PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000001, oripos=3008..4530 strand=1 allelepos=201..1723
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 74 20 55.06 35.00 6.00 2.00 gatttcgacgttaaaaatgc
RIGHT PRIMER 1804 20 55.07 50.00 5.00 1.00 actgtccgtgagagacaatc
SEQUENCE SIZE: 1923
INCLUDED REGION SIZE: 1923
PRODUCT SIZE: 1731, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1542
0 cgggccccgaaacgtgcataccaccatttagacgattttcgtgttctatagcaaaccatt
60 ttttgggtgatccagatttcgacgttaaaaatgccaaaaaaattttgtggacgtctgtca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 agagcttgtctatgcatccggttggccctcacatctagtccgacccattttcaaagtcaa
180 acgagccccaagcgcgcatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttccgacgtcacaaatt
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1740 ccaaaaaaatttgtggtcatctatcaagaccttgtctatgcagccgattgtctctcacgg
<<<<<<<<<<<<<<<
1800 acagtccgacccattttcaaggtcaaacgaaccccgaagcgcgcataccccccatttaaa
<<<<<
1860 cgattttcgtgtgctatagcaaaccattttttgggtgatctagattccgacgtcaaaaat
1920 ttc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 750 0 0 0 17 0 205 405 0 28 33 0 62
Right 687 0 0 0 6 0 180 383 8 24 46 0 40
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000002, oripos=235951..237560 strand=1 allelepos=201..1810
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 144 20 55.19 45.00 6.00 3.00 gagacacgttttaaagtcgc
RIGHT PRIMER 1949 20 55.01 35.00 4.00 1.00 gatccttcatccatttttca
SEQUENCE SIZE: 2010
INCLUDED REGION SIZE: 2010
PRODUCT SIZE: 1806, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1629
0 aaaaacaaatcacgagagaaaattgttaaattcaagaaaatgtcaaagcaccccttattt
60 aaatgttacaccccaaattaacataacaagtcctaaagcacgggagaaatgttgagtata
120 taaataaacagatttaattcactagagacacgttttaaagtcgcacgaattttaatttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gagctgacaatattactagcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatacatatat
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1860 attaaattgtccgaacaaattgagtttgattttgtcgcccaattcatataattgtgtaag
1920 aaatgtattttgaaaaatggatgaaggatccaacgttctattctttttatagaaactaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1980 atctcttgtcgcatgtattataaaatgaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 117 0 500 150 0 34 0 0 54
Right 852 0 0 0 276 0 380 135 6 23 0 0 32
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000003, oripos=278702..279018 strand=1 allelepos=201..517
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 120 20 55.06 45.00 5.00 1.00 ttatacggtaacatcgggtc
RIGHT PRIMER 667 20 54.85 30.00 4.00 1.00 catgcaagaaaaatgtcaaa
SEQUENCE SIZE: 717
INCLUDED REGION SIZE: 717
PRODUCT SIZE: 548, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,336
0 acacccataagttttcattttgtactgttaagtaccactacttttaaaactttctttact
60 tggaaaagattgttttagattctttgatttatctttaataaatatttcatctgtttcatt
120 ttatacggtaacatcgggtcaatgatcaaattattcaattttcttaatcttatcgtagtt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ataccttagctattttactaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtataaatatcataaaactagtat
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540 aggatacgaaatatcaaaaaaaattagtggtcactcgaaagtcttattaacttttcaaat
600 attaatattgtcacatggagtggatcaatgggaatatcatactttacttttgacattttt
<<<<<<<<<<<<
660 cttgcatgattagtattgtacttaaagttattatctttatgcccattttattaatta
<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 241 0 530 62 0 5 0 0 17
Right 825 0 0 0 189 0 522 54 0 16 12 0 32
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000004, oripos=330292..334877 strand=1 allelepos=201..4786
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 106 20 54.89 40.00 4.00 0.00 cttttagagcatgtttggct
RIGHT PRIMER 4939 20 54.97 50.00 2.00 0.00 agtagatgtgtgggaaggtg
SEQUENCE SIZE: 4986
INCLUDED REGION SIZE: 4986
PRODUCT SIZE: 4834, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4605
0 ttattcaattctgaccaactcaaaagcacctcacaatccaaattttagatacgaaatcat
60 ctcaatatttcaagtcttttgatatatacactcaaaactatttacacttttagagcatgt
>>>>>>>>>>>>>>
120 ttggcttagcttaaaagctggtcaaactgacttaaaaactgatttttgacttatttagct
>>>>>>
180 gtttgacaatagtcaaaatcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTactatatatatata
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4800 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattatacacaaacctaact
4860 ttatactttgataaaatatatatgatacttccttttctaattttataaattaataaaatg
4920 caccttcccacacatctacttgcacacaaagaggacacctattttagaagaatatttaga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4980 ttttca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 36 0 627 108 2 23 0 0 59
Right 860 0 0 0 444 0 295 91 0 2 0 0 28
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000005, oripos=339981..340001 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 124 22 55.37 31.82 4.00 3.00 ttcaattagctttgacacttca
RIGHT PRIMER 321 20 55.04 40.00 4.00 0.00 ttatctttatagccggtgga
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 198, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cattttgatcgatacctttaaatgttcttttttatcacgaaattgattagagaaaaatta
60 caacataccatacttggtgtaaaactttttcatatctaaatttaacttttaaataccaat
120 ttaattcaattagctttgacacttcattaagttaactttcgagaatagaaacatgatcat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tagtttgaaacgaatgaagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAgcatcacttcaaattttcg
****************************************
240 aatcacataaaaattcatttttcaattaaatttgtttttttttttcgaatgctctataag
300 aatccaccggctataaagataactctcaacaacaaaaaatactacgctagaatattaact
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 actaattactatttcttctggattaattaattatgttagttaatcatagattcttatatt
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 813 0 0 0 230 0 564 0 0 1 14 0 4
Right 769 0 0 0 315 0 362 30 0 14 27 0 21
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000006, oripos=465068..466572 strand=1 allelepos=201..1705
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 21 55.42 47.62 4.00 0.00 ccacaacagatccacactatc
RIGHT PRIMER 1774 20 55.00 40.00 2.00 1.00 ccattccagttatcgtcatt
SEQUENCE SIZE: 1905
INCLUDED REGION SIZE: 1905
PRODUCT SIZE: 1770, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1524
0 taatgccacaacagatccacactatcattagggaaggaactagaaataagagagttgtta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gcaacattgtctttattaccaacaagagaagagtttatttcatctgaatgagaattacaa
120 gaaagagatgtacattgtactttattactggataaagagtaaagagaagaagaataatgt
180 tgagcatgtgaattcttttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatctagagagttgagaatccatgaggtgaccatat
**********************************
1740 catcacatctcacccaatgacgataactggaatggttcatttctggtctcttacactcac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 cattgatgaacactaacttgttcttcactgataaggaacgaagtacactacgacgccatg
1860 aatgaaaaccaatgccattgaaaggaactggtacaagtattgctc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 808 25 0 2 0 0 20
Right 840 0 0 0 0 0 443 265 5 34 0 0 93
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000007, oripos=526344..526945 strand=1 allelepos=201..802
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1002
INCLUDED REGION SIZE: 1002
TARGETS (start, len)*: 190,621
0 aatgccgccttataaatatatttcatgatgtaaatcaaagagatttagtaataaatactc
60 tatatacgtaaaaatattataattttatacaaaatagtgtaatttttttagggcaacttt
120 cacatatagcaaacaaaaaaatcatatttgtataatatagcaaactttgcataattgcgc
180 tccatagcaaacataaaaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcaaaccctagctattccatttaatttagattattaatt
*******************************
840 tgctattttatataattttctcatttttttatcgaataaaatttaaatgaatcccttagt
900 tttatctaactctgtgcataaatactctattcatgatttatttttacatgtgtatatttc
960 aaatgatatatcaatctactttattaattaacaaggataaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 776 0 0 0 395 0 277 61 4 5 24 0 10
Right 839 0 0 0 513 0 320 0 0 0 6 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000008, oripos=543735..544434 strand=1 allelepos=201..900
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 21 54.35 33.33 4.00 1.00 aaaatcataagtgcaatgtcc
RIGHT PRIMER 979 20 55.08 45.00 4.00 2.00 acctaacggcacttacaaga
SEQUENCE SIZE: 1100
INCLUDED REGION SIZE: 1100
PRODUCT SIZE: 907, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,719
0 tagaaagaaattgtacacgtaactagtgattacaaacgtataaatgtattttcacttttg
60 agatcaaaagtcaaaaatcataagtgcaatgtcctttgaaatttctcaacagtcaaaatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aataatactccattgttaacattatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatataatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
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900 atatatatatatatatatatataaaatactagttttaaaacgtaaattgtaagtatatat
*********
960 tcttgtaagtgccgttaggttgacacacaatttaaacatgcaccttttagttttactcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tatgatagctagtattttaaccaccaattataaaatagaaaatataattgcgagggagtc
1080 gtttagactatatacactga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 272 0 521 20 5 23 0 0 14
Right 860 0 0 0 218 0 508 98 0 12 0 0 24
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000009, oripos=797363..797436 strand=1 allelepos=201..274
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 6 20 55.29 45.00 4.00 0.00 ttaagactggtcaacggaac
RIGHT PRIMER 359 22 54.92 27.27 4.00 2.00 tttttgttgttgttaagtttgc
SEQUENCE SIZE: 474
INCLUDED REGION SIZE: 474
PRODUCT SIZE: 354, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,93
0 ctgttcttaagactggtcaacggaacgggacgtaccggtaccgttccggttcgttccggt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcatcccgtttcggttgcctacgggatgggatgggataatctgaaccggtacacggaacg
120 gaacggaatcgtgatttcgtaccggtgtaccggtaccggttcattccggtccagttccgg
180 tacggtttatttaatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtaataacttataaagtataaacttca
*******************************************
300 aaagaattaaattttgaaaactttattagactttacttgcaaacttaacaacaacaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aaattaataaaatatctttaaaataaacttaagtaaaaattatagtataaatttaaaaac
420 tattaatttatacttaaaaaataaaaaaaaaattatattttcgtaattccaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 0 0 42 776 1 13 0 0 19
Right 851 0 0 0 686 0 153 2 0 4 4 0 2
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000010, oripos=798621..798641 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 38 20 54.98 50.00 5.00 3.00 tatggtatcagagtcggacc
RIGHT PRIMER 336 20 54.95 40.00 8.00 3.00 gtaaaatcttacccgcattg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 299, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 catgaattcaacaaaatcattaataacttcacatgcaatatggtatcagagtcggaccat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ccctcgatatggtgatgggacaaacctcaacaaggatgttgaatccctaaaggtagtata
120 agttaccgaacaaatgatcaaacttaaattggattgaactaaataaacatacccttaatc
180 caatttggtaattctaagttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttgaactaaataaacatac
****************************************
240 ccttaatccaatttggtaattctaagttcaaagtctacttctaaggatgaatgttgaaat
300 cagcatgtacaaacagtcaatgcgggtaagattttaccatatttccaaacatgaattcaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 caaaatcataaataattccaaatgcaataaggtatcagagtcggaccctccctcgaaatg
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 58 0 516 219 1 24 0 0 37
Right 852 0 0 0 65 0 548 159 4 24 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000011, oripos=880352..880716 strand=1 allelepos=201..565
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 22 54.23 36.36 5.00 3.00 acaaaaactgtcttctctgtca
RIGHT PRIMER 750 20 55.30 40.00 3.00 2.00 gggatttagagaaaaacgct
SEQUENCE SIZE: 765
INCLUDED REGION SIZE: 765
PRODUCT SIZE: 634, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,384
0 tcttaaatcttttaagatacatattttttaaaattagaaaaataatttaaaacacatata
60 tatatatagagtccatctagctctctctattttagatctgatttactagatattatgaca
>>>
120 aaaactgtcttctctgtcagttacataataaattgttcccaaatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatataataagagatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatatatatatatatatatatatatatataataaag
**********************************
600 agatcatcatattattctgttccttttttattatatattttcattcataggattgacata
660 tattatcatgtttttaaggattgaaacacaaaaaagatgcaggccaagttaaagacataa
720 taataggtcacagcgtttttctctaaatcccatggtacatgcatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 382 0 470 0 0 1 0 0 2
Right 773 0 0 0 214 0 409 72 0 6 26 0 46
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000012, oripos=922816..924044 strand=1 allelepos=201..1429
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 17 20 55.15 50.00 4.00 2.00 gccactctcgctttatacac
RIGHT PRIMER 1532 20 54.36 50.00 3.00 0.00 cgtcagtgtgtgcttacttc
SEQUENCE SIZE: 1629
INCLUDED REGION SIZE: 1629
PRODUCT SIZE: 1516, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1248
0 actctccattctctctcgccactctcgctttatacacagaagtgtataattatgtttctg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttttgtataaagcgagagaaaattgtatatacacatgcaaaaatgtatatcttcgtgtta
120 tacacttaattatataatttacaaacattttacttcaaatattgcagagaaaaaaaggta
180 cgaacgaattaatacaattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttcgatttgtc
**********************************************************
1440 gaactttagatagatagtgttacacaatacacatgtttggtggaggaggtagcaggtacc
1500 cgatgaactagtcgaagtaagcacacactgacgccatcaccatggtttttgaaagaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 aagaaaagcactagtcaaagtttataatgtttgtatccaaaactaacatgtgtgaggaac
1620 aagtataag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 794 0 0 0 159 0 516 79 0 11 16 0 13
Right 814 0 0 0 33 0 458 253 0 27 16 0 27
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000013, oripos=955209..956173 strand=1 allelepos=201..1165
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 19 20 54.01 40.00 6.00 2.00 cgaatgtattcaccatcttg
RIGHT PRIMER 1297 20 54.93 40.00 4.00 0.00 aattcttgtcttcccctttc
SEQUENCE SIZE: 1365
INCLUDED REGION SIZE: 1365
PRODUCT SIZE: 1279, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,984
0 tcatatttataagcattttcgaatgtattcaccatcttgaaatgtgtatgcatgtttact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tatgaatcatgatttgaaatatgtaggttaaattatctcattattttatatcatttcatg
120 aattcatataaaagaattttaaattctttaaaataaatttacacatttataaattacaat
180 caaaagtgaaagaaaattcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttttaattatttttgtttgtagataatcctttaat
**********************************
1200 ttatttattttttatgaatgacaatgtggatgtaaaaaataaaacaacaaaaacaaaatg
1260 gatggaacatatataaacgaaaggggaagacaagaattaagtctaaggataaaaaatagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 aatgctagagaaaacaataataaagtaagaaaaaaaagggcaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 430 0 382 19 0 15 0 0 9
Right 750 0 0 0 260 0 362 43 0 6 39 0 40
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000014, oripos=973222..974065 strand=1 allelepos=201..1044
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 97 20 54.83 55.00 3.00 3.00 cactctccctcgtcttacac
RIGHT PRIMER 1134 20 54.97 40.00 4.00 2.00 gtgacaggggaaaattcata
SEQUENCE SIZE: 1244
INCLUDED REGION SIZE: 1244
PRODUCT SIZE: 1038, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,863
0 gctacgagatgtaattatcaaactatagctatgaattgttgtcattcctctcactcccta
60 gcgaatctcgctctccactcttccagatctcgctcgtcactctccctcgtcttacacttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atagaacacatatgtataaattgtgtttttgtttgtatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatcttcgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtatatatatatatatatatatatatatatatatata
*********************************
1080 tatatcttcgtcttatacacttataattatataaatatgaattttcccctgtcactctct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 tttgccttctcattttataaagacacaaattatacaattgtgtaaagcgagtgagagaga
1200 taggtttgatatataaacgttttatttagattcaattgtataca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 201 0 373 239 0 9 0 0 33
Right 860 0 0 0 331 0 415 65 0 10 0 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000015, oripos=1014108..1015585 strand=1 allelepos=201..1678
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 111 20 54.97 35.00 2.00 0.00 tttttgttatgtcgctgttg
RIGHT PRIMER 1855 20 55.26 45.00 3.00 0.00 aagttcagggggtaatagga
SEQUENCE SIZE: 1878
INCLUDED REGION SIZE: 1878
PRODUCT SIZE: 1745, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1497
0 ccgtcgaaaaaagtaaaatcgctgctataaaaagcgatttgtaaaatttaaaaaatattt
60 tttaaagataaaatcgcttccgaaggagtgattttatatttttttattatatttttgtta
>>>>>>>>>
120 tgtcgctgttgaggcagcgacatgagttcaattttttttaattatttttgtttcttattt
>>>>>>>>>>>
180 tttttaaaaaaatcgcagcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtc
************************************************************
1680 agcgattttaaattaaaatcttttttagcgatttgatttttttttaaaaaaagaaaaaaa
*******
1740 tttaattaaaaaccgctgcgatttgatttttttttttaaaaaaaaattatttaaactttt
1800 ttaaaaaaggggataatgcccaagtatatactaaggtcctattaccccctgaacttattt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1860 tattaataattttttact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 396 0 182 183 0 15 17 0 21
Right 728 0 0 0 388 0 177 102 3 7 38 0 13
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000016, oripos=1029912..1029932 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 37 20 55.09 40.00 3.00 3.00 cgaccatccaaaaactgtat
RIGHT PRIMER 287 22 54.97 27.27 3.00 3.00 acttgtttgaatgtttttgaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 251, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aatttgaagttacgacctctagtatgaaattatataacgaccatccaaaaactgtattca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcaaaacaatatagttcaaactaaccatatgtcaaaaacatccaaacaagttatcaattg
120 aagatcaagaaactacttattacgacctctagtatgacattatataacgaccatccaaat
180 attgtattaatcaaaacaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtcaaatattgtattcatca
****************************************
240 aaacaatatacttcaaactaaccatatgtcaaaaacattcaaacaagttatcaattgaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 atcaagaaactacttattacgacctctagtatgacattatataacgaccatccaaatatt
360 gtattcatcaaactaatatagttcaaactaaccatatgtcaaaaacattcagacaagtta
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 26 0 759 22 0 17 0 0 31
Right 860 0 0 0 41 0 794 1 0 9 0 0 15
Pair Stats:
considered 32, high any compl 14, high end compl 16, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000017, oripos=1032110..1032130 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 53 22 54.04 31.82 2.00 0.00 tggtaaaacagaaagtgaaaag
RIGHT PRIMER 401 22 55.05 36.36 6.00 2.00 ctttgctagttcacacaaagaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 349, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 cccgttttttaaaagttttttctaatcttatgatgtgtgtgaatataaattaatggtaaa
>>>>>>>
60 acagaaagtgaaaagttaaaatgttatgtaaatatgttattcgttagattttgattaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaatacataaacataatagtcaatagatgtcaactatcataaatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatgttcttttttagttaat
****************************************
240 gtttttttggaagaaaaaagaagataggaaagaagtaatgaaaaatatacatatatgagt
300 acactattaaagaataatttgatcaaatatgagattaaatatagtttggaattagaaaat
360 ctcttgacattttttaaattttctttgtgtgaactagcaaagagaatatcatttcaaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 839 0 0 0 426 0 400 0 0 0 12 0 1
Right 746 0 0 0 286 0 419 0 0 3 32 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000018, oripos=1117839..1118822 strand=1 allelepos=201..1184
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 62 20 55.02 35.00 5.00 3.00 cttcaaagaaaatcattgcc
RIGHT PRIMER 1296 20 55.29 40.00 4.00 2.00 atccgtcatgcaatataagc
SEQUENCE SIZE: 1384
INCLUDED REGION SIZE: 1384
PRODUCT SIZE: 1235, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1003
0 gtcttaccaaaaataaaaaatacataatttcttgtgttttcttattggaaagcacttcaa
60 tccttcaaagaaaatcattgccaacatattattttttttataagaaccggtacttgttca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cctagttgaggaacaaaagatacaactgcattcatgttgctttctatatcctccaaggaa
180 tcttcaattccttctgtattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtccaccgtcagtggat
*****************************************************
1200 agcagttaaactctataaaattaattgacaagataaaataatttttttttcttcttttat
1260 ttgtgcatttacatttggcttatattgcatgacggattgcaatagcatggaaaacttttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 ctttttgacatattcaattgttaaacgtaagtgtgaaaggacactatcgttctgacggag
1380 tcgt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 825 0 0 0 140 0 470 104 3 46 11 0 51
Right 860 0 0 0 222 0 414 153 0 25 1 0 45
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000019, oripos=1327610..1328168 strand=1 allelepos=201..759
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 55.06 45.00 4.00 1.00 gacatgaagaggaagatcca
RIGHT PRIMER 938 20 55.09 45.00 2.00 2.00 caaggagagggaaagagaat
SEQUENCE SIZE: 959
INCLUDED REGION SIZE: 959
PRODUCT SIZE: 796, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,578
0 taaaaactcaaacacttattattatcccgaaaatctggaagtcatcatcacaagaacatc
60 tatcctcaaattactaatctaagagtttctaagaagctaaaatacataaaaagctagtcc
120 atcccggaacttcaaggcatcaagacatgaagaggaagatccagtccaagctagaagcat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tagctcaccctgaaattcggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtagaagaccttacaatacaac
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780 ccaacacatatcattcgctattaagagttaactacgaatagtataaaaaccataacctac
840 ctccaccgaagattcgtgatcaagcaagcaatttcccatgccttttcgttttccccttcg
900 ttcctctctctctcgatcgattctctttccctctccttgttctttctatttttcttatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 23 0 533 231 0 12 0 0 56
Right 860 0 0 0 17 0 383 389 0 16 0 0 55
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000020, oripos=1384890..1385480 strand=1 allelepos=201..791
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 77 20 54.69 40.00 8.00 2.00 gtcttggccaaacttttcta
RIGHT PRIMER 946 20 54.95 35.00 6.00 2.00 aaatgaagtgctcgatttgt
SEQUENCE SIZE: 991
INCLUDED REGION SIZE: 991
PRODUCT SIZE: 870, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,610
0 aaatttcatctcgtaatttaaaatcatgagataaaatcgtatactcagagacctacttac
60 ttttccaatataactaggtcttggccaaacttttctaggtgtatcaaaacttctcttaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 taatcaaagtctattattaggtttcttctaaataaactataggtttcaatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNAatatagttatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
********************
840 taacctaattagtgtatcaaattctgtattattttataggttaaattcaaaaatagtaat
900 taaacattaaaaaaattactttatattacaaatcgagcacttcattttttttttacaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 cgaacttttgaataaaaatgtgcctctaaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 188 0 606 36 0 17 0 0 8
Right 816 0 0 0 522 0 252 5 0 13 15 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000021, oripos=1395234..1395657 strand=1 allelepos=201..624
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 824
INCLUDED REGION SIZE: 824
TARGETS (start, len)*: 190,443
0 aatgcgtaatcaacatactttcatcacacataataatcatttcttaacaaacccaccaaa
60 ataaagtattggaatcgtcactctcatgcattattcatttgaaaactatgtaataatcat
120 ttttcttttcttattatttttgtcatgacggacgtgtgtatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtgtatatatatatatatatatatatatatatatata
*********************************
660 tatatataatcgtttgatagagagtaataaaataatacatgtattaacttcatatcctag
720 taataatgtctcgtttaagatattcttttatgttatgtatatctaattcttacactcgat
780 tgtatattaacacaaacataaattatatacgtatcatatattta
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 297 0 408 80 0 28 0 0 42
Right 860 0 0 0 437 0 423 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000022, oripos=1407006..1407574 strand=1 allelepos=201..769
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 31 20 54.76 30.00 6.00 1.00 tgcgcaaattaaacattaga
RIGHT PRIMER 960 20 55.07 35.00 4.00 2.00 aacacgcacaacaattatca
SEQUENCE SIZE: 969
INCLUDED REGION SIZE: 969
PRODUCT SIZE: 930, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,588
0 agatcaaaatatcctgctgtagctaatgtattgcgcaaattaaacattagaaaaatggaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ataaatcttctattgtaggtcaaaaaataaatatatcttctattatagataaaataatat
120 tgatagtatataggaacttctaagtaaaacttaaagcaaaaaaaaaaaaaatatatatat
180 atatatatatatatatacacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatat
**********************************************************
780 acagccctgaatttttaacttttttttgtactaaaaggaaggttttcaattatttccttt
840 tataagtaataacatcatgattaattagttaatcatacatcatgatgaattctatttagt
900 gataaagtgatttgtgattatattaattagtcatggctaagtgataattgttgtgcgtgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tcaaataca
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 822 0 0 0 407 0 351 26 0 16 10 0 12
Right 841 0 0 0 275 0 496 32 0 6 9 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000023, oripos=1625554..1628479 strand=1 allelepos=201..3126
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 119 20 54.87 35.00 6.00 1.00 tattggccatcgattaaagt
RIGHT PRIMER 3261 20 54.90 40.00 4.00 2.00 gctagatttggttccatttg
SEQUENCE SIZE: 3326
INCLUDED REGION SIZE: 3326
PRODUCT SIZE: 3143, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2945
0 tcatagtgtcttttgagtctcaaaaaaattaaaaaatggattccaaaggcatcaatcttg
60 cactttttgtttgcctcattttgtcattttcatcgtctatacttgcttatcgaacaccat
>
120 attggccatcgattaaagtaggttactatcgatatacttgcccctatgcagaacacattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttcaacatgtcgtaaacagaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNGgcaaatgatagatatgttagttgacgaaatgacagttccttctgatctctccgt
***************
3180 ttcgacctgtcaggacatctatagtacccatgtgaatcattgcagctgcaaacttccttg
3240 accaaatggaaccaaatctagcattgtagttcaccaatctagctgttgtcgggtttgcca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3300 tcaacgtctgatctgaaatcataagt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 48 0 374 259 0 22 17 0 80
Right 852 0 0 0 0 0 360 390 2 38 0 0 62
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000024, oripos=1728366..1728874 strand=1 allelepos=201..709
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 54.82 35.00 4.00 1.00 tttttacatccggtcaaact
RIGHT PRIMER 753 20 54.19 45.00 7.00 3.00 tggtccatgttactatggtg
SEQUENCE SIZE: 909
INCLUDED REGION SIZE: 909
PRODUCT SIZE: 683, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,528
0 tctcatttctgtactgatataagaattcttaacaagaattacatccggtcaaactaagat
60 acctgaaataatttttacatccggtcaaactaagatacctgaaataatttttacaaacat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctcttttaaaataaaagtcatttcaagatagaatattggcacatttatgtatttcctaag
180 taatcgatcacgatttagacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaaagtcataaa
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720 atcaaaataatatacaccatagtaacatggaccacgttggtaatcaaatcttaagttgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 ttgttattaaataaatgtttttccttctattcatcttttaaaaagaatatcacatgtgta
840 tctatttacttcaataataagttcaaaaattcttcttttatatttttaaatttcacgtaa
900 aaattaaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 164 0 606 25 0 9 0 0 51
Right 853 0 0 0 380 0 409 47 4 7 0 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000025, oripos=1740973..1742318 strand=1 allelepos=201..1546
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 55.00 40.00 6.00 2.00 ctggaattctcttcatttgc
RIGHT PRIMER 1697 20 54.71 40.00 4.00 1.00 tcatttggtagatccgactt
SEQUENCE SIZE: 1746
INCLUDED REGION SIZE: 1746
PRODUCT SIZE: 1585, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1365
0 caaccaaactcagctttctagccatcttcttttcatcatcattcgcttcttcatctacca
60 caatctctttccccttgttgaacttatcgtaaatattataaggaaaatattggctggaat
>>>>>>>
120 tctcttcatttgcaacttcatttctattcaagtccaacattcccattagcagcattccga
>>>>>>>>>>>>>
180 agctgtaaacatcagctttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGatggacaattgaac
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1560 atgaaaatgggcgtggctactctataccgtgatgcataatagtatcgacagaagaaatta
1620 ccgtattgttgaaagttaagcttagaaggtaggagagagcatagatcatgtgtttgtaaa
<<
1680 gtcggatctaccaaatgaattgtgttattagcatagtcgatgccttgaacatgcaacttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 ttggag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 57 0 401 262 1 12 0 0 118
Right 860 0 0 0 1 0 606 175 0 20 0 0 58
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000026, oripos=1746616..1747764 strand=1 allelepos=201..1349
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 113 20 55.00 40.00 6.00 2.00 ctggaattctcttcatttgc
RIGHT PRIMER 1539 20 54.99 45.00 4.00 3.00 ctccaagaagtttcacgttc
SEQUENCE SIZE: 1549
INCLUDED REGION SIZE: 1549
PRODUCT SIZE: 1427, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1168
0 caaccaaactcagctttctagccatcttcttttcatcatcatttgcttcttcatccacca
60 caatctctttccccttgttgaacgtatcgtaaatattataaggaaaatattggctggaat
>>>>>>>
120 tctcttcatttgcaacttcatttctcttcaagtccaacatttccattagcagcattccga
>>>>>>>>>>>>>
180 agctgtaaacatcagctttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAatggacaattgaacatgaaaatgggcgtggg
**************************************
1380 ttctctataccaattgtattcatagaagaaattattgtattggtgaaagttaagcttaga
1440 aggtgggagagagcatagatcatgtgtttgtaaagtcggatctaccaaatgaattgtgtt
1500 attagcatagtcgatgccttgaacgtgaaacttcttggaggatgaccat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 38 0 385 291 1 13 0 0 123
Right 860 0 0 0 32 0 504 232 0 19 0 0 73
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000027, oripos=1784389..1784965 strand=1 allelepos=201..777
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 126 20 54.85 40.00 2.00 0.00 tcaatacaccaacaaccaga
RIGHT PRIMER 846 20 55.52 35.00 4.00 2.00 cgatctttttcctttgttca
SEQUENCE SIZE: 977
INCLUDED REGION SIZE: 977
PRODUCT SIZE: 721, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,596
0 tgaatccatgggtatatattattaattattggattacaaagtacaaaaattatctggata
60 tatattattaattattggattacaagtacaaaaaagttttactaggtttacactaaataa
120 tgtcagtcaatacaccaacaaccagaaaaaaagagttgtatatatatatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTata
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780 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgttagtgaacaaaggaaa
****** <<<<<<<<<<<<<
840 aagatcgtatgattatatgattcacttttctttttggcgcgtctaaaatagaatgacata
<<<<<<<
900 tttttatattaagtagtaattaattttaaaatatattttatcttaatgaaatgatttata
960 gtcacataaacatctaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 747 0 0 0 353 0 340 12 0 1 31 0 10
Right 860 0 0 0 459 0 296 89 0 7 0 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000028, oripos=2011583..2012115 strand=1 allelepos=201..733
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 4 20 55.17 45.00 1.00 0.00 ccttttcttcttctcaccct
RIGHT PRIMER 813 20 55.07 45.00 5.00 2.00 attcagattgtgacctaccg
SEQUENCE SIZE: 933
INCLUDED REGION SIZE: 933
PRODUCT SIZE: 810, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,552
0 tttcccttttcttcttctcaccctattctctatcaatattagctacatattgataatgaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 accatcacatttacgtaatcttagtagtttttgctttcgaaagatctattatgatgaaag
120 acttagaccagactctaatatatatgtacatatatattaaacaaaaaaggaaataaatat
180 taacttattattacaatgcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNTtagataatggacgacgataagccaccgcccagtagtgctctctgagc
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780 ttgattgctccgagcggtaggtcacaatctgaatttcagactgaaaagcggaaagtaata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 agttcaacgggtaagagaatgcgtttaaccgatttgtacaaaagagtttcgatgagaatt
900 atgagaacttgagtagtcacatctattatattc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 849 0 0 0 202 0 610 10 8 6 0 0 13
Right 843 0 0 0 0 0 454 301 19 20 0 0 49
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000029, oripos=2026234..2026552 strand=1 allelepos=201..519
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 719
INCLUDED REGION SIZE: 719
TARGETS (start, len)*: 190,338
0 tatataaaacaaatactctctttataaaataagaaatttggttttaaaaaaattgatcta
60 ccaaccaattcttttatatatataaaaataaaataaggataccatttattaacacaatat
120 ggaagtcccaagaattggtagtggtctacatgttcaaaggttcatgagatttttttgttg
180 aaaataatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatat
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540 atgaaatattattttatcatgtaattaaaaaatgtaattataataataattttattaagc
600 atatttgacttagtattttctacttgattttagtggtaagcattttatcaaaaacattta
660 tttataactaatgttatttgcttcatgatttatattaattcattttcattctctttcaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 791 0 0 0 330 0 342 45 0 19 21 0 34
Right 860 0 0 0 534 0 326 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000030, oripos=2090149..2094337 strand=1 allelepos=201..4389
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 36 20 55.02 35.00 4.00 2.00 attttgggtcatatcgtttg
RIGHT PRIMER 4562 20 54.66 40.00 3.00 3.00 tggggaccttctaatgaata
SEQUENCE SIZE: 4589
INCLUDED REGION SIZE: 4589
PRODUCT SIZE: 4527, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,4208
0 gcaccctaaataacttttaaaagaatagagcaagaaattttgggtcatatcgtttgttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tatatagtattttgaaataaataagatcacaaacttacaagtccaaaaaaatgtcaaaat
120 gttaagatattgatcatatctttatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tataataactaataatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4380 NNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaaatat
******************
4440 ttgtacacctacgtactaactaattataacgctacgtaattctctctgtttcaaattaat
4500 atctatagtgattctttttttctatacgatcttataagaaaaatattcattagaaggtcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<
4560 ccaccccaacgtccgactattttattttt
<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 432 0 296 29 0 6 15 0 24
Right 801 0 0 0 278 0 387 101 0 4 16 0 15
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000031, oripos=2100245..2100265 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 75 20 55.09 35.00 2.00 0.00 tctcatcttttgccttgttt
RIGHT PRIMER 337 20 54.74 40.00 2.00 0.00 acaataccacaaaatcaccc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 263, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttattgagtttttatagagataagttcagtgttaaaattcataagtttggtgttgttgta
60 ttgtttttgaaaaattctcatcttttgccttgttttcttttgattatcgagtttttatag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 agataaattcagtgttaaaattcataagttctaatttcaaatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatataattaattctaaattcacctttgatacaataaaagaaa
300 atgtgagattagaaaaatgggtgattttgtggtattgttagaaggaagtttgtgaagatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 tttttttttatttatttgatttaagttatatgttagttattatatatttgaatttttttt
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 266 0 524 31 0 2 0 0 32
Right 838 0 0 0 434 0 348 21 0 2 8 0 25
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000032, oripos=2110902..2111980 strand=1 allelepos=201..1279
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 55.08 50.00 5.00 3.00 catgaagctaggctatccac
RIGHT PRIMER 1446 21 54.84 33.33 4.00 0.00 tttttacttcaaacttcccct
SEQUENCE SIZE: 1479
INCLUDED REGION SIZE: 1479
PRODUCT SIZE: 1374, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1098
0 tgattgcccaaatatagcatagtatgactttttgtatgtctatggttattacttgttaat
60 tattggattgagtcatgaagctaggctatccacgtttgctaattacgtacgtacgttgta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cttataatatagaccaatatatcatattttggtcgattatattaaaatataattggttcc
180 aactaggagctaattgatggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTagagtgtatatatatatatatatatatatatatatatatat
****************************
1320 atatatatatataagatttatataaagatcagattgaaagttaataatatagtttaccgt
1380 cacgtatttatatatttagtgaatttattaataataatatatagataggggaagtttgaa
<<<<<<<<<<<<<<
1440 gtaaaaaaaaaaactaatgtattttcgtgatctcgtagg
<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 126 0 612 67 7 31 0 0 12
Right 848 0 0 0 521 0 311 1 0 1 6 0 8
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000033, oripos=2118657..2118677 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 20 55.08 40.00 3.00 0.00 ggaagtcattttctgatgga
RIGHT PRIMER 306 22 54.35 27.27 4.00 3.00 tttgttaatttctggacttcaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 307, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ggaagtcattttctgatggaaaatattataacaataataacatatatatttaatataatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttacgaatgaaatttaaaaatagtattatgtgttcgtatatgtagttttattccctcctt
120 aaagtatataattatctaaaataaacaatataatagtgaaaaaatctatactgaaaataa
180 tgaatcagaggataatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGagaataatattatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatacacctcaaataatatgataattgaagtccagaaat
<<<<<<<<<<<<<<<
300 taacaaaattgtagaataagataatacgtaagagagtaataagatgaatacttacagaaa
<<<<<<<
360 aactacaaatgtttcaactatttatcgatcttctttcataattctcaaactccaaatctt
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 528 0 288 2 0 4 7 0 1
Right 860 0 0 0 214 0 641 0 0 3 0 0 2
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000034, oripos=2154947..2156349 strand=1 allelepos=201..1603
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 87 20 55.03 50.00 2.00 2.00 acccacacttaccctcctat
RIGHT PRIMER 1759 20 55.21 45.00 4.00 3.00 caactattgtaacgacccgt
SEQUENCE SIZE: 1803
INCLUDED REGION SIZE: 1803
PRODUCT SIZE: 1673, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1422
0 cttgctagctcttctagtctaatcaatgcacatcctacacattcacaatggatagttgtc
60 acgacccaaatccgggccgcgactggcacccacacttaccctcctatgtgagcgaaccaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ccaatctaaaccttaacatttcaatgtaacatcaacagaaaataatgcggaagacttaaa
180 ctcattaataaaaaccaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCagtacacaatttcagat
****************************************************
1620 tttctaagtgttttgaaacgagaccctgcgacggtccgtcatgcccttgacggtccgtcg
1680 tggggtccgttgcttctgccaatttttccagaattgaagtctgttgctcaagacgactaa
1740 acgggtcgttacaatagttgatagtggagccacaaaccatatggtgaatgacaactcaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 ttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 10 0 449 322 0 12 0 0 62
Right 837 0 0 0 0 0 272 466 15 30 0 0 54
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000035, oripos=2218606..2218928 strand=1 allelepos=201..523
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 123 22 54.52 36.36 4.00 3.00 gaaagtcgaagaatatcgaact
RIGHT PRIMER 595 20 54.97 40.00 2.00 2.00 gtttagatttgttggttcgc
SEQUENCE SIZE: 723
INCLUDED REGION SIZE: 723
PRODUCT SIZE: 473, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,342
0 aaatgtttatctataattgcacagttataataaatacgataaagagagaatcaaaattta
60 aaagatgaaatgtgtcatctttttcaagatcatatgatattaaattatcgaaaaagtaaa
120 tacgaaagtcgaagaatatcgaacttatgaaaataaattaataacctcttaagtaaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtaaagtatttttatggttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtcacgacccaaaacga
****************************************************
540 gtcgcgagtggcacccacacttatctttctatgtgagcgaaccaacaaatctaaacccca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
600 acatttaccaatatttcaaccatagtgaacaaaatataatgcggaagacttaaaacttat
660 taacgaaaatcaattgaataacttctaaaactcaatacttattattcccaaaatctggaa
720 gtc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 316 0 520 5 0 9 0 0 5
Right 860 0 0 0 78 0 536 163 0 8 0 0 75
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000036, oripos=2221427..2222257 strand=1 allelepos=201..1031
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 63 20 54.79 40.00 5.00 2.00 acgatccgatttagagatca
RIGHT PRIMER 1133 21 54.16 33.33 7.00 1.00 tgatcttgaaaagatgacaca
SEQUENCE SIZE: 1231
INCLUDED REGION SIZE: 1231
PRODUCT SIZE: 1071, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,850
0 taataaccacttaagtaaaaatgtaaattgttattctcgttatttttaatgataaggtat
60 taaacgatccgatttagagatcataaccctatttataaatatatgcacaacattttttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 actacaagtgtatgctaaaagagtttggttgaggatttttaggttttaaagattaattgt
180 gttcgatttgggaagtaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNCggtttgggaagtaaaatgtttatctatagttgcacaattataataaaga
********************
1080 cgataaagagagaatcaaaacttaaagatgaaatgtgtcatcttttcaagatcatataat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 atcaaattatcaaaaaaataaatataaaaagtcgaagaataccaaatttatgaaaataaa
1200 ttaataacttcataagtaaaaatgtaaatta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 220 0 504 18 0 8 18 0 30
Right 859 0 0 0 394 0 454 0 3 2 0 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000037, oripos=2238855..2238875 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 138 20 55.04 40.00 4.00 2.00 ttggattataggcggagtta
RIGHT PRIMER 325 20 55.16 35.00 4.00 3.00 ccttgttattccaaattcca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 188, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 attttgagttgatggattttggattgtaggcggagcttggattttgagttgatgggtttt
60 ggattataggtggagctaggattttgagttgatggattatgtattatagggtgagttagg
120 attttgagttgatggaatttggattataggcggagttagaattttgagttgatggattct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ggattataggtggagcttggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTggagctaggattttggatt
****************************************
240 ataggtggagttaggatttgagttgatgaattttggattataggtggagctaggattttg
300 agttgatggaatttggaataacaaggtagaggtagagttagaaggtagaggtaaggtttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 cgtataaactgtattatgtggatcccacttgtggggtaatagtgagtttgttgttgttgt
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 489 250 0 11 0 0 105
Right 860 0 0 0 0 0 653 119 0 10 0 0 78
Pair Stats:
considered 3, high any compl 1, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000038, oripos=2239398..2239418 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 122 20 55.04 45.00 4.00 0.00 gctaggattttgagtcgatg
RIGHT PRIMER 301 20 55.03 45.00 4.00 0.00 ctagctccgcctataaaaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 180, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gagctaggattttgagttgatggattctggattataggatgagctaggattttgagttga
60 tggaatttggattataggcggagttaggattttgagttgatggattatgtattatagggt
120 gagctaggattttgagtcgatggaatttggattataggcggagttaggattttgagttga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tggattctggattataggtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttataggtggagctaggaa
****************************************
240 tttggattataggcggagctaggattttgagttgatggaatttgttttataggcggagct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 aggattttgagttgatggatttcgaattataggtggagctaggattttgagttgatggaa
<<
360 tttggattataggcggagctaggatttttagttgatggattatggattataggcggagtt
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 530 190 0 8 0 0 127
Right 860 0 0 0 0 0 449 268 0 25 0 0 118
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000039, oripos=2267769..2268839 strand=1 allelepos=201..1271
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 140 20 55.24 45.00 6.00 0.00 tttacttggctagctggtgt
RIGHT PRIMER 1409 20 55.27 40.00 2.00 0.00 tagcgacccgtaaaataaga
SEQUENCE SIZE: 1471
INCLUDED REGION SIZE: 1471
PRODUCT SIZE: 1270, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1090
0 tttaggtaaaagtaatctttttctaatattattggaatattaaaaatagggaaatcattt
60 tctaatattattggaatattaaaaatagggattaaaaatatataattcttttttaattat
120 atttttaacgacggctaaattttacttggctagctggtgtgccgtttttaacatcaattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gcatcttcacaaattaacttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
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1320 tattatcaatatttcctcgtgataattttgttttatttttactttatttccttttcaaac
1380 gacacttacatcttattttacgggtcgctattatatcgcatggtttaagtttattagtag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 gtgatgaaaagattcattttatataaagatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 437 0 263 109 0 24 0 0 22
Right 860 0 0 0 343 0 427 41 0 16 0 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000040, oripos=2276309..2277700 strand=1 allelepos=201..1592
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 84 20 54.55 45.00 4.00 0.00 tataggacttgtgcatgtgg
RIGHT PRIMER 1788 20 55.52 35.00 4.00 1.00 cacccaaaaatggtttaatg
SEQUENCE SIZE: 1792
INCLUDED REGION SIZE: 1792
PRODUCT SIZE: 1705, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1411
0 tgaaaatgttgatttatccacaaatacatttttttccttaggttcacacatttataagaa
60 tttaaagggttgataaattaggactataggacttgtgcatgtggacagtggacttagaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aataagtaaataaataaataaatgaaatgaaaataattcctttattatgagtatgtgtat
180 cataatttttttagggcaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtacaattttcccacttttttatcaccgg
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1620 cgtatctagattaatttgtaaatatttcaattaatttaataaaatatatgttatttttta
1680 ttaatataggtattgaatatcgttaaacatgctggtggaatgaaactctaataattttca
1740 acacactttattttgaccatttattattacattaaaccatttttgggtgctc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 796 0 0 0 233 0 458 59 0 12 18 0 16
Right 836 0 0 0 414 0 280 84 0 16 6 0 36
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000041, oripos=2292389..2292409 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 60 21 54.28 38.10 4.00 0.00 aagaggactcattagcaacaa
RIGHT PRIMER 410 22 54.97 27.27 7.00 3.00 aggaaacaagattttgaaaaga
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 351, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gcccatatatttggaatatgtagaagggaaatttttcaaaatgtcaatattttagcattt
60 aagaggactcattagcaacaacttcaatatttagtaaaaatgtcattttagtttgttatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgtgtttttattatttatttttatttaaagaatataattatttaataacaaataggagaa
180 aattaggtggggaatatttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtaactagttgaattacatt
****************************************
240 tagaataaatacaaattagaaaaaaatatcaaattcagttgacatacctttattagtttg
300 tattcattccaatatgtatgtcaaataaaatgtagctatttaagaaatacatttgtattc
360 gtatatatttttcactgtgtatttatttttcttttcaaaatcttgtttccttttctaagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 385 0 435 5 3 6 0 0 19
Right 858 0 0 0 351 0 498 0 0 5 1 0 3
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000042, oripos=2292937..2293225 strand=1 allelepos=201..489
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 157 20 55.09 35.00 4.00 2.00 ttcgtcgtctttttcaagat
RIGHT PRIMER 550 20 55.07 30.00 7.00 0.00 caaccaatttttggtgattt
SEQUENCE SIZE: 689
INCLUDED REGION SIZE: 689
PRODUCT SIZE: 394, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,308
0 acaaatacaagattcataaaccatacaacatgaaatttttaataaatacaaatattgata
60 gtatacatagtgatttgaatacaaattaagaaagcataccaaattctaaaaaagaactat
120 aaatacaaaacaaactaatggaaaattgttcgcgatcttcgtcgtctttttcaagatcct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cacaagtagacaaagattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNGttatacactatttgttaagtaataaataaattaaaggatgaaaaatcacca
****************** <<<<<<<<<
540 aaaattggttgattaagatgaatacctctagtaagcctcttggattcagccattggagag
<<<<<<<<<<<
600 taaatcataacggaaattgaaaaatacaaacaacatttttttaagacttaaacaaaaata
660 aaattaaaaaagaaatctgaaaataggat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 831 0 0 0 261 0 426 113 0 8 8 0 15
Right 837 0 0 0 324 0 344 91 2 11 8 0 57
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000043, oripos=2297758..2304356 strand=1 allelepos=201..6799
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.98 40.00 8.00 3.00 tgaggatcttcaatcagctt
RIGHT PRIMER 6944 20 54.70 30.00 4.00 0.00 aatgagaaatcccaaaaaca
SEQUENCE SIZE: 6999
INCLUDED REGION SIZE: 6999
PRODUCT SIZE: 6775, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6618
0 ttatttttgtacctttaacttttgaatttaatttaaagataatcacatcattctatacat
60 aagtaggatgacataacacaataaaatcacttatcaaaagttaaaaagtttttttttctt
120 acaaaagattatattattatttcaagaatcaatatatatatatatataaatgaggatctt
>>>>>>>>>>
180 caatcagcttatgtggcatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>>>>>>>>**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNAtgtagtttcctcttggaatggctctgtaagctacgtattct
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6840 aggatacccagcttgttgagtgctgtttacgattattggcttttatgaaaactttgtttt
6900 tttctttgttttctttgcttattaatgtttttgggatttctcattcatcaagagacctgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6960 gaatctataagtacatgctgatatctttgttaattcaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 482 0 362 3 0 1 1 0 4
Right 824 0 0 0 64 0 553 111 5 18 12 0 61
Pair Stats:
considered 6, high end compl 4, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000044, oripos=2326779..2327745 strand=1 allelepos=201..1167
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 33 20 55.06 45.00 5.00 1.00 gtgccaccagatcatacttt
RIGHT PRIMER 1284 20 54.92 30.00 6.00 0.00 aaaagaatattgccaccaaa
SEQUENCE SIZE: 1367
INCLUDED REGION SIZE: 1367
PRODUCT SIZE: 1252, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,986
0 ttgtcaagtgacacctccattttgaagcttgatgtgccaccagatcatactttatggttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gggcatccacctcctcttctgaggttggctattgtggatttagctctgcccagaagaagc
120 ggttctgttttatcaatgtttgttgatcccattatttcagaacgaatatattgccttcat
180 gaacgaggaattgattcagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCttttttttgttggatatcgtcttatcatctgca
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1200 agtcttcatatttccccctctgaggggacaaggggtgtgccttattttatctgctagtga
1260 aaagttttggtggcaatattcttttactacctgtgtcccatttaatatgaggtactttga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 ctcggcaaagagttgaagaaaaaaaaggaagacttttaaaacttgtg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 3 0 296 427 3 38 0 0 86
Right 794 0 0 0 0 0 437 252 0 23 19 0 63
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000045, oripos=2381315..2382772 strand=1 allelepos=201..1658
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 55.05 45.00 8.00 2.00 tcttagtgccccaagagata
RIGHT PRIMER 1802 20 55.22 40.00 6.00 2.00 acggtccatatgcaattaag
SEQUENCE SIZE: 1858
INCLUDED REGION SIZE: 1858
PRODUCT SIZE: 1660, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1477
0 agtgttgtcacacattagaggaattgctttgatgtggatcccaaaatcttctaagtgttg
60 cctgatccacagcaattgagaacaacaggctgcagcagctacgtattcagcttcagcagt
120 tgaaagagccacagagttctgcttcttagtgccccaagagataagtgatgatccaaggaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atgagccattccagaggtgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgttcaaccttcaacctcaggtt
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1680 tggcagactcttataagcagacagtgttagctaatttacattttaaatcattagataaaa
1740 ttgaagatgttagaatagaaagaatgcaatttggagtacaaaacttaattgcatatggac
<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 cgtcaaacttaacatttagacatttacctaactgtcaattagacaaacaacagacatg
<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 0 0 290 422 2 43 0 0 91
Right 860 0 0 0 127 0 597 84 0 15 0 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000046, oripos=2386699..2389184 strand=1 allelepos=201..2686
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 20 55.01 45.00 5.00 1.00 atgaacaagtccaggatgag
RIGHT PRIMER 2774 20 55.19 40.00 4.00 0.00 acacaattctcaaatgctcc
SEQUENCE SIZE: 2886
INCLUDED REGION SIZE: 2886
PRODUCT SIZE: 2658, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,2505
0 gaggtcgtgggagaatgtcctctaggggaagaggacgagcacctagcccatctggaacta
60 gggcggtgactcctccaccgactgaggaagtggtaggagaaggggaggatggggaaaatg
>>>
120 aacaagtccaggatgaggaaatgccaccccaacctaccccagagatgatcaatcaggttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tcgcttatcttagtgggttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtttggatctctttg
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2700 tgatcgtatttattgatgatatactaaaatactctaaaagtaagaaggaacatgaggagc
<<<<<
2760 atttgagaattgtgttggaaatgttgagggagaaaaagctttatgccaagttctctaagt
<<<<<<<<<<<<<<<
2820 gtgagttttggctagatgcagtgtccttattggggcacgtggtttctaaggatggggtga
2880 tggtgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 110 665 0 18 0 0 62
Right 860 0 0 0 69 0 381 304 0 22 0 0 84
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000047, oripos=2402916..2403769 strand=1 allelepos=201..1054
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 20 54.84 35.00 7.00 0.00 acaaattgtattgcggtctt
RIGHT PRIMER 1166 19 54.82 36.84 6.00 2.00 aatggcaagcatccttaat
SEQUENCE SIZE: 1254
INCLUDED REGION SIZE: 1254
PRODUCT SIZE: 1064, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,873
0 tagtcaaaatataatgaataatgggctcgttcgtttataattcttttcttaaattgaatc
60 taattaaaaatgaataagtacttatcacttcactacgatccttacaaattgtattgcggt
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cttacgatcaaatcaaaatgactagacaacatataatcacaaattgttgctccacgttga
>>>
180 taaaactggctaaatgagtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagaatatattgtggaatgaatataat
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1080 tttaaaaaggtaaaaattctggagaaaaaaaaatttaaattttatttgaaaatataactg
1140 atgagaaaattaaggatgcttgccattttttgaaatattccccccctaattttctcttat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 ttgttattaaataattatattctttaaataaaaataaataataaaaacatacat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 201 0 436 144 6 22 0 0 39
Right 709 0 0 0 466 0 153 24 0 9 43 0 14
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000048, oripos=2428557..2431627 strand=1 allelepos=201..3271
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 147 22 54.19 27.27 4.00 0.00 tctccaatttttcctacttttt
RIGHT PRIMER 3447 20 55.25 40.00 5.00 0.00 tggtccatgatatgttcctt
SEQUENCE SIZE: 3471
INCLUDED REGION SIZE: 3471
PRODUCT SIZE: 3301, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,3090
0 aaattaaaattttaagtcctatcaaactaatacaacttaatgaaaagaagaactattttt
60 atgaattttatttttaataggagtatcaaatttatctagaaaaaaatatgaaaaaattac
120 ttaaatacacaactataatttttatattctccaatttttcctactttttttaaatattac
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180 ataattccctattttttttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtcattttatattctgtcatgtatcatgca
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3300 tatttacttaatactatgtatcatgtgatcgtaatcaatgttacgtatcagcacaaatta
3360 ttttaacagtttttatttcaaaactgcatattcaggatggtgacgcacatcagtcgcacc
3420 aagatttaaaggaacatatcatggaccaagccgttgatgacaatgttcatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 546 0 299 0 0 0 3 0 2
Right 860 0 0 0 105 0 462 245 3 18 0 0 27
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000049, oripos=2433801..2436239 strand=1 allelepos=201..2639
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 107 20 55.13 35.00 6.00 0.00 ttcatgatacactgccaaaa
RIGHT PRIMER 2761 20 54.94 45.00 4.00 3.00 tgatgtgaagacaggtcaga
SEQUENCE SIZE: 2839
INCLUDED REGION SIZE: 2839
PRODUCT SIZE: 2655, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2458
0 atatgttagcgacaatgatgatccaccaaaatccaggggcgtagtcacaccaccaccaga
60 agaagatttagttcacatagtgtagcatttcatgatagaacaatgttttcatgatacact
>>>>>>>>>>>>>
120 gccaaaaccaaatgatacatatgtaccaaacacacactaaaaataactggtacattgatt
>>>>>>>
180 aaaccatatgtataatgtacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAc
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2640 tgtcatacctttgttgatcaaacctcttcactttgcaattgaagttgttctttatcttct
********
2700 atttcgtcatcacatctacaagtgttgctttatccttgtatatctgacctgtcttcacat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2760 caacgatatctgaattgattataacatttgcaactccaacttctgcattttcatgtgact
<<
2820 caaataagctattttcaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 559 237 0 9 0 0 50
Right 856 0 0 0 15 0 644 99 3 41 0 0 54
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000050, oripos=2451279..2452095 strand=1 allelepos=201..1017
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 62 20 54.91 45.00 4.00 2.00 cccaccccactaacatataa
RIGHT PRIMER 1126 20 55.63 40.00 5.00 2.00 tgctgcaaaagttgtgtcta
SEQUENCE SIZE: 1217
INCLUDED REGION SIZE: 1217
PRODUCT SIZE: 1065, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,836
0 aaaaataaagaaactcgcgatctatcagcacttgaagggctacccaatggagatggaatc
60 accccaccccactaacatataatggaccactaggaaaaatacaaggaatataaggataaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tacaaatatatatatatatatacacaatgtaaacaatacattgagtcaaaacatgcatat
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtat
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1020 atatatatatatatatatatatataaaagttgaaaatattgtaaaaaataaagtggttct
******
1080 agtgatatcctttttgaatttgatatatagacacaacttttgcagcaattgtggaaaata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 ttcctagctttatattcatatattttccatttttgaaatagaaaatgatgtactccaaga
1200 ataataataataataat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 839 0 0 0 179 0 382 223 4 22 0 0 29
Right 835 0 0 0 330 0 418 57 0 15 7 0 8
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000051, oripos=2464914..2465216 strand=1 allelepos=201..503
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 112 20 54.96 45.00 7.00 0.00 cctcttgtggcataagtttc
RIGHT PRIMER 698 21 55.03 28.57 3.00 0.00 ggtccgattttgtttttattt
SEQUENCE SIZE: 703
INCLUDED REGION SIZE: 703
PRODUCT SIZE: 587, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,322
0 ggtattttttaacataattcactggacaaaaatttagagcattttataaatttattaata
60 attaaataatgtctattaggacataatttgtgaaattttaattgaacttttgcctcttgt
>>>>>>>>
120 ggcataagtttcataggaattgaattatttcataacttgttgtgccttatagaatgtaac
>>>>>>>>>>>>
180 atatggtatcttgtgatttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatata
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540 tatatatatatatatatatatatatattgtttcatttttgttgttagatgtatttttgtc
600 atttattgtattttatgtgtttatcgaaatattttttttaggtgaggatttattgaaaac
660 atgatctctatcccataaaaataaaaacaaaatcggaccgatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 287 0 463 56 1 8 5 0 32
Right 818 0 0 0 450 0 325 19 2 4 12 0 6
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000052, oripos=2469731..2474120 strand=1 allelepos=201..4590
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 54.88 30.00 6.00 2.00 aaaaatgcatcgtcaagaat
RIGHT PRIMER 4697 20 54.86 50.00 4.00 0.00 ctagtgatcgagattgggag
SEQUENCE SIZE: 4790
INCLUDED REGION SIZE: 4790
PRODUCT SIZE: 4682, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4409
0 atacgccggaggaagaaaaaatgcatcgtcaagaatataattgggcttatgaaggagaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acattgatgaatctcttgattagatttttttaggttttatttaattaattaatttttttt
120 gatcttagggttttgagttttattgttgagtctagagctaatgttgatttttatgtaatt
180 attttgtctttaaaatttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcaaataatacatatatatatatatatatat
***************************************
4620 atatatatatacacacatccactccctgtcctctcgcgcttatatctcagctcatcctct
<<
4680 cccaatctcgatcactaggtatacaaatacatatatgtatatcggttgtatatataaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4740 tatttgacagatatacatattaaattcaccttttttctctctcggtcttc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 751 0 0 0 229 0 413 32 0 11 33 0 33
Right 810 0 0 0 265 0 307 184 0 8 15 0 31
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000053, oripos=2491427..2492110 strand=1 allelepos=201..884
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 108 20 55.32 40.00 4.00 3.00 aaaaatacctcgtgttgcac
RIGHT PRIMER 1006 21 54.99 28.57 5.00 0.00 cgcatttagaaaatcaagaaa
SEQUENCE SIZE: 1084
INCLUDED REGION SIZE: 1084
PRODUCT SIZE: 899, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,703
0 attatcatcctttactgatggtgacaagttatcatatgtagaatgatttgtcaattgaca
60 aattcttttaaattttattgaaaaaaaaactctattttattttagaaaaaaaatacctcg
>>>>>>>>>>>>
120 tgttgcacgcaatcaatcatttatgttaatgcaaaatatatatatatatatatatatata
>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatata
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900 tatatatatatatagaattaaggaaaacaaataattataaaataaagaaattagatatac
960 ctgaaaaaaattagaaatattaatattttcttgattttctaaatgcgatacgtattttat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 attgaatttatttagttaaattcacaaacaaaattaaaaagaaaatcacacctctatttc
1080 aagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 821 0 0 0 421 0 282 82 5 8 11 0 12
Right 822 0 0 0 566 0 233 4 0 1 11 0 7
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000054, oripos=2607710..2608919 strand=1 allelepos=201..1410
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 54.98 35.00 3.00 0.00 acacttcaaaagggcataaa
RIGHT PRIMER 1580 20 55.04 40.00 8.00 0.00 gcctttaaagtatggggttt
SEQUENCE SIZE: 1610
INCLUDED REGION SIZE: 1610
PRODUCT SIZE: 1438, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1229
0 ccactaaccccacgctcttaaaagaggcgtaaaatccttcttcactcactaagattgcac
60 attcattaacaactaaaccccatactttaaaggcataaacacttcactcggacacaacat
120 attctcattaaccactaacccctacacttcaaaagggcataaaaacttcactagctagga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttacacattttcattaaccaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCattctcattaaccactaacccctacacttc
***************************************
1440 aaaagggcataaaaacttcactcgctaggattacacattttcattaaccactaaccccac
1500 gctcttaaaagaggcgtaaaatccttcttcactcactaagattgcacattcattaacaac
1560 taaaccccatactttaaaggcataaacacttcactcggacacaacacatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 583 165 0 22 0 0 85
Right 860 0 0 0 1 0 530 213 0 21 0 0 95
Pair Stats:
considered 3, high any compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000055, oripos=2610027..2610318 strand=1 allelepos=201..492
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 137 20 54.99 40.00 4.00 2.00 taagggacgtttttggacta
RIGHT PRIMER 634 20 54.97 45.00 2.00 0.00 cgagtgaagaagggtttatg
SEQUENCE SIZE: 692
INCLUDED REGION SIZE: 692
PRODUCT SIZE: 498, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,311
0 tgacggaccgtcacagacccttggtggaaatttgggtctctgaactctgcgacgacctgc
60 aggacggaccgtcgcaggcacgacggcccgtcacaggttgcgcaaatccaggcagagtcg
120 gatttctggtgaagttttaagggacgtttttggactattctttcattaattatagacttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtgggtttatattaataattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNTgagtttgagtcttccgcattacttttgttgttattacattgaaatgtt
*********************
540 aaggttagattggttggttcgctcacataggagggtaagtgtgggtgccagtcgcggccc
600 ggatttgggtcgtgacataaacccttcttcactcgcttaaattgcacattcataaaaact
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 tcactcggtaggattgcgaggggcttataccc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 35 0 183 583 0 7 0 0 47
Right 860 0 0 0 40 0 320 424 0 11 0 0 65
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000056, oripos=2632133..2632627 strand=1 allelepos=201..695
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 122 20 54.74 50.00 3.00 1.00 cgttactctacatccgctct
RIGHT PRIMER 822 19 54.38 42.11 4.00 2.00 gatccacaaggcaacaata
SEQUENCE SIZE: 895
INCLUDED REGION SIZE: 895
PRODUCT SIZE: 701, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,514
0 gccataattaaaaagtatagtccttcgattaaaaatatttatattcttaattaatatatt
60 cataaatttatattatacgttgaaaatattattaaatataaatacattgaatatatcgat
120 atcgttactctacatccgctctttatatatatatatatatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaattaacaaacaaaaaaatatgatg
********************************************
720 atttatcttttatttgtctgtgttttaaattatcctaatgacatcaaatcaatttactac
780 tatataataagagaaataattatatattgttgccttgtggatccatagtccaactattta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 tcattacttgattgaacatcattaacaataatcttgtattactagatataattta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 575 0 266 8 0 0 0 0 6
Right 860 0 0 0 314 0 483 44 0 15 0 0 4
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000057, oripos=2712111..2712785 strand=1 allelepos=201..875
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 56 20 54.45 30.00 8.00 2.00 aaaaatatttgcatccgaac
RIGHT PRIMER 959 20 55.07 40.00 8.00 2.00 tcgaagtcgagacttttgat
SEQUENCE SIZE: 1075
INCLUDED REGION SIZE: 1075
PRODUCT SIZE: 904, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,694
0 tacttagatactttaagaattattagctctgaataagcaaagaacagttgaaaaataaaa
>>>>
60 atatttgcatccgaacaatttttagttacacttaaatttatcctaattttgtatgtagac
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tagaaaaaaataaattcgaaaataaaattcgattggtattaaaacaaaacaatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatatatatat
********************************************
900 atatatgttttatgcagtagatgtaacttttcttttcttaatcaaaagtctcgacttcga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 atcataatataaaaaaatcattactagggagtgtcttactctgtatggggtaattctgaa
1020 ttgatcgagcataagatgaaaaaaaaagaacgaaaaattattaattttacctccg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 349 0 397 35 0 15 9 0 22
Right 791 0 0 0 254 0 437 32 8 22 21 0 17
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000058, oripos=2726047..2726806 strand=1 allelepos=201..960
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 93 20 54.84 30.00 2.00 2.00 ttgcttatgggatttttgat
RIGHT PRIMER 1086 21 54.29 28.57 4.00 0.00 tcaaaatgatcgtaaacacaa
SEQUENCE SIZE: 1160
INCLUDED REGION SIZE: 1160
PRODUCT SIZE: 994, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,779
0 aacagaaagaaataattaatgaacttgtatttggtgattgcgttgtttttatctagacta
60 gaaaatagcgatagttatttattgttttattaattgcttatgggatttttgatttctttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aatagtttcttcttctttaaacgtgtcatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
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960 gaaagaactaaaataatgcaaaaaataagatatgaataaattttcatatggaacaagaga
*********
1020 tattacaataaataaaaatatatttggaagatttctcactataaaattgtgtttacgatc
<<<<<<<<<<<<<<
1080 attttgagaaaataacatttttattgtttagagttatttcatttaagacgaaataaataa
<<<<<<<
1140 ggataatttatgatttattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 309 0 457 54 0 3 0 0 32
Right 847 0 0 0 431 0 404 0 0 1 4 0 7
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000059, oripos=2748218..2748870 strand=1 allelepos=201..853
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 125 20 54.65 40.00 4.00 0.00 atgcaccatcactacctttt
RIGHT PRIMER 1018 21 54.89 23.81 5.00 3.00 ttttgatttcgtttttcaaag
SEQUENCE SIZE: 1053
INCLUDED REGION SIZE: 1053
PRODUCT SIZE: 894, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,672
0 ttcgacgattaaagaattttaattgatatttttgtaataaggtggctccgtcactgtgtg
60 tggttttttttttttgcattatcctttgttaggtgtattatttttcctctcaacatgtgt
120 tctttatgcaccatcactacctttttatactataataaataaattttatatatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNAatttaattatatatatatatatatatatatatatatattataaataa
**********************
900 ttttgatctaattatttaataaatcaagaaattggcaattgtttataatacatttgatta
960 gtagtttcctaaagtacaagagactaatctattaattactttgaaaaacgaaatcaaaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tttaagtttaagttctgaactttatcactagat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 784 0 0 0 282 0 324 114 0 6 22 0 36
Right 848 0 0 0 455 0 376 0 7 1 0 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000060, oripos=2843450..2844262 strand=1 allelepos=201..1013
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 94 20 54.80 45.00 0.00 0.00 aagaagaaagaggaggagga
RIGHT PRIMER 1099 20 55.17 45.00 5.00 2.00 gcttgcctagcgactaaata
SEQUENCE SIZE: 1213
INCLUDED REGION SIZE: 1213
PRODUCT SIZE: 1006, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,832
0 aatgctaataaaaataatattgatttttttcgtaggtgagtgatttgaaattagaaggga
60 atgaaaaacaaaaaaagaaaagaaaaggaagaagaagaagaaagaggaggaggaggaggg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acaaaaaagtatatatatttttataattaatgaaaaaagtgataaagagaaaataaataa
180 tataaatagtaaaacataacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGattagag
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1020 aggtatttgtctattttctgaacaaattataatgaatttgaattttttttccctctaaat
**
1080 tatttagtcgctaggcaagctctcttacttttaattttgttcgataggatttaaattgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 gaataacaaaaaattgaattgaatcaaattagtttttgttcgtcaattattaatttacct
1200 atttacaaataaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 728 0 0 0 332 0 239 63 0 3 43 0 48
Right 782 0 0 0 282 0 416 41 2 8 23 0 10
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000061, oripos=2951845..2952596 strand=1 allelepos=201..952
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 62 20 55.43 40.00 2.00 0.00 ccacagaaggaaagtcaaaa
RIGHT PRIMER 1012 20 55.42 40.00 6.00 1.00 gtgcatatgtgattcaacga
SEQUENCE SIZE: 1152
INCLUDED REGION SIZE: 1152
PRODUCT SIZE: 951, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,771
0 ataaaagacaataattacattctgttagaataaaacactctctgtttccctctttgcctc
60 tcccacagaaggaaagtcaaaattcaatttcgcaaaccaaaacgccaaaccagctgttct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgaatcacatatccacactataaaagacaataattacattctgttagaataaacactct
180 ctgtttccctctttgcctctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtcaaaatc
************************************************************
960 catgtggcaaaccaaaacgccgaatccgcatgctcgttgaatcacatatgcacattataa
* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 aagacaataattacattctgttagaataaacgctctccgtttccctctttgcccgcaaag
1080 ggaaagttaaaatccatgtcacaaaccaaaaatgccaaaagctgcgtgctcgttgaatca
1140 catatctacact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 68 0 468 255 9 7 0 0 31
Right 860 0 0 0 51 0 284 475 0 6 0 0 44
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000062, oripos=3012633..3013234 strand=1 allelepos=201..802
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1002
INCLUDED REGION SIZE: 1002
TARGETS (start, len)*: 190,621
0 aagttaattaatttatattttacaaccataaataattatatattgctatcattcacatat
60 ttctttctcatcacaaattatttataagaggaatataaacttattatagattttaaagat
120 atataatttgaatagattaaagaacgatttaaaattttattttagtttcatccataggta
180 ataataattgtctatcattcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcttttaagttagtttgaccagcttttaagctgagccaa
*******************************
840 acaggctcttagtaattgtctttaattatatctttatattaaaaagggaaaatgcacacg
900 taccccctcaatctatgtccgaaattttagagacacacttatactataataaggtcctat
960 taccccgctgaacttattttataagtaattttctatcccttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 543 0 312 0 0 0 0 0 0
Right 846 0 0 0 182 0 363 232 9 17 0 0 43
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000063, oripos=3120538..3120558 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 24 20 55.61 35.00 5.00 3.00 aaggagcatccaaagttttt
RIGHT PRIMER 316 20 55.16 35.00 4.00 0.00 tttggaattgggatttgtag
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 293, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tatgaacttttattttaaaaaaaaaaggagcatccaaagtttttattagtcaattaatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tggaatgaagaataaaactctatgtatcaaaaaataaaataaaatgtagaatgaaattct
120 atttgagtcactaaatagaattccaatttgaattttatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatatatatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatattagctgtaaaagtggcaaaaacttcactaatagaacta
<<<
300 caaatcccaattccaaagttgtaaataaactaaaatttggatatgtcttttcaagacttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 ttggtgtttgcaaaaagtcaattaatttgacaatccaattgtatttttaacatttttggg
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 804 0 0 0 423 0 348 8 0 3 16 0 6
Right 860 0 0 0 234 0 485 68 3 17 0 0 53
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000064, oripos=3127615..3127635 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 138 20 55.26 45.00 3.00 3.00 tcctattaccccctgaactt
RIGHT PRIMER 321 20 55.15 30.00 8.00 2.00 ttggatatgcaaaacaaaca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 184, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aagaaaaacgattgaatttttttttataagaaatagtaattaaacttcttgtgatgatga
60 taaatcttagggaaaatattcaagtaccccctcaacctatgcccgaaatctcagagacac
120 acttatactatactaaggtcctattaccccctgaacttattttatatgtaattttctacc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctttttagcttacgtgacacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtttcgggcataggttgagg
****************************************
240 gagtacttgagtattatccctataaatatatatatatatatatatatctctgtgtgtgtg
300 tgtgtttgttttgcatatccaaaatatgggaagttaaaagtgtgcgagtaaaaggactag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 tattggatgaaaattacacttaggagaatgtttcaagtgaagccgaagtcaaaatttaaa
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 194 0 482 134 0 4 1 0 38
Right 856 0 0 0 123 0 546 113 5 13 0 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000065, oripos=3218832..3218892 strand=1 allelepos=201..261
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 136 22 54.93 36.36 4.00 2.00 gagcaactttcacatatagcaa
RIGHT PRIMER 329 20 54.95 35.00 4.00 2.00 aaaggccaacgaattataca
SEQUENCE SIZE: 461
INCLUDED REGION SIZE: 461
PRODUCT SIZE: 194, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,80
0 caaaataaaaatacacaaaaattagaaacaccaatgtaaaaattaagaatgtaatatcaa
60 caaataaaatggaacttagaaaagtaaataaatttaccgtaaaattaaagaatacataat
120 caaattaataaaactagagcaactttcacatatagcaaacaaaaaatttatatttgtatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctatagcaagcataaaactcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtataaagctagagaaaattgtatttcactataattgtat
******************************
300 aattcgcaattgtataattcgttggcctttttctctgcaatatttgaagtaaaatgtttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 taaattgtataattaagtgtataacacgaagatatatatttttgcatgtgtatatacaat
420 tttctctcgctttatacaaaaacagaaacagaattatacac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 435 0 403 0 0 1 3 0 4
Right 860 0 0 0 209 0 553 64 0 18 0 0 16
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000066, oripos=3232599..3233318 strand=1 allelepos=201..920
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 155 20 54.96 40.00 3.00 2.00 attccttgctcctacaaaca
RIGHT PRIMER 994 20 54.76 30.00 6.00 2.00 caaaatcttgcatttgatga
SEQUENCE SIZE: 1120
INCLUDED REGION SIZE: 1120
PRODUCT SIZE: 840, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,739
0 acttcaaaatatacgaccagacgggagctacgattcaaatggggcaaattaaaactcaaa
60 acaggataaacataaacctggagttgatcctgaaagcagccggcaatggagttctaagaa
120 acccaataaaagtatcccattcttcagttggcaatattccttgctcctacaaacaaaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttactcaaacctcatcactcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTacccacatcccaaataccaaaaaagacaactttttttatt
*****************************
960 tttaccttataataatcatcaaatgcaagattttgggtggcaaaaggttcccaatggcga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tgttctttgttgccatcattagtagtagtaacactgtcttgtttctcccctgaatcatca
1080 tgtttgctacgtttccatacattttctctgctctgtcgaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 811 0 0 0 5 0 349 359 4 14 11 0 69
Right 822 0 0 0 124 0 309 309 0 13 11 0 56
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000067, oripos=3340038..3340644 strand=1 allelepos=201..807
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 18 20 55.04 40.00 4.00 1.00 tataccccaaaacctgattg
RIGHT PRIMER 989 20 54.74 45.00 4.00 2.00 cgaccctcttagtcgtttta
SEQUENCE SIZE: 1007
INCLUDED REGION SIZE: 1007
PRODUCT SIZE: 972, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,626
0 tttactatcaacttacattataccccaaaacctgattgtcacgtgtacaagcctctaaag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tattacaatgggatcaaaagaaaatataagtctcatatgatattatttctagagtagaac
120 aaaatcataaacaagggtaaggagggatgctgagatgaccaacaactacctcacaaaatc
180 tccaggaaacctcggaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtttatattatttgatttttttatttttttcctt
************************************
840 tttcattattcttagcaataaaataattctttattaaatctaaaaattatgtcactcatt
900 cttataagtcatataaattatttacaaaatctactaaaaaggttaatataaaaataatag
960 ttgaaatttctaaaacgactaagagggtcgttacattagtacacatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 42 0 552 165 4 11 0 0 71
Right 860 0 0 0 516 0 320 11 0 4 0 0 9
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000068, oripos=3343488..3343508 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 28 20 54.98 45.00 4.00 0.00 ctaaaattcaccccctctct
RIGHT PRIMER 402 20 54.92 30.00 6.00 1.00 tgtccaaaatttcacaatca
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 375, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 taatttaatttataaattaaaacaactcctaaaattcaccccctctctttttaaatattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taatttcattctttttttctttttttaaaatatgtaatttaattctttttaaaaacttca
120 agatttaatcgtagttatgtcaaggttgacttggtctctacatactttatcatacataaa
180 taaatacaaagactagtcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtaacctacattattttta
****************************************
240 ttataattatacaatgtgtttctataaacttcactaaaatagtaaatctttaattttgag
300 tgtagtacatattattaaataagatatgatagaattgtgaatccaatttcataaagttta
360 tttaacgtatgtgtgattccttatgattgtgaaattttggacatgacatatattggtgct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 447 0 313 54 0 10 1 0 28
Right 858 0 0 0 287 0 526 10 3 4 0 0 28
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000069, oripos=3349843..3350298 strand=1 allelepos=201..656
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 125 20 54.92 30.00 6.00 0.00 tccaattgatcacaaacaaa
RIGHT PRIMER 781 20 55.01 50.00 6.00 3.00 caatgtgcctaggagttagg
SEQUENCE SIZE: 856
INCLUDED REGION SIZE: 856
PRODUCT SIZE: 657, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,475
0 aaattattggatttctcccttttgacggtttcaacaacgttgatctaaactaattaaatt
60 taaatacaatagataatttgagacaaacgaatcaaaagagaacaatttccaagaaaatgt
120 tcttatccaattgatcacaaacaaaaatgtatggaacaaggaatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAagaa
************************************************************
660 tatatatatatatatatatatatatatatatatctatgtaggtaggtctagcttgttaat
*****
720 ttcagtgtttcagtaaaagtcacaaggctagatttggttttacctaactcctaggcacat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 tgtttattaattaaaaaaagtcatatacttacaagaaaaacacacaaagtcacaagtgtg
<<
840 tattgtgcaggtgttc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 208 0 457 107 7 18 0 0 57
Right 855 0 0 0 182 0 581 29 0 18 2 0 43
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000070, oripos=3357864..3358426 strand=1 allelepos=201..763
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 89 20 54.70 35.00 4.00 0.00 ggggatattcttttggattt
RIGHT PRIMER 845 20 55.03 30.00 7.00 0.00 aaccgtttgaaacaagaaaa
SEQUENCE SIZE: 963
INCLUDED REGION SIZE: 963
PRODUCT SIZE: 757, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,582
0 gtgcactttgcaaatttcttggggggcaaatgaaatgaactctaaattcaagtcaaattc
60 aatctaaatgcaatgttttatagtttaagggggatattcttttggatttagcttatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atatatatatatatattatatagtattatttttcttattttaatttaagttagtactact
180 ttttctttgtttctaaacggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatata
****************************************************
780 tatattatatagtatatttttttctatttttaatttaagtgacactttttcttgtttcaa
<<<<<<<<<<<<<<
840 acggttataaaaagtgatatttattcatatttatatttaataaggattttattttagaac
<<<<<<
900 gttcattttactcttactaaaacgatttataatcgtgattttttaaaaataaaaatactt
960 tat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 312 0 397 48 0 6 17 0 17
Right 860 0 0 0 488 0 345 8 0 6 1 0 12
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000071, oripos=3369993..3370653 strand=1 allelepos=201..861
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 10 20 55.30 40.00 6.00 2.00 gacttaattcggatcaacga
RIGHT PRIMER 1043 20 54.94 50.00 5.00 2.00 cagcttgaacctatgacctc
SEQUENCE SIZE: 1061
INCLUDED REGION SIZE: 1061
PRODUCT SIZE: 1034, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,680
0 ttggagctccgacttaattcggatcaacgaggtcacaggttcaagctgttgaaacagaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tttctaacaacattgatgcacttttctttggtttcccacccagtgtccggaacccaacat
120 tggagctccgacttaatttagatcaacgatgtcacaggttcaagctgtggaaacagaaat
180 tgctaacaacgttgttgcagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtgtccggaacccaacattggagctccgactaaattcgga
******************************
900 tcaacgaggtcacaggttcaagctgttgaaacagaaattgctaacaacatttgatgcagt
960 tttctttggtttcccaccggtgtctggaactcaacattagagctccgacttaatttagat
1020 caacgaggtcataggttcaagctgtgaaaacattgatgtag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 823 0 0 0 0 0 299 409 12 44 0 0 59
Right 848 0 0 0 0 0 372 352 5 57 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000072, oripos=3375509..3376209 strand=1 allelepos=201..901
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 112 22 54.92 31.82 2.00 0.00 tttcatctcctttattcgttct
RIGHT PRIMER 1089 20 54.97 45.00 7.00 1.00 acaagagtcttcttcaccga
SEQUENCE SIZE: 1101
INCLUDED REGION SIZE: 1101
PRODUCT SIZE: 978, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,720
0 atggcaacatttattgttatttcaatttaaaaacacattatgattttgttaaaatattta
60 ttacttattcaatccataaaagttatagttatatataatataaaattatttctttcatct
>>>>>>>>
120 cctttattcgttcttatatttattcttttcctcttttacttatttttacaatttcatatt
>>>>>>>>>>>>>>
180 tataacttatacctattaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 Tgtttcatttaatttctttggattgagttttcattatttctactcatgactattcttttc
**********
960 acttcatatttgaagtagtgttttgttaatattattattattattattattactattatt
1020 attattattattattattattattattattatcaaattcttatgcttgactcggtgaaga
<<<<<<<<<<
1080 agactcttgttgttgattagt
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 561 0 286 0 0 0 0 0 8
Right 858 0 0 0 365 0 417 48 4 6 0 0 18
Pair Stats:
considered 5, ok 5
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000073, oripos=3376950..3377025 strand=1 allelepos=201..276
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 135 21 54.81 33.33 8.00 3.00 aggacaaacatatatgccaaa
RIGHT PRIMER 379 20 55.04 40.00 4.00 2.00 ataagcaacctcgaatgaga
SEQUENCE SIZE: 476
INCLUDED REGION SIZE: 476
PRODUCT SIZE: 245, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,95
0 aatattaaatacttgtatttgatatactatgaaaatcatattttgtaactcttttgaagt
60 ataattaaatatagatcaaaataaataaaatagtgaatataaatatttaatatacatttt
120 atgaaatttaaaaataggacaaacatatatgccaaaaaagtttattcatgcatttgataa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 attaatttatttttattaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtgaatcttttatctttatatttca
*********************************************
300 tataaaagatatagattaaaatatagtaaacgagttaataatttttttgaaaaaacatat
360 tctcattcgaggttgcttatattgaaatttaatagcgtaacattttggataacatcctta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 aaaaacaaatttgacaaatgataacaattatctttgatataggtgcagctaaagaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 551 0 223 2 0 1 16 0 5
Right 793 0 0 0 360 0 358 17 0 7 22 0 29
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000074, oripos=3403016..3403036 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 9 20 54.93 40.00 4.00 0.00 tgctcctttaattgctcttc
RIGHT PRIMER 344 20 54.01 35.00 4.00 0.00 aaaatgtccaaatgttaccc
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 336, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gcaaccacttgctcctttaattgctcttcttttttccttctaaaatttgtgaaaaatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctcctttcctttcctttttacttttaacatatattgatatttgatttgatagatgatatt
120 ttttgtaattatatatatatatatatatatatatataataaaattaatatttatatatta
180 ttatatatactatataatagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatataaaaaattaatattttatataattatttaattaataatactatataata
300 gaatttagacaaataaataaatttagggtaacatttggacattttctaaggattgaaaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 gtagctaacctaccatataaatggtccaaacatttaatttaatttaaaattaagaaagat
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 791 0 0 0 491 0 236 23 0 0 20 0 21
Right 858 0 0 0 504 0 325 5 5 9 0 0 10
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000075, oripos=3404394..3404959 strand=1 allelepos=201..766
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 22 54.39 31.82 4.00 2.00 ccaacaacaataaaacatgact
RIGHT PRIMER 849 20 55.32 35.00 3.00 0.00 attttcttttaggctttggg
SEQUENCE SIZE: 966
INCLUDED REGION SIZE: 966
PRODUCT SIZE: 784, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,585
0 acaagtattgataatctataataaaaaaaaaagtatcgtaattactatttaagaaatatc
60 attacaccaacaacaataaaacatgactatacaagtataaataatctaatatcttaactt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tctaataataaaataatcattatttctctctctctctctctctctatatatatatatata
180 tatatatatcgtactataaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttctctctctctct
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780 ctctctatatatatatatatatatatatatcgtactataaaatttatccccccaaagcct
<<<<<<<<<<
840 aaaagaaaataatcaataaacttacaaatattatagtataaacataaatgtttcatgaat
<<<<<<<<<<
900 aaaaataaaattattttcaaataattaaataatatatgataattttgagacatgtgacaa
960 aacact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 487 0 356 1 0 2 2 0 2
Right 801 0 0 0 605 0 158 11 3 2 17 0 5
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000076, oripos=3412392..3412412 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 54 20 55.32 45.00 8.00 2.00 attagtgttcgacacttccg
RIGHT PRIMER 322 20 54.51 30.00 6.00 2.00 taaagccaattgattgcata
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 269, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tgggacatgtataatataatgtataataattgtaagaaaacattctcaaaattaattagt
>>>>>>
60 gttcgacacttccggtaccaaagccatgtggcatatgttggcgtggggtgggtgggggga
>>>>>>>>>>>>>>
120 tttatatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgtgggtggtaggtagtata
****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
300 tattatgcaatcaattggctttaacatagacgattaaaaaaattagatattacacgtatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 ttatagtgttaagagttaattacatgaatttttaaatatttttttaaattataaaatttc
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 801 0 0 0 424 0 141 210 0 6 17 0 3
Right 836 0 0 0 573 0 217 17 0 12 8 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000077, oripos=3417655..3417675 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 55.24 45.00 4.00 3.00 ttccaaagacacttggtctc
RIGHT PRIMER 347 20 55.00 40.00 2.00 2.00 caacgcaacaacgataacta
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 298, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctaaagtttaaaaacaagaaaataacaaaaagacaaaagatttttcctatttccaaagac
>>>>>>>>>>
60 acttggtctctgcttgcaattaccccaacatctgctttctaggttgtagctttttaacta
>>>>>>>>>>
120 tcaaccttttagtgttaaactccaatttcaatgtaacttttcacctatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatattactactactatat
****************************************
240 atatatatatatatatatatatatatatatataaagactagctaggagctagctaataaa
300 atgttgtatgtatttcatacattgaccatagttatcgttgttgcgttggatgtgcgaaca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 aagtctcgtaataatatagtgaaaaagaaattaaaaaaatgtataaggtctgataagaaa
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 170 0 506 128 0 15 0 0 36
Right 847 0 0 0 309 0 399 119 0 5 4 0 11
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000078, oripos=3427910..3432507 strand=1 allelepos=201..4798
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 54.99 40.00 4.00 2.00 gagctaggattttgcgttta
RIGHT PRIMER 4980 20 54.89 40.00 4.00 2.00 cgcgaagaatagttgtttct
SEQUENCE SIZE: 4998
INCLUDED REGION SIZE: 4998
PRODUCT SIZE: 4915, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4617
0 ttgcctcaacggctcagcctaatcgaaaacatatacttctcaatgtgtaagttaagcata
60 gaggcagagctaggattttgcgtttatgagttctagagatgctacaaaacgcggcttatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ggattctggataaattatttatacgtcttaaatggatttataaacacaaatttaggattt
180 tgaaaaggtatgtgttgtgcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgt
************************************************************
4800 ccgattcaaggcattcaacagtatgtatgtatgcaggtacttcatcaaggaatatgatat
*******
4860 ctagagttgtattgttgcttgaattggcatgcattttgagctttatgcattagaagaacc
4920 aaagaagtcttttgaatcctgcggtatgaatgatggaattgagaaacaactattcttcgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4980 gagatatggtctacattc
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 90 0 516 194 0 14 0 0 41
Right 860 0 0 0 0 0 539 222 0 44 0 0 55
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000079, oripos=3442295..3442709 strand=1 allelepos=201..615
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 55.43 45.00 4.00 0.00 tattctttagtgcaggggtg
RIGHT PRIMER 807 20 54.94 40.00 2.00 0.00 cttttcattcagggagtttg
SEQUENCE SIZE: 815
INCLUDED REGION SIZE: 815
PRODUCT SIZE: 759, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,434
0 actcacttggacttaagcccattaatcctatttgctaatcggcagtagctattctttagt
>>>>>>>>>>>
60 gcaggggtggacccaaatgtaagtcgggttcattcaaaccacctcgataaaaaaatacga
>>>>>>>>>
120 tatatataaaataaattttttgtatatatatatatatatatatatattccgtttttattg
180 tttatatatatatataatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNTatataataaattaatttttgtatatatatatatatatatatatat
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660 atccgttttttatgtttatatatatatataatatgctaaaaatataattttaaatctaaa
720 agaattcaagagtcgtatttcttgagaaaaaaatgttaacttatttacatgtttatactt
780 taatttttcaaactccctgaatgaaaagtcaatgc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 309 0 193 224 6 19 11 0 38
Right 785 0 0 0 541 0 169 22 0 11 23 0 19
Pair Stats:
considered 4, high end compl 3, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000080, oripos=3446169..3446303 strand=1 allelepos=201..335
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 124 21 54.96 38.10 6.00 2.00 ggtgcacataattaatcttcg
RIGHT PRIMER 509 20 54.57 35.00 8.00 0.00 aaaatgcatgccttatcttc
SEQUENCE SIZE: 535
INCLUDED REGION SIZE: 535
PRODUCT SIZE: 386, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,154
0 tttaaacggtcattgtctaaagtttaataggagaaaagtcaaagtttcttatcttttttg
60 cttacacaattattcataaataaattaaaataatagaaaacaccagaggaataataagaa
120 agtaggtgcacataattaatcttcgtagattgttcaatctaacactctttatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActaactactacttattatatatata
********************************************
360 tatatatatatatatatatatgtatgtatataagaaaatgacatttcatttaagaaaaaa
420 aggaaatatctttaagactttataatatttcactattctaatttatgtaacatttttaaa
480 tatatatatagaagataaggcatgcattttaattgtttcacatttaacttgttat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 800 0 0 0 194 0 584 1 0 2 17 0 2
Right 834 0 0 0 568 0 225 12 0 11 9 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000081, oripos=3476680..3477273 strand=1 allelepos=201..794
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 72 20 54.64 35.00 4.00 2.00 gggtgcattttctttttcta
RIGHT PRIMER 983 20 55.00 40.00 8.00 0.00 acgattcatgtatcccaaag
SEQUENCE SIZE: 994
INCLUDED REGION SIZE: 994
PRODUCT SIZE: 912, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,613
0 cgaaaatagataaataagtttcactagggaccaaatgagctcttctacctaataatatag
60 attactcttgaggggtgcattttctttttctaaaaaatacgaacaatttagaaatatact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ccttaatttgatcttaactgatatatatatatatatatatatatatacaaaataaatatc
180 tattttgtgtatgtgtattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNTaatttgtatacttaactgatatatatatatatatatatatatatca
***********************
840 aaataaatatcatttttgtgtatgtgtattatccaaatattgcattgcccacttagattt
900 ctctcgttccaataggatctcttgaactaagcccaaaataatgggctagatttcaatggt
960 ttgactttgggatacatgaatcgtttgaggatcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 823 0 0 0 325 0 358 92 0 15 10 0 23
Right 860 0 0 0 211 0 378 184 0 28 0 0 59
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000082, oripos=3489823..3492068 strand=1 allelepos=201..2446
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 163 20 55.05 40.00 3.00 0.00 acaacacattatcagcacga
RIGHT PRIMER 2511 20 55.14 30.00 5.00 1.00 aattttctttttgaaagggg
SEQUENCE SIZE: 2646
INCLUDED REGION SIZE: 2646
PRODUCT SIZE: 2349, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,2265
0 tgtacctactaattggacatttatcatgggggcttttggggtgatatctcaactctataa
60 atagagatatcattcaccttttgtaatacatacttgaataagaaaattatctcctctatc
120 ttatacttcttgtctttttcatcttatattctgagctttctttacaacacattatcagca
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 cgaagttgctacttgcaaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCaacagaatttttat
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2460 tttttttacttctacccctgccacccccctcccccctttcaaaaagaaaattaaattttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2520 tttttaaaaaatattttcaatttcaaaaattattttgtgttctaataaaaataaagatat
2580 ttttcaaaaatatttttcatttataaatcaaacactaaaattctttttcgaaaaatatat
2640 tctact
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 43 0 663 119 0 8 0 0 22
Right 769 0 0 0 629 0 72 31 0 0 29 0 8
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000083, oripos=3500143..3500817 strand=1 allelepos=201..875
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 138 20 54.58 35.00 4.00 3.00 ttgcgattaagagtgttgaa
RIGHT PRIMER 1004 20 55.13 45.00 4.00 0.00 aaaagctcaatactccctcc
SEQUENCE SIZE: 1075
INCLUDED REGION SIZE: 1075
PRODUCT SIZE: 867, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,694
0 tagtcttatagattatttgcgtaatataaatcattttattttaaggataaaaatataaat
60 ttaaagtgaaattatttttaaatataaaaaaagtgacattctttattatcgatcaaaaag
120 aaaagtatgtcacgtatattgcgattaagagtgttgaattccacatatattgggacaagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttttattttatttttttaacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCaccccgaccggagtcccttagatat
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900 gatgcaaaagggctcttggtctatccttgatcagagatttctctatgaaaaatatgaatc
960 gaagaagtgacattcattttgggacggagggagtattgagctttttgagaataaatggct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 tatacatggatttgaatttttaggaaattaaaataataacaaactttatacgtag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 834 0 0 0 359 0 424 9 3 16 6 0 17
Right 860 0 0 0 138 0 460 184 0 17 0 0 61
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000084, oripos=3521666..3528078 strand=1 allelepos=201..6613
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 54.86 40.00 8.00 2.00 attcgaataactcgcgtaag
RIGHT PRIMER 6697 20 55.21 45.00 2.00 2.00 cctgtttagtcgttttgagc
SEQUENCE SIZE: 6813
INCLUDED REGION SIZE: 6813
PRODUCT SIZE: 6685, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6432
0 atctgataaatcaattcgaataactcgcgtaagcttggtacaatccatcgtaagagttgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttgtgttacgtttgtaacaataggaatataattattttttcaatttaaatcgattagata
120 tattgtatgataccttatcaacattatttaaggcataactaatacattatctgtcacgac
180 ccaaatcgggccgcgactgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNCgcgcccatgacgttccgtcgtgggttccgtcgtctcagcctgttttt
**********************
6660 ccagaaataaaatctgctgctcaaaacgactaaacaggtcgttacattatcacacacata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6720 ttttttttatttttcttgcttcgtttaaaatttatgttttatttcaatctttatacgatg
6780 atttgactttctttccctatagtgccttaattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 181 0 496 131 0 15 0 0 32
Right 841 0 0 0 157 0 414 188 0 10 8 0 64
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000085, oripos=3575983..3576225 strand=1 allelepos=201..443
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 164 20 55.06 45.00 4.00 1.00 gacatgaagaggaagatcca
RIGHT PRIMER 507 20 54.77 40.00 4.00 2.00 ttgttatttgtggagtgcag
SEQUENCE SIZE: 643
INCLUDED REGION SIZE: 643
PRODUCT SIZE: 344, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,262
0 taatgaaaatcaataatcaacttctaaaactcaaacttatcattatccccaaaatctgga
60 agtcatcatcacaagaacatctatcctcaaattactaatctaagagtatcgaagaagcta
120 aaataagtaaaaaactagtccatgccggaagttcaaggcatcaagacatgaagaggaaga
>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tccagtccaagctagaagcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>>>> **************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaactggctagagttgcggttgagttgaagacgacgg
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480 cacgtttgctgcactccacaaataacaaggaaagaaacatacaagtaggggtcagtacaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
540 aacacgggtactgagtagatatcatcggccaactcaaaatagaaaacaatatatatcaga
600 tcatatcataaatcaactacaatactcaatctgtagcaacaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 816 0 0 0 52 0 512 181 0 4 14 0 53
Right 860 0 0 0 69 0 469 258 0 19 0 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000086, oripos=3580324..3580849 strand=1 allelepos=201..726
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 78 20 54.97 40.00 3.00 0.00 tccctcaacatttccaatac
RIGHT PRIMER 762 20 54.98 40.00 4.00 0.00 caatgggttgtttagctttc
SEQUENCE SIZE: 926
INCLUDED REGION SIZE: 926
PRODUCT SIZE: 685, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,545
0 ttagaaaccacatgccccaagaaggtcactgcatctagccaaaactcacacttggagaat
60 ttggcataaagctttttctccctcaacatttccaatacaattctcaagtgctcctcatgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tccttcttgctcattgagtataccaatatatcatcaataaatacgatcacaaagagatcc
180 atatatggcttaaaaatcccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNAtcccggaggtgtgccatgaaagctaaacaacccattgaatttgtgatctataaa
*************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 aaggaagctattttcatcagaaagaattgcgcacttacatagagagaagaccaaaacacg
840 attaagaggtttgagagagttttgagatttattgggagtattgcaatttgtgaggaaaaa
900 ttgtaagattgtaattaagagttttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 24 0 431 296 2 25 0 0 77
Right 860 0 0 0 38 0 585 124 0 33 0 0 80
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000087, oripos=3739314..3740119 strand=1 allelepos=201..1006
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 75 20 54.99 30.00 7.00 3.00 caaatccaccatgaattttt
RIGHT PRIMER 1186 20 55.14 45.00 4.00 0.00 tagtgggaaagctaccaaga
SEQUENCE SIZE: 1206
INCLUDED REGION SIZE: 1206
PRODUCT SIZE: 1112, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,825
0 ttttttttggtaccatgatgaaggtttcataaaagtcaatgacatgactaatttggttat
60 cttaagaccatagatcaaatccaccatgaatttttgaattgattcatcatatctttcaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cttgattgcttcaactttcacctatacaaaaaaaagattagttttttgttaacataaagt
180 ttatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatatata
*******************************************************
1020 tatatatatatatatatattcaaaaaagatattattaaaaaaaacatatacatttccaca
1080 aaaaactttgtatctccaaagtatattttgattttttgcttcttctaacttttcaagatc
1140 cttcaatttttcttcatttactgatcctcttggtagctttcccactatacaacaacaata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 aaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 802 0 0 0 146 0 513 59 0 26 22 0 36
Right 755 0 0 0 263 0 402 23 0 9 31 0 27
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000088, oripos=3807067..3809976 strand=1 allelepos=201..3110
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 72 20 55.04 35.00 5.00 1.00 tcattatgcaagtggattga
RIGHT PRIMER 3292 20 54.97 35.00 5.00 3.00 catcatctttcccaatttgt
SEQUENCE SIZE: 3310
INCLUDED REGION SIZE: 3310
PRODUCT SIZE: 3221, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2929
0 ttgatttcagatcaatttatatacaccttgattattttatcggatatcaattatgtccac
60 cacaaaggtcactcattatgcaagtggattgacaaacatgtgaaaatatcttctttatga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaaatcaatcagccaaccatcaagataaaaatacagtacactaaattaatgacaaatact
180 aatagacctctaacagatcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAggaataacag
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3120 tttttgcgttgaaaaagcagctatgactatatcgatgatggcggcatgatactagaaaga
3180 aagaaagaatgaagaattaggcgggaaagaggtatgtcaagggatggtggcaaaggaatt
3240 tgtctaatgaaaatattggattgagtagggaagacaaattgggaaagatgatgccagaga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3300 tttttcaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 118 0 524 134 0 21 0 0 58
Right 860 0 0 0 15 0 386 376 0 11 0 0 72
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000089, oripos=3812587..3822167 strand=1 allelepos=201..9781
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 109 20 55.10 40.00 5.00 1.00 ggtaacggtaacattccaaa
RIGHT PRIMER 9976 20 54.88 40.00 4.00 2.00 ggtttctcgaattgtattgc
SEQUENCE SIZE: 9981
INCLUDED REGION SIZE: 9981
PRODUCT SIZE: 9868, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,9600
0 gaatgggaaaagaaaagagaaaatatcaaaagtgagggaactactttggagagaaaatga
60 aaagtcatttgcaaagtgcaaatgaaaagtcatttcttataaatttgcaggtaacggtaa
>>>>>>>>>>>
120 cattccaaaaagttgttactctttccgaaaagtcgttactttccaaaaagtagttatttt
>>>>>>>>>
180 cctaaccgacacaatttttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9780 Aaggggattaaatttcttaaggacacacagtagtttctgtggactcggattaattcttct
**********
9840 attttaaattttttctgcttcatcttgtttctgtttctgttcattaacttcataaataca
9900 agttattgtaagaataacagttttttgactcatgccggatggagttcaatagttgaagca
<<<
9960 atacaattcgagaaaccattg
<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 45 0 583 97 9 49 0 0 53
Right 773 0 0 0 125 0 447 115 0 5 25 0 56
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000090, oripos=3822944..3823582 strand=1 allelepos=201..839
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 90 20 55.34 40.00 4.00 1.00 tccgcatattttacttggac
RIGHT PRIMER 1031 20 55.25 35.00 4.00 2.00 atggcaaaaacgtgtaattc
SEQUENCE SIZE: 1039
INCLUDED REGION SIZE: 1039
PRODUCT SIZE: 942, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,658
0 tctttaaatatataggaaaaaaattgtctaaactgtttatagtctttattgagttgatgt
60 cattgcttttactgtagccacttaaagttgtccgcatattttacttggacatcttatctt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 agctttgtttcaattgaacacctttattgtaaaaaaaaatatacctattgaatatttttt
180 gaccatcaactaaaaagataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAt
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840 atgggtatgggggttgggttggggttgataggaatagggaagaagaagaactgttcttct
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900 tcttttttgttaatttttttttaaaaaaattaacttaggggtataaagggtataaattaa
960 gaaaaaaaaagaaaaatattatttttaataaattcacgcgctcaaggaaagtgaattaca
<<<<<<<<
1020 cgtttttgccatgtcagca
<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 768 0 0 0 167 0 485 42 10 6 23 0 35
Right 814 0 0 0 294 0 286 171 3 15 16 0 29
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000091, oripos=3826715..3827369 strand=1 allelepos=201..855
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 54.34 35.00 5.00 0.00 gggtttgatttaattgtgct
RIGHT PRIMER 923 20 55.16 35.00 4.00 0.00 atttctaaaaggcccaaaac
SEQUENCE SIZE: 1055
INCLUDED REGION SIZE: 1055
PRODUCT SIZE: 754, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,674
0 gcttacaatattataaatatttcatgttatcaatatataatcgttggtgtgtggtgatat
60 ttaaaaaagatcataaaaatgatatttaaagaagattactaaggcagtaacttttctttg
120 aaaattgtataaaatagcaaactaataacctaaattaaattgaatagttagggtttgatt
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900 ttttgttttgggccttttagaaattttaataaaatccggtactatcactttctaatccaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 gtactaaataaaaacattgaaataaagttttttttttcaaattaaaattagaaatgtaat
1020 atgttcatgtgttataatcgatctaaatatgccac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 835 0 0 0 427 0 354 29 0 8 7 0 10
Right 843 0 0 0 290 0 376 139 7 1 0 0 30
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000092, oripos=3831463..3839643 strand=1 allelepos=201..8381
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 73 20 55.04 35.00 5.00 1.00 tcattatgcaagtggattga
RIGHT PRIMER 8499 20 55.00 45.00 3.00 3.00 tcattcgtgtgtaggacaga
SEQUENCE SIZE: 8581
INCLUDED REGION SIZE: 8581
PRODUCT SIZE: 8427, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,8200
0 ttccttaattttaatttcagatcaatttatatacaccttgattattttatcggatatcca
60 ctacaaaggtcactcattatgcaagtggattgacaaacatgtgaaaatatcttctttatg
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120 aaaaatcaatcagccaaccatcaagataaaaatacagtacacgaaaataataacaaatac
180 taataaacctcgacaaatcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaccatgtgggtcacatata
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8400 ttcttcgcgaactccgcgccactcacattgttcctgctctctattgtgacaacaaatcaa
8460 ccatctgtgtggccaagaattctgtcctacacacgaatgaagcatgtttataccgattgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
8520 ctctttgttcgcgatgaagttcaggccggcaccataactgtgcagtatgtacccactgaa
8580 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 165 0 518 99 1 19 0 0 53
Right 860 0 0 0 0 0 305 457 0 42 0 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000093, oripos=3846681..3851385 strand=1 allelepos=201..4905
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 8 20 55.00 45.00 3.00 0.00 ggtttgagagagaaaagggt
RIGHT PRIMER 5026 20 55.01 35.00 3.00 0.00 aaaggtgttgagaaacgaaa
SEQUENCE SIZE: 5105
INCLUDED REGION SIZE: 5105
PRODUCT SIZE: 5019, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,4724
0 agagagagggtttgagagagaaaagggttgctggtttttctggacagcgagacaaaattt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cagattgcaagagatccgaccgttggatcgttcggaaattttcacagctggttcacaaca
120 catagaactacatcttgaccgttcagatcgtcaatcggagttcttgatcgtctgttatct
180 cagctggcgtaacctgcgttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActcacctcacaatta
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4920 gaaatatcttcacctaattgtgataatttatccaagttcttcctaagttcagcttcaaat
4980 gttgatctagcacaagcccaaaatctctttcgtttctcaacacctttcaagttttttgac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5040 cagtttgtaaatatatgtcttgcacacattctttgttcacattctggaagcaactcctga
5100 acagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 262 476 0 38 0 0 79
Right 802 0 0 0 4 0 514 170 0 17 17 0 80
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000094, oripos=3854529..3855018 strand=1 allelepos=201..690
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 890
INCLUDED REGION SIZE: 890
TARGETS (start, len)*: 190,509
0 ttctcacactttcgatagtttaggtataaaactcaaaaaaaaagtatagttaaccactta
60 tctcttaacaattaaacatttcaaacttttattattgtatctcgtcaacaattaatacta
120 acttaacacaaatttttaaaaaataaattaaaatatatatatatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatatatataaaattggagtgataattt
***************************************
720 aataaatattcgaacaaaaacacaaacagagtcacacttaagtccttacaaagtcatata
780 aatatataaaatagattcttaacgcacatttcattatcaccactacactttttgtcacca
840 gccaccgccgggagttcctcctccgccgtgctcctccttccgccgccggc
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 827 0 0 0 456 0 359 0 0 0 12 0 0
Right 860 0 0 0 188 0 379 257 0 10 0 0 26
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000095, oripos=3866666..3866756 strand=1 allelepos=201..291
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 84 20 55.09 50.00 2.00 0.00 gcatactgaagagagccaac
RIGHT PRIMER 367 20 55.06 35.00 4.00 2.00 aaaacatttctcctatcgca
SEQUENCE SIZE: 491
INCLUDED REGION SIZE: 491
PRODUCT SIZE: 284, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,110
0 gctttccaatgatctaatgtaggattctgcatgtattggcaaacacgactaactgagaag
60 gagatctctggtcgcgtaatggtcgcatactgaagagagccaacaatgctcctaaataat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gatggatcatcaaaggtgtcaccatgtttggacaactgaaatgtggtgtccgctggagaa
180 ggagaaggcttgcaatctgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgaggaagga
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300 gtatgacggacaaacaaggatgagtcagagtaacaacaagtataaccatgcgataggaga
<<<<<<<<<<<<
360 aatgttttgagcttgagaaaccaggtgcgaggagcttgctttagtccatataacgctttc
<<<<<<<<
420 gacaagcgacacacaaaatgtgggtgagacttgtcaataaagcctggtggttgagacatg
480 taaacaacctc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 338 406 0 26 0 0 85
Right 860 0 0 0 0 0 356 379 0 24 0 0 101
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000096, oripos=3869228..3869490 strand=1 allelepos=201..463
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 102 20 55.14 45.00 3.00 2.00 gacagattatgcgaggtgat
RIGHT PRIMER 534 22 54.00 27.27 7.00 3.00 ctacctcaaaaattgtgaaaaa
SEQUENCE SIZE: 663
INCLUDED REGION SIZE: 663
PRODUCT SIZE: 433, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,282
0 tattggcttgtggacggttagaggatcgggttggtgggtaagtatccatgttggtgcggt
60 tgtagcaattacgagcatggtggttgggtttctcacatatttgacagattatgcgaggtg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atgatctattagaggaacgagggaggttggtattggtcgggcgagtggaggatttttgag
>>
180 aggtggtgacactttgttgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGgatgttgagtttacata
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480 aaagacttattgtcatctaacatatatttacattttttcacaatttttgaggtagtcagt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
540 ttctctctttatgaattgaatataaaagatcatatataattcttatgtagcaatttttta
600 tttactggttattaatctttcttattctggttaattgatatattgctttgtttaattttg
660 tat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 211 547 0 30 0 0 67
Right 823 0 0 0 358 0 449 0 0 2 13 0 1
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000097, oripos=3878325..3879108 strand=1 allelepos=201..984
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 109 20 55.32 30.00 7.00 3.00 tttattttgggaaaatgcac
RIGHT PRIMER 1093 20 54.96 40.00 4.00 2.00 taatgccaagtaccccttta
SEQUENCE SIZE: 1184
INCLUDED REGION SIZE: 1184
PRODUCT SIZE: 985, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,803
0 atagagcaattttggtctatatctattagaatagattgtctaaattacacttcttgaaat
60 agagcaattttgtgttgaaattgaaaaaaaatgtatacaaacttgtatttttattttggg
>>>>>>>>>>>
120 aaaatgcacaagtaccccctcaacctatgcccgaaatcccagagacacacttatactata
>>>>>>>>>
180 ctaaggtcctattaccccccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaggggtaaaaattattaataaaataagttcagggg
*********************************
1020 ggtaataggaccttagtatagtataagtgtttctctgaaatttcgggcataggttaaagg
<<<<<<
1080 ggtacttggcattatcccttctatttttggagaagtgatagtaaagcatgcattactttt
<<<<<<<<<<<<<<
1140 gctattcatgaagagaagtgtcaaggtcttaatattgttctacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 840 0 0 0 150 0 453 186 0 10 6 0 35
Right 801 0 0 0 27 0 549 129 6 24 17 0 49
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000098, oripos=3908824..3911846 strand=1 allelepos=201..3223
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 20 20 54.99 40.00 5.00 0.00 gcatagtggaatgatttggt
RIGHT PRIMER 3343 20 55.07 40.00 8.00 2.00 gctatgcatgcaacagttta
SEQUENCE SIZE: 3423
INCLUDED REGION SIZE: 3423
PRODUCT SIZE: 3324, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,3042
0 tgagttgctacataagatgggcatagtggaatgatttggtgttgagtttgtaacctatca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtttcagggaaatgccaaaatgtggtggcgatcgtatgctgagtgtcaaccagcacaggc
120 accacctatgacttgggcataattctctagtttgtttatggagaagtatataccccggac
180 tttgagggataagaggagatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaatggcgactccgctgg
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3240 ggacttggaggattctaaccttatgattaacgtatttgattatttgtgattaattgttta
3300 agtgtttaaattatttagattttttaaactgttgcatgcatagcatacatacttccgtca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3360 aacgacactttttacattttcactaaaggacgattatgcgggttcgcagtcgttcgttaa
3420 cca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 1 0 356 403 0 12 0 0 83
Right 839 0 0 0 211 0 342 214 0 20 7 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000099, oripos=3918816..3924579 strand=1 allelepos=201..5964
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 14 20 55.06 40.00 4.00 0.00 gaagaatttatgcctcgttg
RIGHT PRIMER 6129 20 55.01 45.00 4.00 0.00 cttagcacgaagaaaggaga
SEQUENCE SIZE: 6164
INCLUDED REGION SIZE: 6164
PRODUCT SIZE: 6116, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,5783
0 tttgcacatcgcgagaagaatttatgcctcgttggaattcatgcatcgcggaatcatgca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcgcggaaatcatgcatcgcgagtcaataatcatgcatgacgagaagatttcatgcctcg
120 tcaaaatttatacatcgcgagaagaatttatgcctcgctggaaatcatgcatcgcggaat
180 catgcatcgcggaaatcatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtgatttcgatgtaattttgggtatgacttggctttc
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6000 tccaaattttgcaatcttagattgtaatgctaaaactgtaacgttggccaagcctgggac
6060 agatccgttagtgtgggagggtgactacacttccactccagttcgtatcatctcctttct
<<<<<<<<<<
6120 tcgtgctaagagaatggttagtaaagggtgtttagctttcttgg
<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 835 0 0 0 0 0 142 606 8 35 0 0 44
Right 860 0 0 0 0 0 416 342 4 13 0 0 85
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000100, oripos=3936896..3938278 strand=1 allelepos=201..1583
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1783
INCLUDED REGION SIZE: 1783
TARGETS (start, len)*: 190,1402
0 tgccccttaaaatatatgatgtggtctgtcatattagtaatcaataacaaaataaatgaa
60 taaatcttatttttattattaaatttttccatttgtttcttctttctttttgtctttttt
120 ttattcttttcataaaatatttttttattaattataaaatttaatcatatttaatattgt
180 aatcatatgaaatgagttaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCatattattagagtattcaatttaattaacttttgaat
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1620 attattctatacacataataagtgaagatgtttattatctatcaaatatttttacgtagt
1680 ttatatgaatctatttatctttatatttcatataaaagatatagattaaaatatagtaaa
1740 cgagttaataattttttaaaaaaacatattctcattcaaggtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 605 0 227 0 0 4 3 0 9
Right 855 0 0 0 622 0 231 0 0 0 2 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000101, oripos=3982286..3982664 strand=1 allelepos=201..579
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 109 20 54.95 35.00 4.00 0.00 aaggccaacgaataatacaa
RIGHT PRIMER 627 20 54.83 40.00 4.00 2.00 tgcatatttgtgctccatag
SEQUENCE SIZE: 779
INCLUDED REGION SIZE: 779
PRODUCT SIZE: 519, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,398
0 tgtataaagcgagagaaaattgtatatacacatgcaaaaatgtatatcttcgtgttatac
60 acttaattatacaatttacaaacattttacttcaaatattgcagagaaaaaggccaacga
>>>>>>>>>>>
120 ataatacaattgtgaattatacaattgcagtgaaatacaattttctctagctttatacaa
>>>>>>>>>
180 cagaagtgtatatattgtgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtataacaaattatacagttt
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600 tatgtttgctatggagcacaaatatgcaaagtttgctatatcatacttgtatcaaactcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 tctaccgcgatacatcacaaattcaaacactagaagatttttatgatgaaagaataaaat
720 tatattaaaccgacaattcataacaaaatttatttacgtagacgaattccgttactaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 156 0 612 58 0 11 0 0 18
Right 858 0 0 0 162 0 511 117 1 25 0 0 42
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000102, oripos=4019332..4020084 strand=1 allelepos=201..953
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 54.94 25.00 4.00 2.00 aaattaaaacaaaatgccca
RIGHT PRIMER 1007 21 54.01 28.57 2.00 0.00 aaacaaaacgaataaaacgag
SEQUENCE SIZE: 1153
INCLUDED REGION SIZE: 1153
PRODUCT SIZE: 992, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,772
0 gaagaaaatgtgtataaaattaaaacaaaatgcccatttgatattcatatttatatatta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agaaaaagtgtagattttggttgattggtccaatcatttctcaatttctaatccctaaag
120 gataaaaacgtgcaaaaagagataaaactctctccatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtatatat
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960 atatatatatatatatatatatatatactcgttttattcgttttgtttaatctatattga
** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 cttgacagtttatttaaaacaatatttgttagagatttattttttcttaaaataacctta
1080 ttaattatgttttgatgatttaaatttgacaacttatattttatgtagttatttattgaa
1140 aaaacttatccgc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 829 0 0 0 288 0 396 73 9 19 0 0 44
Right 848 0 0 0 604 0 232 0 0 0 8 0 4
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000103, oripos=4037138..4037560 strand=1 allelepos=201..623
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 68 20 54.94 40.00 6.00 0.00 tgttaaccactccaacacaa
RIGHT PRIMER 755 20 54.87 40.00 4.00 1.00 tttcactatgggaatctgct
SEQUENCE SIZE: 823
INCLUDED REGION SIZE: 823
PRODUCT SIZE: 688, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,442
0 tttggaataaagtgtttcatttcaaagcttaaatctgatatatttagttaaagattcgga
60 tgagtatatgttaaccactccaacacaaactttggtggtaggaatattcacattttttgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tatataggaacattcacatttattctcatatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtatatatatatatatatatatatatatatatatatat
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660 atgtatgtatatatatatatagtttaaggttcataatatgaattatattttaatctctct
720 aattaatttaattattagcagattcccatagtgaaagtgagaagacatttgcacttatca
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 ttggattattagctggggttgctattctcatcattttcttaac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 246 0 458 38 0 20 17 0 18
Right 860 0 0 0 414 0 318 66 0 9 0 0 53
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000104, oripos=4043220..4043240 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 55.00 35.00 4.00 0.00 gcggaaactattaaagcaaa
RIGHT PRIMER 393 20 54.89 50.00 5.00 3.00 acctcagatggtcactcaac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 296, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gtgagtgatgaaagccaaaaaaatgtagcagccaatgctggtattctaaggaacaatcta
60 atgagttgaatgttaggagcgaaataagtaggtattatgcggaaactattaaagcaaatc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tccaaaactatgagtatgaagacaaacgagaaatacacaaaaatttaacattgttctgtc
180 aatcgatctatattaacaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTagattgagtgactttttaa
****************************************
240 ggaaagagtggatagttgagtgacttttgagttaaaattcaaagttgagtgactttctga
300 gaaagaagtgcatagttgaatgacttttgagtaaaaattgaaagttgagtgactttctga
360 gagaagagtgcatagttgagtgaccatctgaggtattaattcttcagttctttatttact
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 39 0 596 81 0 9 18 0 50
Right 859 0 0 0 24 0 767 17 5 13 0 0 33
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000105, oripos=4046171..4052060 strand=1 allelepos=201..6090
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 92 20 54.97 45.00 4.00 0.00 aacactttatgtcacgaccc
RIGHT PRIMER 6221 20 54.97 50.00 4.00 3.00 gagttcttgagcctagagca
SEQUENCE SIZE: 6290
INCLUDED REGION SIZE: 6290
PRODUCT SIZE: 6130, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,5909
0 agtcgataatacttacgttaatgtagaatatacatatttacatcatatcttctcttaaag
60 tatgacctttttctaaaatcctactaatataaaacactttatgtcacgacccaaatccgg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 gccgcaactggcacccacacttaccctcctgtgtgagcgaaccaaccaatctaaacctta
180 acattttaatgtaatatcgaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaaggattttgccgttgccgctatctgtaag
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6120 gccgaaatccgcagttctgacctcaacctcttcacaaaccgcacgaaacttagcctcata
6180 tgcattgaccgacatcctaccttgctctaggctcaagaactcatcccttttcctatccct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6240 caaagtccgggggatatacttctccataaacaaactagagaatgaggccc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 120 0 418 291 0 4 0 0 22
Right 860 0 0 0 0 0 258 514 0 18 0 0 70
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000106, oripos=4053431..4054879 strand=1 allelepos=201..1649
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 30 20 55.02 40.00 4.00 2.00 agtttgtcacgatccaaatc
RIGHT PRIMER 1703 20 55.07 45.00 5.00 3.00 gaacgattctctgaacttcg
SEQUENCE SIZE: 1849
INCLUDED REGION SIZE: 1849
PRODUCT SIZE: 1674, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1468
0 gagaccaacaaacctaatgctctgataccaagtttgtcacgatccaaatccgggccgcga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ctgacacccacacttaccctcctgtgtgagcgaaccaactaatctaaaccttaacatttt
120 aatgtaatatcgacataaagtaatgcggaagacttaaactcattaataaaaaccaattca
180 ataactattattatcccaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtcgtacctacgacggtccgtcctgcacttcc
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1680 gtcacgaagttcagagaatcgttccctgtaccaaattctcaagagttgaagtgttttgaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1740 acggcggatcacgacggttcgtcgtgcctgtgacggtccgtcctgcaggtccatcacaga
1800 gttcagagagtcgatttcagcactcaaatttcagaattcccaagtattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 116 0 377 290 0 13 0 0 59
Right 856 0 0 0 0 0 250 524 1 32 0 0 49
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000107, oripos=4066233..4072293 strand=1 allelepos=201..6261
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 133 20 55.39 45.00 3.00 2.00 gtggtttgtaactgaagcgt
RIGHT PRIMER 6346 20 55.19 45.00 5.00 1.00 tgcttcctaactgacgaact
SEQUENCE SIZE: 6461
INCLUDED REGION SIZE: 6461
PRODUCT SIZE: 6214, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,6080
0 atggcaaacttatttgattaaataatattatataggtatagtttacctaattacattata
60 tgggtatggtttagttattttaggtatctttataaaggtttttttttttatttatacaat
120 tctattttaaaaagtggtttgtaactgaagcgttaaatatgctaacaataaattaagata
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180 atgccacaattttagggaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 atacaaatggaacattttgcttagtcaagttcgtcagttaggaagcaatagaagagaatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6360 ccttgacaaatcggcggtagtagctagctaacccaacaaaactccttatttctgacacat
6420 tagtaggtcttacccaattcttcactgtctcaatcttagaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 390 0 445 10 0 2 1 0 7
Right 849 0 0 0 0 0 520 217 8 24 0 0 80
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000108, oripos=4073479..4075846 strand=1 allelepos=201..2568
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 36 20 55.01 45.00 4.00 0.00 cttagcacgaagaaaggaga
RIGHT PRIMER 2731 20 54.96 45.00 4.00 2.00 aattagattactccctcccg
SEQUENCE SIZE: 2768
INCLUDED REGION SIZE: 2768
PRODUCT SIZE: 2696, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2387
0 tgccaagaaagctaaacaccctttactaaccattttcttagcacgaagaaaggagatgat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acgcaccggattggaagtgtagtcaccctcccacactaacggatttgtcccaggcttggc
120 taacgtcaccgttttagcattacaatccaagatcgcaaattgcggagaaagccaagtcat
180 acacagaattacatcaaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtcaagaacaaaa
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2580 aatcgattattttatcaaaatatatgaaaaaaataataaacagaacacatatacaaattt
2640 tgaataagtaaaaaaaagaagaagaggtaaacaactaaaattaaggagtacttacaaaat
2700 tgacttcaacttcgggagggagtaatctaattttggacaacaatttgaaattcaaaccgg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2760 atagctgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 0 0 271 484 2 13 0 0 82
Right 807 0 0 0 267 0 403 84 12 17 9 0 15
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000109, oripos=4113552..4113572 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 91 20 54.92 35.00 6.00 1.00 ttttccaaaactctcatcgt
RIGHT PRIMER 407 22 55.06 31.82 4.00 3.00 tggtatttttgagagacaacaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 317, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ggataaaagttttggaaaatatattttttaaatcaactgattttcctcaaaattaagaaa
60 aatggcttttgttcaaaaattaagaaaaacattttccaaaactctcatcgttttttgggg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaaacgacaacaattttattaaaaaaaattcaattttaaaattttatttttacccgatcc
180 ctgaccccccccccgtcagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaattgtttttaaaaattat
****************************************
240 tttcaatttcataaattattttctctagtaaaaataaaagatgtctttcaaaaacatttt
300 tcattcataatcaaatactaaaaatcatttccaaaaaatattttctactaactaaccaaa
360 catgaaaagataaatctaaaatctacttgttgtctctcaaaaataccacttgaaatatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 792 0 0 0 369 0 254 93 3 28 18 0 27
Right 849 0 0 0 437 0 403 0 1 0 4 0 4
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000110, oripos=4116400..4119541 strand=1 allelepos=201..3342
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 138 22 55.15 27.27 4.00 3.00 aaaaatgggtgatacatgattt
RIGHT PRIMER 3529 20 55.08 35.00 6.00 2.00 acgtttagaaaaacgcacat
SEQUENCE SIZE: 3542
INCLUDED REGION SIZE: 3542
PRODUCT SIZE: 3392, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,3161
0 ataaattcaaaaacagacttagaaatatgaaaaattattcgtaatagataagctacctat
60 aatttgaagacttgaaaaaagtaattcaatatttatatattaagatataaagttctatgt
120 atattgattctttgaaaaaaaaatgggtgatacatgattttacttcggtaaaataatttt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tagtgatatagaattaacatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtgatatataataattatt
***************************************************
3360 tttaaaaaaaaaatgaaaaaaactaaatgcaaatggaggccatatagaggtgctacatca
3420 cctccttaatgatcctcatttatatatatatattgattttccatttaaaacttcctcacc
3480 attcaaatttataaatatttatgtattgcaatgtgcgtttttctaaacgtcgtggctttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
3540 at
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 766 0 0 0 340 0 395 0 0 1 26 0 4
Right 835 0 0 0 308 0 265 178 1 20 7 0 56
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000111, oripos=4130787..4131347 strand=1 allelepos=201..761
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 961
INCLUDED REGION SIZE: 961
TARGETS (start, len)*: 190,580
0 aaaaataattattgattttagcgatactttttgtttattaccatttatagcaatgctttg
60 ttaaatctatcatatgtattaaaagtgaattatgtatgcaatatatatgaattataattg
120 ctttttgaaatatatcatgtttgtttggtaaaaaactgtcacattgtattataagtgtat
180 taaaatgtgtgataaatgtaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttatagtatatttatgtaa
**************************************************
780 gtttccctttatcatttatacaataacatttttttcacttgatcacttttaattcattta
840 taacacaagtttaatacatattataaaaaaacaatttattattcacatataatataaatt
900 ttaataattgatactacatttatcacatattttaatacacttatgatacaatatgtcaaa
960 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 343 0 431 1 0 4 17 0 1
Right 818 0 0 0 544 0 262 0 0 0 12 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000112, oripos=4278374..4278992 strand=1 allelepos=201..819
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 81 20 55.18 45.00 4.00 0.00 gttaagctattcggggttct
RIGHT PRIMER 992 20 55.30 35.00 5.00 3.00 ccaacacttttcaacgaaat
SEQUENCE SIZE: 1019
INCLUDED REGION SIZE: 1019
PRODUCT SIZE: 912, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,638
0 attactataaatactaccacaataattgacgatttataattcctatctagtaaaaagcta
60 acaaaaaaaatatacatattagttaagctattcggggttctcttttaccaaaaagaggat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ctaagggaatccaaagaccaaaaacatttgaggaggaacaaaatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatata
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840 tatatatatatataattttataatttaaatatttaaattagatttgtcagtaagttgaaa
900 ggttgtcaaagtatttagatttgttatatatatatagagtgagatgcgcgtgtaaattct
960 gaaaatagagaaaatttcgttgaaaagtgttggtatgattcaaattagttagaggcttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 845 0 0 0 217 0 441 115 5 9 4 0 54
Right 860 0 0 0 313 0 430 78 0 21 0 0 18
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000113, oripos=4323501..4329166 strand=1 allelepos=201..5866
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 74 20 54.97 40.00 5.00 1.00 gggattcaattaaggtgtga
RIGHT PRIMER 5972 20 54.93 40.00 4.00 3.00 tgctttgcactgttaatgac
SEQUENCE SIZE: 6066
INCLUDED REGION SIZE: 6066
PRODUCT SIZE: 5899, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,5685
0 gttaaccaaatatatattttaacttatttttataataaggttcctaactttattcttcca
60 ctatactctaatgtgggattcaattaaggtgtgatgtacacttctatcataggcgtcaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttttaatggatcatatatatatatattgaagaaattaatggcaattgcttgcttctgtca
180 ttaacagtgcaaagcatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaagttattatttaa
*******************************************************
5880 tttttttttttttggtagaaaaaatcaacctgctctgataccatgaagaaattaatggca
5940 attgcttgcttctgtcattaacagtgcaaagcatatatatgtttacatacagcctaattc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
6000 cctagaatcaaggaaacaacaaccaattacatcaattatgcctaattacaagatatttac
6060 ccaaag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 243 0 463 92 0 24 0 0 33
Right 809 0 0 0 68 0 521 115 3 21 13 0 68
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000114, oripos=4336818..4337205 strand=1 allelepos=201..588
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 20 54.95 35.00 4.00 0.00 ataatttgcaccctttacga
RIGHT PRIMER 658 20 54.95 40.00 5.00 1.00 accaaatcaagatcagatgg
SEQUENCE SIZE: 788
INCLUDED REGION SIZE: 788
PRODUCT SIZE: 632, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,407
0 ctctcatattgtgaattcgcttaagatataatttgcaccctttacgatctatcatggaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcacattttaaggcattacacatatttcgtaaactttgtgcctaatcatattaaccaaat
120 ttacagatgaatcaagaagttgcaagctggccttatgattttccagtttcagaagagtac
180 atcaaatctaatcaaaggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGggggggcaagct
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600 ttcctatggtagttttgctttggcttcttagtggtcgtcccatctgatcttgatttggtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
660 atatatcattggcggaaaaaattatcaaaataaactttatcatatgtacctttattcgtt
720 ttgatcctatatgatatctattgtttaataaaaatatggtacgtgatcccaaaaggttac
780 taacactt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 19 0 614 134 0 34 0 0 54
Right 814 0 0 0 167 0 401 162 1 17 14 0 52
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000115, oripos=4350726..4351811 strand=1 allelepos=201..1286
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 8 20 55.06 45.00 4.00 1.00 gacatgaagaggaagatcca
RIGHT PRIMER 1414 20 55.01 35.00 2.00 0.00 aacgaagaggaaaaacacaa
SEQUENCE SIZE: 1486
INCLUDED REGION SIZE: 1486
PRODUCT SIZE: 1407, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1105
0 ggcatcaagacatgaagaggaagatccagtccaagctagaagcattagctcaccctgata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tccggagtaatgaagactggctagagttgcggttgagttgaagatgatggcacgtttgct
120 gcactccacattttaacaagaaggaaacataaaagtaggggtcagtacaaaacacgggta
180 ctgagtagatatcatcggccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAttatcaatacatatcattcgctattaagaattta
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1320 ctacgaatatcgtaagagaaaccataacctacctccaccgaagatttcgtgatcaagcaa
1380 gaatttcccaaagccttgtgtttttcctcttcgttcgtctctctctatcaattctccttc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 tctctctttctgttcttttctttttcttattcaaaccctccttctt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 374 370 0 29 0 0 82
Right 860 0 0 0 21 0 517 234 0 26 0 0 62
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000116, oripos=4371552..4372611 strand=1 allelepos=201..1260
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 34 20 55.05 40.00 6.00 0.00 atcaccaaccatatatccca
RIGHT PRIMER 1382 20 54.89 45.00 3.00 2.00 agtcccgatgtttatcacac
SEQUENCE SIZE: 1460
INCLUDED REGION SIZE: 1460
PRODUCT SIZE: 1349, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1079
0 caccatcttttctgatggctacactggaaaggtaatcaccaaccatatatcccaattaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tattgtggaacaaaactaaagtgatgcaattatcattttcgagagctaaattcttaacta
120 caaaatctttttcaaattattgtgtttttcacttattaaattatagcagtcgacgtgata
180 tttagagcctgtttggctcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
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1260 aacgggcccttaatgtaacttaaatttgaagttacgagattgaatttttttttccaacaa
*********
1320 attcaggtaattcttaaaagtttgctcgtaaatataaaaatatgtgtgataaacatcggg
<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 actatataaatactttcccaaataattacggaaattctcatatagtttttttttaaaaaa
<<<
1440 aaaaaattcgagcgtcaaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 152 0 549 81 5 18 0 0 48
Right 775 0 0 0 222 0 477 15 3 10 28 0 20
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000117, oripos=4377001..4377268 strand=1 allelepos=201..468
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 53 20 54.91 40.00 4.00 2.00 gttgaaaactcatggaaagc
RIGHT PRIMER 555 20 55.17 50.00 4.00 1.00 ccactagcttccctcctatt
SEQUENCE SIZE: 668
INCLUDED REGION SIZE: 668
PRODUCT SIZE: 503, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,287
0 ggcatcatcgatactgtatccgcgattcatcctcttcttccattgattaatttgttgaaa
>>>>>>>
60 actcatggaaagcttgtgatggttggtgcccctgaaaagccattagagttgcctgtattt
>>>>>>>>>>>>>
120 cccctgcttttaggtacatttggtcttaaatcgacgattttgatatatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatat
*********************************************************
480 atatatatatatatatatatatatatgttgatatgtaatattaatgtaatgtgtgtaata
<<<<
540 ggagggaagctagtggcggggagcgcgataggagggatgaaggagacacaagagatggtt
<<<<<<<<<<<<<<<<
600 gatttcgcggggaagcataacataacaccagatattgaagtagtgtcaatggactacgtg
660 aatacagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 104 0 312 321 8 24 0 0 69
Right 860 0 0 0 195 0 321 289 0 13 0 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000118, oripos=4381358..4385958 strand=1 allelepos=201..4801
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 12 20 54.99 40.00 3.00 0.00 acggttttggtgttgtaatc
RIGHT PRIMER 4871 20 55.11 40.00 3.00 3.00 gtcacggtcaaaacattctt
SEQUENCE SIZE: 5001
INCLUDED REGION SIZE: 5001
PRODUCT SIZE: 4860, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,4620
0 gctttattgggaacggttttggtgttgtaatcaaggggttggagtaattatgggggattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acatcgaggagacgtgcgccgtgacggttgcacctgcttgtcagagagggggcatgggag
120 agagaagatgagattgatttcccccaaaaaaattttaaatatatttttttaaataatttt
180 ttttgtaattaattttttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 Ttaagaacaaaaacaagacaaatagttctacacgataaaaactttctcactcaagaatgt
********** <<<<<<<<
4860 tttgaccgtgacaatcctatcaatcttgaagacctcaatttgatgaataattctctcttg
<<<<<<<<<<<<
4920 ttctctgcgtgaagtcgttgtgttttcctctgcctcgtatgcttcttatagagtttttgc
4980 cttgtacaatccttactaata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 147 0 115 473 0 9 12 0 58
Right 860 0 0 0 2 0 560 210 0 18 0 0 70
Pair Stats:
considered 5, high end compl 2, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000119, oripos=4423914..4424157 strand=1 allelepos=201..444
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 21 20 55.30 50.00 2.00 0.00 tatgtgtaaggtagggctgg
RIGHT PRIMER 612 21 54.09 33.33 5.00 0.00 tgaaggctttaacttttgttc
SEQUENCE SIZE: 644
INCLUDED REGION SIZE: 644
PRODUCT SIZE: 592, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,263
0 gaaattcttaaatgtaatttgtatgtgtaaggtagggctggcaaggggacggggaagggg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 actgggggacgggacgaagggggacgggacgggacgggggacgggggacggggagagggg
120 atttgacacgggaccgggattggggggacaaaaataggtcccatcccgtcccactatata
180 tacgagatgggatgggatttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtttaaatttgtaatttaaatattttaaagtaatgta
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480 aattgtaaactttaaattaagtattttaaaattaatttattactttagtatatatattta
540 attgtatatattaaaattaaaatgcaaaacaataattgtataaaaaaaacttgaacaaaa
<<<<<<<<
600 gttaaagccttcaaatttattcaatagaacttagaagtcacaac
<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 135 0 111 515 0 6 17 0 13
Right 846 0 0 0 648 0 181 1 1 5 5 0 5
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000120, oripos=4426193..4432870 strand=1 allelepos=201..6878
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 50 20 55.05 40.00 3.00 3.00 aaagtaaaatcgctgctgag
RIGHT PRIMER 6993 20 55.05 40.00 3.00 3.00 aaagtaaaatcgctgctgag
SEQUENCE SIZE: 7078
INCLUDED REGION SIZE: 7078
PRODUCT SIZE: 6944, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,6697
0 aaaccaaaacggtaaaatcgctgccgacgcagcgatttacttcgactgaaaaagtaaaat
>>>>>>>>>>
60 cgctgctgaggcagcgattttgccaaaaaaaatttttttaataaaaaaatgaaatcgctg
>>>>>>>>>>
120 ctcaagcagcgatttcaaaatgtttcttcttacaaatcgctgccagcgcagcgatttaac
180 attattttttaattttctttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGctggcagcgatttgtaagaaga
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6900 aacattttgaaatcgctgcttgagcagcgacttcatttttttattaaaaaaaaaattttt
6960 ggcaaaatcgctgcctcagcagcgattttactttttcagtcgaagtaaatcgctgcgtcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7020 gcagtgattttaccgttttggtttatataaaattttatataccgttttggaatttttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 810 0 0 0 117 0 166 469 0 7 16 0 35
Right 825 0 0 0 188 0 230 351 2 6 11 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000121, oripos=4435866..4436816 strand=1 allelepos=201..1151
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 21 55.42 42.86 3.00 0.00 cgcttatttaggaggacactt
RIGHT PRIMER 1281 20 55.10 40.00 4.00 0.00 tataaatcaatccactgccc
SEQUENCE SIZE: 1351
INCLUDED REGION SIZE: 1351
PRODUCT SIZE: 1281, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,970
0 ccgcttatttaggaggacactttcaatttgattctctttcaagattgaattagaaattta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgattaaaggtaaagaagtattacatcctgaattaaaattcatgcacttttttaaaatat
120 aactttataaatatttatgatttgttttaaaacttttaatatattattttgaaaaaaaag
180 ttacctatgaagtaacatcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNTagatattttcgcctcaaattttttaaaacactcaattggcagtagcttt
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1200 tctattgttgcattaataatgtgagtgatttattaatttggagggtctaattagtaatgg
1260 atgggcagtggattgatttataattatactaataaattaaattataacaaatagttgagc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gccacatatttttaaaaatatttaaatagtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 409 0 345 11 3 7 15 0 8
Right 836 0 0 0 259 0 373 130 1 34 8 0 31
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000122, oripos=4601598..4603385 strand=1 allelepos=201..1988
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 117 20 55.06 40.00 4.00 0.00 atataaacccccattctcgt
RIGHT PRIMER 2135 20 54.86 30.00 3.00 0.00 tcgttttgagattccatttt
SEQUENCE SIZE: 2188
INCLUDED REGION SIZE: 2188
PRODUCT SIZE: 2019, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1807
0 cctcgcctcaaactcccttcccgctcgaaatttcggataagattttgagattttgaattg
60 aaatgggcggaaactcgtgaaacccatcccaatttcaaaaaccatagggatttttctata
>>>
120 taaacccccattctcgtcagtttgggggttggattttttttgaaatttcttgggttgaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 attgggaaattctgaaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNTctctctccctctctctctatatctctctttgctacttgtttacgttttattt
*****************
2040 tgaatgtcgttagcttaagattagaaaactccaaacccccttcgaagcgccttctatttt
2100 atcaaatctcaaaactaaaatggaatctcaaaacgataaatatttcaactcgtaagttgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2160 ttaaaactctaacatgttcaaaattcaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 32 0 238 437 9 11 18 0 52
Right 860 0 0 0 44 0 657 121 0 8 0 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000123, oripos=4633895..4634712 strand=1 allelepos=201..1018
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 104 20 54.62 45.00 3.00 0.00 aggctcatagtggtgattgt
RIGHT PRIMER 1173 20 55.06 45.00 3.00 2.00 aggtcaactggcatcaatac
SEQUENCE SIZE: 1218
INCLUDED REGION SIZE: 1218
PRODUCT SIZE: 1070, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,837
0 gaacacgtaagttaagctagtgaattcactaagttgaggagttctatgcatcaacaaagt
60 atagacagttctggtagcgtgggcaagacattttatcaccacttaggctcatagtggtga
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgtcggttataaaatctcccttagaagttatattacttcatatataagtaaagttgagt
>>>>
180 ttgttattgcattttcaactNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaa
************************************************************
1020 aacattgcgtgtgtcttattgctttatatgtagtcaagttattcatgagttgagcagagc
*******
1080 cgtaagtgtttcttcttactcttttcaagcttaagttttgttagcattccaactcgcata
1140 ctcatacattcaatgtattgatgccagttgacctgcattgcattataatgtagacacaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 taatcaggatgagcatca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 68 0 605 128 1 17 0 0 35
Right 857 0 0 0 1 0 603 179 5 16 0 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000124, oripos=4654715..4655667 strand=1 allelepos=201..1153
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 157 20 55.15 40.00 8.00 2.00 atttccgttagaggaaaagg
RIGHT PRIMER 1197 20 55.10 45.00 4.00 1.00 tacccctcaaccttgttatg
SEQUENCE SIZE: 1353
INCLUDED REGION SIZE: 1353
PRODUCT SIZE: 1041, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,972
0 taaataaatttgattatcaaaataataattataaattagtcattgaaacaaaaaaaagtc
60 aaaaaatatatttgacgaggattaaatttactcatatgagattatattttttagaaagaa
120 aataataaaaatttagattaaaattattatttttttcatttccgttagaggaaaaggata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatgtgagccatttgtttacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNAagtaggggtatatatgagtcactttcataacaaggttgaggggtata
********************** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 tcagacccttttcccttttttcttttgatacaaaatgaaaattttgcatgtgcagtaaaa
1260 gaattgtatcgtatgatttagttattctatttaatcatacaatttggtatattaatcctt
1320 ttatttatattatatcatattatattatgtgca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 778 0 0 0 510 0 206 19 1 7 26 0 9
Right 799 0 0 0 301 0 359 74 5 21 16 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000125, oripos=4662616..4663748 strand=1 allelepos=201..1333
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 166 22 54.82 22.73 6.00 0.00 aaaataaatttgaaaagggaca
RIGHT PRIMER 1437 20 55.32 50.00 2.00 1.00 cacacacacacacctcctaa
SEQUENCE SIZE: 1533
INCLUDED REGION SIZE: 1533
PRODUCT SIZE: 1272, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1152
0 tattttttttttacctcattttagaaatttcaaattattaaaagtctccaaatatgcttc
60 taataataaacattatttttagtaattactattattttgaacaatatatactttttctct
120 tattttatattataggagagatatctattaagagaaaaattaattaaaaataaatttgaa
>>>>>>>>>>>>>>
180 aagggacacaaaattaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNAaagtgggtttttataggtgtaatatttaggagttataatttttatat
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1380 taaatattttgaaggttatgaatatgaaaggttaggagttaggaggtgtgtgtgtgtgtg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 tgtgtgtgtgtatatatatatatatatatataatattattgtgtaaaaaacaataatcta
1500 aaatgcctttttttttaaaaaaataaaaatata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 576 0 263 0 0 0 3 0 4
Right 834 0 0 0 447 0 310 46 0 0 8 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000126, oripos=4672354..4673524 strand=1 allelepos=201..1371
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 154 20 55.02 40.00 6.00 0.00 atggacgtcaagaaaacatc
RIGHT PRIMER 1482 20 55.06 35.00 4.00 1.00 tctctgcgaaattaaccatt
SEQUENCE SIZE: 1571
INCLUDED REGION SIZE: 1571
PRODUCT SIZE: 1329, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1190
0 cagttgagtgtgtaaagaaattatgaaacttttgttgaaagaaaacgaagagtttctgaa
60 tgtacatttaacgttcctaaatgcactcttattatttctctgatcattgcttttagagta
120 taatatatttgtgcttgaaaatgtttccaagttgatggacgtcaagaaaacatctcactg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tttgtttgtagttctggtttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGaagtacgtt
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1380 tatactagttttgtaaaaaaaaattaaaaacgtattattttggtaattgattttaaaaat
1440 agctcattttgatcaaaaactccaatggttaatttcgcagagaggcgtcaccactttgcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1500 actaaaacagccttcttttttcgaccagaattaagatggtataacgataataacgatggt
1560 aatattagggg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 67 0 623 83 4 26 0 0 49
Right 797 0 0 0 221 0 339 172 7 11 17 0 30
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000127, oripos=4677037..4677967 strand=1 allelepos=201..1131
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 127 20 55.02 45.00 4.00 0.00 taacctctgcaaccactctt
RIGHT PRIMER 1320 20 55.07 45.00 6.00 2.00 ctcaacgtgagggtattgat
SEQUENCE SIZE: 1331
INCLUDED REGION SIZE: 1331
PRODUCT SIZE: 1194, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,950
0 acatgctttgtgcgttcatggaaaactggattacgagctatgtggatagccacttggcta
60 tcagagtgaagggccacaggtaaagatggaggaacagacaagtcatcaagcaaccgaacc
120 agccaggtaacctctgcaaccactcttctcatagagcgatattctgcttcagcagaagaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 agagatactaaaggttgcttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAggtggtgat
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1140 aaaccagcagggaatttcataaaaacctcttcttgtaaatcaccatgtagaaaagcgtta
1200 ttaacatctaactgagaaatgttccaattcttttttactgcaatggcaagtaagcatcta
1260 atggtagtcatcttaaccactggagagaaagtctcagtaaaatcaataccctcacgttga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gtgtctccccg
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 0 0 267 452 10 23 0 0 78
Right 798 0 0 0 0 0 598 113 2 23 17 0 45
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000128, oripos=4679409..4681831 strand=1 allelepos=201..2623
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 32 20 55.03 40.00 4.00 2.00 gcggaatttgagataatacg
RIGHT PRIMER 2815 20 55.00 35.00 3.00 0.00 ttcaaatcatctcagccttt
SEQUENCE SIZE: 2823
INCLUDED REGION SIZE: 2823
PRODUCT SIZE: 2784, PAIR ANY COMPL: 7.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,2442
0 tcccccaagttccatggcattgtcggtgttgtgcggaatttgagataatacgagaaaata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taaaatgcgaaaaacaagacaacagatttacgtggttcaccaataaattggctacgtcca
120 cgggaagagagggagcagttttattatggagaggcaaaaacagaattacagaatagggtt
180 tgccatagcatctatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtaataaaaatttgttac
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2640 tatactaccagctgtccttctcttatttgtttttctctaactgactaattgtaaataaat
2700 aaaaaacaatatttacatatataatggaatatatctggaatattccttggacaactatga
2760 tgattctcatgatgaaatataatactagttgtgatcaaaggctgagatgatttgaaatag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2820 gaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 35 0 363 360 0 19 0 0 78
Right 854 0 0 0 206 0 559 40 4 21 0 0 24
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000129, oripos=4695569..4700453 strand=1 allelepos=201..5085
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 91 20 54.91 45.00 2.00 0.00 caacaaatctcctcttctgg
RIGHT PRIMER 5266 20 54.57 40.00 4.00 0.00 gaacaacaacaatttcctcc
SEQUENCE SIZE: 5285
INCLUDED REGION SIZE: 5285
PRODUCT SIZE: 5176, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,4904
0 agaccgcccattggatgatcaaagccaaactgctcttcagcttgacttaacaagtcttga
60 aataaaggctcgctcaagtaagatattggtacaacaaatctcctcttctggctctcccct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acatatacaacacaatgtcctttgggaacacatccggaatttgaaaacctcctcaagatt
180 ctagtaccttgaacaaggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttttcgttatctata
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5100 attgtgataggcaagaaaaattatgattttgatatcaaaaatttctttaaacatttttta
5160 aagaaaattgttgctatttttttttttttaaaaaaaaatcacattttgcaaaaacgctgc
5220 agtaacaacgattttgcttttttcggcggaggaaattgttgttgttctagcgattttgcc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
5280 gtttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 400 344 0 22 0 0 89
Right 775 0 0 0 367 0 181 162 7 8 22 0 28
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000130, oripos=4716544..4717063 strand=1 allelepos=201..720
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 14 20 55.25 40.00 6.00 0.00 cgtgtaaatttgagatccgt
RIGHT PRIMER 777 20 54.14 35.00 8.00 2.00 cgatcaattgaacaaatcag
SEQUENCE SIZE: 920
INCLUDED REGION SIZE: 920
PRODUCT SIZE: 764, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,539
0 ttttttatgtttaacgtgtaaatttgagatccgtttttcatataacgttaaagtaataag
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 taaaaagctacaaaaatgaaaagagacatgttttcttaaaacaaaattaaaagaaaaagt
120 aaagaacaaactaataacttttagaattgaatttgtgatcttaaatatatcatattatat
180 atatatatatatatatatacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
************************************************************
720 aaaaagactcattcttttgaaataaattaaaaagataactgatttgttcaattgatcgaa
********* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 aaaattaaaaaataattttctaattctttaaaaaatgtgaaaaaatattttatctaatga
840 aaatagaaaaaaaaaccccgcaataaacaatgtttcatattgattttttgttgcccatcc
900 tcgttacctctcataatatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 357 0 464 10 0 12 3 0 9
Right 738 0 0 0 472 0 125 91 5 2 35 0 8
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000131, oripos=4720514..4720534 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 6 20 55.07 30.00 4.00 0.00 attcgctaacaaaaatggaa
RIGHT PRIMER 314 20 55.28 40.00 4.00 0.00 agcatgaacaaggaacaaac
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 309, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 tgcgcgattcgctaacaaaaatggaatgtagttacttgttgcaagatggattgatgtcac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 cagctgaagccctaaaagaaaaacacaagaagagatcaagaaaaatgaaaaatgttaaag
120 aagaagaaaatgtgttgatatttgaagatttaggtgctgatttattagatgaattattat
180 ctgaatactcttcaagttcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNActcttcaagttcaaattaa
****************************************
240 tgtacaaatttctacatctagtaaatctcaaaaaaaagaaaaaaattgaaagtatgtttg
<<<<<
300 ttccttgttcatgctttcccattttttttttcaattgtttttctattgaaacgatataga
<<<<<<<<<<<<<<<
360 aaagattagaattgtatgcaagtatgacatgtacaaaatcgattgagaaatgaagtttat
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 102 0 545 149 0 12 0 0 47
Right 791 0 0 0 201 0 486 46 0 16 24 0 18
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000132, oripos=4737191..4737996 strand=1 allelepos=201..1006
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 79 21 54.43 42.86 3.00 0.00 cacctcttcaaatacctacca
RIGHT PRIMER 1150 20 55.04 40.00 4.00 0.00 ccataaccaacctaaatgga
SEQUENCE SIZE: 1206
INCLUDED REGION SIZE: 1206
PRODUCT SIZE: 1072, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,825
0 catcaccatcaaactaatattgcaataataattttcattataagtagtaataataaatta
60 aatcattatctctaatctacacctcttcaaatacctaccatgatgtaaaataggataaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aacacaactttcttaaatcttaaccatcaaaattaggacaaaattgtacctttaatcaag
180 atccaaatacactctttataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttgatgtggggttg
*******************************************************
1020 gcttgttttgctagtatttccatgttgttttgagataattttgttaaagattcaattttg
1080 agtgttaatttgatgtggggttggcattgattggcttattttactgatatttccatttag
<<<<<<<<<
1140 gttggttatggttatgttaaggattcagtttttgagtgtcaatttgatgtagggttggct
<<<<<<<<<<<
1200 ttgatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 805 0 0 0 271 0 504 0 0 8 14 0 8
Right 860 0 0 0 84 0 575 147 0 6 0 0 48
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000133, oripos=4824317..4825111 strand=1 allelepos=201..995
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 149 20 55.15 40.00 4.00 0.00 agcgcaattatgtcacttct
RIGHT PRIMER 1037 20 55.01 40.00 5.00 3.00 tttttatcctacgtggcact
SEQUENCE SIZE: 1195
INCLUDED REGION SIZE: 1195
PRODUCT SIZE: 889, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,814
0 cactatgaaagttgaaggtcaaatttaaagtctaatatatgtattatgtcaatattattt
60 tatattcaaatcacttatatagctacaagtatgtttttaataagtattataataatcgat
120 aaaatgatcaaaatactaagtaacctattagcgcaattatgtcacttctaaataaagtta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtggttgtctttttttttcgaactag
******************************************** <<
1020 tgccacgtaggataaaaaggggtagagaattacatataaaataagttcagggggataata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 gaacgttaatatagtataagtgtgtctctgggatttcgggcataggttgagggggtactt
1140 gaatattttccccatatatatatatatgataaatgtaataaattacctattatca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 854 0 0 0 426 0 406 6 2 2 0 0 12
Right 848 0 0 0 194 0 410 184 0 15 3 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000134, oripos=4878106..4886004 strand=1 allelepos=201..8099
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 43 20 54.98 35.00 4.00 2.00 attttctagcccacacaaaa
RIGHT PRIMER 8137 20 54.97 40.00 5.00 1.00 ttcataatggaaactgggac
SEQUENCE SIZE: 8299
INCLUDED REGION SIZE: 8299
PRODUCT SIZE: 8095, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,7918
0 ttcggcaagcctgtagccctcgttcttgtgggttcaaccggccattttctagcccacaca
>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaaatgggctcgcccagcctgaccggtaaaatgtcaaatcccgtatgaaatagcccgga
>>>
120 tggggtgggttagcccatattgacaactctaattctaaagatcttccttcatttcttaat
180 aactattgaatattctagatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGa
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8100 gatcctctcaaaaattctgtcccagtttccattatgaagagaaatggaaatcttactggg
******** <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
8160 tttatgaccgagccgttgtggcgcctacgtatcccattggagcaggaatcaggtcaaacg
8220 tagttcccccctcaagggttaaccaaaataggaagttttgataatgaaacgaccgaggcc
8280 gacataggccgcctacgta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 19 0 242 470 0 6 17 0 43
Right 802 0 0 0 1 0 284 427 0 19 17 0 54
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000135, oripos=4889411..4896020 strand=1 allelepos=201..6810
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 20 54.93 45.00 3.00 2.00 gcataatcgtcctttagtgg
RIGHT PRIMER 6846 20 55.13 35.00 5.00 3.00 caagtgaatcaaatcggaat
SEQUENCE SIZE: 7010
INCLUDED REGION SIZE: 7010
PRODUCT SIZE: 6820, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6629
0 ttttggttaacgaacgactgcgaacccgcataatcgtcctttagtggaaatgtaataagt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 gtcgtttgacagaagtatgtatgttatgcatgaaaaagtttaacaatttaaagaatttaa
120 acacttaaacaattaaccacaaataatcaaatatgttaatcttaaggttagaatcctcca
180 aactccccagcggagtcgccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcgtgtaatacaactttaattccgatttgat
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6840 tcacttgttagcatctgtgtaatacaacttcaattcaagtttaattcacttgttagcatc
<<<<<<<
6900 tgagtaatacaacttcaattcagttttagttcacttgttagcatctgtgtaatacaattt
6960 taattcaagtttaattcacttgttagcatttgtgtaatacaacttcaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 198 0 481 148 0 3 0 0 25
Right 860 0 0 0 82 0 742 10 0 5 0 0 21
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000136, oripos=4902067..4904207 strand=1 allelepos=201..2341
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 3 20 55.47 30.00 6.00 0.00 ttttcgccaaataaatgaac
RIGHT PRIMER 2539 20 55.10 45.00 4.00 0.00 tagaagctatcccgtaccaa
SEQUENCE SIZE: 2541
INCLUDED REGION SIZE: 2541
PRODUCT SIZE: 2537, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,2160
0 attttttcgccaaataaatgaaccctacataggtaaaatattgatgatattgtaagtatt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
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180 tatatatatatatatctcgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 Atatatatatatatatatatatataactacaagttataaggtgttctttattgttttttt
**********
2400 aaatttcatttcaaattaaattatcgtctgaaccatatcgatatgaaagagaaattaaga
2460 tgttgaaacaaattttagaaatcctattttttgttaaataaaacaaacatacctcagaaa
2520 ttggtacgggatagcttctat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 842 0 0 0 564 0 242 23 0 0 9 0 4
Right 835 0 0 0 322 0 434 30 7 7 9 0 26
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000137, oripos=4935515..4936365 strand=1 allelepos=201..1051
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 125 20 54.51 40.00 4.00 2.00 ggccaacaaacctaattcta
RIGHT PRIMER 1171 20 54.33 40.00 5.00 1.00 cctaacaactttttggtggt
SEQUENCE SIZE: 1251
INCLUDED REGION SIZE: 1251
PRODUCT SIZE: 1047, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,870
0 actattggctactgactgagacacgatattagttatttttatttattggctgctttattt
60 ttccactagtatatgataaacgtggaccaataaaaacaaagaaaatattatgagtcgtgt
120 aacatggccaacaaacctaattctactttagggttacaccatgtatgaactatatatata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatatatatagtcaaccaccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGagtcgtgtaacatggccgaaccaaaacct
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1080 aaacttctactttagggtttacgtaccactgtatgaactatatatatatatatatatagt
1140 caaccaccaaaaaccaccaaaaagttgttagggcgatccatcgtttttgatttaagtttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 atatatatttttttttaataaaaaatatttttaatagaccttacacgttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 153 0 544 107 0 8 0 0 43
Right 860 0 0 0 308 0 334 176 0 7 0 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000138, oripos=4980871..4981278 strand=1 allelepos=201..608
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 17 20 54.47 25.00 2.00 0.00 aaaaagaaaaccagcaaaaa
RIGHT PRIMER 703 20 55.18 30.00 5.00 2.00 tcaatgaatttgatgcagaa
SEQUENCE SIZE: 808
INCLUDED REGION SIZE: 808
PRODUCT SIZE: 687, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,427
0 aggataaattaaaagataaaaagaaaaccagcaaaaaataacaatttaaatttaatacat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tcttaaagctagttagcacataaaagaagcataattatactactttatctttgaactttc
120 aatttaataagttatttcaaatttcagtcactttcaaatcttatgtccaacaagtgaagg
180 ataatcttttgtttgcttaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNTatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatc
*****************
660 ttttaattctcgagcttaataaatttctgcatcaaattcattgaatctaaaaaaataatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 atataaatcgtgatatatttaatttagtattaaaaaaatttaaaagtcaaacttattaaa
780 ctaaaatctcgaatctaatctcgattta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 814 0 0 0 302 0 462 5 0 9 12 0 24
Right 856 0 0 0 566 0 261 7 4 13 0 0 5
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000139, oripos=4987346..4988259 strand=1 allelepos=201..1114
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 159 20 55.10 35.00 5.00 3.00 tcataaccgcacattcaata
RIGHT PRIMER 1272 20 54.82 40.00 6.00 0.00 cgatggtcacatgtattttg
SEQUENCE SIZE: 1314
INCLUDED REGION SIZE: 1314
PRODUCT SIZE: 1114, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,933
0 aagttcacatatttatttaacgaggatctagataattcataattaacctcacacataatt
60 ttcagctgtcattcatctctccccctaatgttagaaaatctaacattcattccaacctta
120 tttggaagttcatctttgtgcgtggtggaacaactaaaatcataaccgcacattcaatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tttagatgaaaattatatggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtgatttagctataattggaggcatac
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1140 aatttctgctaaatcaaccaacattatcaatataatttcatagtttggaactatactctt
1200 aattttaacaattcgagcaaacaaccttacaaaatcaatttgtaagttgacaacaaaata
<<<<<<<
1260 catgtgaccatcgcatagatgcatcaatcatatagttgcaaatgattcacatga
<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 36 0 557 163 0 26 0 0 73
Right 854 0 0 0 96 0 576 118 4 31 0 0 29
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000140, oripos=5166633..5168534 strand=1 allelepos=201..2102
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 126 20 55.12 45.00 4.00 3.00 cctgagaatgcgttttagac
RIGHT PRIMER 2280 20 55.01 45.00 4.00 2.00 ccgcaaactacctcattaac
SEQUENCE SIZE: 2302
INCLUDED REGION SIZE: 2302
PRODUCT SIZE: 2155, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1921
0 aacgagaaaccccgatgtaaattttctgtcatttttatcattcgcccaatctgaatctga
60 gaaaccccgaagctccaagtccccgggtcgaatgagtaaaccacgaccaagagtgccaaa
120 aatgtacctgagaatgcgttttagacaatcataatcatgttcacttggttgatgcatgcg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ctgagcaactcagttgacagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NAaatacaaggacgggatcggagttgtaatttgtgagtaatatgagggcgtagccaaggg
***********
2160 taggcaagacacccaaagacgcggaggttggtataattaagaagttcttggtaaaggagt
2220 tgatagggtgatttgttggagagggtgtgactgggcattctgttaatgaggtagtttgcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2280 gtggctagagcttctacccaaa
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 24 0 261 479 0 21 0 0 70
Right 860 0 0 0 1 0 317 462 0 8 0 0 72
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000141, oripos=5169186..5170718 strand=1 allelepos=201..1733
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 88 20 54.99 50.00 7.00 0.00 ggaacaacagtagtacccca
RIGHT PRIMER 1911 20 55.02 40.00 5.00 3.00 atcgtccaacttgtcaaatc
SEQUENCE SIZE: 1933
INCLUDED REGION SIZE: 1933
PRODUCT SIZE: 1824, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1552
0 ctgtgatttgtgttttagtgggtacaaccaagtgtattttgtaaaatcatccacaaaaca
60 aatataatagcgaaaaccaacaaatgaaggaacaacagtagtaccccatagctcagaatg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aataagttgaaaaggtgcagttgtacgcttctcagataaagtaaaaggtaatttatgaga
180 tttagtaattgaacaggagtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcttggat
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1740 agatcagaagtaacgtgcatgttggccccagtatccaacagccattcagaggaagggccg
**
1800 acttgagatgcataattggcacggttatcactatttcggctcttctcataccaaaaccag
1860 caacgaacagcggtgtatcctgttttctgacagatttgacaagttggacgatcccgctcg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1920 taagtgccctacc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 49 0 610 107 0 11 0 0 78
Right 860 0 0 0 0 0 190 580 0 15 0 0 75
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000142, oripos=5219319..5221708 strand=1 allelepos=201..2590
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 115 20 54.78 35.00 7.00 2.00 tgaatgttgtcaacccaata
RIGHT PRIMER 2621 21 54.08 33.33 5.00 2.00 tgagaaatcacttcaaaggtt
SEQUENCE SIZE: 2790
INCLUDED REGION SIZE: 2790
PRODUCT SIZE: 2507, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,2409
0 ataatagtcatcattgtggtaatgataaaaggaagaacactatgagttcttcaaatagtc
60 cttcaaaatgtgaaggcaatttttatcaaaatggtatgaaaggtcattagacttgtgaat
>>>>>
120 gttgtcaacccaataatttgacaaatttataaatcctctatcatgatacaagataaagtg
>>>>>>>>>>>>>>>
180 atggtacacttaatctttcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNActtaatatggtaacctttgaagtgatttctcactctataaatagggttgt
******************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2640 tcattcactattgtaatatatacagatgagacttacatacacttgaataagaagaaaatt
2700 catcttctactatctacttctcttgtcttcttctctttatgattatattcttatgagctt
2760 cattttataacaattattttatttattaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 840 0 0 0 57 0 688 44 12 17 0 0 22
Right 860 0 0 0 132 0 718 0 0 0 0 0 10
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000143, oripos=5230870..5231590 strand=1 allelepos=201..921
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 138 20 54.32 40.00 8.00 2.00 ccttgtttcaattgagtcct
RIGHT PRIMER 1119 20 55.09 40.00 4.00 2.00 ttacgttgctctatcggaat
SEQUENCE SIZE: 1121
INCLUDED REGION SIZE: 1121
PRODUCT SIZE: 982, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,740
0 atggtaatttacgatatttaccatactcaccaaaaattatattgtatatgacaagttcat
60 ttatcttgaacttcccattttattctctcatcaatatattttttataagtatatatatat
120 atttttttcattttttccccttgtttcaattgagtcctatatatatatatatatatatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 atatatatatatatattattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTagtagtacgtactatatatatatatatatatatatatat
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960 atatatatatatttgtattaaaattaacataagattagggtcaagcgtctataattagct
1020 tttgaggtttgtaatatgagaatttaatcatgacaaagttcaaactatcaaactagggta
1080 ttaaataagtaaaggtaactattccgatagagcaacgtaat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 807 0 0 0 338 0 403 27 0 4 15 0 20
Right 860 0 0 0 290 0 529 12 0 8 0 0 21
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000144, oripos=5249475..5250287 strand=1 allelepos=201..1013
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 71 20 54.18 50.00 4.00 2.00 ctaacaagtcagtggtgtgc
RIGHT PRIMER 1185 20 54.90 45.00 2.00 0.00 aaatgagtatggtgtggagg
SEQUENCE SIZE: 1213
INCLUDED REGION SIZE: 1213
PRODUCT SIZE: 1115, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,832
0 ttaactttacaatcatcctattaccgactaaacaattttgaatagatataattgcatcat
60 tttttgttcatctaacaagtcagtggtgtgcactctctcaaagagagtgaacaccctaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ataactactataattttatttttataagtattttgttataaaatatattttcttattttt
180 ctaactttttttcctttttaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAcaaaata
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1020 gaaagcaatatgcattgagtaataataaaaaatcaactacagcacttaacacgtgataag
**
1080 caacaaacaacatgaacaagtgtcaataacaataaagtaagcacgtattaagtcaacggt
1140 gtcaagatcacgcctgaggactcaagcctccacaccatactcatttgggaaaaaggttct
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 ttaagtttgagta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 798 0 0 0 343 0 354 54 3 13 16 0 15
Right 839 0 0 0 65 0 447 234 6 15 6 0 66
Pair Stats:
considered 3, high any compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000145, oripos=5256820..5258129 strand=1 allelepos=201..1510
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 51 20 54.98 35.00 2.00 0.00 gcacgaaagaaagaaagaaa
RIGHT PRIMER 1547 20 54.97 45.00 2.00 0.00 ccgacacaagaggaataaag
SEQUENCE SIZE: 1710
INCLUDED REGION SIZE: 1710
PRODUCT SIZE: 1497, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1329
0 taccaatttgtatcacccagataccaatttgtatcacccatccaagtaatagcacgaaag
>>>>>>>>>
60 aaagaaagaaagaatgggattttcctaaagtcctatagcctctcaaagaaaagtaagagc
>>>>>>>>>>>
120 gtccccctaccgtttctcaagactctactagactcgttcttgtgtgatgagaccaacgaa
180 cctaatgctctgataccaagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNAtaattcaagattcattctctttattcctcttgtgtcggaacgtgacactc
******************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1560 cgatcccctaatactacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaatactacgtgtcggt
1620 tcgtgacacccgatcccctaatactacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaatact
1680 acgtgtcagttcgtgacacccgatccccta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 852 0 0 0 0 0 522 208 5 23 0 0 94
Right 860 0 0 0 0 0 216 557 0 14 0 0 73
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000146, oripos=5307292..5307312 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 99 22 54.98 31.82 4.00 3.00 ttgagtccactgattttcaata
RIGHT PRIMER 291 20 54.38 45.00 4.00 3.00 cacacaccataggagttgaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 193, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 attaactagctaacaaatacacatttacttcaagtaaaatttcttcttttttttttcatt
60 attatggattaattaattatttatcagatacttttgatattgagtccactgattttcaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atttcagacaatttgtcttacattcttcttattaccatttctttttttttcttcatattt
>
180 ttacctatattttcttctatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatata
****************************************
240 tatatatatataggaaacaaataagagaaattttcaactcctatggtgtgtgtatatata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 tttggtttttcttaatagtactaaagaacttaatttttttaacgatcattttataacttt
360 taatatttaaaatttattaattcaactaatttaaattcattaaatatatttactaaaaat
420 g
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 837 0 0 0 344 0 477 0 0 2 7 0 7
Right 850 0 0 0 560 0 272 3 0 5 4 0 6
Pair Stats:
considered 10, high end compl 9, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000147, oripos=5308400..5308420 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 126 20 54.75 40.00 5.00 3.00 catcatccattaggattggt
RIGHT PRIMER 419 20 55.05 35.00 7.00 2.00 ggtaaaatttattcgcatcg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 294, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctttttttttaaaacaataataactttatatatatatacatatatgttaggttattagca
60 ttttaatattaatatttaatatattaaattgctttattttggagttataagaatggatga
120 cttctacatcatccattaggattggttatccatcaatgtatttcattcttaattcctcca
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 ttactccctttgtaagaggaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcaggatatacaaaaaaaaa
****************************************
240 taacacttattggaaaaaatatattcgcatcggtatttacacgaaaatctattattacgt
300 aatttaataaagtaaagtacatattaattaattaatactgagtaaaataaactgtaaatt
360 taaatatgtgacgtgcatgtactgaattgatgtaaatattcgatgcgaataaattttacc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 358 0 449 18 0 10 0 0 20
Right 812 0 0 0 363 0 334 46 7 36 16 0 10
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000148, oripos=5320870..5321728 strand=1 allelepos=201..1059
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 123 20 54.88 40.00 7.00 2.00 ttagggataatgcccaagta
RIGHT PRIMER 1105 20 54.97 40.00 4.00 0.00 gaaaatacccaaatatcccc
SEQUENCE SIZE: 1259
INCLUDED REGION SIZE: 1259
PRODUCT SIZE: 983, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,878
0 tcacgctaataaaaatctgccaagaatgataacaaaaaaatttaaatagttctagaaaca
60 tcttaagttattgttattactattaacttattttgttattagttcatttcctttttattt
120 cttttagggataatgcccaagtaccccctcaacctatgcccgaaatctcagagacacact
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 tatactatactaaggtccttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTgtctctgggatttcgggcata
************************************************
1080 gattgaggggatatttgggtattttccctttcttttatgagttattgtgacatctatttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 attattactctattttactattactttaatttaattcttaatattttttctattcattat
1200 tcttataaaaagtctactttttctataaaaatatcatgaattaattattttatttttat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 850 0 0 0 289 0 321 182 0 17 3 0 38
Right 860 0 0 0 527 0 232 65 0 4 0 0 32
Pair Stats:
considered 3, ok 3
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000149, oripos=5417426..5418768 strand=1 allelepos=201..1543
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 64 20 54.96 45.00 4.00 2.00 ccaaacatcttcctaagtgc
RIGHT PRIMER 1584 20 54.99 40.00 4.00 2.00 gtagggattgcatcacattt
SEQUENCE SIZE: 1743
INCLUDED REGION SIZE: 1743
PRODUCT SIZE: 1521, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1362
0 atactcattaaacaaagattccatgtatgttagcacaccgatttctaaagcagccccttt
60 ttctccaaacatcttcctaagtgcaaagccaagagtgataaatttgtgacgaggatccaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aacacatggtataaaaactattttattcattttttcagtatcaccccaatatttatcaaa
180 tttctccttcatatttttcgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacattatcaactgtaac
****************************************************
1560 agtgaaaatgtgatgcaatccctactcatgtaagcacttactaatagactttacaagatc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 ttcacctctatgactagtgattggacaaaaattgataattctttttatgcaaagtccaat
1680 ttttatcaatccaatgagcagtaatgaccacataattaattctttggatggaagtccaag
1740 tat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 825 0 0 0 98 0 384 233 0 37 10 0 63
Right 860 0 0 0 47 0 648 83 0 25 0 0 57
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000150, oripos=5448966..5450343 strand=1 allelepos=201..1578
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 158 20 55.02 45.00 2.00 0.00 ggaggtaggttatggctttt
RIGHT PRIMER 1685 20 55.05 35.00 5.00 2.00 catgaaaccttcaaattggt
SEQUENCE SIZE: 1778
INCLUDED REGION SIZE: 1778
PRODUCT SIZE: 1528, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1397
0 ttgtcatcttttattcttaattatatgctaattagggtaaaagaaagagggtttgaataa
60 gaaaatttgaaagcacaagagagggagaaaacgaacgaacagggagagaagaagaacaaa
120 gctttgggaatttgcttgcttgatcactagtctttggtggaggtaggttatggcttttat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 actattcgtagttaactcttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNCgatttgagtcgtgacacttagtcgcaagcaaacaaatggttg
***************************
1620 gattatttttgttatatggactcgtaaagacttgtatcaagacattaccaatttgaaggt
<<<<<<<<<<<<<<
1680 ttcatgtgttggaacaggcatcattggctattttgaaaataaggtacaaattaaattaac
<<<<<<
1740 ttgtaagacattgaatttttatttatatatagtaatat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 832 0 0 0 86 0 409 229 9 13 0 0 86
Right 859 0 0 0 182 0 440 178 4 20 0 0 35
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000151, oripos=5458359..5458938 strand=1 allelepos=201..780
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 16 20 55.07 35.00 7.00 2.00 gcaatttaagaaattccacg
RIGHT PRIMER 955 20 55.46 40.00 6.00 2.00 ttgtattcaagattcgcctc
SEQUENCE SIZE: 980
INCLUDED REGION SIZE: 980
PRODUCT SIZE: 940, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,599
0 acggagaaagtaacatgcaatttaagaaattccacgtcagattttgttgctgtctgctgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttatctccacctctcaacttaaatattttttctccaatacaattacaaagacagactcat
120 caaatactataattttgaagttacaaaaagagtttgaaaaacattgcatttgaaaaatca
180 acattgtataaagatgggggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
************************************************************
780 ttatatttttgagtcgaaagtctactgaaaataacatctctactgttacatggtcgtaat
*********
840 ggtagaaacatacgtactctttaccctctttaaatatcatcttgtgaattatactgatta
900 tatattattattattgtatatttcaatgtataggccgaggcgaatcttgaatacaacata
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 tgattactttaccagaatac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 819 0 0 0 111 0 493 131 1 23 14 0 46
Right 860 0 0 0 165 0 578 86 0 8 0 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000152, oripos=5715654..5721885 strand=1 allelepos=201..6432
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 111 20 55.19 40.00 7.00 3.00 acagtttcattgaaggcatc
RIGHT PRIMER 6493 20 54.89 50.00 2.00 2.00 ttcacctctctcccactcta
SEQUENCE SIZE: 6632
INCLUDED REGION SIZE: 6632
PRODUCT SIZE: 6383, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6251
0 aatatttaatgattaggcatcgaaaatttgagatttcgtgttaaaagctagtcaatattc
60 actgaatatattacaaccaatttagatgttttaaatgaccttttgatttttacagtttca
>>>>>>>>>
120 ttgaaggcatcaagaagatgcagtagatacaaacaagaacgttagttccattacaaaatt
>>>>>>>>>>>
180 taaaggactcttaacttaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNGcgagatttggagagagaggagagaggcgagcgagagagggcatagagt
********************* <<<<<<
6480 gggagagaggtgaattgtatatgtatatttattagataactgtatattatacatatgtat
<<<<<<<<<<<<<<
6540 ttgtatattctggtgaattatacatatgcaaatgtggtttattatacaaacacgaaatca
6600 gcccacatgattaatgtataatgttagtcgtg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 61 0 659 84 0 30 0 0 21
Right 860 0 0 0 215 0 395 210 0 2 0 0 38
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000153, oripos=5724455..5726109 strand=1 allelepos=201..1855
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 20 20 54.88 40.00 6.00 3.00 ggtttcgtgaaaatatcagc
RIGHT PRIMER 1958 20 54.75 40.00 3.00 0.00 atttggtaagcctccttctt
SEQUENCE SIZE: 2055
INCLUDED REGION SIZE: 2055
PRODUCT SIZE: 1939, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1674
0 gatgagcaggaccagacaaaggtttcgtgaaaatatcagcgacttgagatctggagggga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tataggagagggatatgattccagccaaaaattgttggcgaatgaagtgacaatctaact
120 ccacatgctttgtgcgttcatggaaaactggattacgagctatgtggatagccgcttggc
180 tatcaaagtgaagggccacaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 gacctaggatcaaacttgtctctcaattgagagatagtacaagcataggttaaacaacca
****
1920 aatgtcctaagagaatgataagaaggaggcttaccaaataagatttcataaggagttttg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1980 aattgaagaatgcgagatgggaatctgttgattaaaaaagtagcagtgaggatacaatca
2040 ccccaaaaattaatg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 256 483 0 36 0 0 80
Right 803 0 0 0 2 0 571 116 2 18 17 0 77
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000154, oripos=5727748..5728420 strand=1 allelepos=201..873
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 51 20 54.91 45.00 6.00 1.00 tccgatcaacctatagcagt
RIGHT PRIMER 930 20 54.99 45.00 5.00 3.00 tagctctttctgccaagaac
SEQUENCE SIZE: 1073
INCLUDED REGION SIZE: 1073
PRODUCT SIZE: 880, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,692
0 actctgtgtttgagatttctttcctttggtaaatttgaaatctgctgggaatccgatcaa
>>>>>>>>>
60 cctatagcagttctgtgccgtgtgccttgtctttttacaataagtgcagaataagttgtt
>>>>>>>>>>>
120 ctttgattcttcaaaatttcctttcttctctaatatgttgaatttttgaaccccatattg
180 ttgtcttgcagccatgaaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAacagattcactaagacttccatcaatg
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900 aagctgagtttgttcttggcagaaagagctatgaagactgctctgcgccagccaccgtag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 ctcttcccatcgaagattgagttgacaagcaccattccaggtgaatcggatgggtgaaga
1020 taaaaaggattagagacatcatttccttggttgatctgaatagttgaacttac
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 18 0 525 227 2 21 0 0 62
Right 860 0 0 0 0 0 318 433 0 28 0 0 81
Pair Stats:
considered 2, high end compl 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000155, oripos=5730447..5742646 strand=1 allelepos=201..12400
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 12600
INCLUDED REGION SIZE: 12600
TARGETS (start, len)*: 190,12219
0 ataacacaactatttaaaaataatattaataaaatatcatgaaataatagacatataaat
60 tatttttttctcaatttataaattaactaaatagaggtgtatactttgtttctagttgtt
120 tttctatttgtgcagaaaagcaattgtggtaggaaaatattgcaaaaagaaaaagaaaat
180 tttataccaatcccgtagtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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8880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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9960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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10980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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11940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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12360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtaacccttaaattttttcca
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12420 aaattaaaatattagtgtattcgattgtattttatttttgttgattaaattttcaatctt
12480 ttttcttttatataaaaaaaactttgatggtaatgatagatttttctatttgtaaaagaa
12540 atatgaattttgattaaaaaaaatcatgtttaataagaggattacatcaaaactttaatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 448 0 322 45 0 25 0 0 15
Right 839 0 0 0 590 0 243 0 0 0 6 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000156, oripos=5743817..5745300 strand=1 allelepos=201..1684
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1884
INCLUDED REGION SIZE: 1884
TARGETS (start, len)*: 190,1503
0 attgagttatggtgttccaagtcaccttttttgtttaatccccaatcaaaaggaaatgac
60 tctttgtttggtctgcgaacgagtttgggtaaggaattctgttgaccgaggggaaggtat
120 taggcatccctcgtgtcccatggttctagcacggtcgctttatggacatttatgacttaa
180 actaatttatgaatattgaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNCaaaaatataattaagaaatattagtttatttaaataatatatgttatttatatata
*************
1740 tatatatatatatatatatatatatatatatcttctttttttttttacaatcaaaaacaa
1800 acttttctaaataaaaattatatttatgttgtttatttttatatcttttaaataaaatta
1860 atgaaaataataaaaggtcaaaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 797 0 0 0 24 0 212 463 0 15 17 0 66
Right 860 0 0 0 820 0 40 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000157, oripos=5753582..5754256 strand=1 allelepos=201..875
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 56 20 55.10 40.00 6.00 0.00 tcttgccccatatatttcac
RIGHT PRIMER 961 20 55.26 40.00 7.00 1.00 acaacttgagcagtgctttt
SEQUENCE SIZE: 1075
INCLUDED REGION SIZE: 1075
PRODUCT SIZE: 906, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,694
0 aattatcctaacaaggcaacaattaatatatatttgatttaatttgtttatcaaagtctt
>>>>
60 gccccatatatttcacagtaattaagatcttcgctctactatattaaattgttgttaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attttcatttaatatattatagttgatggtgatagatattattgctatatatatatatat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatatatatata
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900 tattaatatgttatgttgcgcattaattatttctttatattaaaaagcactgctcaagtt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
960 gttgataatcgaaatcgatagattaggtcaggtttcacctaatagagtcatccactaata
<<
1020 aatatccagaaaatatttaaaagttaaaacgaaggaggtgtttggtaggaagaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 418 0 360 38 0 11 0 0 28
Right 860 0 0 0 234 0 485 65 0 28 0 0 48
Pair Stats:
considered 4, ok 4
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000158, oripos=5767297..5768035 strand=1 allelepos=201..939
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 67 20 54.97 45.00 2.00 1.00 ctttattcctcttgtgtcgg
RIGHT PRIMER 1134 20 55.59 35.00 4.00 2.00 tgttaattgttttaagggcg
SEQUENCE SIZE: 1139
INCLUDED REGION SIZE: 1139
PRODUCT SIZE: 1068, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,758
0 ataccatactcatttgggaaataggttctttaaattgagtacattaacataattcaaggt
60 tcattctctttattcctcttgtgtcggaacgtgacactccgatcccctaatactacgtgt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cggtttgtgacacccgatcccctatactatgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaat
180 actacgtgtctattcgtgacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtctattttcttattcaaaacc
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960 ctttttctattaccctaattagtatataattaagtataaaagatgataaaaataacccac
1020 taattattacaaggttatctcctttaaccccccaaaaattaaattattaacattaaacca
1080 ctaactttataattataagcaggaatagtccaaaacgcccttaaaacaattaacagaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 19 0 408 345 0 21 0 0 62
Right 802 0 0 0 243 0 445 68 1 6 17 0 22
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000159, oripos=5769230..5770031 strand=1 allelepos=201..1002
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1202
INCLUDED REGION SIZE: 1202
TARGETS (start, len)*: 190,821
0 ctttttaaagatatcttccgcccgtcccgctatactgtaataatatttcaatgcgcttat
60 tatatagtcgctctccctctcgtaacggcctcgtacagggaaacctcttttgacagtctc
120 gataacaataggctctcctaatttctcctctatcttctcgataactaggcgaggttttat
180 atatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatatatatatatatatat
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1020 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaggta
1080 acaaaacataactattttggtcaagtaatctttatgtaaaaaatgatgtcactacaattt
1140 ttgttatttttataaacttaaaagaggaatagagaatattcaatttggtatgaaaaagta
1200 ac
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 29 0 479 272 4 15 0 0 52
Right 826 0 0 0 445 0 371 0 0 0 10 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000160, oripos=5781423..5786575 strand=1 allelepos=201..5353
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 49 20 55.05 35.00 6.00 2.00 ccaaaatgttgaccttgaat
RIGHT PRIMER 5526 20 55.58 40.00 5.00 1.00 gcttgtgtttgaaaaggaga
SEQUENCE SIZE: 5553
INCLUDED REGION SIZE: 5553
PRODUCT SIZE: 5478, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,5172
0 ctcttccaacctagtggaatcatcaagactcaaatccaacttcgttaaaccaaaatgttg
>>>>>>>>>>>
60 accttgaataaactttcaaactaaatatttttctaaaacatatataatcacctcggagat
>>>>>>>>>
120 tgtgtcactcatctctgtaagtcatcgataaataaagaaaggtataatgagggtttaaac
180 gtgaaaaaagatatagaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
5340 NNNNNNNNNNNNTcacaaaatgatcataaggatcagtaatcacaaaaagatataaaagtt
**********************
5400 atgacaataattcaaactaaatatcttttctaaaataatatatgaccaacaacctagatc
5460 atgtcacttttaaaatctaagttctgaacactttttttgtttttttttctccttttcaaa
<<<<<<<<<<<<<
5520 cacaagcccgatgaattcataagccaaattagt
<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 846 0 0 0 150 0 515 91 3 32 2 0 53
Right 776 0 0 0 254 0 391 96 3 0 23 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000161, oripos=5795124..5795866 strand=1 allelepos=201..943
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1143
INCLUDED REGION SIZE: 1143
TARGETS (start, len)*: 190,762
0 aagataatacaaagtatccctcacaccaagaatatttttataactttttaaaacaaaatc
60 actcccgaaggagcgattttcaaaatatatatatttttgttatgtcgctgttgaggcagt
120 gacttgagttcaattttttttaattattttttgcttttttttaaaagtttaaataatttt
180 ttttttaaaaaaaaatcaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttaaataaaaattattt
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960 atactttttttttaaaaaaaagcaaaaaaaaaattcaaaaaaatttaacttaagtcttaa
1020 aaaaagaaaattttaatttgatatgtatttacaattaattactagctcctaaaatattat
1080 acgtagacttttaccaaaaaagaaaagagaatattatttttaatatagcttacaatacat
1140 aaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 414 0 197 172 5 16 4 0 28
Right 798 0 0 0 597 0 182 0 0 0 19 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000162, oripos=5866423..5867119 strand=1 allelepos=201..897
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 27 20 54.97 50.00 4.00 3.00 actccgctcctcatgtacta
RIGHT PRIMER 1076 20 55.02 50.00 4.00 2.00 cttcggaggaggtaggttat
SEQUENCE SIZE: 1097
INCLUDED REGION SIZE: 1097
PRODUCT SIZE: 1050, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,716
0 tttattcctctcgtgtcggtacgtgacactccgctcctcatgtactatcctggtgtcgga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acgtgatactccgatcctcattctatcctggtaccggaacgtggttaccgatccatatac
120 tatcctggtgtcggaacgtgacactccgatcctcatatactatcctggtaccggaacgtg
180 gcacccgatccatatactatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTttt
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900 tcaagattcaggattcaatagcttcatcatgcttattttatcacaattatataatcacat
******
960 tcatgcaagcatacaattaagcatatagaagggtttacaacactacccaatacatatcat
1020 tcgctattaagagtttactacgagtagcataaaaaccataacctacctcctccgaagatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1080 agtgatcaagcaagcaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 263 517 0 26 0 0 49
Right 860 0 0 0 62 0 639 91 0 21 0 0 47
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000163, oripos=5902714..5904166 strand=1 allelepos=201..1653
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 70 20 55.03 45.00 5.00 0.00 gtgacacttgatcccctaaa
RIGHT PRIMER 1800 20 54.89 35.00 6.00 1.00 tgaccaatttgtgagaatga
SEQUENCE SIZE: 1853
INCLUDED REGION SIZE: 1853
PRODUCT SIZE: 1731, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1472
0 gtgacacccgatcccctaattctacgtgtcggttcgtgacacccgatcccctaattctac
60 gtgtcggttcgtgacacttgatcccctaaatgtgtcggcacgtgacactccgatccacta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atatcattctgtaaatcatcaagccttctccataccaaggcatcatcaatcccataactt
180 taattcatcaagccttcttcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCcagaattgaagtctgttgctcaaaacg
******************************************
1680 actaaacgggtcgttacataactgataaaatgagaggattatctagaaatgttgttagcg
1740 agcatttcacaatagagaattatgttgcaacatattttgggtcattctcacaaattggtc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1800 ataaggcatattggacatctccaaattttacaatgagaagtaatgaattctat
<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 2 0 251 518 0 10 0 0 74
Right 850 0 0 0 5 0 574 169 9 33 0 0 60
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000164, oripos=5936265..5936903 strand=1 allelepos=201..839
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 22 20 55.30 40.00 6.00 2.00 ttttccttcgtaccaaacac
RIGHT PRIMER 906 20 55.08 40.00 5.00 1.00 tttttcatctgatccctgac
SEQUENCE SIZE: 1039
INCLUDED REGION SIZE: 1039
PRODUCT SIZE: 885, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,658
0 gaaaagcattttccagaaaatgttttccttcgtaccaaacacactcttagtgtagttaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aattacttcctttgttcacaatttgaagatagtatttttaaaaaacaaaattaatttttt
120 tgggggttgggggtgggtgggggctggtagagggggctggccggggagagtttaaaaata
180 aaaatttgaagttgaaaataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTg
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840 gggagggggtggagttgggggagggggggctggccggtggggggagggtcagggatcaga
******** <<<<<<<<<<<<<
900 tgaaaaaagaaaattttgaaattgaaaatatttttttttaaattgatgttttttccaaaa
<<<<<<<
960 aaaatgtaatttgaaattggaggagagttatggaaaatgttttccttaatttttgaaggg
1020 aaatcattgttctttattt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 799 0 0 0 190 0 300 244 8 26 14 0 17
Right 720 0 0 0 358 0 203 66 10 12 42 0 29
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000165, oripos=5964502..5965030 strand=1 allelepos=201..729
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 83 20 55.10 35.00 4.00 3.00 ttcaacttttcatgggaatc
RIGHT PRIMER 814 20 54.96 40.00 4.00 2.00 ttttatgtgagtgcctcctt
SEQUENCE SIZE: 929
INCLUDED REGION SIZE: 929
PRODUCT SIZE: 732, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,548
0 atcattttggatgcattgaacttacttaggtttcccataccccaaactaaattggaccat
60 cacccaggatttatatagtcgacttcaacttttcatgggaatcaactcatagtaggattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgatagtaaaatttagtgagaactctgtttttttttatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNTatatatatacatatacatactttgctagtatcaagaatgtagaagtagtgg
******************
780 tttagtgaattgaataaggaggcactcacataaaatatttgaatctttggttcaataagg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
840 gtaaatatatattggatatggttcgatttgggaaattatacctagttagtccaatttgtg
900 tatttttcactaaaattgatataccctag
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 830 0 0 0 164 0 436 151 0 22 7 0 50
Right 860 0 0 0 86 0 667 57 0 13 0 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000166, oripos=5971922..5972884 strand=1 allelepos=201..1163
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 89 20 55.17 40.00 5.00 3.00 gggaacaattctcacagaaa
RIGHT PRIMER 1302 20 54.99 40.00 3.00 2.00 ggatgtttactgccattgat
SEQUENCE SIZE: 1363
INCLUDED REGION SIZE: 1363
PRODUCT SIZE: 1214, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,982
0 tgctttaccacccacatctgaaccaggttcataaactccaaaattgatatttcatccatt
60 ccaagtgtataacttgtctatctctcagggggaacaattctcacagaaataaattgttgc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ttgctatcattattgataaacacatctctttgtgcacaaaaatgtgatgaatctcttact
180 ggtagttggtactccttcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAtggagtagagttaaaaaaaatgtgatgatgtatctca
********************************
1200 tgcttctcttgatgaaatttcacattctaagaaaactgatcagaataaagaagctggtgc
1260 acaatgggcatactgaaaaaattatcaatggcagtaaacatccctttcttcctcacttta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 gtaatctttgtctcaatctttatcctcaaattttatactcttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 829 0 0 0 6 0 590 142 17 23 0 0 51
Right 787 0 0 0 21 0 548 124 6 14 23 0 51
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000167, oripos=5982443..5982463 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ctaaagattctttatagtctttaatctaaatatatcaaattttaagtcttaattaagttt
60 attattagtgcttaaattttatatcttttgtaatttgaaattgcttaaaaatttttgaaa
120 ttataaaaaaaaatcctaaatttatcctctttattttaataagaaaagtaaatttaatgt
180 aataagttgaactctttatgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtattttttttttctatctt
****************************************
240 tcactaaatcttagattatgaaatgtttgtaaatcattttctatcttgactaattttact
300 acgattataatatactgcctattatttatataaaaatgaatagattgaaagataaatagt
360 ctcaattacgtaaataatataaagtattcaaataaattaaacccaaattatatatatgta
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 732 0 119 0 0 0 2 0 0
Right 860 0 0 0 414 0 446 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000168, oripos=5986848..5986977 strand=1 allelepos=201..330
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 37 21 55.37 33.33 4.00 1.00 catcaaaccaaaatcttctca
RIGHT PRIMER 429 20 54.91 45.00 4.00 2.00 gtatcagcaagcacacttga
SEQUENCE SIZE: 530
INCLUDED REGION SIZE: 530
PRODUCT SIZE: 393, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,149
0 ttagatatcaatctccataccatatcgataattctctcatcaaaccaaaatcttctcata
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acttgaataaaaaataggaaaaataacttaaatacacaactataagtttagtattctcta
120 atttttccttctttttttaaatattacataattcttttttttttaaattttagtagaagt
180 ttagagatacatagtcttctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTactactcaatcttaaattattcccaatttt
***************************************
360 taccataaatttttatcatgtattagtgattaatttcaataactgcgccatcaagtgtgc
<<<<<<<<<<
420 ttgctgatacattttgaatcagtgtgtatagtgttttagacgatgtattgatacataaag
<<<<<<<<<<
480 tgtttgctgatacattttgaatcagtgtgcttgctgatacatcttgaatc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 379 0 428 4 0 6 6 0 15
Right 860 0 0 0 134 0 519 142 6 17 0 0 42
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000169, oripos=6026657..6031317 strand=1 allelepos=201..4861
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 102 20 54.79 35.00 4.00 3.00 gacaaaatgaaatgggtcat
RIGHT PRIMER 4961 20 54.80 45.00 3.00 2.00 gtgttgtgaccaagggttat
SEQUENCE SIZE: 5061
INCLUDED REGION SIZE: 5061
PRODUCT SIZE: 4860, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,4680
0 tccacccacctaacccaacccattaaaaaatatgatatgacccattttattttgtcttta
60 atcctaattcaaggtttaaagagagattaatttaggattaaagacaaaatgaaatgggtc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 atatcattttttttaatgggtcgggtttggtggatggatcattaaatggtttaatttgtt
>>
180 tttaaaatttttggtttgttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 Attggccaactcaaaatagaaaacagtatatatcggataatatcataaaatcaactacaa
**********
4920 tactcaacatgcggcatctaccataacccttggtcacaacaccaagcacatcaatgagga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
4980 cgcaagcctccataccatactcatttgggaattaggttcattaagttgagtaattaacat
5040 atttcaagactcattctcttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 757 0 0 0 144 0 401 133 4 12 36 0 27
Right 860 0 0 0 75 0 433 298 0 2 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000170, oripos=6032872..6032892 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 0 20 55.21 45.00 2.00 0.00 gctcaaaacgactaaacagg
RIGHT PRIMER 403 20 55.10 35.00 2.00 0.00 ttgatttgttgtgtgtgctt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 404, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gctcaaaacgactaaacaggtcgttacattttaaagcttaaatatttttataaatttaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttaaatattttgatatttatgttattttatttatttaaaatatttaaaaacaatcaaaat
120 aaaatcactttttaagataagttttatttttaattgtttcaaaaacataaaaaaaattat
180 aaatatatatatatatatatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaaaaaaaataaaaaaatta
****************************************
240 ataaatatatatatatatatatatatatatatatatttcttttaatttaaatttaattaa
300 taaactaatgtcttggggaaaaaaagaaagaaagaaaaaatcagctacgaaataatatac
360 acattaaacaccctcatccttaccaagcacacacaacaaatcaaaagaaaatcagcaacc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 724 0 106 9 0 7 0 0 9
Right 757 0 0 0 373 0 226 82 0 2 29 0 45
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000171, oripos=6051756..6052693 strand=1 allelepos=201..1138
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 54.88 25.00 6.00 1.00 atccgaaatttttgttttca
RIGHT PRIMER 1244 22 54.83 36.36 3.00 0.00 acaatagacctttctttctcca
SEQUENCE SIZE: 1338
INCLUDED REGION SIZE: 1338
PRODUCT SIZE: 1232, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,957
0 gaaaagaaaccggatccgaaatttttgttttcaatacaattttcacttcaaaatatatga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttaagtggaatatatatatatatatatatcctaatactttagaggctttttctattattt
120 ctatttgatctaaaaattttactatattatctagatcctgttgattttttatttgtccta
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTat
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1140 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaagaaaagaaacg
*******
1200 tgttataatactattaactataatggagaaagaaaggtctattgtttaagttaaattagc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1260 aactctcttagtacttttctttttggtagcaattctactttgacttatctcttcttttat
1320 aatttccttaataaattg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 807 0 0 0 432 0 290 62 0 2 13 0 8
Right 860 0 0 0 292 0 560 0 0 1 0 0 7
Pair Stats:
considered 21, high end compl 19, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000172, oripos=6070335..6071061 strand=1 allelepos=201..927
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 11 20 54.95 40.00 2.00 2.00 ccacaatcacaatcacacat
RIGHT PRIMER 1118 20 54.61 35.00 3.00 2.00 acaccgaacaaaagatgatt
SEQUENCE SIZE: 1127
INCLUDED REGION SIZE: 1127
PRODUCT SIZE: 1108, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,746
0 cattcatacaaccacaatcacaatcacacatattctcaaaattatataatcaagtcacga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 ttcatggcctccatcattcatctctctcatttacaaatagtgtgatcaataatgcaaatt
120 cgcatagtattataatgaaacaagaacaaatatatatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTaatatatatatatatatatatatatatatatat
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960 atatatatatatatatcacacaatcatgaatgaaatcacaactatcacctatgtagtatt
1020 cgtcaacatatatcactaagacagtatctcgaccatacataaccctagttaatcatctaa
1080 ggattcttcatatgatttaaatcatcttttgttcggtgtgcaaatgt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 848 0 0 0 264 0 433 117 6 6 0 0 22
Right 860 0 0 0 191 0 599 41 0 12 0 0 17
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000173, oripos=6166819..6167619 strand=1 allelepos=201..1001
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1201
INCLUDED REGION SIZE: 1201
TARGETS (start, len)*: 190,820
0 gttggtttaaaattatattaataaattaaattataaccaatagttgaatgtcaagtattt
60 taaaaaatatttaaagagtttaattttaattttgaacctaaaggtggatgacaagggtat
120 tttggagccaataagagcctgtttggctcagcttaaaagctagtcaaattgacttaaaag
180 ctggtttttgacttatttagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaataatttgtgattataaa
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1020 gaaatatgtgaatgatagacaattattattacctatagatgaaactaaaataaaatctta
1080 aatcgttctttaatctattcaaattatatatctttaaaatctataataagtttatattcc
1140 tcttataaataatttgtaatgagaaagagatatatgaatgatagcaaaatgtaattattt
1200 a
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 331 0 294 169 1 27 0 0 33
Right 860 0 0 0 465 0 395 0 0 0 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000174, oripos=6189102..6189328 strand=1 allelepos=201..427
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 69 20 55.14 40.00 3.00 3.00 attgaaaaagcccctacttc
RIGHT PRIMER 626 20 55.15 40.00 4.00 0.00 tttcctccaggtatgatttg
SEQUENCE SIZE: 627
INCLUDED REGION SIZE: 627
PRODUCT SIZE: 558, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,246
0 aaaaaaagggaagaaaaactagaaactaatatgataattacataaacaatttaaaatttt
60 aacgaatttattgaaaaagcccctacttctcacttatctattgaaatataccctactttg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 aaatatcctatattttgaaatatctatcctatattttggtgtgtgtgtgtgtatatatat
180 atatatagagagagagagagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNAagagagagagagagagagcagtgtcacaacaaaaaaaataattgacactattt
****************
480 ctaataattttagttgaattaaatataaaccatcatgaagaggagaacatgcagtagagt
540 tttgattcttacagatgcagttctacatgttcaaaataattcaaaacattatttatttgg
600 ttatttgcaaatcatacctggaggaaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 851 0 0 0 339 0 441 25 0 1 6 0 39
Right 820 0 0 0 313 0 395 50 8 11 13 0 30
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000175, oripos=6192732..6192865 strand=1 allelepos=201..334
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 159 20 54.59 35.00 3.00 0.00 aataatcaatggtggttgct
RIGHT PRIMER 512 20 55.18 40.00 5.00 1.00 gccaataaggtatttggtga
SEQUENCE SIZE: 534
INCLUDED REGION SIZE: 534
PRODUCT SIZE: 354, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,153
0 cagttgtgtttttttggtgcaaggctgtaagcagtgcttagttgcttactgctttgtgta
60 atttactttttttaattataggcagttaattaaaaaaaaatctttccattttcctaatta
120 tttattccaatattcctaaacagcgaattaattgaatttaataatcaatggtggttgcta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gcaaaagagggacattggacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGcgcctcgccgctcgcctcgccgctcg
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360 cctcgccgcgtggcgaggcaggcccttgtcgccttttgtcgcctctcgccgtccacaaca
420 ctgcatcaaaggagatattcttaagagatgttctcacaaaacttgaaatcaagtgatcaa
480 cttgaggatattttcaccaaataccttattggcccctcaattagttgcattcat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 757 0 0 0 241 0 355 82 14 11 29 0 25
Right 856 0 0 0 102 0 359 338 12 8 0 0 37
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000176, oripos=6233082..6233843 strand=1 allelepos=201..962
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 47 20 54.89 35.00 4.00 1.00 ttctcatgtttgattggtga
RIGHT PRIMER 1127 20 54.11 40.00 8.00 0.00 attttaaaactcctccctcc
SEQUENCE SIZE: 1162
INCLUDED REGION SIZE: 1162
PRODUCT SIZE: 1081, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,781
0 ttcctagaaaatgttttcctcgataacaaaaagattttacacttattttctcatgtttga
>>>>>>>>>>>>>
60 ttggtgagtagaaatattttccagaaatgatttttaatatttgatttatgaatgaaaaat
>>>>>>>
120 attttttaaaaaacatcttttatttttactagagtataaaataatttatgaaactgattt
180 tttttttagaaacaacttttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NTaaaggctggtagggggggctggcgggggaggggtaggcaggtgttgggtgaaaaaata
***********
1020 aatttttgtagttaaaaaatatttttttaaaaaataaaattaatattttttagaggggct
1080 ggcagggggcgggggaggggggagggagggagggaggagttttaaaataaaaatattttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1140 aaaacaaattcaaatttttttg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 853 0 0 0 490 0 319 14 0 14 1 0 15
Right 765 0 0 0 529 0 26 171 0 0 30 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000177, oripos=6240768..6248262 strand=1 allelepos=201..7695
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 48 20 54.66 45.00 4.00 3.00 tgccttggtataagagaagg
RIGHT PRIMER 7770 20 54.87 30.00 4.00 1.00 tttatattcggggttgaaaa
SEQUENCE SIZE: 7895
INCLUDED REGION SIZE: 7895
PRODUCT SIZE: 7723, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,7514
0 ccttggtataaaagaaggcttgatgaactaaagtaatgagattgatgatgccttggtata
>>>>>>>>>>>>
60 agagaaggcttgatgaattaatagaatgagattaatggagcgggtgtcacgaaccgacac
>>>>>>>>
120 gtagaattaggggatcgggtgtcacaaaccgacacgtagaattaggggatcgggtgtcac
180 gaaccgacacgtagaattaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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6960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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7680 NNNNNNNNNNNNNNAttataaaatttaaaaaatattttttcctattcctgaaatttattt
************************
7740 aactgcacttcttttcaaccccgaatataaagaatatggtgcaaaagttttagttgaatg
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
7800 catttatcagaatttagatattcaacctgaagaagaacctgaattggtaacatgtcaaaa
7860 tagtataaaatactttgcaaaagaaatgtatgata
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 19 0 367 393 0 14 0 0 62
Right 835 0 0 0 113 0 580 70 0 12 7 0 53
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000178, oripos=6260633..6261290 strand=1 allelepos=201..858
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 159 20 55.02 45.00 2.00 2.00 cacccacatttatcctccta
RIGHT PRIMER 1002 20 54.99 40.00 4.00 0.00 gttaatgatgatgccttggt
SEQUENCE SIZE: 1058
INCLUDED REGION SIZE: 1058
PRODUCT SIZE: 844, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,677
0 aaaatgagatgtgtaaataaagcaaatacgataaaattatcgatacataatgtccatttc
60 tagaatttttaaaacttttttaaccaattaaatatgaaaaaaattattaatattttcctc
120 tataccaaattgtcacgacccaaatcgagccgcgactggcacccacatttatcctcctat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 gtgagcgaaccaaccaatctNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNCccctaattctacgtgtcggttcgtgacacccgctccactaat
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900 ctcattctattaattcatcaagccttcttttataccaaggcatcatcaatctcattactt
960 tagttcatcaaaccttcttttataccaaggcatcatcattaacaaggggttttcaagatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1020 cgggattcaatagcttcattatgcttatttcatcacaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 295 0 336 195 1 3 0 0 25
Right 860 0 0 0 8 0 518 232 0 26 0 0 76
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000179, oripos=6286988..6287667 strand=1 allelepos=201..880
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
NO PRIMERS FOUND
SEQUENCE SIZE: 1080
INCLUDED REGION SIZE: 1080
TARGETS (start, len)*: 190,699
0 gtgagcgagctagattcaccatggaaagagcaaaatagcaacaatttcttacagggtaca
60 attaaatcaaactgtaattatgacattttatttgaattaatagtttgcaattatatacat
120 ttttcccgtctatatattgcatgtatattgtgtatatgtttatacactatatatatatat
180 atatatatatatatatataaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTactactatatatatatatat
*************************************************
900 atatatatatatatcaaattgataaatgataataccactacaaatctttacatattttaa
960 ttcactttattctatgaaaattgaaaattgaaacttcaaagttggaatagaataatagac
1020 aagaactaagcagaaaagatagattagattaaaagaaatgaaatttaattttttgaactt
KEYS (in order of precedence):
****** target
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 299 0 441 71 0 10 0 0 34
Right 860 0 0 0 448 0 404 0 1 7 0 0 0
Pair Stats:
considered 0, ok 0
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000180, oripos=6304926..6305344 strand=1 allelepos=201..619
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 5 20 54.99 35.00 4.00 2.00 ttgaaatgtgagtggtcaaa
RIGHT PRIMER 738 20 55.16 45.00 4.00 1.00 atcataatcggagggagagt
SEQUENCE SIZE: 819
INCLUDED REGION SIZE: 819
PRODUCT SIZE: 734, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,438
0 tgaagttgaaatgtgagtggtcaaactttattctaataataattgcgcctcctcccatcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 catttttttataaaaaatatatatggagttatgattcatgtattgagacaaatttattat
120 tttttaaaaatcatctattcctattagaaaagcaaatatatatatatatatatatatata
180 tatatatatatatatatataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNAataatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
****************************
660 attaacatgtgaatttttttaacaaaaattaatttagaactttcaaatatctaactttca
<
720 ctctccctccgattatgatacctaaaaaaaataaatatgaaaaatatgtaattacaatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
780 agtatgaccctttaaattattaccccttcacaatatttt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 826 0 0 0 408 0 309 80 0 2 9 0 18
Right 845 0 0 0 495 0 276 44 0 0 7 0 23
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000181, oripos=6313876..6313896 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 170 20 55.93 50.00 2.00 1.00 taggtaaggtaagggaacgg
RIGHT PRIMER 328 20 54.83 45.00 7.00 1.00 gacgctgaagactttaggaa
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 159, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 ttgagatctaaattttgtaatcaatatatagactatcttatctaaggtcaattatggaag
60 gtaatgatagagatttagacacttaaattattgtgacttcctaagtttgagggcccttat
120 ttgggcagcactatatatatatatatatatatatatatatatatataagttaggtaaggt
>>>>>>>>>>
180 aagggaacggaagggtaaggNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattattattatttatata
>>>>>>>>>>****************************************
240 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttaacgacatttgtcactt
300 ttgtatatgttcctaaagtcttcagcgtcattggttctaatgacacttaacaaatgctga
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
360 taaagacttcatcactctttattaatgtcaatatttaatgtcactaaaagttatttttgc
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 248 0 490 94 0 9 0 0 14
Right 856 0 0 0 294 0 484 48 4 7 0 0 19
Pair Stats:
considered 3, high end compl 2, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000182, oripos=6315464..6315484 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 12 20 55.44 40.00 4.00 0.00 agcgaaaaagatcacacaac
RIGHT PRIMER 286 20 54.13 40.00 3.00 1.00 agcctaaaacgagaatgtgt
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 275, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 attgaagttaatagcgaaaaagatcacacaactataataattatagagaaaatttaatga
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 actttgttttgtatcaataaattaaaaaaaaactctttatcataaaataaaataaaaata
120 taaaataaatatagcaaaataagtgtgtgtgtgtgtctatatatatatatatatatacac
180 acacacacacacacactattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtgtgtgtgtcgtatatata
****************************************
240 tatatatatatacacacacacacacacacacattctcgttttaggctacttgtgtaatat
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
300 ttaatgatctttcattaagagacaatattttacttatgaattgttcttaaattcatacat
360 caacattagcatattagtcagattataatattttatattaataataaattgattaaataa
420 c
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 523 0 310 7 0 0 0 0 15
Right 860 0 0 0 346 0 457 28 0 1 0 0 28
Pair Stats:
considered 35, high end compl 33, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000183, oripos=6389054..6390005 strand=1 allelepos=201..1152
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 103 20 55.04 35.00 5.00 3.00 tcatggctgaaaatgtcata
RIGHT PRIMER 1201 20 55.08 40.00 3.00 0.00 attgccacactatttgaacc
SEQUENCE SIZE: 1352
INCLUDED REGION SIZE: 1352
PRODUCT SIZE: 1099, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,971
0 gtttcttttttcaagattaggacaagtggatgatggttcctccttgttgaacgttaataa
60 taaacgattatggcatatcttttcgcagtttttggtgaaagtatcatggctgaaaatgtc
>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 ataactgataaggttgttggtgaaagtggagcttctaattcaaatgcaatagatcaaagt
>>>
180 caaattgttgagtctcaattNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNTcacattttcaccgttacagttgataatgctggttcaaatagtgtggca
********************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<
1200 ataactgagttgtctaagcaattaactaaatgagggaccaacctaatgggtggtagtcac
<<
1260 cttcatataaggtgtatggctcatattgtaaatcttattgttcaagacggtacaaaagaa
1320 gcaaatttatctattgaacgagttaggcaagc
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 836 0 0 0 11 0 495 217 2 24 10 0 77
Right 860 0 0 0 20 0 620 119 1 18 0 0 82
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000184, oripos=6404440..6404911 strand=1 allelepos=201..672
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 100 20 55.19 50.00 6.00 3.00 tagcctacgtggcactatct
RIGHT PRIMER 710 20 54.92 30.00 4.00 0.00 aaataagggaaaatgcacaa
SEQUENCE SIZE: 872
INCLUDED REGION SIZE: 872
PRODUCT SIZE: 611, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,491
0 ccccctcaacctatgcccgaaatctcagagacacacttatactatactaaggtcatatta
60 cccccctgaacttattttattaataattttttaccccttttagcctacgtggcactatct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgtgggctcaacgatgattgacttttttttcaaactagtgccacgtaagctataaagggg
180 tagaaaattacttataaaatNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNGggcataggttgaggggtacttgtgcattttcccttatttttttaaaaa
********************* <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
720 aattgtttggcttccttctattaatgtgcatatatgtggagttttaaagatttgaacatt
780 ttaatatagaaatataatgattttaaaactttaattcttcgttttaatttctaatttgat
840 atatatttgaaaattacataaaaaaaaagaaa
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 694 0 0 0 63 0 287 239 0 20 48 0 37
Right 829 0 0 0 497 0 247 34 0 9 11 0 31
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000185, oripos=6463851..6463987 strand=1 allelepos=201..337
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 54 20 55.15 30.00 4.00 2.00 tgtgcaatggaattaacaaa
RIGHT PRIMER 393 20 55.15 40.00 6.00 2.00 tgtatcatccacatgattgc
SEQUENCE SIZE: 537
INCLUDED REGION SIZE: 537
PRODUCT SIZE: 340, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,156
0 agaagtacacaaatcaaggcttctattgtactccatggagttttaatcttgatgtgtgca
>>>>>>
60 atggaattaacaaagtaagaaaatgtaatgagtggagtgagtaattattaatgtgtgata
>>>>>>>>>>>>>>
120 aagttgatgaatttgaagaaattaataaaacaaaataaaattgaagttgtttccataaaa
180 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAaaaatttaaccatacaaattatg
**********************************************
360 aaagttaaaataatgcaatcatgtggatgatacatgagaattaatatttataaaatactt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 tatatattaagataataaaggaataatttgcaaaacaaatataccttaaatctaaaagaa
480 ttaaatataacatgtataaatcgtcgattaattttttttgtttggtcccctttcatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 841 0 0 0 205 0 555 40 2 8 4 0 27
Right 810 0 0 0 460 0 270 32 0 14 17 0 17
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000186, oripos=6467224..6467461 strand=1 allelepos=201..438
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 26 20 55.01 35.00 5.00 0.00 aacttgtcggaacaaagaaa
RIGHT PRIMER 579 20 55.09 45.00 4.00 0.00 accatcgtcttcaactcaac
SEQUENCE SIZE: 638
INCLUDED REGION SIZE: 638
PRODUCT SIZE: 554, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,257
0 aattacctactataacagataaagataacttgtcggaacaaagaaactagaacaaaaaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 acaaaaaacatgttgggacttagcacattgaaaaggatttacgtcttttatataaaaagg
120 attcataatttatttacatgagaaattaaagtctcaaggaggtatatcatagctagggaa
180 aatagaaatagagtaagtgtNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNAcataaaaagttagtccatgccggaacttcaaggcatcaaaac
***************************
480 atgaagaggaagatccagtccaagctagaagcattagctcaccctgaaatccggagtaat
540 gaagactggctagagttgcggttgagttgaagacgatggtatgtttgctgcactccacaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
600 ataatcaaaaagaaaacatacaagtaggggtcagtaca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 793 0 0 0 197 0 488 43 0 8 20 0 37
Right 860 0 0 0 31 0 311 407 0 22 0 0 89
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000187, oripos=6516678..6517416 strand=1 allelepos=201..939
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 13 20 55.09 35.00 3.00 0.00 tgcttattttactccccaaa
RIGHT PRIMER 968 20 55.09 45.00 3.00 0.00 accgtcatcttcaactcaac
SEQUENCE SIZE: 1139
INCLUDED REGION SIZE: 1139
PRODUCT SIZE: 956, PAIR ANY COMPL: 2.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,758
0 tctgagtaaccgttgcttattttactccccaaagaaactagtagagtatattagtaaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tgtcacgacccaaatcgagccgcgactggcacccacacttaccctactatgtgagcgaac
120 caaccattctgaaccccaacattttaaacataatgaacaaaatacaatgcggaagactta
180 aactcattaatgaaaatcaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtagagttgcggttgagttgaa
************************************************ <<<<<<<<<<<
960 gatgacggtacgtttgctgcactccacaatgaacaaaaagaaaacatacaagtaggggtc
<<<<<<<<<
1020 agtacaagacacgggtactgagtagatatcatcggtcaactcaaaatagaaaacagtata
1080 tatcagataatatcataaaatcaactacaatactcaacatgcggcatttacaattacca
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 71 0 362 328 0 21 0 0 73
Right 860 0 0 0 99 0 463 216 0 22 0 0 60
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000188, oripos=6528276..6528557 strand=1 allelepos=201..482
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 55.09 45.00 4.00 0.00 ggtaatagaacacccgtgaa
RIGHT PRIMER 677 20 55.74 45.00 7.00 2.00 cttggggaccaagttagatt
SEQUENCE SIZE: 682
INCLUDED REGION SIZE: 682
PRODUCT SIZE: 612, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,301
0 ttcttacctcctacgataggtcagcgtttaagcgtgtagaaaatagagacatatgaagtt
60 caggcgggtaatagaacacccgtgaagttggagtgtatagttgagatttcgagtatagat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgagagatttttagatcattttctctagaattttataaaatgtactttatgagaatcttt
180 ctcttttaataaccattctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NAtatatatacatacatacatatatatatatatatatgtatgtatatatgtatgtatgta
***********
540 tgtactgttataaaactatagaagaagaagaagaaactaaagagaaacgaagagaagact
600 tgttatttctcttgatgaatgaatttacaatgaagaagaacactctatttataggagaaa
<<
660 tctaacttggtccccaagtaag
<<<<<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 96 0 535 180 0 8 0 0 36
Right 854 0 0 0 151 0 673 15 5 1 0 0 9
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000189, oripos=6535439..6536457 strand=1 allelepos=201..1219
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 20 21 54.34 33.33 4.00 1.00 tttcgtaactcacaatcacaa
RIGHT PRIMER 1288 22 54.89 22.73 6.00 0.00 aaaacaaatttaaaaagggaca
SEQUENCE SIZE: 1419
INCLUDED REGION SIZE: 1419
PRODUCT SIZE: 1269, PAIR ANY COMPL: 3.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1038
0 taaatcgattcctcttataatttcgtaactcacaatcacaataacaataatatggtaaaa
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 tacataattttaacgttgcattatttattatataatttatatatagaaattctttatagg
120 tcaaatgtttcacaattttcagaatttaatcaacaaaaaattaaatattttttaatttta
180 tattaaaacatccgtgggcaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTataatttaaattttttttctattccttttgattaacttttt
****************************
1260 aattctatgtccctttttaaatttgtttttaattaatttttctcttcatagatatctctc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 ctataatataaaataagacaaaaagtatatattgttcaaaataatagtaattactaaaaa
1380 taatgtttattattagaaccatatttggagacttttaat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 449 0 390 1 0 8 0 0 7
Right 851 0 0 0 516 0 331 0 0 0 3 0 1
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000190, oripos=6564660..6565608 strand=1 allelepos=201..1149
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 84 20 55.04 35.00 5.00 0.00 cgacattgttgattttgttg
RIGHT PRIMER 1309 20 55.02 40.00 4.00 0.00 taccaatttacccatcgttc
SEQUENCE SIZE: 1349
INCLUDED REGION SIZE: 1349
PRODUCT SIZE: 1226, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,968
0 tagttccagatattctatacatcctggtgcaaccaagatgtaccgtgacctaaagcaaca
60 cttttggtggagtagaatgaagcgcgacattgttgattttgttgccaaatgtccaaattg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tcagcaagtaaagtatgaacaccagaggcacggaggaacacttcagagaatgtccattcc
180 taaatggaagtgggagagaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNTcaaggttcaatggaagaatcgaccgattgaagaatccacttgggagaaaga
******************
1200 ggctgatatgcaagaaagatacccacatctatttacagattcaggtactccttttcgccc
1260 ttgtttttcttcttgtgatcgttcggggacgaacgatgggtaaattggtatctattgtaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1320 cgacctgtttagtcgttttgagcagcaga
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 324 427 0 33 0 0 71
Right 860 0 0 0 0 0 378 376 0 15 0 0 91
Pair Stats:
considered 3, high end compl 1, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000191, oripos=6566505..6568233 strand=1 allelepos=201..1929
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 74 20 55.04 45.00 6.00 1.00 gcttgatcactaatcttcgg
RIGHT PRIMER 2085 20 55.06 45.00 4.00 1.00 gacatgaagaggaagatcca
SEQUENCE SIZE: 2129
INCLUDED REGION SIZE: 2129
PRODUCT SIZE: 2012, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1748
0 acagaggagaaagagaagaacgatcgagagtgaggagaaacgaagaggaaaacaaagcct
60 tggggaatttgcttgcttgatcactaatcttcggtggaggtaggttatggtttttatgct
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 attcgtagtaaactcttaatagaaaatgatatgtattgagtagtgttgtaaacccttcta
180 tatgcttaattgtatgcttgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1920 NNNNNNNNTactgacccctacttgtatgtttctttccttgttattgtggagtgcagcaaa
******************
1980 cgtaccgtcatcttcaactcaaccgcaactctagccagtcttcgtcacaccagatttcaa
2040 ggtgagctaatgcttctagcttggactggatcttcctcttcatgtcttgatgccttgaac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
2100 ttccggcatggactagctttttacttatt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 39 0 485 257 0 12 0 0 62
Right 860 0 0 0 0 0 284 465 0 10 0 0 101
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000192, oripos=6582011..6582031 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 66 20 55.02 45.00 4.00 0.00 tggagtaggataattggtgg
RIGHT PRIMER 393 21 55.45 33.33 6.00 3.00 tgaattgtgtatgatgcattg
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 328, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 aaaaataagtcattcaaataaatgtacattgtgccatgaagatttctacttcctgatacg
60 gaattttggagtaggataattggtggtgtccataacttgttctttatgagttcgaggtcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 acccttcttgctagcaattgttcttgtaacttcactttcactgattgcgccttcatcatt
180 ctttgattttccacaatgccNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTcgtgaatcatacagtgaat
****************************************
240 catataaaattcatacagtgaatcatacacaattcatacagttaatcgtacacaattata
300 cagtgaatcatacataaaaaaatacatgtttcaacaattgatattgtaatatgaagagat
360 ctgtaatttcatacaatgcatcatacacaattcatacattatttatttacacaaaattta
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 835 0 0 0 31 0 463 245 14 16 0 0 66
Right 845 0 0 0 200 0 630 1 0 3 8 0 3
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000193, oripos=6582983..6583003 strand=1 allelepos=201..221
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 143 20 55.02 40.00 3.00 0.00 aaaaagagttggggaagaac
RIGHT PRIMER 413 20 55.26 35.00 6.00 2.00 ctacaacaaatggccaaaat
SEQUENCE SIZE: 421
INCLUDED REGION SIZE: 421
PRODUCT SIZE: 271, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,40
0 gaagatttgaatgcaaatatttgagaattcttgaagaagactgttaagagaggaataatt
60 ttcagagaaaatttggtgaaaataaattaggcgtgcgaattatggtgaaaagttttgata
120 ggcgtgcagaggtaatgattttgaaaaagagttggggaagaacaaaaatttggagaatat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
180 aatttttttttttagataacNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTatgttataacttgataata
****************************************
240 atatgctataagtagtttattattaaaaaatttgtttataacctgatatttaacatctta
300 aatgtgtgtgtagtgttatttttataacaactaatatagaaccgaatagtaataataaat
360 caatgtactattcagcatgtgagtattcgaccagattttggccatttgttgtagtgttaa
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
420 t
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 87 0 475 215 9 9 0 0 60
Right 860 0 0 0 305 0 443 86 0 11 0 0 15
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000194, oripos=6599214..6600483 strand=1 allelepos=201..1470
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 25 20 55.26 50.00 4.00 2.00 gatctggaagtcatcaccac
RIGHT PRIMER 1576 20 55.72 40.00 3.00 2.00 tctgaactttgtgacggaat
SEQUENCE SIZE: 1670
INCLUDED REGION SIZE: 1670
PRODUCT SIZE: 1552, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,1289
0 ctcaaaaacttatcattatccccaggatctggaagtcatcaccacaagaacatctacaat
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 caaatgactatactaagagtattctaaaaggtaaaaatacataagaagctagtccgtgcc
120 ggaggttcaaggcatcaagacgtgacggaggagatccagtccaagctagaagtgttagct
180 catcctgaagatccggtgtgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGtcctgcaggtcgtcgcagagttcagagacc
***************************************
1500 caaatttccaccattggtctgtgacggtccgtcacacctgtgacggtccgtcctgccatt
<<<
1560 ccgtcacaaagttcagagagttgattttcagtacccaatttcagattttctaagtatttt
<<<<<<<<<<<<<<<<<
1620 gggacgagaccccctcgacggtccgtcgtgcccatgacgttccgtcgtgg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 31 0 430 329 0 16 0 0 49
Right 852 0 0 0 8 0 237 544 2 9 0 0 52
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000195, oripos=6630392..6631457 strand=1 allelepos=201..1266
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 8 19 55.12 42.11 2.00 0.00 tattttatggggtggtggt
RIGHT PRIMER 1409 20 54.93 40.00 4.00 0.00 aatttccaaaactctcctcc
SEQUENCE SIZE: 1466
INCLUDED REGION SIZE: 1466
PRODUCT SIZE: 1402, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 3.00
TARGETS (start, len)*: 190,1085
0 aaaattactattttatggggtggtggtggggctggggtggggtggatgggggcaggactg
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaaaataaaaaattgaagttgatagtatttttaaatgacaaaattaattttttcggggg
120 ttggggagggggggggggaggggtaggagtttaaaataaaaatttgaagttgaaaatttt
180 taaaaaagaaaattaattttNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1260 NNNNNCcggtggtgggtgggtggagggttaaggatcgggtgaataattaaattttgaaat
***************
1320 tgaaaatatgtttgtaaaattgacgtccccccccctcccccctcccaaaaaaaaaatgta
1380 atttggaattggaggagagttttggaaattgttttccttaatttttgaaggaaagtcatt
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1440 tttcttaattttgaggaaaatgagtt
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 738 0 0 0 378 0 86 223 0 4 40 0 7
Right 765 0 0 0 251 0 301 111 4 18 30 0 50
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000196, oripos=6641225..6641840 strand=1 allelepos=201..816
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 98 20 55.08 45.00 4.00 3.00 tgaaccatatagcagcctct
RIGHT PRIMER 913 20 55.00 45.00 4.00 1.00 gaggaagagaacccttgttt
SEQUENCE SIZE: 1016
INCLUDED REGION SIZE: 1016
PRODUCT SIZE: 816, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,635
0 gtctttgtggtttagtttcttggacaccggatagtagcgtgctaagaaaatatcccttag
60 ttggttccaagtgaagattgagttgtatgggagctcagtgaaccatatagcagcctctcc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 cgtcaatgagagaggaaacactctgagccctattacatctaaatccaaatcaggtctccc
180 gacacagcttttacacactgNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTctggtttgggtcatcatcatttat
*********************************************
840 tcccaagtttcgattcatattgcgtagtgtacgctctaattggtgatcatagggaaacaa
<<<<<<
900 gggttctcttcctctccgtgtattttgcataaaaggaggttggttctgcacaaatcaaaa
<<<<<<<<<<<<<<
960 acaataaaacaaagtaaaatcaagaaaatatcaactaaactatagaaataggttta
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 855 0 0 0 0 0 408 342 0 31 0 0 74
Right 860 0 0 0 142 0 366 220 0 39 0 0 93
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000197, oripos=6671893..6675319 strand=1 allelepos=201..3627
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 18 20 54.95 45.00 4.00 3.00 gccccaacacatattacagt
RIGHT PRIMER 3793 20 54.71 40.00 3.00 2.00 atggagaatggtttcgtcta
SEQUENCE SIZE: 3827
INCLUDED REGION SIZE: 3827
PRODUCT SIZE: 3776, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
TARGETS (start, len)*: 190,3446
0 ataggcctataaattctagccccaacacatattacagtaagtggctagtcttgtttgttc
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 atctccaaattattagttatacttagaataacttcgtgagattattggatactcattcca
120 ataatttgtcaacactaaaaaaaagttgttgtagaagaagaagaatctggagaaagctat
180 ggacaaattgagagaagaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
**************************************************
240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
************************************************************
1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2220 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2280 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2340 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2400 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2460 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2940 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3120 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3180 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTtattgctggaacaattttctttcggcacaatat
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3660 cactagctggaatcatatcccattgaatttatatcatatcactgaccgaaacaatttccc
3720 atgagatttatattactagccgaactatttcacaacggttttatcttatatcactagacg
<<<<<<
3780 aaaccattctccatcatatttatatcatatcacaagttgaaactatt
<<<<<<<<<<<<<<
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 788 0 0 0 51 0 617 47 1 9 19 0 44
Right 860 0 0 0 41 0 619 139 0 22 0 0 39
Pair Stats:
considered 1, ok 1
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000198, oripos=6679876..6680860 strand=1 allelepos=201..1185
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 83 20 54.99 45.00 3.00 0.00 ccatacttggtggacttgtt
RIGHT PRIMER 1368 20 55.10 30.00 4.00 1.00 aaagcaaagaatggttttga
SEQUENCE SIZE: 1385
INCLUDED REGION SIZE: 1385
PRODUCT SIZE: 1286, PAIR ANY COMPL: 6.00, PAIR 3' COMPL: 1.00
TARGETS (start, len)*: 190,1004
0 tatcgctgcacgttctgtgatcatgcccatttctccccatacttggtggacatgttatta
60 gattaagttttattccatgtatgccatacttggtggacttgttagaatctaactatgtac
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
120 tgtaatatcgagatcattttggtagtattttacttgtctgataagtgattttacttaatt
180 tatgatatatgacatatctcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTattcatgggaaatag
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1200 ctttttgaattcattttcacaatggcaatagctcctctattaggactataaatctcacaa
1260 acaccttttccaatgagaataaaatatcccttttcttgcaattgtcttacactcagtaag
1320 tttcttttaaagcaggaacatatatttcttcaaaaccattctttgctttaattttaatac
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 tacat
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 838 0 0 0 94 0 522 177 11 11 0 0 23
Right 860 0 0 0 59 0 617 95 0 25 0 0 64
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000199, oripos=6699435..6700483 strand=1 allelepos=201..1249
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 22 21 54.74 23.81 3.00 0.00 ttcatcattttgttccatttt
RIGHT PRIMER 1355 20 55.00 40.00 2.00 0.00 ggatttgattgctcttcttg
SEQUENCE SIZE: 1449
INCLUDED REGION SIZE: 1449
PRODUCT SIZE: 1334, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,1068
0 aagaattcattaaattattctcttcatcattttgttccattttattttttggaaatttta
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 agcttcatgttaaaccagagagatatgtcacctttttctttttctatcttattataacta
120 gacgttagtaagcctaaaaagtaattttacatttgttttaacaagaatttctatattcaa
180 acccatgagattactattagNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCtatgacccgac
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1260 aaatatttgagaaaactacaatattaatttatattttatctcctaaataaaccataatat
1320 atgttgatcatatctgcaagaagagcaatcaaatccatctcttatcaaccccattgcgtc
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1380 accatcttcccttcgcacacaagaatcaaataatgacctttctaccttcacaatgtaggg
1440 gtaagactg
KEYS (in order of precedence):
****** target
>>>>>> left primer
<<<<<< right primer
Statistics
con too in in no tm tm high high high
sid many tar excl bad GC too too any 3' poly end
ered Ns get reg GC% clamp low high compl compl X stab ok
Left 829 0 0 0 270 0 515 6 0 10 9 0 19
Right 860 0 0 0 175 0 393 225 0 18 0 0 49
Pair Stats:
considered 2, ok 2
primer3 release 1.1.4
PRIMER PICKING RESULTS FOR SL2.30CH11_000200, oripos=6709194..6715407 strand=1 allelepos=201..6414
No mispriming library specified
Using 0-based sequence positions
OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 43 20 54.87 35.00 2.00 0.00 cggaaggtaagcaaataaaa
RIGHT PRIMER 6591 20 55.04 45.00 6.00 2.00 gtcaagcttcttatggatcg
SEQUENCE SIZE: 6614
INCLUDED REGION SIZE: 6614
PRODUCT SIZE: 6549, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 0.00
TARGETS (start, len)*: 190,6233
0 agggggctgggtaagggggcaaatgggggagcgagggtgggggcggaaggtaagcaaata
>>>>>>>>>>>>>>>>>
60 aaaaatttaaattggaaatatcttttaaacaacttttaatttatatatatacatattttt
>>>
120 tttggaggggggggggttggaggggggatggtagggggttgggaaggggtaagggtgggg
180 taaaaattgaagtaaaaataNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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240 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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300 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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480 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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540 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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600 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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660 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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720 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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780 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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840 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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900 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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960 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1020 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1080 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1140 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1260 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1320 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1560 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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1980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2580 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2700 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2760 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2820 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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2880 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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3000 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4380 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4440 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4500 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4620 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4680 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4740 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4800 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4920 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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4980 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5100 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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5160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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