattttaatttttaaaatatcccaaataatgatatttgacccaaatacta
4320 gaaaaaactagtatttggaaatttggaatatttgccaaattgtatggacaaacattattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4380 tccaaatattatttggaaaatttatggtc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 339 0 372 94 5 8 2 0 33
Right 787 0 0 0 225 0 474 31 15 9 17 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000104, oripos=4961219..4963270 strand=1 allelepos=201..2252
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 55.09 30.00 4.00 2.00 tgaaaatcgacaaattcaca
RIGHT PRIMER 2434 20 55.01 50.00 5.00 3.00 ttgtgtagggactccatctc
SEQUENCE SIZE: 2452
INCLUDED REGION SIZE: 2452
PRODUCT SIZE: 2428, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2071
0 ttgaacgtgaaaatcgacaaattcacagggaggaacagtttcagtttatggcagatcaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atgtgggctttgttgaaacaacaaggcttctgggcgccgttgtcgaaagacaagaacgcg
120 atcgttaatcctgagatggcgattctggaggaaaaggcgcactcgacgatcatgttgtgt
180 ctcgcggatgacgtcatcatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgccaaagagggttggagttcggccacct
*****************************************
2280 acgaggtatggttttgaggacatggtgggttatgcactgcaggttgctgaagaggtagat
2340 acatctgagctgtctacttacaaagaagccattttaagtcctgattctgaaaaatggttt
2400 gctgctatgggagatgagatggagtccctacacaagaatcaaacatgggatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 840 0 0 0 0 0 134 605 6 21 0 0 74
Right 860 0 0 0 0 0 389 386 0 13 0 0 72
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000105, oripos=4964043..4964263 strand=1 allelepos=201..421
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 32 20 54.99 50.00 4.00 2.00 gtgaagttgggctatactcg
RIGHT PRIMER 472 20 55.10 45.00 3.00 1.00 cacaaatctccaccttgact
SEQUENCE SIZE: 621
INCLUDED REGION SIZE: 621
PRODUCT SIZE: 441, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,240
0 ggcagtggtacaaaaggtttgacagctatatggtgaagttgggctatactcggagctcat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atgattgttgtgtctactacaataggctcaaggataattcattcatctatctagtgcttt
120 atgtagataatatgctgatagttgcaaagaagaagtatgacattcagaagctgaagggtt
180 tacatagtgctgagtttgagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 Tagtgtgtctgaagaatctgtttggagaattcaagtcaaggtggagatttgtggaatgtc
********** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 ttgaatcggacccgttacaaccgggcccccgacccgacggtatacaatgttgttgtattg
540 ggccttaattatctgtcaattctgtattttgggcccaagcctgttagggcgtagcttagc
600 actatatatagacgctatggc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 675 105 0 21 0 0 54
Right 860 0 0 0 24 0 326 414 0 21 0 0 75
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000106, oripos=5021492..5021552 strand=1 allelepos=201..261
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 70 20 54.89 50.00 5.00 2.00 ggacaatgtgagagtggtct
RIGHT PRIMER 415 20 55.77 45.00 8.00 2.00 cactgcacgtcagttcataa
SEQUENCE SIZE: 461
INCLUDED REGION SIZE: 461
PRODUCT SIZE: 346, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,80
0 tgtttagaagatgaggatgttctattgtatgtgtttccatagtaggagtgattagaaatg
60 aagatatccaggacaatgtgagagtggtctctatggaggagatggaggaaacaagagata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tggttcgagtagtggagacatgattaggcaaaacatgacataatttcagcttaccgagga
180 catgccattagatatgatgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcttttaaaacaaatatataatttgtatatcaaaattata
******************************
300 ataaagggaggactaaatgtaaaaaaaattcttcaagttaattgtacattacaaacattt
360 ttttaaaagttaaattgtttatcgttttattcatcgttatgaactgacgtgcagtgcacg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 tgtccatatactagtaacttaatacacaagaataccaaaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 0 0 596 152 3 21 0 0 79
Right 839 0 0 0 316 0 407 89 0 9 9 0 9
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000107, oripos=5023394..5024985 strand=1 allelepos=201..1792
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 168 20 54.96 40.00 6.00 1.00 gtttgggcccttaattatct
RIGHT PRIMER 1918 20 54.91 45.00 4.00 0.00 aacctcttgatcttcttccc
SEQUENCE SIZE: 1992
INCLUDED REGION SIZE: 1992
PRODUCT SIZE: 1751, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1611
0 tgtgaatttttatacatagtgaatgactaaaatttcatggaaatatatatgtaaattata
60 atgaataataaaatataacaattacaaaataagaataaagacttacggcaataacattgt
120 aacaaatgttttgaatcggacccgttacaacagaaagaacgggggtcagtttgggccctt
>>>>>>>>>>>>
180 aattatctgtcaattctgtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCccattatt
************************************************************
1800 gatgactactcaaggatgacttgggtgtacatgatgaagcataaaagtgaagctttccag
*
1860 aagttcaaggagtggaaaattttgatggaaaatcaaacagggaagaagatcaagaggttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1920 cgaactgataatgggctggaattctgctggtctgaatttgatcaattatgtaaagatgaa
1980 gggattgctcga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 303 0 303 209 0 17 0 0 23
Right 860 0 0 0 18 0 392 316 0 25 0 0 109
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000108, oripos=5031337..5032428 strand=1 allelepos=201..1292
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 150 20 55.03 50.00 2.00 2.00 acccacacttaccctcctat
RIGHT PRIMER 1403 20 55.04 45.00 4.00 3.00 ccaggatagaatgaggatca
SEQUENCE SIZE: 1492
INCLUDED REGION SIZE: 1492
PRODUCT SIZE: 1254, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1111
0 attatatgttaaatgtgcgcacattttgatttagtaatttactgatagaataaaaataga
60 tcaacaaaaaaatagttacaaattacaataattaattaagaaaaatatatagaaaacttt
120 tgtcacgacccaaatcgagccgcgactggcacccacacttaccctcctatgtgagcgaac
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180 caaccaatctaaaccttaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgaacgtgacactccgatcctcatactaa
*****************************************
1320 tactcctggtaccggaacgtggcacccgatccatattctatcctggtgtcggaacgtgac
1380 actctgatcctcattctatcctggtaccggaacgtggcacccgatccatattctatcctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 gtgtcggaacgtgacgctccgatcctcatatactatcctggtaccggaacgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 815 0 0 0 351 0 126 296 5 7 7 0 23
Right 860 0 0 0 0 0 280 499 0 12 0 0 69
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000109, oripos=5033627..5033647 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 55.21 45.00 2.00 0.00 gctcaaaacgactaaacagg
RIGHT PRIMER 412 22 55.04 36.36 3.00 0.00 gatgtttgagactttgattcct
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 332, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cccttgacggtccgtcgtgctcatgacggtccgtcgtgggttccgtcgtctcagcctgtt
60 tttccagaaataaaatctgctgctcaaaacgactaaacaggtcgttacaactttcacata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tataagaaaatattaggcaaaatagaaggcataccactatataagaaaactcacatatat
180 aagagaactttcaaattttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtttcaagaaaatcaaaaaa
****************************************
240 gtctttcttttgtaatggaagatatatgtatttttttcttgtaaagacgtttttaactta
300 actaagagaaaagtaattaattaaattggacaatatgaacttaaacttcattttagaatt
360 aaaacgaattaaatgaaagaaaatgaaggataggaatcaaagtctcaaacatctttacat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 67 0 410 319 0 10 0 0 49
Right 820 0 0 0 280 0 513 0 0 0 12 0 15
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000110, oripos=5054903..5055846 strand=1 allelepos=201..1144
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 94 20 54.82 40.00 2.00 1.00 atttgttgagccgtgatact
RIGHT PRIMER 1266 21 54.71 28.57 4.00 0.00 tctccaattttccctattttt
SEQUENCE SIZE: 1344
INCLUDED REGION SIZE: 1344
PRODUCT SIZE: 1173, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,963
0 tattatttaaagtaaaaatttaaagaatcccatagtgtaattcaataatttcattttgtc
60 ccgacaaatttagtatttacaaaaaatcccttaaatttgttgagccgtgatactttagac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttagtgatacatggtaattttaaactgttgagaaaaaaaaggggaaaaaacagtacagt
180 taatgttgttaataaaacaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNAggcattaaaatgggtaaatgtgtattataagagagagaatgtaatgtatctaaaaa
*************
1200 cttacactaaaattaaaaaaaaaaaggaattatataatatttaaaaaaaaatagggaaaa
<<<<<<<<<<<<<<
1260 ttggagaatataaaaattatagttgtgtatttaagttatttttccttatttaaatactta
<<<<<<<
1320 tattgcatcaaattttaataggga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 683 0 0 0 138 0 408 44 9 6 43 0 35
Right 851 0 0 0 551 0 287 2 0 3 4 0 4
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000111, oripos=5057459..5057764 strand=1 allelepos=201..506
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 128 21 54.64 38.10 6.00 2.00 tcatgatttgtaccaagacct
RIGHT PRIMER 635 20 55.09 35.00 4.00 2.00 aattttaccatgtgtttggc
SEQUENCE SIZE: 706
INCLUDED REGION SIZE: 706
PRODUCT SIZE: 508, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,325
0 attatattaaagaataggttgaactctttcagatgagaaaacatatgttcttcagtgatt
60 gcaatatttatttccttttgttttcttctctttttttccccgaatttatattagttgtat
120 tttcattatcatgatttgtaccaagaccttttcactatacgaatatttactgtaatgatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cttgttgatttgttgcggaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtttctattgtgctatgtaatacaaatttatggtt
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540 agtttgatagttctaaaaacttatgggtataaattatatttcttaaaaaaatgaaatatg
600 tttctcaaattctatggccaaacacatggtaaaatttcacccaaattttcattcaaataa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 tatttgccaaaaatatttgaatatctatggccaaacgctagctaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 117 0 610 4 0 19 18 0 25
Right 846 0 0 0 278 0 402 111 12 21 0 0 22
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000112, oripos=5068173..5068839 strand=1 allelepos=201..867
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1067
INCLUDED REGION SIZE: 1067
TARGETS (start, len)*: 190,686
0 cgtgtcattttcactataattcgcttccatacctaaccacttactagttaagattccatc
60 catgtcatcatttcaatatatatatatatatatataatattaaaaactgtcttttagtta
120 gaattatatcgatataataaaataaatattaagtacttgaaaatttgtagtagaaaaatg
180 gatgtcaattgattacgtatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTacgtataataattaagataataggagccttttt
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900 ttctacaaattttcaagtacttaatatttattttattatatcgatataattctaactaaa
960 agacagtttgacatatataatcataagtgaaaagaaattaatttgtacataaatcttgct
1020 tttattttataaaaatagaaaattgtttttaaaaaagatcaatgacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 371 0 419 37 0 5 0 0 23
Right 803 0 0 0 516 0 265 0 0 0 22 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000113, oripos=5085070..5085931 strand=1 allelepos=201..1062
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 112 20 54.93 40.00 3.00 1.00 ggggagaagtttgagatttt
RIGHT PRIMER 1250 20 55.03 40.00 4.00 2.00 gcggaatttgagataatacg
SEQUENCE SIZE: 1262
INCLUDED REGION SIZE: 1262
PRODUCT SIZE: 1139, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,881
0 tatgaaataatattttctaaaatttaatactttttcctttcttttggtagagttaagagc
60 aattccttacactcatcactaagttcatcctcttgtaaacttggaggaatttggggagaa
>>>>>>>>
120 gtttgagattttgaacatgttttaaagtgtatagaggagtgtttcctttagtttgtgtga
>>>>>>>>>>>>
180 taacaataagtggatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTctgttagggcgtaactta
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1080 gcactatatatagacgctatgggaaaccctattctgtaattctgtttttgcctctccata
1140 ataaaactgctccctctcttcccgtggacgtagccaatttattggtgaaccacgtaaatc
1200 tgttgtcttgtttttcgcgtttatattttctcgtattatctcaaattccgcacaacaata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 ta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 120 0 609 80 0 5 0 0 41
Right 860 0 0 0 10 0 458 277 0 20 0 0 95
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000114, oripos=5098318..5098338 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 169 20 54.82 40.00 8.00 0.00 acaactttgggaagttgaga
RIGHT PRIMER 295 22 54.94 22.73 7.00 3.00 tcaatttgacaataaatttgga
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 127, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gttgtaaggtttttatatgatacgtaaataaaaattaatctttcttaaattacgtatcaa
60 gtctcatatgttatattgttggttataattttcaggttgggaagtcccaaaaagttgtag
120 gtgcagattatgcagtagaaagtatccacaacataaaggaaatattaccacaactttggg
>>>>>>>>>>>
180 aagttgagaaggtggctgaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
>>>>>>>>> ****************************************
240 atatatatatatatatatatatatatatatatattccaaatttattgtcaaattgattta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 aatgattatgttgatgttttgttgtcattattatcagttaattagtcttgaattctattt
360 ggttgaattttgttaaattcttgtattgttattttttatttactttgcgtgtaattatgt
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 167 0 534 94 1 20 0 0 35
Right 851 0 0 0 471 0 370 0 0 0 4 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000115, oripos=5100669..5106587 strand=1 allelepos=201..6119
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 36 20 54.94 50.00 5.00 3.00 ccaagattagacagtgcctc
RIGHT PRIMER 6256 20 54.96 40.00 4.00 1.00 aaagattaggccacacttca
SEQUENCE SIZE: 6319
INCLUDED REGION SIZE: 6319
PRODUCT SIZE: 6221, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5938
0 gtaaacaatgagtaatctagatgactttgaacaaaaccaagattagacagtgcctctgtg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agttttacattccactgtctaggtgcctgtttcaaactatacaaagatttaatgagctta
120 cacactggtttctccccctgcacattaaagcctttaggagtttgaaaaccttgaggtagt
180 gtcatatacacttcttctagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 taagcgagacccccgtcctttctgtttgtagcgggtccgattcaaggcattcaacatatt
********
6180 tatttccttggaacattgagtaactaagaatttgagagcttgtgttaagacactaggtga
<<<
6240 agtgtggcctaatctttggtgccatagtagaacttttgaatccgatatggatgaggaagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<
6300 ttgagtttctttatcctct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 17 0 558 175 9 23 0 0 66
Right 860 0 0 0 3 0 530 241 0 37 0 0 49
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000116, oripos=5120412..5127013 strand=1 allelepos=201..6802
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 123 20 55.01 50.00 4.00 2.00 tgaacactccagggatctac
RIGHT PRIMER 6868 20 55.06 40.00 5.00 1.00 cgaagataatttccagcaac
SEQUENCE SIZE: 7002
INCLUDED REGION SIZE: 7002
PRODUCT SIZE: 6746, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6621
0 gtaattgaccagaaacttaatttttcgtaatctaaatgaattttcatattttcattattt
60 ccaaaaatgactatttcacgtgcttagcttcttcctaactatttcaagttgcgagatgtt
120 acatgaacactccagggatctactctaaacaggtacaagagctactaagagtacaacgca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agatatgataatgaaaagacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaacaattttataacaaaaactcccatcacatggaagga
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6840 aaggtagaagttgctggaaattatcttcgtcttcacctacgagacatcactgatcctgca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6900 ttcaaactatgccttaaaaggcataacagaaatagtatcagtataaccacatatactgat
6960 agccatcatcgatcaactaaatacccaccgcataatatacaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 152 0 559 70 1 16 0 0 57
Right 852 0 0 0 0 0 511 210 6 32 0 0 93
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000117, oripos=5139237..5142284 strand=1 allelepos=201..3248
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 144 20 55.09 45.00 4.00 1.00 cataaaagctagtccatgcc
RIGHT PRIMER 3417 20 55.03 45.00 2.00 0.00 gattttgtggtagaggtgga
SEQUENCE SIZE: 3448
INCLUDED REGION SIZE: 3448
PRODUCT SIZE: 3274, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,3067
0 caacagaaagtaatgcggaagacttaaactcattaataaaatcaattcaataactattat
60 tatccccaaaatctgaaagtcatcaccataagaacatctatgatcaatttactaaactaa
120 gagtattctaataagctaaaaatacataaaagctagtccatgccggaacttcaaggcatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aagacatgaggaagaagattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNAcccccaactacaatctgtagtaaagactgaatgggtcgaaccgagaaacctc
*****************
3300 cggaaccctgtcctctcgagtaagaaccattaaactcacctccctttcgaaacctctttg
3360 atgtcgatgccatggtgaattcatctagcttcactccttccacctctaccacaaaatcta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3420 ccacttcttggaaggattttgccgtagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 188 0 474 143 0 13 0 0 37
Right 860 0 0 0 0 0 304 453 0 26 0 0 77
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000118, oripos=5144196..5144216 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 38 20 55.22 35.00 4.00 0.00 tgcactccacaattaaacaa
RIGHT PRIMER 364 20 55.17 40.00 3.00 3.00 attgatgatgccttggtaag
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 327, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tagagttactgttgagtcgaagatgacggcacgtttgctgcactccacaattaaacaaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agaaaacaataaaagtaggggtcagtacaaaacacgggtactgagtagatatcatcggcc
120 aactcaaaatagaaaacaatatataccaagtaatatcataaaatcaactatgatactcaa
180 catgtagcaacaacaagtacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgttcgtgacacccgatctc
****************************************
240 ctaaatctacgtgtcagttcgtgacacccgttcccctaaatctacgtgtcggttcgtgac
300 acccgatcccctaatctcattctatcaactcatcaagccttctcccttaccaaggcatca
<<<<<<<<<<<<<<<
360 tcaatctcattactttagttcatcaagccttctcccttactaaggcatcatcattaaaaa
<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 103 0 478 223 0 12 0 0 39
Right 850 0 0 0 0 0 368 397 6 8 0 0 71
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000119, oripos=5222357..5222635 strand=1 allelepos=201..479
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 55.06 35.00 4.00 0.00 tcccttttgagagaaaacaa
RIGHT PRIMER 545 20 54.36 40.00 3.00 3.00 gggtttgttgtaagaggaaa
SEQUENCE SIZE: 679
INCLUDED REGION SIZE: 679
PRODUCT SIZE: 539, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,298
0 agatttttcccttttgagagaaaacaattaaagcaacttcagcatcacataaaactgaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tttcatgagcttttttcactaatccacctcttctctttgaaaatgttacttgtctattta
120 ttttattctctatttttcttaattcaacttttcctcttcccatcttcaaaaaaagttttt
180 tttttttttataaaaaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCa
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480 tagagaaaaaaaaatatgacctaattatggaaaccctgatattatatttcctcttacaac
******** <<<<<<<<<<<<<<
540 aaaccctagttactatttcacaacaatgaaaaagaaaaaataaagcaatagatcccatct
<<<<<<
600 tatttaaaaagggaaatagtacaacccactttttttttttgtatttatatttttgatttt
660 gtttctctctatttcattc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 768 0 0 0 191 0 412 65 4 13 26 0 57
Right 800 0 0 0 178 0 553 8 0 11 22 0 28
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000120, oripos=5224295..5224525 strand=1 allelepos=201..431
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 115 20 55.11 40.00 4.00 0.00 gttgtcgagttttgattggt
RIGHT PRIMER 477 22 55.37 36.36 4.00 3.00 ttgaacggagagagtaattttc
SEQUENCE SIZE: 631
INCLUDED REGION SIZE: 631
PRODUCT SIZE: 363, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,250
0 taggatagaataggtgtggaaaaaggtgtaaataataaataaacaatttaacaagtacta
60 tgaaaaatggtattataattatttaaaatgaaaaccagatggtatttaagaatgtgttgt
>>>>>
120 cgagttttgattggttgaaaggacaacatagtatggtactcatttttgtatggtggatat
>>>>>>>>>>>>>>>
180 ataatgtctatcacagatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNTatatatatatatatgatcttattaagaaaattactctctccgttcaata
******************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 ttatttgtcatagtttctgtttttaaagtcaaactataaaaattttgactgacattttaa
540 gatgtattttttcatcgtattaatataaaaaagttgtaatttatagtacttttcttatag
600 ttttagaacatctaatttttttgtttaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 223 0 522 55 0 7 0 0 48
Right 822 0 0 0 417 0 389 0 0 1 12 0 3
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000121, oripos=5250395..5250905 strand=1 allelepos=201..711
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 78 20 54.98 35.00 4.00 1.00 aatttagggcaactttcaca
RIGHT PRIMER 865 20 55.24 45.00 3.00 2.00 gctccatagcaaacaatagc
SEQUENCE SIZE: 911
INCLUDED REGION SIZE: 911
PRODUCT SIZE: 788, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,530
0 cttatttatttactaatatacaacaaaagaataatagttatgataaataattcatcgtaa
60 attcgagtaatttgttataatttagggcaactttcacatatagcaaacaaaaaattcata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttgtatgctatagcaaactttgcataattgcgctccatagcaaacataaaactgtataa
180 tttgctatacatatacaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtgtattta
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720 caattttctctcgctttatacaaaacagaaacagaattatacacttctgtgtataaagcg
780 agagaggcgagcgaaaatggagagtggcgagcgagatttttgggagagagatgctgacaa
840 attttagctattgtttgctatggagcacaattaaatcaaaccctagctattccatttaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 ttaggctatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 819 0 0 0 274 0 413 91 6 5 11 0 19
Right 860 0 0 0 2 0 505 278 0 17 0 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000122, oripos=5254944..5262167 strand=1 allelepos=201..7424
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 72 20 54.94 40.00 3.00 0.00 cctttgagaaaatccttgtg
RIGHT PRIMER 7466 20 55.08 45.00 4.00 0.00 agaaagagggagaatcgaac
SEQUENCE SIZE: 7624
INCLUDED REGION SIZE: 7624
PRODUCT SIZE: 7395, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,7243
0 gaaactaatgagataacgcaatgttattgcatccataacgggtgagtatgtctcttcata
60 gtcgactccaggcctttgagaaaatccttgtgccacaaggcgtgctttatacctttgtat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttcatttttctcattttttttcgcacaaaaatccatttgtaaccaacaggtttaatacca
180 ttaggtgtttgatgtcacgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaagccttgtgttttcc
*****************************************************
7440 tcttctcgttcgattctccctctttctctttgttctttctattttcttcttcaaaccctc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7500 tttcttttaccctaattagtatataattaagaatgaaagatggcaataataacccactaa
7560 ttaacttaaggttacctcttttaacccccaagtaattagacttattgaccttaaccctct
7620 aact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 795 0 0 0 43 0 364 296 2 23 16 0 51
Right 860 0 0 0 73 0 602 97 0 12 0 0 76
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000123, oripos=5347781..5348333 strand=1 allelepos=201..753
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 25 20 54.92 30.00 6.00 2.00 aaccgtcaataattcgaaaa
RIGHT PRIMER 804 20 54.80 40.00 6.00 2.00 gtacccaaattaatgccttg
SEQUENCE SIZE: 953
INCLUDED REGION SIZE: 953
PRODUCT SIZE: 780, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,572
0 tattcaaatagattagtatttttgaaaccgtcaataattcgaaaacacaaataatttaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ccaaattgcttaatacttctctccatacaaataaaagttattttagacttttatggttga
120 tttgaagtaaaaaataaaataaaaacactgtttttatttgtttttaaaattgttgaaaat
180 ttgagaactcaacttatgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttccccccccgggaaaaagggggtttt
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780 tcccccaaggcattaatttgggtacccccgggtttttcccccccccgcctttttaaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 gcggcccagtcccaagtttcaaacccccaaggggggctttttttgggtttttttgaggaa
900 aaaaaaaaaaaaaaaccccttttttttttttttttaaaaattttgaaaattgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 369 0 436 22 2 6 3 0 12
Right 548 0 0 0 151 0 11 292 0 1 86 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000124, oripos=5364174..5371662 strand=1 allelepos=201..7689
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 54.99 35.00 2.00 1.00 aaaataggggataaaaacgg
RIGHT PRIMER 7745 20 54.95 40.00 5.00 3.00 cgcactcaaaactattgtca
SEQUENCE SIZE: 7889
INCLUDED REGION SIZE: 7889
PRODUCT SIZE: 7633, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,7508
0 tctcccgacaagtttactaattacaaaaaatcccttaaaattgctgagccgtgatacttt
60 agaaagttgtgatacatggtaaatgatacatagtaacttaaaattgttaagaaaaaatag
>>>>>>>
120 gggataaaaacggacaatttaaagctgttactaaaacagcttaaattgtggtaacagatc
>>>>>>>>>>>>>
180 attaatcagcattaaaccagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNAtatttgacatattagttagaatcaagatttataaacttgacaatagttttg
****************** <<<<<<<<<<<<<<
7740 agtgcgcttttgggtctaaactagacacatagacatataaatgttgttagtctcaaaatc
<<<<<<
7800 ttattgtgattattatgtgaatagattatctttatttgggagctcaacaaaaagggaaga
7860 ctcaagtcccggtgtgactgtcaagttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 768 0 0 0 108 0 498 86 0 23 27 0 26
Right 860 0 0 0 108 0 489 214 1 18 0 0 30
Pair Stats:
considered 4, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000125, oripos=5394307..5394776 strand=1 allelepos=201..670
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 55.17 40.00 4.00 2.00 ctcatattgttggcctgaat
RIGHT PRIMER 797 20 54.92 40.00 4.00 3.00 acgagtgaatgagaagcatt
SEQUENCE SIZE: 870
INCLUDED REGION SIZE: 870
PRODUCT SIZE: 740, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,489
0 gaattatatgaaatgtgataactcacataattattatatcatttatattttgttgaaact
>>
60 catattgttggcctgaattttatataaatattcactatttctagttttacactaacattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gacaatattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
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720 atatatgtaaatattcattaaaattcaatcttttacacattatttcagtcttcaataaaa
<<
780 tgcttctcattcactcgtaaaatactgaaaattgtttccaaaatgttgttttaaactttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 ttgttacttatatacattaatttatagaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 519 0 296 21 0 7 0 0 12
Right 851 0 0 0 478 0 335 11 0 6 4 0 17
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000126, oripos=5411641..5411839 strand=1 allelepos=201..399
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 55.16 40.00 4.00 2.00 gaaatcagcagaagaattgc
RIGHT PRIMER 437 20 54.73 40.00 3.00 1.00 gcatccagaaaatctcaatc
SEQUENCE SIZE: 599
INCLUDED REGION SIZE: 599
PRODUCT SIZE: 415, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,218
0 cacttgccatcgaggggaatgaagaaatcagcagaagaattgcaccaagtatggggcgac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggagcccacgacggtccgtcatgaccacgacgttccgtcgcgtggtccgtcgacccagcc
120 gtgttttgtcagatttccagtaattagaatccttgtttaattaggtttttatttttttat
180 aaatagttcaaaaaaactcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtagccggaccaaggtgcgga
************************************************ <<
420 ttgagattttctggatgccggaccaaggatttagaaatatatagcttatcactttgcatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 caagatactaggaaagaattgttatagctagaattatcaagttatgaacctgtggggaac
540 acgtaaaccctagttactttgattacttgattaaaactcaacattaaaagctgttaagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 106 0 206 514 0 3 0 0 26
Right 843 0 0 0 42 0 535 226 9 10 0 0 21
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000127, oripos=5413123..5420336 strand=1 allelepos=201..7414
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 28 20 54.89 45.00 4.00 1.00 tactatccggtctccaagaa
RIGHT PRIMER 7575 20 55.02 40.00 3.00 3.00 attgttcggttgatgacttc
SEQUENCE SIZE: 7614
INCLUDED REGION SIZE: 7614
PRODUCT SIZE: 7548, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,7233
0 ccaactacgggatgtcttcttagcacgctactatccggtctccaagaaattaaaccacaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agacagggtgaataactttgtggcactaccaggagaatcagttagtagttcttgggatag
120 attcacctcattcttgagaagtgtcccaaatcaccgtattgatgatgagtcactaaagga
180 atacttctataggggacaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacaggtaaaccctagttactttgatt
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7440 acttgattaaaactcaacattaaaagctgttaagtgtctctgtcaagttagttagttatt
7500 tttttattttattaggaagtacaaaaacccccccttttatgcttttactttttaaggaag
<<<<
7560 tcatcaaccgaacaatagttataacaagttggagttaagtctagactattttcc
<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 486 252 0 20 0 0 97
Right 798 0 0 0 141 0 586 24 0 3 18 0 26
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000128, oripos=5429552..5430465 strand=1 allelepos=201..1114
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 110 20 55.01 35.00 5.00 3.00 acattgtgatttgcttgaca
RIGHT PRIMER 1174 20 54.93 40.00 4.00 1.00 acatcgaaatcaaccatctc
SEQUENCE SIZE: 1314
INCLUDED REGION SIZE: 1314
PRODUCT SIZE: 1065, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,933
0 gctgttatcacaggtaatcttttggtttgtgattgcatggcttctgtattatttgatcct
60 ggatccacattttcatacacatcttcctcatttgctactgttcttgatttacattgtgat
>>>>>>>>>>
120 ttgcttgacatgcctattcgtgtctctactcctgtgggtgagtctgtgatagttgagaag
>>>>>>>>>>
180 gtgtataggtcttgtcttgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActtttgtaaggagaaatactcatgta
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1140 gacttgattattctagagatggttgatttcgatgtaattctgggtatgacttggctttct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 ccaaattttgcaatcttagattgtaatgctaaactgtgacattggccaagcctgggacag
1260 atctgctagtgtgggagggtgactatacttccaccccagttcgtattatctcct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 0 0 519 198 7 12 0 0 100
Right 860 0 0 0 0 0 450 311 4 32 0 0 63
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000129, oripos=5479122..5481437 strand=1 allelepos=201..2516
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 2716
INCLUDED REGION SIZE: 2716
TARGETS (start, len)*: 190,2335
0 agaaacataatttatttatttttgactttttttaatttaaattaattattttattgtaaa
60 aatatattacttcatttatacaaatatacaaataaatactttattaatgtatgaacattt
120 ataataataaaaaaattctatatttttttctatttgtttatctcacttctaatcatgaaa
180 tcatattattatttttttatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtata
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2520 tatattatatataataataataatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
*****
2580 atatatatataatgtcggggttggtttgatctggggttgatttttttaaagttaaaacca
2640 acccaatccatatataatcggatttttttaatatcaaatcaagttaaaccaactattaat
2700 cggatttttttcttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 733 0 122 0 0 0 0 0 0
Right 787 0 0 0 390 0 219 105 3 16 30 0 24
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000130, oripos=5485684..5488707 strand=1 allelepos=201..3224
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 21 54.42 33.33 4.00 2.00 ccctcaaatctttcatattca
RIGHT PRIMER 3315 20 54.35 35.00 2.00 1.00 aaaaatctatgaccaaacgg
SEQUENCE SIZE: 3424
INCLUDED REGION SIZE: 3424
PRODUCT SIZE: 3289, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3043
0 ttaaattactattaataatattcataaccctcaaatctttcatattcataacctcttaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cctttcatattcataacttctaattatttaatgtgaaaggttacattaacactataaaat
120 cacactaaaattgtttgttattttgtagtcatctttggtagagaattagtggaagaaatg
180 ttacaatatttgtaagctttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtatatatatatatata
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3240 tatatatatatatatggggtagggagtattagtgaaaataattcaagtattaagggccgt
<<<<
3300 ttggtcatagatttttcgaataatctttgggagaagatttggcaaataatgtttgtccat
<<<<<<<<<<<<<<<<
3360 acaacttgtcaatatttgacaaatatctcaaattctcaaatattaattttttctagtttt
3420 ttgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 197 0 646 1 0 1 0 0 10
Right 853 0 0 0 192 0 475 133 9 16 3 0 25
Pair Stats:
considered 6, high end compl 4, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000131, oripos=5857967..5858472 strand=1 allelepos=201..706
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 12 22 55.01 31.82 7.00 3.00 aagggttttatatcaatgatcg
RIGHT PRIMER 864 20 55.08 50.00 4.00 2.00 acagtggagaatgaggtcag
SEQUENCE SIZE: 906
INCLUDED REGION SIZE: 906
PRODUCT SIZE: 853, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,525
0 tttacgagaaaaaagggttttatatcaatgatcgagtttaataaatcatcaaaataatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaaatatataaagaaaaacatatttaaaaaaaagtcaagaaaatttaacacttgataaa
120 taaatataaaagtaaattcaattttatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatactacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGacttccttctaaat
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720 ctatctatctaaaataattacataaaaatatcaaataatgttgctacttgattaagttga
780 gcttagaaaatataatttaatttgattttgatattgaaaagttatagtccatgagatgta
840 catttctgacctcattctccactgttttttttttttggttataaaatatactttttattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 tattcc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 824 0 0 0 648 0 159 0 0 2 13 0 2
Right 814 0 0 0 421 0 343 16 6 2 14 0 12
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000132, oripos=5860497..5860909 strand=1 allelepos=201..613
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 813
INCLUDED REGION SIZE: 813
TARGETS (start, len)*: 190,432
0 ctttggtgtgaaagatacagtctagcgctccactttgtttagataattgttacgtattat
60 tttatatttgtactaaattattgtgatgaaatgtactattatagataggttttattattt
120 tcattgttacatatataacgttagtttgtcacatatcaacaatttgaaggttatatttaa
180 gaaaaaggtagataccaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNTatatataatatatatatatatatatatatatatatattatgaacaag
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660 tgaaactcttagactctatcttaaatttcaaattaacttataaagttgaagcctatatat
720 taatattattatctatgtatattgtgattggatattagaaaattgatgtaaatattgatt
780 tggtggtacaaaataaatataatatagtatagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 307 0 473 40 0 15 0 0 20
Right 860 0 0 0 419 0 439 0 0 2 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000133, oripos=6088107..6090383 strand=1 allelepos=201..2477
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 2677
INCLUDED REGION SIZE: 2677
TARGETS (start, len)*: 190,2296
0 aattataaaaaaaaaaatcttaaatttattctctttattttaataagaaaagtaaattta
60 atgtaataagttgaactttttatgaaatttaaatttaatttaataatataataagtttaa
120 tgtaaatatagtttttttctaatatttattcttttccttcaaaaatattatattttcctt
180 tagtaatgaattttttttcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNGatttttatatatatatatagattgtcattggattcaatgttac
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2520 tatagactttaggaacatctatacatagtaccaattgcctctgaaaatacacatttatcg
2580 attaaactattaattatcgttaaagatcatttttctgtaggtatagctcatttcgttgat
2640 aaagtttttaattttttttataaagaagtaagaactc
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 778 0 77 0 0 0 0 0 0
Right 856 0 0 0 220 0 588 12 6 13 0 0 17
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000134, oripos=6093376..6104431 strand=1 allelepos=201..11256
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 11456
INCLUDED REGION SIZE: 11456
TARGETS (start, len)*: 190,11075
0 atttaccttgttgtatacacacacacacacacacacacacacacacacacatacacacac
60 atatatatatatgtgtgtatatatatatatatatgtatatgtatatatatatatatgtat
120 atgtatatagatcatatatttttcgaagctagaaatttagaacagaagttaataaaacat
180 cttagatcaagaaatatcccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcgttatatatatatatatcgatta
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11280 gataattatatattatacatatgtatttgtatattatgacgaattatacatacgcaaaca
11340 taactaattatacaaactcgaaatcaaccctcataattataaacaatgttagtcgcgagt
11400 gataattatagcaaactgcaactatgatgtgtaatcaaatagtataagtttactta
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 354 0 438 45 1 0 0 0 17
Right 860 0 0 0 269 0 503 40 0 28 0 0 20
Pair Stats:
considered 340, unacceptable product size 340, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000135, oripos=6107114..6107364 strand=1 allelepos=201..451
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 22 55.25 36.36 6.00 1.00 cacatgtattctttgaggatga
RIGHT PRIMER 633 20 55.50 40.00 6.00 2.00 atgcattagattcaaggctg
SEQUENCE SIZE: 651
INCLUDED REGION SIZE: 651
PRODUCT SIZE: 621, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,270
0 gagtaaatgagtacacatgtattctttgaggatgatatatatatatatatacacacacac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atatatatgtatacatatatatacatacatatatacatacatatatacatatatatatat
120 atatatatatatatatattatgtatgtatgtatgtatatatatacatatatatatatata
180 catatacatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtatgtatgtatgtatatgtatacatata
****************************************
480 tatatatatacatatacatatatatatatatacatatatatatatatatgcacacacaca
540 tatgtgtgtgtgtgtatgtatgtatgtatgtattggtggcaatagtctttgattgatatg
600 tatgctaaatgtggcagccttgaatctaatgcattgaaggaacataatttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 599 0 254 0 0 0 0 0 2
Right 858 0 0 0 279 0 424 103 3 17 0 0 32
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000136, oripos=6124532..6125237 strand=1 allelepos=201..906
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 128 20 54.81 30.00 4.00 2.00 attgatgcaaacaaaacctt
RIGHT PRIMER 1085 20 54.40 35.00 4.00 3.00 taatatggcgtgagtttcaa
SEQUENCE SIZE: 1106
INCLUDED REGION SIZE: 1106
PRODUCT SIZE: 958, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,725
0 ataaaaaacatagaattgctcttgtgcaattggtagaaatatcaccgattagactagggt
60 ttgaatcccatttaagccttatttttatttaaagtttagcttgaaacgtatatttgagtt
120 atgcttatattgatgcaaacaaaaccttcaaatttcttcaattgaaaatcaaaaaatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNAaataaaataaataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
***************
960 tatatatatatatattcctgccttgcaaagccagctgtaatgccaagtgtctatgagttt
1020 tgaaaaggagacaatttattgctcttacttagttttactattagtgttgaaactcacgcc
<<<<<<<<<<<<<<
1080 atattatctatcatccaactgtaaaa
<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 183 0 485 92 3 28 6 0 45
Right 860 0 0 0 237 0 437 132 0 21 0 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000137, oripos=6137999..6138151 strand=1 allelepos=201..353
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 55.03 35.00 3.00 2.00 aacctccattcccataaaat
RIGHT PRIMER 541 20 54.95 50.00 6.00 1.00 accattcgtctggtactgtc
SEQUENCE SIZE: 553
INCLUDED REGION SIZE: 553
PRODUCT SIZE: 484, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,172
0 gcaacacatctcgagcatattttgactgatgaagaaacaagccgctgcctgtccgagaaa
>>
60 cctccattcccataaaataatgtagcaggccaaggtccttcattttgaaggtagtatgca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tagctcgagtgacatcctgaatgagagctgcagtagattctgtaataatgatatcatcta
180 catagacaagaagaatgactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttgcttg
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360 agcccatacagagacttctggagtttgcaaacatgttgagggaagtggggatcaacatag
**
420 cccgatggttgcgtcatgtagatagtttcatcaagcatgccatgaagaaaaacattagaa
480 acatccaactgattgatgagccaattgttgcgcacggccagtgacagtaccagacgaatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
540 gtttcatgccgaa
<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 7 0 415 329 4 24 0 0 67
Right 833 0 0 0 0 0 275 480 10 21 0 0 47
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000138, oripos=6138845..6140380 strand=1 allelepos=201..1736
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 37 20 55.07 45.00 6.00 0.00 acgggttaacatgagatgag
RIGHT PRIMER 1930 20 54.87 40.00 2.00 0.00 acacaaatcacaggcataca
SEQUENCE SIZE: 1936
INCLUDED REGION SIZE: 1936
PRODUCT SIZE: 1894, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1555
0 cctgaaaggttttaggtttaaagataccggctttgccacgggttaacatgagatgagtat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgggggtggcatgggcggtggtgattcgggggtggccgggaaggacccaaaacggatcgg
120 gctggagatgttgtgggtatggggtggttcgggttggttgtgagtgtgggtggtggttgc
180 gggtgtattgtgggtgacggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgcca
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1740 ccccattctgttcgggagtgtatggacaggaggtttgatatataattctcagggattgca
*****
1800 gaaactggccaaagatgttatttacatattcctttccattgtcacttcgaaaaagtttaa
1860 catgagaactgaattgtgttttgaccattttttcaaaagtgacaaaggtggtgtatgcct
<<<<<<<<<
1920 gtgatttgtgttttag
<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 4 0 108 710 0 2 0 0 31
Right 802 0 0 0 11 0 456 219 0 18 17 0 81
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000139, oripos=6533977..6534818 strand=1 allelepos=201..1042
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1242
INCLUDED REGION SIZE: 1242
TARGETS (start, len)*: 190,861
0 ggttggcctcacacaatccaaatagtagtaatactagttgagtgttgtcggtcctatgca
60 cgggcctaacaaagtaaatgataatgtctaatttgaattgtcaccggatatttaagaact
120 aagttgtatttatatttgaaaaaaatataatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtaaaaaattatttttgacatttttcaaataaatgtaac
*******************************
1080 aacaataaaatattagatgttctcgtgattattttacatcatgtcaaacatttatattcg
1140 aatacaataattaatttaatgatattctttttctattttatttgaaaatcattcaagaaa
1200 atagattaaaattatgagtctcaatatattaaaatttttagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 323 0 327 162 0 6 0 0 37
Right 860 0 0 0 549 0 311 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000140, oripos=6540375..6541604 strand=1 allelepos=201..1430
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 134 20 54.99 35.00 4.00 0.00 ttggaaacatgagaacacaa
RIGHT PRIMER 1613 20 54.56 35.00 4.00 3.00 tgctatggagcacaattaaa
SEQUENCE SIZE: 1630
INCLUDED REGION SIZE: 1630
PRODUCT SIZE: 1480, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1249
0 ttttatcacagttgatcatttttttaattttaaaaataaatgatttattttttttaaatt
60 gaaaattgacattttgtgagtaatcaaatgattaagatgaaaataatttattttctaata
120 atttaagtagaaaattggaaacatgagaacacaattattcttctcataactaattaaaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtgataaaaatatttttttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtttctttatt
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1440 aattaatctaaatctaaatcaaattaatgttcattaataacatatttttttaattattta
1500 tgtttataataataacaataataataataataatggaatattgtatataatagcaaacta
1560 ataacctaaaataaatggaataactagggtttgatttaattgtgctccatagcaaacgtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 agctaaaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 457 0 354 5 0 3 5 0 14
Right 856 0 0 0 546 0 245 37 3 7 0 0 18
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000141, oripos=6569058..6570158 strand=1 allelepos=201..1301
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 20 55.15 40.00 6.00 2.00 acgtgcactcgttaactttt
RIGHT PRIMER 1472 20 54.14 50.00 6.00 2.00 cctggtctagagtgtggaat
SEQUENCE SIZE: 1501
INCLUDED REGION SIZE: 1501
PRODUCT SIZE: 1356, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1120
0 cccttagtaatttttatgaaagaatatgttaaagaccccttagactatggaaaaaactta
60 gtattgatttgtaattgccattcaaacaggtcggactcacactatatggagggatgtacg
>>>
120 tgcactcgttaacttttgaaagaaattatatatatatatatatatatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
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1320 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattgaaaaactggtaga
1380 aattaggatatacttaatagtgcacccataaaaaaatatggaatttctcttgtgtaattg
1440 gtagagtcaagagattccacactctagaccagggttagaatcctactaaagcttgtttat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1500 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 301 0 282 135 2 29 16 0 35
Right 813 0 0 0 268 0 483 19 0 10 15 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000142, oripos=6580733..6584665 strand=1 allelepos=201..4133
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 54.81 45.00 4.00 0.00 cttgagaatttggtacaggg
RIGHT PRIMER 4321 20 55.07 30.00 5.00 2.00 cggatcaatttttcatcatt
SEQUENCE SIZE: 4333
INCLUDED REGION SIZE: 4333
PRODUCT SIZE: 4249, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3952
0 tgacggacctgtaggacggatcgtcacaggcacgacgaaccgtcgtaatccaccgtttca
60 aaacacttcaactcttgagaatttggtacagggaacgattctctgaatgtcgtgacggaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gtgcaggacggaccgtcgtaggtacgacgggccgtcacagactccttaaggaaatcgagt
180 ctctgacgaacctgcatgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaagcatg
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4140 ggaagtctagctcacttccaagcttctagacgcccattggctagagaagttcagattctg
**
4200 gctaaagaccttatgagattagaagtaaatgagaagggaggattgttggcttgtgtggag
4260 gcaagatcttccttccttgataagattaagggaaagcagtttaatgatgaaaaattgatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4320 cggatccgagata
<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 0 0 194 578 9 26 0 0 39
Right 841 0 0 0 13 0 424 292 5 37 0 0 70
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000143, oripos=6585433..6589182 strand=1 allelepos=201..3950
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 169 20 54.81 30.00 8.00 2.00 agttttggaaaacattgcat
RIGHT PRIMER 4024 20 55.07 40.00 5.00 3.00 tctcgacgaatcttgaactt
SEQUENCE SIZE: 4150
INCLUDED REGION SIZE: 4150
PRODUCT SIZE: 3856, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3769
0 gattctatttgggtgattgttgttaggttaactaagtctgctcattttattctagttaag
60 gtgacttacaatgccgagaagttagccaagatctatatctcagaaatcgttcgattgcat
120 ggggttccactatccatcatatcagatagaggtatgcagtttatttctaagttttggaaa
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180 acattgcatgcggaattgggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaagtgtgggt
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3960 gccagtcgtaacccggtttgggtcctgacagagaaagaagaagaaaagttcaagattcgt
<<<<<<<<<<<<<<<
4020 cgagatcatgctattttgattgtggatttcgccaaggattcaatcctacgaggtatgtga
<<<<<
4080 gattacatagcgttgggttagttacccatgcaccaatcctgattcaattcagtataattg
4140 tgttattttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 5 0 608 190 0 17 0 0 35
Right 834 0 0 0 12 0 399 337 9 23 0 0 54
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000144, oripos=6591088..6592374 strand=1 allelepos=201..1487
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 136 20 54.71 45.00 7.00 2.00 gagatgacatcacatgttcg
RIGHT PRIMER 1612 20 55.15 30.00 4.00 2.00 aatttttccccaagatcaat
SEQUENCE SIZE: 1687
INCLUDED REGION SIZE: 1687
PRODUCT SIZE: 1477, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1306
0 cacggcttcgtcaaatttttttaacaaatatatctatatataaaaaaaacaaaaaagact
60 aaaggctaaagttattcgcaggacactgcttacagcataatgcggctagctcaaatggca
120 aacacgctccattcttgagatgacatcacatgttcgattcccgggggggggggtgtactt
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180 ctgtaaaagttcacatttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtttaaagtcaatt
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1500 ttaacgactcaagcttcaactgactttgaagaacaagttaatgagtcaaaaagatatcgg
1560 cgaagtgaaggaattgatttaaattcattgtcgattgatcttggggaaaaattaccttcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 aaaatatcatccaaatgatcattaatgcaataagaagatcatatcttcaacaaggtccat
1680 gccaagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 729 0 0 0 187 0 151 291 6 23 39 0 32
Right 854 0 0 0 16 0 547 202 5 38 0 0 46
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000145, oripos=6597248..6601007 strand=1 allelepos=201..3960
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 82 22 54.11 31.82 3.00 2.00 aagaggagtcaaaaacaacttt
RIGHT PRIMER 3993 20 55.05 35.00 4.00 1.00 atgcgctcgatattttatgt
SEQUENCE SIZE: 4160
INCLUDED REGION SIZE: 4160
PRODUCT SIZE: 3912, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3779
0 caagtaagaataaattaagagaggataatatattttttccttaaataaaaaaaccaaaat
60 attattttttttctttttaataaagaggagtcaaaaacaactttattctaaattattttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taccaaaatagacaagtaggaaatctgtcaagttttaattaaggaatacgtgaatcaatt
180 gatataacattttccttattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
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3960 gcatttcttcgggcacataaaatatcgagcgcatgcaataatgcaattcttcgagcataa
********* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4020 gtcaacattgggcatatgcgatgatgtatttcctcgggcacatgaaatatcgagcacatg
4080 caatgatgcattttttcgggcacataaaatatcgagcacatgcaataacgcaattcttca
4140 agcataagtcaatattggac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 817 0 0 0 359 0 436 1 2 3 14 0 2
Right 802 0 0 0 0 0 220 466 0 33 17 0 66
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000146, oripos=6611945..6615211 strand=1 allelepos=201..3467
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 147 20 54.97 35.00 4.00 0.00 caattaaaaatacgggcaac
RIGHT PRIMER 3628 20 54.99 50.00 4.00 2.00 caatgtacctcggactaagc
SEQUENCE SIZE: 3667
INCLUDED REGION SIZE: 3667
PRODUCT SIZE: 3482, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3286
0 ggaagttttcggatgtgcattgactaaagacaactgaataaggtaactgttaagaacaag
60 taccctcttcctcgcatcgatgatttgttcgatcagttacaaggtgcttataccttctca
120 aaaatcgatttgagatcttgttatcatcaattaaaaatacgggcaacgggtgtgcccaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 actgcttttcggaccaggtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCaagaaaagctttt
********************************************************
3480 agcggctcaaagtaggcagaaagaatatgcagatcgaaaggttagagacttggagtttat
3540 ggagagtgaacaagtcctactgaaggtttcacccatgaaaagggtgatgcggtttagtaa
3600 gcgaggtaagcttagtccgaggtacattggtccatttgaagttctgaagcgcgtggggag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3660 gtagctt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 27 0 476 282 9 14 0 0 40
Right 860 0 0 0 0 0 383 358 0 32 0 0 87
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000147, oripos=6627835..6628862 strand=1 allelepos=201..1228
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 95 20 54.93 50.00 4.00 2.00 aagactggctagagttgcag
RIGHT PRIMER 1358 20 54.96 40.00 4.00 0.00 gcgaatgatatgtattgggt
SEQUENCE SIZE: 1428
INCLUDED REGION SIZE: 1428
PRODUCT SIZE: 1264, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1047
0 gctagtccatgccggaacttcaaggcatcaagacatgaagaagaagatccagtccaagct
60 agaagcgttagctcaccctgaaatctggtgtaatgaagactggctagagttgcagttgag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgaagacgacggtgcgtttgctgtactccacaaataacaaagaaagaaacatacaagta
180 ggggtcagtagaaacacaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgggcttttcaagatttaggattcaatatcttc
*************************************
1260 atcatgcttattttatcacaattatataatcacattcatgcaaacatacaattaagcata
1320 tagaagggtttacaacactacccaatacatatcattcgctattaagagtttactacgaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 agcataaaaccataacctacctccaccgaagattcgtgatcaagcaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 4 0 386 359 0 22 0 0 84
Right 860 0 0 0 63 0 656 97 0 10 0 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000148, oripos=6632866..6633496 strand=1 allelepos=201..831
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 54.86 45.00 3.00 0.00 tcactgctgagttgaagatg
RIGHT PRIMER 864 20 54.99 50.00 4.00 2.00 acgtaccgacacatataggg
SEQUENCE SIZE: 1031
INCLUDED REGION SIZE: 1031
PRODUCT SIZE: 858, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,650
0 gctagaatcactgctgagttgaagatgacggaacgtttgctgcactccacaaataacaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aagaaaacataaaagtaggggtcagtacaaactacgggtactgagtagatatcatcggtc
120 aactcaaaatagggaacactatatatcaagtaatatcataaatcaactataaaaatcaac
180 atgtagcaacaacaagtactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgtgacactc
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840 cgatcccctatatgtgtcggtacgtgacactccgatcccctatatgtgtcggaacgtgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 actccgatccactaatactatgtgtcggaacgtgacactccgatccactaatactatgtg
960 tcggaacgtgacactccgatcccctatatgtgtcggtacgtgacactccgatcccctata
1020 tgtgtcggaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 116 0 516 163 0 6 0 0 54
Right 860 0 0 0 0 0 263 485 0 41 0 0 71
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000149, oripos=6670251..6670271 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 20 55.05 45.00 5.00 2.00 acaagcagctacctcacaat
RIGHT PRIMER 413 20 54.90 45.00 2.00 0.00 atggttgtggtaagaggatg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 409, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 atatgacaagcagctacctcacaatcctccacaagatgcctcggaaacgaaaagaatgac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aggtatcacgaagatccaggctcgtatcctacaaaaatttgtagaagcaaggggtgagta
120 ccaaaccacgcggtacccaacaagcaaacctctaaacacaagttaagtgaacaaaatacg
180 gacacttcttacaccatatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgatacacacccgctgtctc
****************************************
240 tcagtccgggacccatgggaaacatatctgtccatgcacctgtcgcggcgcacgacacga
300 ccctcgataaatagtaaccttcgcggcgcgcgatacgtccctcgaaatataatatccatc
360 gcggcgcgcgatacgaccctcgaaaatagtacatcatcctcttaccacaaccatgtctca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 325 428 1 11 0 0 90
Right 860 0 0 0 0 0 250 541 0 22 0 0 47
Pair Stats:
considered 4, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000150, oripos=6673769..6676373 strand=1 allelepos=201..2805
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 75 20 55.11 40.00 6.00 0.00 tcctgaagcatcacaataca
RIGHT PRIMER 2982 20 55.02 40.00 8.00 0.00 atttcgaaagatggacacac
SEQUENCE SIZE: 3005
INCLUDED REGION SIZE: 3005
PRODUCT SIZE: 2908, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2624
0 ctcatgggacttcaattgcctagaagcataagcaatcactttccccttctgcatcaacac
60 accacccaatccaactcctgaagcatcacaatacactgtaaagtctacaccctcctcagg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tagagtcaacacaggagctgaagtcaataaagtcttgagtttttgaaagctctgctcaca
180 ctcatcagtccactgaaaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCccccgaataagtcct
******************************************************
2820 ccaccagtctctcgctggtccacgaagctggagtgtagcatatctaaccccatgtgactc
2880 agctaatccaaccacctctagtaactctcggcaggtagttagaaactcatgagcgtcctc
2940 gctcttcccaccctgaaactgaggtgtgtccatctttcgaaatctctcatacctacgctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3000 cttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 380 352 0 32 0 0 91
Right 860 0 0 0 0 0 323 432 0 27 0 0 78
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000151, oripos=6677670..6679012 strand=1 allelepos=201..1543
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 54.92 40.00 3.00 0.00 gaaacgaaaagaatgacagg
RIGHT PRIMER 1595 20 55.02 40.00 2.00 1.00 tcgtgtatttccttgtgtga
SEQUENCE SIZE: 1743
INCLUDED REGION SIZE: 1743
PRODUCT SIZE: 1573, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1362
0 acaatcctccacaagatgcctcggaaacgaaaagaatgacaggtatcacgaagatccagg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctcgtatcctacaaaaatttgtagaagcaaggggtgagtaccaaaccacgcggtacccaa
120 caagcaaacctctaaacacaagttaagtgaacaaaatacggacacttcttacaccatatc
180 taaacctccacgctacagtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaataaacatcaagtctc
****************************************************
1560 caaatcattctcaacatcacacaaggaaatacacgaatttcgtacgcttaacaagagttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 agaaatccacttgccttaaccaattgaataattacttttggacttgagccttccctttcc
1680 gttgagcttccgaaccaatggaatctattcaaccatatattcgtaataaggtttcacaac
1740 taa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 386 374 1 13 0 0 81
Right 840 0 0 0 16 0 478 250 9 23 0 0 64
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000152, oripos=6732855..6734304 strand=1 allelepos=201..1650
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 4 20 54.94 40.00 2.00 0.00 ctttgggacttcattctttg
RIGHT PRIMER 1788 20 54.56 50.00 5.00 2.00 gctgctatcatctgagacct
SEQUENCE SIZE: 1850
INCLUDED REGION SIZE: 1850
PRODUCT SIZE: 1785, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1469
0 gtccctttgggacttcattctttgcctcgcctttcggaagagccatgaaggctcgaaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttcccattgagtcaatccgtcaagataggcatatgaagtcaaattccttgaagattggag
120 aaacttgaagaatagactagaagatgtctttggcttcttttatatatttagcattttatt
180 tattttgtaatgggcataaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGataattacgagttctacttgagtatctgta
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1680 aatttccaattcacaccaccagggatgtgtgggcaaaggtgttttacaatttgaaagaag
1740 gagacatacaatgggtattaccatgctttaggtctcagatgatagcagcccaaggggcca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 aattgccatttttagtccttcccggcgtcagaggattgcgtccttacaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 837 0 0 0 92 0 366 305 7 18 0 0 49
Right 859 0 0 0 1 0 351 435 2 26 0 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000153, oripos=6739433..6745842 strand=1 allelepos=201..6610
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 134 20 55.10 45.00 5.00 0.00 aaaccaggtcaatgtgagag
RIGHT PRIMER 6674 20 54.89 35.00 4.00 2.00 tgttgatgcgatattgatgt
SEQUENCE SIZE: 6810
INCLUDED REGION SIZE: 6810
PRODUCT SIZE: 6541, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6429
0 aaagctctacacatcaccgtggtctgccgcggaaagatcgtcaaccgtgttttggtagac
60 gacggatctggcctaaacatatgccccttgtccacgctgaagcagctgaggtttgacctc
120 ggaaagttggagaaaaaccaggtcaatgtgagagcatttgatggtgtgcagagagagacg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaggggcggtgaacttgatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNAtaaaagtaaacatcaagaagagcatcgaagatagcgacaaaagagacatc
******************* <<<<<
6660 aatatcgcatcaacattcatttatttattttagcatcaaatgaagatgtacattgaagat
<<<<<<<<<<<<<<<
6720 tttattgcaaagcacaaggcataagctttatttgctggacgtcagactgatcgagtcgac
6780 gtcaaatatggaggagaacaatgaagtgtc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 104 664 0 13 0 0 74
Right 858 0 0 0 79 0 373 275 1 45 0 0 85
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000154, oripos=6749376..6750073 strand=1 allelepos=201..898
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 11 20 55.06 45.00 3.00 2.00 gacttcattctttgtctcgc
RIGHT PRIMER 1004 19 55.53 42.11 4.00 2.00 attcggcatacctattgga
SEQUENCE SIZE: 1098
INCLUDED REGION SIZE: 1098
PRODUCT SIZE: 994, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,717
0 agtccctttgggacttcattctttgtctcgcctttcggaagagccatgaaggctcgaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 attcccattgagtcaatccgtcaagataggcatatgagtcaaattccttgaagattggag
120 aaacttgaagaatggactagaagatgtctttggcttcttttatatatttagcattttatt
180 tattttgtaatgggcataagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtc
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900 cagaatttttacctttttaaaattatattcattccacaatatattctatttatatttatt
*******
960 atagttttttattagtttgtattcattccaataggtatgccgaatttatctatatagtca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tttaagaaatatatttttattttaaatatgttttccctatatagttatttttttcttcaa
1080 aaatcctgtatgtattca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 832 0 0 0 92 0 356 293 12 17 0 0 62
Right 844 0 0 0 491 0 314 23 0 5 6 0 5
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000155, oripos=6752538..6753664 strand=1 allelepos=201..1327
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 20 55.08 40.00 5.00 3.00 tgtttggcttagcttaaagg
RIGHT PRIMER 1447 20 54.36 30.00 4.00 0.00 tgcaatcaaaaatctaccaa
SEQUENCE SIZE: 1527
INCLUDED REGION SIZE: 1527
PRODUCT SIZE: 1448, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1146
0 tgtttggcttagcttaaaggctggttaaactgacttaaaagctggttattgacttattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gctatttgacaatactcaaaataaattattttaacttaaaaaaaacttattttaagctaa
120 aagttaaaagctggggtaggggtattttttttagcttataagttgttttaagttgaccac
180 atttttacctttttgcccttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNAaaataactcatacagaaatgaagaaataataaaaatgaggtaatactactaat
****************
1380 aataactaaagatgtttctagaactatttaagtttcttgttatcagtcttggtagatttt
<<<<<<<<<<<<
1440 tgattgcatgaagttacatttttacctttgatcataattcacttcatatatagaaagatg
<<<<<<<<
1500 tttctagaattatttatttttgataga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 809 0 0 0 257 0 434 68 0 11 15 0 24
Right 860 0 0 0 216 0 618 7 0 4 0 0 15
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000156, oripos=6772209..6772768 strand=1 allelepos=201..760
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 151 20 54.73 35.00 2.00 0.00 cgaaactcaaagggtaaaaa
RIGHT PRIMER 917 20 55.09 45.00 4.00 1.00 aactcaccaactcgttcatc
SEQUENCE SIZE: 960
INCLUDED REGION SIZE: 960
PRODUCT SIZE: 767, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,579
0 actttcaatatttagtaaaaatgtcaaattttaatttgttatgtattttatttatgtttt
60 tattatttgtttttatttaaagaatataattatttaataacaaaagggagaaaatcaagg
120 gagagaatatttcaaataaaagataagagtccgaaactcaaagggtaaaaaatattaaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaaattccaaaacggtatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaataaagtaatgttttctta
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780 tttcttaaaaattatttttcttatatgtaatatatttatattattattttataggtatga
840 tcaaattcaaaatgcagtgagttattgtacacaaattgtaaataacaatgttatgggtga
<<
900 tgaacgagttggtgagttgcacaatgatgaaccttccgagcatgaattaacagacagtga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 817 0 0 0 533 0 192 50 0 3 11 0 28
Right 860 0 0 0 313 0 299 188 3 16 0 0 41
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000157, oripos=6773929..6784608 strand=1 allelepos=201..10880
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 11080
INCLUDED REGION SIZE: 11080
TARGETS (start, len)*: 190,10699
0 tttcttttaagcaaaacaaaaggtgatctactattaagctaagcaaaaggtgatctacta
60 tgtagtcttcttgacatgacatatcaagtaaagagggcgaggctcccagcaatgggggga
120 aaggggagtgggtaggcgggctcctttcacttgactggttagttaggacttttttctacg
180 atgttatattaagatgatccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtataccgttttggaatttttgttaatattttttacccttt
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10920 gagtttcggactctaaaagataaggatcacttaattttctcataagttacattttcaaat
10980 aaaatttaaacttgttcttttttttctccagaatttttacctatttaaaattatatttat
11040 tccacaatatattctatttatatttatcatagttttttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 740 0 0 0 2 0 445 218 0 10 33 0 32
Right 769 0 0 0 432 0 266 24 0 7 25 0 15
Pair Stats:
considered 480, unacceptable product size 480, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000158, oripos=6785383..6785861 strand=1 allelepos=201..679
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 75 21 54.41 23.81 4.00 2.00 tcaaattcataaacaatgcaa
RIGHT PRIMER 716 20 55.08 40.00 5.00 0.00 gaagatcaatttgtgggaga
SEQUENCE SIZE: 879
INCLUDED REGION SIZE: 879
PRODUCT SIZE: 642, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,498
0 ggtgtactcattcttaaataaaatgcataactagttggcatacctttagaataaatacaa
60 attagaaaaaaaatgtcaaattcataaacaatgcaacataattttttaatgaatacaact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attaattgtaaaaatacataatgactaaaacagtatcaaaattcaatatatactttcaaa
180 tttatgaatacaaaaaacaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTgccaaaaaaaaaacctattctcccacaaattgatcttcttc
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720 aacttcatggttatgaatttgtgtgggattttgcacatcgacggattcatgcatttttcc
780 ccatcgtatatcctgcttagaattagaagcggaacctacattattgtttaattcttgagt
840 gaaaaaaattaaatgatggaaaatcggaagaactttaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 837 0 0 0 495 0 320 3 3 3 7 0 6
Right 823 0 0 0 57 0 381 284 1 18 14 0 68
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000159, oripos=6816547..6818870 strand=1 allelepos=201..2524
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 130 20 54.98 35.00 8.00 2.00 ttggtctgctaaccaaaaat
RIGHT PRIMER 2595 20 54.28 30.00 4.00 2.00 tttttcttcttttggacgtt
SEQUENCE SIZE: 2724
INCLUDED REGION SIZE: 2724
PRODUCT SIZE: 2466, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2343
0 aaagaagaatttttccaattaaagtgacattttgaaaagggataattatcgccacttgaa
60 attgagttttggtgttccaagtcaccttatttaaatctctaatcaaaaggaaatttgact
120 ctattttttattggtctgctaaccaaaaatccgggtaagaaattctgttgaccgagggga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aggtgttaggcacccctcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNAaataataataatagaaaattaacaaaaaaaatgttttaaaaaaatcaaaaggaacg
************* <<<<
2580 tccaaaagaagaaaaaaaatcaaaattaatgggatgagactttttagtaaaataagttag
<<<<<<<<<<<<<<<<
2640 aaagttgggaataattaggataaagtaaacaaatttgaaatctttaggactcctcttttc
2700 ttttctttttctatacattttcat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 51 0 418 217 10 31 15 0 51
Right 822 0 0 0 330 0 412 37 0 6 15 0 22
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000160, oripos=6825773..6826556 strand=1 allelepos=201..984
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 64 20 55.50 40.00 5.00 0.00 gggacccattttctatttgt
RIGHT PRIMER 1097 20 54.99 40.00 6.00 3.00 tggatggagatgaatctttc
SEQUENCE SIZE: 1184
INCLUDED REGION SIZE: 1184
PRODUCT SIZE: 1034, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,803
0 taagggtctattttagtttatttactctcagtgattatagttttatttttttgtcataat
60 taatgggacccattttctatttgtagaccagtaaaagacttatttattattttctatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taattttatacaaaatttattttatctttcctatctccattacatatttttttcttaaaa
180 tcactcccccactctattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatata
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1020 tatatatatatattaggctttttttcttatcaaaatgcaagttcttgaaaatcagaatga
<<
1080 aagattcatctccatccataagaattacttgcttgaatattgaatatatagttgtttcta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 catcaaattattatatatataaaggtatttgtgttgttatattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 813 0 0 0 394 0 370 13 10 3 12 0 11
Right 812 0 0 0 327 0 421 14 0 20 14 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000161, oripos=6828363..6828730 strand=1 allelepos=201..568
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 43 20 54.38 40.00 6.00 2.00 atcagcacttttgagctctt
RIGHT PRIMER 749 20 55.20 35.00 6.00 0.00 ttccaaatttaagcagagga
SEQUENCE SIZE: 768
INCLUDED REGION SIZE: 768
PRODUCT SIZE: 707, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,387
0 tctattttaaattaaaattctacatttttttagaatacgtgaaatcagcacttttgagct
>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cttaaataagtcggaaaggacctgaaattacttcgttttaagatgatttgagctacattt
>>>
120 tagattgaaactccaaatgtatatactatgtatatcattgtgtatctatttttcttaatt
180 cttatgaatatatttccatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtaataatatatatatatatatatatatatatt
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600 tgatacaggtataaattactctttttaaaaaatcatatacataatgaatactttgcatag
660 ttgagaactagttacttatatttcttcttagcaaaagtatactatccttccttatcttct
720 cttattttcctcctctgcttaaatttggaatgaaatgataacatcaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 186 0 517 66 0 14 10 0 33
Right 860 0 0 0 230 0 584 21 0 0 0 0 25
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000162, oripos=6843620..6843640 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 22 55.16 40.91 4.00 0.00 tgagtacaaccgtacaagagaa
RIGHT PRIMER 299 20 54.94 35.00 5.00 1.00 cataatgaattggatcggtt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 197, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tttgtaatgattttttaatttaaatttaaattttaaaatattaatatatgtaaatattta
60 taagataataataggagtacatgattttgttatgcaaatattttgagtacaaccgtacaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gagaatgttcttaaacataaaaatttgttaaattaatatatatatatatatatatatata
>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgactttgagtttggatgca
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240 cttatttttagtattatattcatattgctcaagtctcacgaaccgatccaattcattatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 ctcaagtcccacaaaccggcattaaaacccctaatctaaaatagatttcaaattcatagt
360 tcaattctacaaataatcgcagattggaatgagtcggtcgacatacctagtccattttaa
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 555 0 289 2 0 3 0 0 6
Right 860 0 0 0 117 0 380 299 0 22 0 0 42
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000163, oripos=6844553..6845109 strand=1 allelepos=201..757
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 54.90 45.00 6.00 2.00 ctagttaacatatccgcgct
RIGHT PRIMER 799 20 55.04 50.00 5.00 1.00 atgtggcacctctctatgac
SEQUENCE SIZE: 957
INCLUDED REGION SIZE: 957
PRODUCT SIZE: 777, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,576
0 tgtgagtttaaattatagctatactagttaacatatccgcgctttgcgcggacattatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gatttatgaataaatttttttgtttaaatatatcgagtcaaatatttattattattgaac
120 ccaataaataatattttttaatttgttgttcactatctatgcttttagtattttaaatat
180 agttgatttcgtataatcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgaaaaaaagaaattgaaatggag
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780 gtcatagagaggtgccacatcagctcctatttatatatatatatttatatatatatatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 atatatatatattgattagctaattaactaatctatatttgtttatcagcgtaatttcat
900 gttccagcggaaatcaactaatcaagtgggttccaaaattccaataacttaaaacaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 419 0 318 103 0 3 1 0 9
Right 860 0 0 0 312 0 281 209 0 6 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000164, oripos=6853039..6860937 strand=1 allelepos=201..8099
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 77 20 55.03 45.00 6.00 2.00 acacgtgatatgcagagaca
RIGHT PRIMER 8208 20 54.02 40.00 2.00 0.00 aagagaagaacaaagtggga
SEQUENCE SIZE: 8299
INCLUDED REGION SIZE: 8299
PRODUCT SIZE: 8132, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,7918
0 actagatattttaatatattagggtggaagtcattggtcacaaaaccaacagcatacgga
60 ctaacaaccaccctactacacgtgatatgcagagacatgccatcattctgtatccttgtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcctactaatattagcactagatttttatattaattcttaggaaatcaataggtacttag
180 taatgttagcctttatccctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCc
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8100 ataacaatattatatttttttctaaattagatagtaactcacaaggaagtgtatcaataa
********
8160 agatcaccgtttgattttgtcatcgtcgctcccactttgttcttctcttctcctcttttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
8220 ttttcttctataaattattttaaccctaataatttattttcttatatatagtcaagtggt
8280 attaaataaattaaaaacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 118 0 470 190 0 13 0 0 64
Right 860 0 0 0 296 0 410 126 0 7 0 0 21
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000165, oripos=6887763..6889279 strand=1 allelepos=201..1717
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 55.01 50.00 5.00 3.00 ggtttactcacgactcttgc
RIGHT PRIMER 1781 20 55.17 40.00 2.00 0.00 ttcatttctccaccagtttc
SEQUENCE SIZE: 1917
INCLUDED REGION SIZE: 1917
PRODUCT SIZE: 1619, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1536
0 aaaaaagatttttttaaaatataaatttagtacagtgagttgaagctgattataccaaat
60 ttgatgatagagttttgattggagatgccgaagtgtttctatggagggttagcatagtgt
120 cacagactttttgattcggactatgttccgtgcggcactagacggtttactcacgactct
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgcacgttcttgcaaactccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcaacaaggcgttgacatgttcag
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1740 tttggccatcagtttgggggtggaaactggtggagaaatgaagttttgaaccaagaatct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 caaagagttcactccaaaagttccctgtgaaacgaggatcccgatcactaatgatgaacc
1860 tcggcagccccccatacttcacaacattcttaaagaacaattgtgcaacttccttag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 90 0 444 251 0 8 0 0 62
Right 802 0 0 0 0 0 304 373 3 22 17 0 83
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000166, oripos=6889970..6894847 strand=1 allelepos=201..5078
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 146 20 55.05 45.00 4.00 2.00 cagctccataatcttcttgg
RIGHT PRIMER 5143 20 55.00 45.00 7.00 1.00 aggagtcctttttggaagac
SEQUENCE SIZE: 5278
INCLUDED REGION SIZE: 5278
PRODUCT SIZE: 4998, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4897
0 cccggatgcccagcccacggagtgtcgtggctttctttgataatacgccgcctgatgaac
60 ccaaactttggtacatagatcctccggccagtggtaagcaagaatccgtcttctacccaa
120 aaccgtttggtttggccttgagcagccagctccataatcttcttggcttccggatcgcgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgcataccgtctttaattgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaactatacaagttcctaagac
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5100 tatgcctacaagacaagcttctaagtcttccaaaaaggactcctagatgctcctagtctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5160 ccccatgatctccacaagcctctcaaagacttgtaactcctgtaacagccgccccactaa
5220 caagtgttacagctgaaacggctgtaactgctgtaacagctgaaactgctgtaactgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 0 0 128 649 10 14 0 0 44
Right 837 0 0 0 0 0 408 330 14 37 0 0 48
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000167, oripos=6898110..6898854 strand=1 allelepos=201..945
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 20 55.06 45.00 4.00 1.00 gacatgaagaggaagatcca
RIGHT PRIMER 1104 20 54.91 35.00 6.00 0.00 taattacatgggggctaaaa
SEQUENCE SIZE: 1145
INCLUDED REGION SIZE: 1145
PRODUCT SIZE: 1078, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,764
0 gtccatgccggaacttcaaggcatcaagacatgaagaggaagatccagtccaagctagaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gcattacctcaccctgaaatccggtgtaatgaagactggctagagttgcggttgagttga
120 agacgacgacacgtttgctgcactccacaaataacaaggaaagaaacatacaagtagggg
180 tcagtacaaaacacaggtacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttgtctcgatcgatc
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960 ctctctctctcttcttgttctttctatttttctttattcaaaccctctttcttctatcct
1020 aattagcatataattaagaataaaagatgacaataataacccaataatttactcaaggtt
1080 acctcttttagcccccatgtaattagacttactaacattaacccactaactttataatta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 aagca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 307 449 0 10 0 0 89
Right 860 0 0 0 161 0 608 51 0 3 0 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000168, oripos=6901271..6905743 strand=1 allelepos=201..4673
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 158 20 54.97 40.00 4.00 0.00 tccattagaattggttgtcc
RIGHT PRIMER 4789 20 54.78 50.00 6.00 0.00 ggatctctagttcccaggtt
SEQUENCE SIZE: 4873
INCLUDED REGION SIZE: 4873
PRODUCT SIZE: 4632, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4492
0 ttcagcagtgttttaaatacttgtgaacataataaagtgaaacacaagagaaatatttgt
60 gttaggttattagcattttaatattaatatttaacatattaaattgctttattttggagt
120 tataagaatgaacattggaatggatgacttctacatcatccattagaattggttgtccat
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180 cactttatttcattcttaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtctctta
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4680 cgaaggccttaacaagagaaaaggtctgtagcacatcaagggggatgggattgaagccta
**
4740 caaattcttgagtcatatatgaggaaacccaacctgggaactagagatcctataaccagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4800 ttcaaagggaaaaactaatcatatgatgacttgttgtgaaaaatgcactattttttcccc
4860 tccctatgatgtg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 190 0 581 42 0 13 0 0 29
Right 800 0 0 0 2 0 460 232 6 19 17 0 64
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000169, oripos=6910891..6911622 strand=1 allelepos=201..932
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 70 20 55.22 35.00 4.00 0.00 tgcactccacaattaaacaa
RIGHT PRIMER 1102 20 55.32 45.00 4.00 2.00 cgtaccgacacaagagaaat
SEQUENCE SIZE: 1132
INCLUDED REGION SIZE: 1132
PRODUCT SIZE: 1033, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,751
0 caccctgaatatccgatgtagtgaagactggctagagttactgttgagtcgaagatgacg
60 gcacgtttgctgcactccacaattaaacaagaagaaaacataaaagtaggggtcagtaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaacacgggtactgagtagatatcatcagccaactcaaaatagaaatcaatatataccaa
180 gtaatatcataaaatcaactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtgatactcaacatgtagcaacaacaagt
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960 actatatcattaacaattaccgtcaagttcacacatgaggactcaagcctcaataccata
1020 ctcatttgggaatcatgttcattagattgagtatattaacatttttcaagattcattatc
1080 tttatttctcttgtgtcggtacgtgacactccgctccctcaatattcattaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 55 0 536 188 0 13 0 0 63
Right 860 0 0 0 113 0 460 204 0 24 0 0 59
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000170, oripos=6919117..6919256 strand=1 allelepos=201..340
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 132 20 54.97 45.00 3.00 2.00 acacccaatcccctaatact
RIGHT PRIMER 447 20 55.06 35.00 2.00 0.00 ataaaagaaggcgtgatgaa
SEQUENCE SIZE: 540
INCLUDED REGION SIZE: 540
PRODUCT SIZE: 316, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,159
0 tgtgtcggtacgtgacactccgctccctcaatattcattaatcctcttatgtcggtacgt
60 gacactccgatcccctaaatctacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaaatctacg
120 tgtcggttcgtgacacccaatcccctaatactacgtgtcggttcgtgacacccgatcccc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 taattctacgtgtcggttcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgttcgtgacacccgatccac
*************************************************
360 taattctccttctatcaattcataaagccttctttcttaccaaggcatcatcaatcccat
420 tattttagttcatcacgccttcttttataccaaggcctcattattaacaaagagattagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 atttttcaagatttgggattcaataacttcatcatgcttatataatcacatttatataat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 1 0 195 585 0 21 0 0 53
Right 860 0 0 0 35 0 597 141 3 15 0 0 69
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000171, oripos=6930978..6931550 strand=1 allelepos=201..773
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 45 20 55.11 40.00 3.00 1.00 tgagcaactatcaccattca
RIGHT PRIMER 829 19 55.61 42.11 6.00 0.00 aaaaatctttctccccacc
SEQUENCE SIZE: 973
INCLUDED REGION SIZE: 973
PRODUCT SIZE: 785, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,592
0 aaaattgaccaatatctgtacatttttattttcaataactccaattgagcaactatcacc
>>>>>>>>>>>>>>>
60 attcataaacttattagaaatgctataaaatatttgatataattttaatttctctttgtt
>>>>>
120 gtcgattttaaaataatttatcaaggtcgattatatttacaaaatcgggatagtcgtcgg
180 agaaatagcatataacgaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcagtaag
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780 ttagatggggtgggggttaggtgggggtgagggtggggagaaagatttttttttatcaat
** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 ttaattttttatatattattttttttttatatattattaaaggaagtaaaatattcttta
900 ttttttaaaattaaaattatgggcccatatgtcacgtgtcgtagttctattcgtaatttt
960 tgtcaaaataagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 315 0 436 66 0 7 0 0 31
Right 814 0 0 0 431 0 164 188 8 10 9 0 4
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000172, oripos=6941230..6942600 strand=1 allelepos=201..1571
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 19 55.03 42.11 6.00 2.00 attttccgagctaggttga
RIGHT PRIMER 1609 20 55.01 35.00 7.00 2.00 ggcaaataatgtttgtccat
SEQUENCE SIZE: 1771
INCLUDED REGION SIZE: 1771
PRODUCT SIZE: 1580, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1390
0 agtactccaacgaatattaattatttattaattttccgagctaggttgatcaaaatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atttttaagactaattaactactttattaaagatataattaaaaaaatatagcaatttct
120 gtattacttttataaaatgacaagtattatgtctaattatttatagaaaatgatgaacat
180 aaaaaggaacaaaggtagtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNGtcaaataatgacaaattgtatggacaaacattatttgccaaatttttcc
******************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 caaatattatttgaaaaatttatggccaaacggctctaagtaacatctctaggctacttt
1680 taaagttaacagttggatgagctgttatttaagttttaattcatttttgagtttcctaaa
1740 tgataggtgttatcaatattaactattaagg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 552 0 255 28 0 12 1 0 5
Right 850 0 0 0 169 0 530 107 6 21 0 0 17
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000173, oripos=6950955..6951843 strand=1 allelepos=201..1089
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 55 20 54.98 50.00 2.00 0.00 ttctctccctaaccctaacc
RIGHT PRIMER 1161 20 55.16 45.00 5.00 1.00 ggagaagcaagttgttgaag
SEQUENCE SIZE: 1289
INCLUDED REGION SIZE: 1289
PRODUCT SIZE: 1107, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,908
0 tgaatacatgggaggttcacacaagtgataacatatcaagcttgtgaccgataaattctc
>>>>>
60 tccctaaccctaaccaaaactctcaaagctcttaagactacattgtgtatgctgattaag
>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttagaaggaacatggctctatttatagagtcctaaagcttttcctacaagaaaaggatta
180 gtcaatccaaaaccttttcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNCccccttggcctgaatttctgacaaaataaatttgtccaccttcttgactta
******************
1140 atcttcaacaacttgcttctcctctccataatctcctttgcaaaatttatgtctcaacac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 aaagaatctctctgaaacaatttctccaacaaaatcttcattactgtcaaaaaggttact
1260 gctagaactacaccgccaagatgaacaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 0 0 672 93 4 15 0 0 69
Right 860 0 0 0 18 0 626 106 4 32 0 0 74
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000174, oripos=6957042..6957554 strand=1 allelepos=201..713
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 3 20 54.79 40.00 4.00 2.00 catgaaagatcaagcactca
RIGHT PRIMER 769 20 54.01 50.00 3.00 0.00 aagcctacctcttcctctct
SEQUENCE SIZE: 913
INCLUDED REGION SIZE: 913
PRODUCT SIZE: 767, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,532
0 cttcatgaaagatcaagcactcatcaaattattgacctgaactcgaaattatagaactat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aacaaatcttattcgaatcaattgaattataatttatggaatattatttaaactaatgaa
120 attatgggtcaacagattttatttaaattaagctaattatgattatttttattaattact
180 aaatcattttccataaggccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActcaaca
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720 ggggttaatatagaagaaatttataaagttagagaggaagaggtaggcttactcaataat
** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 tcaaaagctcaatataagaaaatatgtaacacaaaatctctatttataataatactaaca
840 aattaaatttgattaggaatagattacaatataaattaggacaaataagttctaattaca
900 catgaattaaata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 430 0 367 13 1 10 0 0 34
Right 860 0 0 0 369 0 472 2 0 1 0 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000175, oripos=6969803..6970609 strand=1 allelepos=201..1007
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1207
INCLUDED REGION SIZE: 1207
TARGETS (start, len)*: 190,826
0 attttatgcatttttttaattttaatttatgtgttatttttttaattcgattagaaaaaa
60 caaattttttatttgacaaatatcaatattttatttatattagatctcatttatttaata
120 aaaagttcattattaatatgagatcaaattattagtgaaaacatctgtaaaatgcatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttacattgatatg
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1020 taaatatttataatttatagtactttttatataattttaaatatctattttttttataaa
1080 aaaatatcaaattaacattatttaatttaacttttaaaattaatcaaattgcttttagaa
1140 aacgtaacatgacaaataaaagtgaacaaagaaagtaccatttacactctccaacttgtt
1200 ttaaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 825 0 0 0 672 0 141 0 0 3 9 0 0
Right 860 0 0 0 521 0 328 0 0 7 0 0 4
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000176, oripos=7033304..7034489 strand=1 allelepos=201..1386
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 55.02 45.00 2.00 0.00 ttgtggtatggggattagag
RIGHT PRIMER 1542 20 55.20 35.00 7.00 2.00 ctttttgaaaactcgtttgg
SEQUENCE SIZE: 1586
INCLUDED REGION SIZE: 1586
PRODUCT SIZE: 1520, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1205
0 atcttgcacaaatcctgtagctgttgtggtatggggattagagaattttgtgctgggagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aatcaccagtttgaattctcatggagagatgaggagccacacgcttcagctcacacccaa
120 tacatactacaaataaatcaatgttgataattaccttgttacgcttactcttcacttacc
180 cccctccccctcctctcttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNAagttttttttaacttaaaataagctgttttgagtattgccaaacagctaaataa
***************
1440 gtcaaaaaccagcttttaagtcagtttgaccagcttttaacctgagccaaacaggctctt
1500 agtcttgacatacaaatgctaacccaaacgagttttcaaaaagtacaagtgtttaaatgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 aaaggatccttcaaaaacacaaaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 49 0 413 272 0 25 7 0 61
Right 837 0 0 0 2 0 541 173 10 30 0 0 81
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000177, oripos=7096385..7097593 strand=1 allelepos=201..1409
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 7 20 54.85 40.00 2.00 0.00 ttgatagaaaaggtggagga
RIGHT PRIMER 1508 20 55.01 45.00 5.00 0.00 atgagaccaatggagtgaag
SEQUENCE SIZE: 1609
INCLUDED REGION SIZE: 1609
PRODUCT SIZE: 1502, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1228
0 ttatcttttgatagaaaaggtggaggattatagtttaaaatagtaccactaatattcgag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taaatggtcttcgaaaaattgttttgcggtgggatttgttcagctcatgcaagttaaaga
120 agaagaaaaaaaagcatactattagagagtccgaaactgaatgggtataaaaaaatttta
180 caaaaattccaaaacggtatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtagcgttttagaatttttgtaaaatttttat
**************************************
1440 acccattcagtttcggactctactattagatatataagttgcagaaaagcttcactccat
<<<<<<<<<<<
1500 tggtctcatattcattttttctttcttttacataccttttaagaaattataaataaataa
<<<<<<<<<
1560 ataaaaatttaataatttccctttcactcttttcagtattatgtgttgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 777 0 0 0 92 0 417 183 0 20 25 0 40
Right 832 0 0 0 282 0 415 72 0 10 12 0 41
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000178, oripos=7128667..7129611 strand=1 allelepos=201..1145
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 20 54.36 45.00 3.00 0.00 ccaggtatgtcgttttctct
RIGHT PRIMER 1337 20 55.01 30.00 3.00 0.00 tgaaacatcaaccaacaaaa
SEQUENCE SIZE: 1345
INCLUDED REGION SIZE: 1345
PRODUCT SIZE: 1338, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,964
0 ccaggtatgtcgttttctctcttcttcttcaacaatttctttctgttcttcttcttcagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttttttttttcagttgtgtttttttggtgcaaggctgtaagcagtgcttagttgcttact
120 gctttgtgtaatttactttttttaattataggcagttaattaaaaaaaaaaaactttcca
180 ttttcctaattatttattccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNGcgcctcgctgctcgcctcgccgcgtggcgaggcaggcccttgtcgccttttgtcg
**************
1200 cctctcgccgtccacaacactgatttccccacaaagttgacatctggatacactaaaatt
1260 ctcctccttttcttcaaaaccttctacgccaaacaagctttcatgtgaaatatcttactt
<<
1320 ttgttggttgatgtttcacatggtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 670 0 0 0 155 0 376 48 11 3 52 0 25
Right 860 0 0 0 49 0 335 404 0 4 0 0 68
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000179, oripos=7160735..7161671 strand=1 allelepos=201..1137
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 55.04 40.00 4.00 0.00 tgatgattccgagcttactt
RIGHT PRIMER 1320 20 54.76 40.00 6.00 1.00 atgttcatgattccaaggtc
SEQUENCE SIZE: 1337
INCLUDED REGION SIZE: 1337
PRODUCT SIZE: 1305, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,956
0 tagtatgaaactttagtgatgattccgagcttacttgatcacctatacaatatgaaactt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tagtgatgattctgagcttacttgatcatctatataatattctctttgaaatttgacacc
120 ggcttataattgaattaattatattttatacaatcatatacaaattttctctctaaagtg
180 tgaatttgaatgttatcaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTata
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1140 aggactatgcatgatcaaggaaagttcttcctatagcaacatgtcatttttagaaagtga
******
1200 agtcacttcactttcctaattcgttatttattaatcatgctatgaatataagatattttc
1260 atgcatttaaatcacacaactcattttctatatgaacataagaccttggaatcatgaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 taaatttagaacaactc
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 222 0 508 77 3 17 0 0 27
Right 860 0 0 0 118 0 669 23 4 25 0 0 21
Pair Stats:
considered 6, high end compl 1, ok 5
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000180, oripos=7169186..7169720 strand=1 allelepos=201..735
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 54.87 40.00 4.00 2.00 tgaaaggaagctaaagttgg
RIGHT PRIMER 827 20 55.01 30.00 2.00 2.00 tttttcgttttcttttctcg
SEQUENCE SIZE: 935
INCLUDED REGION SIZE: 935
PRODUCT SIZE: 762, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,554
0 aactacacctacatatacactaaaagctttatgaaataccctaagaaactaacataaaaa
60 ggttgatgaaaggaagctaaagttgggattaaatttccagatttgtgtactctagtttcg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gtcaacaatgaggttaaaaatatggggttttaacatgaaaataaaataagtgaggtcaag
180 gggaattgaacccaagaactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNTatatccacatgttaaggagtctaaaaacgtgaagggggttaaggg
************************
780 gaattgaaccctttagctactggtttcgcgagaaaagaaaacgaaaaacagggctggagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 aattgaactcgcgaacaggaggagagacaggagaaaaataaattaaacaaataaatggaa
900 ggcatgagattcgaatccacgacctccacgcacgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 43 0 640 87 0 23 0 0 62
Right 837 0 0 0 65 0 179 503 6 14 0 0 70
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH05_000181, oripos=7183208..7184328 strand=1 allelepos=201..1321
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 18 20 55.04 40.00 4.00 1.00 atgattccgagcttacttga
RIGHT PRIM