PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000001, oripos=837..2755 strand=1 allelepos=201..2119
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 29 20 55.15 40.00 4.00 1.00 ccaatagatttggaaggtca
RIGHT PRIMER 2231 20 55.40 40.00 5.00 3.00 aatagcacacgaaaatcgtc
SEQUENCE SIZE: 2319
INCLUDED REGION SIZE: 2319
PRODUCT SIZE: 2203, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1938
0 tatgcatacggttagccatcacggcttttccaatagatttggaaggtcaatcgacccccg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aagcgagcatacgcctcatttcgacgatttttgtgtgttattgcacaccattttttgggt
120 gattaggatttcgacgtcaaaaatgccaaatttgttcatggacgtccgtcaagacgttgt
180 ctatgcatacagttggccatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNCaagacgttgtctatgcatacggttggccatcgcggcttttc
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2160 cgacccatttggaaggtcaaacgagccccgaagcgagcatacgcctcatttcgacgattt
<<<<<<<<
2220 tcgtgtgctattgcacattattttttgggtgatcgggattccgacgtcaaaaatgccaaa
<<<<<<<<<<<<
2280 ttggttcgtggatgtcgttcaagacgttgtctatgcata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 779 0 0 0 0 0 151 521 5 39 17 0 46
Right 792 0 0 0 1 0 63 669 5 9 17 0 28
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000002, oripos=9062..9786 strand=1 allelepos=201..925
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 133 20 55.07 35.00 7.00 3.00 cgcatatgatattttcccat
RIGHT PRIMER 980 20 54.97 45.00 2.00 2.00 ggaagaagaaagaggaaagc
SEQUENCE SIZE: 1125
INCLUDED REGION SIZE: 1125
PRODUCT SIZE: 848, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,744
0 atatatgaacttaccttttttgtatatttatatatgtacatgaatatattagttaaactc
60 caataatatataaagttaatatatactaacttcaataatttgtatataactactacaata
120 tacaaattataatcgcatatgatattttcccatctatataactaaatccaattactttgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtacatatgtatataaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGacaacttcataagcattttcctcttattcaattac
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960 agctttcctctttcttcttccttgtactattttaatgcatctagctttgacattgttaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 aatttgttgaactgtcgtagggtcattttttttctttgatctaagctcttctattgtttg
1080 ttcttgtataacttgatttgatttccccaatgaccctacatcaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 823 0 0 0 466 0 335 8 0 0 9 0 5
Right 802 0 0 0 38 0 597 97 0 9 19 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000003, oripos=10631..10861 strand=1 allelepos=201..431
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 20 55.03 35.00 4.00 0.00 atcccatgtaattttccctt
RIGHT PRIMER 491 20 54.97 35.00 5.00 2.00 ccatttgatggtgaaaagat
SEQUENCE SIZE: 631
INCLUDED REGION SIZE: 631
PRODUCT SIZE: 389, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,250
0 ttgtggaccccattaaatatagcaaacaaaaataaactataactatataaggtaaataaa
60 ttaaactatatccctataatataattagctatgaatgtttgtcatcccatgtaattttcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctttctaaaatcatctagttgacgttaccacaacattgttatatatatatatatatatat
>>>
180 gtatatgtatacatatacatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNGagctattgctatataatcaatatctccctgatcctcttgtcatcttttc
******************** <<<<<<<<
480 accatcaaatggaaaattcgtaacaaaaacgataatcaaaatatatatagtgattgaaca
<<<<<<<<<<<<
540 gaatataaaacaacaaaaaagtaaccaggaagatatatatacttcataaatgttactgcc
600 caggatagaactggggacctttagtgtgtaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 370 0 392 44 0 14 0 0 35
Right 823 0 0 0 167 0 415 143 0 17 11 0 70
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000004, oripos=24447..24993 strand=1 allelepos=201..747
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 54.93 35.00 2.00 0.00 cgacaaatcccaaaaataag
RIGHT PRIMER 788 20 54.50 30.00 4.00 1.00 aaaaattaacccccaaaact
SEQUENCE SIZE: 947
INCLUDED REGION SIZE: 947
PRODUCT SIZE: 776, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,566
0 atttttattttttcgacaaatcccaaaaataagtaatttattaataaaaaatatgaaaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaataaaatgtttacatcaaaattcacaaataaatatagtaaccttaaattcaataatt
120 tcaacaatttttttattttatattttttcatattttccaatttttatttgtgaatttttt
180 gcgtaaattttatattttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtaaggttgttgtatttatttttagttttggggg
************************************ <<<<<<<<<<<
780 ttaattttttttttcatatttgttgttaatcaattactccgggatttatcggaaaaaaag
<<<<<<<<<
840 tatttaaattgaatctaaggttactataattatttgtgaattttttacgttaattttata
900 tttttttaaatatttttcctatttttttattaatcaattattcattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 637 0 117 17 0 0 17 0 10
Right 759 0 0 0 480 0 172 45 0 12 31 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000005, oripos=85136..86300 strand=1 allelepos=201..1365
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 20 54.66 30.00 6.00 3.00 ttgttttcatcaaattgtgc
RIGHT PRIMER 1476 20 55.81 45.00 6.00 3.00 aacgcacgtgtaccctatta
SEQUENCE SIZE: 1565
INCLUDED REGION SIZE: 1565
PRODUCT SIZE: 1374, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1184
0 tcattcatattaaatctttatgttttttcttttttattattttatttatttaatcttgat
60 tttgtttatcgtattttaatatgttttctttaagtttttgatcttgttttcatcaaattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgctaagaatctgtaatataatttgttaattttgtgtgatcttttttagtgttatttgtt
>>>
180 tttgattcttctttcttaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttcaagtttatgatt
******************************************************
1380 atttttcgaaaaaatctactttatgcctcatttatatattttatacttgtgtcatttaaa
1440 aaaaatggaatattaattaatagggtacacgtgcgttgcacgtgagcaaagactagtata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1500 tgtatacatacgtaagaatttattcacgtaatataattatttttaataaaaaagtatatt
1560 ttaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 805 0 0 0 494 0 275 4 0 10 14 0 8
Right 800 0 0 0 339 0 331 102 0 6 19 0 3
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000006, oripos=148045..148065 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 100 20 54.79 40.00 6.00 0.00 ataaacaaggtcttgacgga
RIGHT PRIMER 413 20 55.29 45.00 8.00 1.00 ccttgtctatgcatacggtt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 314, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctatagcacacgaaaatcgtcgaaatgaggggtatgctcgcttcggggctcgtttgacct
60 tccaaatgggtcggacaagccgtgatgtccaaccgtatgcataaacaaggtcttgacgga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cgtccacgtaaaaattttgcatttttgtcatcggaatccggatcacccaaaaaaatggtg
180 tgctatagcacacgaaaatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgcatatacaaggtcttgac
****************************************
240 ggacgtccacgaaaaaatttagcattttttacgtcagaattcggatcacccaaaaaatgg
300 tgtgctatagaacacgaaaatcgtcgaaatgaggggtatgctcgcttcgggggtcgtttg
360 accttccaaatgggtcggacaagccatgatggccaaccgtatgcatagacaaggtcttga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 15 0 97 613 0 21 17 0 30
Right 702 0 0 0 18 0 98 500 6 17 44 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000007, oripos=148847..149936 strand=1 allelepos=201..1290
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 54.76 45.00 6.00 2.00 atagacaaggtcttgacgga
RIGHT PRIMER 1414 20 54.78 40.00 6.00 1.00 atgcatacagttggacatca
SEQUENCE SIZE: 1490
INCLUDED REGION SIZE: 1490
PRODUCT SIZE: 1272, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1109
0 gcatttttgacgtcggaatccggatcacccaaaaaatggtatgctatagcacacgaaaat
60 cgtcgaaatgaggggtatgctcgcttctgggctcgtttgaccttccaaatgggtcgaaaa
120 agccatgatggccaactgtatgcatagacaaggtcttgacggacgtccacgaaaaaattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ggcatttttgacatcggaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcggatcacccaaaaaatggcgtgctatagc
***************************************
1320 acacgaaaatcgtcgaaatgaggggtatgctcgcttcgagggtcgtttgatctttcaaat
1380 gggccggacaagtcgtgatgtccaactgtatgcatagacaaagtcttgacagacgtccac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 gaaaaaatttggcatttttgacgtcggaatccgaatcacccaaaacatga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 737 0 0 0 1 0 112 554 5 14 31 0 20
Right 780 0 0 0 1 0 160 538 5 17 19 0 40
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000008, oripos=229349..230286 strand=1 allelepos=201..1138
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 54.97 50.00 5.00 2.00 ttctcaagtagaggcagagc
RIGHT PRIMER 1321 20 54.82 45.00 2.00 0.00 tagaacagaggcggaataag
SEQUENCE SIZE: 1338
INCLUDED REGION SIZE: 1338
PRODUCT SIZE: 1256, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,957
0 tttatatagaatttaataaattgtagtaataaatcgtataattttttttaagatagtgta
60 gttaacttctcaagtagaggcagagccaaaattatattgagagtttggaattctaaatca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attttatttgagaattttatatgttaatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgt
************************************************************
1140 agtagtagtatatatattattatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
*******
1200 tatatatatatatatatatatatatatctatttaactttatgacacaaatataaatttta
1260 caaaaaaaattaataaatttattcaaatccatatactcccaccttattccgcctctgttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 tacggtggaattcaaaac
<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 521 0 267 33 0 11 3 0 11
Right 860 0 0 0 608 0 121 106 0 8 0 0 17
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000009, oripos=246836..247806 strand=1 allelepos=201..1171
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 75 22 54.47 31.82 6.00 0.00 gctttgtaaaatatgttccctt
RIGHT PRIMER 1329 20 55.13 45.00 4.00 2.00 tataagtagcccgatgcact
SEQUENCE SIZE: 1371
INCLUDED REGION SIZE: 1371
PRODUCT SIZE: 1255, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,990
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>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gtgttaaaatgagagtcttgaagtaactgataaagttatcatgagttcaatattcgtact
180 actttttcgtgtgtcaaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaagttttgaagtaactgataaaattatc
****************************************
1200 atgagttcaagccttgaaaataatcattaatgaaaatataaaataaagctttgtaaaata
1260 tatatctctaatcaaacccttttttaaatcatatgcataatataaactttagtgcatcgg
<<<<<<<<<<
1320 gctacttataatattaaaaaaaatatgtttcaattactaaagatgaaatta
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 832 0 0 0 302 0 507 1 8 4 7 0 3
Right 790 0 0 0 428 0 272 39 10 12 16 0 13
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000010, oripos=268332..268352 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 55.12 40.00 4.00 2.00 tttttgtaccatacccttgg
RIGHT PRIMER 400 20 54.98 35.00 4.00 2.00 ggggcctaatttttgtttat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 238, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aaacatggggaattatttataaaacaaagtctcatatttcgtctagactccacgtctaca
60 ctattgaaacaaaggaaatttttttgcaggctgagaatttaaaaacttccatgtgcaatg
120 ctttgatgcaggacacaagctactgatgatggatacttattattttttgtaccataccct
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tggcttcattttatgatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgatattttcacatattgca
>>> ****************************************
240 ttttaacatcatagtccttagcttatttaagacacgtctccttgttcgattaggatattt
300 tttttaaaaaaataaaataaaattgagcacatggcttgtattatttaattaagtaaaaat
360 aaacataacaaacatccaacaataaacaaaaattaggccccaaatggaccctaaaataaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 760 0 0 0 77 0 418 180 0 22 32 0 31
Right 846 0 0 0 249 0 394 138 0 22 6 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000011, oripos=269460..270042 strand=1 allelepos=201..783
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 54.85 45.00 3.00 0.00 tactcgtggtcttttgaggt
RIGHT PRIMER 824 20 55.00 40.00 4.00 2.00 aattcactcggaatacatgg
SEQUENCE SIZE: 983
INCLUDED REGION SIZE: 983
PRODUCT SIZE: 775, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,602
0 cgaaccacgttaaatctttgtgtcttttggtatatttctcgttgtcttcttactcgtggt
>>>>>>>>>>
60 cttttgaggtttgctttgctagcttccgcgtttacacctacttattttcgatcctaacat
>>>>>>>>>>
120 atacctgacttgatatgatatgaaatcgttaattaataagacaacatgtagttatttcaa
180 attattaaaaaaacagtaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNCgttatcactttgtgtgaacctcccatgtattccgagtgaattggttgaggttgtttc
************ <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 cctctgtattttgtactctcatatttatagtggattgctcatctcctttgtggacgtagg
900 tcgattgaccgaaccacgttaaatctttgtgtcttttggtatatttctcgttgtcttctt
960 actcgtggtcttttgaggtttgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 77 0 572 150 0 4 0 0 52
Right 860 0 0 0 5 0 443 311 0 9 0 0 92
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000012, oripos=286214..288228 strand=1 allelepos=201..2215
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 89 20 54.90 45.00 4.00 2.00 ttgtagcaaacctgtgtacg
RIGHT PRIMER 2390 20 55.09 40.00 4.00 0.00 aatatcaggtttgaggggtt
SEQUENCE SIZE: 2415
INCLUDED REGION SIZE: 2415
PRODUCT SIZE: 2302, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2034
0 tagtataaaaatattctttgcccacttaaataatataaaaatgtacgttaaatttaagtc
60 gaatgtttttaaaaactctcaaattttatttgtagcaaacctgtgtacgtgtaatcaaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tatatatttgcggctgaaacagtatttaattgggtccctatatgtgcacaaacgtagtaa
180 acgtgttcccaatttcttcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcttcc
************************************************************
2220 atctttctcttcgcgtgaatcagacggaagcgcagagacccatacgctgtcgagtaggtc
****
2280 tgcgaggtgtcaattccatcctctccaacacgcctggccatgtgggttttgacccaaaag
2340 ggatttgattttcgaaaaggagggttcggctaacccctcaaacctgatatttctccctct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2400 acataaacccctccc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 179 0 511 91 4 25 0 0 42
Right 841 0 0 0 0 0 129 643 6 7 0 0 56
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000013, oripos=290212..290582 strand=1 allelepos=201..571
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 55.00 35.00 4.00 0.00 aagccctttcgttttacttt
RIGHT PRIMER 672 20 54.82 35.00 7.00 2.00 tcgtgggtttgaaactttat
SEQUENCE SIZE: 771
INCLUDED REGION SIZE: 771
PRODUCT SIZE: 553, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,390
0 ttcattagagccaggccttgaaacagacaaggagattccgaagttgaaagtattgaagaa
60 gaatccaaaggcgaattagaatattttcttattgtgttatattttatttgtaatgggcat
120 aagccctttcgttttactttcttgtatttcttttatatgtttagattaggacaggtaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gggttaaaaaacccaaaaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgactatcgatagtctaggtttagaaactc
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600 caaacccctccgacgccttttattttatcaaaattaaaataaatcttaaaacaataaagt
<<<<<<<
660 ttcaaacccacgagttggcttagaattaaaaagtttaaaagagagttaactttaaactga
<<<<<<<<<<<<<
720 ttttaaagcaataatgttttattaagtttgattaagatttgagaaatctaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 197 0 362 219 0 16 0 0 61
Right 858 0 0 0 362 0 298 163 2 10 0 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000014, oripos=304993..305906 strand=1 allelepos=201..1114
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 54.53 30.00 7.00 3.00 aatacaattttcaaaaccgc
RIGHT PRIMER 1252 20 55.09 35.00 7.00 1.00 agaatttcttccaacaagca
SEQUENCE SIZE: 1314
INCLUDED REGION SIZE: 1314
PRODUCT SIZE: 1090, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,933
0 aatttaaactgttaagaaaaaaatggggaaaaaacaatacatttaaacttgttaactaaa
60 atagcataatttacggtaacagatcattaatcagcattaaattagcacgtaattgaatat
120 taatttcaaattttgaaaatcaaagattatatcatctattttgaatacaattttcaaaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cgcatgatacatagaaaacgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCaaaatgtatcagtaagaacacttgat
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1140 ggcgcagttattgaaattaatcactgatacatgataaaaaatttcaaaaacccttgatac
1200 atagaatcttgttcagtgcagctacaacactgttgcttgttggaagaaattcttcttgtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 tgaagctagaatcttcataagcaaaatcagatgttccacataaaggcaatcgat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 770 0 0 0 361 0 337 24 0 9 24 0 15
Right 821 0 0 0 46 0 517 167 13 24 11 0 43
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000015, oripos=316968..318593 strand=1 allelepos=201..1826
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 124 20 55.06 40.00 6.00 2.00 caaaaagttaacaggttggc
RIGHT PRIMER 1893 20 55.18 35.00 8.00 2.00 ggagtttttgaccaaaatga
SEQUENCE SIZE: 2026
INCLUDED REGION SIZE: 2026
PRODUCT SIZE: 1770, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1645
0 ccaaaatgagctatttttaaaatcaattcaccaaaataatacgtttttaatttttttaca
60 aaactagtataaacgtacttcatggtaacgttttaggatattttcattataaaaattcaa
120 cggacaaaaagttaacaggttggcgacgttaaacgcataaacgtaactgtgagtaacgtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaggtataaaacgttactcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgaaaaaattaaaaacgtattattttggtgaattg
***********************************
1860 gttttaaaaatagctcattttggtcaaaaactccatattttatatgattaattcacgact
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1920 atataaaaagtgattgagtatatacacttaactttctagtaaaatataagtttataataa
1980 ttttttgtgattaacctgcatgcatgaatacaacgccctcatgcga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 244 0 445 108 0 15 0 0 43
Right 841 0 0 0 232 0 447 100 3 27 5 0 27
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000016, oripos=326894..327481 strand=1 allelepos=201..788
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 20 55.06 40.00 4.00 2.00 tgtataattcgctggcctat
RIGHT PRIMER 847 20 54.99 45.00 4.00 0.00 agtttgtcatgcgtctctct
SEQUENCE SIZE: 988
INCLUDED REGION SIZE: 988
PRODUCT SIZE: 808, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,607
0 tcgctatacatatacaattgtataattcgctggcctaaactgtataattcgctggcctat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttcgctgcaattgtataattcgctatcctatttcactgcgattgtataatgcacaattgt
120 ataattcgctgcaatatttttataaaatttgctttgcatacagttgaatcgaattaaaat
180 gtatgtacattgcataattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNGtataaagcgagaatggagagtggcgagcgagatttttcggagagagacgcat
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840 gacaaactttagctaacatttgttatggagcacaattaaattaaactctagctactccat
<<<<<<<<
900 ttattttaggttattagtttgctattatatataattttcccaactttttttataaatcca
960 ttaaaaacccaattacacaataacaaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 90 0 479 192 1 38 0 0 55
Right 821 0 0 0 153 0 458 159 0 15 11 0 25
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000017, oripos=342221..342849 strand=1 allelepos=201..829
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 99 20 55.11 35.00 4.00 0.00 acaaaaatggggatttacct
RIGHT PRIMER 934 20 55.01 35.00 6.00 3.00 cctcattttatcgattttcg
SEQUENCE SIZE: 1029
INCLUDED REGION SIZE: 1029
PRODUCT SIZE: 836, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,648
0 ttgctaaggtcttaatggacgtccatgaaaatttttggcaaaatgaaatttgaaatttcg
60 gatcaccaaaaattcatggactatagcacaagaaaatcgacaaaaatggggatttacctg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctgtggggctcgtttgaactttaaaattggctgatttgcccgtcgggaccaactgattcc
180 attgctaaggtcttaatggaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtaaggtcttaa
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840 tggacgtccatgaaaaatttcagcagaaaaaaatccagaattccggatcaccaaaaattc
900 atggactatagcacacgaaaatcgataaaatgagggtttacatattgtaggactcgtttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 aacttgaaaatgggttgactgtcggggcaaaatgttccatttccaaggtcttactgacgt
1020 tcatgaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 12 0 252 427 23 38 0 0 50
Right 774 0 0 0 0 0 347 296 6 40 18 0 67
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000018, oripos=359846..363052 strand=1 allelepos=201..3407
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 6 20 55.29 45.00 8.00 2.00 aaccgtatgcatagacaagg
RIGHT PRIMER 3593 20 55.12 35.00 4.00 2.00 gtcatttcgatgattttcgt
SEQUENCE SIZE: 3607
INCLUDED REGION SIZE: 3607
PRODUCT SIZE: 3588, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,3226
0 atgaccaaccgtatgcatagacaaggtcttgacgaacgcccacgaaaatatttggcattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttgacgtcggaatccggatcacccaaaaaatgatgtgctatagcacacgaaaatcatcga
120 aatgaggcgtgtgatcacttcggggctcgtttgaccctccaaatgggtcggacaagccgt
180 gatggccaaccgtatgcataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatcgttgaaatga
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3420 ggcgtatgctcgcttcggggctcgtttcaccctccaaatgggtcggacaagccgtgatgg
3480 ccaactgtaagcatagacaaggtattgacggacgtccacgaaaaaatttggcatttttga
3540 cgtcggaatccagatcacccaaaaaatggtgtccacgaaaatcatcgaaatgacgcatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3600 gcttgct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 786 0 0 0 1 0 117 595 7 28 17 0 21
Right 745 0 0 0 1 0 94 570 0 13 34 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000019, oripos=368730..373763 strand=1 allelepos=201..5234
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 54.97 45.00 4.00 1.00 catagaaaaggtcttgacgg
RIGHT PRIMER 5305 20 55.42 35.00 6.00 3.00 cttttcaatgcatacggttt
SEQUENCE SIZE: 5434
INCLUDED REGION SIZE: 5434
PRODUCT SIZE: 5276, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5053
0 gttgtacaagccgtgatggccaaccgtatgcatagaaaaggtcttgacggacgtccacaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atattttttgcatttttgacgtcggaatccggatcaccaaaaaaatggtgtgctatagca
120 cacgaaaatcgtcgaaatgaggcgtatgctcgcttcggggctcgtttgacccttcaaatg
180 ggtcggacaagccgtgatggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNCtcgctttggggctcgtttgaccctccaaatgggtcggataagccgt
***********************
5280 gatggaaaaccgtatgcattgaaaaggtcttgacggacgtcgacgaaaaaatttggcatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5340 tttgacgtcggaatccggatcacccaaaaaatggtgtgctatagcacacgaaaatcgtcg
5400 aaatgaggcgtatgcacgcttcgaggctcgtttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 741 0 0 0 22 0 91 557 7 14 31 0 19
Right 731 0 0 0 1 0 67 579 8 9 34 0 33
Pair Stats:
considered 11, high any compl 8, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000020, oripos=375653..377121 strand=1 allelepos=201..1669
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 60 20 55.00 35.00 4.00 2.00 aaaaatggtgtgctattgct
RIGHT PRIMER 1868 20 54.65 40.00 8.00 2.00 tgtctatgcatacaattggc
SEQUENCE SIZE: 1869
INCLUDED REGION SIZE: 1869
PRODUCT SIZE: 1809, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1488
0 gtcttgacgaacgtccaaaaaaaaatttggcatttttgacatcggaattcggatcatcca
60 aaaaatggtgtgctattgctcacgaaaatcgtcgaaatgaggcgtatgctcgcttcgggg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctcgtttgaccctccaattgggtcagacaagccgtgatggccaaccttatgcataaacaa
180 ggtcttgacggatgtccacgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgccaaccgtat
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1680 gcatagacaaggtcttgatggacgtccatgaaaaaatttggcatttttgacgtcggaatc
1740 cggatcacccaataatggtgtgctattgcacatgaaaatcatcgaaatgaggcgtatgct
1800 cgcttcggggctcgtttgaccctccaaatgggtcggacaagccgtgatggccaattgtat
<<<<<<<<<<<
1860 gcatagaca
<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 718 0 0 0 12 0 78 536 12 13 36 0 31
Right 780 0 0 0 1 0 99 618 8 25 15 0 14
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000021, oripos=457199..457724 strand=1 allelepos=201..726
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 102 21 54.70 38.10 5.00 2.00 gcactgacagcgatttatatt
RIGHT PRIMER 780 20 55.53 40.00 4.00 2.00 cagtggcagcgatttatatt
SEQUENCE SIZE: 926
INCLUDED REGION SIZE: 926
PRODUCT SIZE: 679, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,545
0 ctaagaagattgtaataaaagcaaattaatgagttgtttattgagatatagtaatttaca
60 ttagaaaaaaaagtaaaattaatgagttttttataaatcgctgcactgacagcgatttat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attattaattttttttataaatcgctgtcactgcagcgatttatattataaaaaaataat
>>>
180 tttttttggtaaatcgctccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNGcagcgatttaccaaaaaataatattttttttttataatataaatcgctgccact
*************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 gcagcgatttataaaaaaaataaaaatttataggatgtgatgatgtgactaagaagattg
<
840 taataaaagcaaattaatgagttgtttattgagatatagtaatttacattagaaaaaaaa
900 gtaaaattaatgagttttttataaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 815 0 0 0 439 0 234 98 0 13 15 0 16
Right 846 0 0 0 452 0 310 69 2 4 6 0 3
Pair Stats:
considered 5, high any compl 3, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000022, oripos=466768..467375 strand=1 allelepos=201..808
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 162 20 54.37 40.00 8.00 1.00 agagcatgcttttcgatagt
RIGHT PRIMER 953 20 54.84 30.00 5.00 0.00 tcgattcggtttgattattt
SEQUENCE SIZE: 1008
INCLUDED REGION SIZE: 1008
PRODUCT SIZE: 792, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,627
0 aagtacattaatttttaagatcttagaaagttcttctaaacatgttttaatacataaata
60 gttaattaacttaaccttaactaatatgtatgttgtgttgaactttatgaagtcatataa
120 aatttgtgtctacttgtgcatgtatatgttcgatagtagtatagagcatgcttttcgata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtagtatagagcatgcttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCaattcgtatcaaatcgattaaaaaaattgata
*************************************
840 tttgatttagtttggttagattaggtttgatttttaaattttgaaaaccgatactatttg
900 gtttgatttttgttttactaaaaaataactgcaaaaataatcaaaccgaatcgataaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 agatgtataaattttataattatttatatattattcataaataaatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 221 0 608 0 0 10 0 0 16
Right 835 0 0 0 437 0 337 17 4 8 9 0 23
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000023, oripos=500050..500594 strand=1 allelepos=201..745
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 46 20 55.04 30.00 6.00 0.00 caaaggcatttttcattttc
RIGHT PRIMER 902 20 55.13 50.00 5.00 2.00 gttctgaagttctctgtcgc
SEQUENCE SIZE: 945
INCLUDED REGION SIZE: 945
PRODUCT SIZE: 857, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,564
0 actaacacaaaagtctccgcatactgcaagccttttcttcgcgtcccaaaggcatttttc
>>>>>>>>>>>>>>
60 attttctgctacgcttattgctgggaaagcactgcccctgacgaattcacaagcgatagt
>>>>>>
120 gatgatagatatgacgtgaaatacacatacagcaacaagcaagaagaagggaatacatgt
180 ctaagtacttcatccactaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcttagtaatagcttacaacaaattagtcaaataag
**********************************
780 aatatttatgacagtttatttctggtttctggtacagtttataatccgagtcaagtataa
840 tgagtattttgtgatacacgttctatatgtcattttactataagcgacagagaacttcag
<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 aacattttgcagcagcagccaagccactaatgatagccccttcaa
<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 328 438 0 14 0 0 75
Right 860 0 0 0 99 0 582 144 0 5 0 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000024, oripos=1315129..1315806 strand=1 allelepos=201..878
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 54.90 35.00 4.00 2.00 ttggagctttggaataacat
RIGHT PRIMER 969 20 54.19 40.00 4.00 2.00 tgagtccaatctgacgtaaa
SEQUENCE SIZE: 1078
INCLUDED REGION SIZE: 1078
PRODUCT SIZE: 897, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,697
0 gttttaactaggtatttatcagatcacttaaaagttaattatatattttaaaacttttta
60 tagcaacattatcttggagctttggaataacattatatatctatctatctatctatctat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctatatatatatatatatatatatatatatattaaattactaatacgagtcaataaaatt
180 aattaacttaattttaacgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtatactatatatatatatatat
***********************************************
900 atatatatatatattaaaaattcaatcgagtcataaaattaattactaattttacgtcag
<<<<<<<<<<
960 attggactcatatataataggctggatcaaaatttaactgattgagataacaaaaatttt
<<<<<<<<<<
1020 aaaataatatattgaaaaaaaaacaaaaaaatcgcttcatgcttttttatcttcaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 457 0 354 17 0 5 0 0 22
Right 779 0 0 0 364 0 365 8 0 4 27 0 11
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000025, oripos=1340611..1340631 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tcacaatataaataaatacgaattaatttttattatttatgataaatatttaaaaaattt
60 aatttttgtatattataagttttagtttaaatggatttagagtaacaaatattaatatta
120 taaagatattgtattatcaatgaagtttaacctatgataaaatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatatatatatatatattagagtactaattttatcacgttatcagtcaacgttt
300 gttatgaaagtttgcatctaattattagtttataaatgattaattaaataaatattttta
360 catcgtcgattaatgtaacttaaatatttaaaatgtactccttccatttgatattgtttg
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 687 0 168 0 0 0 0 0 0
Right 860 0 0 0 415 0 410 11 1 13 0 0 10
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000026, oripos=1345054..1346247 strand=1 allelepos=201..1394
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 130 20 55.03 45.00 3.00 0.00 gaaatgggtggagtaacaga
RIGHT PRIMER 1471 20 54.85 40.00 5.00 2.00 tacccctgctgttacaaaat
SEQUENCE SIZE: 1594
INCLUDED REGION SIZE: 1594
PRODUCT SIZE: 1342, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1213
0 tggaaaaatatgggtacgtatatttccagacaaaccagttacattaagacccccagaaac
60 acgtatgggttcaggaaaaggatcccctgaatattggatagctattgttacaccggggcg
120 aatactttatgaaatgggtggagtaacagaaaatatagccagaagggctatttcactagc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agcatccgaaatgcctatacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNTaaatataaatttaaaactaattttttaacttccgttaaatgaaggg
***********************
1440 tatatgtgagtcattttgtaacagcaggggtataagtgagccgtttgtataacggtaagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1500 gcatatatgagccacttttataacgaggggtatatcagctccaaatgacaaagttgaggg
1560 gtatatcagacccttttcccttttttcattcata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 409 332 0 28 0 0 86
Right 799 0 0 0 22 0 433 190 0 48 22 0 84
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000027, oripos=1357656..1358207 strand=1 allelepos=201..752
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 122 20 55.12 30.00 4.00 0.00 atattaacgaaaacggcaaa
RIGHT PRIMER 907 20 55.01 45.00 5.00 1.00 tgagttcggagcttaaagag
SEQUENCE SIZE: 952
INCLUDED REGION SIZE: 952
PRODUCT SIZE: 786, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,571
0 tttagtaatttgattttaaaataaatatcaaattagaaataactacaaaaatatttgagg
60 gagtccggagcctaaaaggtataaaatattaataaaaatttcaaaacggtatataaaatt
120 ttatattaacgaaaacggcaaaatcgctggaacgacagcgatttccttcaccagaaaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ggcagcgattttttttttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCattatgcaaaatcgctgcagtagcaacg
*****************************************
780 gttttgctttttctggtgaagaaaatcgctgtcgttccagcaattttaccgttttgatta
840 atataaaatttttatataccattttaaaaattttattaatattttatactctttaagctc
<<<<<<<<<<<<
900 cgaactcatatttaaggataccactaaaagttatgtttcttggccctaaaca
<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 811 0 0 0 389 0 127 258 0 4 11 0 22
Right 860 0 0 0 265 0 299 229 0 9 0 0 58
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000028, oripos=1409668..1411421 strand=1 allelepos=201..1954
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 57 20 54.90 30.00 4.00 0.00 tttaatgggaaaaaggacaa
RIGHT PRIMER 2017 20 54.99 50.00 1.00 0.00 cttgtgtgtgtgtgtgtgtg
SEQUENCE SIZE: 2154
INCLUDED REGION SIZE: 2154
PRODUCT SIZE: 1961, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1773
0 ttttttaaaactctaaaataggattttgagtcaagtattttaatcaaaacaatttctttt
>>>
60 aatgggaaaaaggacaaatatatatccgaactatcgtaaatggtatgctcctccttactg
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgggacattattgtccctgtcgtccaaaaacaaaagcatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTattatatatatatatatatatatata
*******************************************
1980 tatatatatatatatatacacacacacacacacacaagaaaacactaacattattttcct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2040 aataggcatttgttactacttgattcacaaatactacttttaatactcagtcgatgtata
2100 ctatcaacttctcacacttattataacaacatattgatatttgacatgtacggg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 843 0 0 0 228 0 415 130 6 8 0 0 56
Right 860 0 0 0 183 0 650 13 0 2 0 0 12
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000029, oripos=1415926..1421227 strand=1 allelepos=201..5502
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 29 20 55.10 35.00 7.00 2.00 ttgatttcaaattccacctc
RIGHT PRIMER 5607 20 54.83 35.00 4.00 3.00 atttagttgctcgattttcg
SEQUENCE SIZE: 5702
INCLUDED REGION SIZE: 5702
PRODUCT SIZE: 5579, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5321
0 attttaatattgtattacacaatgaccaattgatttcaaattccacctctgctcctagac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atgtatttctgactttgtttcatgaggaaaaatatgtaatcaaaacgcttagggttctag
120 aatcaaagtgataaaattaaatgttgaagttttttaaaaaacatttaagtgatcatcgac
180 caaaagcgataataaaatgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaatttgagggctatgatg
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5520 acaattgaatagtcaattattcgaatgacttttgtcaaaccacaatggttagatattgtt
5580 ttaaacttcgaaaatcgagcaactaaatttagttgagtttggtgttatttggtacaaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5640 tgtagtatattagtatggaattacctaatacattttatagacgcttttggtctatattca
5700 ct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 199 0 462 115 0 37 4 0 31
Right 859 0 0 0 40 0 703 56 2 26 0 0 32
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000030, oripos=1423599..1423619 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 94 20 54.80 30.00 4.00 3.00 caatcgaaaagcaagaattt
RIGHT PRIMER 401 20 54.70 30.00 4.00 1.00 aattttggattggaagttga
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 308, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gtaaatatttttcaaaaaatacttaaaattctttcgtaattacgtaatttcacttataac
60 acaaaataacgtactgaaacaacaaccatcccaacaatcgaaaagcaagaatttatttca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attacttagaactcaaaagtttcgattaaaaataaataaatatatatatatatatatata
180 tatatatatatataatatctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtacgtaattaaaataaata
****************************************
240 aatatatatatatatatatatatatatatatataactatctccacctataatattttttt
300 tgctattttaatgaaatcttttagatgaagaaaatgaagttttattttggttcatgtcat
360 cacttatattacaaaaaagaattcaacttccaatccaaaattaacatgcaattaaatatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 351 0 387 91 0 4 0 0 22
Right 817 0 0 0 377 0 366 23 0 4 17 0 30
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000031, oripos=1450945..1451854 strand=1 allelepos=201..1110
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 20 55.12 40.00 5.00 3.00 atgcggaagacttaaactca
RIGHT PRIMER 1188 20 55.07 50.00 3.00 3.00 gttccgacaccaggatagta
SEQUENCE SIZE: 1310
INCLUDED REGION SIZE: 1310
PRODUCT SIZE: 1072, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,929
0 gaagaaatatatatgtcacgacccaaatcgggccgcgactggcacccacacttaccctcc
60 tatgtgagcgaaccaaccaatctaaaccttaacatttcaatataataacacaatataatg
>>>
120 cggaagacttaaactcattaatgaaaatccaattcaataactattattttcccaaaatct
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ggaagtcatcatcacaagaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgaacgtgacactccgatcctcattctatcc
***************************************
1140 tggtaccgaaacgtggcacccgatccatatactatcctggtgtcggaacatgacactccg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 atcctcattctatcctggtaccggaacgtggaacccgatccatattctatcctggtgtcg
1260 aaacgtgacactccgatcctcattctatcctggtaccggaatgtggcacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 135 0 388 279 2 12 0 0 39
Right 860 0 0 0 0 0 211 551 0 26 0 0 72
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000032, oripos=1463148..1464461 strand=1 allelepos=201..1514
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 64 20 54.79 40.00 3.00 1.00 ttggacctaaatcaacgact
RIGHT PRIMER 1698 20 54.87 35.00 4.00 3.00 tctaaatacggccaaatgat
SEQUENCE SIZE: 1714
INCLUDED REGION SIZE: 1714
PRODUCT SIZE: 1635, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1333
0 cgaccacttaccaattaagtaacttagataatagggttttactagtcatgtaatgaaata
60 aattttggacctaaatcaacgactttaaagttatatacctattatgagctcaaaattatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taaaatcatataaaaagtctaatttctaatctaaaaatcaatgtgaaactcatgtaaaca
180 atcactccccttgggtccatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNAccaacatacacaaagtaacaaataatagttaaattaaagaaaatat
***********************
1560 tatacacacaactatatgctagtcttttacttttattttttttatatatattcaaatttt
1620 tctatctaaagtaatgttttttgaagagataaactagaggggtgagaggttagtgatata
<
1680 tcatttggccgtatttagaaatttatcttcaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 229 0 600 13 1 2 0 0 8
Right 803 0 0 0 372 0 355 20 4 4 15 0 33
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000033, oripos=1470639..1471234 strand=1 allelepos=201..796
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 67 20 54.35 40.00 4.00 1.00 cgtgtaaagcaaaacatgac
RIGHT PRIMER 946 20 55.25 45.00 6.00 3.00 gccacgatagcaattctaag
SEQUENCE SIZE: 996
INCLUDED REGION SIZE: 996
PRODUCT SIZE: 880, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,615
0 acaatttaattttgattataaattaaagagaaaagaatacatcaataattcattatcaat
60 taataaacgtgtaaagcaaaacatgacatacgtcttatatttatcagtttaatgtagaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcatatacacattaatttttacacacccaaagatctttcccattttgccaactcaaacta
180 tattttgacacttcttctccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNTtaaaatttttagtttatgaatttagaatttcataatttatttat
*************************
840 tttaaaatgaatatatgtacttattaaatatattttttaaacacaaatatagagttttaa
900 ctaagttatttagggtttttttttgaacttagaattgctatcgtggctctacccctgatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 gagataaatagtcaatacttttttcatttttaatca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 829 0 0 0 268 0 456 65 11 14 0 0 15
Right 783 0 0 0 454 0 211 69 0 5 25 0 19
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000034, oripos=1472849..1473812 strand=1 allelepos=201..1164
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 157 20 54.93 40.00 4.00 1.00 tcgatgtggaactcatgtaa
RIGHT PRIMER 1270 20 55.10 45.00 4.00 0.00 gttgggccttagtttaggtt
SEQUENCE SIZE: 1364
INCLUDED REGION SIZE: 1364
PRODUCT SIZE: 1114, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,983
0 ttgaccacttaccaattaagtaactttgataatagagttttactcgtcatgtaatgaaat
60 aaattttggacctaaatcaacgactttaaagttatatagctattatgagctcaaaattgt
120 ctaaaatcatataaaaagtctaatttctaatctaaaatcgatgtggaactcatgtaaaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atcactctccttgggtccacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcaaggatttaagccgaccgagcgacgtcggggctaa
*********************************
1200 actaagtcctaccgactttgaatcatacatttctaaggaaaaccctagtcaaacctaaac
<<<<<<<<<
1260 taaggcccaacgtacttctgacaaccagtattcaaacatagaaataattcatatagcaaa
<<<<<<<<<<<
1320 gaaggtcaattaataacagtaaacatgctcacagttacccgata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 193 0 609 22 1 4 0 0 24
Right 860 0 0 0 61 0 556 174 1 15 0 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000035, oripos=1485576..1486843 strand=1 allelepos=201..1468
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 122 20 55.03 40.00 4.00 2.00 gcggaatttgagataatacg
RIGHT PRIMER 1517 20 55.04 50.00 4.00 1.00 gctctcttgatgactcgaac
SEQUENCE SIZE: 1668
INCLUDED REGION SIZE: 1668
PRODUCT SIZE: 1396, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1287
0 attagactatgccaaaaagtcatgggaagagtagtaacagtacaaccacacgtatatatt
60 taataaaacaagtaacggaacaatgacaaaggggagttcttagatagtaagcactctgtt
120 gtgcggaatttgagataatacgagaaaatataaacgcgaaaaacaagacaacagatttac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtggttcaccaataaattgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcactcctcacttccaatcttaagactgtaagt
************************************* <<
1500 tcgagtcatcaagagagcagaaaggtagaagctccaagctaggggtttagaaaaacagga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 gaacaatactataacaaaataatattaaaaactaaactacacgaaacaacaaataataac
1620 ttcttgaatattcatagttttaattatacattaaccaataaaaagaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 64 0 530 183 0 5 0 0 73
Right 860 0 0 0 273 0 449 93 0 13 0 0 32
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000036, oripos=1493568..1496026 strand=1 allelepos=201..2659
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 54 20 55.13 50.00 4.00 1.00 tcccatctcacttgactctc
RIGHT PRIMER 2788 20 54.98 35.00 2.00 2.00 agcaaaccaaccaatctaaa
SEQUENCE SIZE: 2859
INCLUDED REGION SIZE: 2859
PRODUCT SIZE: 2735, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2478
0 acatgtatgtgattcgcatgtattcgagatacatacgaaactcgctcaccttcctcccat
>>>>>>
60 ctcacttgactctctctctatttttatgtatttgatagcaaaaatatatatatataaatt
>>>>>>>>>>>>>>
120 tatttttctcaatatataataataaatttttagacggtaagatacgtaataatattttga
180 aattataatgtaacgacctaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTtcttgtgatgatgacttccagattttgggaataataatagt
****************************
2700 tattgattttattaatgagtttaagtcttccgcattactttatgttgatattaccttgaa
2760 atgttaaggtttagattggttggtttgctcacataggagggtaagtgtgggtgcaagtcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2820 cggcccggattttgggtcgtgacaaataatcaattcgat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 365 0 316 130 5 13 0 0 23
Right 860 0 0 0 125 0 376 275 0 18 0 0 66
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000037, oripos=1499536..1500276 strand=1 allelepos=201..941
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 162 20 54.50 35.00 5.00 0.00 ttttgccaactcaaactaca
RIGHT PRIMER 1108 20 55.82 50.00 3.00 2.00 atctcaatcaggggtagagc
SEQUENCE SIZE: 1141
INCLUDED REGION SIZE: 1141
PRODUCT SIZE: 947, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,760
0 aataacgtgcatcaaacaatttaactttagttacaaattaaagccaaaaaaacacatcaa
60 ataaatgtataaagcaaaacatgacatacgtcttatattcatcaatttaatgtagacacc
120 agatacacgtattaatttttccatacccaaagatctttcccattttgccaactcaaacta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cattttgacccttcttctttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcaaaatttttagtttatga
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960 attcaaaatttcataatttatttattttgaaacgaatatatgtacttattaaatagattt
1020 tttaaaacacaaatatagagtttaaactaagttttctaggtctttttcgaatttagaatt
1080 gtcatcgtggctctacccctgattgagataaatagtcaatacttttttcatttttaatca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 783 0 0 0 145 0 489 79 8 21 15 0 26
Right 839 0 0 0 395 0 334 81 0 7 6 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000038, oripos=1519866..1520681 strand=1 allelepos=201..1016
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 142 20 55.11 45.00 4.00 0.00 acaaacggctcacatatacc
RIGHT PRIMER 1196 20 55.03 45.00 3.00 2.00 atacccttttcctctaacgg
SEQUENCE SIZE: 1216
INCLUDED REGION SIZE: 1216
PRODUCT SIZE: 1055, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,835
0 tgaaatataaaaaattcccaactttattcgtgtcaagactataaactaaagggaaaagag
60 tctgatatacccctcaattttgttatttagagctgatatatccttcgttataaaagtggc
120 tcatatatgcccttaccgttatacaaacggctcacatatacctctgcagttacaaaatgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctcacatataccctttatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtgaa
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1020 taaatttgattatcaaaataataattataaattagtcattaaaataaaaaaaaaagtcaa
*****
1080 aaaaaatatgtttgacaaggattaaatttattcatatgggattatatttttaagaaaaaa
1140 taataaaaaattagattaaaattattttttttcatttccgttagaggaaaagggtatatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 tgggccatttgtctac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 5 0 628 103 0 18 12 0 60
Right 820 0 0 0 536 0 170 65 0 9 14 0 26
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000039, oripos=1545655..1546426 strand=1 allelepos=201..972
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 69 20 54.95 40.00 4.00 2.00 tccgaagctcatctcatatt
RIGHT PRIMER 1028 20 54.98 35.00 4.00 2.00 aaaacaatccgaaagacgta
SEQUENCE SIZE: 1172
INCLUDED REGION SIZE: 1172
PRODUCT SIZE: 960, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,791
0 gtatatgttaaaaggatatatccatgggaaacaaatcttgttctttccatctccatcccc
60 acgttctcttccgaagctcatctcatatttattctacgtgctaaaagttaactttgttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gcatggaatgattataaaagattcgtgtagctattcaatgagtttgggattgttgtagag
180 ttgatttaattgatttaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNGtttacattgagaaatgatatctctctcctatactttatacgtctttcg
********************* <<<<<<<<<<<
1020 gattgttttttagcccttccttcaatcttcaagggaaactctaggtctttgtatctccaa
<<<<<<<<<
1080 cattaacttcctgaactgattgcatatctcttctgcttttttcccattactttaggtgat
1140 actcaaggctgtgaagatggtggaaatatcag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 14 0 562 190 6 12 0 0 66
Right 744 0 0 0 0 0 507 112 0 26 34 0 65
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000040, oripos=1580597..1581691 strand=1 allelepos=201..1295
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 118 20 55.11 50.00 5.00 2.00 agtacaaaccacgggtactg
RIGHT PRIMER 1349 20 55.00 45.00 4.00 3.00 tcattagggatgtaacgacc
SEQUENCE SIZE: 1495
INCLUDED REGION SIZE: 1495
PRODUCT SIZE: 1232, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1114
0 agctcaccctgaagatccggtgtgacgaagactggcttgatttactgttgagtcgaagat
60 gacggcacgtttgctgcactccacaaataacaagaagaaaaacataaaagtaggggtcag
>>
120 tacaaaccacgggtactgagtagatatcatcggccaactcaaaatagggaacagtatgta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaagcaatatcatgaaatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcagaattgaagtctgttgctcaaga
********************************************
1320 cgactaaacgggtcgttacatccctaatgacacaatatccatggactaatacacataaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 ttgacaatagttggataatttctaaaagttgtgtggtaaatgaacaaaattcgtgagtaa
1440 aattgttggactatacgtaatttttttccaactcattaggtggttctcatatagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 13 0 385 377 0 17 0 0 63
Right 799 0 0 0 13 0 592 106 0 14 18 0 56
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000041, oripos=1590393..1596094 strand=1 allelepos=201..5902
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 20 54.73 45.00 6.00 2.00 gatgatcagtgtggaggaat
RIGHT PRIMER 6028 20 54.82 40.00 3.00 1.00 attcacataggacgctgttt
SEQUENCE SIZE: 6102
INCLUDED REGION SIZE: 6102
PRODUCT SIZE: 6002, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5721
0 caaacaatttgatgtgagtggagataagatgatcagtgtggaggaatttgttaccggatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctcccagtgtctacatgatgtaggacattgttctcatttacctccggagtccaaagatga
120 tatctactaagtaagaataaagattgttgaatgccttgaatcggacccgctacaaacaga
180 aaggacggggattctgtattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTagaataaagatgaatgtatgttgcttcagagtctataa
*******************************
5940 tccatgaatatgtcttataatgtatgaatgatcagtatatataagaacatataccgtcaa
6000 acatcactaaaacagcgtcctatgtgaatatcttttggctgctgtagcgaaatgttgtta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6060 tggagaacatgtaactatataaggcataatacataaacaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 7 0 446 312 4 32 0 0 54
Right 860 0 0 0 36 0 665 99 0 6 0 0 54
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000042, oripos=1606369..1606781 strand=1 allelepos=201..613
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 26 20 55.30 35.00 4.00 0.00 catgcaactttttgtgtttg
RIGHT PRIMER 779 20 55.03 45.00 5.00 0.00 gcgttttcacaagacttacc
SEQUENCE SIZE: 813
INCLUDED REGION SIZE: 813
PRODUCT SIZE: 754, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,432
0 caaaaaaagaaattcaagtgaatattcatgcaactttttgtgtttgtatttgtttttgtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tttatgtgatggcgtgtgacatactttggtaccgtctattatccatatgatttgtgatta
120 tacatattactaaaggacatttatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
**********************
660 tatatatatatatatatatatatatatatattcacattattattttatattatattatta
720 atttatttgtacacatctaaaattaatttaatatatactcggtaagtcttgtgaaaacgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 aaaaaagattatattgagtcacatgattggata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 309 0 413 75 6 7 5 0 33
Right 805 0 0 0 579 0 180 16 0 2 17 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000043, oripos=1640106..1641302 strand=1 allelepos=201..1397
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 57 20 54.89 45.00 3.00 0.00 gtccccctctttgttacttt
RIGHT PRIMER 1454 20 54.98 35.00 4.00 0.00 aattagagggcaaaacacaa
SEQUENCE SIZE: 1597
INCLUDED REGION SIZE: 1597
PRODUCT SIZE: 1398, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1216
0 gtgttgatcaactatttttctgtttcgttgttttcttgttcgattgttttccgagaagtc
>>>
60 cccctctttgttactttgctaatgtaaaactggatgcaggatatgtgttgatcaactatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttctgtttcgttgttttcttgttcgattgttctcgaagtagtctttctttttcccctctt
180 tgttactttggtaagcctttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNGctttgctaatctagaactggatgcaggatatgtgttgattgtg
************************** <<<<<
1440 ttttgccctctaattcctgtaaaaagtgcagtttaggacaaggttgaaaatgcaagggag
<<<<<<<<<<<<<<<
1500 cacttattttctgaattcgttgttttcttgttcgattgttctccgagaagtctttctttt
1560 ccccctctttgttactttggtaagcctttgattatct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 0 0 522 213 1 13 0 0 105
Right 844 0 0 0 0 0 418 272 8 33 0 0 113
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000044, oripos=1704282..1705599 strand=1 allelepos=201..1518
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 46 20 55.72 35.00 6.00 2.00 aggcaagcatccttaatttt
RIGHT PRIMER 1564 22 54.77 31.82 4.00 0.00 ttgttaattctctctcccattt
SEQUENCE SIZE: 1718
INCLUDED REGION SIZE: 1718
PRODUCT SIZE: 1519, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1337
0 taaagaatataattttttaataacaaaaaggagaaaattaagggggaggcaagcatcctt
>>>>>>>>>>>>>>
60 aattttttcatcagttacattttcaaattaaatttaaattttatttttttctccagaatt
>>>>>>
120 ttacctttttaaaattatattcattccacaatatattctatctatatttattatagtttt
180 ttattagtttgtatttatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNGataaccatgagagagaaaaaaaattaaatgggagagagaatt
*************************** <<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 aacaatttgaaaagataaatatgagagagaatgatttttttttttctaaaaaaaggatat
<<<<<
1620 atagaagtaattgaaaaagagagataaaataggaaaaaaattgggacacataaatatttt
1680 aaaataatgacattattgctaatatttataaagtatga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 767 0 0 0 431 0 199 93 0 1 27 0 16
Right 758 0 0 0 370 0 346 0 0 0 38 0 4
Pair Stats:
considered 6, high any compl 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000045, oripos=1876404..1876503 strand=1 allelepos=201..300
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 21 20 55.25 45.00 6.00 2.00 ttcctgtgttaataccagcc
RIGHT PRIMER 400 20 54.03 40.00 7.00 3.00 tacatggatgattcaccaac
SEQUENCE SIZE: 500
INCLUDED REGION SIZE: 500
PRODUCT SIZE: 380, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,119
0 tcatatatatttcaaacttttttcctgtgttaataccagccatttattcttgaaagtgcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acttggtttctttgaagtttcaaatttcctaaaaatgtataatgtacatatcaaatcaat
120 taaattaaaaatagttgatgcaatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
************************************************************
300 tatatatatatatatatatatatatatatataatctatatataatgtgtataattttgat
*********
360 aatgtatagccatgtatatttgttggtgaatcatccatgtatacaaactaataaaaagaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 acaatatatttgcttaattattcatataaagatctcgaaatactttattcattcgttttt
480 atttattaagtacattaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 779 0 0 0 405 0 271 51 13 10 15 0 14
Right 860 0 0 0 492 0 337 18 0 4 0 0 9
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000046, oripos=2024033..2024737 strand=1 allelepos=201..905
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 132 20 54.61 50.00 5.00 3.00 gtgccactacactcttgaca
RIGHT PRIMER 1090 21 54.87 42.86 5.00 2.00 gagtcatagttcattgatcgc
SEQUENCE SIZE: 1105
INCLUDED REGION SIZE: 1105
PRODUCT SIZE: 959, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,724
0 tgactttcaaaaagtaaaatataacaaataaaaatgaacaaagtcgtattgatcatgctt
60 atccttttttttttcttccatctcttttataaagagaaaaaagaaaaagaaaataaaagg
120 aacttgtagagagtgccactacactcttgacattctctaatatatatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatataattagacctttctataaga
**************
960 attgtactttatagtaatattttattataatgataaacaaacaatgttagtataaagatg
1020 tttgattcatatatatatatatataaagtttttcgtatcacaagaatatagcgatcaatg
<<<<<<<<<<
1080 aactatgactcaattactttacata
<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 765 0 0 0 318 0 368 20 0 14 27 0 18
Right 860 0 0 0 414 0 433 2 0 2 0 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000047, oripos=2058774..2059312 strand=1 allelepos=201..739
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 169 20 55.11 40.00 6.00 3.00 tcatatgcaaaccagtctga
RIGHT PRIMER 832 20 55.11 40.00 6.00 3.00 tcatatgcaaaccagtctga
SEQUENCE SIZE: 939
INCLUDED REGION SIZE: 939
PRODUCT SIZE: 664, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,558
0 actaagaagacgttttgatcttgggacagctgtttcatgacgtccagtcagcaccctcag
60 aaaattttcaactgttacttcatagcctcgataatctacctgatgtttagaaacttgtac
120 gattagaccactacattaagtaggtaaaacaaccttaattctgtgaaactcatatgcaaa
>>>>>>>>>>>
180 ccagtctgaagaggacatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNCcagtctgaagaggacatttagttcaaacattttttgataag
****************************
780 gaaaaaaaaatatgtttgaactaaatatcctcttcagactggtttgcatatgagtttcac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 agaattaaggttatctacaaagatcctaggagaaaataatcgatagaacccgacttaaaa
900 ttgtttgaaagactgatatatttgagattaaaaatacag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 0 0 589 197 4 25 0 0 34
Right 811 0 0 0 154 0 547 43 0 21 16 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000048, oripos=2063917..2065669 strand=1 allelepos=201..1953
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 54.91 40.00 6.00 3.00 cgtccaatattcttgaaagg
RIGHT PRIMER 2028 20 55.04 35.00 6.00 0.00 ttttagcttcgaaaaggttg
SEQUENCE SIZE: 2153
INCLUDED REGION SIZE: 2153
PRODUCT SIZE: 1909, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1772
0 gaaaatcaaaatttgtgctctccatccgtcagccttcatctaatctgtccgccatttttg
60 tctactctgtccgcctttgaaaatcaaatcgccaatttcgtctactctgtccgccatttt
120 cgtccaatattcttgaaaggtattgtgttcttcttcgattctctcttttcattcttctat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttttctaatatttcatggttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcactatgtgatttacataatttttacc
******************************************
1980 aaaattaatcccaaaatttgagaccatcacaaccttttcgaagctaaaaaaagaagtaga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2040 tacaattttttttttgtatataacgagaatcgaactcaaactattttggctaagaatgaa
2100 cccctttgtaatgagctatgcttctcttcaatgctgaggaggttcatttaagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 19 0 326 416 0 12 0 0 82
Right 775 0 0 0 133 0 356 157 6 21 23 0 79
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000049, oripos=2068167..2068187 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 39 20 55.17 45.00 4.00 2.00 gccattagtagggaacatga
RIGHT PRIMER 325 20 54.82 35.00 5.00 3.00 aatactcggttttccaaaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 287, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tacaaaaaaatgtaacttgcctcctggtgacatgggttggccattagtagggaacatgat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttttttcttactaagtttcaaagataataatcttagctcattttttacctactttgttac
120 taggtaaagatataaaagtattaactttcaacgatctatatatatatatagagagtattt
180 taaacgtgtactgacgaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatagagagt
****************************************
240 attttaaacgtgtactgacgaatgttttttttaggtttggggagggtggaatgtacaagg
300 cattcctgtttggaaaaccgagtattatcatgacaaaagttgaaataagtaggaaaatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 ttatggatgatgaaaattatgatagaggtatgccaaactatatattaaaaatattaggac
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 731 0 0 0 188 0 344 144 0 1 40 0 14
Right 795 0 0 0 98 0 478 158 0 19 19 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000050, oripos=2092417..2093539 strand=1 allelepos=201..1323
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 20 20 55.49 50.00 4.00 1.00 gttggctgatgagtatgacc
RIGHT PRIMER 1509 20 54.84 30.00 6.00 0.00 aggatggaaaattgcataaa
SEQUENCE SIZE: 1523
INCLUDED REGION SIZE: 1523
PRODUCT SIZE: 1490, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1142
0 tgatattaagtatgttgaaagttggctgatgagtatgacctagtagtcaataatgtgata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgagtaaaaatcaacgaaagagactatacttcaaattcaaatagaatcgacataaaaact
120 ccaagaatatttttctcatctacctaatgtttggttggtggggtttcctaaaatatattt
180 atatataacgtatcaaattgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNAaaatgatcataacacaatactatctttcacattcaactataccacatgttcttttca
************
1380 aaagaaaaacggttttagtccttgtattatttaatgatgcatatttaacctagtgttggt
1440 gattctaaatgcttgaagaattatgtatataaagtctgcaatacgaaaattttatgcaat
<<<<<<<<<<
1500 tttccatcctagtatgacgtact
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 69 0 645 97 0 8 0 0 36
Right 845 0 0 0 84 0 681 20 20 15 0 0 25
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000051, oripos=2100346..2101087 strand=1 allelepos=201..942
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 54.92 40.00 4.00 1.00 ccgcaaaagtaggtctaaaa
RIGHT PRIMER 1122 21 55.24 38.10 6.00 2.00 cttgagaaatggataaccaca
SEQUENCE SIZE: 1142
INCLUDED REGION SIZE: 1142
PRODUCT SIZE: 1052, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,761
0 gtttcccgatatgtttatatataaagtaccattactaaaaaaattgcaaaaaggagatct
60 aaaaaaagtgaccgcaaaagtaggtctaaaaaaaatcatgaggtcactatttgcatcaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aattttttttaacatggaaaacctcatgaggtcgatttcataaaaaaaaaaatttgccta
180 atcaatagtatacatggttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaaaactataacacaat
***************************************************
960 actatctttcacattcaactaaaccatatattttcaatgaaaaaataccaattttagtcc
1020 ttgtataaaattaaataaaataaaggattgatatttctaaatgcttaaagaattatgtat
1080 ataaagtgagacgaaaactttatgtggttatccatttctcaagcatacttaactttggag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 tt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 628 0 0 0 213 0 238 60 6 17 69 0 25
Right 832 0 0 0 259 0 540 7 0 8 9 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000052, oripos=2102898..2102918 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 20 54.66 40.00 4.00 0.00 tccatgtccatctcaataca
RIGHT PRIMER 353 20 55.23 40.00 4.00 0.00 caccttcttccattaaccaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 349, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gattctccatgtccatctcaatacaaagataattgcaaatgaaaatattgcaatttttaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gttgtaatatgatatttccatattgaaaaaacttatccttccctcactagcctccaatgt
120 gataataccaaatttcatggtctttattatgatattagtaccatatatatatatatatat
180 atatatatatatgcatactaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatgcatactaactactactataaataatgagaagaaagtgaagttttgaatt
300 aataaattaaaagtcataaggggttgttacttgtttggttaatggaagaaggtgacatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 tagataattaagtttgaatatttaatttaatcttacatatttatttatttcattcaattt
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 803 0 0 0 282 0 394 62 0 9 16 0 40
Right 860 0 0 0 414 0 398 21 0 5 0 0 22
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000053, oripos=2158076..2160366 strand=1 allelepos=201..2491
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 54.97 50.00 2.00 0.00 gaacgaagaggacaacagag
RIGHT PRIMER 2625 20 55.39 35.00 6.00 2.00 ttttagaaaatcgccgtcta
SEQUENCE SIZE: 2691
INCLUDED REGION SIZE: 2691
PRODUCT SIZE: 2553, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2310
0 aaaagggttttgaataagaaaaatagaaagaacagagagagacaagggagaaacgatcga
60 tcgatcgagagaggaacgaagaggacaacagagctttggaaaagtagattgcttgatcgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aattcttcagtggaggtaggttatggtttatgttattcgtagtaaactcttcatagcgaa
180 tgatatgtattgggtagtgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaaaaaattgaaaatcaataaaatttgt
****************************************
2520 ttttactatgattttctttaaaaaaaaaaagacagcgattttcatttttttaaaaaaatt
2580 attttaataaatggaaagtcgctgcctagacggcgattttctaaaacaaagataaaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2640 ataattgataatcgctacctaggtagcgacttgaattttttttaaaataaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 34 0 454 258 3 15 0 0 81
Right 764 0 0 0 431 0 147 121 10 10 27 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000054, oripos=2164683..2165247 strand=1 allelepos=201..765
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 965
INCLUDED REGION SIZE: 965
TARGETS (start, len)*: 190,584
0 acataaatgaatcataaaatttaaaagaattacaagtttatactcaaaatttaaagtaat
60 tatatagtgtattggtatcattatgactgataattttctctaattagtataatatactgt
120 attgacatcattaagactgataattttatttaatttgatactaaatctctctctctctct
180 ctctctctctctctatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAattattcatttgtca
******************************************************
780 atgatactataagagtgtaggtatattcttgtgctatcagtaagatttttttatttagaa
840 attactcataagtcaatgttattgtaagagagagtgtgtatgtgtgtgtatatctctctc
900 tctctctctctatatatatatatataatatatatatataaaatttagtatcaattaaatg
960 aaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 442 0 413 0 0 0 0 0 0
Right 850 0 0 0 308 0 537 0 0 0 5 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000055, oripos=2203387..2204425 strand=1 allelepos=201..1239
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 20 54.93 45.00 7.00 1.00 atatctcagatcctcgctca
RIGHT PRIMER 1271 20 55.25 40.00 7.00 2.00 atcatttagtgatccaccca
SEQUENCE SIZE: 1439
INCLUDED REGION SIZE: 1439
PRODUCT SIZE: 1232, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1058
0 gaacaacaataaaaaaaagagtcaaaatacataagagttaatatctcagatcctcgctca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 actttcaattttcacttaaaagtcaattcaactacatacttcttttttcagaaattcact
120 caattttgaattttaactcaactcaactatttactctttccataaaaagtcactcaatct
180 attaaattattttttttattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTggatcgagttaggtgggtgga
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1260 tcactaaatgatttaatttattttttaaaatttttagtttgttatataaataattatatc
<<<<<<<<<<<<
1320 aataatttttaattaaaaaataatttaatagattgagtaactttttgaggaaagagtgga
1380 tagttgagtgacttttgagttaaaattcaaagttaagtgactttccgagaaaaaagtgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 769 0 0 0 88 0 580 47 3 1 28 0 22
Right 844 0 0 0 443 0 340 17 1 16 9 0 18
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000056, oripos=2250379..2256211 strand=1 allelepos=201..6033
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 18 55.08 44.44 2.00 0.00 atttgttggctcctttcc
RIGHT PRIMER 6185 20 54.10 40.00 6.00 2.00 caccatatgaaagaaacacg
SEQUENCE SIZE: 6233
INCLUDED REGION SIZE: 6233
PRODUCT SIZE: 6186, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,5852
0 atttgttggctcctttcccatgtttaactatgaaatcatcaataattaatctcactaatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 attttcaatgttttgaaaacataattgaataatatatttaatatttaagttaaaggacaa
120 aaatgtctaaaagtaaattagattatagagtgaacatatcattttatcattctggccaaa
180 ttatagccaaacttttctggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgccaaacttttctggccaaaaggattt
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6060 ttcctttttgaaaagaatattaaatattgcacgtgaaaaatcttattttggtgctccttt
6120 tgttagttgggaattttttctgatagttggatgttatgttcttttacgtgtttctttcat
<<<<<<<<<<<<<<
6180 atggtgtttaataactatattgaaatctgaagcctacctatactaagatttgt
<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 314 0 446 66 4 22 0 0 2
Right 795 0 0 0 101 0 533 72 8 24 17 0 40
Pair Stats:
considered 10, high any compl 5, high end compl 3, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000057, oripos=2260654..2261302 strand=1 allelepos=201..849
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 55.07 40.00 4.00 2.00 agaaatcgagtctttgacga
RIGHT PRIMER 983 20 54.90 35.00 6.00 0.00 aaggcctcatcattaacaaa
SEQUENCE SIZE: 1049
INCLUDED REGION SIZE: 1049
PRODUCT SIZE: 913, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,668
0 ttctctgaacgtcgtgacggaagtgcaggacggaccgtcgtaggtacgacgggccgtcac
60 agactccttaaagaaatcgagtctttgacgaacctgcatgacggaccgtcgcaggcgcga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cgggccatcacaggttgcgtaatcccagtcggagtcggatttctggttaagttttaaagg
180 ggcgttttgggttattcctgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNTattgtaaaccccgctatgtgcttaattgtatgcttgcatgaatataattat
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900 ctaattgtgattatataagcatgatgaagttattgaatcccaaatcttgaaaaaccctaa
960 tctctttgttaatgatgaggccttggtttaaaagaaggcgtgatgaactaaaataatgag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 attgatgatgccttggtaagaaagaaggc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 22 0 140 644 0 17 0 0 32
Right 854 0 0 0 86 0 502 166 2 21 0 0 77
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000058, oripos=2263075..2263921 strand=1 allelepos=201..1047
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 110 20 55.14 40.00 4.00 1.00 cgtttttgactattcttgcc
RIGHT PRIMER 1231 20 54.87 45.00 4.00 3.00 cagtccaagctagaagcatt
SEQUENCE SIZE: 1247
INCLUDED REGION SIZE: 1247
PRODUCT SIZE: 1122, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,866
0 agtctctgaactctgtgacgggcagcaggacggaccgtcgcaggcgcgacggtccatcac
60 agactgcgcaatcccagtcggggtcggatttcttgatacgttttaagggacgtttttgac
>>>>>>>>>>
120 tattcttgccttaattataaagttagtgggttaatgttaataagtctaattacttggggg
>>>>>>>>>>
180 ttaaaagaggtaaccttaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtattttgagttggccgatgatatctactcagta
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1080 cccgtgttttgtactgatccttacttttatgttttcttcttgtttatttgtggagtgcag
1140 caaacgtgccatcgtcttcaactcaacagtaattcaagtcagtcttactacatcggaaat
1200 tcagggtgaactaatgcttctagcttggactggatcttcttcttcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 36 0 351 417 0 11 0 0 40
Right 860 0 0 0 12 0 534 235 0 22 0 0 57
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000059, oripos=2281985..2282005 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 55.09 40.00 8.00 3.00 gggccttatggctataattt
RIGHT PRIMER 346 20 55.06 35.00 4.00 0.00 aaaagccaatctcgatacaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 274, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttgttcggaggattggatcggattatggaagctcatattagtggtgaattatgtcctgtt
60 ttgaaaaatgcaggggccttatggctataatttttaattttatattatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatattattattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatatatatatatagtaacaatttaactacgatattata
300 ttttctttttatttttaacaaaaagatttgtatcgagattggcttttgatgaactacgta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 cttctaggcgaactcgtggcttgtcttgaaatataatattattattttatctgatgtttc
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 467 0 178 175 0 10 0 0 25
Right 858 0 0 0 487 0 214 115 3 9 0 0 30
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000060, oripos=2286098..2286118 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 21 20 55.04 40.00 2.00 1.00 aaaaacacaagtagggctca
RIGHT PRIMER 347 20 54.84 40.00 5.00 1.00 ggttgaaaaagttgacaagg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 327, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctccataaaaggaaaataaagaaaaacacaagtagggctcagtacgggacaacataaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gaataggtattatcggtcaacccaaaatagaaactaatatacaataaataatagtatgaa
120 atcaacaatgagacctatatatatatatatatatatatatattataataataataataat
180 aataataataataaggtacgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGctagctatatatatatata
****************************************
240 tatatatatattataataataataataataataataataataaggtacgatgcaaagatt
300 tttatagtatttagttacattgtaactaccttgtcaactttttcaaccaaaaaggagtac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 ttcttttaaatattatataataactatgtcattgtatgagctatttattactcattcctt
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 379 0 334 95 0 14 0 0 33
Right 860 0 0 0 372 0 439 13 1 10 0 0 25
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000061, oripos=2298099..2298876 strand=1 allelepos=201..978
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1178
INCLUDED REGION SIZE: 1178
TARGETS (start, len)*: 190,797
0 atattgcataattatgaataatagtaatgtgtccaaatatacacatatatatctttaaaa
60 tacactattaaataattctagagagtaaaaggtcctccataaagtttgatatagtaacaa
120 taatctcggccaaaagttgaaaatacttttcagatcattctctctttaaatatccaaaat
180 taataaatagattatgcattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNTtataattcatatatattacatacataattcacttttaattca
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1020 tattgtagatttgacatagcattgttataaatgataataaataaaaagtattgctaaaac
1080 tagtaattatttattaaaatgtactaatttatgtaatttttcctttaaattatcgttatg
1140 ttaatctaaaacaaatgtgtgtaaaatgttacataaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 293 0 478 58 0 12 0 0 14
Right 860 0 0 0 500 0 360 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000062, oripos=2363354..2363721 strand=1 allelepos=201..568
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 21 54.68 33.33 6.00 2.00 caagaaatgtctccaaagaaa
RIGHT PRIMER 622 21 54.99 33.33 4.00 0.00 tctcgatacgtttgtcatttt
SEQUENCE SIZE: 768
INCLUDED REGION SIZE: 768
PRODUCT SIZE: 520, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,387
0 cgaaattatttttttcttatttattttcatatctactcataaacactctttgaaagagag
60 ctttcaatctctctttctttctttttttcaaatagaaaaattacaagaaatgtctccaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gaaatgacaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatataaaataattcaacatgcacacatgca
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600 aaaaaatgacaaacgtatcgagatcggaaaaattattttggtcagaaaattttattataa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 taatattttacctacgttatattatcttttgaatatttttatacttttaactttaatatc
720 ttttaattaaaaaatgaaaaaagatcaatttactttaaagtaaaatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 467 0 318 4 12 3 8 0 14
Right 781 0 0 0 485 0 187 60 7 8 21 0 13
Pair Stats:
considered 5, high any compl 3, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000063, oripos=2377833..2379064 strand=1 allelepos=201..1432
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 139 20 54.65 35.00 4.00 2.00 ttctgttttgtataacgcga
RIGHT PRIMER 1551 20 54.86 40.00 4.00 2.00 attcgttgcctatttagctg
SEQUENCE SIZE: 1632
INCLUDED REGION SIZE: 1632
PRODUCT SIZE: 1413, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1251
0 aacctaaaataaatggagtagctagagtttgattaaattgtgctccatagcaaacgtcag
60 ctaaagtttgtcaggcgtctctctcccaaaaatctcgctcgcctctctcgctttatacat
120 agaagtgtacgaattctgtttctgttttgtataacgcgagagaaaattgtatatacacat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gcaaaaatatatatcttcgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGagaaaaac
************************************************************
1440 atatatcttcttgctatacacttataactatgcaatatacatacattttaattcgattca
*
1500 actgtatgcaaagcaaattttataaaatattgcagctaaataggcaacgaattatacaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 tgtgcattatacaatctcagtgaaataggataacgaattatacaattgcagtgaaatagg
1620 acagcgaattat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 2 0 513 251 2 34 0 0 50
Right 860 0 0 0 103 0 646 58 0 26 0 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000064, oripos=2387880..2395101 strand=1 allelepos=201..7422
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 54.26 30.00 4.00 3.00 ttcccttttgcgtataattt
RIGHT PRIMER 7619 20 55.46 40.00 2.00 0.00 aggtcaaaaaggggtagaaa
SEQUENCE SIZE: 7622
INCLUDED REGION SIZE: 7622
PRODUCT SIZE: 7539, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,7241
0 ttcatataattccttctatttttttccacatcttttctttccaattttggacctaattta
60 gactttaggttacttttcattttcccttttgcgtataattttttcaaagaaaaaaattct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctaagtctaccttttatagatttctccaaagcatgcatcatgttttttttttatataatt
180 taaagaagtatatttaaatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtccatatgtatgatgtat
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7440 agttgtcaaattagaatcgtcatgtgtattataaaaaaaaatatgtttatatataataac
7500 gggtaaatgcataagttccttcaatctatgcacgaaatttcagcgacacacttatagtat
7560 attaaggttctattatctctgaatttattttataaataattttctacccctttttgacct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7620 ac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 708 0 0 0 155 0 356 94 2 34 44 0 23
Right 857 0 0 0 240 0 498 77 0 15 3 0 24
Pair Stats:
considered 4, high end compl 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000065, oripos=2408856..2409528 strand=1 allelepos=201..873
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1073
INCLUDED REGION SIZE: 1073
TARGETS (start, len)*: 190,692
0 catcttcaaaatcattaagagtaggcctattaattactactaattaattaaccttcttga
60 tagcaacttcaaaatatctgaaagacagatggcaagtctgacgcaaggacgaatttattg
120 tcataatataaatatagatttatctgagttcataaattttgagtgaaatacaatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTctgagttcataaattttagtagtagaa
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900 ataacaatatatatatatatatatatatatatataaaatttattgtaattgaaataaata
960 gtagacatgatgttcatgactttttatatatgatcataagttcaattcaaaaaatcttta
1020 aaaaaattgatgaactcgtaagatttaaatactagattcacttatgctataga
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 230 0 486 110 0 14 0 0 15
Right 830 0 0 0 471 0 347 0 0 1 11 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000066, oripos=2433134..2437018 strand=1 allelepos=201..4085
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 106 20 55.08 45.00 6.00 2.00 tgctaagctacgcactaaca
RIGHT PRIMER 4269 20 55.01 50.00 4.00 1.00 gggagtggactacaatgaga
SEQUENCE SIZE: 4285
INCLUDED REGION SIZE: 4285
PRODUCT SIZE: 4164, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3904
0 ttcaccaataaattggctacgtcctcgggaagagggggaacagttttattatggagaggc
60 aaaaacagaattacagaatagggtttgccaaagcgtctatatatagtgctaagctacgca
>>>>>>>>>>>>>>
120 ctaacaggcttgggcccaaaatacagaattgacagataattaagggcccaatacaacaac
>>>>>>
180 attgtatacgggtccgattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNCttccctggaattggaaaccatccggctgagtcatgtatatctcttcctccaactc
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4140 tccatgtagaaacgctgttttcacatcaagttgttcaagctccagattctgatgtgtaac
4200 tatcgctagtaacactcagatggaagtatgtttgaccactggtgagaagatctcattgta
<<<<<<<<<<
4260 gtccactccctctctttggttggaa
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 0 0 399 365 3 20 0 0 67
Right 860 0 0 0 0 0 498 244 0 38 0 0 80
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000067, oripos=2437843..2440020 strand=1 allelepos=201..2378
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 59 20 54.96 45.00 4.00 3.00 ggcttcacaatggttctaag
RIGHT PRIMER 2495 20 54.93 40.00 4.00 2.00 gtcaatcgagacatccaaat
SEQUENCE SIZE: 2578
INCLUDED REGION SIZE: 2578
PRODUCT SIZE: 2437, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2197
0 tctgaataacttgaaactccacctgtttatcaagactcctagtttctgacgtagttgtag
>
60 gcttcacaatggttctaagcagagaactttcatcaaagacaacgttcctgctcataataa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ccctcttttctgctggagaccagattctgaaacctttcactccatctccgtagcccacaa
180 atactccctttttagctcttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtcaatacaacaacattgtatac
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2400 gggtccgattcaaggcattcaacaatatcgaatgcacataattatctataatataaatag
2460 atgatattaataattgatttggatgtctcgattgacctatgtcgacatctcatcatgtga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2520 gagtttgcaagtgtagatctaacttttataggtgatttctttaaaaggtaacatgcca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 458 252 0 41 0 0 104
Right 844 0 0 0 171 0 434 168 13 28 0 0 30
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000068, oripos=2444658..2445266 strand=1 allelepos=201..809
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 129 20 54.95 45.00 2.00 0.00 cgagagaagagagaaacgaa
RIGHT PRIMER 985 20 54.87 40.00 5.00 2.00 accaacttgcacacatgata
SEQUENCE SIZE: 1009
INCLUDED REGION SIZE: 1009
PRODUCT SIZE: 857, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,628
0 acaaccttggatttaatattgggtttcttttgtcatcttttatacttaattatatggtaa
60 ttagggtaaaagaaaaagagtttgaataaggaaaaagaaggaaagagacagaaagagagg
120 gagaacgatcgagagaagagagaaacgaagaggaaagcaaaggttttgggggatagcttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cttgatcgcgaattctttggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatata
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840 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataattt
900 tactttaaaaaagttttcttaaatcatcataatgaattttttttattatttttgaggatt
960 caaatttatcatgtgtgcaagttggtgtagacaatagcatcatttttaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 81 0 469 219 0 4 0 0 82
Right 860 0 0 0 611 0 191 31 0 17 0 0 10
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000069, oripos=2456443..2457112 strand=1 allelepos=201..870
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 4 20 54.93 45.00 7.00 0.00 ctgattattaagtcacgccc
RIGHT PRIMER 961 20 55.26 35.00 3.00 1.00 ataaaccatttgatgaccca
SEQUENCE SIZE: 1070
INCLUDED REGION SIZE: 1070
PRODUCT SIZE: 958, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,689
0 tatactgattattaagtcacgcccttaaatgctagattttatatatatatatatatcttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tttgaccaaaagaaaaaaggtctaaagccaatggccaccgacagcaaacttattgtaatt
120 attggttatttgataaataaataagatagcggtctaatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatat
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900 atatatatatatatataattcatgtgttttttataattttaatgggtcatcaaatggttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 atatattttgtatgaaataataaatagattacatggtaactaattttgtattattaatat
<<
1020 atgtataaattataaccaattatcaaatgactttttgtttttttcttttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 756 0 0 0 340 0 221 146 0 9 28 0 12
Right 845 0 0 0 612 0 199 12 0 5 5 0 12
Pair Stats:
considered 6, ok 6
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000070, oripos=2548761..2555588 strand=1 allelepos=201..7028
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 53 20 54.82 40.00 4.00 0.00 aacacgctcatttgatacct
RIGHT PRIMER 7066 20 55.72 50.00 7.00 0.00 ccgaaatctcagagacacac
SEQUENCE SIZE: 7228
INCLUDED REGION SIZE: 7228
PRODUCT SIZE: 7014, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6847
0 catttgacacttttatgatcaatcatataagtgaatcgattataagatggtggaacacgc
>>>>>>>
60 tcatttgatacctcaataactaaccatacaagtgaatcgattataagatggtggaacgcg
>>>>>>>>>>>>>
120 ctcatttgatacctctatgaacaaccatacaagtgagtcaattataagatggtggaacgt
180 gcttatgtgacacttctatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNAggaccttagtatagtataagtgtgtctctgagatttcgggcacaggttgagg
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7080 gggtatttgagtattttcccaaaaataaaattgaatccaaatattgaaaactaaaagatt
7140 cttacgttctttttctttgtttttttaagatgaaaccaaagaatagaaattataaatagt
7200 acactcgaggaaaatcccaaaacccaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 13 0 591 198 0 10 0 0 43
Right 831 0 0 0 194 0 414 177 0 3 12 0 31
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000071, oripos=2560967..2564355 strand=1 allelepos=201..3589
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 147 20 54.95 40.00 4.00 2.00 catcaatttcccactctcat
RIGHT PRIMER 3702 20 54.88 45.00 3.00 0.00 aactgaggtaatcgtgctgt
SEQUENCE SIZE: 3789
INCLUDED REGION SIZE: 3789
PRODUCT SIZE: 3556, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3408
0 aaaaccaatccggcccatgccgcctggaaagccgtggatggccagatccgatcatgtttg
60 attgcggtcatctctcccacggttcagaaacacgtccgatcctacacaactgcttcagcc
120 ctgtggacggcctcgcaacacgctatgcatcaatttcccactctcatatttttcaattgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtgatcgtcttcacacaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtttgcgatgaa
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3600 gttcaggccggcaccatgattgtgcagtatgtacccactgaaaaacaaccgactaatatt
3660 ctcaccaagcctctcccgagccgacagcacgattacctcagttccaagcttccgttcgct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3720 tccgctcagctcagcttgaggggggataataacagatagtattaaataaatagtattaca
3780 taatattag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 1 0 104 682 0 12 0 0 56
Right 802 0 0 0 127 0 202 416 0 11 17 0 29
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000072, oripos=2567379..2568455 strand=1 allelepos=201..1277
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 129 20 55.03 50.00 2.00 2.00 acccacacttaccctcctat
RIGHT PRIMER 1396 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ttaagggacgttttggacta
SEQUENCE SIZE: 1477
INCLUDED REGION SIZE: 1477
PRODUCT SIZE: 1268, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1096
0 tcgaataactaaatagtatccacgcatcaattagagttggtttgtattagctttgaaaaa
60 aataactttaaagtcaaataaaaaaaataggagagttcttgtcacgacccaaatcgagcc
120 gcgactggcacccacacttaccctcctatgtgagcgaaccaaccaatctaaaccttagca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tttcaatgtactatcaacatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNGgcaataataacccactaatttactcaaggttacctcttttaac
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1320 ccccaagtaattagacttactaacataaacccactaactttataattaaagtaggaatag
<<<
1380 tccaaaacgtcccttaaaacgtgtaaagaaatctgacccggactgagattacgcaacctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 tgacggcccgtcgtgcctgcgacggtccgtcctgcag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 127 0 291 301 0 17 20 0 41
Right 860 0 0 0 48 0 430 312 0 17 0 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000073, oripos=2571166..2571795 strand=1 allelepos=201..830
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 138 22 55.10 22.73 4.00 0.00 aaaagcaggaaaatatgaaaaa
RIGHT PRIMER 1008 20 54.73 35.00 2.00 2.00 acaaatcccgaaaatgagta
SEQUENCE SIZE: 1030
INCLUDED REGION SIZE: 1030
PRODUCT SIZE: 871, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,649
0 aaaaatatgaaaataaaaatataaaattaagccaaaaaatcaaaaataaatatagtaacc
60 ttaaattcaataatttcaataattttttttaatttttatttgttccaataaatttcgaaa
120 atgagtagttgatttataaaaagcaggaaaatatgaaaaaactataaaattgatgccaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaaattcacaaaataaatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtattttccta
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840 ttttttattaatcaattattcatttttgagatttatcaaaaaataaaaattaaacaaatt
900 tattgaaattgtttaatttaaggtaactatatttatttgagaattattagcataaatttt
960 atattttttcctattttttattaataaattactcattttcgggatttgtcgaaaaaaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 taaaaaatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 769 0 0 0 487 0 239 4 0 12 25 0 2
Right 838 0 0 0 691 0 92 37 0 4 8 0 6
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000074, oripos=2579685..2580307 strand=1 allelepos=201..823
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 116 20 55.09 35.00 5.00 2.00 tctccttttgaaatgctgtt
RIGHT PRIMER 1015 20 54.66 40.00 8.00 3.00 tgcatgcatatgagagaatc
SEQUENCE SIZE: 1023
INCLUDED REGION SIZE: 1023
PRODUCT SIZE: 900, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,642
0 agacagcaagggctattcgatttcaaggcaatatcccaatcaagttttggggataatgtg
60 ctttagctgctgttcatatcatcaacagaattccatccactatgttatctaattagtctc
>>>>
120 cttttgaaatgctgtttggaaagtcaccagttgtcctacatgaagatcattggatgcttg
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgtcatgcaactacattggtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgcaagaaggtttagact
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840 accaggagacattttctccagttgttaaaatggtcacagttagaacagtgcttactctag
900 ctgcatctaaaggatgggatgtccaacagatggatgtttataatgcatttttgcaaggtg
960 acttagtagaagaagtctatatgcagatacctcaaggattctctcatatgcatgcagggg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 atc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 0 0 422 296 2 29 0 0 105
Right 852 0 0 0 3 0 584 172 6 39 0 0 48
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000075, oripos=2581261..2581281 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 144 20 55.09 45.00 7.00 3.00 gggatcatgccttgatacta
RIGHT PRIMER 324 20 55.20 40.00 4.00 2.00 tccatgtaacttctgcaaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 181, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aagtcagttcatgaatgctcccaagcaatctcatatgaatgctgctattagagttgttag
60 atatattaaacaacaacctggcctaggtgttttgttgtctgctcagcattgtggttcttt
120 acaagcattttgtgatgctgattggggatcatgccttgatactagaaggtccattactgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatggttacatttggagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgtctttactctcttggaag
****************************************
240 tctaagaaacagtctacaatctccaggagttctgctgaaccagaatacagaagtctggca
300 tctactgttgcagaagttacatggatacttggtctctttcgcgaattagacatacctact
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gtcttgcctattgttgtatatagtgacagtactgctgctatccaaattgcatccaaccct
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 33 0 390 347 2 29 0 0 52
Right 855 0 0 0 0 0 580 185 4 48 0 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000076, oripos=2608660..2609610 strand=1 allelepos=201..1151
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 80 20 55.23 40.00 3.00 0.00 ttttcctcacataacaaggg
RIGHT PRIMER 1243 22 54.80 22.73 4.00 0.00 caaaattcaaaatacaacgaaa
SEQUENCE SIZE: 1351
INCLUDED REGION SIZE: 1351
PRODUCT SIZE: 1164, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,970
0 catgagatttgtacaaaatggacctataaaaatgacttggcaagcaataggatcttatct
60 atatgtaaaaaaacacgtttttttcctcacataacaaggggaccatattatattaattgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaaagctaggtgtcaaaaattcaaaaataataaataaattatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatagtaaatataaaacttttt
********************
1200 attttatttttatatatatttatttcgttgtattttgaattttgttagtgaaaaattctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 acttgacactaatctgatagatctatataagagtgcatataaataatctatttgaactta
1320 tcaataataataagtaaaaagatatgtgaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 768 0 0 0 264 0 333 87 2 24 25 0 33
Right 860 0 0 0 512 0 343 0 0 1 0 0 4
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000077, oripos=2624704..2624724 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 20 54.94 40.00 3.00 1.00 tagaaccccttttgtcttca
RIGHT PRIMER 404 21 54.40 33.33 5.00 3.00 ttcgtgaagatcaaattatcc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 364, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ggctattggattcagagtccaatgtcctaaccactagaccatagaaccccttttgtcttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atatcttaacattttattttaaactaaactcaaataattttattatagacactttctatt
>
120 ttccatctttgatttttaaaataaaattttcaaaaactttatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatataacaagtcatgataagtatttaaggatataaatatgaaat
300 atctaacagaaatattttaaaagggttattcaattatttcttcgttcttttaagttgaat
360 tttaaatatgattttttatataatggataatttgatcttcacgaatagttaaatacttca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 467 0 293 37 4 3 0 0 43
Right 860 0 0 0 480 0 372 2 0 0 0 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000078, oripos=2630759..2630779 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 22 21 55.50 47.62 4.00 0.00 tctagccaactcttctcttcc
RIGHT PRIMER 391 20 54.61 30.00 2.00 0.00 tatcaaacgaaaaagcacaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 370, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 caaggttctaaggcatattttttctagccaactcttctcttccggagagacgacataaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aattaatattttactttattgtaatttcttttcaatttctttgttcatatatttgtcatt
120 tatgtttataattattattcttggaatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattattattattattatt
****************************************
240 attatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatctatatata
300 tctttgcaccttttttcagtgaagctcacgctatatttgtgcttaaaccctcgattgacc
360 tcaaagtttattttgtgctttttcgtttgataaaactgatccattcatattcattcagcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 766 0 0 0 543 0 118 64 2 4 24 0 11
Right 802 0 0 0 290 0 310 107 0 26 17 0 52
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000079, oripos=2639831..2640071 strand=1 allelepos=201..441
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 131 20 55.46 35.00 4.00 0.00 catgtgcctttttgactttt
RIGHT PRIMER 541 20 55.91 45.00 5.00 3.00 ggctcgtgttgaaaacatag
SEQUENCE SIZE: 641
INCLUDED REGION SIZE: 641
PRODUCT SIZE: 411, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,260
0 taacgagcgatagtgagacttgaatataagacttatagatgatattaatgctcgatcatt
60 tataagtttaaaattttgttagaaagagttaattttaatttactttactatattttcaac
120 acgacccttttcatgtgcctttttgacttttttttctttagcctatcaagttcttttata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtgatgagcggtagtgagacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTggatttgtctcctcgatattaatactcgatcatctataa
******************************
480 gtttaaaattttgttagaaagagttaattttaatttactttactatgttttcaacacgag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
540 ccttttcatgtgacttttgactcttttttttctttagcctatcaagtaaaaaatttattt
<<
600 taataatgagtgtttgtatagcttaaagagaagaccatatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 249 0 418 83 1 2 18 0 29
Right 776 0 0 0 296 0 364 65 0 3 26 0 22
Pair Stats:
considered 39, high any compl 20, high end compl 16, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000080, oripos=2641267..2641560 strand=1 allelepos=201..494
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 45 20 55.40 45.00 3.00 0.00 atgagcctgttcccttatct
RIGHT PRIMER 665 20 54.91 45.00 6.00 1.00 agaggccttatgtgatacga
SEQUENCE SIZE: 694
INCLUDED REGION SIZE: 694
PRODUCT SIZE: 621, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,313
0 gccacaaagatgctaatcttctagcaaatgatgattttattgaagatgagcctgttccct
>>>>>>>>>>>>>>>
60 tatctcaagtcaagataggacaagaatatgaaattgtcctcactactttcacaggtacta
>>>>>
120 tataacaatttttcttttttcttgtggtaaaatattttgtggggtgtatattatttgtat
180 cattgttattttaacatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNAtacaaaaatgtctagagttgttttgaagtttggtagacttgtaaat
***********************
540 tctatatatgaatagtgagtatgactcaagtgattttactaaaataggatatatttgtgc
600 attttggtctagcatgtatctattttagggttttgacttatggaattcgtatcacataag
<<<<<<<<<<<<<<
660 gcctcttgattagtatttatttattttttacatt
<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 101 0 606 54 3 5 12 0 33
Right 860 0 0 0 141 0 645 38 0 11 0 0 25
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000081, oripos=2699033..2700391 strand=1 allelepos=201..1559
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 133 20 54.51 35.00 8.00 2.00 agtttttgaccaaaatgagc
RIGHT PRIMER 1686 20 55.03 40.00 3.00 3.00 caaaggtggagtcaaatcat
SEQUENCE SIZE: 1759
INCLUDED REGION SIZE: 1759
PRODUCT SIZE: 1554, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1378
0 atttatatggttggtgtaaataatttatataccaattaatcaacttttacttgtaatgcg
60 tcatatttaaaattcttaaatctcacattttaagaaaaaatatttatagaattatttgga
120 tgatcacaataagagtttttgaccaaaatgagctatttttaaaaccaattcaccaaaata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atacgtttttaatttttttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTt
************************************************************
1560 ttatccgtccccattccttcaactatcaatcaatcaaatctaagaaacgggagtcaaagt
********
1620 aacattttaggtgtaaaacgttactcatagtaacgttttacagttgaatgatttgactcc
<<<<<<<<<<<<<
1680 acctttgcaggattggagtcagtggcccgtgattggattctccaaaaatgtactcttgag
<<<<<<<
1740 taacgttttacacctaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 272 0 530 5 3 11 2 0 25
Right 860 0 0 0 0 0 564 229 0 8 0 0 59
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000082, oripos=2725437..2731907 strand=1 allelepos=201..6671
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 70 20 54.25 35.00 6.00 1.00 aattaatcctgttgaatgcc
RIGHT PRIMER 6807 20 55.06 35.00 2.00 0.00 ataaaagaaggcgtgatgaa
SEQUENCE SIZE: 6871
INCLUDED REGION SIZE: 6871
PRODUCT SIZE: 6738, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6490
0 attaattatatttattttattgtattttctttattaattaactttttatttgttaactat
60 attttactctaattaatcctgttgaatgccttgaatcggacccgctacatatagacgcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgtaagttgggcccaagcctgttagggcgtagcttagcactatatatagacgctatggga
180 aatcctattctgaaattctgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNCacccgatcctcatattctatcctagtatcggaacgtggcacccgatacc
********************
6720 ctaatctacttctatcaattcatcaagccttctttcttaccaaggcatcatcaatctcat
6780 tattttagttcatcacgccttcttttataccaaggcctcatcattaacaaagagattagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6840 tttttttaagatttgggattcaatatcttca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 293 0 234 268 2 33 0 0 17
Right 825 0 0 0 46 0 441 222 0 29 12 0 75
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000083, oripos=2734382..2735674 strand=1 allelepos=201..1493
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 107 20 54.76 45.00 4.00 2.00 gttagggtttcatcgtatgc
RIGHT PRIMER 1565 20 55.00 30.00 6.00 2.00 ttgaaaatgatcgaatcaca
SEQUENCE SIZE: 1693
INCLUDED REGION SIZE: 1693
PRODUCT SIZE: 1459, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1312
0 attatatcaattaacatggccaccgtgattgagcaatgtcaagttgcgccaccccccggc
60 ggtgcaacggaggtgacactccctcttacttatttagatcttttttggttagggtttcat
>>>>>>>>>>>>>
120 cgtatgcgacggatactattctacaagctttccatttccaaatccgatttcgttcaaaac
>>>>>>>
180 attattcctcctcttaagaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgatgatg
************************************************************
1500 aatgggtccttaatggtgattggttaaaagtatacgacaatgtagatgtgattcgatcat
** <<<<<<<<<<<<<<
1560 tttcaattgctggatcgcaaaaacatgacttatatgctgctgattttggatggggaagag
<<<<<<
1620 ccgcaaagttggaattcatttccattgacaatgatgatggcggtatttcgatgtctctta
1680 gtaaatctaaaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 739 0 0 0 46 0 236 370 9 13 29 0 36
Right 834 0 0 0 0 0 406 354 13 24 0 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000084, oripos=2740149..2741383 strand=1 allelepos=201..1435
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 142 20 54.91 40.00 4.00 0.00 atgtaaaaatgtcacgaccc
RIGHT PRIMER 1618 20 55.20 45.00 4.00 3.00 ttgggtactgaaatcgactc
SEQUENCE SIZE: 1635
INCLUDED REGION SIZE: 1635
PRODUCT SIZE: 1477, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1254
0 tttggacaattcgataaactcattagatttgaagatgattagaaagtatcatatagtatt
60 tttattcgatttcaattaagttctttcaattttcgagaaattaattgattcttttaaaat
120 tttcatttctaattttgaatgtatgtaaaaatgtcacgacccaaatcgggccgcgactgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cacccacacttaccctcctgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTccgac
************************************************************
1440 tccgactgggattatgcaacctgtgacggaccgtcatgcctgcgacggtccgtcctgctg
****
1500 ctccgtcacagagttcagagactgaaattctctgaagagtctgtgacggtccatcacgcc
1560 tgtgacggtccgtcctgcactttcgtcacgaagatcagagagtcgatttcagtacccaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 tttcagaatttctaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 313 0 390 131 3 3 0 0 15
Right 841 0 0 0 1 0 248 530 8 25 0 0 29
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000085, oripos=2746475..2747336 strand=1 allelepos=201..1062
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 139 20 54.61 40.00 4.00 0.00 tttacaagctctccatttcc
RIGHT PRIMER 1135 20 55.12 35.00 6.00 2.00 attgaaaacgatcgaatcac
SEQUENCE SIZE: 1262
INCLUDED REGION SIZE: 1262
PRODUCT SIZE: 997, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,881
0 attatatcaattaacatggccaccgtgattgagcaatgtcaagttgcgccacctcccggc
60 ggcgcaacggaggtgatactccctcttacttattttgaccatgtttggttagggtttcgc
120 cgtatgaggcggatattattttacaagctctccatttccaaacccgatttcgttcaaaac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 attattcctcctcttaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtatgatgaatgggtcctt
***************************************************
1080 aatggtgattggttaaaagaactcgacaatgtagatgtgattcgatcgttttcaattgct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 ggatcgccaaaacatgacttatatgctgctgattttggatggggaagagccgcaaagtta
1200 gaatttatttctatcgacaatgatgatgacggaatttcgatgtctcttagtaaatctaaa
1260 ga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 38 0 265 489 0 11 0 0 52
Right 860 0 0 0 16 0 402 332 0 26 0 0 84
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000086, oripos=2750129..2752882 strand=1 allelepos=201..2954
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 87 20 54.96 40.00 4.00 3.00 tgaaactgacatggacttca
RIGHT PRIMER 3079 20 55.03 45.00 5.00 0.00 gtcttatcccaccaagacaa
SEQUENCE SIZE: 3154
INCLUDED REGION SIZE: 3154
PRODUCT SIZE: 2993, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2773
0 agttggcaacattgcatgtccactaaattctagtggttatccagagctgtgttatgtgac
60 tggagattctgtatcagatacttttactgaaactgacatggacttcaatcatctcattgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taaccatcctcgaaatgctaatgatttttatcccttcattcctcaattagcacaacctaa
180 ggatgcaccggggtttaaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2940 NNNNNNNNNNNNNGtaatactttagaggcttgtacacgtgacaaccaggttttggggtat
***********************
3000 aatgtaagttgatagtaaattttccgcatttttattgtaatagttgagttttaggctttc
3060 ttgtcttggtgggataagacgagtgccatcacgtccatttttggatcgtgacaaaactag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3120 tcccggtcttagccattcaagtgacactttttcc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 3 0 560 176 2 33 0 0 81
Right 842 0 0 0 35 0 357 330 10 24 0 0 86
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000087, oripos=2754682..2755717 strand=1 allelepos=201..1236
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 55.02 50.00 3.00 0.00 gagagttacaggttggcttg
RIGHT PRIMER 1328 20 55.34 40.00 3.00 2.00 tacccaagaaatggtgtcat
SEQUENCE SIZE: 1436
INCLUDED REGION SIZE: 1436
PRODUCT SIZE: 1159, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1055
0 acgatcgcacttcatagagtttttgtatctgagtttggatcatcttagagttgtggtgag
60 ctgcttggttattctgtggtcacacctttccctatctctatttgttaaactgttttgata
120 ttccgataagatatttgttatgtccatttgcaagtacaaagattcacatggagagttaca
>>>>>>>>>>
180 ggttggcttgtctttgcccaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>>>>**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaaaggatatcccttatgttagatt
*********************************************
1260 tgcctttttagtttcagacttgcatcgtattttagaagctcttgtactcatgacaccatt
<<<<<<<<<<<
1320 tcttgggtagtatttatttttcagttttctgcattcgtacttataagaactcagtgttgg
<<<<<<<<<
1380 agatttgaaaattgttgtcttttcacttcttgttagttaagtttgttaaaatatgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 10 0 611 143 0 28 0 0 63
Right 860 0 0 0 53 0 678 53 0 13 0 0 63
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000088, oripos=2769480..2769688 strand=1 allelepos=201..409
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 34 20 55.10 40.00 4.00 3.00 tatattcaacttcatggccc
RIGHT PRIMER 469 20 55.13 35.00 5.00 3.00 tgctggaaaatcacattgta
SEQUENCE SIZE: 609
INCLUDED REGION SIZE: 609
PRODUCT SIZE: 436, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,228
0 atggactccagaggaagatcaaaaactcattcaatatattcaacttcatggccctggaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttggagaaatctccccaagaatgctggtaaacaatatatattatttttttaatatatagt
120 ataatttttcgacaattttttttaatagctatatatatatatatatatatatatatatat
180 tattcttatatactaatgtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatata
**********************************************************
420 tatatatatatatataattagtttcttatatacaatgtgattttccagcaaagggcttca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 gacgaagcccttttctaccttctatgtctccctcctaagaataatacataattgtcattt
540 taacagagtgatagaagcaaaactttcattaaagaattaattaaaaaaaaacttttaaac
600 cttatatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 428 0 195 184 0 8 4 0 28
Right 860 0 0 0 317 0 364 146 0 4 0 0 29
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000089, oripos=2779641..2779768 strand=1 allelepos=201..328
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 52 20 55.62 35.00 4.00 0.00 gctagaaaaatcatggcaaa
RIGHT PRIMER 513 20 54.99 40.00 4.00 1.00 ttaagggagtcgtttggtaa
SEQUENCE SIZE: 528
INCLUDED REGION SIZE: 528
PRODUCT SIZE: 462, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,147
0 tctcaaagcctctagctaggactacattgtgaatgctacaaaatctaatcatgctagaaa
>>>>>>>>
60 aatcatggcaaataaactatccaagagttagagttatgcaaatatttgttatatagagat
>>>>>>>>>>>>
120 tataagttaacactaaaatctatgttttatatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcgattttgtcgttttggttaatataaaatttt
*************************************
360 atataccgttttgaaatttttgttaatattttataccctttaggctccgaactctaactt
420 attttctatctacttactaaatattctataagttatacaaaagttgatatatgaagaact
480 tgtttcttatccaattaccaaacgactcccttaaatatcaatcttaac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 320 0 482 20 0 11 0 0 22
Right 860 0 0 0 295 0 457 57 0 9 0 0 42
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000090, oripos=2780954..2782941 strand=1 allelepos=201..2188
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 140 20 54.82 50.00 6.00 2.00 agcttagtgtagcacttggg
RIGHT PRIMER 2350 20 54.99 40.00 4.00 2.00 tgtgtgatgctgacaaagat
SEQUENCE SIZE: 2388
INCLUDED REGION SIZE: 2388
PRODUCT SIZE: 2211, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2007
0 tatatatgtatccaaaaaaatgtattagttatgcaagatattaaattgtcaactaaatat
60 catgtcaaaaataatcggtaaggaaacttttgcgcacgggtagagagtctgcctgagtcg
120 tgctgccccaggtaacgcctagcttagtgtagcacttgggttccatcttttgtcacgacc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 caaaaatgggtgtgatgacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaaactagacgaattgctacagaataacaaac
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2220 agaatctaaactatctacatatttgcttctatttcactcattattatttaatcattaact
2280 acctcatcattacttcatttaatcctcacattatatttatatataatggcaatctttgtc
<<<<<<<<<
2340 agcatcacacaaataagcatcctatttttttctttgtcttttccaatt
<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 819 0 0 0 98 0 280 361 0 14 12 0 54
Right 805 0 0 0 163 0 554 48 0 6 18 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000091, oripos=2790632..2792085 strand=1 allelepos=201..1654
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 165 20 54.73 50.00 6.00 0.00 catatataggggagctgtgg
RIGHT PRIMER 1736 20 55.01 40.00 6.00 2.00 taagggttcgcaacattact
SEQUENCE SIZE: 1854
INCLUDED REGION SIZE: 1854
PRODUCT SIZE: 1572, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1473
0 tcatagaaaaagtattagttcttacatcactaacttaagtatctaattatcagttttcac
60 atctcttttcatctcaaaactaagatatatttatatttttagacaatcttttttatataa
120 attaaatttttttacataaattaaaaaattagatatagtaactgacatatataggggagc
>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgtgggaggaaaggggggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatggcaatgtaacattctcatcaata
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1680 cacttattgtcatcgcttattatatttattaattattagtaatgttgcgaacccttacga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 tccattacccacaaacattatcttttatcacaactactatgtactagccactcataatca
1800 gggacggacccacattgattagagtgggttcaatgaaatccacttcttcgaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 391 0 427 24 0 2 0 0 11
Right 860 0 0 0 94 0 476 220 0 25 0 0 45
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000092, oripos=2799551..2800460 strand=1 allelepos=201..1110
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 123 20 54.89 45.00 5.00 1.00 gaagttcaaggcatcaagac
RIGHT PRIMER 1267 20 54.58 35.00 4.00 3.00 ttcgagtgcataagtttcaa
SEQUENCE SIZE: 1310
INCLUDED REGION SIZE: 1310
PRODUCT SIZE: 1145, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,929
0 taaaattcaacatctattattcccctaaatctggaagtcatcatcacaagaacatctacg
60 atcaaatgactaaactaagagtattctaaaagctaaaaatacataagaagctagtccatg
120 ccggaagttcaaggcatcaagacttgaagaagaagatccggtccaagctagaagcattag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctcaccctgaatttccgatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCaatacaattttctttgattcatttcgtaaa
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1140 tggccaagaaaactcatttcttgatttgtcgaatggagtacatagcattttgattagtct
1200 ttaattagttttgattagtgagtaattagttgtaaatgttaaattgctttgaaacttatg
<<<<<<<<<<<<
1260 cactcgaatatggaagaatctttagcctcttgaggatcctaatatatagt
<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 42 0 493 228 7 20 0 0 52
Right 859 0 0 0 86 0 549 124 1 30 0 0 69
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000093, oripos=2809702..2810724 strand=1 allelepos=201..1223
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 62 20 54.58 30.00 6.00 2.00 ttggcttcaaattttagctt
RIGHT PRIMER 1291 20 54.92 40.00 2.00 0.00 cgaaaagtcaagaaatccac
SEQUENCE SIZE: 1423
INCLUDED REGION SIZE: 1423
PRODUCT SIZE: 1230, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1042
0 aataaaagttttgatgatggacactttttaaaaaggcataatacatatattaaatttgaa
60 atttggcttcaaattttagctttgatatttaattttcattatacataaacaagcacttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acttttcattttttaaacaaataaacacatgagtcctacatggcaaaatacacgtaggac
180 actacgtaggacaaaaagtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatattctctaccccctaaattagcctaattagattca
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1260 atttgcttttttgtggatttcttgacttttcgccaagaaggggtttttggtactaattct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gacatgtaggatgacatataggacatgtgtgtcaattttttcaactttatacacgtttaa
1380 gtatctatttgtgcagacccaaaattgaagaaaataaatatga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 304 0 426 57 11 17 1 0 25
Right 755 0 0 0 48 0 475 140 2 8 32 0 50
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000094, oripos=2817532..2817967 strand=1 allelepos=201..636
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 8 20 54.98 35.00 4.00 2.00 aaagggaaaatgcacaagta
RIGHT PRIMER 692 20 54.92 55.00 4.00 0.00 ctctagtaccccctcaacct
SEQUENCE SIZE: 836
INCLUDED REGION SIZE: 836
PRODUCT SIZE: 685, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,455
0 agttcttcaaagggaaaatgcacaagtaccccctcaacctatgcccgaaatctcagagac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acacttatactatactaaggtcctattatccccttaacttattttataagtaattttcta
120 cccctttttagcctacgtggcactagtttaaaaaaaagtcaaccatcattattggaccca
180 caagatagtgccacgtagacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtagtatagtataagtgtgtctctg
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660 agatttcgggcataggttgagggggtactagagcattatcccttcttcaaacgtttaatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 agtaatatgaggcagatagagtaaaagttctcattataggcttgactgaacttaataatt
780 ttgaataaaatttatcttcttaaagtttagaactcgtaaattaaaatttttaaatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 59 0 383 250 0 31 19 0 51
Right 860 0 0 0 193 0 491 126 0 5 0 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000095, oripos=2830203..2830835 strand=1 allelepos=201..833
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1033
INCLUDED REGION SIZE: 1033
TARGETS (start, len)*: 190,652
0 tatttattacttctgaatttttttaaaattatttaggggtatatatgattcttctatcaa
60 agttcaaggtatattttaatttttttcatacataaattattttttgacttcttttattat
120 aattatttgaatttcttattcttattttatttttttctttcattccttagtttaaagaat
180 aaaaaattaaactattttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtgtgtat
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840 tgtaatttaatttcgtattcttattcgtattttatttgtggttttaaatacatatgccat
**
900 gttgattattggaataaatatatgtactaaattttcatgagtatcaaaattaaatttcaa
960 gatcaaacagatatttgaaaataaatttggagctagaaaccccgctcaaacgtttgcata
1020 agatgaacataat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 837 0 0 0 581 0 249 0 0 0 7 0 0
Right 853 0 0 0 297 0 413 113 3 20 0 0 7
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000096, oripos=2842645..2850399 strand=1 allelepos=201..7955
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 8155
INCLUDED REGION SIZE: 8155
TARGETS (start, len)*: 190,7774
0 ttattttttatttatttattttgtttgaaaaataaagagataataatcacttaggatctg
60 aactattattattaactattgtcattttccaaaatattaaaattttatatacacaaaaga
120 tgatatagtaaaaaaatatctttttggtcagaattatattttacctttttgaacattttt
180 atctttctaaccttaatatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtcagagacccaatatttccaccaag
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7980 ggtccgtgacggtccgtcctgccattccgtcacaaagttcagagagtcgttccctgtacc
8040 aaattctcaagagttgaagtgttttgaaacggtggatcacgacggtccgtcgtgcctatg
8100 acggtccgtcctgcgtgtccgtcacagagttcagagagtcgatttcagcacccaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 847 0 0 0 498 0 344 0 0 0 5 0 0
Right 860 0 0 0 0 0 191 592 0 14 0 0 63
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000097, oripos=2910588..2910637 strand=1 allelepos=201..250
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 138 20 54.62 45.00 6.00 0.00 ggtagaatgaatcgatgagg
RIGHT PRIMER 361 20 54.36 30.00 5.00 1.00 ttgcataatctttcaaacca
SEQUENCE SIZE: 450
INCLUDED REGION SIZE: 450
PRODUCT SIZE: 224, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,69
0 aaaattatgtgaaaaattaaagttaaagtgttgcaaaaaaaagtcattcttttttaaaaa
60 actaaaaagtaaatgaagacattcttcttaaaacggaagaaataatattataaaatcaaa
120 gaattcaaaaatagagtaggtagaatgaatcgatgaggtgtaaaaacaaaatagtagaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNGtgtattgttagtttatatgttttttttgtataattaagtaattgacttgc
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300 aacaatacataaattttgacatatttataaagtaggatccaatggtttgaaagattatgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aaaaaaaaaaatcattttaaaatattgtgttttaataacttttagtgttcagttgacaaa
<<
420 atagtgagtaaaagggtctaggtaacaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 344 0 398 11 0 8 16 0 23
Right 851 0 0 0 373 0 433 22 0 11 4 0 8
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000098, oripos=2915924..2915944 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 23 20 54.57 35.00 3.00 2.00 tttgaatctttatcccttcg
RIGHT PRIMER 347 20 54.85 40.00 4.00 0.00 tgggatgacaaagtacaaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 325, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gtaatttaaaagtcttcaatcattttgaatctttatcccttcgataaagttccttgtatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cataacataaaaataaaacaagaaggcaatattaatgaagaatcctcaatgtaaatatat
120 aaatttagtcaatagcatcatttaattttattatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatataagtagagagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattattatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatataagagagagagagataaataccataagttcatgt
300 atttcatttttaacatgtcaattgtccatgttgtactttgtcatcccattttgaacaagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gaaaattctcaattagttcaacgataattaactattatactaaaaataaatatttaataa
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 367 0 452 15 2 7 0 0 12
Right 859 0 0 0 287 0 481 42 3 16 0 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000099, oripos=2948852..2948872 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 156 20 55.44 35.00 3.00 2.00 taaccaaaacggtaaaatcg
RIGHT PRIMER 352 20 55.06 35.00 3.00 2.00 tccatctcgcataagttttt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 197, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 atgaaaagggttcaataaaaaaatacttaatacaatttcttacatgttacccaattgatc
60 tctaaaaaaattaatgtaagtcattattcgagtccggaacctaaaagggtataaaatatt
120 aacaaaaaattcaaaacggtatataaaattttatattaaccaaaacggtaaaatcgctgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aataacaacgatttccttcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatattttatactgtttagg
****************************************
240 ctccgaactcgtcattattctattaaattagtacaacttaatgaaaaattaatttatttt
300 tattatcaaacataactagaaaaagaaaatataaaaaacttatgcgagatggatttatga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 ggagccgagcgagacaggttgaaaatgaagaaagttgttatgcgggcggggcagattaaa
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 345 0 280 124 0 10 20 0 19
Right 835 0 0 0 318 0 214 250 0 1 8 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000100, oripos=2953595..2953781 strand=1 allelepos=201..387
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 155 20 54.97 45.00 4.00 0.00 ataatgtccaagtaccccct
RIGHT PRIMER 488 20 55.04 50.00 7.00 1.00 gctcgaaatctcagagacac
SEQUENCE SIZE: 587
INCLUDED REGION SIZE: 587
PRODUCT SIZE: 334, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,206
0 tatatagagaaaaaataaaattgtatatattaattaaaaacaagtttgtaaagctatata
60 ctaaagttttagagataataatatatttaacgtaattatattccttgttatatattctat
120 gatttaagatgtgtgttttagattaaaaattagggataatgtccaagtaccccctcagcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatgctcaaaatcccagagaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgtgccacgtaggccgaaaaggggcagaaaatta
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420 tttaaaaaataagttcaggggggtaataggaccttagtattgtataagtgtgtctctgag
<<<<<<<<<<<
480 atttcgagcgtaggttgaggaggtacttatgcattatccctaaaaattatattatcatca
<<<<<<<<<
540 aatataaaataacaactgattatataaatttgtcataaaacacaaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 425 0 339 76 0 0 0 0 15
Right 788 0 0 0 309 0 309 109 0 6 21 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000101, oripos=2963777..2966486 strand=1 allelepos=201..2910
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 76 20 55.07 40.00 4.00 0.00 gagtaaaaaggcgtaagcaa
RIGHT PRIMER 2952 20 54.95 50.00 3.00 3.00 gtcatccacctcgttacagt
SEQUENCE SIZE: 3110
INCLUDED REGION SIZE: 3110
PRODUCT SIZE: 2877, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2729
0 atttttaatttgagtttgataaaacaaaagacgttcgatggggttggagttttctaatcc
60 tagactaacgacattcgagtaaaaaggcgtaagcaaataataaagagagagggagagaga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gagagagatttggggaggagacgcgagggggagagagcgtgggggggggttctgcgtttt
180 cttttttttttctttctgggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAggtggatgctcgataatattccaactgtaa
*************************************** <<<<<<<
2940 cgaggtggatgactcgataatattccaactgtaacgaggtggatggctcgataatattcc
<<<<<<<<<<<<<
3000 aactgtaacgaggtggatgactcgataaaattccatatgattcaaaaatagaaacctgaa
3060 atggaaaagcatatatacgaaccacttatggggtggatcgcccaacaaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 769 0 0 0 35 0 363 273 0 9 24 0 65
Right 860 0 0 0 20 0 475 281 0 18 0 0 66
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000102, oripos=3008400..3008740 strand=1 allelepos=201..541
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 84 20 54.91 40.00 5.00 0.00 cactttaagggttttgttgg
RIGHT PRIMER 713 20 54.91 45.00 2.00 0.00 acctcaacacaccatttctc
SEQUENCE SIZE: 741
INCLUDED REGION SIZE: 741
PRODUCT SIZE: 630, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,360
0 caacctttacaaaaatagcgaggttgtgacatgttgtaattgttgtagtaacaaaatttg
60 gtatttgttgattcacatcttggacactttaagggttttgttggtttagtagttttcata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcaagaatatatatatatatatatatatatatatatatatagtagtagtagaaagtaaag
180 taagttatttagttacgttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 Ttaaggtttgttggtttagttagtttctatatacaagaatatatatatatatatatatat
**********
600 atatatatatagatgatgagaaaatgatttagtgttactctaacctagatatgaatatga
660 aagaaaataagtgttatgttgtgtttttgtttgggagaaatggtgtgttgaggtgaaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 acaatatgaatgaaggtgtag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 224 0 501 61 0 18 0 0 51
Right 860 0 0 0 253 0 495 82 0 1 0 0 29
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000103, oripos=3015599..3016908 strand=1 allelepos=201..1510
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 55.00 40.00 4.00 0.00 tcatcatttccatgacacac
RIGHT PRIMER 1703 20 54.82 35.00 3.00 2.00 cattgttgctgatttctcaa
SEQUENCE SIZE: 1710
INCLUDED REGION SIZE: 1710
PRODUCT SIZE: 1606, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1329
0 tactcattacaagtcacattctcttcaaggaatggactaatcatttatatgtacttcata
60 aatttgcattataagtacattgtcatggtttttaaaattcatcatttccatgacacacct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 caacatcactttgaaagatcaagtgtatcatcactttatcttcttgtcttttgatggagg
180 atttataaagttgtcaaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattttatttta
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1560 tttttataaaaaattttatagtgtgacttttttctttttttttgggcaaaatttttatta
1620 atatttgaaaattgatttgataattatatacttccacttcccttggacaacaaaagtttt
1680 ccgtttgagaaatcagcaacaatgaagatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 88 0 633 66 8 17 0 0 37
Right 771 0 0 0 432 0 155 113 0 14 27 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000104, oripos=3027947..3028493 strand=1 allelepos=201..747
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 54.64 45.00 4.00 2.00 tattcttgtgtcggtacgtg
RIGHT PRIMER 935 20 54.97 45.00 4.00 2.00 tcttcggtggaagtaggtta
SEQUENCE SIZE: 947
INCLUDED REGION SIZE: 947
PRODUCT SIZE: 855, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,566
0 ctcaagcctcaataccatactcatttgggaattaggttcattagattgagtatattaaca
60 tctttcaagattcatcacctttattcttgtgtcggtacgtgacactccgctcccctacta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctatgtatcggaacgtgacactccgatcccctagttctacgtgtcggttcgtgacacccg
180 atcccctaattctacgtgtcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacaaggggtttccaagatttgggattcaatagc
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780 ttcatcatgcttatttcatcacaattatataatcacattcatgcgagcatacaattaagc
840 atatagaagactttacaatacaacccaacacatatcattcgctattaagagttaactacg
900 aatagtataaaaaccataacctacttccaccgaagattcgtgatcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 14 0 426 326 0 24 0 0 65
Right 860 0 0 0 49 0 594 144 0 27 0 0 46
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000105, oripos=3095053..3095469 strand=1 allelepos=201..617
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 47 20 55.10 30.00 4.00 2.00 tgcaaaagaaaagtccaaat
RIGHT PRIMER 709 20 55.04 40.00 4.00 1.00 aattaaaaggcccacctaac
SEQUENCE SIZE: 817
INCLUDED REGION SIZE: 817
PRODUCT SIZE: 663, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,436
0 cccaaaaaaaaaaaccccttaaaaggggttaggggggcctttttttttgcaaaagaaaag
>>>>>>>>>>>>>
60 tccaaattttttttttttttccccccctttaaaaaaaatttttttttggggggaaaagaa
>>>>>>>
120 ttttttttaacgtttcaaaaaaaaatttttttgggggaggggggggaacctttttttagg
180 ggcccaaaaaaaaaaaaaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNGggcattaaacttgaaataacaagttgcactttttctgcctgag
**************************
660 ctctccgatcaaacaatcccttcagcatgtgttaggtgggccttttaatttgcaaatgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 aagttccaatattttatttcatttcctcagcattagtagagattttcattatgaggagaa
780 tgaatatattttaacgtatcaaatacaaagttattat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 400 0 0 0 204 0 29 32 6 2 123 0 4
Right 852 0 0 0 101 0 421 254 8 18 0 0 50
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000106, oripos=3220042..3221067 strand=1 allelepos=201..1226
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 115 20 54.45 40.00 4.00 2.00 gattaaaaagccagtaacgc
RIGHT PRIMER 1281 20 55.02 40.00 3.00 0.00 aatgacgaaccacttcaatc
SEQUENCE SIZE: 1426
INCLUDED REGION SIZE: 1426
PRODUCT SIZE: 1167, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1045
0 ctccccttctcaacaaggaaaataacaaaaggaaactaaataaatcacgagatagagaga
60 ggaaggtctagaactgtcagtggtccatatctaatcttttgattcttcaagctaggatta
>>>>>
120 aaaagccagtaacgcctccacgccccccccccccccgcaaaaaaagaaggtgggggtatt
>>>>>>>>>>>>>>>
180 tgggcggaggaagaaaatagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgtgggggtatttgggcggaggaagaaaatagaaa
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1260 cagattgaagtggttcgtcattgtgaggacatacctaaagtgatcgatgagtaaagatga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 atgtgcttgtgatatgttttttttaggaagtccttgatcatctgagaattttcatttgta
1380 tgatatgacgcttcaaggatctatttaggaatatttagtaccagcc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 776 0 0 0 76 0 487 130 0 9 24 0 50
Right 798 0 0 0 25 0 560 107 0 22 19 0 65
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000107, oripos=3249833..3249853 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 45 20 55.74 35.00 2.00 2.00 cgctttgtttatccgtttta
RIGHT PRIMER 417 20 54.64 35.00 6.00 3.00 ggttgcctaagaaatttgaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 373, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ggtatataagttgaaacatcatatataaagttagttacactaagtcgctttgtttatccg
>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttttaattcatttgtcttatttttggtacactatacacttattttcagtttacacccaca
>>>>>
120 taatcataatgtttgtacattcttttatgtatatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatactaactatataatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatcaaccttatataaaagtgtatattagcgtataaacatgtattaa
300 tcaactttgtataaaagtatatacatgctagctacaatggaaatttcttctacgattttc
360 aattgttgtttttgttcaaaaacaagttacaaaatgacttcaaatttcttaggcaacctc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 279 0 535 19 3 3 0 0 16
Right 859 0 0 0 228 0 575 12 4 21 0 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000108, oripos=3254680..3255643 strand=1 allelepos=201..1164
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 69 20 54.96 40.00 4.00 0.00 gcgaatgatatgtattgggt
RIGHT PRIMER 1234 20 55.07 50.00 5.00 0.00 gaacgtgacactctgatcct
SEQUENCE SIZE: 1364
INCLUDED REGION SIZE: 1364
PRODUCT SIZE: 1166, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,983
0 gcttgtttgatcgcaattcttcggtggaggtaggttatggtttatgctattcgtagtaaa
60 ctcttaatagcgaatgatatgtattgggtagtattgtaaactcttctatatgcttaattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tatgcttgcatgaatgtgattatataattgtgataaaataagcatgatgaagctattgaa
180 tcctaaatcttgaaaaacccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcaggatagtatatggattgggtgccacgttccggta
*********************************
1200 ccaagatagtgtatgaggatcagagtgtcacgttccgacaccaggatagaatatggatcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 ggtgtcacgtttcgacaccagtatagcatgatgaggatcagagtgtcacgttccggcacc
1320 aggattagtaaagagaatgaatcttgaaatatattaatatactc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 62 0 618 123 0 12 0 0 40
Right 860 0 0 0 54 0 321 409 0 25 0 0 51
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000109, oripos=3288522..3297096 strand=1 allelepos=201..8775
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 145 20 55.17 40.00 4.00 1.00 gactctttggtggaaattga
RIGHT PRIMER 8946 20 55.43 45.00 5.00 1.00 ccgataaaggttttagggac
SEQUENCE SIZE: 8975
INCLUDED REGION SIZE: 8975
PRODUCT SIZE: 8802, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,8594
0 acggaccgtcatgagcacgacggaccgtcgaggggtctcgtttcaaaacacttagaaatt
60 ctgaaattgggtactgaaaatcgactctctgaacttcgtaacggaatggcaggacggacc
120 gtcacagacgtgacggaccgtcacagactctttggtggaaattgagtctctaaaccttgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gacgacctgtaggacggaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8760 NNNNNNNNNNNNNNAttaattttataggtaaaagtattttttattttaaatatatatata
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8820 tatatatatatatatatatatatctacatcaaaaatgatcattagcggtaattaattctt
8880 aatcgctgaaaatgtatttttaactgcaattaacactctttgtatatgtccctaaaacct
<<<<<<<<<<<<<
8940 ttatcggcattgtttttaatgacacttaactaata
<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 279 494 0 28 0 0 54
Right 855 0 0 0 295 0 477 51 4 7 0 0 21
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000110, oripos=3305264..3306053 strand=1 allelepos=201..990
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 9 20 55.08 45.00 4.00 0.00 gttcgattctccctctttct
RIGHT PRIMER 1047 20 55.17 40.00 4.00 1.00 gactctttggtggaaattga
SEQUENCE SIZE: 1190
INCLUDED REGION SIZE: 1190
PRODUCT SIZE: 1039, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,809
0 tctcttcccgttcgattctccctctttctctttgttctttctattttcttattcaaaccc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tctttcttttaccctaattagtatataattaagaatgaaagatggcaataataacccact
120 aattaacttaaggttacctcttttaacccccaagtaattagacttattaacataaaccca
180 ctaactttataattaaagtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCgacgatccgtcctgcaggttgtcgcaaggt
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1020 ttagagactcaatttccaccaaagagtctgtgacggtccgtcacgcccgtgacggtccgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 cctgccattccgttacgaagttcagagagtcgatttttagtacccaatttcagaatttct
1140 aagtgttttgaaatgagacccctcgacggtccgtcgtgctcatgacggtc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 119 0 582 84 0 8 0 0 62
Right 860 0 0 0 1 0 325 472 0 18 0 0 44
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000111, oripos=3317932..3318396 strand=1 allelepos=201..665
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 865
INCLUDED REGION SIZE: 865
TARGETS (start, len)*: 190,484
0 cgtttttttttggttaagatcgaattcatagacgtttgatgactaaagaatataagaact
60 ttagagagaatgagatgagagatctagagagagaaagagaaaaatcaatatttcgtggta
120 gcatctcgtgagtaaatttccacgacggtgggatatatatatatatatatatatatatat
180 atattaataatacagtagttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNTatatatatatatatatatatatatatatattaataaatcagagtatttttggtta
**************
720 aagagaataaatggagaataaatagtacagcctaaacattaatatatgacagtacatcaa
780 atattaatcagactccacaacctaatatttttattgtctctaatcattatattaaaaata
840 gttatttttatattatttaactttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 141 0 538 107 1 21 10 0 18
Right 860 0 0 0 336 0 523 0 0 1 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000112, oripos=3328744..3329262 strand=1 allelepos=201..719
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 142 20 55.09 40.00 4.00 0.00 acataggtcgatttggtttg
RIGHT PRIMER 790 20 54.82 50.00 5.00 3.00 cctacccctttttagcctac
SEQUENCE SIZE: 919
INCLUDED REGION SIZE: 919
PRODUCT SIZE: 649, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,538
0 tgctaaatgatattttaatattcttgaaataatatttttattattattaatcaattaaga
60 aattaaattaagataagattaatttcttgatcttcttttgaaaaagaaaaacaatgtcct
120 tcgtactgaacactaggagtgtacataggtcgatttggtttgattttttatttagggata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atgcccaagtacccctcaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAc
************************************************************
720 tatcttgtgggcccaacgatgattgacttttttttttcgaactagttccacgtaggctaa
******** <<<<<<<<<
780 aaaggggtaggaaattacatataaaataagttcaggggggtaataggacctcaatatagt
<<<<<<<<<<<
840 ataagtgtgtctctgggatttcgggcataggttgagggggtacttgggtattttcccttt
900 tatttaaaaaaaatctaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 820 0 0 0 407 0 313 38 0 27 14 0 21
Right 724 0 0 0 109 0 300 214 5 13 38 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000113, oripos=3337522..3338552 strand=1 allelepos=201..1231
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 164 20 55.01 35.00 6.00 3.00 ttctggaaatttagggcata
RIGHT PRIMER 1392 20 54.96 40.00 2.00 0.00 actacggacgatgaaaaaga
SEQUENCE SIZE: 1431
INCLUDED REGION SIZE: 1431
PRODUCT SIZE: 1229, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1050
0 agaaaagttgttgggcggtgcagttaatgcccttatgatttaagttgggtcattaatagt
60 gagataacttaaggatatgtgaaaggatataaaaaaaaattaggtgccaaaatagtgaaa
120 tggaaattatggtatgtttatgtttgtaaaagtgactgatgaagttctggaaatttaggg
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 catatatttaaaaaaaaaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatatggtatcagagccccaggttcatagg
****************************************
1260 tctcacgtgtatacaagccgagtctacgtagagtctcatggatcagtacggagacgtctt
1320 tacttatctttgagaggctacaaggattactaggaaaacatctttttgttcaatcttttt
<<<<<<<
1380 catcgtccgtagtcaccttctttagtactgagttgctgtatactcttttga
<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 818 0 0 0 52 0 583 125 1 10 14 0 33
Right 850 0 0 0 3 0 610 144 9 31 0 0 53
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000114, oripos=3339447..3340510 strand=1 allelepos=201..1264
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 54.88 50.00 3.00 2.00 ttctaactacctgccgagag
RIGHT PRIMER 1365 20 55.12 45.00 5.00 2.00 tagtcaatccgaaggacatc
SEQUENCE SIZE: 1464
INCLUDED REGION SIZE: 1464
PRODUCT SIZE: 1295, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1083
0 taggtatgagagatttcgaaagatggacccacctcagtttcagggtgggaagagcgagga
60 cgcatatgagtttctaactacctgccgagagttactagaggtggttgggttagctgagtc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acatggggtttgatatgctacactccagcttcgtggatcagcgagagactggtggaggac
180 ttattcgggatatttgccagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNGggtatcatcagttgaagattagggcatcagatatccctaagacagcttttcggact
*************
1320 cggtatgggcattatgagttcctagtgatgtccttcggattgactaatgcccctgcagca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 ttcatggagttgatgaatggggtgtttcgaccataccttgattcttttgtgattgttttc
1440 attgatgacatcttggtttactcc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 243 511 0 19 0 0 82
Right 858 0 0 0 0 0 325 409 1 28 0 0 95
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000115, oripos=3343934..3345672 strand=1 allelepos=201..1939
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 55.37 35.00 4.00 0.00 catgatattggaaaattggg
RIGHT PRIMER 2066 20 55.02 35.00 4.00 2.00 cgcgaaataaaggaaagtta
SEQUENCE SIZE: 2139
INCLUDED REGION SIZE: 2139
PRODUCT SIZE: 1904, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1758
0 gaaatggtaaaaaaaaaaaacgttacttcacatccattttagggtagtttgcataatttt
60 gattattatattgtggttcaagttttgatatattggtgtgtgtgtatatatatatatata
120 tatatatattagagtaaaggtattttgtgagtaccacttgaatcatgatattggaaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gggattgcaatcctagatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNAgctttcttctgcgcagagtttcaaagtggatattcatggtt
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1980 gtaggttagtaaattttttcttattttattacgtttacgatttcaaagtatgatagttag
2040 aatttcataactttcctttatttcgcggccaaggtttcatatctttcttcttagccgagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2100 ttcaaagtggattttcgtgactgtaaacacaataaaata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 818 0 0 0 210 0 514 30 0 10 14 0 40
Right 844 0 0 0 95 0 510 174 0 18 7 0 40
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000116, oripos=3362263..3366939 strand=1 allelepos=201..4877
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 55.05 40.00 3.00 2.00 tttcccaacaaagtggtatc
RIGHT PRIMER 4908 20 55.06 45.00 5.00 0.00 gagattctgagatgggtcaa
SEQUENCE SIZE: 5077
INCLUDED REGION SIZE: 5077
PRODUCT SIZE: 4836, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4696
0 cgaaaagggaaagtatagacttgggtatttatccgctgttatcgtgtcagacattctttg
60 ttagtgtcttgtctttcccaacaaagtggtatcagagtataggttattgttgattgtcgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttgaatgatggaggcaaatatgagcaaaatggtgtgtttaaatggtagtaactatcata
180 tttggaaaggcaagatgaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNCttaccaggtatattgacccatctcagaatctcaccttttaata
************************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4920 aatcaaaacgataattaatacatacagatcagaatagttatatcatgattaaaaatataa
4980 gtacatttaattatttagataatatatttttattagttagtctgaaataactatctctac
5040 tcggtcccgttcaatacatacaaaatgtactagcaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 564 186 0 10 0 0 95
Right 860 0 0 0 351 0 411 77 0 1 0 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000117, oripos=3375150..3375931 strand=1 allelepos=201..982
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 162 20 55.09 35.00 6.00 0.00 tggtaagaaatttagggcaa
RIGHT PRIMER 1081 20 55.13 45.00 3.00 3.00 ccccttcaatctatgtctga
SEQUENCE SIZE: 1182
INCLUDED REGION SIZE: 1182
PRODUCT SIZE: 920, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,801
0 aaattctccctctaaacataactctcaaggcccttaagactacattgtgaatgttgatta
60 agttagaaggaacatgcctctatttatagagtcctaaaccttttcctacgagaaaaagga
120 ttagtcaatccaaaaccttttcctaaaaggaaaacctatttatggtaagaaatttagggc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaataaaacccaacaaatctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaagggtaaaaaattattaataaaataagttcagggg
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1020 ggtaataagactttagtatagtataagtgtgtctctgagatttcagacatagattgaagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 ggtacttgggcattagccctaaaaaaatactactttaatacttcattttcacccttatcc
<<
1140 gctgtcacgctccgagcctacaccttgggcgggaccggcact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 8 0 688 52 15 28 0 0 45
Right 756 0 0 0 92 0 322 282 2 4 31 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000118, oripos=3376736..3377040 strand=1 allelepos=201..505
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 35 20 55.13 45.00 8.00 1.00 gacttaagcttgaggggatt
RIGHT PRIMER 703 20 55.11 45.00 5.00 2.00 aaactctcacagaggcgata
SEQUENCE SIZE: 705
INCLUDED REGION SIZE: 705
PRODUCT SIZE: 669, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,324
0 aatatacgagtatgcgagttggagatctaaacaacgacttaagcttgaggggattagatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aacttacctaggctctgctcgactctagagtatacttaactcatatgatatacgtataaa
120 gtagtttaaggcacatgcaagatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
180 tgtgtatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatacgtataagtaagtttaaggtacgacatgtcga
**********************************
540 gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatat
600 ataaagctcatatacagtgaaaacaacttagttcgttaaagaaaatgcaataacaaactc
660 aactttacttatataagaaagtaatatcgcctctgtgagagtttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 8 0 524 219 3 32 0 0 66
Right 843 0 0 0 142 0 531 110 8 12 0 0 40
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000119, oripos=3380781..3380956 strand=1 allelepos=201..376
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 99 21 55.01 42.86 5.00 3.00 tgagggttaaaggagataacc
RIGHT PRIMER 421 20 54.94 45.00 4.00 2.00 cgattccctaattctacgtg
SEQUENCE SIZE: 576
INCLUDED REGION SIZE: 576
PRODUCT SIZE: 323, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,195
0 caggctgagtcagatttttttaaatgttttaaggtacgttttggactattcctgctataa
60 ttataaatttagtgggttaatgttattaatttaactacttgagggttaaaggagataacc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgaattaattaatgggttaattcatcatcttttatacttaattatatgtaaattaggat
180 aaaagaaagagggttgaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNAttagtaaagcgggtgtcacgaaccgacacgtagaattagggaat
************************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 cgggtgtcacgaatcgacacgtataattaaaagatcaggtgtcacgaaccgacacgtaga
<<
480 attaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggggatcgggtgtcacgaacc
540 gacacgtataattaggggatcgggtgtcacaaacca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 302 0 480 16 0 6 9 0 13
Right 860 0 0 0 0 0 205 585 0 18 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000120, oripos=3387618..3388820 strand=1 allelepos=201..1403
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 28 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ttaagggacgttttggacta
RIGHT PRIMER 1553 20 54.94 45.00 4.00 2.00 cgatcccttaattctacgtg
SEQUENCE SIZE: 1603
INCLUDED REGION SIZE: 1603
PRODUCT SIZE: 1526, PAIR ANY COMPL: 8.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1222
0 caggcttagttggatttttaaaaatgttttaagggacgttttggactattcctgctgtaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttataaatttagtgggttaatgttaataatttaactacttgagggttaaaggagataacc
120 ttgaattaattaatgggttaattcatcatcttttatacttaattatatgttaactagggt
180 aaaagaaagagggttggaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttagtggagcgggtgtcacgaaccgacacgtagaatt
********************************
1440 aggggattgggtgtcacgaaccgatacatagaattaggggatcgggtgtcacgaaccgac
1500 acgtagaattaggggatcgggtgtcacaaaccgacacgtagaattaagggatcgggtgtc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 acgaaccaacacgtagaattaggggatcggaatgtcatgtttc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 230 0 535 42 3 17 0 0 28
Right 860 0 0 0 0 0 173 598 0 13 0 0 76
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000121, oripos=3420900..3420920 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 2 20 54.81 45.00 2.00 0.00 taggggtgtaaagaagtgga
RIGHT PRIMER 389 20 55.17 50.00 4.00 0.00 acgtgcttagtagtggtgct
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 388, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tataggggtgtaaagaagtggaggtatatgtacatgtgtggatatgtggtatataaatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aatatataataattaacaatataaatataagaaaaattaaatagctaatttcaaaaaaaa
120 taaaataaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatttattg
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240 ttttcacaactttaaaataaacttaataaaataagttaaaagtcaaaatattaaatttag
300 atttataaaaatattcaagctctaaaaatgatgtaagattttaggtttggtcaaaaatta
360 cgtgtctacaagcaccactactaagcacgtgtattaacaaaatgctaagaaaaaaaaact
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 652 0 181 9 0 0 0 0 13
Right 844 0 0 0 375 0 396 26 0 20 8 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000122, oripos=3427650..3428471 strand=1 allelepos=201..1022
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 100 20 55.00 45.00 2.00 0.00 accctttctcaacacaacac
RIGHT PRIMER 1177 20 54.74 45.00 4.00 2.00 cgaccctcttagtcgtttta
SEQUENCE SIZE: 1222
INCLUDED REGION SIZE: 1222
PRODUCT SIZE: 1078, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,841
0 gttcacacatataatgaggagatgaccattttcataacatcgcacagttcacaaccacac
60 aaacatgaagttacatcaacaatgattcaacaagctttcaaccctttctcaacacaacac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acataaacaattaatcacattgccttttgttattcccattcttttcatcattagaattaa
180 tcaatgtggacaagtcaaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NTttttctttttccaattattattagcaacaaaataatcctttattaaatcagagaatca
***********
1080 tatcagtcactcttataagtcataaattatttatcaaaactattaaaaagattaatataa
1140 aataatagttggaatttctaaaacgactaagagggtcgttacattaaactttaaagttta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 tataaaatttaaagtttgaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 29 0 537 176 0 17 0 0 96
Right 860 0 0 0 455 0 380 11 0 4 0 0 10
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000123, oripos=3441958..3442179 strand=1 allelepos=201..422
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 622
INCLUDED REGION SIZE: 622
TARGETS (start, len)*: 190,241
0 aagcagcgattttatatataaaaaaacttataatatttttaaaaaattaaatatataact
60 tataagaaaatcacattattttaaaaaaattaaaaataagtaaagtaataaatatatttt
120 aaatttaaataatatttgaattcaaataaaattttaaattcaaataattaaattttttaa
180 ataaaaattaatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NAaagataagcacatgatggattgatagattcacatgtgaatagtaaagattttgttttt
***********
480 gttgtaaatagttgaatagagagttcacatgtaaatagtattaatatgtttacaatgtta
540 taaattggtgaattatccttcatattaatattgcattctactttcaatcttccaacaatc
600 ttaggtaaataaagtcatttga
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 825 0 30 0 0 0 0 0 0
Right 860 0 0 0 213 0 626 3 1 3 0 0 14
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000124, oripos=3444773..3446554 strand=1 allelepos=201..1982
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 125 20 54.80 45.00 7.00 3.00 cacacgtgaatcaatcactc
RIGHT PRIMER 2122 20 55.38 35.00 3.00 2.00 aatgaaatcgctgcttctta
SEQUENCE SIZE: 2182
INCLUDED REGION SIZE: 2182
PRODUCT SIZE: 1998, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1801
0 gaaagtataatgcaatatgaatagaagaataattcaccaatttatagcattgtaaacata
60 ttaatactatttacatgtgaactctctattcaactatttacaataaaaacaaaatcttta
120 ctattcacacgtgaatcaatcactctatcatgtgattatctttaaatttatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatctattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NTgttaaatcgctggtgtagcagcgatttaaaaaaaattataaattgctgccaaggcagc
***********
2040 gatgtatcttttttttaaaaaaaaacaagaattgaaaaaaaaattaaaatcgctgccgat
2100 ttttaagaagcagcgatttcatttttttattaaaaaaaataacttttgcaaaatcgctgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2160 agaggcagcgattttgcttttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 333 0 502 7 3 3 0 0 4
Right 772 0 0 0 338 0 61 300 5 18 31 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000125, oripos=3468961..3471116 strand=1 allelepos=201..2356
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 87 20 54.24 45.00 2.00 2.00 caccaacctacccctaaata
RIGHT PRIMER 2499 20 54.81 40.00 4.00 0.00 gtataattcgctggcctaaa
SEQUENCE SIZE: 2556
INCLUDED REGION SIZE: 2556
PRODUCT SIZE: 2413, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2175
0 caaaaaaaaatcaatttttgcaaaaataaaataaaaatttaccccctccccgggcaccac
60 caccccctgctctccacccctgccttccaccaacctacccctaaatattttatttttcaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaacaaaaagaaaaatctatttttgtaaaaaaaaaaattcctcctccccctctacccccc
180 cccacctttccaccaacctaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNGagaaaaacatatatcttcttgctatacacttataattatgcaat
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2400 atacatacattttaattcgattcaactgtatgcaaagctaattatacaattgcagcgaaa
2460 taggcgagcgaattatacaatttaggccagcgaattatacaatttaggcctgcgaattat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2520 acacttgtatatgtatagcgaattatacagttttta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 779 0 0 0 385 0 68 293 0 4 22 0 7
Right 860 0 0 0 87 0 514 177 0 43 0 0 39
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000126, oripos=3477098..3482335 strand=1 allelepos=201..5438
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 45 20 54.99 45.00 4.00 2.00 tacctctgccgttacagaat
RIGHT PRIMER 5538 20 55.85 35.00 4.00 2.00 gaaggaaaccaaacgatttt
SEQUENCE SIZE: 5638
INCLUDED REGION SIZE: 5638
PRODUCT SIZE: 5494, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,5257
0 aagtggctcatatatacccttaccgttatacaaacggctcacatatacctctgccgttac
>>>>>>>>>>>>>>>
60 agaatggctcacatatgcccttcatttaacggaattttaaacaattagttttaaatttat
>>>>>
120 atttattacttataattttttaaaaaaaattatttagaggtatatatgattcttctataa
180 aagttcaaggtatattttaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatattttat
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5460 atatatgtgtgtgtgtgtgttattattgaaatgagatttcataaattattttttttttta
<
5520 aaatcgtttggtttccttctatacatttgtgcatatatgtgaagttttaaagatttgaac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5580 tttttaatataaaaatataatgatttgaaaattttaattcttcgttttaatttctaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 327 0 311 161 0 11 0 0 45
Right 851 0 0 0 451 0 369 10 0 11 3 0 7
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000127, oripos=3508296..3511442 strand=1 allelepos=201..3347
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 110 20 55.22 35.00 4.00 2.00 ttgcatgtttggttgactta
RIGHT PRIMER 3460 20 55.07 45.00 5.00 3.00 cccaactgtcgataatgact
SEQUENCE SIZE: 3547
INCLUDED REGION SIZE: 3547
PRODUCT SIZE: 3351, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3166
0 gtcgaaatttaaggtttaccataaacttggaagtgagaactttctatgtattcacttagg
60 atgcgtttggcatggagtaaaacattttttcagaaaatatttttcaaattttgcatgttt
>>>>>>>>>>
120 ggttgacttaaatgtttggtaaatatttcctcaatcaactcatttttctcaaatttgtgg
>>>>>>>>>>
180 aaaatgacttctcttgaaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatccactaatgtt
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3360 gcaggtgtgttcattgttcaaagctgattaatctattagtctcctaaagtatctcggtcc
3420 aattcagagaatatcaccctaagtcattatcgacagttgggtgtcgaacaaatttgtcca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3480 tttatcaaaaacctcaggttagtctctcgagctcaagctattagatgtaggttgatatcc
3540 ccaaatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 128 0 499 120 6 15 7 0 51
Right 847 0 0 0 3 0 559 164 13 28 0 0 80
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000128, oripos=3526093..3527019 strand=1 allelepos=201..1127
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 54.14 50.00 4.00 0.00 gaaggtaaagtgctagtggg
RIGHT PRIMER 1233 20 55.26 40.00 4.00 0.00 gtttgcatgtaggggtaaaa
SEQUENCE SIZE: 1327
INCLUDED REGION SIZE: 1327
PRODUCT SIZE: 1184, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,946
0 tatttatgttatattcactgatttaatttaatgagtcataatgatatgatgaaggtaaag
>>>>>>>>>>
60 tgctagtggggaggagggtttccaccctagtttttttctcttcatgtcttttctttaatt
>>>>>>>>>>
120 ttcttagctgtcattttgaattattaacaataagattttgacataaaaataacatttctt
180 ttgttttaattcaattatctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaaagaaaaaatt
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1140 caaatttaaaaaatttaaaattttattatttttcaagttttaaatttttttgatttttta
1200 gatttcaaatattcttttacccctacatgcaaaccaaccccagcctccccccccccctct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 cccaacccccaaagagaaaaagttaaaaagtcatttttcttttaatacttcaaattttaa
1320 aattatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 293 0 360 108 0 0 18 0 14
Right 813 0 0 0 517 0 105 153 0 2 17 0 19
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000129, oripos=3563013..3564647 strand=1 allelepos=201..1835
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 18 20 55.02 35.00 5.00 3.00 caccgtcaaaattggattat
RIGHT PRIMER 1984 21 54.44 23.81 6.00 3.00 ttttccgaatacgaaattaaa
SEQUENCE SIZE: 2035
INCLUDED REGION SIZE: 2035
PRODUCT SIZE: 1967, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1654
0 catccccatttaggtcaccaccgtcaaaattggattataaaaatatttcaaatattgaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atttcatttttgcaccgaccccttcccccaaaccccccgctaccgttcgtcaaaaaaaat
120 tgaaaagaaaattctttttgaaaaccatatcaattttttttaaaaaaaaattatgccact
180 actacccctcccccccccccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatacataaattattttttgacttct
********************************************
1860 tttattataattttttgagtttcttattcttattttatttttttctatcatttcttagtt
1920 taaaaagaaaaaaaaattaaactatttttttgtgtgtattgtaatttaatttcgtattcg
<<<<<<<<<<<<<<<<
1980 gaaaaaaatttggtcatttacaataagttttacaagaatattagtgaacataaat
<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 726 0 0 0 347 0 103 209 2 9 39 0 17
Right 758 0 0 0 517 0 205 0 0 3 31 0 2
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000130, oripos=3568809..3569033 strand=1 allelepos=201..425
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 146 20 54.95 45.00 7.00 3.00 gaccgacggtatacaatgtt
RIGHT PRIMER 464 20 55.03 40.00 4.00 2.00 gcggaatttgagataatacg
SEQUENCE SIZE: 625
INCLUDED REGION SIZE: 625
PRODUCT SIZE: 319, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,244
0 agtttattactcttgttgaatgccttgaattgaacccgctacaaacagaaaggacggggg
60 tctcgctgctcggtcagcgagtcggggggtccagtggggcgacgcgccccctggcctggg
120 ggtccgggggggcggagacgcccccggaccgacggtatacaatgttgttgtattgggccc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttaattttctgttgattctgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNTttttcgcgtttatattttctcgtattatctcaaattccgcacaacaactcttatg
************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 tccttccttttaattttcttagttgttatttggttttcaaatttgaattattctaataag
540 attttaatataaaaataatttttcatttgttttaatttgatatgttacattgctttttat
600 cctattttaaaatatatatttattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 801 0 0 0 239 0 112 388 0 20 15 0 27
Right 860 0 0 0 435 0 340 58 0 3 0 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000131, oripos=3572225..3572709 strand=1 allelepos=201..685
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 111 20 55.11 45.00 4.00 0.00 acaaacggctcacatatacc
RIGHT PRIMER 879 22 54.39 31.82 5.00 0.00 ttaatttagtcctcgtcaaaca
SEQUENCE SIZE: 885
INCLUDED REGION SIZE: 885
PRODUCT SIZE: 769, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,504
0 taccaaccaaataaaaaaaaggaaaaaggtttgatatacccctcaactttctcatttaga
60 gctgatatacccctcgttataaaagtggctcatatatgcccttaccgttagacaaacggc
>>>>>>>>>
120 tcacatatacccctaccgttacaaaatgactcacatatacccttcatttatcggaagtta
>>>>>>>>>>>
180 aaaaattagttttaaatttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaaactttaaactattttttttgtgtatattgta
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720 atttaatttcttattcgaagaaaaaatttggtcatctacaataagttttacaagaatatt
780 agtgaaacataaataaatttgattatcaaaataataattataaattagtcattgaaacaa
840 aaaaaggtcaaaaaaatatgtttgacgaggactaaattaactcat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 778 0 0 0 12 0 483 135 2 23 24 0 99
Right 713 0 0 0 430 0 240 0 0 1 40 0 2
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000132, oripos=3577376..3578655 strand=1 allelepos=201..1480
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 69 20 55.02 45.00 5.00 3.00 aagacaagcaatagcagctc
RIGHT PRIMER 1609 20 54.97 45.00 4.00 3.00 taacctctcccttgaacgta
SEQUENCE SIZE: 1680
INCLUDED REGION SIZE: 1680
PRODUCT SIZE: 1541, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1299
0 accaaaatgaacagacaagatggtgtatcaatatttcaattgcatttattgtaaaagaag
60 atcatattcaagacaagcaatagcagctcatgcaaagtgtcactttaaagatcgttgggt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taaaggaaccccccaaagaaaactttttgtttcattttttgactttcaacatgattccac
180 tcttatctcatcaattcccaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGctgattctgcaaatgttgaa
*************************************************
1500 tgatttcctccattttagctttttttttagtagaggccaacgacaagtccctaggcatta
1560 tttgaggcttcgtgctgcgaacactctatgtacgttcaagggagaggttattttgattct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 tcatgattttctagaaacaggtttattttacttgctttatatatttaattccgtcaccac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 742 0 0 0 76 0 448 118 8 17 33 0 42
Right 803 0 0 0 83 0 396 223 0 28 18 0 55
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000133, oripos=3579978..3579998 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 145 20 55.13 40.00 4.00 1.00 ttattttgacctcatccgac
RIGHT PRIMER 264 20 54.91 40.00 2.00 2.00 atgggtttagggtatggaat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 120, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttaaaattttaaattttcttattttttaaatgtcaaacattcttttacccctatgagcga
60 accaaacgcagcctctccccctcccccaacccccaaacaaaaaaagttaaaaaatatttt
120 cttttaatatatacaaattttaaaattattttgacctcatccgactactacctccacaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatttttaaatttcattttt
****************************************
240 gtctcattccataccctaaacccatttataatctactttatccttcaattataatctttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 caaaattttaattcttttcaaaattttaattactattcatttatactaaagaaaaatttc
360 aaatttaaaaaaattgaaattttttaaatttttcttattttttaaatctcaaaaaaaaaa
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 822 0 0 0 358 0 166 245 0 0 10 0 43
Right 860 0 0 0 616 0 197 25 0 0 0 0 22
Pair Stats:
considered 7, high end compl 5, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000134, oripos=3589751..3591098 strand=1 allelepos=201..1548
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 166 20 55.11 45.00 6.00 1.00 cttactaggaaaaaccccgt
RIGHT PRIMER 1599 20 55.47 35.00 4.00 1.00 tttatcgcaaaaatcctgac
SEQUENCE SIZE: 1748
INCLUDED REGION SIZE: 1748
PRODUCT SIZE: 1434, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1367
0 ccatattaagtatcataatatatagatacatttttatccaaaacggttcatgaatctagt
60 gaatatggatggttgttcatgtaccaaccttatggactatccactcattcaatgaattta
120 taacactcccccttggatgtccatagataatgtgcctcgttaaaaccttactaggaaaaa
>>>>>>>>>>>>>>
180 ccccgtgggaaaaaattctaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcatccaccaaag
*********************************************************
1560 gaaaaaacatctccactaatgtcaggatttttgcgataaacctttatgccccaaggcaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 aaccgtatttgatatcttacggttatactattgcataataatttatttgtatcccactga
1680 cattataccttgatttatggactatcagtccaaaatgtcacttttctaagtgaaacaaaa
1740 tatactta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 111 0 466 174 2 33 0 0 67
Right 838 0 0 0 79 0 545 147 5 15 5 0 42
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000135, oripos=3593212..3593232 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 4 20 54.91 40.00 6.00 1.00 ggcatatatccaacccataa
RIGHT PRIMER 370 20 55.14 40.00 4.00 0.00 atgatatgaataagggcgtg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 367, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttgtggcatatatccaacccataatgattttatcacatctggacccatcctcttatagaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tggtcgagcattcacgatattcatcacaagtcacattatcttcaaggaatagactaatta
120 tttatatgtacttcataaatttgccttataagcacattgtcatggcttaaaattcatcat
180 atttccatgacacacctcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaatctaatgacctttcata
****************************************
240 cgattttgataataaaaaaatgtcttcacattttgaaggactatttgaagaactcatagt
300 gttcttccttttatcattacaacaatgatgactattataattttgtccctccacgccctt
<<<<<<<<<
360 attcatatcattaattatttgtcatctttcagactaatcattcactgctactacattaat
<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 843 0 0 0 101 0 522 136 9 27 0 0 48
Right 833 0 0 0 156 0 574 75 5 3 7 0 13
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000136, oripos=3691080..3691711 strand=1 allelepos=201..832
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.86 40.00 4.00 0.00 tccaaattacccacataacc
RIGHT PRIMER 984 20 54.71 35.00 7.00 3.00 tgatgtgtttgccaaataag
SEQUENCE SIZE: 1032
INCLUDED REGION SIZE: 1032
PRODUCT SIZE: 815, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,651
0 cttatttagttgtttgacagtacttaaaataacttattttaagttttaaaaaaacttatt
60 ttaagccaaaagttaaaagctggggtaggggtgcttttttttccagcttataagctgttt
120 taagttgatcacaagttttacctttttgcgtttaatatttttatacaatctccaaattac
>>>>>>>>>>
180 ccacataaccctaacatctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>>>>**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgagaaaga
************************************************************
840 aatatgtgaatgataccaaaatataattatttatgcctgtaaaatataaattaattaact
*
900 tttattatgttaacaacttttaagggtatttcagacattttgatttaaaaagctgtttat
960 cagcacttatttggcaaacacatcaacaatttttttttaacttcagcacttttatccaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 cgcataactgct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 784 0 0 0 228 0 417 79 5 5 21 0 29
Right 823 0 0 0 298 0 393 69 2 11 14 0 36
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000137, oripos=3700480..3701058 strand=1 allelepos=201..779
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 979
INCLUDED REGION SIZE: 979
TARGETS (start, len)*: 190,598
0 tgtttcattcgctactaataaatgtagggaaaagggtctgatatacctctcaactttgtc
60 atttagagctgatataccctcgttataaaagtggctcatatatgcccttaccgttataca
120 aacggctcacatataccctttatttaacggaaattagaaaattagttttaaatttatatt
180 tgttacttctaaatttttctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTa
************************************************************
780 tataataagttttacaagaatattagtgaaacataaataaatttgattatcaaaataata
********
840 attataaattagtcattaaaacaaaaaaaaagtcaaaaaaatatgtttgacaaggattaa
900 atttacttatatgggattatattttttagaaaaaaaaataaaaatttagattaaaattat
960 tatttttttcatttccgtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 124 0 570 90 0 17 0 0 54
Right 819 0 0 0 654 0 149 0 0 0 16 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000138, oripos=3710617..3715790 strand=1 allelepos=201..5374
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 45 20 55.03 45.00 6.00 0.00 tgagaaacctcaagaggaga
RIGHT PRIMER 5465 20 55.04 50.00 3.00 0.00 cgttagttgagacttgggag
SEQUENCE SIZE: 5574
INCLUDED REGION SIZE: 5574
PRODUCT SIZE: 5421, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,5193
0 gattccggcgccggcgacgatgtgttttccggtggaaaacccttgtgagaaacctcaaga
>>>>>>>>>>>>>>>
60 ggagaaaattgcagagaggtggagaagatacgataagcaagacccatcaatagtaaacat
>>>>>
120 atagaaaattttacaaaaattactgaaaatttcttcttgttaacaactttgttggtaacc
180 atgcttttgggtctctctatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtctaagatttgaaaataaaatatagt
*******************************************
5400 aatgtaaaaataggaaaaaaaatttaattagaatcgagtgttcatcctcccaagtctcaa
<<<<<<<<<<<<<<
5460 ctaacgtaaacagaaaaggacaaaagaaacataaagcgaagacaaggatataaaatgggg
<<<<<<
5520 acttcacctttacactttgttccaacatttgtgtgtttgtttcataatgtacgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 155 0 329 286 3 15 0 0 67
Right 860 0 0 0 167 0 462 126 0 21 0 0 84
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000139, oripos=3734186..3734869 strand=1 allelepos=201..884
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 139 20 55.06 45.00 7.00 0.00 atgcctgacaggataacaac
RIGHT PRIMER 913 20 55.10 45.00 5.00 0.00 actgacagagttggatttgg
SEQUENCE SIZE: 1084
INCLUDED REGION SIZE: 1084
PRODUCT SIZE: 775, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,703
0 aatttcatactcttcaccaagtttagcttcagtcaggccgacaggtgaatttgcttgctc
60 catgccaatgagattttcctcgagtgggaggaattcaaaatagccattattgttgggaaa
120 gacaaggcactaacaaagaatgcctgacaggataacaacggaagaatacccaagtctata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctttccctttttgatttgaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGctgtaggccaccaaat
***************************************************** <<<<<<
900 ccaactctgtcagttcctaatcaaagattgagatgaagacaatatgctgtccaaaaaatc
<<<<<<<<<<<<<<
960 agctcaatcggacaagaaacgaagcgggaatcgcaatttgaagttggctatgaaggctga
1020 atttggactgcgaaaatctctcttttctccacgttttggctgctgaaaaactctcttgtg
1080 ttta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 319 435 0 14 0 0 87
Right 802 0 0 0 0 0 295 393 0 15 17 0 82
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000140, oripos=3738304..3742038 strand=1 allelepos=201..3935
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 157 20 55.09 40.00 2.00 0.00 atactctgttcccccatttt
RIGHT PRIMER 4008 20 55.08 40.00 2.00 1.00 gattgaggattttgaggtga
SEQUENCE SIZE: 4135
INCLUDED REGION SIZE: 4135
PRODUCT SIZE: 3852, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3754
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActttcagaattttctcaagtgtctc
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3960 ttcttgaatcctcccgacatcttttgtcatcacctcaaaatcctcaatcacttcttctgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4020 atcaaatttcttctcaatattttccatcatcatcttcacaatcaagaacaaaagacttga
4080 actttaaggaacaacaatcaagtaaaagcagtttattgtgtgtgactaatcaaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 382 365 0 26 0 0 82
Right 860 0 0 0 12 0 608 145 0 10 0 0 85
Pair Stats:
considered 4, high end compl 1, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000141, oripos=3751380..3752220 strand=1 allelepos=201..1041
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 100 20 55.08 45.00 2.00 0.00 atcaccttcccactaatcct
RIGHT PRIMER 1095 20 55.02 45.00 5.00 2.00 agctgttgggacaacttcta
SEQUENCE SIZE: 1241
INCLUDED REGION SIZE: 1241
PRODUCT SIZE: 996, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,860
0 taaataggcccaaacttttaaattttacactttgcacctaattctttaccttaaaataat
60 tttatcataatagaccaaaaagacgctctttctcaactacatcaccttcccactaatcct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cttcaaatgcacgtatatttgtcaatcctgcttttttcttcctcttcctcttcttcttct
180 tcttcttgttcttcatcttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGatgtccaataattgtctttagttgtacggtgatagtaga
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1080 agttgtcccaacagctagtgcagttgttcgataattgtgttctattgttggtcaattgaa
<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 gagttctaataaaatctaaaactattatcttttgtactattgttgatagttatgaaacaa
1200 cgaaataagtataaaaataagtattaatattctttagcaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 129 0 467 82 7 25 17 0 66
Right 860 0 0 0 221 0 529 60 0 19 0 0 31
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000142, oripos=3767654..3770773 strand=1 allelepos=201..3320
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 20 54.99 35.00 4.00 0.00 tgtgaattggtgaactgaaa
RIGHT PRIMER 3437 20 55.24 45.00 4.00 0.00 tctccagaaacctcaaacac
SEQUENCE SIZE: 3520
INCLUDED REGION SIZE: 3520
PRODUCT SIZE: 3321, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3139
0 gccaggaagaacgtacacaccatgctcacaggggccctgaaaaatcaccctcttggtagt
60 attgtctaggatctgaaaatcattagaggtgaacaagagtgagcaattattgtcttttgt
>>>
120 gaattggtgaactgaaaggagattggttttaatagaagggacgtgggtaaggttacctag
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtgaaagatagcggtggggcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgaatgttctgacttgaagagtaaaaattctgcgtaggaat
*****************************
3360 attaaggctaaatgatttgaaagatataaaatcttcatctttatctagaaacaatgttgt
<<
3420 gtttgaggtttctggagattgaaaaatttctagtttactactttgtcttaatgtgaaact
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3480 gattccaagaatataaaaacttcatcaaaattcaaggttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 1 0 505 265 0 12 0 0 72
Right 860 0 0 0 134 0 630 40 0 16 0 0 40
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000143, oripos=3775483..3786932 strand=1 allelepos=201..11650
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 11850
INCLUDED REGION SIZE: 11850
TARGETS (start, len)*: 190,11469
0 atgacttagcaaggccattttgagtatgaacatgagctacatgatgttcaactttcatcc
60 ctattgataagcaataatcattaaaagcttaggatgtgaattctccagctttatcaaggc
120 gaattgtcttaatgggataatgtaaaaattgcgctcttaatcgtattatattgtacaaat
180 aattttgcaaatgacacgttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11700 tttgcttctacttttattttttctatttctcttgatttgtctatttcttcattttctttt
11760 gttattcttatcatggctgttaaactatcttctaatcttgctgtttctttttctaacatt
11820 aaatataggttatttcctattttcttatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 75 0 526 144 2 52 0 0 56
Right 821 0 0 0 200 0 602 0 0 0 14 0 5
Pair Stats:
considered 280, unacceptable product size 280, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000144, oripos=3794088..3803620 strand=1 allelepos=201..9733
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 18 20 55.14 35.00 2.00 0.00 aaggaacaaataagcgtcaa
RIGHT PRIMER 9795 20 55.21 50.00 6.00 1.00 actgcactagttgttgggac
SEQUENCE SIZE: 9933
INCLUDED REGION SIZE: 9933
PRODUCT SIZE: 9778, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,9552
0 aaaaaggattcaaacaaaaaggaacaaataagcgtcaatactaaattctaaacaataaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtcaactttcacattaatatgaatcaaggaaatccatttagaacacatgtgtagcaaatt
120 caagtcatcagttctcatctacaaacaacagtgttacaacaacagactagcgaggcatat
180 catgaatagtagaaaacaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9720 NNNNNNNNNNNNGatgtccaataattttctttagttgtacggtgataatagaagttgtcc
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9780 caacaactagtgcagttgttcaacaattgtgttctattgttggtcaattgaagagttcta
<<<<<<<<<<<<<<<<
9840 ataaaatctaaaactattatcttttttactgttgttgatagttatgaaacaacgaaataa
9900 gtgtaaaaataagtattaatattctttagcaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 51 0 656 64 6 24 0 0 52
Right 815 0 0 0 204 0 533 28 9 11 11 0 19
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000145, oripos=3810691..3820633 strand=1 allelepos=201..10143
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 10343
INCLUDED REGION SIZE: 10343
TARGETS (start, len)*: 190,9962
0 aagcaatttcggctcgactctggtgcaaatcgttgcagtcggtcgctccccaaggttcca
60 cagttactctcaaacacgtgcactcgtggctgagagtttggaggttgctcaaaacctatt
120 gcccaaaaaatattctaaggataagaagagaggagggaaaatgtttttctattacctttt
180 gttggatgtcttataattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10140 NNAaaagtgtttcataaattttattgacaattgcactagacattgttatgtttctttgct
************
10200 taataataaggataaagcaaaagaaacatataagcaatataaatttgaagttcaaaatta
10260 gttagataaaatattttcatgattagaagtggtagatgttgagaatataaatcttctttt
10320 gcataaatatatttgcaaaatgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 19 0 247 453 0 24 16 0 43
Right 860 0 0 0 294 0 560 1 0 4 0 0 1
Pair Stats:
considered 43, unacceptable product size 43, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000146, oripos=3822821..3824598 strand=1 allelepos=201..1978
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 91 20 54.90 40.00 6.00 2.00 taccacatgcatcctgaata
RIGHT PRIMER 2073 20 54.97 35.00 7.00 2.00 cattggaaactcaaatggat
SEQUENCE SIZE: 2178
INCLUDED REGION SIZE: 2178
PRODUCT SIZE: 1983, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1797
0 aactctgacgttgtttacttaataaaaatttcaaggacaaatgacatcatttatataatt
60 ttgttttgtcaagtactcactgtggcgattataccacatgcatcctgaatattttaagtc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gtataatgacgtttgtaatctgattgaacacatttcctgagtttttgaactatatgtttc
180 aggcattttaagtccttctaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGac
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1980 ctatcaatttgtcgtgataacaagaagcacgtgaaaattcatcacacataagaatcttca
*******
2040 ggttctttaatgatatccatttgagtttccaatgattcgtctcctcattattgatctagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2100 atgacctattcagtcatgcaaaagcacaatagtttttcagtcagtaaacttatggttcac
2160 gatagaatgttcttcaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 151 0 548 77 2 29 0 0 47
Right 860 0 0 0 0 0 640 125 0 34 0 0 61
Pair Stats:
considered 11, high end compl 7, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000147, oripos=3826272..3826292 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 160 20 54.95 35.00 7.00 2.00 tacatggcatgcatatttgt
RIGHT PRIMER 260 20 54.77 40.00 4.00 2.00 gaagatcgcaagaaccttta
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 101, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gatacacctgtggaaagatgaccaacttcaggtggtcatatctatcttttaattttttcc
60 acaatacaaggagtctttaatagtgaggtattgctaaattagaaatgtgtaacttggcca
120 ctaattgtcaagtgttggtagttctctaaaagttggtttctacatggcatgcatatttgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
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<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 caatttttattctttctcaactatatgcttccaataacacataaagtcaatggaagatga
360 atatattatgttaatactattagatggtttatacaagctcaaattttaatgtgaaaaatc
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 815 0 0 0 41 0 538 134 0 46 14 0 42
Right 859 0 0 0 169 0 596 57 2 12 0 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000148, oripos=3827454..3828467 strand=1 allelepos=201..1214
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 141 20 54.99 40.00 4.00 2.00 ctaattttgacctttggacg
RIGHT PRIMER 1318 20 55.03 40.00 3.00 2.00 ctttcctgttgtggattgat
SEQUENCE SIZE: 1414
INCLUDED REGION SIZE: 1414
PRODUCT SIZE: 1178, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1033
0 acacactagatacatgtacttgtatgtatctaatgtgatttgcatgtatctgtatatcaa
60 acacgtgggaatgtggcgagcgagatttgtcaaatctcagatccatgcaaatccacttag
120 agtatctagaataaattacatctaattttgacctttggacgtatttggacacaccaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctgataaggttcatgctattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNCcgaggttcgatttggaatataacctcccagggtaaaatgatcttaa
***********************
1260 taagtagagtatagataccaaaaactttactgtcagcgaatcaatccacaacaggaaagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 acacgaagaaaaatgtgtttttttaagaagaaggaagatcagaaaatttgtaagtcaata
1380 ttctgaagactgaatggtatttataggcaagaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 48 0 495 234 6 10 0 0 56
Right 819 0 0 0 49 0 584 109 0 10 14 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000149, oripos=3831539..3832570 strand=1 allelepos=201..1232
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 28 20 55.01 40.00 8.00 2.00 gctgctttaaaggtttgaga
RIGHT PRIMER 1350 20 55.19 45.00 4.00 0.00 tcttcgtgtactttcctgct
SEQUENCE SIZE: 1432
INCLUDED REGION SIZE: 1432
PRODUCT SIZE: 1323, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1051
0 ccaataagttgactctgatgaagacatagctgctttaaaggtttgagactcattttcaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caatagtgctacaaaatctggtccaaaagaaacagatttttgttgtcgagtacttcgcct
120 aggctcctcactagttagaatattttccattgattcttctcgtggtcgtttaagtctttc
180 acttgttgactcactttcagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttttttctgcttgtgatacaagagttcg
*****************************************
1260 ggttggaagaaaatgatcttaatcagtagagtatagataccaaaaactctactgtcagcg
1320 aatcaatccacagcaggaaagtacacgaagaaaaatgtgtttttttaagaagaaggaaga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 tcaaaaaattcgtaagtcaatattctgaagactgaatggtatttataggcaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 1 0 578 167 4 45 0 0 59
Right 761 0 0 0 26 0 487 170 0 4 31 0 43
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000150, oripos=3833731..3834290 strand=1 allelepos=201..760
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 144 20 55.10 35.00 5.00 3.00 ctttgtttgctgaaaattcc
RIGHT PRIMER 900 20 54.88 40.00 2.00 0.00 gcttatcgtttgtttccatc
SEQUENCE SIZE: 960
INCLUDED REGION SIZE: 960
PRODUCT SIZE: 757, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,579
0 taacggttatttgtgcacttcatccaaaattaactaagagaagtttctaccgatgttaaa
60 ataaatgaaaattatattatatgatttgtatagaagtcattacatccttcaaacaattat
120 caactaatttatgtctaagttgtcctttgtttgctgaaaattcccacatcgtttaatcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaacaggaagttgaagttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAattagttgaataggaagatc
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780 actatgattaattaggacacttggtctatgctgttaaaccattcacattcaaatgatact
840 ttgtttacaaataagcaaattcacacctattttgcaagtatgatggaaacaaacgataag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 ctttcaagtataatagaaagaaacgataagctctctgctctctttgctcgttggcttcac
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 169 0 533 100 0 15 0 0 38
Right 860 0 0 0 21 0 633 108 0 25 0 0 73
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000151, oripos=3840212..3843521 strand=1 allelepos=201..3510
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 21 54.24 33.33 4.00 3.00 aatgctttactttcatcagga
RIGHT PRIMER 3639 22 54.73 31.82 4.00 0.00 cagccatgataagaataacaaa
SEQUENCE SIZE: 3710
INCLUDED REGION SIZE: 3710
PRODUCT SIZE: 3599, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,3329
0 cgtaactgtgatcacttgaatctgtttcaactatatatgtaaatgctttactttcatcag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gaaagtatagttttggtaattttttacataattttttaatattttttttatgtgttcttt
>>
120 atctttttcgtcaaaatagtattcaacatcctttttaagttttttatgtagtggttttaa
180 atgttctgctaattttggtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 tctatttcttcattttcttttgttattcttatcatggctgttaaactatcttctaatctt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3660 gctatttctttttctaacattaaatataggttatttcctattttcttata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 809 0 0 0 248 0 528 1 2 8 17 0 5
Right 827 0 0 0 215 0 595 0 0 0 13 0 4
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000152, oripos=3850680..3859681 strand=1 allelepos=201..9202
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 9402
INCLUDED REGION SIZE: 9402
TARGETS (start, len)*: 190,9021
0 aaaaaggattcaaacaaaaaggaacaaataagcgtcaatactaaattttaaacaataaaa
60 gtcaactttcacattaatatgaatcaaggaaatctatttagaacacatgtgtagcaaatt
120 caagtcatcggttctcatctacaaaatacagtgttacaacaacaaactagcgaggcatat
180 catgaatagtagaaaacaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgtaagtcatttaataataactaaagatcaatttagtcg
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9240 ttttaaaactattaagtataaagtaagtcacttaataataactgaagatcgatctagtca
9300 ttttgtaaattattacgtataaactaagtcattcaataatagttaaagatcgatttagtt
9360 gttttgtaaactattaagtataagctaagtcgtttagtaata
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 76 0 614 93 4 13 0 0 53
Right 860 0 0 0 251 0 609 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000153, oripos=3866113..3866173 strand=1 allelepos=201..261
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 54.68 50.00 5.00 3.00 ccaaggttccacagttactc
RIGHT PRIMER 360 20 54.89 35.00 5.00 3.00 ttgtcatccaatgagtttga
SEQUENCE SIZE: 461
INCLUDED REGION SIZE: 461
PRODUCT SIZE: 312, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,80
0 aagcaatttcggctcgactctggtgcaaatcgttgcagtcggtcgctccccaaggttcca
>>>>>>>>>>>
60 cagttactctcaaacacgtgcactcgtggctgagagtttggaggtttctcaaaacctatt
>>>>>>>>>
120 gcccaaaaaatattctaaggataagaagaggggagggaaaatgtttttctattacctttt
180 gttggatgtcttataattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatataaagtgtacgcgatcagatatctgt
******************************
300 agcattatcagtaaactgagttggttcacaaataatctcactcaaactcattggatgaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 atgaatccaatgagttttgaagaatttaaaacatagttaatactattgttttgcattata
<
420 actaatattcaacaatattaaaagaaaatagtgatgcaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 19 0 236 463 5 17 16 0 38
Right 856 0 0 0 245 0 496 48 4 19 0 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000154, oripos=3868465..3868525 strand=1 allelepos=201..261
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 92 20 55.04 40.00 4.00 2.00 ttaaactgcttgctgctgta
RIGHT PRIMER 365 20 55.03 40.00 3.00 2.00 ctttcctgttgtggattgat
SEQUENCE SIZE: 461
INCLUDED REGION SIZE: 461
PRODUCT SIZE: 274, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,80
0 tggggtagaccaatccttcattatcttcttgtattgtggacttgtaaacacattagtagt
60 gcctgttgaagctgccaaaaccccctttagttttaaactgcttgctgctgtaaaaaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gcatagccttccctttctctattggaaattctctgaaagaaatgaacagaactattatta
180 gggaactatttaccttttaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtgaggtttgatttggaatataacctcccagggtaaaatg
******************************
300 atcttaatcagtagagtacagataccaaaaactctattgtcagcgaatcaatccacaaca
<<<<<<<<<<<<<<
360 ggaaagtacacgaagaaaaatgtgtttttttaagaagaaggaagatcagaaaatttgtaa
<<<<<<
420 gtcaatattctgaagactgaatggtatttataggcaagaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 785 0 0 0 1 0 525 172 7 18 19 0 43
Right 819 0 0 0 37 0 596 109 0 7 14 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000155, oripos=3871136..3875986 strand=1 allelepos=201..5051
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 24 20 54.94 30.00 6.00 1.00 aatttagcatgccattgttt
RIGHT PRIMER 5104 20 55.13 50.00 3.00 0.00 acagcatagaccaagtgtcc
SEQUENCE SIZE: 5251
INCLUDED REGION SIZE: 5251
PRODUCT SIZE: 5081, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4870
0 ccatttgccaacattacttgatcaaatttagcatgccattgtttgggtgcttgcttgagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ccataaagtgacttcacaagtctgaacactttcttttctttaccaggaactataaaccct
120 taaggttgttccatgtaaatttcttcctctaactctccatttaagaaggttgtctttaca
180 tccatttggtggattttaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNAagtagttgaataggaagatcactatgattaattaggacacttggtctat
******************** <<<<<<<<<<<<<<<
5100 gctgttaaaccattcacattcaaatgatactttgtttacaaataagcaaattcacaccta
<<<<<
5160 ttttgcaagtataatggaaacaaacgataagctttcaagtataatagaaagaaacgataa
5220 gctctctgctctctttgctcgttggcttcac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 2 0 612 161 0 33 0 0 47
Right 860 0 0 0 21 0 658 95 0 23 0 0 63
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000156, oripos=3889044..3889846 strand=1 allelepos=201..1003
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 21 54.89 33.33 4.00 2.00 tgtttttgattctagtttcgc
RIGHT PRIMER 1197 20 54.97 55.00 6.00 2.00 cgagatacctccagctacac
SEQUENCE SIZE: 1203
INCLUDED REGION SIZE: 1203
PRODUCT SIZE: 1132, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,822
0 attagacacatattaacaataatttttctttatgaaaaatatttcgtatatttttttaaa
60 aaaaactgtttttgattctagtttcgctactagttttaattttctagttgtgaaaatgtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cttaaactttgttttcttacaaagatgttcaaatttttgttcaaagtatgtttggaatac
180 aagatgaacagcacaagtggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatcaacacaacaagtag
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1020 taataaaattaaaagaatggactaaccctgcataagttagaaagactggggtccttagat
1080 ggcttctgttggattcaccttcaacaattgtatttgtatgacctgttggaacattgctat
1140 aggtagaaagaccttgacctattagttattgtcatttggtgtagctggaggtatctcgga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 gat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 321 0 514 2 0 6 3 0 4
Right 860 0 0 0 59 0 519 188 1 11 0 0 82
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000157, oripos=3914566..3914586 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 119 20 55.40 35.00 4.00 0.00 cgaaaaggtaaattgttgga
RIGHT PRIMER 291 20 54.76 45.00 5.00 2.00 cgttactagcggagtcaaat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 173, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctatcaactaatagaaatgaaatggtaaactcactatatcaaaattttttttaaaaataa
60 gtgtgttaaattaaaaatgaacaaataaatagaaacaaagaagtaacaatgataagacac
>
120 gaaaaggtaaattgttggaggagaatataattattttatactatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatataatttaaaattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtatatatatatatatatat
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240 atatatatatattttaaaaaattgaattaaaaatttgactccgctagtaacggcttagtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 acttatgattgatatgagaacaaatccactactcttttttgctaaataataattatctaa
360 tattgatttgatatatagcttaaatatcgataattgttagataatattattattttactc
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 439 0 385 12 0 0 0 0 19
Right 814 0 0 0 430 0 311 37 0 15 14 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000158, oripos=3918903..3919822 strand=1 allelepos=201..1120
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 20 54.97 40.00 6.00 2.00 cctaattttccctacggatt
RIGHT PRIMER 1171 20 54.91 40.00 6.00 2.00 gatttacgtggttcaccaat
SEQUENCE SIZE: 1320
INCLUDED REGION SIZE: 1320
PRODUCT SIZE: 1171, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,939
0 acctaattttccctacggatttagtaacaaagtagtggtgagaaatttaattaatattga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gcgacagagttagtgacggaaaaaaggttgctaaactatcaaatatattttttataaaaa
120 ttatattatatagtgacgaaaatatccatcaatatttctatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtgtccccctcttcccgtgga
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1140 cgtagccaatttattggtgaaccacgtaaatctgttgtcttgtttttcgcgtttatattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 tctcgtattatctcaaattccgcacaacaattattgttaaaaaaaattatggtttattct
1260 tatgataagacaatgttaagtaacaaggataaatgcattaggattttttaatgatttcta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 343 0 390 21 0 8 17 0 18
Right 822 0 0 0 149 0 430 157 3 17 11 0 55
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000159, oripos=3939873..3944349 strand=1 allelepos=201..4677
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 41 20 55.06 40.00 8.00 2.00 tcatatatgcccttagcgtt
RIGHT PRIMER 4788 20 55.06 45.00 6.00 0.00 agtgtatgtcccaattgctc
SEQUENCE SIZE: 4877
INCLUDED REGION SIZE: 4877
PRODUCT SIZE: 4748, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4496
0 ttgtcatttagagctgatatatccctcgttataaaagtgactcatatatgcccttagcgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tatacaaacggctcacatatatccctgccgttacaaaatgactcacatatacccttcatt
>
120 taacggaaattaaaaaattagttttaaatttatatttgttacttctaattttttttaaaa
180 attatttaggggtatatatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgaa
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4680 tttttgttaaaatttcgtaacgttttagtttcggactccaacatatatccccaaccttct
******
4740 ttaagcccccatctttgtgcgttgtagtggagcaattgggacatacactgcacattcaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4800 aattctaagatgtgaagtgtttggctcttgaccaaaagtcaattgtaatggagagaattt
4860 atgataatttgttgcct
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 265 0 389 116 0 30 3 0 43
Right 860 0 0 0 17 0 418 314 0 32 0 0 79
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000160, oripos=3950066..3953517 strand=1 allelepos=201..3652
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 63 20 55.01 45.00 3.00 3.00 ccatctgacaatccaagtct
RIGHT PRIMER 3839 20 55.04 40.00 5.00 3.00 tcacaaaaggcttgtacctt
SEQUENCE SIZE: 3852
INCLUDED REGION SIZE: 3852
PRODUCT SIZE: 3777, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,3471
0 caagtttccacatcaggaacaggagggaacacaatcgatattagtaaccctcactacata
60 catccatctgacaatccaagtctgatcttagttccagcatcttttgaaggaattggttat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cgatcatggcgacgagctgtaatgagatcattgtctgtgaataataaattaggattcatt
180 actggagaattcaaacgcccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGttaaattt
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3660 tctctccaatacaagattagatattgcatatggagtacaacatctaagtcagtttatgca
*
3720 ggaacctagagagcctcatttgcaggctgaatatcatctacttagatatctaaagaaaga
3780 tccaactttgggtttgctcatgtcttttactaatgactacaaggtacaagccttttgtga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3840 ctcagactgggc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 31 0 493 246 0 25 0 0 60
Right 860 0 0 0 1 0 588 181 0 33 0 0 57
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000161, oripos=3987544..3988777 strand=1 allelepos=201..1434
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 54.75 35.00 6.00 0.00 gcccaacattttgtattttc
RIGHT PRIMER 1555 20 55.09 40.00 2.00 0.00 aatacttgttcccgatgttg
SEQUENCE SIZE: 1634
INCLUDED REGION SIZE: 1634
PRODUCT SIZE: 1526, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1253
0 actaaatggacattacccgtgctagcacgagcccaacattttgtattttcatgtaataaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgctttgcatagtcaattttcctttcttaagtttgtggtttactgattttaacacaattt
120 gattaacagtaacatcatctattatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatat
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1440 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatataatcatgtg
***
1500 aatggccgagaatgaagtttaagtaaacaatatagacaacatcgggaacaagtattttga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 tattatagatcaaaagtgagaaaatatagtagagacaaatatatatatacatacaattat
1620 gtacctaaaaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 276 0 407 132 1 9 0 0 26
Right 856 0 0 0 385 0 335 103 0 7 2 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000162, oripos=3993036..3993780 strand=1 allelepos=201..945
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 54.90 30.00 4.00 0.00 ttgttaatgaaaggggaaaa
RIGHT PRIMER 1037 20 54.88 40.00 7.00 2.00 ttagggataatgcccaagta
SEQUENCE SIZE: 1145
INCLUDED REGION SIZE: 1145
PRODUCT SIZE: 875, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,764
0 tatttctaaattgtgcgatcatgtgaaatttaccctaggcaagaatcctattttttttaa
60 aaaaaaatacaaataatggctagaaccccaattgccaactaaatattgtattgttaatgt
120 tgaattttatgcaaaaaaaaaaaaaagctaaccaaatgttttattgttaatgaaagggga
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aaatatccaagtacctcctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCctttttagcctacgt
******************************************************
960 ggcactatcttgtatagtataagtgtgtctctgagatttcgggcataggttgagggggta
<<
1020 cttgggcattatccctaatgaaagacatgagataatgcatcatccttataatgccttata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 ctagaaatataatatatacggtttttagcattaataaatatatatattaataaagagtgt
1140 taaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 796 0 0 0 263 0 303 136 0 27 23 0 44
Right 858 0 0 0 196 0 439 178 3 18 0 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000163, oripos=4020843..4021547 strand=1 allelepos=201..905
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1105
INCLUDED REGION SIZE: 1105
TARGETS (start, len)*: 190,724
0 tattactaatgaatgaaaataaaataaatcttaaatctttcaggtgatcaattcaaatta
60 tatattaataaaatgtaaaataagttgcacatataacttgaataaaaatttatattcctc
120 ttataaataatttgtgataataaagaaatatgtgaatgatagacaattattattacctaa
180 ggatgaaactaaaataaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNAggatgaaactaaaataaaatcttaaatcgttctttaatctattcaaattatatat
**************
960 ctttaaaatctataataagtttatattcctcttacaaataatttgtgatgagaaagaaat
1020 atgtgaatgatagcaaaatataattatttatggctgtaaaatataaattaattaactttt
1080 attatgttaacaacttttaagggta
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 503 0 337 4 0 10 0 0 1
Right 860 0 0 0 472 0 388 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000164, oripos=4038751..4039734 strand=1 allelepos=201..1184
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 39 20 54.86 45.00 2.00 0.00 gatgggatagtgattggaga
RIGHT PRIMER 1309 20 54.90 45.00 2.00 0.00 aagtgatgggatagtggttg
SEQUENCE SIZE: 1384
INCLUDED REGION SIZE: 1384
PRODUCT SIZE: 1271, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1003
0 atatgggagagtgaggttaaatacaatcaatacaaaagtgatgggatagtgattggagaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aatatttcatatatgaatctaatctcagcaattgctactgaattaaatattgatgaattg
120 aaaaaaaatattattatccgatatattgtagagggcaattcttctccgatgataattaag
180 aatgatatgggtgtgaagttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagatttgccctctaca
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1200 atatatcggataataatatttttttcaattcatcaatatttaattcagtagcaattgctg
1260 agattagattcatatatgaaatattttccccaaccactatcccatcacttttgtattgat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 tgtatttaacctcactctcccatattcctgaatgccttagcaatatcgtagtattcatta
1380 caaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 246 0 491 60 9 4 0 0 40
Right 853 0 0 0 218 0 458 114 9 16 1 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000165, oripos=4047334..4050826 strand=1 allelepos=201..3693
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 56 20 55.00 40.00 4.00 1.00 cgtcatattcttgggacatt
RIGHT PRIMER 3761 20 55.22 40.00 6.00 3.00 ttttatgaaaggtgacgacc
SEQUENCE SIZE: 3893
INCLUDED REGION SIZE: 3893
PRODUCT SIZE: 3706, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3512
0 acttttgggatattggtgcctttgccgccatacttctgggacatagatgcccctgtcgtc
>>>>
60 atattcttgggacattgatgcccctgccgtcatattttggggatattggtgcccctgccc
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cttcgttagagtgaagggcatatatgtttgtaacgacctgtttagtcgttttgagcagca
180 gattttatttctggaaaaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcttatcggaaaggtcacaaacctttgg
******************************************
3720 aaaagtcacaatctttcagaaaggtcgtcacctttcataaaagtcacaactttccataaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3780 agtcacaacttttcataaaaaatgcaacttttcataaaagtcacgacttttcatcaaagt
3840 cgcaacatttcataaaagtcacaactcttcataaaagtcgcaactcttcattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 225 559 0 14 0 0 57
Right 782 0 0 0 9 0 548 110 20 49 17 0 29
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000166, oripos=4057494..4058208 strand=1 allelepos=201..915
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 148 18 54.65 55.56 2.00 0.00 ataaggggtggggtagtg
RIGHT PRIMER 1112 21 54.10 42.86 4.00 0.00 acgggtcattacacacttatc
SEQUENCE SIZE: 1115
INCLUDED REGION SIZE: 1115
PRODUCT SIZE: 965, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,734
0 tgaatagaaaatttttttcgaaaataagttttagtgtttgatttatgaatgaaaaatatt
60 tttgaagaatattttttatttttactagaatacaaaataatttatgaaattgaaaatatt
120 tttaaaaataattttttgggcggtggtgataaggggtggggtagtggtggtggtgggtgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ggggggggggtacggcaggaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNTaccaaacacactcataatgaaatcttaatcaaagttatgagatat
************************
960 gttaattaaagggatatatgaggaaatatggagaaatagataaaaatagaaaagatattt
1020 actttgatcatgtaaaaataattttatatttttttaaaaaaatagaaatttctagcttct
1080 tcaaaacagtaggataagtgtgtaatgacccgtta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 535 0 85 156 0 0 19 0 3
Right 858 0 0 0 339 0 511 3 0 1 1 0 3
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000167, oripos=4081459..4082122 strand=1 allelepos=201..864
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 110 20 55.26 35.00 3.00 2.00 tcaatagcggcaaaaatact
RIGHT PRIMER 929 20 54.95 40.00 3.00 3.00 ctcaacattcttcccatcat
SEQUENCE SIZE: 1064
INCLUDED REGION SIZE: 1064
PRODUCT SIZE: 820, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,683
0 tgtatgtgtacacatacacaatagatataatgaatacgcaatgtaacaaatatgattata
60 tgtatcaatttttattttttttatttatgaagagatgatatatatacatatcaatagcgg
>>>>>>>>>>
120 caaaaatacttttgtctactagtaatgcatacaaacaaaatataaattgggaaaattgta
>>>>>>>>>>
180 tataatagtgtaacgacctgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatttgatctgcaaattccctcccgtataattaactg
*********************************
900 ttgcataagaatgatgggaagaatgttgagccaatcattgggcaatgattgccaatgatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 ggcatgtgacaaacaggccaaattgtcacctgtgcagaatgacaaattggcactgttatg
1020 aaattttgggaattgccagtgattcccatcgattgccaacgatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 323 0 480 16 5 3 0 0 18
Right 841 0 0 0 0 0 224 519 5 33 0 0 60
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000168, oripos=4083456..4084177 strand=1 allelepos=201..922
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 55.30 35.00 3.00 0.00 tcatcccatcattcattctt
RIGHT PRIMER 1059 20 55.03 45.00 4.00 2.00 gtcgtgatggcacctatatt
SEQUENCE SIZE: 1122
INCLUDED REGION SIZE: 1122
PRODUCT SIZE: 989, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,741
0 tgtatatacggttgagtgagtactgggtattctgagacatatcattacatggcatcatat
60 tgcattgcatttcatcccatcattcattcttgatgactatatgtttcatttggtgtttgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaaatattaaatgttgatttcctttattgatgaaacttaaatagtaagtagtaatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCagttttccgtattcgtacttataagaactcagtgttga
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960 agatttggaaaatgttgtcttttcacttcttgttagttaagtttgttaaaatatattggt
1020 tggcttacctattggctgggaatataggtgccatcacgactcgtgattttgggtcgtgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 aaatagcaaactaataacctaaaataaatggagtagttaggg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 155 0 516 131 0 25 0 0 28
Right 846 0 0 0 76 0 497 199 4 16 0 0 54
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000169, oripos=4096997..4097017 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 115 20 54.36 25.00 5.00 2.00 ttcctttttaattccgaaaa
RIGHT PRIMER 366 20 55.61 40.00 2.00 2.00 tactttttaggggcggttat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 252, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cttatatacatagcacatattttactatattttatgatttataatttttatatgacttat
60 ggatgtcttagttgtggagaaaaaaaagtattaatgttgatttttagagataaatttcct
>>>>>
120 ttttaattccgaaaaaaatatggtattaagttttgcagattcttatgtgaaaattaatgt
>>>>>>>>>>>>>>>
180 cctataaaggtcaagcatcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacaattattcttttatgat
****************************************
240 attatgtatatttaatttagaaacataatgaaatattgactcaacaagaataaccttagt
300 actattactccttgcattataattcttatatagtttgtttcaacaaaataaccgccccta
<<<<<<<<<<<<<
360 aaaagtagaatacaataaaaaaatatttaaattatcagtatattttatttagacacttga
<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 776 0 0 0 349 0 373 6 0 8 26 0 14
Right 859 0 0 0 421 0 350 70 1 0 0 0 17
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000170, oripos=4102642..4104376 strand=1 allelepos=201..1935
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 29 20 54.75 35.00 5.00 2.00 aaaattagtgaactttgccg
RIGHT PRIMER 2110 20 54.65 40.00 6.00 2.00 agtttgggggcttaagtatt
SEQUENCE SIZE: 2135
INCLUDED REGION SIZE: 2135
PRODUCT SIZE: 2082, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1754
0 gtgaagacaaaaggttttagaattattcaaaaattagtgaactttgccgtgctttgcgcg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ataaaaaattactcgttaaatttactaaataattaattttttgaatagttcattattaaa
120 tatatttctaaagattctttatagtctttaatctaaatatatcaaattttaagtcttaat
180 taagtttattattagtacttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNTtatatatatatatatatatatatatatatatatatatagatggtt
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1980 gttatcactccaattatgaaattgaaactaaattcattacactgtatgtgacttacaaca
2040 tttttttcaagctaaatgtaatgttaacatctaatgggaaggcttataataaatacttaa
<<<<<<<<<
2100 gcccccaaacttgtcatgactcataaaagcggaaa
<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 810 0 0 0 561 0 144 85 0 0 13 0 7
Right 800 0 0 0 158 0 511 70 1 20 18 0 22
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000171, oripos=4113649..4114620 strand=1 allelepos=201..1172
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 164 20 54.93 35.00 5.00 1.00 gcacatgcgtaatttaacaa
RIGHT PRIMER 1224 20 54.86 50.00 6.00 1.00 aaggtcctattacctccctg
SEQUENCE SIZE: 1372
INCLUDED REGION SIZE: 1372
PRODUCT SIZE: 1061, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,991
0 cttaaatataaaataaactatgggttatttaaatataaaataaatcatgatttgttacaa
60 taatttcacactaaatataactatacaaaggatctaaagataaagttgatatgaatattt
120 gaacatacttcatataacaacatcgataaatattaatggtttatgcacatgcgtaattta
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 acaactttaatatattgcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtaaaaagggtaaaaattattaataaaat
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1200 aagttcagggaggtaataggaccttagtacagtataagtgtgtctttggaattttgggca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 tagattgagggggtacttgggcattatccctttatattattatcactctttttcactgtt
1320 aaatgaacaaatataacaacacatcatacacatatatatgtgaattatgtat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 309 0 501 31 0 7 0 0 7
Right 860 0 0 0 133 0 529 155 0 3 0 0 40
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000172, oripos=4117301..4117725 strand=1 allelepos=201..625
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 825
INCLUDED REGION SIZE: 825
TARGETS (start, len)*: 190,444
0 attatgaatactgatggttttatataaattattactgattattactaattaaaaaattgt
60 gtctcactttaaaatataggaacattgtatgaatcatgtatgaacattgtatgaattatg
120 aatgtcatattataatttgatatatagaacatagacaaatgttatatatatatatatata
180 tatatatatatataattaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatataaac
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660 ttttttaaaaaaaatttatataaatgacagtctgcttcaatatattttttataaatgtta
720 aatgtgtatgatatttgtataaattgcacttttcaatatgtaatgttaaattcatatatg
780 cataatgtatgaaaaatatatgaaatagtactgacatatgattca
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 828 0 0 0 413 0 405 0 0 0 10 0 0
Right 854 0 0 0 516 0 334 0 0 0 4 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000173, oripos=4120596..4127112 strand=1 allelepos=201..6717
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 77 20 54.09 35.00 4.00 0.00 aaaatgcaccttcatacaca
RIGHT PRIMER 6748 20 55.12 40.00 4.00 0.00 acttggtcatgttccttttg
SEQUENCE SIZE: 6917
INCLUDED REGION SIZE: 6917
PRODUCT SIZE: 6672, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,6536
0 catatatatgaaacatatcaagtatgaaaaatcaattcatacacaaatactatacaattc
60 actgctacatacaatctaaaatgcaccttcatacacaatttatacaattttattaaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aatacacaattaatccaatttttatacagaattcatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtct
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6720 tcattttaacaaaaggaacatgaccaagtctataatgccacaacaagtctgcactatcac
****** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6780 cagggatgacaacatttctatcaacagaaacagttttcttatcattagatgaactgttca
6840 atacaaaaacattttgatgaggcaaacatgaatgagaaatacactgactatgtaatctat
6900 cagttctatgaagtgat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 404 0 428 3 0 3 0 0 17
Right 860 0 0 0 11 0 630 150 0 11 0 0 58
Pair Stats:
considered 6, high end compl 1, ok 5
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000174, oripos=4135460..4135628 strand=1 allelepos=201..369
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 47 20 55.03 40.00 6.00 0.00 caagtggaattcatcaggtt
RIGHT PRIMER 465 20 54.96 40.00 5.00 0.00 atgagtcaactgggctaaaa
SEQUENCE SIZE: 569
INCLUDED REGION SIZE: 569
PRODUCT SIZE: 419, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,188
0 tttgatttgatggagaacattgtgtcaatattaattaaacatggtggcaagtggaattca
>>>>>>>>>>>>>
60 tcaggttagttcttaattatgatttgttatgttttaagtataaattattggttgtaatta
>>>>>>>
120 tatatatatataattagtttttaattattatttgttatgttttaagtataaattattggt
180 tgtaattatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
******************
420 tgtcatgtatggaatgtgtcgtttttttttagcccagttgactcattatctgaaaaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
480 aaatttcccggattttgacaacgccaaagtccatttgaggatgaaatatatttttaacct
540 tggaatatgttgctttcctgtatatattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 535 0 211 77 0 8 0 0 24
Right 740 0 0 0 242 0 256 154 0 13 37 0 38
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000175, oripos=4140486..4140506 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 25 20 55.09 40.00 4.00 2.00 agcagcatattccaaggtta
RIGHT PRIMER 333 20 55.03 40.00 6.00 0.00 caagtggaattcatcaggtt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 309, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 atgcttatttaaatatatacaggaaagcagcatattccaaggttaaaaatacatttcatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctcaaatggactttggcgttgtcaaaatcggagaaaagaaattttttcacataatgagtc
120 aaccggaaaaaaaaaccacacattccatgaccaaaaaaatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatataattacaaccaataatttatacttaaaacataacaaat
300 cataattaaaaactaacctgatgaattccacttgccaccatatttaattaatattgacac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aatgttctccatcaaatcaaatctaatcgtttttaacgtcaaattttaagaattttcaaa
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 717 0 0 0 185 0 242 190 0 16 43 0 41
Right 860 0 0 0 433 0 314 69 1 9 0 0 34
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000176, oripos=4151680..4152303 strand=1 allelepos=201..824
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 70 20 54.97 45.00 4.00 0.00 atttactgtcacgacccaac
RIGHT PRIMER 873 20 55.06 45.00 4.00 3.00 tcacgttccgacacatagta
SEQUENCE SIZE: 1024
INCLUDED REGION SIZE: 1024
PRODUCT SIZE: 804, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,643
0 gaataaataaaaaagagaatttctatgttataaatatttgaattaaataaaaataaaaaa
60 taacttacatatttactgtcacgacccaaccgggttgcgactggcacccacactttccct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cctatgtgagcgaaccaaccaatctaaccttaacatttcaatataatatcaacagaaagt
180 aatgcggaagacttaaactcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtgtcggaacgtgaca
*****************************************************
840 ctccgatccactaatactatgtgtcggaacgtgacactccgatcctctaatatcattctg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
900 taaatcatcaagccttccctattccaaggcatcatcaatcccattactttaattcatcaa
960 gccttcttctataccaaggcatcatcattaataatgtatattagagtttcttttcaagat
1020 ttgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 328 0 203 281 0 3 2 0 33
Right 860 0 0 0 67 0 480 214 1 23 0 0 75
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000177, oripos=4158206..4158433 strand=1 allelepos=201..428
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 12 20 54.97 35.00 5.00 2.00 ccccaatcatttaccaataa
RIGHT PRIMER 543 20 54.97 45.00 3.00 0.00 agtattaggggattgggtgt
SEQUENCE SIZE: 628
INCLUDED REGION SIZE: 628
PRODUCT SIZE: 532, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,247
0 aaccaatctaaaccccaatcatttaccaataataaacagaaaataatgcggaagacttaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aactcattaacgaaatcaattaaaaacttctaaaatttatcaattaatatccccaaaatc
120 tggaagtcatcatcacaagaacatctatcctcaaattactaagagtattctaaaagctaa
180 aaatatataagaagctagtcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNTtccctaatactacgtgtcggtttgtgacacccgatcccctaatactacgtgt
*****************
480 cggttcgtgacacccgatcccctaattctacgtgtcaggtcgtgacacccaatcccctaa
<<<<<<<<<<<<<<<<
540 tactacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaattctacgtgtcggttcgtgacaccc
<<<<
600 gatccgctaatctccttccatcaattca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 209 0 504 75 0 12 0 0 55
Right 856 0 0 0 0 0 148 640 1 10 0 0 57
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000178, oripos=4161562..4162194 strand=1 allelepos=201..833
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 140 21 54.39 38.10 4.00 2.00 aacagtagcacaaaagatgct
RIGHT PRIMER 949 22 54.23 36.36 3.00 3.00 ttgtgtgtgtctgtttcataga
SEQUENCE SIZE: 1033
INCLUDED REGION SIZE: 1033
PRODUCT SIZE: 810, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,652
0 ttatgaaattacatttcatgggtatagtttacataattatattctatgagtatagtttag
60 ttttaagtgactctaaatgtgtataaaacgttttttttaaattaaatttatacaaaaaaa
120 attatttttcaataaatggtaacagtagcacaaaagatgctaacaataaatttacataat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cccatgatttaagcaaaacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttaaaat
************************************************************
840 caaatatttccccaaaaaagaattctaaagctatagaaagacaatatcagttcaaaatta
**
900 aatatttttctaattttttgtagataaatctatgaaacagacacacacaaatatatttat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 atataaattgattatattgtatatatttgcgaaattgtatataatttttatataatattt
1020 gtgtgaaattgat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 348 0 478 0 1 2 3 0 14
Right 812 0 0 0 469 0 330 0 0 0 12 0 1
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000179, oripos=4163785..4167837 strand=1 allelepos=201..4253
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 55.39 35.00 6.00 3.00 tgccatgtaattatcccatt
RIGHT PRIMER 4377 21 55.17 38.10 3.00 2.00 aacacatacttgatttggtgc
SEQUENCE SIZE: 4453
INCLUDED REGION SIZE: 4453
PRODUCT SIZE: 4265, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4072
0 cacaaatagatagtgggtcccattaattatggcaaaaaaatgaaactgtatttactgacc
60 gtaaataaattaaactatacccttattaactaattacatagggatgtttgccatgccatg
>>>>>>>
120 taattatcccattaattattgtagccttaattacaatccatttagatgtcaattaataat
>>>>>>>>>>>>>
180 taattaaaatctattaatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaattatt
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4260 attgtagccttaattaatattcatttacatgaaaaaataggaaaaaacgcaaaaatttaa
**
4320 aaaaaataagataaatagaattcatatagactatagagcaccaaatcaagtatgtgtttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4380 acagaacaatttaaaattattagaaatgatttttaatggacacagaaaaatttctaataa
4440 atcacgtaaatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 807 0 0 0 146 0 505 104 5 18 15 0 14
Right 783 0 0 0 404 0 346 4 0 1 22 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000180, oripos=4173747..4176224 strand=1 allelepos=201..2678
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 40 20 55.04 55.00 4.00 2.00 ctactactatcctggtgccg
RIGHT PRIMER 2865 20 55.01 50.00 2.00 1.00 gaggtggatggaactactga
SEQUENCE SIZE: 2878
INCLUDED REGION SIZE: 2878
PRODUCT SIZE: 2826, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2497
0 cctcatactatcctggtgtcggaacgtgacacccgatccactactactatcctggtgccg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaacgtgacacccgatccattaatactatcctggtgtcggaacgtgacacccgatccatt
120 aatactatcctggtgttggaacgtgacacccgatccattaatacaatcctggtgccggaa
180 cgtgacacccgatccattaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActtctagcctcatgaggtcatt
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2700 agacagagtctgaacctctctagccaatgggcgtctagaaacctgcaagtgggctaggct
2760 tcccatgcttcctggctttctacttaaagcatctgccacaacattagcttttcctggatg
2820 atacaagatagtgatatcatagtccttcagtagttccatccacctcatctttcttaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 250 531 0 17 0 0 57
Right 860 0 0 0 0 0 404 373 0 16 0 0 67
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000181, oripos=4179279..4182366 strand=1 allelepos=201..3288
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 58 20 55.17 40.00 4.00 3.00 gactggaggtttcaatttca
RIGHT PRIMER 3328 20 54.86 40.00 4.00 0.00 tccaaattacccacataacc
SEQUENCE SIZE: 3488
INCLUDED REGION SIZE: 3488
PRODUCT SIZE: 3271, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3107
0 gtagctcatgacaatcaactagaaagtcataggcatcctcagattcagcacccttgaaga
>>
60 ctggaggtttcaatttcaagaacttactgaaaagttcatgttgatcatttgtcattatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gccctgtagtcaactgaggaaacgtgcctatttccaatgaggcatccatgcggggagcca
180 cagcagctgcatgctgtattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaatagaagaaa
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3300 gagatgttaggttatgtgggtaatttggagattgtataaaaatattaagggtaaaaagat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3360 aaaaatgtggtcaacttaaaacaacttataagttggggaaaaaaagcacccctaccccag
3420 cttttaacttttggcttaaaataagtttttttaaacttaaaataagttactttgagtatt
3480 gcaaaaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 423 336 0 32 0 0 64
Right 793 0 0 0 222 0 443 76 5 1 20 0 26
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000182, oripos=4193427..4193923 strand=1 allelepos=201..697
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 897
INCLUDED REGION SIZE: 897
TARGETS (start, len)*: 190,516
0 aaggtatattttaatttttttcatacagaaattattttttgacttcttttattataatta
60 tttgagtttcttattcttattttgttttttctttcattccttagtttaaagagaaaaaaa
120 atttaaactatttttttgtgtgtattataatttaatttcgtattcgaagaaaaaatttgg
180 tcatctataataagttttacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGacaaggattaaatttactcatat
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720 gtgattatagtttttagaaaaaaataataaaaatttagattaaaattattatttttttca
780 tttccgttagaggaaaagggtatatgtgggtcatttgtttataagtaggggtatatatga
840 gccacttttataacgaggggtatatcagctctaaatgacaaagttgaggggcatatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 736 0 0 0 556 0 141 0 0 0 39 0 0
Right 835 0 0 0 252 0 427 87 0 16 7 0 46
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000183, oripos=4202596..4202616 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 123 20 55.37 45.00 4.00 2.00 tagatgtgcgtacctgcata
RIGHT PRIMER 416 20 54.56 35.00 4.00 0.00 tcaaaaacgtcccttaaaac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 294, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tattaaaaagaaaatttcatcgtgtatgactaaaaactaaaacaaaatattatatagatg
60 aaaccatgacaaaaagagtaatatttaattgctaaaaatgatgaatataattgaaatgta
120 tgttagatgtgcgtacctgcatacctcatattaataaagaactttcaacaatgacatgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ccaattttacttcaatttcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtgggtgctgaaatcgactc
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240 tctgaactttgtaacaaaatggcaggacggaccgtcacaaacccttggtggaaatttggg
300 tctctgaactttgcgacgacctgcaggacggaccgtcgtaggcacgacggcccgtcacag
360 gttgcgcaatcccagtccgggccggatttcttgatacgttttaagggacgtttttgacta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 312 0 449 55 0 8 0 0 31
Right 852 0 0 0 0 0 152 644 6 15 0 0 35
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000184, oripos=4204211..4207172 strand=1 allelepos=201..3162
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 169 20 55.12 40.00 5.00 2.00 tgagttaaagtcttccgcat
RIGHT PRIMER 3288 20 55.01 50.00 4.00 1.00 ctcctaattctacgtgtcgg
SEQUENCE SIZE: 3362
INCLUDED REGION SIZE: 3362
PRODUCT SIZE: 3120, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,2981
0 tcttgatgccttgaacttccggcatggactagcttcttatgtatttttagcttttagaat
60 actcttagtttagttgtttgatcgtagatgttcttgtgatgatgacttcctgattttggg
120 gaataatagatgttgaattttagaagttaatgaattggtctttatttaatgagttaaagt
>>>>>>>>>>>
180 cttccgcatttttttctgttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaccaacacgtagtatta
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3180 ggggatcgggtgtcacgaaccgacatatagatttaggggatcgggtgtcacgaaccgaca
3240 cgtagaattaggggatcgggtgtcacgaaccgacacgtagaattaggagatcgggtgtca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3300 cgaaccgacacgtagatttaggggatcgggtgtcacaaaccgacacatagatttagggga
3360 tc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 100 0 555 147 0 2 0 0 51
Right 860 0 0 0 0 0 183 603 0 18 0 0 56
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000185, oripos=4212109..4216483 strand=1 allelepos=201..4575
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 55.05 55.00 3.00 0.00 atctgggagaggagagagag
RIGHT PRIMER 4701 20 54.56 40.00 5.00 2.00 ataagtgccatcttcatggt
SEQUENCE SIZE: 4775
INCLUDED REGION SIZE: 4775
PRODUCT SIZE: 4621, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4394
0 ctcgctttatacaaaaagaaacacaatttatacatttcgtttacgtttgtataagccaga
60 gaggcgatggtggcgagcgagatctgggagaggagagagaggggaacaaaaatatattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tttatacaatttcctctcgctttatacaaatagaaacatattttatacacttgtctttgg
180 atgcttgtgctcgaatcttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 agaccatgaagatggcacttataagacattgttgaacaaagctacaatgtctcatatgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4740 atcgtttcatatgatattatttctagagtagaaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 175 0 408 222 0 8 0 0 42
Right 803 0 0 0 46 0 587 89 8 14 18 0 41
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000186, oripos=4226678..4231194 strand=1 allelepos=201..4717
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 95 20 54.82 30.00 8.00 2.00 caatgcgacattgaataaaa
RIGHT PRIMER 4859 20 55.09 50.00 4.00 1.00 gtcttatgagtgccagcttc
SEQUENCE SIZE: 4917
INCLUDED REGION SIZE: 4917
PRODUCT SIZE: 4765, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,4536
0 aatcatttcacttcattcaaatcttttcttttctaaaaaacaataattctttatcaactt
60 gaaaggtcgtgtgaagactaacaaatgtaattaaacaatgcgacattgaataaaaataac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcgagttagtagtttagtctgaaaatgtttctaccatcaataatttgatccaaaaattgg
180 atgcttgtgctcgaatctttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagaaatgtcaggattcattcact
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4740 tatcaaattaagatactttcaactggctttaaacatagagtatgaattagttttttcgtg
4800 ctcaaatgatcgtgatatagtcagttgcatacaagaccatgaagctggcactcataagac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4860 attgttgaacaaagctactgttttttccagacagcatatcttcaaaaaaattgtaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 840 0 0 0 157 0 553 54 5 27 2 0 42
Right 724 0 0 0 46 0 466 108 5 15 41 0 43
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000187, oripos=4270757..4271556 strand=1 allelepos=201..1000
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 54.67 35.00 4.00 2.00 aaaattatccactctttgcg
RIGHT PRIMER 1178 20 55.18 50.00 4.00 0.00 gctcctgttaagttgctcac
SEQUENCE SIZE: 1200
INCLUDED REGION SIZE: 1200
PRODUCT SIZE: 1130, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,819
0 atttagaggtatatttgtctttttacccataattaaataaccaacgagtaaaattatcca
>>>>>>>>>>>
60 ctctttgcgtgaatttaatataataatatttgtaaaataatatgtaaacctatcagtcat
>>>>>>>>>
120 taaaactaaaacaccatttattttaaatatagggataatgcccaagtaccccctcaacct
180 atgcccgaaatctcagagacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTacttgggtattttcccttaa
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1020 atataagattacttagtaacaaacattaataatataaagaaaattaaaaattataatatc
1080 ttgtcattatccttaataacataaacataaatttatgactataaaagaagtttcaacatc
1140 tgcaacataagtaatgtcagtgagcaacttaacaggagcaaatatacgaatatttagttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 243 0 452 116 0 17 0 0 27
Right 860 0 0 0 376 0 432 21 0 11 0 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH10_000188, oripos=4487498..4490739 strand=1 allelepos=201..3442
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Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 149 19 54.09 47.37 7.00 3.00 gt